Микроорганизмы для повышенного продуцирования аминокислот и связанные с ним способы - RU2016133407A

1. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм, содержащий первую экзогенную нуклеиновую кислоту, выбранную из группы, состоящей из экзогенной нуклеиновой кислоты, кодирующей фермент биосинтеза L-аминокислоты, и экзогенной нуклеиновой кислоты, кодирующей контрольную последовательность экспрессии, функционально связанную с нуклеиновой кислотой, кодирующей нативный фермент биосинтеза L-аминокислоты, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм способен конвертировать углеродное сырье, получаемое из природного газа, в желательную L-аминокислоту, и тем, что δ¹³С рекомбинантного метаболизирующего C₁ микроорганизма имеет значение менее .

2. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 1, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза L-аминокислоты.

3. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую cache-полипептид.

4. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что получаемое из природного газа сырье представляет собой природный газ.

5. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 4, отличающийся тем, что получаемое из природного газа сырье представляет собой метан.

6. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что рекомбинантный метанотрофный микроорганизм содержит способность продуцировать желательную L-аминокислоту в количестве по меньшей мере на примерно 10% больше, чем продуцируется нативным метаболизирующим C₁ микроорганизмом.

7. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что метаболизирующий C₁ микроорганизм является метаномотрофом.

8. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза L-аминокислоты, выбранный из группы, состоящей из фермента биосинтеза лизина, фермента биосинтеза триптофана, фермента биосинтеза метионина, фермента биосинтеза цистеина, и фермента биосинтеза треонина.

9. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что желательная L-аминокислота представляет собой лизин, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза лизина, выбранный из группы, состоящей из лизин-чувствительной аспартокиназы III (lysC), аспартаткиназы, аспартат-семиальдегид-дегидрогеназы (asd), дигидродипиколинатсинтазы (dapA), дигидродипиколинатредуктазы (dapB), 2,3,4,5-тетрагидропиридин-2,6-карбоксилат-N-сукцинилтрансферазы (dapD), ацетилорнитин/сукцинилдиаминопимелат-аминотрансферазы (argD), сукцинил-диаминопимелат-десукцинилазы (dapE), сукцинилдиаминопимелат-трансаминазы, диаминопимелат-эпимеразы (dapF), и диаминопиметатдикарбоксилазы (lysA).

10. Рекомбинантный метаболизирующий С₁ микроорганизм по п. 9, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует дигидродипиколинатсинтазу (dapA).

11. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что желательная L-аминокислота представляет собой L-метионин, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза метионина, выбранный из группы, состоящей из гомосерин-О-сукцинилтрансферазы (metA), цистатионин-гамма-синтазы (metB), белка MalY, цистатионин-бета-лиазы (metC), В12-зависимой метионинсинтазы (metH), и 5-метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеин-S-метилтрансферазы (metE).

12. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что L-аминокислота представляет собой L-цистеин, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза цистеина, выбранный из группы, состоящей из серин-ацетилтрансферазы (CysE), цистеинсинтазы А, и цистеинсинтазы В.

13. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что желательная L-аминокислота представляет собой L-треонин, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза треонина, выбранный из группы, состоящей из аспартат-трансаминазы, PLP-зависимой аминотрансферазы, аспартат-аминотрансферазы, аспартаткиназы, аспартат-семиальдегид-дегидрогеназы, гомосерин-дегидрогеназы, гомосеринкиназы, и треонинсинтазы.

14. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что желательная L-аминокислота представляет собой L-триптофан, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза триптофана, выбранный из группы, состоящей из хоризмат-пируват-лиазы (ubiC), антранилатсинтазы компонента I (trpE), антранилатсинтазы компонента II (trpG), антранилат-фосфорибозилтрансферазы (trpD), фосфорибозилантранилат-изомеразы (trpC), белка биосинтеза триптофана (trpC), N-(5'-фосфорибозил)антранилат-изомеразы (trpF), индол-3-глицеролфосфатсинтазы, триптофансинтазы альфа-цепи (trpA), и триптофансинтазы бета-цепи (trpB).

15. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза L-аминокислоты, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична референсной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88,90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112,114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, и 150.

16. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 1, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует контрольную последовательность экспрессии, функционально связанную с нуклеиновой кислотой, кодирующей нативный фермент биосинтеза L-аминокислоты.

17. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что последовательность первой экзогенной нуклеиновой кислоты оптимизирована по использованию кодонов для оптимальной экспрессии рекомбинантным метаболизирующим С₁ микроорганизмом.

18. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по п. 3, отличающийся тем, что последовательность второй экзогенной нуклеиновой кислоты оптимизирована по использованию кодонов для оптимальной экспрессии рекомбинантным метаболизирующим C₁ микроорганизмом.

19. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота кодирует фермент биосинтеза L-аминокислоты, и тем, что первая экзогенная нуклеиновая кислота содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 85% идентична референсной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147 и 149.

20. Рекомбинантный метаболизирующий C₁ микроорганизм по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что микроорганизм демонстрирует δ¹³С, имеющий значение менее .

21. Биомасса, получаемая из культуры рекомбинантного метаболизирующего C₁микроорганизма по любому из пп. 1-20.

22. Биомасса по п. 21, отличающаяся тем, что δ¹³С биомассы имеет значение менее .

23. Биомасса по п. 21, отличающаяся тем, что δ¹³С биомассы имеет значение менее .