Аптамеры, содержащие последовательности нуклеиновых кислот или аналогов нуклеиновых кислот, связанные гомологично, или в новых комплексах - RU2004112533A

Реферат

1. Способ связывания лиганда, предусматривающий:

обеспечение аптамера, содержащего, по меньшей мере, две параллельные или антипараллельные гетерополимерные содержащие нуклеиновые основания последовательности, связанные вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику или взаимодействием гомологичных оснований, где: (а) где указанный аптамер содержит дуплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику с параллельной направленностью, (b) указанный аптамер содержит дуплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью; (с) указанный аптамер содержит триплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику с параллельной или антипараллельной направленностью; (d) указанный аптамер содержит триплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью; (е) указанный аптамер содержит квадруплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику с параллельной или антипараллельной направленностью или (f) указанный аптамер содержит квадруплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью; и

контактирование указанного аптамера с указанным лигандом для связывания указанного лиганда с указанным аптамером путем взаимодействия иного, чем спаривание нуклеинового основания с нуклеиновым основанием по Уотсону-Крику.

2. Способ по п.1, в котором указанное обеспечение включает помещение указанного аптамера в раствор, на твердый носитель, in vitro, in vivo или in silico.

3. Способ по п.1, в котором указанное обеспечение включает введение указанного аптамера организму.

4. Способ по п.3, в котором указанный аптамер вводят в количестве, эффективном для изменения биологической активности указанного лиганда.

5. Способ по п.3, в котором указанный аптамер метят и вводят в количестве, эффективном для обнаружения указанного лиганда или указанного лиганда и второго лиганда, связанного с указанным лигандом.

6. Способ по п.1, в котором указанное обеспечение включает помещение указанного аптамера в тест-среду и детектирование присутствия или отсутствия указанного лиганда в указанной тест-среде.

7. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит дуплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику с параллельной направленностью.

8. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит дуплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью.

9. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит триплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований по Уотсону-Крику с параллельной или антипараллельной направленностью.

10. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит триплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью.

11. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит квадруплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием комплементарных оснований Уотсона-Крика с параллельной или антипараллельной направленностью.

12. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанный аптамер содержит квадруплекс и указанные, по меньшей мере, две последовательности связаны вместе взаимодействием гомологичных оснований с параллельной или антипараллельной направленностью.

13. Способ по п.1, в котором указанный лиганд включает белок или пептид.

14. Способ по п.1, в котором указанный лиганд не содержит нуклеиновых оснований.

15. Способ по п.1, в котором некоторые нуклеиновые основания в указанных, по меньшей мере, двух последовательностях не являются спаренными.

16. Способ по п.1, в котором указанные, по меньшей мере, две последовательности содержатся, по меньшей мере, в двух цепях нуклеиновых кислот, которые являются перекрестно сшитыми.

17. Способ по п.1, в котором указанный аптамер является аптазимом и способ дополнительно включает катализ реакции, в которой участвует указанный лиганд.

18. Способ по п.17, в котором указанный лиганд содержит, по меньшей мере, один элемент из аминокислотной последовательности, последовательности нуклеиновой кислоты, углевода и липида.