Инкапсулированные полинуклеотиды и способы их применения - RU2020106730A
Код документа: RU2020106730A
Формула
1. Липидная наночастица (LNP - lipid nanoparticle), содержащая молекулу рекомбинантной ДНК, содержащую полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном, при этом указанная полинуклеотидная последовательность функционально связана с промоторной последовательностью, способной связывать РНК-полимеразу II (Pol II) млекопитающих и фланкирована 3'-рибозим-кодирующей последовательностью и 5'-рибозим-кодирующей последовательностью,
при этом указанный полинуклеотид, кодирующий указанный репликационно компетентный вирусный геном, является невирусным по происхождению.
2. LNP по п. 1, отличающаяся тем, что указанный репликационно компетентный вирусный геном представляет собой одноцепочечный РНК(оцРНК)-вирус.
3. LNP по п. 1, отличающаяся тем, что указанный репликационно компетентный вирусный геном представляет собой одноцепочечный РНК(оцРНК)-вирус и представляет собой оцРНК вирус с положительной смысловой цепью ((+) - смысловая цепь) или с отрицательной смысловой цепью ((-) - смысловая цепь).
4. LNP по п. 3, отличающаяся тем, что указанный репликационно компетентный вирусный геном представляет собой оцРНК-вирус с (+) смысловой цепью и указанный оцРНК-вирус с (+) смысловой цепью представляет собой пикорнавирус.
5. LNP по п. 4, отличающаяся тем, что пикорнавирус представляет собой вирус долины Сенека (SVV - Seneca Valley Virus) или вирус Коксаки.
6. LNP по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что контакт указанной LNP с клеткой приводит к продуцированию клеткой вирусных частиц, и при этом вирусные частицы являются инфекционными и литическими.
7. LNP по любому из пп. 1-6, отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК дополнительно содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую экзогенный доставляемый (payload) белок.
8. LNP по п. 7, отличающаяся тем, что указанный экзогенный доставляемый белок представляет собой флуоресцентный белок, ферментативный белок, цитокин, хемокин или антигенсвязывающую молекулу, способную связываться с рецептором клеточной поверхности.
9. LNP по п. 8, отличающаяся тем, что указанный цитокин выбран из лиганда Flt3 и ИЛ-18.
10. LNP по п. 8, отличающаяся тем, что указанный хемокин выбран из CXCL10 и CCL4.
11. LNP по п. 8, отличающаяся тем, что указанная антигенсвязывающая молекула способна связываться и ингибировать рецептор иммунной контрольной точки.
12. LNP по п. 11, отличающаяся тем, что указанным рецептором иммунной контрольной точки является PD1.
13. LNP по любому из пп. 1-12, отличающаяся тем, что кассета целевой последовательности микро РНК (микроРНК) (miR-TS) вставлена в последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном, при этом указанная кассета miR-TS содержит один или большее количество целевых последовательностей для микроРНК, и при этом экспрессия одной или большего количества соответствующих микроРНК в клетке ингибирует репликацию указанного репликационно компетентного вирусного генома в указанной клетке.
14. LNP по п. 13, отличающаяся тем, что указанные одну или большее количество микроРНК выбирают из miR-124, miR-1, miR-143, miR-128, miR-219, miR-219a, miR-122, miR-204, miR-217, miR-137 и miR-126.
15. LNP по п. 14, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-124, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-1 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-143.
16. LNP по п. 14, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219a и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-122.
17. LNP по п. 14, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-204 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219.
18. LNP по п. 14, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-217, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-137 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-126.
19. LNP по пп. 1-18 отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК представляет собой плазмиду, содержащую полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном.
20. LNP по любому из пп. 1-19, отличающаяся тем, что LNP включает катионный липид, холестерин и нейтральный липид.
21. LNP по п. 20, отличающаяся тем, что указанный катионный липид представляет собой 1,2-диолеоил-3-триметиламмонийпропан (DOTAP - 1,2-dioleoyl-3-trimethylammonium-propane), и отличающаяся тем, что нейтральный липид представляет собой 1,2-дилауроил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DLPE - 1,2-Dilauroyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine) или 1,2-диолеоил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DOPE - 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine).
