Композиции, содержащие куроны, и пути их применения - RU2020100074A

1. Синтетический курон, содержащий:

(i) генетический элемент, содержащий промоторный элемент и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую экзогенный эффектор, а также последовательность связывания белка, где генетический элемент содержит одну или обе из:

(a) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к нуклеотидной последовательности консервативного домена 5'-UTRанелловируса из нуклеотидов 323-393 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11, или

(b) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к GC-богатой областианелловируса из нуклеотидов 2868-2929 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11;

и

(ii) белковую наружную часть; где генетический элемент заключен в белковую наружную часть; и

где синтетический курон способен доставлять генетический элемент в эукариотическую клетку.

2. Синтетический курон по п. 1, где генетический элемент является однонитевым.

3. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент представляет собой ДНК.

4. Синтетический курон по п. 3, где генетический элемент представляет собой отрицательную нить ДНК.

5. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент интегрируется с частотой менее 10%, 8%, 6%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5%, 0,2%, 0,1% относительно куронов, которые проникают в клетку, например, где синтетический курон является неинтегрирующим.

6. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент содержит последовательность из консенсусной последовательности нуклеиновой кислоты 5'-UTR, показанной в таблице 16-1.

7. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент содержит последовательность консенсусной GC-богатой области, показанной в таблице 16-2.

8. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент содержит последовательность, имеющую длину по меньшей мере 100 нуклеотидов, которая состоит из G или C в по меньшей мере 70% (например, приблизительно 70-100%, 75-95%, 80-95%, 85-95% или 85-90%) положений.

9. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к нуклеотидной последовательности консервативного домена 5'-UTRанелловируса из нуклеотидов 1-393 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11, и последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к GC-богатой области анелловирусаиз нуклеотидов 2868-2929 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11.

10. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент обладает по меньшей мере 75% идентичностью по отношению к нуклеотидной последовательности из таблицы 11.

11. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где промоторный элемент является экзогенным по отношению к анелловирусудикого типа.

12. Синтетический курон по любому из пп. 1-10, где промоторный элемент является эндогенным по отношению к анелловирусудикого типа.

13. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где экзогенный эффектор кодирует терапевтическое средство, например, терапевтический пептид или полипептид или терапевтическую нуклеиновую кислоту.

14. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где экзогенный эффектор содержит регуляторную нуклеиновую кислоту, например, miRNA, siRNA, мРНК, lncRNA, РНК, ДНК, антисмысловую РНК, gRNA; флуоресцентную метку или маркер, антиген, пептид, синтетический пептид или пептид-аналог природного биологически активного пептида, пептид-агонист или пептид-антагонист, противомикробный пептид, порообразующий пептид, бициклический пептид, целенаправленно воздействующий или цитотоксический пептид, пептид, индуцирующий разрушение или самоуничтожение, малую молекулу, иммунный эффектор (например, влияющий на восприимчивость к иммунному ответу/сигналу), белок клеточной гибели (например, индуктор апоптоза или некроза), нелитический ингибитор опухоли (например, ингибитор онкобелка), эпигенетическое модифицирующее средство, эпигенетический фермент, фактор транскрипции, фермент, модифицирующий ДНК или белок, ДНК-интеркалирующее средство, ингибитор эффлюксного насоса, активатор или ингибитор ядерных рецепторов, ингибитор протеасом, конкурентный ингибитор фермента, эффектор или ингибитор синтеза белка, нуклеазу, фрагмент или домен белка, лиганд, антитело, рецептор или систему или компонент CRISPR.

15. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где экзогенный эффектор содержит miRNA и снижает экспрессию гена хозяина.

16. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где экзогенный эффектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую длину приблизительно 20-200, 30-180, 40-160, 50-140 или 60-120 нуклеотидов.

17. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая экзогенный эффектор, имеет длину приблизительно 20-200, 30-180, 40-160, 50-140 или 60-120 нуклеотидов.

18. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где последовательность, кодирующая экзогенный эффектор, находится в одном или нескольких, в пределах одного или нескольких или рядом с одним или несколькими (например, в 5'- или 3'-направлении от них) из локуса ORF1, например, на C-конце локуса ORF1, или 3'-некодирующей области, расположенной ниже области поли(A).

19. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где последовательность, кодирующая экзогенный эффектор, расположена между областью поли(A) и GC-богатой областью генетического элемента.

20. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, который содержит (например, в белковой наружной части) одну или несколько из аминокислотной последовательности, выбранной из ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF1, ORF1/1 или ORF1/2 из таблицы 12, или аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к ней.

21. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где части генетического элемента без учета эффектора имеют совокупный размер приблизительно 2,5-5 т. о. (например, приблизительно 2,8-4 т. о., приблизительно 2,8-3,2 т. о., приблизительно 3,6-3,9 т. о. или приблизительно 2,8-2,9 т. о.), менее чем приблизительно 5 т. о. (например, менее чем приблизительно 2,9 т. о., 3,2 т. о., 3,6 т. о., 3,9 т. о. или 4 т. о.) или по меньшей мере 100 нуклеотидов (например, по меньшей мере 1 т. о.).

22. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где синтетический курон не содержит липидный бислой.

23. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где синтетический курон способен инфицировать клетки млекопитающих, например, клетки человека, например, иммунные клетки, клетки печени или клетки легочного эпителия.

24. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где генетический элемент способен реплицироваться, например, способен образовывать по меньшей мере 10², 2×10², 5×10²,10³, 2×10³, 5×10³или 10⁴ геномных эквивалентов генетического элемента на клетку, например, согласно измерению с помощью анализа по методу количественной ПЦР.

25. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, который является по сути непатогенным, например, не индуцирует выявляемый пагубный симптом у субъекта (например, повышенную клеточную гибель или токсичность, например, по сравнению с субъектом, не подвергающимся воздействию курона).

26. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, который является по сути неиммуногенным, например, не индуцирует выявляемый и/или нежелательный иммунный ответ, например, выявляемый в соответствии со способом, описанным в примере 4.

27. Синтетический курон по п. 26, где по сути неиммуногенный курон характеризуется эффективностью у субъекта, которая составляет по меньшей мере приблизительно 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% или 100% от эффективности у эталонного субъекта, не имеющего иммунного ответа.

28. Синтетический курон по п. 26 или 27, где иммунный ответ включает в себя одно или несколько из выработки антитела, специфичного к курону; клеточного ответа (например, ответа, опосредованного иммунными эффекторными клетками (например, T-клетками или NK-клетками)) на курон или клетки, содержащие курон; или поглощения макрофагами курона или клеток, содержащих курон.

29. Синтетический курон по любому из предыдущих пунктов, где популяция из по меньшей мере 1000 синтетических куронов способна доставлять по меньшей мере 100 копий генетического элемента в одну или несколько эукариотических клеток.

30. Синтетический курон, содержащий:

(i) генетический элемент, содержащий промоторный элемент и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую экзогенный эффектор, а также последовательность связывания белка, где генетический элемент содержит одну или обе из:

(a) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к консервативному домену 5'-UTRанелловируса с последовательностью нуклеиновой кислоты из таблицы 1, 3, 5, 7, 9 или 13; или

(b) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к GC-богатой областианелловируса с последовательностью нуклеиновой кислоты из таблицы 1, 3, 5, 7, 9 или 13;

и

(ii) белковую наружную часть; где генетический элемент заключен в белковую наружную часть; и

где синтетический курон способен доставлять генетический элемент в эукариотическую клетку.

31. Синтетический курон по п. 30, который содержит (например, в белковой наружной части) одну или несколько из аминокислотной последовательности, выбранной из ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3, ORF1, ORF1/1 или ORF1/2 из любой из таблиц 2, 4, 6, 8, 10 или 14, или аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к ней.

32. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая промоторный элемент и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую экзогенный эффектор, а также последовательность связывания белка, где генетический элемент содержит одну или обе из:

(a) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к нуклеотидной последовательности консервативного домена 5'-UTRанелловируса из нуклеотидов 323-393 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11, или

(b) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к GC-богатой областианелловируса из нуклеотидов 2868-2929 последовательности нуклеиновой кислоты из таблицы 11.

33. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая промоторный элемент и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую экзогенный эффектор, а также последовательность связывания белка, где генетический элемент содержит одну или обе из:

(a) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к нуклеотидной последовательности консервативного домена 5'-UTRанелловируса с последовательностью нуклеиновой кислоты из таблицы 1, 3, 5, 7 или 13, или

(b) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к GC-богатой областианелловируса с последовательностью нуклеиновой кислоты из таблицы 1, 3, 5, 7 или 13.

34. Фармацевтическая композиция, содержащая синтетический курон по любому из пп. 1-31 и фармацевтически приемлемый носитель или наполнитель.

35. Фармацевтическая композиция по п. 34, которая содержит по меньшей мере 10³, 10⁴, 10⁵, 10⁶, 10⁷, 10⁸ или 10⁹ синтетических куронов.

36. Реакционная смесь, содержащая синтетический курон по любому из пп. 1-31 и вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую одну или несколько из аминокислотной последовательности, выбранной из ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF1, ORF1/1 или ORF1/2 из таблицы 12, или аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к ней.

37. Реакционная смесь, содержащая синтетический курон по любому из пп. 1-31 и вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую одну или несколько из аминокислотной последовательности, выбранной из ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3, ORF1, ORF1/1 или ORF1/2 из любой из таблиц 2, 4, 6, 8, 10 или 14, или аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 85% идентичностью последовательности по отношению к ней.

38. Реакционная смесь по п. 36 или 37, где вторая последовательность нуклеиновой кислоты является частью генетического элемента.

39. Реакционная смесь по п. 36 или 37, где вторая последовательность нуклеиновой кислоты не является частью генетического элемента, например, вторая последовательность нуклеиновой кислоты содержится в клетке-помощнике или вирусе-помощнике.

40. Применение синтетического курона по любому из пп. 1-31 или фармацевтической композиции по любому из пп. 34-35 для доставки генетического элемента в клетку-хозяина.

41. Применение синтетического курона по любому из пп. 1-31 или фармацевтической композиции по любому из пп. 34-35 для лечения заболевания или нарушения у субъекта.

42. Применение по п. 41, где заболевание или нарушение выбрано из иммунного нарушения, интерферонопатий (например, интерферонопатии I типа), инфекционного заболевания, воспалительного нарушения, аутоиммунного состояния, рака (например, солидной опухоли, например, рака легкого) и желудочно-кишечного нарушения.

43. Синтетический курон по любому из пп. 1-31 или фармацевтическая композиция по любому из пп. 34-35 для применения в лечении заболевания или нарушения у субъекта.

44. Способ лечения заболевания или нарушения у субъекта, при этом способ включает введение субъекту синтетического курона по любому из пп. 1-31 или фармацевтической композиции по любому из пп. 34-35, где заболевание или нарушение выбрано из иммунного нарушения, интерферонопатии (например, интерферонопатии I типа), инфекционного заболевания, воспалительного нарушения, аутоиммунного состояния, рака (например, солидной опухоли, например, рака легкого) и желудочно-кишечного нарушения.

45. Способ изготовления композиции на основе синтетического курона, включающий:

a) получение множества синтетических куронов по пп. 1-31 или композиции или фармацевтической композиции по любому из пп. 34-35;

b) необязательно оценивание множества в отношении одного или нескольких из загрязнителя, описанного в данном документе, измеренного значения оптической плотности (например, OD 260), количества частиц (например, с помощью HPLC), инфекционности (например, соотношения частицы:инфекционные единицы); и

c) составление множества синтетических куронов, например, в виде фармацевтической композиции, подходящей для введения субъекту, например, если один или несколько параметров из (b) соответствуют указанному пороговому значению.