Изолированные комплексные эндофитные композиции и способы улучшения признаков растений - RU2017141632A

1. Синтетическая композиция, содержащая растительный элемент, гетерологично связанный с комплексным эндофитом, причем комплексный эндофит способен обеспечивать признак агрономического значения для указанного растительного элемента.

2. Синтетическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из измененного содержания масел, измененного содержания белка, измененного состава углеводовсемени, измененного состава масел семени и измененного состава белков семени, увеличенной химической толерантности, увеличенной холодостойкости, замедленного старения, увеличенной устойчивости к болезням, увеличенной засухоустойчивости, увеличенного веса колоса, улучшения роста, улучшения здоровья, увеличенной устойчивости к теплу, увеличенной устойчивости к гербицидам, увеличенной устойчивости к фитофагии, улучшенной фиксации азота, улучшенной утилизации азота, улучшенной эффективности использования питательных веществ, улучшенной корневой архитектуре, повышенной эффективности использования воды, увеличенной биомассы, увеличенной длины корня, увеличенной длины побега, всхожести, увеличенного веса семян, увеличенной длины поросли, увеличенной длины поросли побега, увеличенной биомассы поросли, массы побега, площади поверхности корня, повышенной урожайности, повышенной урожайности в условиях ограниченной доступности воды, увеличенной массы зерна, улучшенной влажности зерна, увеличенной толерантности к металлам, увеличенного количества колосьев, увеличенного количества зерен в колосе, увеличенного количества стручков, усиленного питания, увеличенной устойчивости к патогенам, увеличенной устойчивости к вредителям, улучшенной способности к фотосинтезу, солестойкости, сохранения способности к фотосинтезу, улучшенных показателей роста, увеличенного сухого веса зрелых семян, увеличенного свежего веса зрелых семян, увеличенного количества зрелых семян на растение, увеличенного содержания хлорофилла, увеличенной всхожести семян, увеличенного количества стручков на растение, увеличенной длины стручков на растение, уменьшенного количества увядших листьев на растение, уменьшенного количества сильно увядших листьев на растение, увеличенного количества не увядших листьев на растение, увеличенной высоты растения, более раннего или усиленного цветения, увеличенного содержания белка, повышенного содержания ферментируемых углеводов, сниженного содержания лигнина, мужской стерильности и повышенного содержания антиоксидантов.

3. Синтетическая композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанный агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из: всхожести, скорости прорастания, биомассы поросли, биомассы корней, длины корня проростков, длины стебля проростка, массы проростков, площади поверхности корня и урожайности.

4. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что указанная синтетическая композиция дополнительно содержит агрономическую композицию, которая дополнительно содержит одно или более из следующих веществ: стабилизатор или консервант, или носитель или поверхностно-активное вещество или антикомплексный агент, фунгицид, нематицид, бактерицид, инсектицид и гербицид или любую их комбинацию.

5. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит присутствует в количестве, по меньшей мере, около 10^2 КОЕ на элемент растения.

6. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из класса, выбранного из группы, состоящей из: Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Glomeromycetes, Basidiomycetes, Agaricomycetes или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

7. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из класса, выбранного из группы, состоящей из: Bacilli, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Nanohaloarchaea, Alphaproteobacteria, Bacilli, Cytophagia.

8. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriales, Dothideales, Pleosporales, Coniochateles, Xylariales, Mucorales, Eurotiales, Diversisporales, Agaricales, Pezizales или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

9. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Bacillales, Burkholderiales, Enterobacteriales, Xanthomonadales, Actinomycetales, Rhizobiales, Bacillales, Cytophagales.

10. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriaceae, Dothioraceae, Montagnulacea, Pleosporacea, Coniochaetaceae, Amphisphaeriaceae, Xylariacea, Rhizopodaceae, Trichocomaceae, Gigasporaceae, Hydnangiaceae, Tuberaceae или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

11. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Bacillaceae, Burkholderiaceae, Enterobacteriaceae, Xanthomonadaceae, Streptomycetaceae, Rhizobiaceae, Paenibacillaceae.

12. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин рода, выбранного из группы, состоящей из: Boryosphaeria, Microdiplodia, Pestalotiopsis, Phyllosticta, Alternaria, Lecythophora, Daldinia, Rhizopus, Aspergillus, Gigaspora, Piriformospora, Laccaria, Tuber,Mucor или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

13. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию рода, выбранного из группы, состоящей из: Dyella, Pantoea, Luteibacter, Ralstonia, Erwinia, Bacillus, Burkholderia, Streptomyces, Candidatus, Rhizobium, Paenibacillus.

14. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит содержит нуклеиновую кислоту, последовательность которой по меньшей мере на 95% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 333.

15. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-14, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит выбран из перечисленных в Таблице 3 или Таблице 4.

16. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-15, отличающаяся тем, что указанный комплексный эндофит ассоциирован с элементом растения, но непосредственно не контактирует с указанным элементом растения.

17. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-16, отличающаяся тем, что указанный растительный элемент выбран из группы, состоящей из целого растения, проростка, меристематической ткани, основной паренхимы, проводящей ткани, покровной ткани, семени, листа, корня, побега, стебля, цветка, плода, столона, луковицы, клубня, клубнелуковицы, отростков (keikis) и почки.

18. Синтетическая композиция по любому из пп. 1-17, отличающаяся тем, что указанный растительный элемент представляет собой элемент растения, выбранного из группы, состоящей из пшеницы, сои, кукурузы, хлопка, канолы, ячменя, сорго, проса, риса, рапса, люцерны, томата, сахарной свеклы, сорго, миндаля, грецкого ореха, яблони, арахиса, клубники, салата, апельсина, картофеля, банана, сахарного тростника, картофеля, маниоки, манго, гуави, пальмы, лука, оливки, перца, чая, ямса, какао, подсолнечника, спаржи, моркови, кокосового ореха, лимона, лайма, ячменя, арбуза, капусты, огурца, винограда и газонной травы.

19. Множество синтетических композиций по любому из пп. 1-18, заключенных внутри объекта, выбранного из группы, состоящей из: бутыля, банки, ампулы, упаковки, сосуда, мешка, коробки, резервуара, конверта, коробки, контейнера, ящика, грузового контейнера, грузовой платформы, футляра.

20. Множество синтетических композиций по любому из пп. 1-18, помещенных в среду, которая способствует росту растений, причем указанная среда выбрана из группы, состоящей из почвы, гидропонного аппарата и искусственной среды роста.

21. Множество синтетических композиций по п. 20, отличающееся тем, что указанная среда представляет собой почву, причем указанные синтетические композиции помещают в почву в значительной степени с равным интервалом между каждым семенем.

22. Множество синтетических композиций по 1-19, отличающееся тем, что синтетические композиции стабильны при хранении.

23. Растение, выращенное из синтетической композиции по любому из пп. 1-22, отличающееся тем, что указанное растение демонстрирует улучшенный фенотип агрономического интереса, выбранный из группы, состоящей из измененного содержания масел, измененного содержания белка, измененного состава углеводов семени, измененного состава масел семени и измененного состава белков семени, увеличенной химической толерантности, увеличенной холодостойкости, замедленного старения, увеличенной устойчивости к болезням, увеличенной засухоустойчивости, увеличенного веса колоса, улучшения роста, улучшения здоровья, увеличенной устойчивости к теплу, увеличенной устойчивости к гербицидам, увеличенной устойчивости к фитофагии, улучшенной фиксации азота, улучшенной утилизации азота, улучшенной эффективности использования питательных веществ, улучшенной корневой архитектуре, повышенной эффективности использования воды, увеличенной биомассы, увеличенной длины корня, увеличенной длина корня побега, всхожести, увеличенной массы семян, увеличеной длинны побега, повышенной биомассы побега, массы проростка, площади поверхности корня, повышенной урожайности, повышенной урожайности в условиях ограниченной доступности воды, увеличенной массы зерна, улучшенной влажности зерна, увеличенной толерантности к металлам, увеличенного количества колосьев, увеличенного количества зерен в колосе, увеличенного количества стручков, усиленного питания, увеличенной устойчивости к патогенам, увеличенной устойчивости к вредителям, улучшенной способности к фотосинтезу, солестойкости, сохранения способности к фотосинтезу, улучшенных показателей роста, увеличенного сухого веса зрелых семян, увеличенного свежего веса зрелых семян, увеличенного количества зрелых семян на растение, увеличенного содержания хлорофилла, увеличенной всхожести семян, увеличенного количества стручков на растение, увеличенной длины стручков на растение, уменьшенного количества увядших листьев на растение, уменьшенного количества сильно увядших листьев на растение, увеличенного количества не увядших листьев на растение, увеличенной высоты растения, более раннего или усиленного цветения, увеличенного содержания белка, повышенного содержания ферментируемых углеводов, сниженного содержания лигнина, мужской стерильности и повышенного содержания антиоксидантов.