22. LNP по п. 20 или 21, дополнительно содержащая конъюгат фосфолипид-полимер, при этом указанный конъюгат фосфолипид-полимер представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин-поли(этиленгликоль) (DSPE-PEG - 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-Poly(ethylene glycol)) или 1, 2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин-N-[амино (полиэтиленгликоль)] (DSPE-PEG-амин).
23. LNP по любому из пп. 1-22, отличающаяся тем, что гиалуронан конъюгирован с поверхностью LNP.
24. Терапевтическая композиция, содержащая множество липидных наночастиц по любому из пп. 1-23, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний размер от около 150 нм до около 500 нм.
25. Терапевтическая композиция по п. 24, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеет средний размер от около 200 нм до около 500 нм, от около 300 нм до около 500 нм, от около 350 нм до около 500 нм, от около 400 нм до около 500 нм, от около 425 до около 500 нм, от около 450 до около 500 нм или от около 475 до около 500 нм.
26. Терапевтическая композиция по п. 24 или 25, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний дзета-потенциал менее чем около -20 мВ, менее чем около -30 мВ, менее чем около 35 мВ или менее чем около -40 мВ.
27. Терапевтическая композиция по п. 26, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний дзета-потенциал от около -50 мВ до около -20 мВ, от около -40 мВ до около -20 мВ или от около -30 мВ до около -20 мВ.
28. Терапевтическая композиция по п. 26 или 27, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний дзета-потенциал около -30 мВ, около -31 мВ, около -32 мВ, около -33 мВ, около -34 мВ, около -35 мВ. около -36 мВ, около -37 мВ, около -38 мВ, около -39 мВ или около -40 мВ.
29. Терапевтическая композиция по пп. 24-28, отличающаяся тем, что введение терапевтической композиции субъекту доставляет указанный рекомбинантный полинуклеотид ДНК в клетку-мишень субъекта, и при этом указнный рекомбинантный полинуклеотид ДНК продуцирует инфекционный вирус, способный лизировать клетку-мишень субъекта.
30. Терапевтическая композиция по п. 29, отличающаяся тем, что указанная композиция доставляется внутривенно или внутриопухолево.
31. Терапевтическая композиция по п. 29, отличающаяся тем, что указанной клеткой-мишенью является раковая клетка.
32. Способ ингибирования роста раковой опухоли у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение терапевтической композиции по любому из пп. 24-31 субъекту, нуждающемуся в этом, при этом введение указанной композиции ингибирует рост опухоли.
33. Способ по п. 32, в котором введение является внутриопухолевым или внутривенным.
34. Способ по п. 32 или 33, в котором рак представляет собой рак легкого или рак печени.
35. Молекула рекомбинантной ДНК, содержащая полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном, при этом указанная полинуклеотидная последовательность функционально связана с промоторной последовательностью, способной связывать РНК-полимеразу II (Pol II) млекопитающих, и фланкирована 3' рибозим-кодирующей последовательностью и 5'-рибозим-кодирующей последовательностью,
при этом указанный полинуклеотид, кодирующий репликационно компетентный вирусный геном, является невирусным по происхождению.
36. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 35, отличающаяся тем, что кодируемый вирус представляет собой одноцепочечный РНК(оцРНК)-вирус.
37. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 36, отличающаяся тем, что оцРНК-вирус представляет собой оцРНК-вирус с положительной смысловой цепью ((+) - смысловая цепь) или вирус с отрицательной смысловой цепью ((-) - смысловая цепь).
38. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 37, отличающаяся тем, что оцРНК-вирус с (+) смысловой цепью представляет собой пикорнавирус.
39. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 38, отличающаяся тем, что пикорнавирус представляет собой вирус долины Сенека (SVV) или вирус Коксаки.
40. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 35-39, отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК способна продуцировать инфекционный литический вирус при введении в клетку невирусным средством доставки.
41. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 35-39, отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК дополнительно содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую экзогенный доставляемый белок.
42. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 41, отличающаяся тем, что указанный экзогенный доставляемый белок представляет собой флуоресцентный белок, ферментативный белок, цитокин, хемокин, лиганд для рецептора на поверхности клетки или антигенсвязывающую молекулу, способную связываться с рецептором на поверхности клетки.
43. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 42, отличающаяся тем, что указанный цитокин представляет собой ИЛ-18.
44. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 42, отличающаяся тем, что лигандом для рецептора на клеточной поверхности является лиганд Flt3.
45. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 42, отличающаяся тем, что хемокин выбран из CXCL10 и CCL4.
46. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 42, отличающаяся тем, что антигенсвязывающая молекула способна связываться и ингибировать рецептор иммунной контрольной точки.
47. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 46, отличающаяся тем, что рецептором иммунной контрольной точки является PD1.
48. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 35-47, отличающаяся тем, что кассета целевой последовательности РНК (микроРНК) (miR-TS) вставлена в последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном, при этом указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество целевых последовательностей микроРНК, и при этом экспрессия одной или большего количества соответствующих микроРНК в клетке ингибирует репликацию указанного кодируемого вируса в указанной клетке.
49. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 48, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество микроРНК выбраны из miR-124, miR-1, miR-143, miR-128, miR-219, miR-219a, miR-122, miR-204, miR. -217, miR-137 и miR-126.
50. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 49, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-124, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-1 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-143.
51. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 49, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219a и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-122.
52. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 49, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-204 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219.
53. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 49, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-217, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-137 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-126.
54. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 35-53, отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК представляет собой плазмиду или NanoV, содержащие полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном.
55. Молекула рекомбинантной ДНК, содержащая полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно компетентный вирусный геном,
при этом указанная полинуклеотидная последовательность, кодирующая репликационно компетентный вирус, имеет невирусное происхождение, и
при этом указанная молекула рекомбинантной ДНК способна продуцировать репликационно компетентный вирус при введении в клетку невирусным средством доставки.
56. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный репликационно компетентный вирусный геном представляет собой геном ДНК-вируса или геном РНК-вируса.
57. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 56, отличающаяся тем, что указанные ДНК-геном или РНК-геном представляют собой двухцепочечный или одноцепочечный вирус.
58. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 57, отличающаяся тем, что указанный одноцепочечный геном представляет собой геном с положительной смысловой цепью ((+) - смысловая цепь) или с отрицательной смысловой цепью ((-) - смысловая цепь).
59. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку млекопитающего.
60. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 59, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку млекопитающего, присутствующую у субъекта-млекопитающего.
61. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный репликационно компетентный вирус выбран из группы, состоящей из аденовируса, вируса Коксаки, вируса полиомиелита, вируса долины Сенека, вируса лошадиного герпеса, вируса простого герпеса типа 1 (HSV-1 - herpes simplex virus type 1), вируса ласса, вируса лейкоза мышей, вируса гриппа A, вируса гриппа B, вируса болезни Ньюкасла, вируса кори, парвовируса, реовируса, вируса Синдбис, вируса коровьей оспы, вируса миксомы, вируса везикулярного стоматита (VSV - vesicular stomatitis virus), вируса мараба.
62. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 55-61, дополнительно содержащая одну или большее количество кассет целевой последовательности микроРНК (микроРНК) (miR-TS), вставленных в полинуклеотид, кодирующий репликационно компетентный вирусный геном, при этом указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество целевых последовательностей микроРНК, и при этом экспрессия одной или большего количества соответствующих микроРНК в клетке ингибирует репликацию указанного кодируемого вируса в указанной клетке.
63. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 62, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество кассет miR-TS включены в 5'-нетранслируемую область (UTR - untranslated region) или 3'-UTR одного или большего количества существенных вирусных генов.
64. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 63, отличающаяся тем, что один или большее количество существенных вирусных генов выбраны из группы, состоящей из UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20. UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL50, UL52, UL53, UL54, US1, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US12, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, PB, F, B5R, SERO-1, Cap, Rev, VP1-4, нуклеопротеина (N), фосфопротеина (P), матриксного белка (M), гликопротеина (G), полимеразы (L), E1, E2, E3, E3, VP1, VP2, VP3, VP4, 2A, 2B, 2C, 3A, 3B, 3C и 3D.
65. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 62, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество кассет miR-TS включены в 5'-нетранслируемую область (UTR) или 3'-UTR одного или большего количества несущественных генов.
66. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 55-65, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид вставлен в вектор нуклеиновой кислоты, выбранный из репликона, плазмиды, космиды, фагемиды, транспозона, бактериальной искусственной хромосомы, дрожжевой искусственной хромосомы или концево-замкнутой линейной дуплексной молекулы ДНК онколитического вируса (Ov).
67. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид представляет собой полинуклеотид ДНК и дополнительно содержит первый инвертированный концевой повтор (ITR - inverted terminal repeat), полученный из AAV, на 5'-конце последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей репликационно компетентный вирусный геном, и второй ITR, полученный из AAV, на 3'-конце последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей репликационно компетентный вирусный геном.
68. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид представляет собой полинуклеотид ДНК и дополнительно содержит последовательность, кодирующую первый рибозим, непосредственно с 3' стороны последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей репликационно компетентный вирусный геном, и последовательность, кодирующую второй рибозим, непосредственно с 5' стороны последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей репликационно компетентный вирусный геном.
69. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 68, отличающаяся тем, что указанные первая и вторая последовательности, кодирующие рибозим, кодируют рибозим хаммерхэд (Hammerhead) или рибозим вируса гепатита-дельта.
70. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанная промоторная последовательность способна связывать эукариотическую РНК-полимеразу.
71. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанная промоторная последовательность способна связывать РНК-полимеразу млекопитающего.
72. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид представляет собой полинуклеотид ДНК и указанная полимераза млекопитающего управляет транскрипцией инфекционного, репликационно компетентного РНК-вируса.
73. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид представляет собой полинуклеотид ДНК, а полимераза млекопитающего управляет транскрипцией инфекционного, репликационно компетентного ДНК-вируса.
74. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 55, отличающаяся тем, что указанная промоторная последовательность селективно управляет транскрипцией указанного полинуклеотида в раковой клетке.
75. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 55-74, отличающаяся тем, что указанная промоторная последовательность является производным гена, выбранного из группы, состоящей из hTERT, HE4, CEA, OC, ARF, CgA, GRP78, CXCR4, HMGB2, INSM1, мезотелина, OPN, RAD51, TETP, H19, uPAR, ERBB2, MUC1, Frz1 или IGF2-P4.
76. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 55-75, дополнительно содержащая последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую доставляемую молекулу, выбранную из группы, состоящей из цитотоксического полипептида, цитокина, хемокина, антигенсвязывающей молекулы, лиганда для рецептора на клеточной поверхности, растворимого рецептора, фермента, полипептида скорпиона, полипептида змеи, полипептида паука, пчелиного полипептида, полипептида лягушки и терапевтической нуклеиновой кислоты.
77. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество кассет miR-TS включены в 5'-нетранслируемую область (UTR) или 3'- UTR последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей указанную доставляемую молекулу.
78. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный цитотоксический полипептид выбран из р53, дифтерийного токсина (DT - diphtheria toxin), экзотоксина А псевдомонас (PEA - Pseudomonas Exotoxin A), белков, инактивирующих рибосомы типа I (RIP - ribosome inactivating proteins), RIP типа II или шигаподобного токсина 1 (Slt1 - Shiga-like toxin 1).
79. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный фермент выбран из металлопротеиназы, коллагеназы, эластазы, гиалуронидазы, каспазы, желатиназы или фермента, который является частью системы генно-направленной ферментной пролекарственной терапии (GDEPT - gene directed enzyme prodrug therapy), выбранной из тимидинкиназы вируса простого герпеса, цитозин-деаминазы, нитроредуктазы, карбоксипептидазы G2, пуриновой нуклеозидфосфорилазы или цитохрома P450.
80. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 79, отличающаяся тем, что указанная желатиназа представляет собой белок активации фибробластов (FAP - fibroblast activation protein).
81. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 79, отличающаяся тем, что указанная металлопротеиназа представляет собой матриксную металлопротеиназу (например, ММР9) или ADAM17.
82. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный цитокин выбран из группы, состоящей из остеопонтина, ИЛ-13, TGFβ, ИЛ-35, ИЛ-18, ИЛ-15, ИЛ-2, ИЛ-12, ИФНα, ИФНβ, ИФНγ.
83. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный хемокин выбран из CXCL10, CCL4, CCL5, CXCL9 и CCL21.
84. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанным лигандом для рецептора на клеточной поверхности является лиганд NKG2D, лиганд нейропилина, лиганд Flt3, лиганд CD47.
85. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанная антигенсвязывающая молекула связывается с антигеном клеточной поверхности, выбранным из группы, состоящей из PD-1, PDL-1, CTLA4, CCR4, OX40, CD200R, CD47, CSF1R, EphA2, CD19., EpCAM, CEA, PSMA, CD33, EGFR, CCR4, CD200, CD40, CD47, HER2, DLL3, 4-1BB, 17-1A, GD2 и любым одним или большим количеством опухолевых антигенов, перечисленных в Таблице 7.
86. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный полипептид скорпиона выбран из группы, состоящей из хлортоксина, BmKn-2, неопладина 1, неопладина 2 и маурипорина.
87. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный полипептид змеи выбран из группы, состоящей из контортростатина, апоксина-I, ботропстоксина-I, BJcuL, OHAP-1, родостомина, drCT-I, CTX-III, B1L и ACTX-6.
88. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный полипептид паука выбран из группы, состоящей из латарцина и гиалуронидазы.
89. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный пчелиный полипептид выбран из группы, состоящей из мелиттина и апамина.
90. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанный полипептид лягушки выбран из группы, состоящей из PsT-1, PdT-1 и PdT-2.
91. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 76-84, отличающаяся тем, что доставляемый белок действует на иммунную клетку.
92. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 91, отличающаяся тем, что указанная иммунная клетка выбрана из группы, состоящей из Т-клетки, В-клетки, клетки-естественного киллера (NK), клетки NKT, макрофага и/или дендритной клетки.
93. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что доставляемый полипептид представляет собой состоящий из двух частей полипептид, содержащий первый домен, способный связывать антиген клеточной поверхности человека, и второй домен, способный связывать антиген опухолевых клеток человека.
94. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 93, отличающаяся тем, что один или оба домена состоящего из двух частей полипептида представляют собой антигенсвязывающие молекулы, выбранные из группы, состоящей из антитела, вариабельного фрагмента с одной цепью (scFv), F(ab), вариабельного домена тяжелой цепи иммуноглобулина, диатела, флекситела, антитела DOCK-AND-LOCK™ и моноклонального антиидиотипического антитела (mAb2).
95. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что указанный состоящий из двух частей полипептид представляет собой антитело с двумя вариабельными доменами (DVD-Ig™), би-специфический Т-клеточный захватчик (engager) (BiTE™), DuoBody®, перенаправляющий полипептид с двойной аффинностью (DART - dual affinity retargeting) или Tandab®.
96. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что указанное антитело представляет собой антитело IgG с сконструированным Fc-доменом.
97. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 76, отличающаяся тем, что указанная терапевтическая нуклеиновая кислота представляет собой антагомир, короткую шпилевидную РНК (кшРНК), рибозим или аптамер.
98. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 62-97, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид не реплицируется или минимально реплицируется в клетке, экспрессирующей микроРНК, которая связывается с последовательностями-мишенями микроРНК, содержащимися в кассете miR-TS.
99. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 98, отличающаяся тем, что указанная микроРНК выбрана из Таблицы 3.
100. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 98, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество микроРНК выбраны из miR-124, miR-1, miR-143, miR-128, miR-219, miR-219a, miR-122, miR-204, miR. -217, miR-137 и miR-126.
101. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 100, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-124, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-1 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-143.
102. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 100, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219a и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-122.
103. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 100, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-128, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-204 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-219.
104. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 100, отличающаяся тем, что указанная кассета miR-TS содержит одну или большее количество копий целевой последовательности miR-217, одну или большее количество копий целевой последовательности miR-137 и одну или большее количество копий целевой последовательности miR-126.
105. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 55-104, отличающаяся тем, что указанная молекула рекомбинантной ДНК представляет собой плазмиду, содержащую самореплицирующийся полинуклеотид.
106. Молекула рекомбинантной ДНК, содержащая:
(i) первую молекулу одноцепочечной ДНК (оцДНК), содержащую смысловую последовательность вирусного генома; и
(ii) вторую молекулу оцДНК, содержащую антисмысловую последовательность вирусного генома,
при этом каждая из указанных первой и второй молекул оцДНК содержит 3' инвертированный концевой повтор и 5' инвертированный концевой повтор, и при этом 3'-конец смысловой молекулы оцДНК ковалентно связан с 5'-концом антисмысловой молекулы оцДНК, и 5'-конец молекулы смысловой оцДНК ковалентно связан с 3'-концом молекулы антисмысловой оцДНК с образованием концево-замкнутой линейной дуплексной молекулы ДНК онколитического вируса (Ov).
107. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 106, отличающаяся тем, что указанный кодируемый вирус представляет собой одноцепочечный (оц)РНК-вирус с отрицательной или положительной смысловой цепью.
108. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 107, отличающаяся тем, что оцРНК-вирусом с положительной смысловой цепью является вирус полиомиелита (PV - polio virus).
109. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 107, отличающаяся тем, что оцРНК вирус с отрицательной смысловой цепью представляет собой геном вируса везикулярного стоматита (VSV).
110. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 106, отличающаяся тем, что каждая из первой и второй молекул оцДНК дополнительно содержит рибозим-кодирующую последовательность непосредственно с 5' стороны последовательности вирусного генома и рибозим-кодирующую последовательность непосредственно с 3' стороны последовательности вирусного генома.
111. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 106-110, отличающаяся тем, что указанный вирусный геном содержит одну или большее количество целевых последовательностей микро-РНК (микроРНК), встроенных в один или большее количество существенных вирусных генов.
112. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 111, отличающаяся тем, что указанные одну или большее количество целевых последовательностей микроРНК встраивают в 3'-нетранслируемую область (UTR) и/или 5'-UTR одного или большего количества существенных вирусных генов.
113. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 111 или 112, отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество целевых последовательностей для микроРНК встроены в по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4 или более существенных вирусных генов.
114. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 111-113, отличающаяся тем, что по меньшей мере, 2, по меньшей мере, 3 или по меньшей мере, 4 целевые последовательности микроРНК встроены в один или большее количество существенных вирусных генов.
115. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 114, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, 2, по меньшей мере, 3 или, по меньшей мере, 4 целевых последовательности микроРНК содержат целевую последовательность для одной микроРНК.
116. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 114, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, 2, по меньшей мере, 3 или, по меньшей мере, 4 целевых последовательности микроРНК содержат целевые последовательности для, по меньшей мере, 2, по меньшей мере, 3 или, по меньшей мере, 4 разных микроРНК.
117. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 106, отличающаяся тем, что указанный вирусный геном представляет собой геном VSV, и отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество целевых последовательностей микроРНК встроены в один или большее количество генов, кодирующих нуклеопротеин (N), фосфопротеин (P), матриксный белок (M), гликопротеин (G) и/или белки полимеразы (L).
118. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 106, отличающаяся тем, что вирусный геном представляет собой геном PV, и отличающаяся тем, что указанные одна или большее количество целевых последовательностей микроРНК встроены в один или большее количество генов, кодирующих белки VP1, VP2, VP3, VP4, 2A, 2B, 2C, 3A, 3B (VPg), 3C или 3D.
119. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 106-118, отличающаяся тем, что 3' и 5' ITR происходят из AAV.
120. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 119, отличающаяся тем, что AAV представляет собой AAV2.
121. Композиция, содержащая эффективное количество молекулы рекомбинантной ДНК по любому из пп. 1-120 и носитель, подходящий для введения субъекту-млекопитающему.
122. Частица, содержащая молекулу рекомбинантной ДНК по любому из пп. 55-120.
123. Частица по п. 122, отличающаяся тем, что указанная частица является биоразлагаемой.
124. Частица по п. 123, отличающаяся тем, что указанная частица выбрана из группы, состоящей из наночастиц, экзосом, липосом и липоплекса.
125. Частица по п. 124, отличающаяся тем, что указанная экзосома представляет собой модифицированную экзосому, полученную из интактной экзосомы или пустой экзосомы.
126. Частица по п. 124, отличающаяся тем, что указанная наночастица представляет собой липидную наночастицу (LNP), содержащую катионный липид, холестерин и нейтральный липид.
127. LNP по п. 126, отличающаяся тем, что указанный катионный липид представляет собой 1,2-диолеоил-3-триметиламмонийпропан (DOTAP), и отличающаяся тем, что указанный нейтральный липид представляет собой 1,2-дилауроил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DLPE) или 1,2-диолеоил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DOPE).
128. LNP по п. 126 или 127, дополнительно содержащая конъюгат фосфолипид-полимер, при этом указанный конъюгат фосфолипид-полимер представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин-поли (этиленгликоль) (DSPE-PEG) или 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин-N- [амино (полиэтиленгликоль)] (DSPE-PEG-амин).
129. LNP по любому из пп. 126-128, отличающаяся тем, что гиалуронан конъюгирован с поверхностью LNP.
130. Терапевтическая композиция, содержащая множество липидных наночастиц по любому из пп. 126-129, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеет средний размер от около 150 нм до около 500 нм.
131. Терапевтическая композиция по п. 130, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеет средний размер от около 200 до около 500 нм, от около 300 до около 500 нм, от около 350 до около 500 нм, от около 400 до около 500 нм, от около 425 до 500 нм, от около 450 до около 500 нм или от около 475 до около 500 нм.
132. Терапевтическая композиция по п. 130 или 131, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний дзета-потенциал менее чем около -20 мВ, менее чем около -30 мВ, менее чем около 35 мВ или менее чем около -40 мВ.
133. Терапевтическая композиция по п. 132, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеют средний дзета-потенциал от около -50 мВ до около -20 мВ, от около -40 мВ до около -20 мВ или от около -30 мВ до около -20 мВ.
134. Терапевтическая композиция по п. 131 или 132, отличающаяся тем, что указанное множество LNP имеет средний дзета-потенциал около -30 мВ, около -31 мВ, около -32 мВ, около -33 мВ, около -34 мВ, около -35 мВ около -36 мВ, около -37 мВ, около -38 мВ, около -39 мВ или около -40 мВ.
135. Терапевтическая композиция по пп. 130-134, отличающаяся тем, что доставка композиции субъекту доставляет инкапсулированную кассету экспрессии ДНК в клетку-мишень, и отличающаяся тем, что указанная инкапсулированная кассета экспрессии ДНК продуцирует инфекционный вирус, способный лизировать клетку-мишень.
136. Терапевтическая композиция по п. 135, отличающаяся тем, что указанная композиция доставляется внутривенно или внутриопухолево.
137. Терапевтическая композиция по п. 136, отличающаяся тем, что указанная клетка-мишень представляет собой раковую клетку.
138. Неорганическая частица, содержащая полинуклеотид по любому из пп. 1-120.
