Биотехнологическое получение ω-функционализированных карбоновых кислот и их сложных эфиров - RU2751363C2

Описание

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ НАСТОЯЩЕЕ ИЗОБРЕТЕНИЕ

Настоящее изобретение относится к биотехнологическому способу получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот. В частности, в способе может применяться алкан в качестве исходного материала и генетически модифицированная клетка для превращения алкана в соответствующий сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты.

ПРЕДПОСЫЛКИ СОЗДАНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ

ω-функционализированные карбоновые кислоты и соответствующие сложные эфиры, в том числе аминокарбоновые кислоты и их соответствующие лактамы, такие как ω-аминолауриновая кислота, ω-аминоундекановая кислота, лауролактам и т.п., представляют собой важные мономеры для получения высококачественных полиамидов. Некоторые из существующих химических технологий, которые применялись для получения этих мономеров из нефтехимического или возобновляемого сырья включают:

i) получение ω-аминолауриновой кислоты из сложного метилового эфира лауриновой кислоты, фракции биодизеля, получаемого из пальмоядрового или кокосового масла;

ii) получение ω-аминоундекановой кислоты из рицинолеиновой кислоты, получаемой из касторового масла;

iii) получение лауролактама из бутадиена.

Хотя все эти три способа получения остаются конкурентноспособными, их конкурентоспособность в указанном местоположении и моменте времени зависит от ряда факторов, в том числе стоимости сырьевых материалов и затрат энергии на выполнение способов.

Из уровня техники известны несколько биотехнологических средств для получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров. Например, генетически модифицированные клетки, которые способны производить ω-функционализированные карбоновые кислоты из карбоновой кислоты, применяемой в качестве субстрата, были описаны ранее по меньшей мере в WO2009077461 и EP2322598. Схожая процедура с применением клеток Candida описана в WO2011008232, где в клетках блокирован путь β-окисления, и ω-функционализированные карбоновые кислоты получали из жирной кислоты, применяемой в качестве субстрата. Эти способы обладают недостатком применения жирных кислот в качестве исходного материала. Это обусловлено тем, что применяемые жирные кислоты и их производные большей частью получают исключительно из масел или жиров растительного и животного происхождения. Жиры животного происхождения в качестве сырьевых материалов все еще обладают слабой приемлемостью для клиентов, а масла растительного происхождения, которые содержат жирные кислоты с короткой и средней длины цепью, либо сложно получать, либо их получают только в тропических районах (что является результатом уничтожения дождевых лесов). Кроме того, конкретные сырьевые материалы из масел или жиров растительного и животного происхождения обладают специфическими, но определенными профилями жирных кислот, что приводит к сопряженному получению.

В WO2013024114 раскрыт способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода, таких как глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, но также глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO₂, CO или синтез-газ. Эти простые сахара, особенно глюкоза, обычно требуют бóльших затрат при получении. Способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода также может считаться сложным, поскольку клетки, применяемые в этом способе, вначале должны подвергаться генетической модификации для увеличения получения карбоновых кислот из этих простых источников углерода. Это, таким образом, повышает затраты на получение.

Следовательно, в области техники существует потребность в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот из другого источника сырьевого материала, который обеспечил бы эффективное и продуктивное получение.

ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение пытается решить вышеупомянутые проблемы путем обеспечения по меньшей мере одной генетически модифицированной клетки микроорганизма, которая способна продуцировать по меньшей мере один сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана. Сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидрокси-, ω-оксо-, ω-карбокси- и ω-аминокарбоновых кислот. Применение этих генетически модифицированных клеток в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот может добавлять гибкость в получение этих соединений путем обеспечения возможности применения более доступного альтернативного нефтехимического сырьевого материала для их получения. Также применение цельноклеточных биокатализаторов, способных объединять все средства для превращения алканов в сложные эфиры жирных кислот и их соответствующие ω-функционализированные производные в пределах их, делает процесс превращения более простым, так как в превращении задействовано лишь небольшое число стадий процесса. Также устраняется зависимость от жирных кислот и простых источников углерода в качестве углеродного субстрата.

Согласно первому аспекту настоящего изобретения предусмотрена клетка микроорганизма для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана, где в клетке предусмотрена генетическая модификация для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа

(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;

(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;

(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;

(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и

(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.

Клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, у которой отсутствует ранее существующая/предшествующая модификация для повышения образования карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из по меньшей мере одного простого источника углерода. Подразумевается, что термин «простой источник углерода» означает источники углерода, в которых в углеродном скелете по меньшей мере одна связь C-C была разрушена. В частности, простые источники углерода могут представлять собой по меньшей мере один углевод, такой как, например, глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, источники углерода также могут включать глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO₂, CO или синтез-газ. Более конкретно, клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения может не быть подвергнута генетической модификации для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов:

- E₂₀ацил-ACP-тиоэстеразы под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,

- E₂₁ацил-КоА-тиоэстеразы под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,

- E₂₂ ацил-КоА:ACP-трансацилазы,

- E₂₃поликетидсинтазы, которая катализирует реакцию, задействованную в синтезе карбоновых кислот и сложных карбоксилатных эфиров, и

- E₂₄синтазы гексановой кислоты.

В одном примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа

(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; и

(vii) фермента E7, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты.

В другом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа

(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты;

(vii) фермента E13, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и

(viii) фермента E14, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.

Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения можно применять для получения сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из всех алканов с высоким выходом продукта за один проход в единицу времени, высоким выходом углерода и высокой концентрацией в культуральном супернатанте. В результате этих преимуществ облегчается эффективная обработка.

Выражение «дикого типа», применяемое в данном документе в отношении клетки или микроорганизма, может обозначать клетку со структурой генома, которая имеет форму, встречающуюся в естественных условиях в дикой природе. Выражение можно применять, как к цельной клетке, так и к индивидуальным генам. Термин «дикого типа» также может включать клетки, которые были генетически модифицированы в других аспектах (т.е. c точки зрения одного или более генов), но не в отношении генов, представляющих интерес. Следовательно, термин «дикого типа» не включает такие клетки, в которых генные последовательности специфических генов, представляющих интерес, были изменены по меньшей мере частично человеком с применением рекомбинантных способов. Таким образом, клетка дикого типа согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, которая не содержит генетической мутации применительно к геному целиком и/или конкретному гену. Следовательно, в одном примере клетка дикого типа применительно к ферменту E₁может означать клетку, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E₁ в клетке. Клетку дикого типа применительно к ферменту E₂, E₃,E₄, E₅, E₆, E₇, E₈, E₉, E₁₀, E₁₁, E₁₂, E₁₃, E₁₄, E₁₅ и т. д. можно интерпретировать так же, и она может относиться к клетке, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E₂, E₃,E₄, E₅, E₆, E₇, E₈, E₉, E₁₀, E₁₁, E₁₂, E₁₃, E₁₄, E₁₅ и т.д., соответственно, в клетке.

Любые ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут представлять собой выделенный фермент. В частности, ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, можно применять в активном состоянии и в присутствии всех кофакторов, субстратов, вспомогательных и/или активирующих полипептидов или факторов, необходимых для их активности. Применяемый в данном документе термин «выделенный» означает, что фермент, представляющий интерес, является обогащенным по сравнению с клеткой, в которой он встречается в естественных условиях. Фермент может быть обогащен с соответствии с результатами электрофореза в полиакриламидном геле с добавлением SDS и/или анализов активности. Например, фермент, представляющий интерес, может составлять более 5, 10, 20, 50, 75, 80, 85, 90, 95 или 99 процентов от всех полипептидов, которые присутствуют в препарате, исходя из визуального контроля полиакриламидного геля после окрашивания красителем Кумасси синий.

Фермент, применяемый согласно любого из аспектов настоящего изобретения, может быть рекомбинантным. Применяемый в настоящем документе термин «рекомбинантный» относится к молекуле или продукту, кодируемому с помощью такой молекулы, в частности, полипептиду или нуклеиновой кислоте, которые, как таковые, не встречаются в естественных условиях, но являются результатом генной инженерии, или относится к клетке, которая содержит рекомбинантную молекулу. Например, молекула нуклеиновой кислоты является рекомбинантной, если она содержит промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей каталитически активный полипептид, и промотор был сконструирован так, чтобы каталитически активный полипептид подвергался сверхэкспрессии относительно уровня полипептида в соответствующей клетке дикого типа, которая содержит исходную неизмененную молекулу нуклеиновой кислоты.

Специалист в данной области сможет применить любой способ, известный из уровня техники, для генетической модификации клетки или микроорганизма. Согласно любому из аспектов настоящего изобретения генетически модифицированная клетка может быть генетически модифицирована таким образом, что за определенный интервал времени, в пределах 2 часов, в частности, в пределах 8 часов или 24 часов, она образует по меньшей мере в несколько раз, предпочтительно по меньшей мере в 10 раз, по меньшей мере в 100 раз, по меньшей мере в 1000 раз или по меньшей мере в 10000 раз больше сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, чем клетка дикого типа. Увеличение образования продукта можно определить, например, путем культивирования клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения и клетки дикого типа, каждой по-отдельности, в одинаковых условиях (одинаковая плотность клеток, одинаковая питательная среда, одинаковые условия культивирования) в течение определенного интервала времени в подходящей питательной среде и затем определения количества целевого продукта (сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты) в питательной среде.

Генетически модифицированная клетка или микроорганизм может генетически отличаться от клетки или микроорганизма дикого типа. Генетическое отличие между генетически модифицированным микроорганизмом согласно любому из аспектов настоящего изобретения и микроорганизмом дикого типа может состоять в присутствии полного гена, аминокислоты, нуклеотида и т.д. в генетически модифицированном микроорганизме, которые могут отсутствовать в микроорганизме дикого типа. В одном примере генетически модифицированный микроорганизм согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать ферменты, которые обеспечивают возможность микроорганизму продуцировать большее количество 1-алканолов, 1-алканалов, алкановых кислот, сложных эфиров алкановых кислот, сложных эфиров омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. по сравнению с клетками дикого типа. Микроорганизм дикого типа в сравнении с генетически модифицированным микроорганизмом по настоящему изобретению не обладает активностью, или у него отсутствует выявляемая активность ферментов, которые обеспечивают возможность генетически модифицированного микроорганизма производить 1-алканолы, 1-алканали, алкановые кислоты, сложные эфиры алкановых кислот, сложные эфиры омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. Применяемый в данном документе термин «генетически модифицированный микроорганизм» может применяться взаимозаменяемо с термином «генетически модифицированная клетка». Генетическую модификацию согласно любому из аспектов настоящего изобретения проводят в клетке микроорганизма.

Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения являются генетически трансформированными согласно любому из способов, известных из уровня техники. В частности, клетки могут быть получены согласно способу, раскрытому в WO2013024114.

Применяемое в данном документе выражение «генетически модифицированная клетка характеризуется повышенной активностью, в сравнении с клеткой дикого типа, у ферментов» относится к активности соответствующего фермента, которая повышена по меньшей мере в 2 раза, в частности по меньшей мере в 10 раз, более конкретно по меньшей мере в 100 раз, еще более конкретно по меньшей мере в 1000 раз и даже более конкретно по меньшей мере в 10000 раз.

Применяемое в данном документе выражение «повышенная активность фермента» следует понимать как повышенную внутриклеточную активность. В принципе, повышение ферментативной активности может достигаться путем увеличения числа копий генной последовательности или генных последовательностей, которые кодируют фермент, применения сильного промотора или использования гена или аллеля, которые кодируют соответствующий фермент с повышенной активностью, изменения гена в соответствии с частотой использования кодонов, повышения периода полужизни мРНК или фермента различными способами, модификации регуляции экспрессии гена и необязательно путем комбинирования этих средств. Генетически модифицированные клетки, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, получают, например, путем трансформации, трансдукции, конъюгации или комбинирования этих способов с использованием вектора, который содержит требуемый ген, аллель этого гена или его части, и вектора, который делает экспрессию данного гена возможной. В частности, гетерологичная экспрессия достигается путем интеграции гена или аллелей в хромосому клетки или с помощью внехромосомно реплицирующегося вектора.

В том же контексте выражение «сниженная активность фермента E_x», используемое со ссылкой на любой из аспектов настоящего изобретения, можно понимать как означающее активность, сниженную по меньшей мере в 0,5 раза, в частности, по меньшей мере в 0,1 раза, более конкретно по меньшей мере в 0,01 раза, еще более конкретно по меньшей мере в 0,001 раза и наиболее конкретно по меньшей мере в 0,0001 раза. Выражение «сниженная активность» также подразумевает отсутствие выявляемой активности («нулевая активность»). Снижение активности определенного фермента можно осуществлять, например, путем селективной мутации или при помощи других средств снижения активности определенного фермента, известных специалисту в данной области. В частности, специалист в данной области найдет инструкции по модификации и снижению экспрессии белка и сопутствующему понижению ферментативной активности путем нарушения специфичных генов, например, по меньшей мере в Dubeau et al. 2009. Singh & Röhm. 2008., Lee et al., 2009 и т.п. Снижение ферментативной активности в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения может достигаться путем модификации гена, содержащего одну из последовательностей нуклеиновых кислот, где модификация выбрана из группы, содержащей, включающей вставку чужеродной ДНК в ген, делецию по меньшей мере частей гена, точковые мутации в генной последовательности, РНК-интерференцию (siRNA), антисмысловую РНК или модификацию (вставку, делецию или точковые мутации) регуляторных последовательностей, таких как, например, промоторы и терминаторы, или сайтов связывания рибосом, которые фланкируют данный ген.

В связи с этим чужеродную ДНК следует понимать как подразумевающую любую последовательность ДНК, которая является «чужеродной» для гена (а не для организма), т.e. в связи с этим эндогенные последовательности ДНК могут также выступать в роли «чужеродной ДНК». В связи с этим особенно предпочтительно, чтобы нарушение гена осуществляли путем вставки гена селективного маркера, таким образом, чужеродная ДНК представляет собой ген селективного маркера, при этом вставку предпочтительно осуществляют путем гомологичной рекомбинации в генном локусе.

Экспрессию ферментов и генов, упомянутых выше и всех упоминаемых ниже, можно определять с помощью 1- и 2-мерного разделения белков в геле с последующей оптической идентификацией концентрации белка в геле с помощью подходящего программного обеспечения для оценки.

Если повышение ферментативной активности основано исключительно на повышении экспрессии соответствующего гена, то количественную оценку повышения ферментативной активности можно проводить просто путем сравнения результатов 1- и/или 2-мерного разделения белков в геле у клетки дикого типа и генетически модифицированной клетки. Общепринятым способом для получения гелей с белками бактерий и для идентификации белков является процедура, описанная Hermann et al. (Electrophoresis, 22: 1712-23 (2001). Концентрацию белка также можно анализировать с помощью вестерн-блот-гибридизации с антителом, специфичным в отношении белка, подлежащего определению (Sambrook et al., Molecular Cloning: a laboratory manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. USA, 1989), с последующей оптической оценкой с применением подходящего программного обеспечения для определения концентрации (Lohaus and Meyer (1989) Biospektrum, 5: 32-39; Lottspeich (1999), Angewandte Chemie 111: 2630-2647). Данный способ можно выбрать всегда, когда продукты реакции, которая катализируется ферментативной активностью, подлежащей определению, могут быстро метаболизироваться в микроорганизме или же активность у дикого типа сама по себе является слишком низкой, чтобы существовала возможность удовлетворительного определения ферментативной активности, подлежащей определению, на основе образования продукта.

В частности,

- фермент E₁ может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) и AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3;

- фермент E₂ может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a), AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E_c) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (E_d);

- фермент E₃выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, альдегиддегидрогеназы (E_e), бифункциональные алкогольоксидазы (E_c) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E_di) и бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E_dii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, где E_c, E_di и E_dii способны окислять 1-алканол через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту;

- фермент E₄может быть выбран из группы, включающей синтазы воска-сложного эфира (E_f) и алкоголь-O-ацилтрансферазы (E_g);

- фермент E₅ может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) и AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3;

- фермент E₆ может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a), AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E_c) и алкогольдегидрогеназы (E_d);

- фермент E₇ может представлять собой ω-трансаминазу (E_h).

В одном примере каждый из ферментов E_1,E_2,E₃ и E₅ может представлять собой различный фермент, который может быть способен осуществлять свою активность. Например, E₁ может представлять собой AlkB-алкангидроксилазы (E_b), E₂ может представлять собой алкогольоксидазу (E_c), E₃ может представлять собой бифункциональную AlkJ-алкогольдегидрогеназу, а E₅ может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E_b). В другом примере E₁ может представлять собой P450-алкангидроксилазу (E_a), E₂ может представлять собой алкогольдегидрогеназу (E_c), E₃ может представлять собой альдегиддегидрогеназу (E_e), а E₅ может представлять собой P450-алкангидроксилазу. В частности, любая комбинация ферментов из E_1,E_2,E₃ и E₅ может применяться для осуществления их специфических функций. В дополнительном примере E_1,E_2,E₃ и E₅ могут представлять собой один и тот же фермент. В этом примере E_1,E_2,E₃ и E₅ могут быть выбраны из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) и AlkB-алкангидроксилазы (E_b). В одном примере E_1,E_2,E₃ и E₅ могут представлять собой P450-алкангидроксилазы (E_a). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа P450-алкангидроксилаз (E_a), что соответствует функции ферментов E_1,E_2,E₃ и E₅. В другом примере E_1,E_2,E₃ и E₅ могут представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E_b). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа AlkB-алкангидроксилазы (E_b), что соответствует функции ферментов E_1,E_2,E₃ и E₅.

Ферменты E_a - E_h могут содержать полипептидную последовательность, в которой до 60%, предпочтительно до 25%, конкретно до 15%, в частности до 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 или 1% аминокислотных остатков модифицированы по сравнению с приведенными ниже эталонными последовательностями (номера доступа) за счет делеции, вставки, замены или их комбинации, и которая все еще обладает по меньшей мере 50%, предпочтительно 65%, особенно предпочтительно 80%, в частности более чем 90% активностью белка с соответствующей приведенной ниже эталонной последовательностью, где подразумевается, что 100% активность эталонного белка означает повышение активности клеток, применяемых в качестве биокатализатора, т.е. количество вещества, превращаемого за единицу времени, исходя из применяемого количества клеток (единицы на грамм сухого вещества клеток [Ед/г CDW]), в сравнении с активностью биокатализатора в отсутствие эталонного белка.

Специалистам в данной области известны модификации аминокислотных остатков указанной полипептидной последовательности, которые не приводят к значительным модификациям свойств и функции указанного полипептида. Таким образом, например, многие аминокислоты зачастую без проблем можно заменять друг на друга; примерами таких подходящих аминокислотных замен являются: Ala на Ser; Arg на Lys; Asn на Gln или His; Asp на Glu; Cys на Ser; Gln на Asn; Glu на Asp; Gly на Pro; His на Asn или Gln; Ile на Leu или Val; Leu на Met или Val; Lys на Arg, или Gln, или Glu; Met на Leu или Ile; Phe на Met, или Leu, или Tyr; Ser на Thr; Thr на Ser; Trp на Tyr; Tyr на Trp или Phe; Val на Ile или Leu. Также известно, что модификации, в частности, по N- или C-концу полипептида, в форме, например, аминокислотных вставок или делеций, зачастую не оказывают значительного влияния на функцию полипептида.

Номера доступа, излагаемые в связи с настоящим изобретением, упоминаемые по всему настоящему описанию, соответствуют записям в базе данных NCBI ProteinBank на дату 26.07.2011; как правило, номер версии записи обозначен в данном документе с помощью «цифры», например «.1».

Все упомянутые процентные содержания (%) представляют собой, если не указано иное, массовый процент.