24. Растение по п. 23, отличающееся тем, что указанное растение содержит в по меньшей мере одном из его растительных элементов указанный комплексный эндофит, грибок-хозяин или бактериальный компонент.

25. Способ инокуляции растения грибковым эндофитом, включающий контактирование растительного элемента указанного растения с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит, причем указанный комплексный эндофит содержит указанный грибковый эндофит.

26. Способ инокулции растения бактериальным эндофитом, включающий контактирование растительного элемента указанного растения с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит, причем указанный комплексный эндофит содержит указанный бактериальный эндофит.

27. Способ по п. 25 или 26, отличающийся тем, что инокуляция улучшает агрономически важный признак растения.

28. Способ улучшения агрономически важного признака растения, включающий контактирование растительного элемента с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит; по сравнению с изогенной линией растений, выращенных из репродуктивного элемента растения, не ассоциированного с указанным комплексным эндофитом.

29. Способ улучшения агрономически важного признака растения, включающий выращивание указанного растения из репродуктивного элемента растения, который контактировал с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит; по сравнению с изогенной линией растений, выращенных из репродуктивного элемента растения, не ассоциированного с указанным комплексным эндофитом.

30. Способ по п. 28 или 29, отличающийся тем, что комплексный эндофит содержит бактерию внутри грибка-хозяина.

31. Способ по п. 28 или 29, отличающийся тем, что комплексный эндофит содержит грибок внутри грибка-хозяина.

32. Способ улучшения агрономически важного признака растения, включающий выращивание указанного растения из репродуктивного элемента растения, который контактировал с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит, причем комплексный эндофит содержит бактерию внутри грибка-хозяина; по сравнению с изогенной линией растений, выращенных из репродуктивного элемента растения, не ассоциированного с указанной бактерией.

33. Способ улучшения агрономически важного признака растения, включающий выращивание указанного растения из репродуктивного элемента растения, который контактировал с композицией, содержащей гетерологичный комплексный эндофит, причем комплексный эндофит содержит грибок внутри грибка-хозяина; по сравнению с изогенной линией растений, выращенных из репродуктивного элемента растения, не ассициированного с указанным грибком.

