Способы и композиции для днк-профилирования - RU2016133987A
Код документа: RU2016133987A
Формула
1. Способ получения ДНК-профиля, включающий:
предоставление образца нуклеиновой кислоты,
амплификацию образца нуклеиновой кислоты со множеством праймеров, которые специфически гибридизуются по меньшей мере с одной последовательностью-мишенью, содержащей однонуклеотидный полиморфизм (SNP), и по меньшей мере с одной последовательностью-мишенью, содержащей тандемный повтор, в мультиплексной реакции с получением продуктов амплификации, и
определение генотипов по меньшей мере одного SNP и по меньшей мере одного тандемного повтора в продуктах амплификации, таким образом, получая ДНК-профиль образца нуклеиновой кислоты.
2. Способ по п. 1, включающий получение из продуктов амплификации библиотеки нуклеиновых кислот.
3. Способ по п. 2, включающий определение последовательностей библиотеки нуклеиновых кислот.
4. Способ по любому из пп. 1-3, где образец нуклеиновой кислоты получают у человека.
5. Способ по любому из пп. 1-3, где образец нуклеиновой кислоты получен из образца окружающей среды, растения, у не являющегося человеком животного, бактерии, архей, гриба или вируса.
6. Способ по любому из пп. 1-5, где по меньшей мере один SNP указывает на родственную или фенотипическую характеристику источника образца нуклеиновой кислоты.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где ДНК-профиль используют для одного или нескольких из диагностики или прогнозирования заболеваний, идентификации биомаркеров злокачественных опухолей, идентификация генетических аномалий или анализа генетического разнообразия.
8. Способ по любому из пп. 1-6, где ДНК-профиль используют для одного или нескольких из организации банков данных, криминалистики, работы по изучению материалов уголовных дел, определения родства или идентификации личности.
9. Способ по любому из пп. 1-8, где температура плавления каждого из множества праймеров является низкой и/или длина составляет по меньшей мере 24 нуклеотида.
10. Способ по п. 9, где температура плавления каждого из множества праймеров составляет менее 60°C.
11. Способ по п. 9, где температура плавления каждого из множества праймеров составляет приблизительно от 50°C до приблизительно 60°C.
12. Способ по любому из пп. 9-11, где длина каждого из множества праймеров составляет по меньшей мере 24 нуклеотида.
13. Способ по любому из пп. 9-11, где длина каждого из множества праймеров составляет приблизительно от 24 нуклеотидов до приблизительно 38 нуклеотидов.
14. Способ по любому из пп. 9-13, где каждый из множества праймеров содержит гомополимерную нуклеотидную последовательность.
15. Способ по любому из пп. 1-14, где образец нуклеиновой кислоты амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).
16. Способ по п. 15, где образец нуклеиновой кислоты амплифицируют в буфере для амплификации с концентрацией солей, которая увеличена по сравнению с концентрацией солей буфера для амплификации, используемого в сочетании с традиционно конструируемыми праймерами.
17. Способ по п. 16, где соль содержит KCl, LiCl, NaCl или их сочетание.
18. Способ по п. 16, где соль содержит KCl.
19. Способ по п. 18, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно от 100 мМ до приблизительно 200 мМ.
20. Способ по п. 18, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет менее чем приблизительно 150 мМ.
21. Способ по п. 18, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно 145 мМ.
22. Способ по любому из пп. 1-21, где SNP представляет собой SNP для установления родства, фенотипический SNP, идентификационный SNP или их сочетание.
23. Способ по любому из пп. 1-22, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 30 SNP.
24. Способ по любому из пп. 1-22, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 50 SNP.
25. Способ по любому из пп. 1-24, где тандемный повтор представляет собой короткий тандемный повтор (STR), промежуточный тандемный повтор (ITR) или их вариант.
26. Способ по любому из пп. 1-25, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 24 последовательностями тандемных повторов.
27. Способ по любому из пп. 1-25, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 60 последовательностями тандемных повторов.
28. Способ по любому из пп. 1-27, где образец нуклеиновой кислоты содержит приблизительно от 100 пг до приблизительно 100 пг ДНК.
29. Способ по любому из пп. 1-27, где образец нуклеиновой кислоты содержит приблизительно от 10 пг до приблизительно 100 пг ДНК.
