Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения - RU2019141361A
Код документа: RU2019141361A
Формула
1. Способ, включающий
выявление включения меченого нуклеотида в растущую полинуклеотидную нить, комплементарную нити полинуклеотида-матрицы, посредством полимеразы, где указанная полимераза связана с проводящим каналом твердой подложки посредством связки,
причем меченый нуклеотид представляет собой соединение формулы I
где n представляет собой целое число от 3 до 10,
m представляет собой целое число от 1 до 10,
t представляет собой целое число от 0 до 50,
X1 представляет собой прямую связь, С1-С10алкил, С1-С10оксаалкил, С1-С10тиаалкил или C1-С10азаалкил,
Х2 представляет собой С1-С20алкил, где факультативно один или более чем один индивидуальный остаток СН2 заменен одной или более чем одной пептидной связью и (-О-СН2-СН2-)а, где а представляет собой целое число от 1 до 24,
Х3 представляет собой прямую связь или олигонуклеотид, где указанный олигонуклеотид гибридизуется с акцепторной областью связки, когда метка находится поблизости от проводящего канала,
F1 выбран из флуорофора и прямой связи, и F2 отсутствует или представляет собой флуорофор,
А представляет собой
Y представляет собой
или
и где
В представляет собой
a) аминокислоту или содержит аминокислоту,
b) нуклеотид,
c)
или
d)
где R представляет собой Y или водород,
и где q представляет собой целое число от 1 до 100, и проводящий канал предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения; при этом, факультативно, число q В имеет заряд и плотность заряда;
или В включает дендрон, причем В имеет заряд и плотность заряда, q равно 1, и сенсор заряда предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения, при этом, факультативно, проводящий канал предназначен для выявления меченого нуклеотида во время включения.
2. Способ по п. 1, в котором заряд составляет от примерно -100е до примерно +100е.
3. Способ по п. 2, в котором плотность заряда составляет от примерно -100е на кубический нанометр до примерно +100е на кубический нанометр.
4. Способ по п. 1, в котором заряд составляет от примерно -200е до примерно +200е.
5. Способ по п. 4, в котором плотность заряда составляет от примерно -200е на кубический нанометр до примерно +200е на кубический нанометр.
6. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором число q В включает полинуклеотид.
7. Способ по п. 6, в котором полинуклеотид выбран из разветвленного полинуклеотида и одной или более чем одной петли шпильки.
8. Способ по п. 7, в котором полинуклеотид содержит от двух до пяти петель шпильки.
9. Способ по п. любому из пп. 1-5, в котором число q В включает полипептид.
10. Способ по п. 9, в котором полипептид выбран из разветвленного полипептида, спирального полипептида и суперспирального полипептида.
11. Способ по любому из пп. 1-5, в котором В включает аминокислоту, и одно или более чем одно число q В включает метиллизин, диметиллизин или триметиллизин.
12. Способ по любому из пп. 1-5, в котором В представляет собой дендрон z генераций, содержащий одно или более чем одно составное повторяющееся звено и множество концевых звеньев, где z представляет собой целое число от 1 до 6, причем составные концевые звенья выбраны из
где p1 представляет собой целое число от 1 до 3, где любая одна или более чем одна из р1 групп -СН2- факультативно заменена 1-3 группами -O-СН2-СН2-,
р2 представляет собой целое число от 1 до 3, где любая одна или более чем одна из р2 групп -СН2- факультативно заменена 1-3 группами -O-СН2-СН2-, и
концевые группы выбраны из карбоновой кислоты, сульфоновой кислоты, фосфоновой кислоты, сперминильной группы, аминогруппы и четвертичной аммонийной группы.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором А образован реакцией, включающей реакцию связывания, причем данная реакция связывания выбрана из клик-реакции азид-алкин с помощью меди, лигирования тетразин-транс-циклооктен, клик-реакции азид-дибензоциклооктиновая группа без участия меди и конъюгирования тиол-малеимид.
14. Способ по любому из пп. 1-13, дополнительно включающий последовательное включение множества меченых нуклеотидов, где заряд каждого из множества меченых нуклеотидов отличается от заряда любого другого из множества меченых нуклеотидов, когда Y каждого и Y любого другого отличаются друг от друга, факультативно дополнительно включающий идентификацию Y одного или более чем одного меченого полинуклеотида, включенного в растущую полинуклеотидную нить, на основе заряда, выявленного проводящим каналом.
15. Способ по любому из пп. 1-11, в котором Х2 представляет собой (-O-СН2-СН2-)а, где а представляет собой целое число от 1 до 24, при этом факультативно а равно 4, 8, 12, 16 или 24.