Согласно любому из аспектов настоящего изобретения клетка микроорганизма может быть выбрана из видов бактерий из группы, включающей Abiotrophia, Acaryochloris, Accumulibacter, Acetivibrio, Acetobacter, Acetohalobium, Acetonema, Achromobacter, Acidaminococcus, Acidimicrobium, Acidiphilium, Acidithiobacillus, Acidobacterium, Acidothermus, Acidovorax, Acinetobacter, Actinobacillus, Actinomyces, Actinosynnema, Aerococcus, Aeromicrobium, Aeromonas, Afipia, Aggregatibacter, Agrobacterium, Ahrensia, Akkermansia, Alcanivorax, Alicycliphilus, Alicyclobacillus, Aliivibrio, Alkalilimnicola, Alkaliphilus, Allochromatium, Alteromonadales, Alteromonas, Aminobacterium, Aminomonas, Ammonifex, Amycolatopsis, Amycolicicoccus, Anabaena, Anaerobaculum, Anaerococcus, Anaerofustis, Anaerolinea, Anaeromyxobacter, Anaerostipes, Anaerotruncus, Anaplasma, Anoxybacillus, Aquifex, Arcanobacterium, Arcobacter, Aromatoleum, Arthrobacter, Arthrospira, Asticcacaulis, Atopobium, Aurantimonas, Azoarcus, Azorhizobium, Azospirillum, Azotobacter, Bacillus, Bartonella, Basfia, Baumannia, Bdellovibrio, Beggiatoa, Beijerinckia, Bermanella, Beutenbergia, Bifidobacterium, Bilophila, Blastopirellula, Blautia, Blochmannia, Bordetella, Borrelia, Brachybacterium, Brachyspira, Bradyrhizobium, Brevibacillus, Brevibacterium, Brevundimonas, Brucella, Buchnera, Bulleidia, Burkholderia, Butyrivibrio, Caldalkalibacillus, Caldanaerobacter, Caldicellulosiruptor, Calditerrivibrio, Caminibacter, Campylobacter, Carboxydibrachium, Carboxydothermus, Cardiobacterium, Carnobacterium, Carsonella, Catenibacterium, Catenulispora, Catonella, Caulobacter, Cellulomonas, Cellvibrio, Centipeda, Chelativorans, Chloroflexus, Chromobacterium, Chromohalobacter, Chthoniobacter, Citreicella, Citrobacter, Citromicrobium, Clavibacter, Cloacamonas, Clostridium, Collinsella, Colwellia, Comamonas, Conexibacter, Congregibacter, Coprobacillus, Coprococcus, Coprothermobacter, Coraliomargarita, Coriobacterium, corrodens, Corynebacterium, Coxiella, Crocosphaera, Cronobacter, Cryptobacterium, Cupriavidus, Cyanobium, Cyanothece, Cylindrospermopsis, Dechloromonas, Deferribacter, Dehalococcoides, Dehalogenimonas, Deinococcus, Delftia, Denitrovibrio, Dermacoccus, Desmospora, Desulfarculus, Desulphateibacillum, Desulfitobacterium, Desulfobacca, Desulfobacterium, Desulfobulbus, Desulfococcus, Desulfohalobium, Desulfomicrobium, Desulfonatronospira, Desulforudis, Desulfotalea, Desulfotomaculum, Desulfovibrio, Desulfurispirillum, Desulfurobacterium, Desulfuromonas, Dethiobacter, Dethiosulfovibrio, Dialister, Dichelobacter, Dickeya, Dictyoglomus, Dietzia, Dinoroseobacter, Dorea, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elusimicrobium, Endoriftia, Enhydrobacter, Enterobacter, Enterococcus, Epulopiscium, Erwinia, Erysipelothrix, Erythrobacter, Escherichia, Ethanoligenens, Eubacterium, Eubacterium, Exiguobacterium, Faecalibacterium, Ferrimonas, Fervidobacterium, Fibrobacter, Finegoldia, Flexistipes, Francisella, Frankia, Fructobacillus, Fulvimarina, Fusobacterium, Gallibacterium, Gallionella, Gardnerella, Gemella, Gemmata, Gemmatimonas, Geobacillus, Geobacter, Geodermatophilus, Glaciecola, Gloeobacter, Glossina, Gluconacetobacter, Gordonia, Granulibacter, Granulicatella, Grimontia, Haemophilus, Hahella, Halanaerobiumns, Haliangium, Halomonas, Halorhodospira, Halothermothrix, Halothiobacillus, Hamiltonella, Helicobacter, Heliobacterium, Herbaspirillum, Herminiimonas, Herpetosiphon, Hippea, Hirschia, Histophilus, Hodgkinia, Hoeflea, Holdemania, Hydrogenivirga, Hydrogenobaculum, Hylemonella, Hyphomicrobium, Hyphomonas, Idiomarina, Ilyobacter, Intrasporangium, Isoptericola, Isosphaera, Janibacter, Janthinobacterium, Jonesia, Jonquetella, Kangiella, Ketogulonicigenium, Kineococcus, Kingella, Klebsiella, Kocuria, Koribacter, Kosmotoga, Kribbella, Ktedonobacter, Kytococcus, Labrenzia, Lactobacillus, Lactococcus, Laribacter, Lautropia, Lawsonia, Legionella, Leifsonia, Lentisphaera, Leptolyngbya, Leptospira, Leptothrix, Leptotrichia, Leuconostoc, Liberibacter, Limnobacter, Listeria, Loktanella, Lutiella, Lyngbya, Lysinibacillus, Macrococcus, Magnetococcus, Magnetospirillum, Mahella, Mannheimia, Maricaulis, Marinithermus, Marinobacter, Marinomonas, Mariprofundus, Maritimibacter, Marvinbryantia, Megasphaera, Meiothermus, Melissococcus, Mesorhizobium, Methylacidiphilum, Methylibium, Methylobacillus, Methylobacter, Methylobacterium, Methylococcus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methylophaga, Methylophilales, Methylosinus, Methyloversatilis, Methylovorus, Microbacterium, Micrococcus, Microcoleus, Microcystis, Microlunatus, Micromonospora, Mitsuokella, Mobiluncus, Moorella, Moraxella, Moritella, Mycobacterium, Myxococcus, Nakamurella, Natranaerobius, Neisseria, Neorickettsia, Neptuniibacter, Nitratifractor, Nitratiruptor, Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrosomonas, Nitrosospira, Nitrospira, Nocardia, Nocardioides, Nocardiopsis, Nodularia, Nostoc, Novosphingobium, Oceanibulbus, Oceanicaulis, Oceanicola, Oceanithermus, Oceanobacillus, Ochrobactrum, Octadecabacter, Odyssella, Oligotropha, Olsenella, Opitutus, Oribacterium, Orientia, Ornithinibacillus, Oscillatoria, Oscillochloris, Oxalobacter, Paenibacillus, Pantoea, Paracoccus, Parascardovia, Parasutterella, Parvibaculum, Parvimonas, Parvularcula, Pasteurella, Pasteuria, Pectobacterium, Pediococcus, Pedosphaera, Pelagibaca, Pelagibacter, Pelobacter, Pelotomaculum, Peptoniphilus, Peptostreptococcus, Persephonella, Petrotoga, Phaeobacter, Phascolarctobacterium, Phenylobacterium, Photobacterium, Pirellula, Planctomyces, Planococcus, Plesiocystis, Polaromonas, Polaromonas, Polymorphum, Polynucleobacter, Poribacteria, Prochlorococcus, Propionibacterium, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudoflavonifractor, Pseudomonas, Pseudonocardia, Pseudoramibacter, Pseudovibrio, Pseudoxanthomonas, Psychrobacter, Psychromonas, Puniceispirillum, Pusillimonas, Pyramidobacter, Rahnella, Ralstonia, Raphidiopsis, Regiella, Reinekea, Renibacterium, Rhizobium, Rhodobacter, Rhodococcus, Rhodoferax, Rhodomicrobium, Rhodopirellula, Rhodopseudomonas, Rhodospirillum, Rickettsia, Rickettsiella, Riesia, Roseburia, Roseibium, Roseiflexus, Roseobacter, Roseomonas, Roseovarius, Rothia, Rubrivivax, Rubrobacter, Ruegeria, Ruminococcus, Ruthia, Saccharomonospora, Saccharophagus, Saccharopolyspora, Sagittula, Salinispora, Salmonella, Sanguibacte, Scardovia, Sebaldella, Segniliparus, Selenomonas, Serratia, Shewanella, Shigella, Shuttleworthia, Sideroxydans, Silicibacter, Simonsiella, Sinorhizobium, Slackia, Sodalis, Solibacter, Solobacterium, Sorangium, Sphaerobacter, Sphingobium, Sphingomonas, Sphingopyxis, Spirochaeta, Sporosarcina, Stackebrandtia, Staphylococcus, Starkeya, Stenotrophomonas, Stigmatella, Streptobacillus, Streptococcus, Streptomyces, Streptosporangium, Subdoligranulum, subvibrioides, Succinatimonas, Sulfitobacter, Sulfobacillus, Sulfuricurvum, Sulfurihydrogenibium, Sulfurimonas, Sulfurospirillum, Sulfurovum, Sutterella, Symbiobacterium, Synechocystis, Syntrophobacter, Syntrophobotulus, Syntrophomonas, Syntrophothermus, Syntrophus, taiwanensis, Taylorella, Teredinibacter, Terriglobus, Thalassiobium, Thauera, Thermaerobacter, Thermanaerovibrio, Thermincola, Thermoanaerobacter, Thermoanaerobacterium, Thermobaculum, Thermobifida, Thermobispora, Thermocrinis, Thermodesulphateator, Thermodesulfobacterium, Thermodesulfobium, Thermodesulfovibrio, Thermomicrobium, Thermomonospora, Thermosediminibacter, Thermosinus, Thermosipho, Thermosynechococcus, Thermotoga, Thermovibrio, Thermus, Thioalkalimicrobium, Thioalkalivibrio, Thiobacillus, Thiomicrospira, Thiomonas, Tolumonas, Treponema, tribocorum, Trichodesmium, Tropheryma, Truepera, Tsukamurella, Turicibacter, Variovorax, Veillonella, Verminephrobacter, Verrucomicrobium, Verrucosispora, Vesicomyosocius, Vibrio, Vibrionales, Victivallis, Weissella, Wigglesworthia, Wolbachia, Wolinella, Xanthobacter, Xanthomonas, Xenorhabdus, Xylanimonas, Xylella, Yersinia, Zinderia и Zymomonas.

В частности, клетка микроорганизма может происходить из E. coli, Pseudomonas sp., Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida, Pseudomonas stutzeri, Acinetobacter sp., Burkholderia sp., Burkholderia thailandensis, Cyanobakterien, Klebsiella sp., Klebsiella oxytoca, Salmonella sp., Rhizobium sp. и Rhizobium meliloti, Bacillus sp., Bacillus subtilis, Clostridium sp., Corynebacterium sp., Corynebacterium glutamicum, Brevibacterium sp., Chlorella sp. и Nostoc sp. Более конкретно, клетка микроорганизма может происходить из E. coli.

Алканы представляют собой насыщенные углеводороды, которые имеют различное применение в зависимости от количества атомов углерода и от структуры алкана (т.е. разветвленный, линейный, циклический и т.д.). Алканы (строго говоря, всегда ациклические соединения или соединения с открытой цепью) имеют общую химическую формулу C_nH_2n+2. Алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать по меньшей мере 6 атомов C.

В частности, алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать 6-22, 6-20, 6-18, 6-17, 6-16, 6-15, 6-14, 6-13, 6-12, 6-11, 6-10, 8-20, 8-19, 8-18, 8-16, 8-15, 8-12, 8-10 атомов углерода (включительно). Алканы могут быть выбраны из группы, включающей гексан, гептан, октан, нонан, декан, ундекан, додекан, тридекан, тетрадекан, пентадекан, гексадекан и икозан. В частности, применяемый алкан может представлять собой декан, ундекан или додекан.

Фермент E₁

Фермент E₁может быть способен к превращению по меньшей мере одного алкана в соответствующий 1-алканол. В частности, E₁может представлять собой по меньшей мере одну P450-алкангидроксилазу (E_a) под EC 1.14.15.1 или AlkB-алкангидроксилазу (E_b) под EC 1.14.15.3. P450-алкангидроксилаза (E_a) является компонентом реакционной системы, содержащей

- два ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу и NAD(P)H-цитохром P450-оксидоредуктазу под EC 1.6.2.4, или

- три ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу типа CYP153, ферредоксин NAD(P)+ редуктазы под EC 1.18.1.2 или EC 1.18.1.3 и ферредоксин.

AlkB-алкангидроксилаза (E_1b) является компонентом реакционной системы, содержащей

- AlkB-алкангидроксилазы под EC 1.14.15.3, которые являются компонентом реакционной системы, содержащей три ферментативных компонента: AlkB-алкангидроксилазу под EC 1.14.15.3, AlkT-рубредоксин-NAD(P)+ редуктазу под EC 1.18.1.1 или под EC 1.18.1.4 и рубредоксин AlkG.

В частности, E₁может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E_b), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E₁ может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Даже более конкретно, E₁может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, E₁может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.

Фермент E_a

В частности, фермент E₁ может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E_a), выбранных из группы, включающей

AAO73954.1, AAO73953.1, XP_002546279.1, AAA34353.2, P30607.1, XP_002421627.1, XP_718670.1, CAA39366.1, XP_001527524.1, AAO73955.1, AAO73956.1, XP_002546278.1, EEQ43157.1, XP_718669.1, AAA34354.1, P10615.3, XP_002421628.1, 226487, P16141.3, CAA39367.1, Q9Y757.2, XP_001485567.1, AAO73958.1, XP_001383506.2, XP_460111.2, AAO73959.1, Q12586.1, XP_460112.2, AAO73960.1, Q12589.1, AAO73961.1, XP_460110.2, EEQ43763.1, XP_710174.1, EDK41572.2, XP_001482650.1, CAA75058.1, XP_002548818.1, Q12588.1, XP_002422222.1, XP_001383636.2, XP_001525381.1, XP_002548823.1, P30610.1, AAO73952.1, XP_002548428.1, CAA36197.1, XP_002421126.1, AAA34320.1, P16496.3, P30608.1, P24458.1, XP_717999.1, XP_001383817.1, Q9Y758.1, XP_001482092.1, XP_001383710.2, P30609.1, AAB24479.1, XP_457792.1, XP_001524144.1, XP_457727.2, XP_001525578.1, XP_002616743.1, XP_002614836.1, XP_001525577.1, AAO73957.1, Q12585.1, XP_001386440.2, XP_002616857.1, XP_001483276.1, XP_500402.1, EDK39907.2, XP_500560.1, XP_001211376.1, XP_002560027.1, XP_504857.1, XP_500855.1, XP_504406.1, BAA31433.1, XP_500856.1, XP_501148.1, XP_746567.1, XP_001262425.1, XP_001274843.1, XP_002840588.1, XP_002377641.1, XP_001825995.1, XP_001400739.1, XP_718066.1, CAA35593.1, XP_664735.1, XP_002150795.1, XP_500097.1, XP_002483325.1, XP_504311.1, XP_500273.1, XP_002548817.1, EDP54484.1, XP_755288.1, XP_001260447.1, EFY97851.1, ACD75398.1, ADK36660.1, XP_001213081.1, XP_002377989.1, XP_001826299.1, XP_001554811.1, XP_501667.1, XP_002148942.1, ADK36662.1, XP_002565827.1, P30611.1, XP_001267871.1, XP_002372373.1, EFY84686.1, P43083.1, XP_001263094.1, XP_002148355.1, XP_002568429.1, XP_001817314.1, Q12587.1, XP_001396435.1, XP_001938589.1, XP_001388497.2, XP_663661.1, XP_003295335.1, XP_002152088.1, XP_001212071.1, Q12573.1, XP_002379858.1, XP_001821592.1, XP_002844341.1, XP_001394678.1, ACD75400.1, BAK03594.1, XP_003170343.1, XP_001265480.1, XP_002550661.1, EDP55514.1, XP_001528842.1, XP_749919.1, XP_001593058.1, P30612.1, EGC48494.1, EEH04429.1, XP_001585586.1, XP_003236182.1, XP_001400199.1, EEQ46951.1, XP_721410.1, EGP87864.1, XP_002380808.1, XP_001792771.1, XP_001208515.1, XP_001216161.1, XP_003071804.1, EFW16963.1, XP_002542118.1, XP_001936677.1, EGD95268.1, XP_003015678.1, XP_501748.1, XP_003169562.1, EFY96492.1, XP_682653.1, XP_002421356.1, CAK43439.1, EFY93677.1, XP_747767.1, XP_001244958.1, XP_003019635.1, XP_002847463.1, EGP83273.1, EGR52487.1, XP_002622526.1, XP_002563618.1, CBX99718.1, XP_001552081.1, XP_003066638.1, XP_003176049.1, ACD75402.1, BAA05145.1, XP_002482834.1, XP_001257501.1, XP_001934574.1, XP_001269972.1, XP_001587438.1, XP_001215856.1, XP_002149824.1, XP_001550556.1, XP_003011982.1, XP_001827121.1, XP_003233566.1, XP_003022481.1, EGR47044.1, EFQ34695.1, XP_003170005.1, BAG09241.1, XP_002796370.1, XP_003019300.1, XP_002563873.1, CAK40654.1, EEH19741.1, XP_003012518.1, EGD95716.1, XP_003239409.1, BAJ04363.1, XP_001537012.1, BAE66393.1, EGP85214.1, XP_002487227.1, AAV66104.1, EGE07669.1, XP_362943.2, XP_003016806.1, EFQ27388.1, XP_002384360.1, XP_002836323.1, XP_001274959.1, EFZ03093.1, XP_661521.1, XP_002849803.1, XP_001589398.1, AAR99474.1, XP_003189427.1, XP_001823699.1, XP_364111.1, XP_001262753.1, EFY86805.1, XP_001390153.2, XP_002384738.1, XP_001941811.1, XP_001220831.1, XP_003296981.1, XP_002480829.1, BAD83681.1, XP_001827526.2, XP_369556.1, CAK38224.1, EFQ26532.1, XP_002562328.1, XP_001904540.1, EGO52476.1, XP_002382002.1, XP_001225874.1, XP_958030.2, XP_002540883.1, XP_001908957.1, XP_001559255.1, XP_364102.1, EDP48064.1, XP_365075.1, XP_381460.1, CBX95930.1, XP_003054099.1, XP_361347.2, XP_002846867.1, XP_001214985.1, EFQ35175.1, XP_002479062.1, XP_001908613.1, XP_003345380.1, EGR50567.1, XP_002479350.1, XP_001394417.2, XP_001394159.2, XP_002146776.1, EGP86783.1, EFX02953.1, CAK45889.1, XP_003006887.1, XP_002541427.1, XP_750735.1, XP_001257962.1, EGO51720.1, XP_003005336.1, EGP83197.1, XP_002149832.1, XP_003052680.1, XP_365851.1, XP_001799910.1, XP_003347175.1, XP_002565258.1, EGR48918.1, EGR52524.1, XP_964653.2, XP_002147083.1, XP_002843935.1, EEH19393.1, CAC10088.1, EEH47609.1, EEQ92528.1, XP_001246560.1, XP_002626168.1, XP_003024880.1, XP_003169255.1, XP_003013780.1, XP_003235691.1, XP_746816.1, EGD98483.1, XP_001389925.2, XP_002842817.1, XP_002797278.1, ADK36666.1, XP_003305469.1, XP_001548471.1, XP_001806478.1, EFQ34989.1, XP_001552987.1, CAC24473.1, XP_002541530.1, EEQ89262.1, XP_001247332.1, XP_003066043.1, EDP47672.1, XP_002628451.1, XP_001910644.1, EGR44510.1, EFQ36733.1, XP_003052472.1, XP_001393445.2, XP_001522438.1, EGO04179.1, XP_001397944.2, CAK49049.1, EFQ30109.1, XP_001585052.1, EGO30123.1, XP_388496.1, XP_003173913.1, CBF76609.1, XP_003028593.1, EGO04180.1, CAK46976.1, XP_370476.1, XP_002145942.1, XP_003004457.1, ADK36663.1, XP_003040708.1, XP_003351473.1, EFY84692.1, XP_748328.2, XP_003190325.1, XP_002378813.1, EGR46513.1, XP_003033448.1, XP_002145326.1, XP_662462.1, XP_747469.1, XP_001935085.1, EGR45892.1, EGO01601.1, EGP89995.1, XP_001222615.1, XP_001224356.1, EGN93507.1, XP_001934479.1, BAK09464.1, EGO30124.1, XP_001267956.1, ADK36661.1, EFY97845.1, XP_001834501.1, EGO03790.1, XP_001884320.1, XP_003028899.1, AAP79879.1, EFY84206.1, BAK09467.1, XP_003030469.1, XP_001412594.1, XP_001834508.1, XP_001839436.2, XP_002583529.1, XP_001886288.1, XP_002843371.1, XP_001587730.1, BAK09418.1, BAK09442.1, EGO28830.1, EGE03365.1, EFZ01428.1, EGO03065.1, XP_001558890.1, XP_002487181.1, EGO29652.1, AAX49400.1, EFY92529.1, XP_002380252.1, XP_001884460.1, BAK09387.1, XP_001839366.2, XP_003031835.1, EFY99978.1, AAL67906.1, BAG09240.1, XP_002381768.1, XP_001800031.1, XP_001825073.2, BAE63940.1, XP_003028894.1, AAL67905.1, XP_002910303.1, EGO22856.1, XP_003028896.1, XP_681680.1, XP_002486603.1, XP_001838945.2, EGR50064.1, XP_001884349.1, XP_001883816.1, CAK37996.1, CAO91865.1, XP_003031227.1, XP_001258702.1, XP_001586739.1, XP_001560806.1, CBF69707.1, ADN43682.1, XP_001593179.1, XP_001886909.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001886909.1, XP_001831709.2, XP_001392650.1, XP_366716.2, CAL69594.1, XP_001269140.1, XP_002566307.1, XP_001555473.1, XP_663925.1, XP_001598033.1, XP_001835239.2, EGN97256.1, XP_001554305.1, NP_182075.1, XP_001560475.1, EFQ32286.1, XP_001216788.1, XP_002483975.1, AAC31835.1, NP_850427.1, XP_002143660.1, XP_003327130.1, BAJ78287.1, XP_002880182.1, ACB59278.1, EFQ36688.1, BAJ78285.1, BAJ78286.1, XP_001798699.1, EEH44101.1, BAJ78288.1, BAJ78284.1, EGG02425.1, EGG03011.1, AAA34334.1, NP_001189747.1, EGG02601.1, XP_002978645.1, EGG11203.1, XP_762610.1, XP_762620.1, XP_001545581.1, CAB44684.1, CAN80536.1, AAN05337.1, NP_001049423.1, XP_001791898.1, NP_001031814.1, XP_002279531.1, ABK94777.1, AAZ39646.1, XP_002880183.1, ABC68403.1, XP_002839066.1, EGG03014.1, XP_002320074.1, NP_001182854.1, CBI38795.3, XP_002310605.1, NP_196442.2, XP_002270594.1, ABZ80830.1, XP_002275905.1, CBI38796.3, XP_002476978.1, CAB93726.1, EGG03624.1, EGG06527.1, NP_197710.1, XP_001768338.1, XP_002270673.1, BAJ86572.1, XP_002275806.1, CBI38797.3, XP_002320072.1, CAN60189.1, XP_002986290.1, XP_002465888.1, CAN80040.1, XP_002336104.1, XP_002988354.1, XP_002264277.1, EGD72898.1, XP_002866853.1, EAY95236.1, XP_002979701.1, XP_002988762.1, XP_002304502.1, XP_002873349.1, XP_003192947.1, CAN63571.1, NP_001053615.1, NP_176558.1, EGC49561.1, EGG09027.1, XP_002314581.1, XP_002446966.1, XP_002320802.1, ABC59095.1, XP_003323121.1, XP_002974639.1, XP_002395587.1, XP_002866852.1, XP_002319770.1, NP_001146262.1, NP_001169224.1, AAM65207.1, XP_002529058.1, XP_002886391.1, XP_002320071.1, XP_002446967.1, XP_757870.1, EAY95147.1, XP_002899664.1, EEH05830.1, XP_002874114.1, ADO24345.1, BAJ88802.1, BAA05146.1, XP_002963351.1, EAY88475.1, NP_195658.3, XP_002976944.1, ABC59093.1, XP_002275114.1, XP_003328407.1, CAN75428.1, BAJ86471.1, XP_002981144.1, XP_002277006.1, EAZ26110.1, ACN41008.1, XP_002899542.1, XP_001781614.1, EAY76187.1, BAK06758.1, XP_002511745.1, XP_002982626.1, XP_002963763.1, NP_001065111.1, ABF93892.1, XP_002314117.1, BAK06287.1, XP_001745327.1, NP_001047674.1, XP_002878665.1, XP_002974847.1, NP_179899.1, CAN80156.1, NP_001053543.1, ABC59094.1, XP_002328165.1, XP_002270628.1, XP_002275115.1, XP_002980688.1, XP_002465039.1, AAL91155.1, NP_195910.1, XP_002509820.1, NP_200694.1, CAA62082.1, AAL75903.1, XP_002468241.1, XP_002883546.1, XP_002862636.1, XP_002312905.1, EAY79269.1, AAM12494.1, XP_002875027.1, XP_758010.1, XP_002509524.1, AAP54707.2, XP_002869292.1, NP_001143079.1, ACF82946.1, XP_002270497.1, XP_002979685.1, XP_002465041.1, XP_002533544.1, AAG17470.1, XP_002985393.1, NP_191946.1, XP_002525608.1, AAZ39642.1, XP_002270428.1, XP_002529227.1, CBI24485.3, XP_001763206.1, EGG02922.1, XP_002974848.1, NP_001141467.1, CBI27149.3, NP_001130907.1, XP_002982474.1, NP_001048917.1, XP_002465889.1, ABZ80831.1, XP_002464461.1, EAY88476.1, BAJ90714.1, XP_002893825.1, ACN28568.1, XP_002452782.1, XP_002280004.1, XP_001764611.1, NP_001183394.1, BAJ89570.1, CBI24484.3, BAJ88840.1, ACG38359.1, CAN77648.1, BAJ91452.1, NP_001141345.1, XP_002282185.1, XP_002980994.1, XP_002299820.1, BAJ87982.1, BAJ91842.1, XP_003325270.1, XP_001760399.1, CBI34058.3, ADG34845.1, XP_002523775.1, EEH21852.1, Q50EK3.1, BAK06748.1, XP_002963764.1, ACN34158.1, XP_001764503.1, XP_002311750.1, XP_001782495.1, XP_002988642.1, XP_002465625.1, XP_002892051.1, XP_002279649.1, NP_171666.1, ABK28430.1, BAC42067.1, AED99869.1, NP_174713.1, XP_001781706.1, ABG66204.1, XP_002964775.1, NP_001064901.2, XP_002961706.1, XP_002519477.1, XP_001559854.1, CBH32594.1, BAB92258.1, XP_002264897.1, AAL59025.1, XP_002862576.1, ACL53124.1, XP_002521476.1, NP_200045.1, BAJ89814.1, CBI38794.3, XP_776769.1, NP_001141372.1, EEC74485.1, EAY76557.1, XP_002318861.1, NP_001172660.1, XP_002880978.1, AAO00706.1, BAK07606.1, XP_002979336.1, BAC42841.1, BAF46296.1, XP_002306380.1, XP_002865907.1, ACG34921.1, XP_002876375.1, NP_001056685.1, XP_002264292.1, XP_002893443.1, NP_001066096.1, EEE53477.1, CBH32607.1, EAY94753.1, NP_001130939.1, NP_182121.1, XP_002437749.1, NP_191222.1, XP_002865881.1, XP_569708.1, XP_002279670.1, BAJ94774.1, ABF93894.1, BAD94304.1, ACG33785.1, NP_194944.1, NP_180337.1, AAB63277.1, BAJ85246.1, XP_002456654.1, ACN27732.1, XP_002445325.1, EER40289.1, XP_001838184.2, BAJ85532.1, XP_002866555.1, EAY88477.1, ACG47870.1, XP_002310074.1, XP_002457224.1, EAZ25521.1, BAJ87689.1, NP_001044838.1, XP_002521004.1, XP_002882043.1, XP_002527038.1, XP_002318721.1, XP_002979339.1, NP_176086.1, XP_001560028.1, ABC59092.1, ABF93891.1, ACR38435.1, EAY78983.1, NP_179782.1, CCA21696.1, XP_002334340.1, EFX88387.1, NP_001044554.1, XP_002321857.1, NP_173862.1, NP_195660.1, XP_001554079.1, EAZ13864.1, EEC67630.1, EAY76183.1, AAP54710.2, NP_001065112.2, ACD10924.1, XP_001559275.1, EEC67338.1, XP_002273811.1, ADJ68242.1, NP_001065698.1, CAN66874.1, CAB41474.1, XP_002868908.1, XP_002904660.1, CAR47816.1, NP_189243.1, EAY98229.1, XP_002448320.1, O81117.2, XP_002458797.1, XP_002277129.1, BAJ88829.1, CAN67559.1, BAK08034.1, XP_002894062.1, XP_002894891.1, XP_002279981.1, ABR16451.1, NP_201150.1, AAM60854.1, XP_002521002.1, XP_002521474.1, XP_002875311.1, NP_195661.1, AAP79889.1, NP_175193.1, P98188.1, BAK08270.1, CBI21357.3, XP_002870817.1, XP_002904451.1, ABA95812.1, XP_002998647.1, NP_001066166.2, XP_002894690.1, EFY92064.1, XP_002278009.1, XP_002336002.1, CCA16508.1, XP_002868909.1, EAZ31703.1, C96517, EAY86526.1, XP_002307954.1, XP_002904638.1, XP_002266883.1, XP_002439880.1, XP_002892730.1, ADI52567.1, EGI61791.1, XP_002511196.1, EGG04372.1, XP_002511875.1, ACE75189.1, NP_001055681.1, XP_001589816.1, NP_001170655.1, XP_002300789.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001554079.1, XP_001559275.1, XP_002868908.1, XP_002998647.1, EFY92064.1, XP_002605799.1, BAC43393.1, ABK28457.1, AAL54887.1, BAC43161.1, XP_002333384.1, ZP_03631129.1, AAL84318.1, BAJ99856.1, XP_002593704.1, YP_001965159.1, XP_002454121.1, EFX88390.1, ABR16969.1, NP_177109.3, XP_002441724.1, NP_001166017.1, BAB92256.1, ACE75340.1, AAZ39645.1, XP_002312417.1, XP_002887239.1, NP_001172609.1, NP_001065766.1, XP_002515053.1, AAL54885.1, ABR16897.1, XP_002878579.1, NP_001140775.1, XP_003275955.1, ZP_08045694.1, BAJ94069.1, XP_001654558.1, XP_002436562.1, EAY88702.1, BAK03685.1, XP_003327629.1, XP_002322606.1, EEH42702.1, XP_002037976.1, NP_172774.1, XP_002282477.1, EFX88388.1, XP_002522465.1, EFZ21470.1, AAO41955.1, AAL54886.1, XP_002450277.1, XP_002862559.1, XP_002335046.1, XP_003328408.1, ACE75187.1, XP_001849294.1, XP_002444132.1, XP_002894061.1, EFN77015.1, EGI69992.1, CBI17962.3, AAL54884.1, XP_002998650.1, XP_002105150.1, XP_002877615.1, EFZ22412.1, XP_002439815.1, XP_002300790.1, CBI40391.3, AEI59774.1, XP_002801151.1, XP_003325267.1, XP_001554577.1, EAY79865.1, XP_002465796.1, XP_002931035.1, ABA91371.1, ACE75338.1, XP_001592850.1, XP_001362981.1, XP_002271246.1, EGB11905.1, NP_176713.1, CBJ27248.1, NP_566155.1, EFX87732.1, EEC71661.1, ACG29046.1, NP_001130576.1, XP_001843663.1, ABK25134.1, EGI65081.1, XP_002722841.1, AAL67908.2, AAO15579.1, YP_122047.1, EFA04617.1, YP_001522424.1, ACB87383.1, NP_001027517.1, EEE52725.1, XP_002078257.1, XP_002722842.1, ZP_05128707.1, XP_003208874.1, AAK31592.1, ABA95747.2, NP_001181472.1, NP_001075572.1, XP_001108915.1, XP_001520882.1, XP_002063219.1, EFZ22408.1, AAL57721.1, EFW47740.1, AAQ20834.1, CAN74644.1, XP_002722849.1, BAC30028.1, CAN75729.1, XP_002115603.1, AAN72309.1, EEC68823.1, CAM18519.1, EAZ13863.1, XP_002906159.1, NP_001003947.1, ZP_01858832.1, XP_002882162.1, XP_002089195.1, XP_002892729.1, CAN68037.1, NP_001130648.1, NP_001166016.1, NP_172773.4, ADJ68241.1, EGI62551.1, EFN63658.1, XP_002300103.1, XP_001658673.1, XP_001367719.1, NP_775146.1, XP_001375048.1, AAH21377.1, NP_727589.1, XP_002271847.1, XP_001809620.1, XP_002897528.1, NP_190421.1, XP_002282468.1, XP_536868.2, EEE58297.1, XP_001992105.1, EAY82190.1, ADD20161.1, XP_001363065.1, EAU77129.3, EAY72807.1, EGG03077.1, NP_001181489.1, NP_001177869.1, XP_001966135.1, BAA99522.1, BAK07250.1, XP_002133118.1, NP_001042228.1, AAL57720.1, XP_002897529.1, AAA35712.1, YP_002275016.1, NP_000770.2, XP_002721578.1, XP_321208.4, AAM09532.1, EFN61085.1, BAK06179.1, EFX88389.1, YP_001602608.1, XP_513140.3, NP_001182438.1, AAD31068.1, NP_001093242.1, XP_001367758.2, EFZ18984.1, YP_691921.1, CAH59968.1, AAS80270.1, CAH59967.1, ACQ99381.2, YP_003810988.1, YP_957888.1, CBW44755.1, ZP_05042596.1, ZP_01913735.1, ZP_05043097.1, ADQ00145.1, YP_004494060.1, ZP_08206912.1, BAE78452.1, NP_114222.1, ACZ56357.1, YP_640381.1, ZP_04384919.1, ZP_08025219.1, ZP_07715822.1, ZP_06847816.1, YP_001702784.1, AEK27137.1, ZP_07716433.1, ZP_08199554.1, YP_004495520.1, YP_345718.1, ZP_08022914.1, YP_001851443.1, BAG50428.1, YP_001135848.1, BAF95905.1, YP_345695.1, ACP39691.1, ACP39664.1, ACP39635.1, ACP39633.1, ACP39710.1, ACP39698.1, ACP39711.1, BAE47475.1, BAE47474.1, ABW76858.1, ACO50699.1, ACP39643.1, ACP39639.1, ACP39708.1, ACM68663.1, ACP39642.1, ACP39684.1, ACP39636.1, ZP_05095005.1, ACP39652.1, BAE47473.1, ACM68664.1, ACP39646.1, ACP39680.1, ACP39692.1, ACP39675.1, ACP39632.1, ZP_05129284.1, ACP39706.1, ACP39695.1, ACM68665.1, ACP39654.1, ACP39665.1, ACP39649.1, BAE47472.1, ACM68668.1, ACP39676.1, ACP39648.1, ACP39647.1, ZP_01102434.1, ACM68666.1, ACP39641.1, ACM68669.1, ZP_01625037.1, ACP39690.1, ACP39696.1, ACP39697.1, ACP39707.1, ACP39682.1, ACP39650.1, ACP39638.1, ZP_05126641.1, CAH04396.1, ACP39658.1, ZP_01102687.1, ACJ06772.1, YP_001413041.1, YP_552058.1, ADE05601.1, ADI19685.1, BAE47479.1, ZP_01626700.1, ZP_01618279.1, CAH61448.1, YP_001411305.1, YP_003591161.1, ZP_01615522.1, ACM68667.1, ACP39651.1, ZP_05095535.1, ZP_01618489.1, NP_418882.1, ADI19983.1, ACP39677.1, BAE47476.1, ACP39655.1, ACP39656.1, ADI19696.1, BAE47477.1, YP_001413399.1, YP_459878.1, BAE47480.1, BAE47481.1, ACP39653.1, BAE47478.1, YP_001681656.1, ZP_01618281.1, ZP_01627262.1, YP_001413057.1, YP_760740.1, YP_001242466.1, YP_001203574.1, CAH61454.1, YP_002129656.1, YP_001672075.1, ACP39709.1, YP_001990805.1, NP_946959.1, YP_001203575.1, YP_783213.1, YP_003059227.1, YP_004110202.1, ACP39645.1, YP_487538.1, CAH61451.1, YP_570816.1, YP_534107.1, YP_001413223.1, YP_001242465.1, YP_557448.1, ZP_08631162.1, NP_773883.1, ZP_00997728.1, ACP39683.1, NP_768493.1, NP_773882.1, ZP_08271781.1, CAH61449.1, YP_003883668.1, YP_003332953.1, YP_004535688.1, YP_495502.1, YP_459378.1, ZP_08700267.1, ZP_01863452.1, ZP_06860085.1, BAE47487.1, YP_617903.1, ZP_08207422.1, BAE47486.1, ZP_01041003.1, BAE47484.1, ACR78197.1, CAH61456.1, ZP_01858113.1, ACP39681.1, BAE47485.1, ACP39673.1, BAE47483.1, ACP39669.1, BAE47482.1, ACP39674.1, ACP39704.1, ACP39703.1, YP_497095.1, ACP39672.1, ACP39702.1, ACP39670.1, ACP39666.1, YP_458852.1, ACP39687.1, ACP39688.1, ACP39634.1, ACP39686.1, ACP39660.1, ACP39700.1, YP_001411309.1, ZP_01465241.1, ACP39701.1, ACP39679.1, ACP39657.1, ACP39694.1, ACP39659.1, ACP39671.1, ACP39693.1 и YP_003342921.1.