139. Частица по п. 138, отличающаяся тем, что неорганическая частица выбрана из группы, состоящей из состоящей из наночастиц золота (GNP- gold nanoparticle), наностержней золота (GNR - gold nanorod), магнитных наночастиц (MNP - magnetic nanoparticle), магнитных нанотрубок (MNT - magnetic nanotube), углеродных нанорогов (CNH - carbon nanohorn), углеродных фуллеренов, углеродных нанотрубок (CNT - carbon nanotube), наночастиц фосфата кальция (CPNP - calcium phosphate nanoparticle), наночастиц мезопористого кремнезема (MSN - mesoporous silica nanoparticle), кремниевых нанотрубок (SNT - silica nanotube) или звездообразных полых кремниевых наночастиц (SHNP - starlike hollow silica nanoparticle).
140. Композиция, содержащая частицу по п. 138 или 139, отличающаяся тем, что средний диаметр частиц составляет менее чем около 500 нм, составляет от около 250 до около 500 нм или составляет около 350 нм.
141. Способ уничтожения раковой клетки, включающий в себя воздействие на раковую клетку частицы или композиции по любому из пп. 122-140 или их композиции, в условиях, достаточных для внутриклеточной доставки частицы в указанную раковую клетку, при этом указанный репликационно компетентный вирус, продуцируемый указанным инкапсулированным полинуклеотидом, приводит к уничтожению указанной раковой клетки.
142. Способ по п. 141, в котором указанный репликационно компетентный вирус не продуцируется в незлокачественных клетках.
143. Способ по п. 141 или 142, в котором указанный способ осуществляют in vivo, in vitro или ex vivo.
144. Способ лечения рака у субъекта, включающий введение субъекту, страдающему от рака, эффективного количества частицы, или композиции по любому из пп. 122-140, или их композиции.
145. Способ по п. 144, в котором указанную частицу или ее композицию вводят внутривенно, интраназально, в качестве ингалята или инъецируют непосредственно в опухоль.
146. Способ по п. 144 или 145, в котором указанную частицу или ее композицию вводят субъекту повторяемо.
147. Способ по любому из пп. 144-146, в котором субъектом является мышь, крыса, кролик, кошка, собака, лошадь, примат, не являющийся человеком, или человек.
148. Способ по любому из пп. 144-147, в котором рак выбран из рака легких, рака молочной железы, рака яичников, рака шейки матки, рака предстательной железы, рака яичка, колоректального рака, рака толстой кишки, рака поджелудочной железы, рака печени, рака желудка, рака головы и шеи, рака щитовидной железы, злокачественной глиомы, глиобластомы, меланомы, В-клеточной хронической лимфоцитарной лейкемии, диффузной крупноклеточной В-клеточной лимфомы (DLBCL) и лимфомы краевой зоны (MZL).
149. Способ по п. 148, в котором рак легкого представляет собой мелкоклеточный рак легкого или немелкоклеточный рак легкого.
150. Способ по п. 148, в котором рак печени представляет собой гепатоцеллюлярную карциному (ГЦК).
151. Способ получения молекулы рекомбинантной ДНК по любому из предыдущих пунктов, включающий:
а. вставку молекулы рекомбинантной ДНК в первый вирусный вектор экспрессии, при этом указанная молекула рекомбинантной ДНК содержит 5'-инвертированный концевой повтор (ITR), происходящий из аденоассоциированного вируса (AAV), и 3' ITR конец, происходящий из AAV, указанного полинуклеотида;
b. вставка полинуклеотидов, кодирующих белки AAV, необходимые для ITR-опосредованной репликации, во второй вирусный вектор экспрессии; и
с. внутриклеточная доставка первого и второго вирусных векторов экспрессии в клетку,
при этом указанная молекула рекомбинантной ДНК стабильно интегрирована в геном, при этом указанная клетка продуцирует фланкированные ITR полинуклеотиды в количествах, превышающих продукцию в отсутствие ITR.
152. Способ по п. 144, в котором указанный вирусный вектор экспрессии представляет собой вирус герпеса или бакуловирус.
