Нуклеиново-кислотный зонд - RU2016112354A
Код документа: RU2016112354A
Формула
1. Зонд для изотермической амплификации нуклеиновой кислоты, содержащий последовательность олигонуклеотидного зонда, комплементарную области последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, причем упомянутая последовательность олигонуклеотидного зонда имеет только один флуорофор-лиганд, и данный лиганд связан с внутренним цитозиновым основанием, и где упомянутая последовательность олигонуклеотидного зонда не имеет терминатора на 3'-конце.
2. Зонд по п. 1, в котором цитозиновое основание, по существу, центрально расположено по длине олигонуклеотида, за исключением позиций 1-3 на 3'-конце и позиции 1 на 5'-конце.
3. Зонд по п. 1 или 2, в котором последовательность олигонуклеотидного зонда представляет собой ДНК-последовательность и последовательность-мишень нуклеиновой кислоты представляет собой ДНК-последовательность.
4. Зонд по п. 1 или 2, в котором флуорофор включает в себя любой один или более, выбранный из следующего: FAM, JOE, ТЕТ, HEX, TAMRA, ROX, ALEXA и АТТО.
5. Зонд по п. 4, в котором флуорофор представляет собой FAM, Joe или Alexa 546.
6. Зонд по любому из пп. 1, 2 или 5, включающий следующую последовательность:
5' Xn С * Xm 3' (SEQ ID NO. 1)
где n>1, m>3, X представляет собой нуклеотидное основание; и * представляет собой флуорофор.
7. Зонд по п. 6, в котором нуклеотидное основание выбрано из А, Т, С и G, n более чем от 1 до 20 или менее, более предпочтительно более чем от 1 до 10 или менее и m более, чем от 3 до 20 или менее, предпочтительно более чем от 3 до 10 или менее.
8. Зонд по любому из пп. 1, 2, 5 или 7, включающий одну или более из следующих последовательностей:
SEQ ID NO. 3: TAAGATAAC[C-FAM]CCGCACGTG (СТ PB1-FAM internal)
SEQ ID NO. 5: GCGAACATA[C-ALEXA546]CAGCTATGATCAA (GC porA7-joe loopF) или
SEQ ID NO. 6: ATGTTCA[C-JOE]CATGGCGGAG (GC glnA7-ALEXA546 loopB).
9. Зонд по любому из пп. 1, 2, 5 или 7, в котором нуклеиновая кислота-мишень происходит из микроорганизма, грибов, дрожжей или вирусов.
10. Зонд для петлевой изотермический амплификации по любому из пп. 1, 2, 5 или 7.
11. Способ обнаружения последовательности-мишени нуклеиновой кислоты в образце, включающий:
амплификацию нуклеиновой кислоты-мишени в образце, чтобы обеспечить амплифицированную нуклеиновую кислоту;
зондирование амплифицированной нуклеиновой кислоты с зондом по любому из предыдущих пп. 1-10; и
детектирование присутствия нуклеиновой кислоты-мишени, причем увеличение флуоресценции зонда указывает на присутствие нуклеиновой кислоты-мишени в образце.
12. Способ по п. 11, в котором нуклеиновая кислота-мишень происходит из микроорганизма, грибов, дрожжей или вирусов.
13. Способ по п. 11 или 12, в котором нуклеиновая кислота-мишень происходит из Chlamydia trachomatis или Neisseria gonorrhoeae.
14. Способ диагностики хламидийной и/или гонорейной инфекции у пациента, включающий
предоставление образца, полученного от пациента;
добавление одного или более зондов по любому из пунктов 1-10 к образцу; и
обнаружение присутствия нуклеиновой кислоты, происходящей из Chlamydia trachomatis и/или Neisseria gonorrhoeae, причем увеличение флуоресценции зонда указывает на наличие инфекции, вызванной Chlamydia trachomatis и/или Neisseria gonorrhoeae.
15. Способ по п. 14, в котором к образцу добавляют один тип зонда, специфичного для нуклеиновой кислоты либо из Chlamydia trachomatis, либо из Neisseria gonorrhoeae.
16. Способ по п. 14, в котором к образцу добавляют по меньшей мере два различных зонда, причем первый зонд помечен первой флуоресцентной меткой и является специфическим для зондирования нуклеиновой кислоты из Chlamydia trachomatis и второй зонд помечен флуоресцентной меткой, отличающейся от метки первого зонда, и является специфическим для зондирования нуклеиновой кислоты из Neisseria gonorrhoeae.
17. Способ по любому из пп. 11-16, в котором зонды предоставлены в буферной системе, содержащей дНТФ в концентрации от 1 до 10 мМ, одну или более солей в концентрации от 2 до 20 мМ, Трис-буфер рН 8,8 в концентрации от 10 до 100 мМ, трегалозу в концентрации от 10 до 100 мМ, BST-полимеразу в количестве от 1Е до 12Е и от 0,01% до 1% 1,2-пропандиола.
18. Способ по п. 17, в котором одна или более солей выбраны из группы, состоящей из KCl, (NH4)2SO4 и MgSO4.
19. Набор для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени, содержащий зонд по любому из пп. 1-10, реагентный буфер петлевой изотермической амплификации, фермент, дНТФ и один или более праймеров петлевой изотермической амплификации.
20. Набор по п. 19, дополнительно содержащий положительный и отрицательный контроль.
21. Набор по п. 19 или 20, в котором реагентный буфер содержит дНТФ в концентрации от 1 до 10 мМ, одну или более солей в концентрации от 2 до 20 мМ, Трис-буфер рН 8,8 в концентрации от 10 до 100 мМ, трегалозу в концентрации от 10 до 100 мМ, BST-полимеразу в количестве от 1Е до 12Е и от 0,01% до 1% 1,2-пропандиола.
22. Набор по п. 21, в котором одна или более солей выбраны из группы, состоящей из KCl, (NH4)2SO4 и MgSO4.
