Пространственное картирование молекулярных профилей образцов биологических тканей - RU2017135434A
Код документа: RU2017135434A
Формула
1. Способ пространственного определения нуклеиновых кислот в образце ткани, включающий стадии:
a) идентификации по меньшей мере одной интересующей области (ROI) в образце;
b) нанесения по меньшей мере одного вида олигонуклеотидных зондов на заранее определенные участки в ROI и связывания олигонуклеотидных зондов с нуклеиновыми кислотами из образца, где олигонуклеотидные зонды содержат последовательность-штрих-код;
c) выделения комплексов нуклеиновая кислота-олигонуклеотидные зонды;
d) секвенирования выделенных молекул нуклеиновой кислоты;
e) определения корреляции секвенированных молекул нуклеиновой кислоты с исходной локализацией соответствующих молекул-мишеней нуклеиновой кислоты в ROI для получения пространственного распределения молекул-мишеней нуклеиновой кислоты, где каждый участок идентифицируют посредством одного или более видов олигонуклеотидных зондов, связавшихся на стадии b).
2. Способ по п.1, где перед стадией d) молекулы ДНК получают из комплексов нуклеиновая кислота-олигонуклеотидные зонды посредством амплификации ДНК.
3. Способ по п.2, где получение молекул ДНК осуществляют после реакции обратной транскрипции.
4. Способ по п.2 или 3, где на стадии b) связывание олигонуклеотидных зондов с нуклеиновыми кислотами из образца осуществляют посредством гибридизации, и где олигонуклеотидные зонды используют в качестве праймеров.
5. Способ по любому из пп.1-3, где на стадии b) связывание олигонуклеотидных зондов с нуклеиновыми кислотами из образца осуществляют посредством лигирования.
6. Способ по любому из пп.1-5, где стадия e) дополнительно включает определение корреляции пространственного распределения молекул-мишеней нуклеиновой кислоты с изображением ROI или изображением образца ткани, на котором идентифицировали ROI, полученным до или после стадии b).
7. Способ по п.6, где способ дополнительно включает получение двухмерной пространственной карты для визуализации пространственного распределения молекул-мишеней нуклеиновой кислоты.
8. Способ по п.7, где способ дополнительно включает наложение двухмерной пространственной карты на изображение ROI или изображение образца ткани, на котором идентифицировали ROI, полученное до или после стадии b).
9. Способ по любому из пп.1-8, где по меньшей мере два разных вида олигонуклеотидных зондов связываются с одной молекулой-мишенью нуклеиновой кислоты на стадии b), и где уникальную комбинацию по меньшей мере двух разных видов олигонуклеотидных зондов используют для идентификации локализации молекул-мишеней нуклеиновой кислоты в ROI.
10. Способ по любому из пп.1-9, где по меньшей мере один вид олигонуклеотидных зондов, связывающихся с одной молекулой нуклеиновой кислоты, содержит генерическую последовательность, где, необязательно, генерическая последовательность комплементарна нуклеиновой кислоте-мишени.
11. Способ по любому из пп.1-10, где по меньшей мере один вид олигонуклеотидных зондов, связывающийся с одной молекулой нуклеиновой кислоты, содержит дополнительную последовательность, где дополнительная последовательность является последовательностью для очистки или последовательностью для выравнивания праймеров.
12. Способ по любому из пп.1-11, где заранее определенные участки определяют с помощью шаблона разделения.
13. Способ по п.12, где шаблон разделения является верхним шаблоном разделения, необязательно, напечатанным на образце, или полным шаблоном разделения, где шаблон разделения является решетчатым шаблоном разделения, шаблоном разделения произвольной формы или их комбинацией.
14. Способ по любому из пп.1-13, где на стадии b) олигонуклеотидные зонды наносят на заранее определенные участки с помощью технологии переноса жидкостей, предпочтительно, способами контактной печати или способами неконтактной печати, таким образом, что нанесенные олигонуклеотидные зонды из различных заранее определенных участков не перемешиваются.
15. Способ по любому из пп.1-14, где образец является гистопатологическим образцом, предпочтительно, депарафинизированным, фиксированным формалином, погруженным в парафин (FFPE) образцом, свежезамороженным (FF) образцом, или свежим образцом, или цитологическим образцом.