Фермент E_b

В другом примере фермент E₁ может представлять собой по меньшей мере одну AlkB-алкангидроксилазу (E_1b), выбранную из группы, включающей

YP_001185946.1, Q9WWW6.1, YP_957898.1, YP_957728.1, YP_694427.1, BAC98365.1, ZP_00957064.1, CAC86944.1, YP_001672212.1, CAB59525.1, ACH99213.1, ACH99215.1, ACH99216.1, AAK56792.1, ACH99229.1, ACS91348.1, AAP41820.1, ZP_05128075.1, CAM58121.1, CAM58085.1, ACQ44675.1, ACZ62808.1, ZP_01738706.1, ZP_01916228.1, ZP_01225325.1, YP_001023605.1, ACJ22747.1, ACT91140.1, AAT91722.2, CBA27418.1, YP_001889129.1, EGC97932.1, ACT91201.1, ZP_05083049.1, YP_554098.1, ZP_01900149.1, ADG26619.1, ADG26657.1, ADG26640.1, ZP_06838771.1, ADG26649.1, ADG26651.1, ZP_02374120.1, YP_368326.1, ZP_02380481.1, ADG26643.1, ADG26628.1, YP_442346.1, ADG26620.1, ADG26647.1, ZP_07673680.1, ADG26638.1, YP_002232139.1, YP_001118743.1, ZP_01764629.1, YP_108945.1, YP_334185.1, ZP_04897834.1, ZP_02889567.1, YP_620386.1, YP_002897546.1, ZP_02166109.1, ZP_02904755.1, ADG26639.1, YP_001892637.1, ADG26642.1, ZP_04939380.1, ZP_02464124.1, YP_102417.1, CAC36356.1, ACJ22727.1, YP_001764240.1, YP_002765609.1, YP_001945311.1, ZP_03586616.1, ACJ22665.1, ZP_03574223.1, CAC37038.1, ZP_02456517.1, YP_001807560.1, YP_002779449.1, AAK97454.1, YP_002912304.1, ACR55689.1, YP_003397515.1, YP_004361423.1, YP_772734.1, ACJ65014.1, ACT31523.1, ACJ22750.1, ZP_07375042.1, YP_002776786.1, ACB11552.1, ZP_02363472.1, ADG26653.1, ZP_04383196.1, ZP_02356342.1, ACJ22751.1, YP_952571.1, ACU43494.1, YP_001135977.1, YP_002764193.1, YP_003855036.1, YP_004078475.1, AAK97448.1, ZP_04388098.1, ACX30747.1, ADG26632.1, ACJ22719.1, ADO21492.1, ZP_05061580.1, ADR72654.1, ACZ65961.1, ACX30755.1, YP_001849604.1, AAV64895.1, YP_004495037.1, YP_702497.1, YP_001069662.1, ZP_06850622.1, BAF34299.1, CAB51024.2, YP_004008018.1, YP_003768535.1, ACJ65013.1, ZP_07282765.1, YP_886209.1, ACJ22725.1, ZP_08155372.1, YP_004493362.1, ZP_05228000.1, ZP_07717360.1, BAD67020.1, YP_004524245.1, ZP_07715778.1, NP_217769.1, ACS91349.1, YP_960105.1, ZP_07014137.1, YP_004746682.1, ZP_08022271.1, ACN62569.1, ADQ37951.1, YP_003647687.1, YP_003837040.1, ADG26600.1, YP_002768905.1, ZP_08553310.1, ADG26597.1, ACJ22749.1, ADG26598.1, YP_001704327.1, ZP_04385381.1, ZP_04751264.1, ADG26609.1, ADG26610.1, ZP_06417258.1, ADG26607.1, ADP98338.1, YP_003275257.1, YP_004084103.1, ADG26630.1, ADG26625.1, ADG26605.1, ADG26599.1, ZP_05218167.1, ADQ37950.1, YP_921354.1, ADG26645.1, ADG26612.1, YP_004493370.1, YP_638501.1, YP_003809668.1, NP_962298.1, ZP_04750514.1, ADG26608.1, ADT82701.1, ACJ06773.1, YP_120833.1, ADG26618.1, ADG26602.1, ADG26623.1, ZP_04383566.1, ZP_08122407.1, YP_004077166.1, ZP_05041651.1, ZP_04608296.1, ABU93351.2, YP_003658078.1, ADQ37949.1, ADG26652.1, YP_002765850.1, AAK97447.1, CAD24434.1, CAC40954.1, ACT91203.1, YP_120829.1, ZP_07282558.1, YP_003298195.1, YP_001851790.1, ZP_05827357.1, ADG26633.1, CAB51020.1, YP_953908.1, ZP_07990416.1, YP_119532.1, ZP_08442348.1, ZP_08276444.1, ZP_04661203.1, ABO12068.2, YP_001846325.1, ADQ37952.1, ZP_08198697.1, ZP_00996652.1, YP_001707231.1, ZP_08433663.1, ZP_08205256.1, YP_003732372.1, YP_906529.1, ACT91204.1, YP_001506534.1, YP_001713880.1, YP_883357.1, YP_004525252.1, ADG26604.1, YP_001134633.1, ZP_08195602.1, ZP_06690500.1, ZP_05826167.1, ADY81595.1, ZP_06056754.1, AAK31348.1, YP_251715.1, ZP_08461977.1, ZP_05847237.1, YP_712218.1, YP_001084670.1, ZP_04387164.1, YP_260041.1, YP_002873097.1, ADG26614.1, AAK97446.1, YP_001280943.1, ZP_04386125.1, AAC36353.2, CCA29159.1, CAD10804.1, CCA29151.1, CAC40953.1, CCA29161.1, ABA55770.1, AAS93604.4, CCA29173.1, CCA29155.1, CCA29156.1, ABA55772.1, CCA29154.1, ABA55793.1, CCA29162.1, CCA29170.1, ZP_03824539.1, CCA29166.1, CCA29136.1, ZP_06065934.1, ABB54493.1, CCA29169.1, YP_003112137.1, CCA29127.1, CCA29148.1, CCA29160.1, ZP_06057458.1, ABA55773.1, YP_004016090.1, CCA29139.1, YP_480358.1, ABA55787.1, CCA29150.1, CCA29130.1, ZP_07775830.1, ABA55779.1, CCA29132.1, YP_003732938.1, BAB33284.1, CCA29149.1, CCA29145.1, ABA55783.1, CCA29137.1, CCA29129.1, CCA29158.1, CCA29176.1, CCA29142.1, CCA29144.1, BAB33287.1, CCA29133.1, CCA29140.1, CCA29135.1, ZP_06066074.1, ZP_03823182.1, CCA29171.1, CCA29152.1, CCA29131.1, ABA55780.1, CCA29163.1, CCA29143.1, CCA29153.1, YP_001580600.1, CCA29134.1, CCA29138.1, YP_046098.1, ZP_06072466.1, ZP_05361594.1, ACU43504.1, CCA29147.1, CCA29146.1, ZP_06061712.1, ACT91185.1, ACT91147.1, ACT91178.1, ACT91167.1, ACT91181.1, ACT91188.1, ZP_06069784.1, ACT91205.1, ZP_06725872.1, ACT91171.1, CCA29128.1, ABY56787.1, ADE05602.1, ACU43474.1, ACJ22718.1, ABB90688.1, ACU43519.1, ABB96093.1, ACU43485.1, ACU43493.1, ABW76857.1, ACT91163.1, ACJ22673.1, ZP_06188150.1, ACT91242.1, ACT91225.1, ACT91211.1, ACU43479.1, ACU43491.1, ACU43522.1, ACU43486.1, ACT91221.1, ACJ22662.1, ACU43506.1, ACU43487.1, ACT91259.1, AAA97866.1, ACU43502.1, YP_001252544.1, ABB96084.1, ACU43520.1, ACJ22668.1, ACU43503.1, ACT91230.1, ABA55777.1, ACT91231.1, ZP_01748311.1, ACJ22724.1, ACU43475.1, ACU43511.1, ACU43490.1, ZP_08330953.1, ACU43484.1, CBX01596.1, ACT91168.1, YP_096989.1, ACT91215.1, YP_125370.1, ACT91233.1, ACU43478.1, ADE05603.1, ACJ22715.1, ACU43512.1, ACT91196.1, ACJ22692.1, ACU43510.1, ACU43521.1, ACT91174.1, ACT91213.1, ACT91142.1, ACT91206.1, ACT91216.1, ACT91182.1, ACT91255.1, ACT91246.1, ACT91217.1, ACT91155.1, ACT91240.1, ACT91207.1, ACU43495.1, YP_128249.1, ACT91160.1, YP_004052990.1, ACT91226.1, ACU43507.1, ABO61855.1, ACT91214.1, ACT91220.1, YP_001188237.1, ACJ22689.1, ZP_01689499.1, YP_004379711.1, ACJ22748.1, ABB90683.1, ACT91223.1, ACT91235.1, ABO61786.1, ACU43508.1, ACU43492.1, ACT91219.1, ACT91244.1, ABO61856.1, ACT91239.1, ACU43473.1, ABO61850.1, ACT91262.1, ACT91261.1, ACT91224.1, ACU43499.1, ACU43488.1, ADO21767.1, YP_004654946.1, ADO21777.1, ABB96089.1, ABO61852.1, ABO61847.1, ACT91222.1, ADO21764.1, ACU43477.1, ADO21773.1, ABO61787.1, ABB96080.1, ABO61857.1, ACT91228.1, ABB96070.1, ADO21744.1, ACT91245.1, CAG17608.1, ADO21747.1, YP_001349162.1, ABK63807.1, ZP_06879583.1, NP_250216.1, ACT91234.1, ZP_01364874.1, ABO61789.1, ADO21772.1, ACU43516.1, ACU43505.1, ACU43501.1, ACT91236.1, ZP_07792758.1, ACZ64723.1, ADO21743.1, ADO21759.1, ACZ64752.1, ADO21755.1, ACD75517.1, YP_790621.1, ACB11551.1, ADO21748.1, NP_251264.1, ZP_01365940.1, ADO21762.1, ADO21739.1, ACU43496.1, ABO61854.1, ZP_06878434.1, ACU43489.1, ACU43483.1, ADO21746.1, ACT91237.1, ZP_01895378.1, ACT91164.1, ADO21736.1, ACJ22711.1, ACZ64754.1, ZP_05042146.1, ADO21688.1, ADO21648.1, YP_001348003.1, ADP98656.1, ADO21737.1, ADO21760.1, ADO21754.1, ADO21740.1, ACZ64758.1, ACU43497.1, ZP_01912185.1, ABB96111.1, ACU43482.1, ACB11549.1, ADO21775.1, CCA29157.1, ADO21681.1, ADO21668.1, ADO21656.1, ACU43517.1, ACT91165.1, ACJ22695.1, ACJ22688.1, ABB96071.1, ADO21763.1, ACT91241.1, ADO21735.1, ACB11550.1, ADO21778.1, ACT91172.1, ADO21765.1, ABB96087.1, CBJ30233.1, ACJ22752.1, ABB96105.1, ACB15251.1, ACJ22694.1, ACZ64741.1, ACZ64706.1, ABB96108.1, ACT91191.1, ABB96101.1, ABB90691.1, ACZ64745.1, YP_691842.1, ABB96075.1, ABB90682.1, ABB90690.1, ADO21676.1, ADO21679.1, ABO61768.1, YP_435857.1, ACJ22722.1, ACT91238.1, ACZ64725.1, CAC14062.1, ADO21682.1, ACZ64771.1, ACZ64718.1, ACZ64724.1, ADO21670.1, ADO21667.1, CAC37048.1, ACZ64708.1, ABB96092.1, ACJ22687.1, ACZ64703.1, ADO21690.1, ABB92364.1, ACB11547.1, ACZ64720.1, ADO21655.1, ACZ64717.1, ADO21680.1, ACZ64757.1, ACZ64733.1, ACT91144.1, ACU43481.1, ACT91179.1, ZP_02181409.1, ACZ64704.1, ABB96073.1, ACJ22675.1, ACZ64721.1, ABB96090.1, ACJ22729.1, ACU43515.1, ZP_01307000.1, ABB90685.1, YP_003862088.1, ACZ64715.1, ACZ64710.1, ACJ22735.1, ABB90687.1, ADO21661.1, ADO21674.1, ACT91177.1, ABB54492.1, ABB96076.1, ABB92365.1, ACT91194.1, ADO21689.1, ACJ22691.1, ABB90681.1, ADO21649.1, ADO21671.1, ACZ64728.1, ABB96095.1, CAC40945.1, ADO21652.1, ADO21665.1, ADE08461.1, ADO21678.1, ACZ64705.1, ACJ22690.1, ADO21675.1, ADO21685.1, ABB96072.1, ACJ22736.1, ACB11540.1, ABB96091.1, ACI04540.1, ACT91251.1, ACT91146.1, ACT91166.1, ACT91156.1, ADO21752.1, ADO21673.1, ADO21725.1, ABB96104.1, ABB90694.1, ABB90696.1, ACT91173.1, ADO21647.1, ZP_03700804.1, ACT91232.1, ADO21694.1, CAC40949.1, ABB92361.1, ACT91195.1, ACI04538.1, ADO21691.1, ACJ22685.1, ADO21653.1, ABS12461.1, ACZ64736.1, ACZ64772.1, ABB90680.1, ADO21659.1, ACZ64774.1, ADO21684.1, ADO21729.1, ADO21650.1, ADO21733.1, ACZ64755.1, ACZ64751.1, ABA55775.1, ADO21738.1, CCA29174.1, ADO21669.1, ACZ64744.1, ADO21654.1, ADO21768.1, ABB96106.1, CCA29168.1, ACT91176.1, ACB11555.1, ABB90695.1, ADO21660.1, ACJ22666.1, ACZ64778.1, ADO21766.1, ADO21677.1, ZP_02161687.1, CCA29165.1, ADO21745.1, ACB11548.1, ABB90689.1, ABB96107.1, AAT46052.1, ADO21718.1, ADO21722.1, ABB96088.1, EFW40271.1, ADO21686.1, ABB96103.1, ACU43500.1, ACB11536.1, ABB92360.1, CCA29167.1, ACT91199.1, ACZ64770.1, ACJ22716.1, ABA55786.1, ACZ64737.1, ABB96083.1, ACJ22676.1, ACZ64735.1, ACT91212.1, ACJ22765.1, CAJ01371.1, CAC17734.1, ABD36389.1, ACB11537.1, CAC08515.1, ACZ64714.1, ACU43513.1, ABB96082.1, ADN21387.1, ADO21711.1, ABD36392.1, ABR10770.1, CAC37049.1, ABB96098.1, ABB90692.1, ACB11535.1, ACZ64768.1, ACJ22756.1, ABB96094.1, ABA55791.1, ABB96078.1, ACT91141.1, ACZ64779.1, ACZ64750.1, CAJ01370.1, ACZ64753.1, ACU43480.1, ABA55794.1, ABB96085.1, ABB96110.1, YP_004448035.1, ACZ64709.1, ABB96102.1, ACZ64773.1, CCA29175.1, ACZ64749.1, ACZ64756.1, ACZ64781.1, ABO61777.1, ACZ64759.1, ACZ64764.1, ACZ64740.1, ACT91249.1, ZP_03702922.1, ACB11545.1, ACZ64775.1, ACZ64769.1, ACT91145.1, ACZ64742.1, ACT91254.1, ACZ64762.1, ACZ64716.1, ACZ64777.1, ADM26559.1, ABB96096.1, ACZ64780.1, ZP_01201250.1, CAH55829.1, ZP_01052921.1, ABB96077.1, ADO21658.1, ACT91161.1, ABB90684.1, ACR56750.1, ABB90697.1, ACZ64746.1, ABB92367.1, ACT91139.1, ACZ64763.1, ACT91200.1, ABO61773.1, ABB96081.1, ACZ64748.1, ACZ64782.1, ACU43498.1, ADO21651.1, ABB90679.1, BAG06233.1, ACZ64747.1, ABB96086.1, ACZ64761.1, ABB92370.1, ABO61774.1, ACT91175.1, ABB90686.1, ACB11546.1, ZP_01740604.1, ABO61785.1, YP_001531377.1, XP_001434539.1, ABA55767.1, ABO21865.1, ABF55636.1, ABA55751.1, ABB90698.1, ADD12311.1, ACZ64765.1, ABB92366.1, ABB92368.1, ACI04539.1, XP_001023288.1, ACZ64783.1, ADO21692.1, ZP_01753800.1, ACZ64760.1, ACZ64700.1, ZP_01055480.1, ACZ64767.1, ACZ64701.1, ABA55745.1, ABA55752.1, ACZ64766.1, YP_614640.1, ABA55759.1, ADO21723.1, BAG06232.1, ZP_01002389.1, ABB90693.1, ACT91264.1, ABB92358.1, BAF99026.1, ABR10769.1, ZP_00959618.1, AEA08580.1, ADD22986.1, CAB51023.1, CAC40958.1, ADO21709.1, CAB51025.1, ACI15226.1, ACJ22680.1, ZP_05741459.1, ACT91248.1, ABU48567.1, ABO61792.1, ACJ22754.1, EFN53276.1, AAL87644.1, ACT91209.1, ZP_02147281.1, ACU43518.1, ACZ64776.1, ACB11543.1, ACT91151.1, ACJ22764.1, ACT91159.1, ABA18186.1, AEA08579.1, ADO21770.1, ABF55634.1, CAA27179.1, ABA55741.1, ADO21705.1, ZP_01754375.1, ACB11541.1, ACR56751.1, ACT91250.1, ADO21769.1, ADO21753.1, ABB96097.1, ACT91208.1, ABO21867.1, ADO21757.1, ACB11554.1, ABA55749.1, CAC40951.1, ADO21719.1, ABB96074.1, ZP_00954267.1, ZP_05786269.1, AEH76912.1, ABA55742.1, ABA55748.1, BAG06236.1, ADO21732.1, ABA55750.1, ABA55768.1, ACT31522.1, ZP_05090796.1, ACZ64739.1, YP_915886.1, ADO21731.1, CAC40948.1, XP_001032273.1, AEH76911.1, ABA55743.1, ABO61769.1, ABA55755.1, ZP_05122263.1, ADO21756.1, ABA55744.1, ABA55746.1, ZP_01901011.1, ZP_02150761.1, ADO21742.1, ACR56752.1, ABA55747.1, ABF55637.1, ABA55740.1, ABA55760.1, ZP_00948812.1, ABA55804.1, ADO21771.1, ZP_05342453.1, ABF55638.1, YP_508336.1, ABB92357.1, ZP_01049702.1, ABU48546.1, ABU48555.1, ABA55764.1, ABO21866.1, ZP_05079274.1, ZP_01880441.1, ACZ64738.1, ZP_05842058.1, ACT91218.1, ABA55769.1, ABA55739.1, ABA55803.1, ACT91247.1, ABA55782.1, ACZ17539.1, ABB92359.1, ACH69966.1, ZP_01035050.1, ACZ17537.1, ABA55774.1, ACZ64729.1, ACZ17538.1, ZP_01751972.1, ACZ64731.1, ACZ64702.1, AAR13803.1, AEJ28400.1, ZP_05099213.1, CAB51021.1, ACZ17531.1, AEH76914.1, ZP_05051648.1, ACZ64726.1, ACZ17540.1, ACZ64727.1, ZP_02152773.1, ACT91253.1, ACZ17536.1, XP_001423873.1, ACZ17534.1, YP_168645.1, ACZ17520.1, ABY56786.1, ACB11539.1, ZP_01157350.1, AEH76910.1, ABY56784.1, AAY85982.1, ACT91257.1, ACB11544.1, ACZ17532.1, ZP_01746661.1, ABA55771.1, BAG06235.1, EGR32049.1, YP_001166282.1, ABO61799.1, ABA55757.1, AEH76915.1, ACO59264.1, ABO26125.1, AEA08577.1, ACT91265.1, ABY56785.1, ACZ17528.1, ABO61798.1, ADO21749.1, ACT91263.1, ACT91252.1, ACZ64722.1, ABO61771.1, ACZ17526.1, ABO26123.1, ADO21714.1, ZP_01000906.1, ABO61796.1, ADC29534.1, ACB15250.1, ACD47155.1, ACZ17525.1, ACB11553.1, ABD36391.1, AEH76913.1, ACZ17523.1, ABO61781.1, ACZ17524.1, ZP_01914093.1, ACB11538.1, ZP_01015838.1, ACJ22693.1, ACB15252.1, CAC86945.1, ACO59265.1, ABO61791.1, ACZ17521.1, ABO26124.1, ACZ64732.1, ACU43514.1, ACT91256.1, ACM63043.1, ACS75820.1, ZP_08666479.1, CAH03133.1, BAG06234.1, AEH76916.1, ABO61790.1, ABE72965.1, ACZ64711.1, ACB11542.1, AAY26148.1, ABA55776.1, ACZ17522.1, ACZ64734.1, AEA08578.1, ACZ17530.1, ZP_04062748.1, ACJ22755.1, NP_969039.1, AAY26149.1, ACJ22761.1, ABU48543.1, ZP_08414255.1, AAT91720.1, ZP_01444283.1, ABA55796.1, ABU48542.1, YP_001042010.1, YP_001234392.1, YP_351510.1, ACZ64730.1, ZP_08634611.1, ACZ17529.1, ACJ22667.1, AAT91719.1, YP_004283531.1, ABO61801.1, ACZ17519.1, ABO15266.1, CAB51040.1, ACZ64707.1, ACJ22766.1, ABO26121.1, ZP_01878984.1, CAB51039.1, ABA55795.1, ABO15269.1, ABO15247.1, ACJ22763.1, ABO15251.1, ACZ17527.1, ABO15270.1, ACJ22769.1, ADE06670.1, ZP_05780387.1, ABO61770.1, ACT91258.1, ABO15258.1, ABO15257.1, ABU48545.1, CAC86946.1, ABO15267.1, ZP_01741446.1, ABU48544.1, YP_002296646.1, AEH76917.1, ADC29550.1, YP_002527219.1, ABK88246.1, ADN21388.1, ACT91210.1, ZP_05064795.1, ABJ16487.1, XP_002675644.1, ABJ16489.1, ADA71089.1, ADA71088.1, AAT46053.1, ZP_01744806.1, ZP_01037964.1, ZP_00955262.1, ABJ16493.1, YP_001840157.1, ZP_00964204.1, ABB40596.1, ACB15249.1, ADD82963.1, YP_004499590.1, ZP_01011524.1, ACJ22758.1, ZP_01748906.1, ACV30052.1, ZP_06191942.1, YP_001188029.1, ACD63080.1, YP_166583.1, AAV41375.1, ZP_00998265.1, ACJ22757.1, ABB13506.2, ABI13999.1, ABI14004.1, ABB13509.1, YP_371980.1, ZP_01755711.1, ZP_05065835.1, ZP_00959368.1, XP_001020063.1, ABJ16481.1, ABI14006.1, ZP_05101918.1, ZP_01913733.1, ABI14001.1, ABM92270.1, ABI14003.1, CAH03132.1, YP_973211.1, ABA55797.1, YP_003578527.1, ABJ16483.1, ABJ16482.1, CBY78068.1, ACT91260.1, YP_509155.1, ABB13508.1, ABJ16485.1, ABO61779.1, ABI14005.1, ACM63042.1, ADC29543.1, ZP_02153440.1, YP_709335.1, ABI13998.1, ABI14002.1, AAB70825.1, ACX30751.1, ABI14000.1, YP_003617173.1, ZP_01155421.1, ACX30752.1, NP_542887.1, ADC29546.1, AAC38359.1, ADC29541.1, XP_001020064.1, ZP_01442436.1, ZP_05103090.1, ADC29544.1, ABO61809.1, AAY89939.1, ACH99235.1, CAH55830.1, ABO26095.1, YP_004011670.1, ABO26084.1, ADA71083.1, ABO26087.1, ABO61806.1, ADC29531.1, ABO26109.1, ACJ22753.1, ABO26089.1, ABO26093.1, ABO26092.1, ABO61827.1, ABO26105.1, ABO26112.1, AAT91721.1, ABO26120.1, ABO26090.1, ABO26088.1, ABO61811.1, ABO61783.1, CAH55827.1, ACH99232.1, ABO61828.1, ADC29530.1, ACH99234.1, AAQ88276.1, CAH55823.1, ABO26103.1, ACH99233.1, ABO61836.1, ABO26094.1, ABO61840.1, YP_004534277.1, ZP_05845010.1, ABO61821.1, ACH99231.1, AAV68403.1, ABO61839.1, CAH56098.1, ABO26085.1, ABO61826.1, ABO61822.1, ABO26110.1, ABO61810.1, ABO61844.1, ABO61825.1, ABO26099.1, ACJ22767.1, ABO26102.1, YP_004535707.1, ACJ22762.1, ABO26097.1, BAC65444.1, ABO61829.1, YP_114083.1, CAH55828.1, ABO26106.1, YP_552229.1, NP_049190.1, ABO26116.1, CAH56107.1, CAM32407.1, ABO26101.1, ABO61841.1, ABM79805.1, ZP_05075249.1, AAC27438.2, YP_003754872.1, ADC29532.1, ADA71139.1, ADA71107.1, ADA71095.1, YP_001268217.1, ADA71126.1, ADA71094.1, CAH56108.1, ADC29533.1, ADA71085.1, ZP_05054453.1, ADA71097.1, ADA71086.1, ADA71114.1, ADC29548.1, ADA71101.1, ADC29547.1, ADA71138.1, ADC29542.1, ADA71098.1, ADA71128.1, ADA71105.1, ADA71093.1, ADA71135.1, ADA71100.1, YP_557479.1, ADA71113.1, ADA71091.1, ADC29537.1, ADA71084.1, ADA71090.1, CAH56094.1, XP_002945767.1, ADA71137.1, ADA71103.1, ADA71118.1, ADA71133.1, ADA71102.1, ADC29536.1, CAH56100.1, CAH56101.1, ACI15225.1, ACI15225.1, ABO26091.1, CAH55826.1, CAH55824.1, ZP_08484419.1, ADA71111.1, ACJ22759.1, CAH55825.1, CAH56106.1, CAH56099.1, CAC40957.1, ZP_05075037.1, CAH56102.1, ZP_06846296.1, ABJ16491.1, ZP_05067177.1, XP_001698107.1, BAH10789.1, BAH10791.1, BAH10793.1, BAH10788.1, ABJ16490.1, BAH10800.1, BAH10790.1, BAH10792.1, ZP_05075214.1, BAH10799.1, BAH10795.1, BAH10787.1, BAH10798.1, BAH10794.1, BAH10801.1, BAH10796.1, BAH10797.1, BAH10802.1, CAH56095.1, CAH56096.1, ADC29538.1, ABX76425.1, ZP_06727686.1, ZP_07774883.1 и YP_001615042.1.

