Направляемый олигонуклеотидами и отслеживаемый комбинаторный синтез кодируемых молекул-зондов - RU2019100095A
Код документа: RU2019100095A
Формула
1. Молекула согласно формуле (I),
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
H2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем Н2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком.
2. Молекула по п. 1, отличающаяся тем, что G содержит последовательность, представленную формулой
где С представляет собой кодирующий участок, Z представляет собой некодирующий участок, N представляет собой целое число от 1 до 20, и А представляет собой целое число от 1 до 20;
причем каждый некодирующий участок содержит от 4 до 50 нуклеотидов и необязательно является двухцепочечным.
3. Молекула по любому из пп. 1-2, отличающаяся тем, что один из О или Р представляет собой ноль.
4. Молекула по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из Y и W представляет собой целое число от 1 до 2.
5. Молекула по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что каждый кодирующий участок содержит от 6 до 50 нуклеотидов.
6. Молекула по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из H1 и Н2 содержит от 20 до 90 нуклеотидов.
7. Молекула по любому из пп. 1-6, отличающаяся тем, что каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
8. Молекула по любому из пп. 1-7, отличающаяся тем, что Р представляет собой ноль, Y представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
9. Молекула по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что О представляет собой ноль, W представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
10. Способ идентификации молекул-зондов, способных к связыванию или отбору молекулы-мишени, включающий:
обеспечение возможности контакта молекулы-мишени с пулом молекул-зондов, причем указанные молекулы-зонды представляют собой молекулы согласно п. 1,
удаление по меньшей мере одной молекулы-зонда, которая не связывается с указанной молекулой-мишенью,
амплификацию по меньшей мере одного олигонуклеотида G из по меньшей мере одной молекулы-зонда, которая не была удалена от молекулы-мишени, с образованием копии последовательности,
секвенирование по меньшей мере одного олигонуклеотида G указанной копии последовательности для идентификации по меньшей мере двух кодирующих участков указанной молекулы-зонда с целью последующей идентификации по меньшей мере одного из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K, и для идентификации по меньшей мере одного концевого кодирующего участка указанной молекулы-копии с целью последующей идентификации по меньшей мере одного из первого структурного блока D и второго структурного блока Е указанной молекулы-зонда.
11. Способ получения молекулы формулы (I), причем указанный способ включает:
обеспечение по меньшей мере одной гибридизационной матрицы, причем указанная по меньшей мере одна гибридизационная матрица содержит по меньшей мере один одноцепочечный олигомер-антикодон, иммобилизированный на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице, причем указанный по меньшей мере один одноцепочечный олигомер-антикодон, иммобилизированный на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице, способен к гибридизации с кодирующим участком молекулы формулы (II):
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
H2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком;
сортировку пула молекул формулы (II) на подпулы посредством гибридизации кодирующего участка подпула молекул формулы (II) с по меньшей мере одним одноцепочечным олигомером-антикодоном, иммобилизированным на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице;
стадию необязательного высвобождения подпула молекул формулы (II) с указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрицы в отдельные контейнеры;
обеспечение по меньшей мере одного из структурных блоков B1 и В2; и
осуществление реакции по меньшей мере одного из структурных блоков B1 и В2 с молекулой формулы (II) для образования подпула молекул формулы (I):
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем каждый кодирующий участок является одноцепочечным, и по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
Н2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем Н2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанную молекулу формулы (II) получают путем:
обеспечения пула олигонуклеотидов, причем олигонуклеотид G' содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одноцепочечным, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок на 5' и/или 3'-конце олигонуклеотидов G' является отличным;
обеспечения по меньшей мере одного нагруженного антикодона-носителя, причем указанный по меньшей мере один нагруженный антикодон-носитель соответствует формуле
и/или
объединения пула олигонуклеотидов G' и по меньшей мере одного нагруженного антикодона-носителя;
образования связи 5'-конца по меньшей мере одного олигонуклеотида G' с 3'-концом H1, и/или образования связи 3'-конца по меньшей мере одного олигонуклеотида G' с 5'-концом Н2 для получения пула молекул формулы (II):
где G, H1, Н2, D, Е, B1, В2, L1, L2, О, Р, Y и W являются такими, как определено в п. 11, и М и K представляют собой единицу.
13. Способ по любому из пп. 11-12, дополнительно включающий:
удаление части олигонуклеотида от по меньшей мере одного концевого кодирующего участка молекулы формулы (I) или (II).
14. Способ по любому из пп. 11-13, дополнительно включающий:
лигирование по меньшей мере одного из H1 с G и Н2 - с G.
15. Способ по любому из пп. 11-14, отличающийся тем, что G содержит последовательность, представленную формулой
где С представляет собой кодирующий участок, Z представляет собой некодирующий участок, N представляет собой целое число от 1 до 20, и А представляет собой целое число от 1 до 20;
причем каждый некодирующий участок содержит от 4 до 50 нуклеотидов и необязательно является двухцепочечным.
16. Способ по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что один из О или Р представляет собой ноль.
17. Способ по любому из пп. 11-16, отличающийся тем, что по меньшей мере один из Y и W представляет собой целое число от 1 до 2.
18. Способ по любому из пп. 11-17, отличающийся тем, что по меньшей мере один из Hi и Нг содержит от 20 до 90 нуклеотидов.
19. Способ по любому из пп. 11-18, отличающийся тем, что Р представляет собой ноль, Y представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов; или
О представляет собой ноль, W представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