30. Способ по любому из пп. 1-27, где образец нуклеиновой кислоты содержит приблизительно от 5 пг до приблизительно 10 пг ДНК.
31. Способ по любому из пп. 1-30, где образец нуклеиновой кислоты содержит геномную ДНК.
32. Способ по п. 31, где геномную ДНК получают из криминалистического образца.
33. Способ по п. 31 или 32, где геномная ДНК содержит деградированную ДНК.
34. Способ по любому из пп. 1-33, где определяют по меньшей мере 50% генотипов по меньшей мере одного SNP и по меньшей мере одного тандемного повтора.
35. Способ по любому из пп. 1-33, где определяют по меньшей мере 80% генотипов по меньшей мере одного SNP и по меньшей мере одного тандемного повтора.
36. Способ по любому из пп. 1-33, где определяют по меньшей мере 90% генотипов по меньшей мере одного SNP и по меньшей мере одного тандемного повтора.
37. Способ по любому из пп. 1-33, где определяют по меньшей мере 95% генотипов по меньшей мере одного SNP и по меньшей мере одного тандемного повтора.
38. Способ по любому из пп. 1-37, где каждый из множества праймеров содержит одну или несколько последовательностей-меток.
39. Способ по п. 38, где одна или несколько последовательностей-меток содержат метку-праймер, метку для захвата, метку для секвенирования, метку уникального молекулярного идентификатора или их сочетание.
40. Способ по п. 38, где одна или несколько последовательностей-меток содержат метку-праймер.
41. Способ по п. 38, где одна или несколько последовательностей-меток содержат метку уникального молекулярного идентификатора.
42. Способ построения библиотеки нуклеиновых кислот, включающий:
предоставление образца нуклеиновой кислоты, и
амплификацию образца нуклеиновой кислоты со множеством праймеров, которые специфически гибридизуются по меньшей мере с одной последовательностью-мишенью, содержащей однонуклеотидный полиморфизм (SNP), и по меньшей мере с одной последовательностью-мишенью, содержащей последовательность тандемных повторов, в мультиплексной реакции с получением продуктов амплификации.
43. Способ по п. 42, где образец нуклеиновой кислоты перед амплификацией не фрагментирован.
44. Способ по п. 42 или 43, где последовательности-мишени перед амплификацией не обогащены.
45. Способ по любому из пп. 42-44, где по меньшей мере один SNP указывает на родственную или фенотипическую характеристику источника образца нуклеиновой кислоты.
46. Способ по любому из пп. 42-45, где каждый из множества праймеров содержит одну или несколько последовательностей-меток.
47. Способ по п. 46, где одна или несколько последовательностей-меток содержат метку-праймер, метку для захвата, метку для секвенирования или метку уникального молекулярного идентификатора или их сочетание.
48. Способ по любому из пп. 42-47, включающий амплификацию продуктов амплификации со вторым множеством праймеров.
49. Способ по п. 48, где каждый из второго множества праймеров содержит часть, соответствующую метке-праймеру из множества праймеров и одной или нескольким последовательностям-меткам.
50. Способ по п. 49, где одна или несколько последовательностей-меток из второго множества праймеров содержат метку для захвата, или метку для секвенирования, или их сочетание.
51. Способ по любому из пп. 48-50, включающий добавление к продуктам амплификации связывающего одноцепочечные ДНК белка (SSB).
52. Способ по любому из пп. 42-51, где образец нуклеиновой кислоты и/или продукты амплификации амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).
53. Способ по п. 52, где образец нуклеиновой кислоты и/или продукты амплификации амплифицируют в буфере для амплификации с концентрацией солей, которая увеличена по сравнению с концентрацией солей буфера для амплификации, используемого в сочетании с традиционно конструируемыми праймерами.
54. Способ по п. 53, где соль содержит KCl, LiCl, NaCl или их сочетание.
55. Способ по п. 53, где соль содержит KCl.
56. Способ по п. 55, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно от 100 мМ до приблизительно 200 мМ.
57. Способ по п. 55, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет менее чем приблизительно 150 мМ.
58. Способ по п. 55, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно 145 мМ.
