4с - RU2008104024A

Реферат

1. Способ анализа частоты взаимодействия нуклеотидной последовательности-мишени с одной или несколькими представляющими интерес нуклеотидными последовательностями (например, одним или несколькими геномными локусами), включающий в себя стадии ! (a) получения образца поперечно сшитой ДНК; ! (b) расщепления поперечно сшитой ДНК первым ферментом рестрикции; ! (c) лигирования поперечно сшитых нуклеотидных последовательностей; ! (d) удаления поперечных сшивок; ! (e) расщепления нуклеотидных последовательностей вторым ферментом рестрикции; ! (f) лигирования одной или нескольких последовательностей ДНК с известным составом нуклеотидов с доступным сайтом (сайтами) расщепления вторым ферментом рестрикции, который фланкирует одну или несколько представляющих интерес нуклеотидных последовательностей; ! (g) амплификации одной или нескольких представляющих интерес нуклеотидных последовательностей с использованием по меньшей мере двух олигонуклеотидных праймеров, при этом каждый праймер гибридизуется с последовательностями ДНК, которые фланкируют представляющие интерес нуклеотидные последовательности; ! (h) гибридизации амплифицированной последовательности(ей) с чипом; и ! (i) определения частоты взаимодействия между последовательностями ДНК. ! 2. Способ по п.1, в котором реакция лигирования на стадии (f) приводит к образованию колец ДНК. ! 3. Способ по п.1 или 2, в котором нуклеотидная последовательность-мишень выбрана из группы, состоящей из области геномной перестройки, промотора, энхансера, сайленсера, инсулятора, области связывания с матриксом, регуляторной области локуса, транскрипционной единицы, начала репликации, гор