Модулирующие полинуклеотиды - RU2020113262A
Код документа: RU2020113262A
Формула
1. Модулирующий полинуклеотид для модулирования экспрессии гена в клетке, где указанный модулирующий полинуклеотид содержит:
(а) стебель и петлю, которые образуют структуру «петля на стебле», где последовательность указанной структуры «петля на стебле» содержит в направлении от 5’ до 3’:
(i) 5’-ветвь стебля, где указанная 5’-ветвь стебля содержит 5’-спейсерную последовательность и последовательность смысловой цепи, где указанная 5’-спейсерная последовательность расположена в направлении 5’ по отношению к указанной последовательности смысловой цепи;
(ii) петлевой участок длиной 4-20 нуклеотидов; и
(iii) 3’-ветвь стебля, где указанная 3’-ветвь стебля содержит последовательность антисмысловой цепи и 3'-спейсерную последовательность, расположенную в направлении 3’ по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи;
(b) первый фланкирующий участок, расположенный в направлении 5' по отношению к указанной последовательности смысловой цепи, где указанный первый фланкирующий участок содержит 5'-фланкирующую последовательность и указанную 5'-спейсерную последовательность, где указанная 5'-фланкирующая последовательность расположена в направлении 5' по отношению к указанной 5’-спейсерной последовательности; и
(c) второй фланкирующий участок, расположенный в направлении 3' по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи, где указанный второй фланкирующий участок содержит указанную 3'-спейсерную последовательность и 3'-фланкирующую последовательность, расположенную в направлении 3' по отношению к указанной 3'-спейсерной последовательности, и, где указанный второй фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидам 1-35 SEQ ID NO: 11;
где последовательность антисмысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 449; и, где последовательность смысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 448.
2. Модулирующий полинуклеотид для модулирования экспрессии гена в клетке, где указанный модулирующий полинуклеотид содержит:
(а) стебель и петлю, которые образуют структуру «петля на стебле», где последовательность указанной структуры «петля на стебле» содержит в направлении от 5’ до 3’:
(i) 5’-ветвь стебля, где указанная 5’-ветвь стебля содержит 5’-спейсерную последовательность и последовательность антисмысловой цепи, где указанная 5’-спейсерная последовательность расположена в направлении 5’ по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи;
(ii) петлевой участок длиной 4-20 нуклеотидов; и
(iii) 3’-ветвь стебля, где указанная 3’-ветвь стебля содержит последовательность смысловой цепи и 3'-спейсерную последовательность, расположенную в направлении 3’ по отношению к указанной последовательности смысловой цепи;
(b) первый фланкирующий участок, расположенный в направлении 5' по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи, где указанный первый фланкирующий участок содержит 5'-фланкирующую последовательность и указанную 5'-спейсерную последовательность, где указанная 5'-фланкирующая последовательность расположена в направлении 5' по отношению к указанной 5’-спейсерной последовательности; и
(c) второй фланкирующий участок, расположенный в направлении 3' по отношению к указанной последовательности смысловой цепи, где указанный второй фланкирующий участок содержит указанную 3'-спейсерную последовательность и 3'-фланкирующую последовательность, расположенную в направлении 3' по отношению к указанной 3'-спейсерной последовательности, и, где указанный второй фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидам 1-35 SEQ ID NO: 11;
где последовательность антисмысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 449; и, где последовательность смысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 448.
3. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1 и 2, где указанный первый фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидам 25-54 SEQ ID NO: 2.
4. Модулирующий полинуклеотид для модулирования экспрессии гена в клетке, где указанный модулирующий полинуклеотид содержит:
(а) стебель и петлю, которые образуют структуру «петля на стебле», где последовательность указанной структуры «петля на стебле» содержит в направлении от 5’ до 3’:
(i) 5’-ветвь стебля, где указанная 5’-ветвь стебля содержит 5’-спейсерную последовательность и последовательность смысловой цепи, где указанная 5’-спейсерная последовательность расположена в направлении 5’ по отношению к указанной последовательности смысловой цепи;
(ii) петлевой участок длиной 4-20 нуклеотидов; и
(iii) 3’-ветвь стебля, где указанная 3’-ветвь стебля содержит последовательность антисмысловой цепи и 3'-спейсерную последовательность, расположенную в направлении 3’ по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи;
(b) первый фланкирующий участок, расположенный в направлении 5' по отношению к указанной последовательности смысловой цепи, где указанный первый фланкирующий участок содержит указанную 5'-спейсерную последовательность и 5'-фланкирующую последовательность, расположенную в направлении 5' по отношению к указанной 5’-спейсерной последовательности, и, где указанный первый фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидам 25-54 SEQ ID NO: 2; и
(c) второй фланкирующий участок, расположенный в направлении 3' по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи, где указанный второй фланкирующий участок содержит указанную 3'-спейсерную последовательность и 3'-фланкирующую последовательность, расположенную в направлении 3' по отношению к указанной 3'-спейсерной последовательности;
где последовательность антисмысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 449; и, где последовательность смысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 448.