Фермент E₂

Фермент E₂может быть способен к превращению 1-алканола в соответствующий 1-алканаль. В частности, E₂может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E_a) под EC 1.14.15.3, AlkB-алкангидроксилаз (E_b) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидаз (E_c) под EC 1.1.3.20 или алкогольдегидрогеназ (E_d) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2. Более конкретно, E₂ может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазу (E_a), AlkB-алкангидроксилазу (E_b), алкогольоксидазу (E_c) под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназу (E_di) и алкогольдегидрогеназу (E_dii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.

В частности, E₂может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E_b), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E₂ может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Еще более конкретно, E₂может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, E₂может содержать полипепетид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.

Фермент E_c

Алкогольоксидаза (E_c) может быть выбрана из группы, включающей

AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, XP_001525361.1, XP_001386087.1, XP_459506.2, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_001385255.2, EDK39369.2, XP_001484086.1, XP_002618046.1, XP_002548766.1, XP_002548765.1, XP_003041566.1, XP_003328562.1, XP_001214264.1, XP_001904377.1, XP_658227.1, XP_001591990.1, XP_753079.1, XP_002569337.1, XP_001268562.1, XP_003348911.1, EGP90120.1, XP_001389382.1, EER37923.1, XP_001264046.1, EGO58212.1, XP_001554225.1, XP_003298648.1, XP_959005.1, XP_002841296.1, XP_001940486.1, EGR52262.1, EEQ89581.1, EGD99881.1, EFQ33355.1, XP_001821106.1, XP_002622231.1, EGG03784.1, EGC44059.1, XP_003018036.1, XP_003011696.1, EFY90752.1, XP_001227812.1, XP_758170.1, XP_001243546.1, XP_002479333.1, XP_003344707.1, EFW14100.1, XP_003071927.1, XP_003171263.1, XP_003051757.1, XP_002147053.1, EEH19591.1, EEH50473.1, XP_001792978.1, XP_387094.1, EFY98644.1, XP_002788971.1, XP_002842592.1, EFX04185.1, XP_003231449.1, XP_001729067.1, CBX94189.1, XP_001413535.1, ACF22878.1, B5WWZ9.1, XP_002994642.1, XP_002269629.1, XP_002519938.1, XP_002982582.1, NP_001047464.1, EEC73620.1, XP_002981110.1, XP_002960521.1, NP_566729.1, XP_001541970.1, XP_002967201.1, BAK00483.1, XP_002182547.1, BAK02336.1, XP_002454190.1, XP_002328753.1, XP_002867943.1, XP_002285334.1, CAC87643.1, CAN71289.1, XP_002454188.1, AAL31049.1, XP_002464494.1, AAL31021.1, YP_117187.1, XP_002543430.1, CAA18625.1, XP_002883430.1, NP_193673.2, XP_002529832.1, XP_001753124.1, NP_001142399.1, ACN27562.1, XP_002464495.1, ACR36691.1, BAJ86655.1, B5WWZ8.1, NP_001148058.1, ABR17814.1, EAY78905.1, NP_194586.1, AAM63097.1, AAK64154.1, NP_001064839.2, XP_002869492.1, XP_002314488.1, AAL31024.1, ZP_06967355.1, AAP54248.2, XP_002311685.1, ACF87929.1, YP_907078.1, EGE07035.1, YP_001849908.1, XP_002464496.1, EEC67160.1, AAL31027.1, XP_001761391.1, XP_002961172.1, XP_002528823.1, XP_002966834.1, NP_001176205.1, XP_001763007.1, XP_002272123.1, XP_002889487.1, XP_003003157.1, NP_285451.1, EGG23219.1, NP_171895.2, YP_003395677.1, Q9ZWB9.1, ACF88407.1, ZP_06413771.1, EEE51131.1, YP_003835264.1, YP_003397164.1, YP_004081922.1, XP_003294587.1, EEE51130.1, YP_003647529.1, YP_003647985.1, CBI29206.3, XP_629786.1, ZP_07964664.1, EEE57396.1, EEH09589.1, YP_003265796.1, YP_001840752.1, ZP_08620775.1, ACR36076.1, ZP_05043749.1, YP_980677.1, ZP_05043728.1, YP_692894.1, NP_710223.1, EEC67159.1, AAP03110.1, EFA85697.1, YP_691805.1, YP_551012.1, YP_001174466.1, YP_002796294.1, YP_004716331.1, YP_001019547.1, YP_585737.1, AEA86007.1, YP_960830.1, YP_004743970.1, ZP_03431349.1, ZP_06448642.1, ZP_07430351.1, NP_215006.2, ZP_03535393.1, ZP_06801690.1, YP_001849132.1, NP_854165.1, ZP_03427234.1, CBJ27378.1, NP_334920.1, ZP_08571383.1, YP_728161.1, ZP_01896040.1, ZP_03530923.1, YP_551306.1, YP_003167456.1, YP_606070.1, ZP_06850167.1, ADP99095.1, YP_907986.1, ZP_04924166.1, ZP_08139923.1, YP_001270300.1, YP_521830.1, YP_003147410.1, YP_002007173.1, ADR62464.1, YP_004382294.1, NP_747223.1, YP_004687462.1, NP_902159.1, ZP_04936784.1, YP_003914667.1, ZP_01306356.1, ZP_04750553.1, YP_002875279.1, YP_004704374.1, YP_001671392.1, NP_249055.1, ZP_06876360.1, YP_001345853.1, YP_002437969.1, YP_004356853.1, YP_351075.1, CBI23676.3, YP_001189668.1, YP_001528881.1, YP_001613612.1, YP_001747218.1, YP_003393002.1, YP_001365074.1, ZP_07778129.1, ZP_07392715.1, YP_001553329.1, YP_262925.1, YP_751961.1, YP_564183.1, YP_003811876.1, YP_002356821.1, YP_001051828.1, YP_001837525.1, NP_716513.1, ZP_01915079.1, ZP_02156621.1, YP_001184631.1, YP_001475595.1, ZP_05042393.1, YP_962228.1, YP_001612275.1, ADV55625.1, YP_001675797.1, YP_003555260.1, ZP_01075039.1, YP_003812822.1, YP_001503351.1, EFN52938.1, YP_001759063.1, ZP_06503577.1, YP_871025.1, ZP_08564919.1, YP_002310162.1, YP_732875.1, YP_001092722.1, YP_739324.1, XP_002333995.1, NP_085596.1, YP_928870.1, EGD05748.1, NP_443993.1, ZP_08138057.1, ZP_05041587.1, ZP_07011380.1, YP_001612684.1, ZP_07669342.1, ZP_06508361.1, ZP_03423639.1, YP_923293.1, ZP_05061865.1, ZP_08181496.1, YP_559605.1, ZP_06841320.1, ZP_01620712.1, YP_001896340.1, ZP_03276650.1, YP_004303194.1, ZP_08180715.1, ZP_06382740.1, ZP_01034555.1, YP_004604560.1, YP_001020142.1, YP_935375.1, ZP_01546137.1, ZP_07661079.1, YP_001860640.1, ZP_06052841.1, ZP_01881170.1, ZP_05781455.1, YP_932732.1, ZP_08119300.1, YP_004715268.1, ZP_03697402.1, YP_004126957.1, ZP_06703136.1, NP_642445.1, ZP_08273900.1, YP_004524313.1, ZP_01902993.1, YP_001900094.1, AEA84888.1, YP_004690289.1, NP_714358.1, YP_682471.1, YP_003239.1, YP_997465.1, YP_003452130.1, ZP_01739153.1, YP_004219483.1, YP_001761298.1, ZP_01438251.1, CBI37146.3, ZP_04748383.1, YP_004362245.1, ZP_05912795.1, YP_003390234.1, YP_003122799.1, CCB77579.1, EGB06416.1, ZP_08389346.1, YP_191496.1, ZP_05224727.1, ZP_01125614.1, YP_466287.1, YP_001368620.1, YP_001380256.1, YP_002361951.1, YP_002756103.1, YP_001801399.1, ZP_06847140.1, YP_003200069.1, YP_001940247.1, YP_001584322.1, ZP_04679227.1, YP_002493674.1, YP_002135530.1, YP_004290424.1, YP_001772011.1, ZP_08189046.1, ZP_03423640.1, YP_001834251.1, ZP_01041752.1, YP_001533410.1, YP_269751.1, YP_002432994.1, YP_003694653.1, CAD47896.1, NP_769359.1, YP_004239460.1, YP_004605221.1, YP_001961214.1, YP_001837513.1, YP_004335962.1, YP_004358600.1, ZP_05050026.1, YP_003202983.1, BAD03777.1, ZP_02165013.1, NP_774131.1, YP_432169.1, ZP_05000547.1, YP_001261233.1, XP_002593969.1, XP_002603265.1, YP_003342435.1, ZP_01253183.1, EGO36831.1, YP_001866737.1, YP_001523879.1, YP_133594.1, YP_003768990.1, YP_001237820.1, YP_003133224.1, ZP_01896771.1, ZP_01865125.1, NP_960319.1, YP_826958.1, YP_003326608.1, YP_002219515.1, NP_217926.1, ZP_07441899.2, YP_001208178.1, ADM42038.1, YP_002433510.1, ZP_08274313.1, EGO38668.1, ZP_03393221.1, NP_356358.1, ZP_06055780.1, YP_001684562.1, ZP_08528157.1, BAD03162.1, YP_001800712.1, ACL37106.1, YP_883489.1, ZP_01075202.1, NP_969446.1, ZP_01129577.1, YP_001530285.1, ZP_04746501.1, YP_001341980.1, YP_905003.1, ZP_05218299.1 и ZP_08665577.1.

В частности, алкогольоксидаза (E_c) может быть выбрана из группы, включающей AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_002548766.1 и XP_002548765.1.

