Маркерный ген - RU2005114525A

Реферат

1. Способ определения предрасположенности или устойчивости к инфекции, где способ включает в себя анализ полученного от пациента содержащего ДНК образца для идентификации аллелей, представленных по меньшей мере в одном из микросателлитных локусов D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272, где присутствие конкретных аллелей в микросателлитных локусах D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272 указывает на устойчивость к инфекции.

2. Способ по п.1, где способ используют для определения предрасположенности или устойчивости к вирусной инфекции.

3. Способ по п.2, где вирус представляет собой вирус ВИЧ.

4. Способ по п.1, где образец представляет собой кровь, мочу, сперму, ротовой мазок, клетки кожи, отрезанные ногти, волосы, глубокие влагалищные мазки или мазки из шейки матки.

5. Способ по п.1, где образец амплифицируют с использованием способа амплификации нуклеиновых кислот, такого как ПЦР или репликация по типу "катящегося кольца".

6. Способ по любому из пп.1-5, где образец оценивают для определения присутствия или отсутствия конкретных генотипов в микросателлитном локусе или локусах с использованием анализа длины фрагментов ДНК, способов гибридизации ДНК, определения последовательности ДНК или анализа полиморфизма длины простых последовательностей (SSLP), где набор фланкирующих праймеров для амплификации микросателлитных маркеров посредством ПЦР выбран из

D22S277 левый, TTCTTGTGTGGTAGTCTGGG; (SEQ ID №: 1)

D22S277 правый, TACCNACTCCCCAAACTATG; (SEQ ID №: 2)

D22S272 левый, GAGTTTTGTTTGCCTGGCAC; (SEQ ID №: 3)

D22S272 правый, AATGCACGACCCACCTAAAG; (SEQ ID №: 4)

D22S276 левый, CATTCTGCCAAGCAATTTAT; (SEQ ID №: 5)

D22S276 правый, GCTGCTCTTTAAGTTTCTTGACC; (SEQ ID №: 6)

D22S929 левый, CTGCAGATCACAAACTCCTTG (SEQ ID №: 7)

D22S929 правый, GCATTTATGGAGTATCCACAG; (SEQ ID №: 8)

D22S1169 левый, GCACACACATGCACATAATC; (SEQ ID №: 9) и

D22S1169 правый, AACAACTTCCAGCAGACG; (SEQ ID №: 10)

комплементарных нуклеиновых кислот или их фрагментов, полиморфных вариантов, вариантов сплайсинга или гомологов.

7. Набор для диагностики предрасположенности к инфекции, где набор содержит реагенты для определения генотипа по меньшей мере одного из микросателлитных локусов D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272.

8. Вектор, несущий фрагмент хромосомы, содержащий по меньшей мере один из микросателлитных локусов D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272.

9. Применение вектора по п.8 в генной терапии для лечения пациента с предрасположенностью к инфекции или для лечения инфицированного пациента.

10. Применение по п.9, где инфекция представляет собой вирусную инфекцию.

11. Применение по п.9 или 10, где инфекция представляет собой инфекцию вирусом ВИЧ.

12. Композиция, содержащая пептид, полипептид, белок или гликозилированные, сульфированные, ацетилированные или другие посттрансляционные производные, функциональные производные, гомологи или фрагменты аминокислотной последовательности, кодируемой геном, находящимся в сегменте хромосомы, расположенном рядом с микросателлитными локусами D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272, или комплементарными нуклеиновыми кислотами или фрагментами, полиморфизмами, вариантами сплайсинга или гомологами указанного гена.

13. Применение композиции по п.12 для лечения или профилактики инфекции.

14. Применение композиции по п.12 для лечения или профилактики ВИЧ.

15. Композиция по п.12, где композиция представляет собой фармацевтическую композицию или вакцину.

16. Противозачаточное средство, содержащее композицию по п.12 в форме, пригодной для введения посредством слизистой оболочки, для профилактики, терапии или вакцинации через слизистую оболочку против вирусных заболеваний.

17. Применение композиции по п.12 в качестве микробицидного средства в профилактике, терапии или вакцинации против вирусного заболевания через слизистые.

18. Вакцина или терапевтическое средство, содержащая(ее) по меньшей мере одну чистую последовательность ДНК по любой из SEQ ID №: 1-10.

19. Вакцина, содержащая последовательности ДНК, содержащие микросателлитные локусы D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272 или фрагменты, полиморфизмы, варианты сплайсинга, комплементарные нуклеиновые кислоты или гомологи указанных последовательностей.

20. Вакцина по п.19, где ДНК является чистой.

21. Вакцина по любому из пп.18-20, дополнительно содержащая адъювант и вводимая парентерально или перорально.

22. Чип или планшет для анализа, содержащие ДНК, включающую микросателлитные локусы D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272 или фрагменты, полиморфизмы, варианты сплайсинга, комплементарные нуклеиновые кислоты или гомологи указанной ДНК.

23. Применение чипа или планшета для анализа по п.22 в медицине.

24. Способ скрининга соединений, способных связывать или иным образом распознавать ДНК, включающую микросателлитные локусы D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272 или фрагменты, полиморфизмы, варианты сплайсинга, комплементарные нуклеиновые кислоты или гомологи указанной ДНК в чипе или планшете для анализа, причем указанный способ включает контактирование тестируемых соединений с чипом или планшетом для анализа по п.22.

25. Чип или планшет для анализа, содержащие пептид, полипептид, белок или гликозилированные, сульфированные, ацетилированные или другие посттрансляционные производные, функциональные производные, гомологи или фрагменты белка, кодируемого геном, находящимся в сегменте хромосомы, расположенном рядом с микросателлитными локусами D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272, комплементарными нуклеиновыми кислотами или фрагментами, полиморфизмами, вариантами сплайсинга или гомологами указанного гена.

26. Способ скрининга соединений, способных связывать или иным образом распознавать, модифицировать или имитировать указанный пептид, полипептид, белок или гликозилированные, сульфированные, ацетилированные или другие посттрансляционные производные, функциональные производные, гомологи или фрагменты белка, кодируемого геном, находящимся в сегменте хромосомы, расположенном рядом с микросателлитными локусами D22S929, D22S277, D22S264, D22S423, D22S418 или D22S272, комплементарными нуклеиновыми кислотами или фрагментами, полиморфизмами, вариантами сплайсинга или гомологами указанного гена, причем указанный способ включает контактирование тестируемых соединений с чипом или планшетом для анализа по п.25.

27. Способ по п.24 или 26, представляющий собой способ высокопроизводительного скрининга.