34. Способ по любому из пп. 32, 33, отличающийся тем, что агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из измененного содержания масел, измененного содержания белка, измененного состава углеводов семени, измененного состава масел семени и измененного состава белков семени, увеличенной химической толерантности, увеличенной холодостойкости, замедленного старения, увеличенной устойчивости к болезням, увеличенной засухоустойчивости, увеличенного веса колоса, улучшения роста, улучшения здоровья, увеличенной устойчивости к теплу, увеличенной устойчивости к гербицидам, увеличенной устойчивости к фитофагии, улучшенной фиксации азота, улучшенной утилизации азота, улучшенной эффективности использования питательных веществ, улучшенной корневой архитектуре, повышенной эффективности использования воды, увеличенной биомассы, увеличенной длины корня, увеличенной длины побега, всхожести, увеличенного веса семян, увеличенной длины поросли, увеличенной длины поросли побега, увеличенной биомассы поросли, массы побега, площади поверхности корня повышенной урожайности, повышенной урожайности в условиях ограниченной доступности воды, увеличенной массы зерна, улучшенной влажности зерна, увеличенной толерантности к металлам, увеличенного количества колосьев, увеличенного количества зерен в колосе, увеличенного количества стручков, усиленного питания, увеличенной устойчивости к патогенам, увеличенной устойчивости к вредителям, улучшенной способности к фотосинтезу, солестойкости, сохранения способности к фотосинтезу, улучшенных показателей роста, увеличенного сухого веса зрелых семян, увеличения свежего веса зрелых семян, увеличения количества зрелых семян на растение, увеличения содержания хлорофилла, увеличения всхожести семян, увеличения количества стручков на растение, увеличение длины стручков на растение, уменьшения количества увядших листьев на растение, уменьшения количества сильно увядших листьев на растение, увеличенного количества не увядших листьев на растение, увеличенной высоты растения, более раннего или усиленного цветения, увеличения содержания белка, повышенного содержания ферментируемых углеводов, снижения содержания лигнина, мужской стерильности и повышенного содержания антиоксидантов.

35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанный агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из: всхожести, скорости прорастания, биомассы поросли, длины корня проростков, длины стебля проростка, массы проростков, площади поверхности корня и урожайности.

36. Способ по пп. 25-35, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при нормальных условиях полива.

37. Способ по пп. 25-35, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при условиях ограниченного полива.

38. Способ по любому из пп. 25-37, отличающийся тем, что указанный репродуктивный элемент растения представлен семенами сои, а указанный комплексный эндофит содержит гриб рода Dothideomyetes.

39. Способ по любому из пп. 25-37, отличающийся тем, что указанный репродуктивный элемент растения представлен семенами пшеницы, а указанный комплексный эндофит содержит гриб рода Sodariomycetes.

40. Способ по любому из пп. 25-39, отличающийся тем, что комплексный эндофит присутствует в композиции в количестве, способном модулировать по меньшей мере одно из: агрономически важный признак, транскрипцию гена, экспрессию белка, уровень гормона, уровень метаболита и популяцию эндогенных микроорганизмов в растениях, выращенных из указанных семян, по сравнению с изогенной линией растений, не ассоциированных с указанным комплексным эндофитом или выращенных из растительных элементов, ассоциированных с указанным комплексным эндофитом.

41. Способ по любому из пп. 25-40, отличающийся тем, что указанная агрономическая композиция дополнительно содержит одно или несколько из следующего: стабилизатор или консервант, или носитель или поверхностно-активное вещество, или антикомплексный агент, фунгицид, нематоцид, бактерицид, инсектицид и гербицид или любую их комбинацию.

42. Способ по любому из пп. 25-41, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит присутствует в количестве, по меньшей мере, около 10^2 КОЕ на элемент растения.

43. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из класса, выбранного из группы, состоящей из: Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Glomeromycetes, Basidiomycetes, Agaricomycetes или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

44. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из класса, выбранного из группы, состоящей из: Bacilli, Betaproteobacteria, Gamtnaproteobacteria, Actinobacteria, Nanohaloarchaea, Alphaproteobacteria, Bacilli, Cytophagia.

45. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит хозяин Bottyosphaeriales, Dothideales, Pleosporales, Coniochateles, Xylariales.Mucorales, Eurotiales, Diversisporales, Agaricales, Pezizales, выбранный из группы, состоящей из: Botryosphaeriales, Dothideales, Pleosporales, Coniochateles, Xylariales,Mucorales, Eurotiales, Diversisporales, Agaricales, Pezizales или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

46. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Bacillales, Burkholderiales, Enterobacteriales, Xanthomonadales, Actinomycetales, Rhizobiales, Bacillales, Cytophagales.

47. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriaceae, Dothioraceae, Montagnulacea, Pleosporacea, Coniochaetaceae, Amphisphaeriaceae, Xylariacea, Rhizopodaceae, Trichocomaceae, Gigasporaceae, Hydnangiaceae, Tuberaceae или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

48. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Bacillaceae, Burkholderiaceae, Enterobacteriaceae, Xanthomonadaceae, Streptomycetaceae, Rhizobiaceae, Paenibacillaceae.

49. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин рода, выбранного из группы, состоящей из: Boryosphaeria, Microdiplodia, Pestalotiopsis, Phyllosticta, Alternaria, Lecythophora, Daldinia, Rhizopus, Aspergillus, Gigaspora, Piriformospora, Laccaria, Tuber,Mucor или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

50. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию рода, выбранного из группы, состоящей из: Dyella, Pantoea, Luteibacter, Ralstonia, Erwinia, Bacillus, Burkholderia, Streptomyces, Candidatus, Rhizobium, Paenibacillus.

51. Способ по любому из пп. 25-42, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит нуклеиновую кислоту, последовательность которой по меньшей мере на 95% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 333.

52. Способ по любому из пп. 25-51, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит выбран из эндофитов, перечисленных в Таблице 3 или Таблице 4.

53. Способ по любому из пп. 25-52, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит ассоциирован с элементом растения, но непосредственно не контактирует с указанным элементом растения.

54. Способ по любому из пп. 25-53, отличающийся тем, что указанный растительный элемент выбран из группы, состоящей из целого растения, проростка, меристематической ткани, основной паренхимы, проводящей ткани, покровной ткани, семени, листа, корня, побега, стебля, цветка, плода, столона, луковицы, клубня, клубнелуковицы, отростков (keikis) и почки.

55. Способ по любому из пп. 25-54, отличающийся тем, что указанный растительный элемент представляет собой растение, выбранное из группы, состоящей из пшеницы, сои, кукурузы, хлопка, канолы, ячменя, сорго, проса, риса, рапса, люцерны, томата, сахарной свеклы, сорго, миндаля, грецкого ореха, яблони, арахиса, клубники, салата, апельсина, картофеля, банана, сахарного тростника, картофеля, маниоки, манго, гуави, пальмы, лука, оливки, перца, чая, ямса, какао, подсолнечника, спаржи, моркови, кокосового ореха, лимона, лайма, ячменя, арбуза, капусты, огурца, винограда и газонной травы.

56. Элемент растения, полученный из растения, полученного способами по любому из пп. 25-55.

57. Способ улучшения агрономически важного признака растения, включающий выделение бактериального эндофита из комплексного эндофита и выращивание указанного растения из репродуктивного элемента растения, на котором указанный бактериальный эндофит гетерологично расположен; по сравнению с изогенной линией растений, выращенных из репродуктивного элемента растения, не ассоциированного с указанным бактериальным эндофитом.

58. Способ по п. 57, отличающийся тем, что агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из измененного содержания масел, измененного содержания белка, измененного состава углеводов семени, измененного состава масел семени и измененного состава белков семени, увеличенной химической толерантности, увеличенной холодостойкости, замедленного старения, увеличенной устойчивости к болезням, увеличенной засухоустойчивости, увеличенного веса колоса, улучшения роста, улучшения здоровья, увеличенной устойчивости к теплу, увеличенной устойчивости к гербицидам, увеличенной устойчивости к фитофагии, улучшенной фиксации азота, улучшенной утилизации азота, улучшенной эффективности использования питательных веществ, улучшенной корневой архитектуре, повышенной эффективности использования воды, увеличенной биомассы, увеличенной длины корня, увеличенной длины побега, всхожести, увеличенного веса семян, увеличенной длины поросли, увеличенной длины поросли побега, увеличенной биомассы поросли, массы побега, площади поверхности корня, повышенной урожайности, повышенной урожайности в условиях ограниченной доступности воды, увеличенной массы зерна, улучшенной влажности зерна, увеличенной толерантности к металлам, увеличенного количества колосьев, увеличенного количества зерен в колосе, увеличенного количества стручков, усиленного питания, увеличенной устойчивости к патогенам, увеличенной устойчивости к вредителям, улучшенной способности к фотосинтезу, солестойкости, сохранения способности к фотосинтезу, улучшенных показателей роста, увеличенного сухого веса зрелых семян, увеличенного свежего веса зрелых семян, увеличенного количества зрелых семян на растение, увеличенного содержания хлорофилла, увеличенной всхожести семян, увеличенного количества стручков на растение, увеличенной длины стручков на растение, уменьшенного количества увядших листьев на растение, уменьшенного количества сильно увядших листьев на растение, увеличенного количества не увядших листьев на растение, увеличенной высоты растения, более раннего или усиленного цветения, увеличенного содержания белка, повышенного содержания ферментируемых углеводов, сниженного содержания лигнина, мужской стерильности и повышенного содержания антиоксидантов.