5. Модулирующий полинуклеотид для модулирования экспрессии гена в клетке, где указанный модулирующий полинуклеотид содержит:
(а) стебель и петлю, которые образуют структуру «петля на стебле», где последовательность указанной структуры «петля на стебле» содержит в направлении от 5’ до 3’:
(i) 5’-ветвь стебля, где указанная 5’-ветвь стебля содержит 5’-спейсерную последовательность и последовательность антисмысловой цепи, где указанная 5’-спейсерная последовательность расположена в направлении 5’ по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи;
(ii) петлевой участок длиной 4-20 нуклеотидов; и
(iii) 3’-ветвь стебля, где указанная 3’-ветвь стебля содержит последовательность смысловой цепи и 3'-спейсерную последовательность, расположенную в направлении 3’ по отношению к указанной последовательности смысловой цепи;
(b) первый фланкирующий участок, расположенный в направлении 5' по отношению к указанной последовательности антисмысловой цепи, где указанный первый фланкирующий участок содержит указанную 5'-спейсерную последовательность и 5'-фланкирующая последовательность, расположенную в направлении 5' по отношению к указанной 5’-спейсерной последовательности, и, где указанный первый фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидам 25-54 SEQ ID NO: 2; и
(c) второй фланкирующий участок, расположенный в направлении 3' по отношению к указанной последовательности смысловой цепи, где указанный второй фланкирующий участок содержит указанную 3'-спейсерную последовательность и 3'-фланкирующую последовательность, расположенную в направлении 3' по отношению к указанной 3'-спейсерной последовательности;
где последовательность антисмысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 449; и, где последовательность смысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 3 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 448.
6. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-5, где первый фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична нуклеотидам 25-54 SEQ ID NO: 2.
7. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-5, где первый фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 25-54 SEQ ID NO: 2.
8. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-5, где первый фланкирующий участок содержит нуклеотиды 25-54 SEQ ID NO. 2.
9. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-8, где второй фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична нуклеотидам 1-35 SEQ ID NO: 11.
10. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-8, где второй фланкирующий участок содержит нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 1-35 SEQ ID NO: 11.
11. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-8, где второй фланкирующий участок содержит нуклеотиды 1-35 SEQ ID NO: 11.
12. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-11, в котором последовательность антисмысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 2 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 449.
13. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-12, где последовательность смысловой цепи содержит по меньшей мере 18 смежных нуклеотидов, отличающихся не более чем на 2 нуклеотида от нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 448.
14. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-13, отличающийся тем, что модулирующий полинуклеотид представляет собой искусственную pri-микроРНК.
15. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-14, где последовательность смысловой цепи имеет длину 15-30 нуклеотидов; где 5'-спейсерная последовательность имеет длину 8-20 нуклеотидов; где последовательность антисмысловой цепи имеет длину 15-30 нуклеотидов; и, где 3'-спейсерная последовательность имеет длину 8-20 нуклеотидов.
16. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-15, где последовательность антисмысловой цепи содержит последовательность затравочного участка микроРНК в положениях 2-7, 2-8 или 2-9.
17. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-16, где последовательность смысловой цепи по меньшей мере на 70% комплементарна последовательности антисмысловой цепи.
18. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-17, где последовательность антисмысловой цепи имеет длину 19-22 нуклеотида.
19. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-17, где последовательность антисмысловой цепи имеет длину 22 нуклеотида.
20. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-17, где последовательность антисмысловой цепи имеет длину 21 нуклеотид.
21. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-20, где последовательность антисмысловой цепи по меньшей мере на 70% комплементарна целевой РНК, и, где целевая РНК представляет собой кодирующую мРНК млекопитающих, экспрессируемую в двигательном нейроне или астроците.
22. Вирусный геном аденоассоциированного вируса (AAV), который содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую модулирующий полинуклеотид по любому из пп.1-2.
23. Рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV), содержащий вирусный геном AAV по п.22 и капсид AAV.
24. rAAV по п.23, в котором капсид AAV является капсидом AAV1.
25. Фармацевтическая композиция, содержащая rAAV по п.23 или 24 и фармацевтически приемлемый наполнитель.
26. Способ ингибирования экспрессии гена SOD1 в клетке млекопитающего, причем указанный способ включает введение клетке млекопитающего эффективного количества фармацевтической композиции по п.25.
27. Способ по п.26, в котором клетка млекопитающего представляет собой двигательный нейрон.
28. Способ по п.26, в котором клетка млекопитающего представляет собой астроцит.
29. Способ лечения бокового амиотрофического склероза (ALS) у субъекта, причем указанный способ включает введение субъекту эффективного количества фармацевтической композиции по п.25.
30. Способ по п.29, где введение композиции включает интрапаренхиматозное введение в позвоночник.