Фермент E_di

В частности, AlkJ-алкогольдегидрогеназа (E_di) может быть выбрана из группы, включающей

Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1, YP_001672216.1, YP_552061.1, YP_130410.1, ZP_06155535.1, ZP_01222730.1, YP_691907.1, YP_002297804.1, YP_004283522.1, YP_001234383.1, YP_004435031.1, ZP_05110316.1, ZP_05042898.1, YP_004466324.1, ZP_08553549.1, YP_004125220.1, ADI22536.1, ADI18461.1, YP_003810975.1, YP_662346.1, YP_004427557.1, YP_692606.1, ZP_05043291.1, YP_440752.1, ZP_02386160.1, ZP_04763547.1, ZP_02361232.1, YP_003376674.1, ZP_02354055.1, ZP_05085930.1, ADQ00130.1, YP_003643016.1, ZP_05040520.1, YP_691922.1, AAX23098.1, BAD07371.1, NP_104379.1, YP_002551960.1, YP_003908558.1, YP_987903.1, ZP_05785860.1, YP_004145612.1, YP_004140926.1, CAZ88300.1, ZP_05041901.1, YP_533645.1, ZP_01754259.1, CBA31223.1, YP_587542.1, YP_106852.1, ZP_08402506.1, ZP_05055020.1, ZP_02400829.1, YP_104747.1, ZP_02409412.1, YP_001057269.1, YP_004229837.1, YP_294429.1, YP_001028112.1, ZP_02479747.1, YP_002874799.1, ZP_03541051.1, YP_003606536.1, ZP_02887167.1, YP_001795572.1, YP_487451.1, ACZ62814.1, YP_560809.1, ZP_02167462.1, YP_004482869.1, YP_001581248.1, ZP_07374066.1, YP_001203981.1, ZP_06840259.1, ZP_01915145.1, NP_774525.1, ZP_03561080.1, YP_001208258.1, YP_001897374.1, YP_001413909.1, YP_366469.1, YP_521854.1, YP_004490642.1, YP_003280349.1, ZP_03588744.1, YP_001562229.1, YP_001120981.1, ZP_03574970.1, YP_004234225.1, ZP_02377531.1, ZP_02149954.1, YP_001237360.1, ZP_03266156.1, YP_782821.1, YP_004754039.1, BAB61732.1, ZP_07046388.1, ZP_02145452.1, BAF45123.1, YP_002129953.1, YP_003812439.1, ZP_01055291.1, BAF45124.1, EGH71399.1, ZP_05060389.1, ZP_05090872.1, BAF45126.1, BAB07804.1, ZP_06053464.1, YP_001238278.1, ZP_04944469.1, YP_001171160.1, YP_002984373.1, YP_002237649.1, ZP_08276443.1, BAF98451.1, ZP_05124197.1, YP_568640.1, ZP_05785341.1, NP_769037.1, YP_370657.1, YP_775005.1, ZP_02911119.1, YP_165460.1, ZP_02891796.1, YP_622328.1, ZP_07675057.1, YP_001901188.1, YP_003592183.1, ZP_02361040.1, NP_518244.1, YP_001809673.1, NP_947032.1, YP_001766369.1, YP_002255997.1, ZP_04940241.1, YP_004012032.1, YP_841049.1, YP_002983249.1, YP_003643276.1, YP_003855487.1, YP_003778137.1, ZP_02361104.1, CBA30511.1, ZP_05781295.1, YP_756865.1, ZP_02461782.1, YP_002007988.1, YP_004110133.1, YP_002229680.1, ZP_02386040.1, YP_004684069.1, YP_373268.1, YP_440614.1, NP_421441.1, YP_264896.1, YP_004362617.1, ZP_06053847.1, YP_366538.1, YP_003812285.1, YP_004154520.1, ZP_01901081.1, ZP_02372179.1, ZP_02453559.1, ADP98564.1, YP_003747084.1, ZP_02487888.1, ZP_01768075.1, ZP_02400664.1, YP_106680.1, YP_724753.1, YP_002907583.1, YP_004482470.1, YP_167582.1, YP_270109.1, YP_004362333.1, ZP_02504034.1, YP_003189363.1, YP_973212.1, ZP_00952746.1, YP_459665.1, YP_777218.1, YP_581107.1, ZP_01878091.1, ZP_01057973.1, YP_002913124.1, ZP_01035570.1, YP_001777560.1, YP_552627.1, ZP_02890876.1, YP_587146.1, YP_004141814.1, YP_001685369.1, ZP_05343380.1, NP_886000.1, ZP_04942359.1, ZP_01913732.1, ZP_08244266.1, YP_002233254.1, ZP_01816670.1, YP_837233.1, ZP_07478008.1, ZP_01985205.1, ZP_07473972.1, ZP_01067090.1, ZP_01867788.1, ZP_01754024.1, EGM19144.1, ZP_07741283.1, ZP_06876839.1, YP_002395287.1, ZP_07795498.1, NP_102692.1, NP_252789.1, YP_004451100.1, ZP_01305514.1, YP_002438481.1, ZP_04930310.1, YP_001810189.1, YP_104187.1, ZP_01367534.1, YP_001346382.1, ZP_01878466.1, YP_789017.1, YP_001115422.1, ZP_05067451.1, ZP_05842072.1, YP_001682976.1, YP_761348.1, YP_004611600.1, YP_004188241.1, NP_419761.1, EFV85163.1, YP_684227.1, ZP_06177455.1, NP_935088.1, YP_004614491.1, ZP_08697916.1, YP_004689366.1, ZP_05052326.1, YP_267420.1, YP_728575.1, YP_001759584.1, YP_557446.1, ZP_06844897.1, ZP_06079799.1, YP_003771143.1, ZP_05094472.1, YP_511622.1, ACF98205.1, YP_582314.1, ZP_07660450.1, YP_004065269.1, YP_003979606.1, YP_002520401.1, YP_003579281.1, ZP_01749397.1, ZP_03265018.1, ZP_07283393.1, YP_001532150.1, YP_298941.1, ZP_06688181.1, ZP_01611660.1, ZP_02367747.1, EGP42870.1, ZP_00993245.1, ABY65992.1, YP_354800.1, ZP_01747277.1, YP_561728.1, ZP_02190947.1, YP_605824.1, YP_001991873.1, ZP_00955792.1, YP_003594401.1, YP_004156101.1, YP_001472858.1, YP_001746950.1, ZP_08410042.1, ZP_01116604.1, ADP99912.1, ZP_01692203.1, YP_001328534.1, YP_999236.1, YP_002278452.1, ZP_01306234.1, YP_002871776.1, ZP_02369920.1, ZP_01896942.1, YP_002289724.1, AEG07584.1, YP_999005.1, YP_003552461.1, YP_270668.1, ZP_06862917.1, YP_001811327.1, YP_001166036.1, ABW06653.1, ZP_01548976.1, ZP_07774606.1, ZP_05888080.1, YP_003301477.1, YP_341748.1, ZP_05100248.1, YP_918038.1, YP_001500869.1, YP_004305296.1, YP_003342584.1, NP_947961.1, ZP_05124765.1, ZP_01904700.1, YP_003696207.1, YP_004156699.1, YP_001241858.1, NP_104253.1, YP_676241.1, ZP_01736903.1, ZP_00960121.1, NP_436019.1, YP_002945716.1, YP_259594.1, EFV86615.1, AAY87334.1, NP_900970.1, AEG07409.1, YP_349087.1, YP_004141055.1, YP_001169476.1, YP_001566960.1, YP_260472.1, ZP_07028078.1, YP_004610468.1, YP_003066461.1, YP_961096.1, ZP_08666573.1, ZP_02187363.1, YP_001631518.1, ZP_08141293.1, YP_001666324.1, NP_387083.1, YP_001526184.1, YP_165213.1, YP_003694923.1, YP_004433897.1, YP_001265431.1, ZP_05068964.1, YP_002313077.1, ZP_02372305.1, YP_004486039.1, YP_341901.1, YP_001862312.1, YP_004681983.1, YP_617373.1, EFV86570.1, YP_001673285.1, BAK39604.1, YP_001669327.1, YP_004353150.1, YP_001888124.1, ZP_08645365.1, YP_003410784.1, YP_841363.1, EGP44033.1, YP_001633470.1, EGP42855.1, ZP_01115125.1, ADR57794.1, YP_784649.1, YP_373898.1, Q47944.1, YP_001117950.1, ZP_02380339.1, ZP_03697092.1, YP_003187112.1, YP_004065439.1, NP_742226.1, YP_002429878.1, YP_003556403.1, AEH81535.1, YP_001887935.1, YP_554605.1, ZP_07333059.1, YP_001991668.1, YP_003694210.1, YP_222680.1, YP_002232672.1, YP_001763402.1, YP_001806802.1, YP_662156.1, ZP_05153429.1, ZP_01893457.1, ZP_04595387.1, ADP99389.1, ZP_02890074.1, YP_001313582.1, NP_387401.1, ZP_01863693.1, YP_750630.1, ZP_04939997.1, YP_268077.1, ZP_05169265.1, NP_888994.1, ZP_08408421.1, YP_001155137.1, NP_699017.1, YP_002008190.1, YP_004493716.1, YP_266277.1, YP_004654190.1, YP_943422.1, ZP_05162503.1, ZP_02905080.1, ZP_02905080.1, ZP_03784461.1, YP_001601784.1, YP_002233786.1, YP_622842.1, YP_002822679.1, ZP_04944312.1, ZP_05179897.1, YP_004483124.1, YP_003390414.1, YP_771968.1, YP_001628465.1, YP_004311599.1, ZP_01037150.1, ZP_01611812.1, ZP_03575238.1, YP_002278603.1, YP_001593845.1, EGD01613.1, YP_297574.1, YP_367509.1, YP_998315.1, ZP_08664883.1, ZP_05114787.1, ZP_05450190.1, YP_298028.1, ZP_01034678.1, YP_002827796.1, YP_372762.1, YP_004466723.1, ZP_01012072.1, YP_320380.1, ZP_01075202.1, YP_001312358.1, YP_681895.1, ZP_07718189.1, EGP55868.1, YP_003750799.1, YP_002984725.1, YP_002543360.1, ZP_01040714.1, ZP_04717111.1, YP_002422932.1, YP_003506115.1, ZP_01444019.1, ZP_03587285.1, YP_771439.1, YP_001947593.1, YP_001049712.1, YP_003979888.1, YP_001553786.1, YP_003980878.1, YP_001578274.1, YP_472442.1, YP_778292.1, EGE56670.1, YP_002779312.1, YP_432169.1, YP_560963.1, YP_001265285.1, YP_002822699.1, YP_002278091.1, ZP_08632361.1, YP_002229178.1, ZP_06840392.1, ZP_05069105.1, ZP_00998644.1, YP_004487901.1, YP_680905.1, YP_728088.1, YP_001985833.1, YP_002007099.1, ZP_05066777.1, ZP_01551182.1, YP_002973332.1, ZP_04681414.1, ZP_07675148.1, AEH83964.1, YP_004692042.1, CBJ36337.1, EGP48473.1, ZP_03585612.1, YP_001369428.1, YP_001897527.1, AEG08472.1, YP_001166065.1, NP_437018.1, NP_294689.1, YP_002541437.1, YP_004692953.1, NP_107484.1, YP_995681.1, YP_765267.1, YP_166223.1, ZP_01740635.1, YP_001234127.1, ZP_02186681.1, YP_004140839.1, YP_001584499.1, ADI17244.1, ZP_08698744.1, YP_001022991.1, EFV84582.1, ZP_01743515.1, YP_001816113.1, YP_004688050.1, YP_001342912.1, ZP_01125614.1, EGD05029.1, ZP_03569823.1, ZP_05089337.1, YP_001901091.1, NP_886663.1, ZP_07718907.1, YP_004687387.1, NP_521464.1, ZP_06688394.1, ZP_08099738.1, ZP_02885452.1, YP_003744085.1, YP_001328823.1, ZP_02488044.1, ZP_01015005.1, YP_002983153.1, ZP_06898725.1, ZP_05886707.1, ZP_08101209.1, ZP_03319462.1, YP_003134969.1, YP_001188857.1, YP_004557767.1, YP_004675666.1, YP_004358728.1, YP_002252541.1, YP_684009.1, ZP_05085667.1, ZP_02144674.1, YP_004127560.1, ZP_01901604.1, YP_004280074.1, AEG67402.1, YP_001416516.1, ZP_01054720.1, ZP_08197897.1, NP_107235.1, YP_002909966.1, ZP_01545876.1, ZP_02147729.1, ZP_00946537.1, ZP_01903844.1, ZP_05085589.1, ACV84069.1, YP_367172.1, ZP_02165272.1, YP_701696.1, ZP_04935724.1, ZP_02191362.1, ZP_01740154.1, ZP_07662819.1, NP_103908.1, YP_003159313.1, YP_003197010.1, ZP_02152342.1, YP_001907189.1, YP_004387414.1, YP_001413869.1, ZP_01916549.1, ZP_03264661.1, AAY82840.1, YP_003277969.1, YP_767433.1, ZP_01226234.1, EGE55950.1, NP_882474.1, ZP_04680938.1, YP_004417965.1, ZP_01367142.1, EGM13684.1, YP_001262083.1, ZP_01881606.1, ZP_01002680.1, YP_003606679.1, YP_001868359.1, ZP_01446736.1, YP_004141411.1, YP_002438878.1, YP_002500414.1, EGP55675.1, ZP_08405873.1, YP_002975318.1, YP_002823637.1, ZP_02188786.1, YP_004617386.1, ABL61001.1, YP_004190679.1, YP_004418710.1, YP_001264994.1, NP_252399.1, ACA21517.1, YP_002541208.1, YP_001369943.1, YP_789454.1, YP_004688060.1, YP_611623.1, ZP_07795086.1, ZP_04929943.1, YP_004444316.1, ZP_01866687.1, ZP_05973466.1, YP_004353327.1, ZP_05780591.1, ZP_05784784.1, NP_936564.1, ZP_05739211.1, ZP_05113045.1, ZP_06689273.1, ZP_06972168.1, ZP_01616404.1, ZP_07659253.1, ZP_05117914.1, YP_585662.1, YP_004230016.1, NP_763554.1, NP_744101.1, ZP_02465308.1, ACN56476.1, YP_004689565.1, YP_001600608.1, ZP_06792595.1, YP_001258553.1, ZP_05165722.1, ZP_03785098.1, YP_002276744.1, YP_002524856.1, ADP98420.1, YP_001669248.1, ZP_04764988.1, ZP_08528163.1, ZP_08529409.1, ZP_05944625.1, YP_676267.1, CBA26630.1, YP_001592413.1, YP_003486465.1, ZP_02187562.1, ZP_03702891.1, YP_760283.1, ZP_05450850.1, YP_004533595.1, ZP_02153313.1, YP_001859265.1, YP_001524099.1, ZP_06126913.1, ZP_07374926.1, ZP_05050787.1, ZP_01035411.1, Q8YFY2.2, YP_002280903.1, EGM21512.1, YP_004603010.1, ZP_05088581.1, YP_004302488.1, YP_004141219.1, NP_697569.1, YP_003908705.1, YP_915505.1, YP_001789228.1, YP_001042739.1, YP_133405.1, ZP_05180516.1, ZP_05174702.1, ZP_01438051.1, ZP_04590345.1, ZP_08411937.1, NP_356519.2, ZP_00964019.1, ZP_00998343.1, ZP_05181994.1, YP_004107969.1, ZP_02168070.1, ZP_01750865.1, YP_574504.1, YP_004579902.1, YP_104440.1, ZP_05452167.1, ZP_05342702.1, YP_001862883.1, YP_004538242.1, ZP_07471513.1, ZP_05169558.1, ZP_00956995.1, ZP_05096699.1, YP_004610916.1, ZP_01218118.1, AAU95210.1, ZP_02405087.1, ZP_04890639.1, YP_352237.1, ZP_02413594.1, ZP_07474023.1, NP_541317.1, YP_001993222.1, ZP_08199001.1, YP_471839.1, ZP_02492080.1, ZP_04901176.1, ZP_06915396.1, ZP_07474845.1, ZP_07477743.1, YP_004152647.1, YP_004755056.1, ZP_05086419.1, YP_004577547.1, ACD99850.1, YP_980426.1, ZP_05457072.1, ZP_05936041.1, NP_700124.1, ADT85599.1, YP_110012.1, ZP_05076113.1, YP_001068288.1, ZP_02457871.1, ZP_01014169.1, EGE60620.1, YP_001346810.1, YP_003408795.1, YP_003769675.1, YP_001257876.1, EGH93583.1, ZP_01442222.1, YP_331617.1, ZP_05636703.1, YP_001594896.1, YP_002822967.1, YP_118823.1, ZP_01878717.1, ZP_07375284.1, YP_001371250.1, ZP_07658682.1, YP_002898825.1, ZP_01547199.1, YP_223070.1, ZP_05161482.1, ZP_04679742.1, YP_002778618.1, ZP_01626756.1, ZP_05101564.1, YP_002947374.1, NP_385053.1, YP_001328117.1, YP_004493948.1, YP_003339515.1, YP_004699488.1, ZP_05101969.1, YP_485352.1, ZP_01746033.1, ZP_06712293.1, ZP_01158125.1, ZP_01058616.1, ZP_05739755.1, NP_949067.1, ZP_02364657.1, YP_570690.1, YP_001208663.1, ZP_02357557.1, ZP_04751682.1, YP_001326253.1, YP_487666.1, ZP_05167919.1, ADI18237.1, YP_002825245.1, ZP_02144858.1, ZP_02188790.1, ZP_06794586.1, YP_001809828.1, YP_997974.1, YP_001476791.1, ZP_08635286.1, YP_676287.1, ZP_07308228.1, ZP_04596242.1, YP_001622726.1, NP_699590.1, ZP_01446884.1, YP_001168504.1, ZP_01616388.1, ZP_05117189.1, ZP_05876432.1, ADT64694.1, ZP_01754911.1, ZP_05880498.1, ZP_02360829.1, ZP_06052433.1, ZP_08663540.1, YP_003768966.1, ZP_02165422.1, ZP_00960985.1, ZP_07026655.1, YP_001753039.1, YP_371288.1, YP_002974725.1, YP_776880.1, ZP_05784963.1, ZP_05124380.1, YP_459030.1, ZP_05090690.1, ZP_05064893.1, ZP_02367982.1, ZP_01890564.1, NP_541848.1, ZP_00960263.1, ZP_02961617.1, YP_001242097.1 и ZP_05838258.1.

В частности E_diможет быть выбран из группы, включающей Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1 и YP_001672216.1.

Фермент E_dii

Алкогольдегидрогеназа (E_dii) может быть выбрана из группы, включающей AdhE, AdhP, YjgB, YqhD, GldA, EutG, YiaY, AdhE, AdhP, YhhX, YahK, HdhA, HisD, SerA, Tdh, Ugd, Udg, Gmd, YefA, YbiC, YdfG, YeaU, TtuC, YeiQ, YgbJ, YgcU, YgcT, YgcV, YggP, YgjR, YliI, YqiB, YzzH, LdhA, GapA, Epd, Dld, GatD, Gcd, GlpA, GlpB, GlpC, GlpD, GpsA и YphC из бактерий, в частности из E. coli.

Фермент E₃

Фермент E₃может быть способен к превращению по меньшей мере одного 1-алканаля в соответствующую алкановую кислоту. В частности, E₃может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (E_c) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E_di) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E_dii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению 1-алканола через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту, и альдегиддегидрогеназы (E_e).

Фермент E_e

Фермент E_e, альдегиддегидрогеназа, может быть способен к катализу превращения:

ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир).

Чтобы катализировать вышеуказанную реакцию, E_e может представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5, оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.99.- и алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.

В одном примере E_e может быть способен к специфическому катализу следующей реакции:

ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P)⁺ = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P)H + H⁺.

В этом случае фермент E_eможет представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5 и может быть выбран из группы, включающей Prr, Usg, MhpF, AstD, GdhA, FrmA, Feab, Asd, Sad, PuuE, GabT, YgaW, BetB, PutA, PuuC, FeaB, AldA, Prr, EutA, GabD, AldB, TynA и YneI из бактерий, в частности, из E. coli.

В другом примере фермент E_eможет быть способен к катализу следующей реакции:

ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + O₂ = -карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + H₂O₂.

В этом случае E_eможет представлять собой оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20 и может быть выбран из перечня, предусмотренного для фермента E_c выше.

В другом примере E_e может представлять собой по меньшей мере одну из AlkJ-алкогольдегидрогеназ под EC 1.1.99 и может быть выбран из перечня, предусмотренного выше для E_di.

В дополнительном примере E_e может представлять собой алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, выбранные из перечня, предусмотренного для фермента E_dii.

Фермент E₄

Фермент E₄может быть способен к превращению по меньшей мере одной алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты. В частности, E₄может представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира, также известных как алкоголь-O-ацилтрансфераза (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75) (E_f) или алкоголь-O-ацетилтрансфераза (E_g) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).

В одном примере E₄может представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира (E_f). Более конкретно, E₄ может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с ADP1 Acinetobacter calcoaceticus или O-ацетилтрансферазой из Hahella chejuensis. Еще более конкретно, E₄может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_045555.1, WP_011398768.1 или NP_808414.2. Более конкретно, E₄может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом, выбранным из группы, включающей полипептид YP_045555.1, WP_011398768.1 и NP_808414.2. В одном примере E₄может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности под SEQ ID NO:2.