59. Способ по п. 58, отличающийся тем, что указанный агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из: всхожести, скорости прорастания, биомассы поросли, длины корня проростков, длины стебля проростка, массы проростков, площади поверхности корня и урожайности.

60. Способ по пп. 57-59, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при нормальных условиях полива.

61. Способ по пп. 57-59, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при условиях ограниченного полива.

62. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из класса, выбранного из группы, состоящей из: Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Glomeromycetes, Basidiomycetes, Agaricomycetes или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

63. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из класса, выбранного из группы, состоящей из: Bacilli, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Nanohaloarchaea, Alphaproteobacteria, Bacilli, Cytophagia.

64. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriales, Dothideales, Pleosporales, Coniochateles, Xylariales,Mucorales, Eurotiales, Diversisporales, Agaricales, Pezizales или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

65. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Bacillales, Burkholderiales, Enterobacteriales, Xanthomonadales, Actinomycetales, Rhizobiales, Bacillales, Cytophagales.

66. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriaceae, Dothioraceae, Montagnulacea, Pleosporacea, Coniochaetaceae, Amphisphaeriaceae, Xylariacea, Rhizopodaceae, Trichocomaceae, Gigasporaceae, Hydnangiaceae, Tuberaceae или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

67. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Bacillaceae, Burkholderiaceae, Enterobacteriaceae, Xanthomonadaceae, Streptomycetaceae, Rhizobiaceae, Paenibacillaceae.

68. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин рода, выбранного из группы, состоящей из: Boryosphaeria, Microdiplodia, Pestalotiopsis, Phyllosticta, Alternaria, Lecythophora, Daldinia, Rhizopus, Aspergillus, Gigaspora, Piriformospora, Laccaria, Tuber,Mucor или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

69. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию рода, выбранного из группы, состоящей из: Dyella, Pantoea, Luteibacter, Ralstonia, Erwinia, Bacillus, Burkholderia, Streptomyces, Candidatus, Rhizobium, Paenibacillus.

70. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что бактерия содержит нуклеиновую кислоту, последовательность которой по меньшей мере на 95% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 333.

71. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит выбран из эндофитов, перечисленных в Таблице 3 или Таблице 4.

72. Элемент растения, полученный из растения, полученного способами по любому из пп. 57-70.

73. Способ получения синтетической композиции, включающий связывание поверхности множества растительных элементов с композицией, содержащей очищенную популяцию микроорганизмов, которая содержит комплексный эндофит, который является гетерологичным по отношению к семени, причем комплексный эндофит присутствует в композиции в количестве, способном модулировать, по меньшей мере, одно из: признак агрономического значения, транскрипцию гена, экспрессию белка, уровень гормона, уровень метаболита, и популяцию эндогенных микроорганизмов в растениях, выращенных из указанных семян, по сравнению с изогенной линией растений, не ассоциированных с указанным комплексным эндофитом, либо выращенных из растительных элементов, не ассоциированных с указанным комплексным эндофитом.

