Способы секвенирования трехмерной структуры исследуемой области генома - RU2013105459A

Реферат

1. Способ определения последовательности исследуемой области генома, содержащей последовательность нуклеотида-мишени, который включает фрагментацию перекрестно-сшитой ДНК, лигирование фрагментированной перекрестно-сшитой ДНК, реверсию перекрестного сшивания, определение по меньшей мере части последовательностей лигированных фрагментов ДНК, включающих последовательность нуклеотида-мишени, и использование определенных последовательностей для создания последовательности исследуемой области генома.2. Способ определения последовательности исследуемой области генома, содержащей последовательность нуклеотида-мишени, который включает стадии:a) получение образца перекрестно-сшитой ДНК;b) фрагментацию перекрестно-сшитой ДНК;c) лигирование фрагментированной перекрестно-сшитой ДНК;d) реверсию перекрестного сшивания;e) необязательно фрагментацию ДНК, полученной на стадии d), предпочтительно при помощи рестрикционного фермента;f) необязательно лигирование фрагментированной ДНК, полученной на стадии d) или е), по меньшей мере с одним адаптером;g) необязательно и предпочтительно амплификацию лигированных фрагментов ДНК, полученных на стадии d) или е), содержащих последовательность нуклеотида-мишени, с использованием по меньшей мере одного праймера, гибридизирующего с последовательностью нуклеотида-мишени, или амплификацию лигированных фрагментов ДНК, полученных на стадии f), с использованием по меньшей мере одного праймера, гибридизирующего с последовательностью нуклеотида-мишени, и по меньшей мере одного праймера, гибридизирующего по меньшей мере с одним адаптером;h) определение по меньшей мере части после