Фермент E_f

В частности, фермент E_fможет быть выбран из группы, включающей

WP_011398768.1, NP_808414.2, NP_001178653.1, XP_003272721.1, XP_002720111.1, NP_001002254.1, XP_529027.1, XP_002831804.1, BAC28882.1, XP_549056.2, XP_002918053.1, XP_001085075.1, XP_002763005.1, XP_002700092.1, XP_599558.4, EDL95940.1, XP_001496780.1, CAD89267.1, EFB28125.1, YP_004747160.1, YP_004746900.1, YP_004746665.1, YP_004746558.1, YP_004746531.1, YP_004746530.1, YP_004745948.1, YP_004745222.1, YP_004744358.1, YP_004743710.1, YP_002492297.1, AEK40846.1, YP_001847685.1, YP_001712672.1, YP_001706290.1, YP_004724737.1, YP_004723134.1, AEJ51098.1, AEJ48174.1, AEJ47480.1, YP_004392630.1, YP_004099725.1, YP_003912033.1, YP_003652731.1, YP_003301387.1, YP_003298139.1, YP_001509672.1, YP_001505948.1, YP_001432486.1, YP_001432432.1, YP_924893.1, YP_923981.1, YP_922869.1, YP_922597.1, YP_922419.1, ZP_08629145.1, ZP_08628906.1, YP_001380027.1, YP_001280731.1, YP_001280730.1, YP_888966.1, YP_890540.1, YP_888236.1, YP_888223.1, YP_888574.1, YP_884705.1, YP_889488.1, YP_886248.1, YP_882534.1, YP_881069.1, YP_881444.1, YP_883472.1, YP_879642.1, YP_884073.1, YP_880917.1, YP_882201.1, YP_879422.1, YP_707862.1, YP_707847.1, YP_707633.1, YP_707572.1, YP_707571.1, YP_706785.1, YP_706267.1, YP_705586.1, YP_705294.1, YP_702929.1, YP_701572.1, YP_700576.1, YP_700081.1, YP_700033.1, YP_700018.1, YP_700017.1, YP_699999.1, CCB78299.1, CCB78283.1, CCB72233.1, YP_004663601.1, YP_004525283.1, YP_004524901.1, YP_004524237.1, YP_004524223.1, YP_004523752.1, YP_004522677.1, YP_004521797.1, YP_004521441.1, YP_004020500.1, YP_004014348.1, EGO40684.1, EGO38684.1, EGO38655.1, EGO37244.1, EGO36970.1, EGO36701.1, YP_003951335.1, YP_003812176.1, YP_003811992.1, YP_003810691.1, YP_003810418.1, YP_003809501.1, ZP_08574204.1, CCA19760.1, XP_002900672.1, ZP_06414567.1, ZP_06413635.1, ZP_06411773.1, ZP_06411772.1, ZP_06271823.1, ZP_05620754.1, ZP_05360001.1, ZP_04752019.1, ZP_04751943.1, ZP_04750965.1, ZP_04750465.1, ZP_04750453.1, ZP_04750228.1, ZP_04750091.1, ZP_04749363.1, ZP_04749348.1, ZP_04749293.1, ZP_04749287.1, ZP_04749022.1, ZP_04748677.1, ZP_04747379.1, ZP_04747377.1, ZP_04747348.1, ZP_04747282.1, ZP_04747159.1, ZP_04747093.1, ZP_04746958.1, ZP_04717323.1, ZP_04684258.1, ZP_04386203.1, ZP_04385082.1, ZP_04384030.1, ZP_04384029.1, ZP_03534755.1, ZP_01115502.1, ZP_01102322.1, YP_004583872.1, YP_004583323.1, YP_004573656.1, YP_004571392.1, YP_003513699.1, ZP_08553011.1, ZP_08552672.1, YP_003467054.1, YP_003572597.1, YP_579515.1, YP_001136465.1, YP_001136231.1, YP_001135959.1, YP_001135349.1, YP_001133828.1, YP_001133806.1, YP_001133693.1, YP_001133270.1, YP_001132329.1, YP_001131721.1, YP_001131631.1, YP_001073715.1, YP_001073143.1, YP_001072388.1, YP_001072036.1, YP_001071893.1, YP_001071814.1, YP_001071689.1, YP_001070856.1, YP_001069682.1, YP_001069164.1, YP_001068496.1, YP_939377.1, YP_642242.1, YP_641664.1, YP_641419.1, YP_640919.1, YP_640783.1, YP_640704.1, YP_640572.1, YP_640571.1, YP_640494.1, YP_639709.1, YP_639198.1, YP_638523.1, YP_638030.1, YP_637968.1, YP_637380.1, YP_446603.1, NP_001185377.1, NP_200151.2, NP_568547.1, NP_197641.1, NP_200150.1, NP_197139.1, NP_190490.1, NP_190488.1, NP_177356.1, YP_004495408.1, YP_004495023.1, YP_004494197.1, YP_004494168.1, YP_004493973.1, YP_004493936.1, YP_004493628.1, YP_004493589.1, YP_004493509.1, YP_004493477.1, YP_004493462.1, YP_004492352.1, YP_004492155.1, YP_004492039.1, YP_004491716.1, YP_004491715.1, YP_004491501.1, YP_003375642.1, YP_003411203.1, YP_003410436.1, YP_003395271.1, YP_003395089.1, YP_003393635.1, YP_003384208.1, YP_003379551.1, ZP_04388235.1, YP_002134168.1, ZP_01900421.1, ZP_01900085.1, ZP_01899829.1, ZP_01898741.1, BAK05274.1, BAJ93623.1, BAJ97841.1, BAK08349.1, BAJ93204.1, BAJ92722.1, BAK06983.1, BAJ86545.1, BAK02325.1, BAJ85619.1, BAJ84892.1, ZP_05218281.1, ZP_05218149.1, ZP_05217310.1, ZP_05216978.1, ZP_05216447.1, ZP_05216446.1, ZP_05216025.1, ZP_05214687.1, ZP_08476543.1, ZP_04749239.1, YP_823060.1, ADP99639.1, ADP98951.1, ADP98855.1, ADP98710.1, ADP96265.1, ZP_08461736.1, ZP_08461735.1, ZP_07608690.1, YP_045555.1, YP_872243.1, YP_004009106.1, YP_004008736.1, YP_004008003.1, YP_004007600.1, YP_004006799.1, YP_004006436.1, YP_004006072.1, YP_004005008.1, YP_003486913.1, NP_301898.1, ZP_08434757.1, YP_004079491.1, YP_004078785.1, YP_004077880.1, YP_004076486.1, YP_004076464.1, YP_004076350.1, YP_004075391.1, YP_004074864.1, ZP_01103855.1, YP_465274.1, ZP_08403393.1, ZP_08402717.1, ZP_08402716.1, YP_004427559.1, YP_001277083.1, YP_001276783.1, YP_524767.1, YP_522739.1, YP_521788.1, YP_004335162.1, YP_004333708.1, YP_004332973.1, YP_004332349.1, YP_004157731.1, YP_004224204.1, YP_003275673.1, YP_003275371.1, YP_003274979.1, YP_003274924.1, YP_003274705.1, YP_956544.1, YP_955502.1, YP_955007.1, YP_954887.1, YP_954886.1, YP_954859.1, YP_954399.1, YP_953715.1, YP_953073.1, YP_952592.1, YP_951909.1, YP_951298.1, YP_951083.1, ZP_08287899.1, ZP_08272356.1, ZP_08270967.1, CCA60099.1, CCA56737.1, YP_983728.1, YP_550833.1, YP_549124.1, YP_121795.1, YP_120815.1, YP_118589.1, YP_117783.1, YP_117375.1, YP_003646883.1, YP_003646055.1, YP_003645661.1, EGE49469.1, ZP_08234310.1, CBZ53121.1, YP_004010866.1, EGE24961.1, EGE18726.1, EGE15701.1, EGE12950.1, EGE10026.1, EGB03968.1, ZP_08206563.1, ZP_08205089.1, ZP_08204958.1, ZP_08204416.1, ZP_08203326.1, YP_714381.1, YP_713817.1, YP_694462.1, YP_693524.1, YP_003341775.1, YP_003339587.1, ZP_08197177.1, ADW01905.1, YP_004242683.1, ZP_07484742.2, ZP_07441979.2, ZP_07441978.2, ZP_07437333.2, ZP_06960424.1, ZP_06801236.1, ZP_06799517.1, ZP_05769718.1, ZP_05768326.1, ZP_05767970.1, ZP_05766272.1, ZP_05763839.1, YP_003204265.1, YP_003203570.1, YP_003200768.1, YP_003134884.1, YP_003134608.1, ZP_05140320.1, NP_001140997.1, EEE64643.1, EEE55448.1, EEE32548.1, ZP_03534756.1, ZP_03533653.1, ZP_03531929.1, EEC71274.1, EAY98969.1, EAY75974.1, EAY75973.1, ADZ24988.1, ZP_08157247.1, ZP_08156660.1, ZP_08156249.1, ZP_08153292.1, ZP_08152876.1, ZP_08152662.1, YP_002946672.1, YP_960669.1, YP_960629.1, YP_960328.1, YP_958134.1, YP_957462.1, YP_001022272.1, ZP_08123690.1, ZP_08120547.1, ZP_08119498.1, EGB29195.1, EGB27143.1, YP_003770089.1, YP_003769971.1, YP_003764703.1, YP_003764513.1, YP_003103950.1, YP_003168536.1, YP_003168331.1, YP_003166844.1, CAJ88696.1, NP_769520.1, YP_001141853.1, YP_001108534.1, YP_001106516.1, YP_907824.1, YP_907344.1, YP_906945.1, YP_906856.1, YP_906855.1, YP_906831.1, YP_906494.1, YP_906243.1, YP_905962.1, YP_905765.1, YP_905343.1, YP_905239.1, YP_325796.1, YP_130413.1, NP_625255.1, NP_624462.1, NP_338129.1, NP_338004.1, NP_337859.1, NP_337740.1, NP_337694.1, NP_336266.1, NP_335919.1, NP_335351.1, NP_334638.1, NP_218257.1, NP_218251.1, NP_217997.1, NP_217888.1, NP_217751.1, NP_217750.1, NP_217646.1, NP_217604.1, NP_217603.1, NP_217000.1, NP_216801.1, NP_216276.1, NP_215941.1, NP_215410.1, NP_214735.1, ZP_04661667.1, EFW44815.1, EFW44455.1, ZP_08024634.1, ZP_08024620.1, ZP_08023777.1, ZP_08023597.1, YP_002784032.1, YP_002783585.1, YP_002782904.1, YP_002782647.1, YP_002780099.1, YP_002779887.1, YP_002778497.1, YP_002777657.1, YP_002777402.1, ZP_07966321.1, ZP_07944768.1, CBI21867.3, CBI40547.3, CBI40544.3, CBI40540.3, CBI40536.3, CBI40534.3, CBI40533.3, CBI32385.3, ZP_05765756.1, ZP_05765643.1, ZP_05765597.1, ZP_05765596.1, YP_001705267.1, YP_001704692.1, YP_001704281.1, YP_001702654.1, YP_001701260.1, ZP_05770434.1, ZP_05766274.1, ZP_05762133.1, ZP_05762130.1, ZP_01101223.1, YP_481580.1, YP_979623.1, YP_979196.1, ZP_07414300.2, ZP_03537340.1, ZP_03537339.1, ZP_03536772.1, ZP_03536404.1, ZP_03433478.1, ZP_03430367.1, ZP_03430260.1, ZP_03429345.1, ZP_03428583.1, ZP_03426905.1, ZP_03426458.1, ZP_03426456.1, ZP_03426455.1, ZP_03425014.1, ZP_03424082.1, ZP_03421649.1, ZP_03419291.1, ZP_03418394.1, ZP_03417976.1, ZP_03414875.1, ZP_06952098.1, ZP_05528769.1, ZP_05527907.1, ZP_05227984.1, ZP_05227897.1, ZP_05227653.1, ZP_05227585.1, ZP_05227420.1, ZP_05227202.1, ZP_05226387.1, ZP_05226386.1, ZP_05225355.1, ZP_05225200.1, ZP_05223431.1, ZP_05223402.1, ZP_04697793.1, ZP_02550609.1, ZP_02548969.1, EEE25493.1, ABO13188.2, ZP_07205208.1, YP_589436.1, BAJ33896.1, ZP_07718107.1, ZP_07717513.1, ZP_07717390.1, ZP_07716424.1, ZP_04384387.1, ZP_07376578.1, ZP_06871097.1, ZP_06852444.1, ZP_06852442.1, ZP_06852283.1, ZP_06852150.1, ZP_06852032.1, ZP_06850980.1, ZP_06850766.1, ZP_06850644.1, ZP_06849846.1, ZP_06849446.1, ZP_06849265.1, ZP_06848894.1, ZP_06848550.1, ZP_06847321.1, ZP_06847245.1, ZP_06728640.1, ZP_06155537.1, ZP_03822106.1, ZP_03822105.1, ZP_03264909.1, ZP_01915979.1, ZP_01914209.1, ZP_01909198.1, ZP_01895985.1, ZP_01893763.1, ZP_01893601.1, ZP_01893547.1, ZP_01864269.1, ZP_01736818.1, ZP_01693481.1, ZP_01626518.1, ZP_01616172.1, ZP_01461648.1, ZP_01439861.1, ZP_01311414.1, ZP_01222733.1, ZP_01038993.1, ZP_00997001.1, ZP_06533596.1, ZP_07308012.1, ZP_07282351.1, ZP_07282257.1, ZP_07278697.1, ZP_07277986.1, ZP_07277799.1, ZP_07011797.1, ZP_06913634.1, ZP_06711075.1, ZP_06575037.1, ZP_06523715.1, ZP_06522644.1, ZP_06520408.1, ZP_06518751.1, ZP_06514733.1, ZP_06511304.1, ZP_06510466.1, ZP_06509700.1, ZP_06504004.1, ZP_06452618.1, ZP_06451687.1, ZP_06450049.1, ZP_06444722.1, ZP_06443996.1, ZP_06443677.1, ZP_06438510.1, ZP_06435077.1, ZP_06434554.1, ZP_06432969.1, ZP_06431341.1, ZP_06430915.1, ZP_05129423.1, ZP_05127637.1, ZP_05126217.1, ZP_05096686.1, ZP_05095013.1, ZP_05094400.1, ZP_05093434.1, ZP_05043539.1, ZP_05041631.1, ZP_04959394.1, ZP_04956551.1, ZP_01052702.1, YP_437020.1, YP_436128.1, YP_432512.1, YP_432391.1, ZP_06072118.1, ZP_06069021.1, ZP_06065092.1, ZP_06062254.1, YP_003032200.1, YP_003030813.1, YP_002766854.1, YP_002766842.1, YP_002766292.1, YP_002765623.1, YP_002765076.1, YP_002764977.1, YP_002764976.1, YP_002764693.1, YP_002764633.1, YP_002646305.1, YP_002646304.1, YP_001853537.1, YP_001853530.1, YP_001853214.1, YP_001852100.1, YP_001851711.1, YP_001851686.1, YP_001851684.1, YP_001851611.1, YP_001851610.1, YP_001851579.1, YP_001850950.1, YP_001850935.1, YP_001850900.1, YP_001850899.1, YP_001850378.1, YP_001849911.1, YP_001849825.1, YP_001849624.1, YP_001849470.1, YP_001848848.1, YP_001848784.1, YP_001822237.1, YP_001289190.1, YP_001289078.1, YP_001288434.1, YP_001287727.1, YP_001286168.1, YP_001085790.1, YP_856793.1, YP_629387.1, YP_615587.1, YP_615252.1, YP_457389.1, YP_263530.1, NP_962591.1, NP_962411.1, NP_962281.1, NP_961234.1, NP_960903.1, NP_960387.1, NP_960090.1, NP_959281.1, NP_959065.1, NP_857403.1, NP_857149.1, NP_857148.1, NP_857047.1, NP_856907.1, NP_856759.1, NP_856156.1, NP_855443.1, NP_855112.1, NP_853892.1, NP_828432.1, NP_603766.1, XP_003081224.1, YP_003778608.1, YP_003730939.1, XP_003059244.1, ADI13131.1, XP_002992800.1, XP_002963877.1, XP_001419779.1, XP_002988280.1, XP_002987493.1, CBH32551.1, CBH32550.1, CBH19575.1, CBH19574.1, YP_003627553.1, XP_002879777.1, XP_002877657.1, XP_002877655.1, XP_002873570.1, XP_002871716.1, XP_002870738.1, XP_002868506.1, XP_002865972.1, XP_002864239.1, XP_002862308.1, ZP_05823139.1, NP_001043877.1, ZP_06693274.1, ZP_06058985.1, NP_001044374.1, XP_002835451.1, XP_002787542.1, XP_002785958.1, XP_002785645.1, XP_002783220.1, XP_002774061.1, XP_002767852.1, XP_002766051.1, XP_002765456.1, XP_002765455.1, XP_002677788.1, XP_002671612.1, XP_002736281.1, CBA31373.1, XP_002184474.1, XP_002325936.1, XP_002323705.1, XP_002325937.1, XP_002323911.1, XP_002323706.1, XP_002328965.1, XP_002318416.1, XP_002310400.1, ACY38597.1, ACY38596.1, ACY38595.1, ACY38594.1, ACY38593.1, ACY38592.1, ACY38591.1, ACY38590.1, ACX81315.1, ACX81314.1, XP_001868729.1, XP_001847517.1, XP_001847515.1, XP_002502575.1, ACU20370.1, ACU18073.1, XP_002523348.1, XP_002516707.1, XP_002429016.1, BAH89673.1, XP_002440221.1, XP_002459294.1, XP_002458560.1, XP_320167.4, XP_001780431.1, XP_002364905.1, XP_002263196.1, XP_002263137.1, XP_002263409.1, XP_002263252.1, XP_002268615.1, XP_002278404.1, XP_002274522.1, XP_002282418.1, XP_001633379.1, XP_001632267.1, XP_001632004.1, XP_001622638.1, XP_002155609.1, XP_759225.1, XP_002152406.1, XP_001914129.1, XP_001738032.1, XP_001731626.1, XP_001209859.1, CAN79451.1, CAN78449.1, CAN72806.1, CAN71951.1, CAN71950.1, CAN76656.1, CAN62907.1, AAZ08051.1, ABO21022.1, ABO21021.1, ABO21020.1, ABJ96321.1, BAF01088.1, XP_758106.1, BAC42871.1, BAB09801.1 и BAB09102.1.

В другом примере фермент E_fможет быть выбран из группы, включающей следующие идентификационные номера генов согласно NCBI:

6647910, 13882037, 13883719, 50084045, 83635736, 118163591, 118569740, 118570272, 119538589, 119959533, 126237252, 126567232, 126629771, 148572721, 148572722, 149823553, 149825234, 169147806, 196196001, 214037899, 219677786, 257447091, 262316603, 283813570, 301796553, 301796826, 311312714, 311696766, 325556018, 332970561, 333482117, 333482229, 333482837, 333484048, 334890574, 334890744, 353189260, 358244577, 359308666, 359732244, 359818908, 363993190, 365814880, 374845325, 377531673, 378802538, 384523048, 391857871, 391858262, 391861199, 396932954, 396935129, 399235093, 400203587, 407372801, 407812577, 432156225, 433296179, 442581482, 443888426, 444755700, 449424446, 464803513, 479864102, 479886236, 479966651, 480005669, 480024154, 480028610, 490485999, 498274456, 500625946, 515076064, 516264416, 516277644, 516906883, 516908681, 516909557, 516913828, 516945324, 517143888, 517432433, 517516200, 518350146, 518501601, 518568414, 518644062, 518944419, 518947555, 521014811, 521056034, 521076792, 521077398, 521090665, 521712969, 521812448, 521986522, 522129827, 522136843, 522139413 и 522139737.

Фермент E_g

В частности, фермент E_g может быть выбран из группы, включающей EGA72844.1, NP_015022.1, S69991, AAP72991.1, EDN63695.1, BAA05552.1, AAP72992.1, S69992, AAP72995.1, XP_002552712.1, XP_001646876.1, XP_002551954.1, EGA82692.1, EDN61766.1, EGA86689.1, EGA74966.1, AAU09735.1, NP_011693.1, XP_445666.1, BAA13067.1, AAP72993.1, EGA62172.1, XP_455762.1 и EGA58658.1.

Фермент E₅

Фермент E₅может быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. В частности, E₅ может представлять собой любой фермент, перечисленный для E₁. В частности, E₅может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E_a) под EC 1.14.15.3 или AlkB-алкангидроксилаз (E_b) под EC 1.14.15.3.

Фермент E₆

Фермент E₆может быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В частности, E₆ может представлять собой любой фермент, перечисленный для E₂. В частности, E₆может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E_c) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (E_d) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.

Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E₆, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента E₆относительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента E₆относительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. Следовательно, если клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуются повышенной экспрессией фермента E₆ (т.e. если он присутствует), то они могут продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты.

Фермент E₇

Фермент E₇может быть способен к превращению по меньшей мере одной ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В частности, E₇ может представлять собой ω-трансаминазу под EC 2.6.1 (E_h).

В частности, фермент E₇может представлять собой аминотрансферазу (E_h), выбранную из группы, включающей фермент из Pseudomonas putida (WP_016502144; WP_016500675.1), Chromobacterium violaceum (NP_901695.1), Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (YP_353455.1) и 3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1, ZP_08636687.1.

В частности, фермент E₇,может представлять собой аминотрансферазу (E_h), выбранную из группы, включающей NP_901695.1, ZP_03697266.1, AAD41041.1, YP_002796201.1, ZP_03697962.1, YP_001859758.1, YP_002229759.1, YP_001120907.1, YP_110490.1, ZP_04964181.1, YP_774932.1, YP_001766294.1, YP_001581170.1, YP_622254.1, ZP_03588560.1, YP_001809596.1, YP_370582.1, ZP_03572809.1, NP_248990.1, YP_001888405.1, ZP_04905327.1, YP_001061726.1, YP_001668026.1, ZP_01750280.1, ZP_07778196.1, EGH71404.1, NP_744329.1, YP_004147141.1, ADR61066.1, ZP_05783548.1, YP_004701637.1, YP_366340.1, YP_003264235.1, EGD03176.1, YP_001268866.1, ZP_01901558.1, ZP_05121836.1, YP_003692877.1, ZP_03517291.1, YP_002974935.1, YP_001668026.1, ADR61066.1, NP_744329.1, YP_001268866.1, YP_004701637.1, ZP_08142973.1, ADR62525.1, YP_610700.1, NP_747283.1, ADR62525.1, YP_001270391.1, YP_004704442.1, YP_610700.1, YP_001747156.1, ZP_08138203.1, ZP_07266194.1, EGH70821.1, YP_351134.1, EGH32343.1, EGH08331.1, EGH67339.1, YP_001668026.1, YP_004701637.1, YP_237931.1, ZP_03400081.1, ZP_05116783.1, ZP_01550953.1, ZP_07662787.1, YP_928515.1, YP_788372.1, YP_001021095.1, ZP_07797983.1, YP_003578319.1, YP_004305252.1, NP_248912.1, ZP_08636687.1, YP_003912421.1, YP_751687.1, ZP_08142973.1, YP_271307.1, ZP_05082750.1, YP_001417624.1 и YP_353455.1.

Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E₇, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента E₇относительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента E₇относительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В одном примере клетка, характеризующаяся повышенной экспрессией фермента E₆, но не E₇, относительно клетки дикого типа, может быть способна продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере, если клетка не является генетически модифицированной для повышения экспрессии как E₆, так и E₇, клетка может продуцировать сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.

Фермент E_h

В частности, фермент E_h,может быть выбран из группы, включающей

3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, NP_901695.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1 и ZP_08636687.1.

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть генетически модифицирована для повышения экспрессии ферментов E₁ - E₅ относительно клеток дикого типа. Клетка может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии по меньшей мере ферментов E₆ и/или E₇. В одном примере ферменты E₁,E₂, E₃, E₅ и E₆ могут представлять собой по меньшей мере одну из AlkB-алкангидроксилаз (E_b), а фермент E₄ может представлять собой синтазу воска-сложного эфира (E_f). В частности,

- AlkB-алкангидроксилаза (E_b) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:1; и

- синтаза воска-сложного эфира (E_f) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:2.

В другом примере, если клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения является генетически модифицированной для продуцирования по меньшей мере одного сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты, клетка может быть модифицирована для экспрессии по меньшей мере одной ω-трансаминазы (E_h), которая может характеризоваться по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:3.

Фермент E₈

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для снижения экспрессии по меньшей мере одного фермента E₈, который расщепляет по меньшей мере одно промежуточное соединение в процессе превращения алканов в сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, фермент E₈ может представлять собой фермент, способный играть роль в функциональной активности клетки в отношении разложения жирных кислот. В частности, E₈ может быть выбран из перечня, включающего ацил-КоА-дегидрогеназу (E_i) (FadE), еноил-КоА-гидратазу (E_j) (FadB), 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназу (E_k) (FadB) и β-кетотиолазу, также известную как 3-кетоацил-КоА-тиолаза (FadA) (E_l).

Жирные кислоты поглощаются и переносятся через клеточную мембрану посредством транспортного/ацил-активирующего механизма. Первая внутриклеточная стадия включает превращение ацил-КоА в еноил-КоА с помощью ацил-КоА-дегидрогеназы (E_i), последняя называется FadE в случае E. coli. Активность ацил-КоА-дегидрогеназы можно оценить как описано в уровне техники, например, путем отслеживания концентрации NADH спектрофотометрическими методами при 340 нм в 100 мМ MOPS, pH 7,4, 0,2 мМ еноил-КоА, 0,4 мМ NADH. Полученный еноил-КоА превращается в 3-кетоацил-КоА через 3-гидроксиацил-КоА с помощью гидратации и окисления, катализируемых еноил-КоА-гидратазой/(R)-3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназой (E_j/E_k), называемых FadB и FadJ у E. coli. Еноил-КоА-гидратазную/3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназную активность, а именно образование продукта NADH, можно оценить спектрофотометрическими методами, как описано в уровне техники, например, как кратко изложено для FadE. Наконец, 3-кетоацил-КоА-тиолаза (E_l), FadA и FadI у E. coli катализируют расщепление 3-кетоацил-КоА с образованием ацетил-КоА и исходного ацил-КоА, укороченного на два атома углерода. Активность кетоацил-КоА-тиолазы можно оценить как описано в уровне техники, например, у Antonenkov, V., et al, 1997.

В одном примере применяемый в данном документе термин «ацил-КоА-дегидрогеназа» может означать полипептид, способный к катализу превращения ацил-КоА в еноил-КоА в рамках пути -окисления. Например, полипептид FadE у E. coli (номер доступа: BAA77891.2) может быть ацил-КоА-дегидрогеназой. Применяемый в данном документе термин «еноил-КоА-гидратаза», также называемый 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназа, относится к полипептиду, способному к катализу превращения еноил-КоА в 3-кетоацил-КоА с помощью гидратации и окисления в рамках пути -окисления. Например, полипептиды FadB и FadJ у E. coli (номера доступа: BAE77457.1 и P77399.1, соответственно) являются еноил-КоА-гидратазами. Применяемый в данном документе термин «кетоацил-КоА-тиолаза» может относиться к полипептиду, способному к катализу расщепления 3-кетоацил-КоА с образованием ацил-КоА, укороченного на два атома углерода, и ацетил-КоА, в качестве заключительной стадии пути -окисления. Например, полипептиды FadA и FadI у E. coli (номер доступа: YP_491599.1 и P76503.1, соответственно) являются кетоацил-КоА-тиолазами.

Ферменты E₉ и E₁₀

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа:

- фермент E9 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-эстеразу сложных метиловых эфиров BioH (Em); и/или

- фермент E10 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-тиоэстеразу (En), выбранную из группы, включающей TesA, TesB, YciA, FadM, YbfF и YbgC.

В частности, E_m может быть способен к гидролизу сложных эфиров жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта; и/или E_n может быть способен к гидролизу ацила жирной кислоты-кoфермента A до свободных жирных кислот и кoфермента A.

Фермент E₁₁

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию по меньшей мере одного белка-переносчика относительно клетки дикого типа. Эта дополнительная мутация позволяет клетке увеличивать поглощение по меньшей мере одной жирной кислоты. В частности, белок-переносчик может представлять собой AlkL (SEQ ID NO: 4 или 5) и/или FadL (SEQ ID NO: 6). AlkL и/или FadL могут функционировать в качестве по меньшей мере одного белка-переносчика в сравнении с клеткой дикого типа. В одном примере клетку можно генетически модифицировать для сверхэкспрессии обоих генов fadL и alkL. Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии AlkL и/или FadL относительно клетки дикого типа.

В одном примере фермент E₁₁ может представлять собой FadL или BAA16205.1

Фермент E₁₂

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию ацил-КоА-синтетазы (фермент E₁₂) под EC 6.2.1.3, EC 2.3.1.86 относительно клетки дикого типа. Фермент E₁₂может катализировать превращение жирной кислоты в сложный эфир жирной кислоты и КоА, т.е. молекулу, в которой функциональная группа -OH на карбокси-группе заменена на –S-КоА. Например, полипептиды FadD и FadK у E. coli (номер доступа: BAA15609.1 и NP_416216.4, соответственно) представляют собой ацил-КоА-синтетазы. В другом примере E₁₂ может представлять собой длинноцепочечная жирная кислота-КоА-лигазу под YP_001724804.1.

Фермент E₁₃

Фермент E₁₃ может быть способен к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, в частности, фермент E₁₃ может представлять собой любой из ферментов E₃, определенных выше. Более конкретно, E₁₃может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E_a) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E_b) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (E_c) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E_di) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E_dii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты через сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты непосредственно в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты; и альдегиддегидрогеназы (E_e).

Фермент E₁₄

Фермент E₁₄может быть способен к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты. В частности, фермент E₁₄ может представлять собой любой из ферментов E₄, определенных выше. Более конкретно, E₁₄может представлять собой по меньшей мере одно из синтазы воска-сложного эфира (E_f) или алкоголь-O-ацилтрансферазы (E_g) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).

Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E₂₀- E₂₄, выбранных из группы, включающей:

- E₂₀ацил-ACP-тиоэстеразу под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,

- E₂₁ацил-КоА-тиоэстеразу под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,

- E₂₂ ацил-КоА:ACP-трансацилазу,

- E₂₃поликетидсинтазу и

- E₂₄синтазу гексановой кислоты.