74. Способ по п. 73, отличающийся тем, что агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из измененного содержания масел, измененного содержания белка, измененного состава углеводов семени, измененного состава масел семени и измененного состава белков семени, увеличенной химической толерантности, увеличенной холодостойкости, замедленного старения, увеличенной устойчивости к болезням, увеличенной засухоустойчивости, увеличенного веса колоса, улучшения роста, улучшения здоровья, увеличенной устойчивости к теплу, увеличенной устойчивости к гербицидам, увеличенной устойчивости к фитофагии, улучшенной фиксации азота, улучшенной утилизации азота, улучшенной эффективности использования питательных веществ, улучшенной корневой архитектуре, повышенной эффективности использования воды, увеличенной биомассы, увеличенной длины корня, увеличенной длины побега, всхожести, увеличенного веса семян, увеличенной длины поросли, увеличенной длины поросли побега, увеличенной биомассы поросли, массы побега, площади поверхности корня повышенной урожайности, повышенной урожайности в условиях ограниченной доступности воды, увеличенной массы зерна, улучшенной влажности зерна, увеличенной толерантности к металлам, увеличенного количества колосьев, увеличенного количества зерен в колосе, увеличенного количества стручков, усиленного питания, увеличенной устойчивости к патогенам, увеличенной устойчивости к вредителям, улучшенной способности к фотосинтезу, солестойкости, сохранения способности к фотосинтезу, улучшенных показателей роста, увеличенного сухого веса зрелых семян, увеличенного свежего веса зрелых семян, увеличенного количества зрелых семян на растение, увеличенного содержания хлорофилла, увеличенной всхожести семян, увеличенного количества стручков на растение, увеличенной длины стручков на растение, уменьшенного количества увядших листьев на растение, уменьшенного количества сильно увядших листьев на растение, увеличенного количества не увядших листьев на растение, увеличенной высоты растения, более раннего или усиленного цветения, увеличенного содержания белка, повышенного содержания ферментируемых углеводов, сниженного содержания лигнина, мужской стерильности и повышенного содержания антиоксидантов.

75. Способ по п. 74, отличающийся тем, что указанный агрономически важный признак выбран из группы, состоящей из: всхожести, скорости прорастания, биомассы поросли, длины корня проростков, длины стебля проростка, массы проростков, площади поверхности корня и урожайности.

76. Способ по пп. 73-75, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при нормальных условиях полива.

77. Способ по пп. 73-75, отличающийся тем, агрономически важный признак улучшается при условиях ограниченного полива.

78. Способ по любому из пп. 73-77, отличающийся тем, что указанная синтетическая композиция дополнительно содержит агрономическую композицию, дополнительно содержащую одно или несколько из следующего: стабилизатор или консервант, или носитель или поверхностно-активное вещество, или антикомплексный агент, фунгицид, нематоцид, бактерицид, инсектицид и гербицид или любую их комбинацию.

79. Способ по любому из пп. 73-78, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит присутствует в количестве, по меньшей мере, около 10^2 КОЕ на элемент растения.

80. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из класса, выбранного из группы, состоящей из: Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, Glomeromycetes, Basidiomycetes, Agaricomycetes или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

81. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из класса, выбранного из группы, состоящей из: Bacilli, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Nanohaloarchaea, Alphaproteobacteria, Bacilli, Cytophagia.

82. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriales, Dothideales, Pleosporales, Coniochateles, Xylariales,Mucorales, Eurotiales, Diversisporales, Agaricales, Pezizales или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

83. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из порядка, выбранного из группы, состоящей из: Bacillales, Burkholderiales, Enterobacteriales, Xanthomonadales, Actinomycetales, Rhizobiales, Bacillales, Cytophagales.

84. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Botryosphaeriaceae, Dothioraceae, Montagnulacea, Pleosporacea, Coniochaetaceae, Amphisphaeriaceae, Xylariacea, Rhizopodaceae, Trichocomaceae, Gigasporaceae, Hydnangiaceae, Tuberaceae или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

85. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию из семейства, выбранного из группы, состоящей из: Bacillaceae, Burkholderiaceae, Enterobacteriaceae, Xanthomonadaceae, Streptomycetaceae, Rhizobiaceae, Paenibacillaceae.

86. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит грибок-хозяин рода, выбранного из группы, состоящей из: Boryosphaeria, Microdiplodia, Pestalotiopsis, Phyllosticta, Alternaria, Lecythophora, Daldinia, Rhizopus, Aspergillus, Gigaspora, Piriformospora, Laccaria, Tuber,Mucor или любой из соответствующих анаморф или телеоморф указанных таксонов.

87. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит бактерию рода, выбранного из группы, состоящей из: Dyella, Pantoea, Luteibacter, Ralstonia, Erwinia, Bacillus, Burkholderia, Streptomyces, Candidatus, Rhizobium, Paenibacillus.

88. Способ по любому из пп. 73-79, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит содержит нуклеиновую кислоту, последовательность которой по меньшей мере на 95% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 333.

89. Способ по любому из пп. 73-88, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит выбран из перечисленных в Таблице 3 или Таблице 4.

90. Способ по любому из пп. 73-89, отличающийся тем, что указанный комплексный эндофит ассоциирован с элементом растения, но непосредственно не контактирует с указанным элементом растения.

91. Способ по любому из пп. 73-90, отличающийся тем, что указанный растительный элемент выбран из группы, состоящей из целого растения, проростка, меристематической ткани, основной паренхимы, проводящей ткани, покровной ткани, семени, листа, корня, побега, стебля, цветка, плода, столона, луковицы, клубня, клубнелуковицы, отростков (keikis) и почки.

92. Способ по любому из пп. 73-91, отличающийся тем, что указанный растительный элемент представляет собой элемент растения, выбранного из группы, состоящей из пшеницы, сои, кукурузы, хлопка, канолы, ячменя, сорго, проса, риса, рапса, люцерны, томата, сахарной свеклы, сорго, миндаля, грецкого ореха, яблони, арахиса, клубники, салата, апельсина, картофеля, банана, сахарного тростника, картофеля, маниоки, манго, гуави, пальмы, лука, оливки, перца, чая, ямса, какао, подсолнечника, спаржи, моркови, кокосового ореха, лимона, лайма, ячменя, арбуза, капусты, огурца, винограда и газонной травы.

93. Элемент растения, полученный из растения, полученного способами по любому из пп. 73-92.

94. Способ повышения эффективности бактериального эндофита в применении, включающий использование комплексного эндофита, причем указанный комплексный эндофит содержит указанный бактериальный эндофит.

95. Способ повышения эффективности грибкового эндофита в применении, включающий использование комплексного эндофита, причем указанный комплексный эндофит содержит указанный грибковый эндофит.

96. Способ по п. 94 или 95, отличающийся тем, что указанное применение выбрано из группы, состоящей из: сельского хозяйства, улучшения растений, улучшения качества воды, производства снега или льда, биоремедиации, производства промышленных соединений, производства фармацевтических соединений и производства биоинженерных веществ.

97. Способ по п. 94 или 95, отличающийся тем, что указанное применение представляет собой способ получения композиции, принадлежащей к классу соединений, выбранных из группы, состоящей из: кислот, спиртов, аминокислот, амилаз, антибиотиков, биогаза, биопластика, лимонной кислоты, ферментов, сложных эфиров, жирных кислот, ароматизаторов, глутаминовой кислоты, гормонов человека или животных, гормона роста человека, льда, инсулина, молочной кислоты, липаз, липидов, минералов, азота, масел, нуклеиновых кислот, пектиназ, консервантов, белков, снега, Сахаров, вакцин, вирусов, витаминов и восков.

98. Способ улучшения эффективности бактериального эндофита в применении, включающий идентификацию комплексного эндофита, содержащего бактерию, содержащую нуклеиновую кислоту, последовательность которой по меньшей мере на 95% идентична последовательности нуклеиновой кислоты бактериального эндофита, и замену комплексного эндофита на бактериальный эндофит в указанном применении.

99. Способ по п. 98, отличающийся тем, что указанный бактериальный эндофит дополнительно ассоциирован с элементом растения.

100. Способ по п. 98, отличающийся тем, что указанный бактериальный эндофит грамотрицательный.

101. Способ по п. 98, отличающийся тем, что указанный грибковый эндофит имеет улучшенную способность к споруляции.

102. Способ по из п. 98, отличающийся тем, что указанная характеристика выбрана из группы, состоящей из: эффективности, выживаемости, устойчивости при хранении, устойчивости к антибиотику, толерантности к уменьшенной влажности окружающей среды.