59. Библиотека нуклеиновых кислот, построенная способом по любому из пп. 42-58.
60. Библиотека нуклеиновых кислот, содержащая множество молекул нуклеиновых кислот, где множество молекул нуклеиновых кислот содержит по меньшей мере одну последовательность тандемных повторов, фланкированную первой парой последовательностей-меток, и по меньшей мере одну последовательность однонуклеотидного полиморфизма (SNP), фланкированную второй парой последовательностей-меток.
61. Способ по п. 60, где по меньшей мере один SNP указывает на родственную или фенотипическую характеристику источника множества молекул нуклеиновых кислот.
62. Множество праймеров, которые в образце нуклеиновой кислоты специфически гибридизуются по меньшей мере с одной короткой последовательностью-мишенью и по меньшей мере с одной длинной последовательностью-мишенью, где амплификация образца нуклеиновой кислоты с использованием множества праймеров в одной мультиплексной реакции приводит по меньшей мере к одному короткому продукту амплификации и по меньшей мере к одному длинному продукту амплификации, где каждый из множества праймеров содержит одну или несколько последовательностей-меток.
63. Множество праймеров по п. 62, где короткая последовательность-мишень содержит однонуклеотидный полиморфизм (SNP), а длинная последовательность-мишень содержит тандемный повтор.
64. Множество праймеров по п. 62 или 63, где одна или несколько последовательностей-меток содержат метку-праймер, метку для захвата, метку для секвенирования, метку уникального молекулярного идентификатора или их сочетание.
65. Множество праймеров по любому из пп. 62-64, где температура плавления каждого из множества праймеров является низкой и/или длина составляет по меньшей мере 24 нуклеотида.
66. Множество праймеров по п. 65, где температура плавления каждого из множества праймеров составляет менее 60°C.
67. Множество праймеров по п. 65, где температура плавления каждого из множества праймеров составляет приблизительно от 50°C до приблизительно 60°C.
68. Множество праймеров по любому из пп. 65-67, где длина каждого из множества праймеров составляет по меньшей мере 24 нуклеотида.
69. Множество праймеров по любому из пп. 65-67, где длина каждого из множества праймеров составляет приблизительно от 24 нуклеотидов до приблизительно 38 нуклеотидов.
70. Множество праймеров по любому из пп. 65-69, где каждый из множества праймеров содержит гомополимерную нуклеотидную последовательность.
71. Множество праймеров по любому из пп. 62-70, где образец нуклеиновой кислоты амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР).
72. Множество праймеров по любому из пп. 63-71, где SNP представляет собой SNP для установления родства, фенотипический SNP, идентификационный SNP или их сочетание.
73. Множество праймеров по любому из пп. 62-72, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 30 SNP.
74. Множество праймеров по любому из пп. 62-72, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 50 SNP.
75. Множество праймеров по любому из пп. 63-74, где тандемный повтор представляет собой короткий тандемный повтор (STR), промежуточный тандемный повтор (ITR) или их вариант.
76. Множество праймеров по любому из пп. 62-75, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 24 последовательностями тандемных повторов.
77. Множество праймеров по любому из пп. 62-75, где множество праймеров специфически гибридизуется по меньшей мере с 60 последовательностями тандемных повторов.
78. Набор, содержащий по меньшей мере одно контейнерное средство, где по меньшей мере одно контейнерное средство содержит множество праймеров по любому из пп. 62-77.
79. Набор по п. 78, дополнительно содержащий реагент для реакции амплификации.
80. Набор по п. 79, где реагент представляет собой буфер для амплификации для полимеразной цепной реакции (ПЦР).
81. Набор по п. 80, где буфер для амплификации содержит соли в концентрации, которая увеличена по сравнению с концентрацией солей буфера для амплификации, используемого в сочетании с традиционно конструируемыми праймерами.
82. Набор по п. 81, где соль содержит KCl, LiCl, NaCl или их сочетание.
83. Набор по п. 81, где соль содержит KCl.
84. Набор по п. 83, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно от 100 мМ до приблизительно 200 мМ.
85. Набор по п. 83, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет менее чем приблизительно 150 мМ.
86. Набор по п. 83, где концентрация KCl в буфере для амплификации составляет приблизительно 145 мМ.