В частности, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется экспрессией ферментов E₂₀ - E₂₄, свойственной клетке дикого типа. Таким образом, ферменты E₂₀ - E₂₄ не подвергаются ни сверхэкспрессии, ни нокауту в клетках согласно способу по настоящему изобретению. Более конкретно, экспрессия какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄, иными словами фермента E₂₀, E₂₁, E₂₂, E₂₃или E₂₄, всех ферментов E₂₀, E₂₁, E₂₂, E₂₃и E₂₄ не является генетически модифицированной в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения. Еще более конкретно, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может характеризоваться естественной экспрессией, свойственной клетке дикого типа, любого из ферментов E₂₀ - E₂₄, который может присутствовать в исходной клетке в естественных условиях. Таким образом, можно считать, что клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения не характеризуются рекомбинантной экспрессией какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄. Это является особенно предпочтительным, поскольку клетки без повышенной экспрессии какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄ (то есть с экспрессией любого из ферментов E₂₀ - E₂₄, свойственной клетке дикого типа) затем можно легко отбирать для использования алкана в качестве источника углерода при образовании сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, любая клетка с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄ может приводить к повышенному продуцированию жирных кислот, которые могут использоваться в качестве источника углерода для образования ω-функционализированных кабоновых кислот и/или их сложных эфиров клеткой с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄. Таким образом, клетки с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E₂₀ - E₂₄могут предпочитать использовать высокую концентрацию жирных кислот в качестве субстрата для продуцирования сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот, и, таким образом, алканы не будут использоваться клеткой для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. Применение других источников углерода, не являющихся алканами, для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты может существенно повышать затраты на получение, поскольку для продуцирования большего количества жирных кислот клеткам будут необходимы другие источники углерода, такие как глюкоза. Соответственно, применение клеток согласно любому из аспектов настоящего изобретения, которые не содержат генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E₂₀ - E₂₄, применяется согласно любому из аспектов настоящего изобретения для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана.

Ферменты E₂₀ - E₂₄

Ферменты E₂₀ - E₂₄подробно описаны в WO2013024114 в качестве ферментов E_i - E_iv, соответственно, на страницах 60-79 в WO2013024114.

Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, при этом способ включает стадию приведения по меньшей мере одной клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения в контакт по меньшей мере с одним алканом. В частности, образуемый сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидроксиалкановой кислоты, ω-оксоалкановой кислоты, ω-карбоксиалкановой кислоты, ω-аминоалкановой кислоты. В частности, сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 12-аминолауриновой кислоты, сложный метиловый эфир 12-гидроксилауриновой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 12-карбоксилауриновой кислоты и/или сложный метиловый эфир лауриновой кислоты из алкана-додекана. В другом примере полученный сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 11-аминоундекановой кислоты, сложный метиловый эфир 11-гидроксиундекановой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 11-карбоксиундекановой кислоты и/или сложный метиловый эфир ундекановой кислоты из алкана-ундекана. По меньшей мере в одном дополнительном примере в качестве побочного продукта могут образовываться монофункциональные спирты и/или альдегиды.

Применяемый в данном документе термин «приведение в контакт» означает создание непосредственного контакта между алканом и/или клеткой согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. Например, клетка и алкан не могут находиться в разных компартментах, разделенных с помощью барьера, такого как неорганическая мембрана. Если алкан является растворимым и может поглощаться клеткой или может диффундировать через биологические мембраны, тогда его можно просто добавить к клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. В случае, если он является недостаточно растворимым, то его можно растворить в подходящем органическом растворителе перед добавлением к водному раствору. Специалист в данной области может приготовить водные растворы алканов, характеризующихся недостаточной растворимостью, путем добавления подходящего органического и/или полярного растворителей. Такие растворители могут обеспечиваться в форме органической фазы, содержащей жидкий органический растворитель. В одном примере органический растворитель или фаза могут считаться жидкими, если они являются жидкими при 25°C и нормальном атмосферном давлении. В другом примере жирная кислота может обеспечиваться в форме сложного эфира жирной кислоты, такого как соответствующие сложные метиловый или этиловый эфиры. В другом примере соединения и катализаторы могут быть приведены в контакт in vitro, т.е. в более или менее обогащенном или даже очищенном состоянии, или могут быть приведены в контакт in situ, т.е. они составляют часть метаболизма клетки и соответственно вступают в реакцию внутри клетки.

Термин «водный раствор» используется взаимозаменяемо с термином «водная среда» и относится к любому раствору, содержащему воду, в основном воду в качестве растворителя, который можно применять для сохранения клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения, по меньшей мере временно, в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, и он содержит, если таковые необходимы, любые дополнительные субстраты. Специалисту в данной области известны способы получения многочисленных водных растворов, обычно называемых средами, которые можно применять для сохранения клеток по настоящему изобретению, например, среда LB в случае E. coli. Преимущественным является применение в качестве водного раствора минимальной среды, т.е. среды с достаточно простым составом, которая содержит только минимальный набор солей и питательных веществ, необходимых для сохранения клетки в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, в отличие от сложных сред, во избежание необязательных загрязнений продуктов нежелательными побочными продуктами. Например, в качестве минимальной среды можно применять среду M9.

Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из алкана, при этом способ включает

(a) приведение в контакт с алканом следующих ферментов:

(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;

(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;

(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;

(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и

(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.

Способ согласно любому из аспектов настоящего изобретения может включать стадию

(b) приведения в контакт со сложным эфиром ω-гидроксиалкановой кислоты следующих ферментов:

(vi) фермента E₆, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; или

(vii) фермента E₆, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E₇, способного в превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты; или

(viii) фермента E₆, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E₁₃, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и фермента E₁₄, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.

Ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут быть такими же, как ферменты, раскрытые в контексте клетки согласно настоящему изобретению.

ПРИМЕРЫ

Вышеизложенное описывает предпочтительные варианты осуществления, которые, как будет понятно специалистам в данной области, могут подвергаться изменениям или модификациям при разработке, конструировании или эксплуатации без отклонения от объема формулы изобретения. Подразумевается, что эти изменения, например, охвачены объемом формулы изобретения.

Пример 1

Получение лауриновой кислоты (сложного метилового эфира) и ундекановой кислоты (сложного метилового эфира) из додекана и ундекана (а также метанола в случае сложных метиловых эфиров), соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу и синтазу воска-сложного эфира и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.

Пример 2

Получение сложного метилового эфира 12-аминолауриновой кислоты и сложного метилового эфира 11-аминоундекановой кислоты из додекана и ундекана, соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу, синтазу воска-сложного эфира и ω-трансаминазу и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.

Пример 3

Конструирование вектора экспрессии для сверхэкспрессии гена fadD E. coli и гена Hahella chejuensis, кодирующего синтазу воска-сложного эфира

Вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7) несет ген fadD из E. coli (кодирующий ацил-КоА-синтазу) и ген синтазы воска-сложного эфира из Hahella chejuensis (SEQ ID NO:2), кодон-оптимизированный для экспрессии в E. coli. В то время как ацил-КоА-синтаза ответственна за активацию жирных кислот до соответствующих сложных тиоэфиров КоА, синтаза воска-сложного эфира необходима для образования сложного эфира из ацила жирной кислоты-КоА и спирта, более конкретно, метанола. Вектор основан на плазмиде pCDFDuet-1 (Merck Biosciences; Ноттингем, Великобритания) и несет ген fadD под контролем промотора tac и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, под контролем промотора T5. fadD E. coli, а также кассеты с промоторами tac и T5 амплифицировали с помощью ПЦР из геномной ДНК E. coli W3110, соответственно, ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, получали путем синтеза ДНК. Остов вектора и четыре ДНК-фрагмента, представляющие собой fadD E. coli, кассеты с промоторами tac и T5 и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, сливали с применением коммерчески доступного набора для рекомбинации in vitro (набор для клонирования и сборки ДНК NEBuilder HiFi; NEB; Франкфурт-на-Майне, Германия) с получением вектора pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7).

Пример 4

Конструирование штаммов E. coli, способных к превращению алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот

Вектор экспрессии pBT10_alkL (см. Пример 1 из WO/2011/131420 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 8) содержит гены alkB, alkG, alkT, alkS и alkL из оперона alk Pseudomonas oleovorans. Соответствующие продукты генов катализировали окисление алканов в соответствующие алканолы, алканали и жирные кислоты (AlkBGT), а также поглощение субстратов (AlkL). В дополнение, продукты гена AlkBGT также катализировали окисление сложных метиловых эфиров жирной кислоты, ранее образованные под действием ферментов ацил-КоА-синтетазы и синтетазы воска-сложного эфира из жирных кислот и метанола (см. Пример 1). Вектор pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) (см. Пример 1 из WO/2013/024114 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 17) несет гены ald из Bacillus subtilis (кодирующий аланиндегидрогеназу) и Cv_2505 из Chromobacterium violaceum (кодирующий -трансаминазу). В то время как -трансаминаза ответственна за превращение OLAME и OUAME в соответствующие амины ALAME и AUAME, аланиндегидрогеназа была необходима для получения донора амина аланина из пирувата и неорганического аммиака.

Плазмиды pBT10_alkL и pCDF-fadD_Ec-wes_Hche, а также при необходимости pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct), трансформировали посредством электропорации в E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE, ее высевали на чашки с LB-агаром с добавлением канамицина (50 мкг/мл), ампициллина (100 мкг/мл) и спектиномицина (100 мкг/мл), в зависимости от конкретного случая. Трансформантов подвергали скринингу на присутствие и аутентичность плазмид с помощью получения плазмид и рестрикционного анализа. Получали следующие штаммы:

• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche,

• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche.

Пример 5

Биотрансформация для превращения алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот

Штаммы E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche подвергали периодическому культивированию c подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксилауриновой кислоты (HLAME), сложный метиловый эфир омега-оксолауриновой кислоты (OLAME), сложный метиловый эфир омега-аминолауриновой кислоты (ALAME), сложный монометиловый эфир додекандиовой кислоты (DDAME) и сложный диметиловый эфир додекандиовой кислоты (DDADME) из додекана. Штаммы также подвергали периодическому культивированию с подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксиундекановой кислоты (HUAME), сложный метиловый эфир омега-оксоундекановой кислоты (OUAME), сложный метиловый эфир омега-аминоундекановой кислоты (AUAME), сложный монометиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDAME) сложный диметиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDADME) из ундекана. Его проводили в 8 параллельных системах культивирования от DASGIP.

Для культивирования применяли реакторы объемом 1 л, которые были оснащены верхнеприводными мешалками и импеллерными турбинами. Для отслеживания процесса в режиме реального времени измеряли pH и pO₂. Измерения OTR/CTR служили, кроме прочего, для оценки метаболической активности и пригодности клеток.

pH-зонды калибровали с помощью калибровки по двум точкам с растворами для измерений, pH 4,0 и pH 7,0, в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Реакторы подготавливали в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP, при этом устанавливали необходимые сенсоры и соединительные узлы, а также вал мешалки. Затем реакторы заполняли 300 мл воды и автоклавировали в течение 20 мин. при 121°С для обеспечения стерильности. рO₂-зонды поляризовали на протяжении ночи (по меньшей мере 6 ч.) после присоединения к усилителю измерений. Затем воду удаляли в асептических условиях и заменяли на среду для получения высокой плотности клеток, содержащую 1,76 г/л (NH₄)₂SO₄, 19,08 г/л К₂НРO₄, 12,5 г/л КН₂РO₄, 6,66 г/л дрожжевых экстрактов, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl₂*4 Н₂O, 1,87 г/л ZnSO₄*7 Н₂O, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л Н₃ВO₃, 0,25 г/л Na₂MoO₄*2 Н2O, 4,70 г/л СаСl₂*2 Н2O, 17,80 г/л FeSO₄*7Н₂O, 0,15 г/л СuСl2*2 Н2O) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO₄*7Н₂O и 2,2% (вес/объем) NH₄Cl) с 50 мг/л канамицина.

Затем рO₂-зонды калибровали с применением калибровки по одной точке (мешалка: 600 об./мин./ насыщение газом: 10 сл/час воздуха) до 100% и каналы для подпитки, введения корректирующего средства и индуцирующего средства очищали с помощью безразборной мойки в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Для этого трубки сначала промывали 70% этанолом, затем 1 М NaOH, впоследствии стерильной деминерализованной водой и в конечном итоге заполняли соответствующей средой.

Все вышеуказанные штаммы Е. coli культивировали вначале из криокультуры в среде LB (25 мл во встряхиваемой колбе с перегородками объемом 100 мл) с 50 мг/л канамицина на протяжении ночи при 37°С и 200 об./мин. в течение приблизительно 18 ч. Затем 2 мл этой культуры переносили для второй стадии предварительного культивирования в 25 мл среды для получения высокой плотности клеток, содержащей 1,76 г/л (NH₄)₂SO₄, 19,08 г/л К₂НРO₄, 12,5 г/л КН₂РO₄, 6,66 г/л дрожжевого экстракта, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl₂*4Н₂O, 1,87 г/л ZnSO₄*7Н₂O, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л Н₃ВO₃, 0,25 г/л Na₂MoO₄*2 Н₂O, 4,70 г/л СаСl₂*2 Н₂O, 17,80 г/л FeSO₄*7 Н₂O, 0,15 г/л СuСl₂*2 Н₂O) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO₄*7 Н₂O и 2,2% (вес/объем) NH₄Cl), с уже описанными антибиотиками во встряхиваемую колбу объемом 100 мл и инкубировали при 37°С/200 об./мин. в течение дополнительных 6 ч.

Для засевания реакторов при оптической плотности, составляющей 0,1, измеряли OD₆₀₀ второй стадии предварительного культивирования и рассчитывали количество культуры, необходимое для засевания. Необходимое количество культуры добавляли с помощью шприца объемом 5 мл через прокладку в прогретый и продутый воздухом реактор.

рН доводили до рН 6,8 с одной стороны с помощью 12,5%) раствора аммония. Во время культивирования и биотрансформации концентрацию растворенного кислорода (рO₂ или DO) в культуре доводили по меньшей мере до 30% с помощью мешалки-питателя и степени насыщения газом. После инокуляции значение DO падало от 100% до 30%, при этом его поддерживали стабильным в течение оставшегося времени культивирования.

Культивирование осуществляли в виде периодического культивирования с подпиткой, где начало подпитки запускалось в виде доставки в течение фазы подпитки 5 г/л*ч питательного раствора глюкозы, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO₄*7 Н₂O и 2,2% (вес/объем) NH₄Cl, при этом пик DO индуцировал завершение фазы периода культивирования. С момента начала подпитки температуру 37°С снижали до 30°С. Через 10 ч после начала подпитки экспрессию генов ферментов окисления индуцировали с помощью 0,025% (объем/объем) DCPK. Начало продуцирования (= начало биотрансформации) осуществляли через 14 ч после начала подпитки. Для этой цели 150 мл додекана или ундекана добавляли в виде порции в ферментационный бульон.

Для количественной оценки LSME и HLS в ферментационных образцах образцы отбирали через 1/2/4/20/22 ч после начала биотрансформации. Эти образцы готовили для анализа, как описано в примере 6.

Пример 6

Количественная оценка продуктов на основе LC-ESI/MS²

Количественную оценку HLAME, OLAME, ALAME, DDAME и DDADME, а также HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME в ферментационных образцах осуществляли с помощью LC-ESI/MS² с учетом внешней калибровки для всех анализируемых образцов (0,1-50 мг/л) и с применением внутреннего стандарта аминоундекановой кислоты (AUA для HLSME) и d3-LSME (для LSME).

В данном случае использовали следующие измерительные устройства:

• «систему для ВЭЖХ 1260 (Agilent; Беблинген) с автоматическим дозатором (G1367E), насосом для двухкомпонентных смесей (G1312B) и термостатом для колонок (G1316A);

• масс-спектрометр TripelQuad 6410 (Agilent; Беблинген) с источником ESI;

• «колонку для ВЭЖХ: Kinetex С18, 100×2,1 мм, размер частиц: 2,6 мкм, размер пор 100 A (Phenomenex; Ашаффенбург);

• предколонку: встроенный фильтр для ВЭЖХ-колонки KrudKatcher Ultra; глубина фильтра 0,5 мкм и внутренний диаметр 0,004 мм (Phenomenex; Ашаффенбург).

Образцы подготавливали путем отмеривания с помощью пипетки 1900 мкл растворителя (80% (объем/объем) ацетонитрила, 20% дважды дистиллированной Н₂O (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты) и 100 мкл образца в реакционный сосуд объемом 2 мл. Смесь перемешивали на вортексе в течение приблизительно 10 секунд, а затем центрифугировали при приблизительно 13000 об./мин. в течение 5 мин. Прозрачный супернатант отбирали с применением пипетки и, после соответствующего разведения, анализировали с растворителями (80% (объем/объем) ACN, 20% дважды дистиллированной Н₂O (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты). 100 мкл ISTD отмеряли с помощью пипетки в каждые 900 мкл образца (10 мкл для объема образца, составляющего 90 мкл).

В ЭЖХ-разделение осуществляли с помощью вышеупомянутых колонки и предколонки. Объем вводимой пробы составлял 0,7 мкл, температура колонки 50°С, скорость потока 0,6 мл/мин. Подвижную фазу составляли элюент А (0,1% (объем/объем) водный раствор муравьиной кислоты) и элюент В (ацетонитрил с 0,1% (объем/объем) муравьиной кислоты). Применяли следующий профиль градиента.

Анализ ESI-MS2 проводили в режиме положительной ионизации при следующих параметрах источника ESI:

• температура газа 280°С;

• скорость потока газа 11 л/мин.;

• давление распыления 50 фунтов/кв. дюйм;

• напряжение на капилляре 4000 В.

Выявление и количественную оценку соединений HLAME, OLAME, ALAME, DDAME, DDADME, HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME проводили при следующих MRM-параметрах, при этом в каждом случае дочерний ион применяется для качественного определения и один для количественного определения.

Таблица 1. Анализируемые образцы LA и LAME обнаруживали в SIM-режиме (масса/заряд 201 и 215)

Пример 7

Превращение алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот с помощью Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v. (Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche

С применением вышеописанных протоколов можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует DDAME и DDADME из додекана, а также UDAME и UDADME из ундекана (см. таблицы 1 и 2). Кроме того, можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE PBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / PCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует HLAME и ALAME из додекана, а также HUAME и AUAME из ундекана (см. таблицы 2 и 3).

Таблица 2. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из додекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)

Таблица 3. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из ундекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> Эвоник Дегусса ГмбХ

<120> БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ

И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ

<130> 201500273EP

<150> EP15196180

<151> 2015-11-25

<160> 7

<170> PatentIn версия 3.5

<210> 1

<211> 401

<212> БЕЛОК

<213> Pseudomonas putida

<400> 1

Met Leu Glu Lys His Arg Val Leu Asp Ser Ala Pro Glu Tyr Val Asp

1 5 10 15

Lys Lys Lys Tyr Leu Trp Ile Leu Ser Thr Leu Trp Pro Ala Thr Pro

20 25 30

Met Ile Gly Ile Trp Leu Ala Asn Glu Thr Gly Trp Gly Ile Phe Tyr

35 40 45

Gly Leu Val Leu Leu Val Trp Tyr Gly Ala Leu Pro Leu Leu Asp Ala

50 55 60

Met Phe Gly Glu Asp Phe Asn Asn Pro Pro Glu Glu Val Val Pro Lys

65 70 75 80

Leu Glu Lys Glu Arg Tyr Tyr Arg Val Leu Thr Tyr Leu Thr Val Pro

85 90 95

Met His Tyr Ala Ala Leu Ile Val Ser Ala Trp Trp Val Gly Thr Gln

100 105 110

Pro Met Ser Trp Leu Glu Ile Gly Ala Leu Ala Leu Ser Leu Gly Ile

115 120 125

Val Asn Gly Leu Ala Leu Asn Thr Gly His Glu Leu Gly His Lys Lys

130 135 140

Glu Thr Phe Asp Arg Trp Met Ala Lys Ile Val Leu Ala Val Val Gly

145 150 155 160

Tyr Gly His Phe Phe Ile Glu His Asn Lys Gly His His Arg Asp Val

165 170 175

Ala Thr Pro Met Asp Pro Ala Thr Ser Arg Met Gly Glu Ser Ile Tyr

180 185 190

Lys Phe Ser Ile Arg Glu Ile Pro Gly Ala Phe Ile Arg Ala Trp Gly

195 200 205

Leu Glu Glu Gln Arg Leu Ser Arg Arg Gly Gln Ser Val Trp Ser Phe

210 215 220

Asp Asn Glu Ile Leu Gln Pro Met Ile Ile Thr Val Ile Leu Tyr Ala

225 230 235 240

Val Leu Leu Ala Leu Phe Gly Pro Lys Met Leu Val Phe Leu Pro Ile

245 250 255

Gln Met Ala Phe Gly Trp Trp Gln Leu Thr Ser Ala Asn Tyr Ile Glu

260 265 270

His Tyr Gly Leu Leu Arg Gln Lys Met Glu Asp Gly Arg Tyr Glu His

275 280 285

Gln Lys Pro His His Ser Trp Asn Ser Asn His Ile Val Ser Asn Leu

290 295 300

Val Leu Phe His Leu Gln Arg His Ser Asp His His Ala His Pro Thr

305 310 315 320

Arg Ser Tyr Gln Ser Leu Arg Asp Phe Pro Gly Leu Pro Ala Leu Pro

325 330 335

Thr Gly Tyr Pro Gly Ala Phe Leu Met Ala Met Ile Pro Gln Trp Phe

340 345 350

Arg Ser Val Met Asp Pro Lys Val Val Asp Trp Ala Gly Gly Asp Leu

355 360 365

Asn Lys Ile Gln Ile Asp Asp Ser Met Arg Glu Thr Tyr Leu Lys Lys

370 375 380

Phe Gly Thr Ser Ser Ala Gly His Ser Ser Ser Thr Ser Ala Val Ala

385 390 395 400

Ser

<210> 2

<211> 458

<212> БЕЛОК

<213> Hahella chejuensis

<400> 2

Met Thr Pro Leu Ser Pro Val Asp Gln Ile Phe Leu Trp Leu Glu Lys

1 5 10 15

Arg Gln Gln Pro Met His Val Gly Gly Leu His Ile Phe Ser Phe Pro

20 25 30

Asp Asp Ala Asp Ala Lys Tyr Met Thr Glu Leu Ala Gln Gln Leu Arg

35 40 45

Ala Tyr Ala Thr Pro Gln Ala Pro Phe Asn Arg Arg Leu Arg Gln Arg

50 55 60

Trp Gly Arg Tyr Tyr Trp Asp Thr Asp Ala Gln Phe Asp Leu Glu His

65 70 75 80

His Phe Arg His Glu Ala Leu Pro Lys Pro Gly Arg Ile Arg Glu Leu

85 90 95

Leu Ala His Val Ser Ala Glu His Ser Asn Leu Met Asp Arg Glu Arg

100 105 110

Pro Met Trp Glu Cys His Leu Ile Glu Gly Ile Arg Gly Arg Arg Phe

115 120 125

Ala Val Tyr Tyr Lys Ala His His Cys Met Leu Asp Gly Val Ala Ala

130 135 140

Met Arg Met Cys Val Lys Ser Tyr Ser Phe Asp Pro Thr Ala Thr Glu

145 150 155 160

Met Pro Pro Ile Trp Ala Ile Ser Lys Asp Val Thr Pro Ala Arg Glu

165 170 175

Thr Gln Ala Pro Ala Ala Gly Asp Leu Val His Ser Leu Ser Gln Leu

180 185 190

Val Glu Gly Ala Gly Arg Gln Leu Ala Thr Val Pro Thr Leu Ile Arg

195 200 205

Glu Leu Gly Lys Asn Leu Leu Lys Ala Arg Asp Asp Ser Asp Ala Gly

210 215 220

Leu Ile Phe Arg Ala Pro Pro Ser Ile Leu Asn Gln Arg Ile Thr Gly

225 230 235 240

Ser Arg Arg Phe Ala Ala Gln Ser Tyr Ala Leu Glu Arg Phe Lys Ala

245 250 255

Ile Gly Lys Ala Phe Gln Ala Thr Val Asn Asp Val Val Leu Ala Val

260 265 270

Cys Gly Ser Ala Leu Arg Asn Tyr Leu Leu Ser Arg Gln Ala Leu Pro

275 280 285

Asp Gln Pro Leu Ile Ala Met Ala Pro Met Ser Ile Arg Gln Asp Asp

290 295 300

Ser Asp Ser Gly Asn Gln Ile Ala Met Ile Leu Ala Asn Leu Gly Thr

305 310 315 320

His Ile Ala Asp Pro Val Arg Arg Leu Glu Leu Thr Gln Ala Ser Ala

325 330 335

Arg Glu Ser Lys Glu Arg Phe Arg Gln Met Thr Pro Glu Glu Ala Val

340 345 350

Asn Tyr Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Ser Gly Leu Asn Leu Leu Thr

355 360 365

Gly Leu Ala Pro Lys Trp Gln Ala Phe Asn Val Val Ile Ser Asn Val

370 375 380

Pro Gly Pro Asn Lys Pro Leu Tyr Trp Asn Gly Ala Arg Leu Glu Gly

385 390 395 400

Met Tyr Pro Val Ser Ile Pro Val Asp Tyr Ala Ala Leu Asn Ile Thr

405 410 415

Leu Val Ser Tyr Arg Asp Gln Leu Glu Phe Gly Phe Thr Ala Cys Arg

420 425 430

Arg Thr Leu Pro Ser Met Gln Arg Leu Leu Asp Tyr Ile Glu Gln Gly

435 440 445

Ile Ala Glu Leu Glu Lys Ala Ala Gly Val

450 455

<210> 3

<211> 459

<212> БЕЛОК

<213> Chromobacterium violaceum

<400> 3

Met Gln Lys Gln Arg Thr Thr Ser Gln Trp Arg Glu Leu Asp Ala Ala

1 5 10 15

His His Leu His Pro Phe Thr Asp Thr Ala Ser Leu Asn Gln Ala Gly

20 25 30

Ala Arg Val Met Thr Arg Gly Glu Gly Val Tyr Leu Trp Asp Ser Glu

35 40 45

Gly Asn Lys Ile Ile Asp Gly Met Ala Gly Leu Trp Cys Val Asn Val

50 55 60

Gly Tyr Gly Arg Lys Asp Phe Ala Glu Ala Ala Arg Arg Gln Met Glu

65 70 75 80

Glu Leu Pro Phe Tyr Asn Thr Phe Phe Lys Thr Thr His Pro Ala Val

85 90 95

Val Glu Leu Ser Ser Leu Leu Ala Glu Val Thr Pro Ala Gly Phe Asp

100 105 110

Arg Val Phe Tyr Thr Asn Ser Gly Ser Glu Ser Val Asp Thr Met Ile

115 120 125

Arg Met Val Arg Arg Tyr Trp Asp Val Gln Gly Lys Pro Glu Lys Lys

130 135 140

Thr Leu Ile Gly Arg Trp Asn Gly Tyr His Gly Ser Thr Ile Gly Gly

145 150 155 160

Ala Ser Leu Gly Gly Met Lys Tyr Met His Glu Gln Gly Asp Leu Pro

165 170 175

Ile Pro Gly Met Ala His Ile Glu Gln Pro Trp Trp Tyr Lys His Gly

180 185 190

Lys Asp Met Thr Pro Asp Glu Phe Gly Val Val Ala Ala Arg Trp Leu

195 200 205

Glu Glu Lys Ile Leu Glu Ile Gly Ala Asp Lys Val Ala Ala Phe Val

210 215 220

Gly Glu Pro Ile Gln Gly Ala Gly Gly Val Ile Val Pro Pro Ala Thr

225 230 235 240

Tyr Trp Pro Glu Ile Glu Arg Ile Cys Arg Lys Tyr Asp Val Leu Leu

245 250 255

Val Ala Asp Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Gly Glu Trp Phe

260 265 270

Gly His Gln His Phe Gly Phe Gln Pro Asp Leu Phe Thr Ala Ala Lys

275 280 285

Gly Leu Ser Ser Gly Tyr Leu Pro Ile Gly Ala Val Phe Val Gly Lys

290 295 300

Arg Val Ala Glu Gly Leu Ile Ala Gly Gly Asp Phe Asn His Gly Phe

305 310 315 320

Thr Tyr Ser Gly His Pro Val Cys Ala Ala Val Ala His Ala Asn Val

325 330 335

Ala Ala Leu Arg Asp Glu Gly Ile Val Gln Arg Val Lys Asp Asp Ile

340 345 350

Gly Pro Tyr Met Gln Lys Arg Trp Arg Glu Thr Phe Ser Arg Phe Glu

355 360 365

His Val Asp Asp Val Arg Gly Val Gly Met Val Gln Ala Phe Thr Leu

370 375 380

Val Lys Asn Lys Ala Lys Arg Glu Leu Phe Pro Asp Phe Gly Glu Ile

385 390 395 400

Gly Thr Leu Cys Arg Asp Ile Phe Phe Arg Asn Asn Leu Ile Met Arg

405 410 415

Ala Cys Gly Asp His Ile Val Ser Ala Pro Pro Leu Val Met Thr Arg

420 425 430

Ala Glu Val Asp Glu Met Leu Ala Val Ala Glu Arg Cys Leu Glu Glu

435 440 445

Phe Glu Gln Thr Leu Lys Ala Arg Gly Leu Ala

450 455

<210> 4

<211> 230

<212> БЕЛОК

<213> Pseudomonas putida

<400> 4

Met Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala

1 5 10 15

Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro

20 25 30

Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn

35 40 45

Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly

50 55 60

Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr

65 70 75 80

Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp

85 90 95

Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser

100 105 110

Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile

115 120 125

Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr

130 135 140

Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly

145 150 155 160

Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln

165 170 175

Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp

180 185 190

Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro

195 200 205

Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu

210 215 220

Gly Ala Ser Tyr Val Phe

225 230

<210> 5

<211> 230

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> ALK L

<400> 5

Val Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala

1 5 10 15

Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro

20 25 30

Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn

35 40 45

Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly

50 55 60

Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr

65 70 75 80

Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp

85 90 95

Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser

100 105 110

Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile

115 120 125

Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr

130 135 140

Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly

145 150 155 160

Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln

165 170 175

Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp

180 185 190

Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro

195 200 205

Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu

210 215 220

Gly Ala Ser Tyr Val Phe

225 230

<210> 6

<211> 446

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> FADL

<400> 6

Met Ser Gln Lys Thr Leu Phe Thr Lys Ser Ala Leu Ala Val Ala Val

1 5 10 15

Ala Leu Ile Ser Thr Gln Ala Trp Ser Ala Gly Phe Gln Leu Asn Glu

20 25 30

Phe Ser Ser Ser Gly Leu Gly Arg Ala Tyr Ser Gly Glu Gly Ala Ile

35 40 45

Ala Asp Asp Ala Gly Asn Val Ser Arg Asn Pro Ala Leu Ile Thr Met

50 55 60

Phe Asp Arg Pro Thr Phe Ser Ala Gly Ala Val Tyr Ile Asp Pro Asp

65 70 75 80

Val Asn Ile Ser Gly Thr Ser Pro Ser Gly Arg Ser Leu Lys Ala Asp

85 90 95

Asn Ile Ala Pro Thr Ala Trp Val Pro Asn Met His Phe Val Ala Pro

100 105 110

Ile Asn Asp Gln Phe Gly Trp Gly Ala Ser Ile Thr Ser Asn Tyr Gly

115 120 125

Leu Ala Thr Glu Phe Asn Asp Thr Tyr Ala Gly Gly Ser Val Gly Gly

130 135 140

Thr Thr Asp Leu Glu Thr Met Asn Leu Asn Leu Ser Gly Ala Tyr Arg

145 150 155 160

Leu Asn Asn Ala Trp Ser Phe Gly Leu Gly Phe Asn Ala Val Tyr Ala

165 170 175

Arg Ala Lys Ile Glu Arg Phe Ala Gly Asp Leu Gly Gln Leu Val Ala

180 185 190

Gly Gln Ile Met Gln Ser Pro Ala Gly Gln Thr Gln Gln Gly Gln Ala

195 200 205

Leu Ala Ala Thr Ala Asn Gly Ile Asp Ser Asn Thr Lys Ile Ala His

210 215 220

Leu Asn Gly Asn Gln Trp Gly Phe Gly Trp Asn Ala Gly Ile Leu Tyr

225 230 235 240

Glu Leu Asp Lys Asn Asn Arg Tyr Ala Leu Thr Tyr Arg Ser Glu Val

245 250 255

Lys Ile Asp Phe Lys Gly Asn Tyr Ser Ser Asp Leu Asn Arg Ala Phe

260 265 270

Asn Asn Tyr Gly Leu Pro Ile Pro Thr Ala Thr Gly Gly Ala Thr Gln

275 280 285

Ser Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Leu Pro Glu Met Trp Glu Val Ser Gly

290 295 300

Tyr Asn Arg Val Asp Pro Gln Trp Ala Ile His Tyr Ser Leu Ala Tyr

305 310 315 320

Thr Ser Trp Ser Gln Phe Gln Gln Leu Lys Ala Thr Ser Thr Ser Gly

325 330 335

Asp Thr Leu Phe Gln Lys His Glu Gly Phe Lys Asp Ala Tyr Arg Ile

340 345 350

Ala Leu Gly Thr Thr Tyr Tyr Tyr Asp Asp Asn Trp Thr Phe Arg Thr

355 360 365

Gly Ile Ala Phe Asp Asp Ser Pro Val Pro Ala Gln Asn Arg Ser Ile

370 375 380

Ser Ile Pro Asp Gln Asp Arg Phe Trp Leu Ser Ala Gly Thr Thr Tyr

385 390 395 400

Ala Phe Asn Lys Asp Ala Ser Val Asp Val Gly Val Ser Tyr Met His

405 410 415

Gly Gln Ser Val Lys Ile Asn Glu Gly Pro Tyr Gln Phe Glu Ser Glu

420 425 430

Gly Lys Ala Trp Leu Phe Gly Thr Asn Phe Asn Tyr Ala Phe

435 440 445

<210> 7

<211> 7387

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche

<400> 7

cgggatctcg acgctctccc ttatgcgact cctgcgttta gggaaagagc atttgtcaga 60

atatttaagg gcgcctgtca ctttgcttga tatatgagaa ttatttaacc ttataaatga 120

gaaaaaagca acgcacttta aataagatac gttgcttttt cgattgatga acacctataa 180

ttaaactatt catctattat ttatgatttt ttgtatatac aatatttcta gtttgttaaa 240

gagaattaag aaaataaatc tcgaaaataa taaagggaaa atcagttttt gatatcaaaa 300

ttatacatgt caacgataat acaaaatata atacaaacta taagatgtta tcagtattta 360

ttatgcattt agaatacctt ttgtgtcgcc cttattcgac tccctataga agttcctatt 420

ctctagaaag tataggaact tcccttcatt ttggatccaa ttgtgagcgg ataacaatta 480

cgagcttcat gcacagtgat cgacgctgtt gacaattaat catcggctcg tataatgtgt 540

ggatgtggaa ttgtgagcgc tcacaattcc acaacggttt ccctctagaa ataattttgt 600

ttaacaggag gtaaaacata tgttaacggc atgtatatca tttggggttg cgatgacgac 660

gaacacgcat tttagaggtg aagaattgaa gaaggtttgg cttaaccgtt atcccgcgga 720

cgttccgacg gagatcaacc ctgaccgtta tcaatctctg gtagatatgt ttgagcagtc 780

ggtcgcgcgc tacgccgatc aacctgcgtt tgtgaatatg ggggaggtaa tgaccttccg 840

caagctggaa gaacgcagtc gcgcgtttgc cgcttatttg caacaagggt tggggctgaa 900

gaaaggcgat cgcgttgcgt tgatgatgcc taatttattg caatatccgg tggcgctgtt 960

tggcattttg cgtgccggga tgatcgtcgt aaacgttaac ccgttgtata ccccgcgtga 1020

gcttgagcat cagcttaacg atagcggcgc atcggcgatt gttatcgtgt ctaactttgc 1080

tcacacactg gaaaaagtgg ttgataaaac cgccgttcag cacgtaattc tgacccgtat 1140

gggcgatcag ctatctacgg caaaaggcac ggtagtcaat ttcgttgtta aatacatcaa 1200

gcgtttggtg ccgaaatacc atctgccaga tgccatttca tttcgtagcg cactgcataa 1260

cggctaccgg atgcagtacg tcaaacccga actggtgccg gaagatttag cttttctgca 1320

atacaccggc ggcaccactg gtgtggcgaa aggcgcgatg ctgactcacc gcaatatgct 1380

ggcgaacctg gaacaggtta acgcgaccta tggtccgctg ttgcatccgg gcaaagagct 1440

ggtggtgacg gcgctgccgc tgtatcacat ttttgccctg accattaact gcctgctgtt 1500

tatcgaactg ggtgggcaga acctgcttat cactaacccg cgcgatattc cagggttggt 1560

aaaagagtta gcgaaatatc cgtttaccgc tatcacgggc gttaacacct tgttcaatgc 1620

gttgctgaac aataaagagt tccagcagct ggatttctcc agtctgcatc tttccgcagg 1680

cggtgggatg ccagtgcagc aagtggtggc agagcgttgg gtgaaactga ccggacagta 1740

tctgctggaa ggctatggcc ttaccgagtg tgcgccgctg gtcagcgtta acccatatga 1800

tattgattat catagtggta gcatcggttt gccggtgccg tcgacggaag ccaaactggt 1860

ggatgatgat gataatgaag taccaccagg tcaaccgggt gagctttgtg tcaaaggacc 1920

gcaggtgatg ctgggttact ggcagcgtcc cgatgctacc gatgaaatca tcaaaaatgg 1980

ctggttacac accggcgaca tcgcggtaat ggatgaagaa ggattcctgc gcattgtcga 2040

tcgtaaaaaa gacatgattc tggtttccgg ttttaacgtc tatcccaacg agattgaaga 2100

tgtcgtcatg cagcatcctg gcgtacagga agtcgcggct gttggcgtac cttccggctc 2160

cagtggtgaa gcggtgaaaa tcttcgtagt gaaaaaagat ccatcgctta ccgaagagtc 2220

actggtgact ttttgccgcc gtcagctcac gggatacaaa gtaccgaagc tggtggagtt 2280

tcgtgatgag ttaccgaaat ctaacgtcgg aaaaattttg cgacgagaat tacgtgacga 2340

agcgcgcggc aaagtggaca ataaagcctg agcgaattcg gatccatgca cagtgaaatc 2400

atgaaaaatt tatttgcttt gtgagcggat aacaattata atagcatgct ggtcagtatt 2460

gagcgatgca tgcacggttt ccctctagaa ataattttgt ttaactttta ggaggtaaaa 2520

accatgggta gctctcacca tcatcatcat cacagctctg gcctggttcc gcgcggttcc 2580

cacatgacgc cgctgagccc ggtcgatcaa atctttctgt ggctggagaa gcgtcagcag 2640

ccgatgcacg tcggtggctt gcacattttc agcttccctg atgacgcaga cgcgaagtat 2700

atgaccgagc tggcgcagca actgcgtgca tacgcgacgc cgcaggcacc attcaaccgt 2760

cgcctgcgtc agcgctgggg ccgttactat tgggacaccg atgctcagtt cgacctggag 2820

catcattttc gtcacgaagc gctgccgaaa ccgggtcgca ttcgcgaact gttggcccac 2880

gttagcgcgg agcattctaa tctgatggat cgtgaacgtc cgatgtggga gtgccatctg 2940

atcgaaggca tccgtggtcg ccgtttcgcg gtttactaca aggcgcatca ctgtatgctg 3000

gacggtgtag ccgccatgcg tatgtgcgtg aaatcctaca gctttgatcc gaccgcaacg 3060

gagatgccgc cgatttgggc tatcagcaaa gacgttaccc cggctcgtga aactcaagca 3120

ccggcagcgg gtgacctggt gcactccctg tcccagctgg ttgagggtgc cggtcgtcaa 3180

ctggcgaccg tcccgaccct gattcgtgag ctgggcaaaa acttgctgaa ggcgcgtgac 3240

gactctgacg cgggtctgat ttttcgcgct ccgccaagca ttctgaacca acgcatcacc 3300

ggtagccgcc gttttgcggc gcagagctac gcgttggaac gctttaaggc gatcggtaag 3360

gcattccagg ctacggttaa cgatgtggtg ctggcggtgt gcggttccgc actgcgtaac 3420

tatttgctga gccgccaagc cctgccggat caaccgctga ttgcaatggc ccctatgagc 3480

atccgtcagg acgatagcga cagcggcaat cagatcgcga tgatcctggc gaatctgggc 3540

acccacatcg cggacccggt ccgtcgtttg gaactgacgc aagcaagcgc tcgcgagagc 3600

aaagagcgct tccgtcagat gacgccggaa gaggcagtga actataccgc gctgaccctg 3660

gccccgagcg gtctgaatct gctgacgggt ttggccccga aatggcaggc cttcaatgtc 3720

gtgattagca acgttccagg cccgaataag ccgctgtact ggaacggtgc gcgcctggaa 3780

ggcatgtatc cggtttctat tcctgtcgat tatgcggcat tgaatatcac tctggttagc 3840

taccgtgatc aactggaatt tggtttcacc gcatgtcgcc gtaccctgcc gtcgatgcaa 3900

cgtctgttgg attacattga gcaaggcatt gccgagctgg agaaagcggc tggcgtgtaa 3960

ctcgagatcg aatgagcaat aactagcata accccttggg gcctctaaac gggtcttgag 4020

gctcgagtct ggtaaagaaa ccgctgctgc gaaatttgaa cgccagcaca tggactcgtc 4080

tactagcgca gcttaattaa cctaggctgc tgccaccgct gagcaataac tagcataacc 4140

ccttggggcc tctaaacggg tcttgagggg ttttttgctg aaacctcagg catttgagaa 4200

gcacacggtc acactgcttc cggtagtcaa taaaccggta aaccagcaat agacataagc 4260

ggctatttaa cgaccctgcc ctgaaccgac gaccgggtca tcgtggccgg atcttgcggc 4320

ccctcggctt gaacgaattg ttagacatta tttgccgact accttggtga tctcgccttt 4380

cacgtagtgg acaaattctt ccaactgatc tgcgcgcgag gccaagcgat cttcttcttg 4440

tccaagataa gcctgtctag cttcaagtat gacgggctga tactgggccg gcaggcgctc 4500

cattgcccag tcggcagcga catccttcgg cgcgattttg ccggttactg cgctgtacca 4560

aatgcgggac aacgtaagca ctacatttcg ctcatcgcca gcccagtcgg gcggcgagtt 4620

ccatagcgtt aaggtttcat ttagcgcctc aaatagatcc tgttcaggaa ccggatcaaa 4680

gagttcctcc gccgctggac ctaccaaggc aacgctatgt tctcttgctt ttgtcagcaa 4740

gatagccaga tcaatgtcga tcgtggctgg ctcgaagata cctgcaagaa tgtcattgcg 4800

ctgccattct ccaaattgca gttcgcgctt agctggataa cgccacggaa tgatgtcgtc 4860

gtgcacaaca atggtgactt ctacagcgcg gagaatctcg ctctctccag gggaagccga 4920

agtttccaaa aggtcgttga tcaaagctcg ccgcgttgtt tcatcaagcc ttacggtcac 4980

cgtaaccagc aaatcaatat cactgtgtgg cttcaggccg ccatccactg cggagccgta 5040

caaatgtacg gccagcaacg tcggttcgag atggcgctcg atgacgccaa ctacctctga 5100

tagttgagtc gatacttcgg cgatcaccgc ttccctcata ctcttccttt ttcaatatta 5160

ttgaagcatt tatcagggtt attgtctcat gagcggatac atatttgaat gtatttagaa 5220

aaataaacaa atagctagct cactcggtcg ctacgctccg ggcgtgagac tgcggcgggc 5280

gctgcggaca catacaaagt tacccacaga ttccgtggat aagcagggga ctaacatgtg 5340

aggcaaaaca gcagggccgc gccggtggcg tttttccata ggctccgccc tcctgccaga 5400

gttcacataa acagacgctt ttccggtgca tctgtgggag ccgtgaggct caaccatgaa 5460

tctgacagta cgggcgaaac ccgacaggac ttaaagatcc ccaccgtttc cggcgggtcg 5520

ctccctcttg cgctctcctg ttccgaccct gccgtttacc ggatacctgt tccgcctttc 5580

tcccttacgg gaagtgtggc gctttctcat agctcacaca ctggtatctc ggctcggtgt 5640

aggtcgttcg ctccaagctg ggctgtaagc aagaactccc cgttcagccc gactgctgcg 5700

ccttatccgg taactgttca cttgagtcca acccggaaaa gcacggtaaa acgccactgg 5760

cagcagccat tggtaactgg gagttcgcag aggatttgtt tagctaaaca cgcggttgct 5820

cttgaagtgt gcgccaaagt ccggctacac tggaaggaca gatttggttg ctgtgctctg 5880

cgaaagccag ttaccacggt taagcagttc cccaactgac ttaaccttcg atcaaaccac 5940

ctccccaggt ggttttttcg tttacagggc aaaagattac gcgcagaaaa aaaggatctc 6000

aagaagatcc tttgatcttt tctactgaac cgctctagat ttcagtgcaa tttatctctt 6060

caaatgtagc acctgaagtc agccccatac gatataagtt gtaattctca tgttagtcat 6120

gccccgcgcc caccggaagg agctgactgg gttgaaggct ctcaagggca tcggtcgaga 6180

tcccggtgcc taatgagtga gctaacttac attaattgcg ttgcgctcac tgcccgcttt 6240

ccagtcggga aacctgtcgt gccagctgca ttaatgaatc ggccaacgcg cggggagagg 6300

cggtttgcgt attgggcgcc agggtggttt ttcttttcac cagtgagacg ggcaacagct 6360

gattgccctt caccgcctgg ccctgagaga gttgcagcaa gcggtccacg ctggtttgcc 6420

ccagcaggcg aaaatcctgt ttgatggtgg ttaacggcgg gatataacat gagctgtctt 6480

cggtatcgtc gtatcccact accgagatgt ccgcaccaac gcgcagcccg gactcggtaa 6540

tggcgcgcat tgcgcccagc gccatctgat cgttggcaac cagcatcgca gtgggaacga 6600

tgccctcatt cagcatttgc atggtttgtt gaaaaccgga catggcactc cagtcgcctt 6660

cccgttccgc tatcggctga atttgattgc gagtgagata tttatgccag ccagccagac 6720

gcagacgcgc cgagacagaa cttaatgggc ccgctaacag cgcgatttgc tggtgaccca 6780

atgcgaccag atgctccacg cccagtcgcg taccgtcttc atgggagaaa ataatactgt 6840

tgatgggtgt ctggtcagag acatcaagaa ataacgccgg aacattagtg caggcagctt 6900

ccacagcaat ggcatcctgg tcatccagcg gatagttaat gatcagccca ctgacgcgtt 6960

gcgcgagaag attgtgcacc gccgctttac aggcttcgac gccgcttcgt tctaccatcg 7020

acaccaccac gctggcaccc agttgatcgg cgcgagattt aatcgccgcg acaatttgcg 7080

acggcgcgtg cagggccaga ctggaggtgg caacgccaat cagcaacgac tgtttgcccg 7140

ccagttgttg tgccacgcgg ttgggaatgt aattcagctc cgccatcgcc gcttccactt 7200

tttcccgcgt tttcgcagaa acgtggctgg cctggttcac cacgcgggaa acggtctgat 7260

aagagacacc ggcatactct gcgacatcgt ataacgttac tggtttcaca ttcaccaccc 7320

tgaattgact ctcttccggg cgctatcatg ccataccgcg aaaggttttg cgccattcga 7380

tggtgtc 7387

<---

Реферат

Группа изобретений относится к биотехнологическому способу получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот. Предложены клетка микроорганизма и способ для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из ундекана и/или додекана. Клетка генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одной AlkB-алкангидроксилазы и синтазы воска-сложного эфира, где AlkB-алкангидроксилаза характеризуется последовательностью SEQ ID NO:1 и синтаза воска-сложного эфира характеризуется последовательностью SEQ ID NO:2. При этом клетка не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа следующих ферментов, участвующих в образовании карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из простого источника углерода: ацил-ACP тиоэстеразы под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22, ацил-КоА-тиоэстеразы под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22, ацил-КоА:ACP-трансацилазы, поликетидсинтазы и синтазы гексановой кислоты. Изобретения позволяют получать из ундекана и/или додекана сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты с помощью одной рекомбинантной клетки. 2 н. и 3 з.п. ф-лы, 3 табл., 7 пр.

Формула