Композиции, реагенты, наборы и способы для диагностики, мониторинга и лечения ожирения и/или диабета - RU2006111720A

Реферат

1. Выделенная последовательность нуклеиновой кислоты, выбранная из SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21 или комплементарных им последовательностей.

2. Фрагмент выделенной нуклеиновой кислоты, содержащий сегмент по меньшей мере из 15 смежных пар оснований выделенной последовательности по п.1.

3. Фрагмент выделенной нуклеиновой кислоты по п.2, содержащий сегмент из 15-30 смежных пар оснований выделенной последовательности по п.1.

4. Праймер, содержащий фрагмент выделенной нуклеиновой кислоты по п.2.

5. Зонд, содержащий фрагмент выделенной нуклеиновой кислоты по п.2.

6. Выделенная последовательность нуклеиновой кислоты по п.1, где по меньшей мере один предпочтительный кодон заменен по меньшей мере на один кодон указанной выше последовательности.

7. Выделенная аминокислотная последовательность, кодируемая выделенной последовательностью нуклеиновой кислоты по п.1.

8. Выделенная аминокислотная последовательность по п.7, где указанная выделенная аминокислотная последовательность выбрана из SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42.

9. Выделенный пептид, содержащий сегмент по меньшей мере из 5 смежных аминокислот выделенной аминокислотной последовательности по п.8.

10. Выделенный пептид по п.9, содержащий сегмент из 5-20 смежных аминокислот выделенной аминокислотной последовательности по п.8.

11. Экспрессирующий вектор, содержащий выделенную последовательность нуклеиновой кислоты по п.1, где указанная последовательность функционально связана с контрольными элементами для экспрессии указанной последовательности в клетках-хозяевах.

12. Клетка-хозяин, трансфицированная экспрессирующим вектором по п.11.

13. Антисмысловой олигонуклеотид, содержащий сегмент из 10-40 смежных пар оснований, обратно комплементарных последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21.

14. Способ детекции в биологическом образце по меньшей мере одного варианта последовательности нуклеиновой кислоты генов, связанных с ожирением и/или диабетом, предусматривающий стадии

(а) гибридизации вещества нуклеиновой кислоты биологического образца с выделенной последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, или комплементарных им последовательностей; и

(b) детекции комплекса гибридизации, полученного на стадии (а);

где присутствие комплекса гибридизации коррелирует с присутствием в биологическом образце по меньшей мере одного варианта последовательности нуклеиновой кислоты.

15. Способ определения уровня вариантов последовательностей нуклеиновых кислот в биологическом образце, предусматривающий стадии

(a) гибридизации вещества нуклеиновой кислоты из биологического образца с выделенной последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, или комплементарных им последовательньностей; и

(b) определения количества комплексов гибридизации, полученных на стадии (а); и

(c) нормализации количества комплексов гибридизации для получения уровня вариантов последовательностей нуклеиновых кислот в биологическом образце.

16. Способ определения соотношения между уровнем последовательности нуклеиновой кислоты варианта гена, связанного с ожирением и/или диабетом, в первом биологическом образце и варианта, полученного альтернативным сплайсингом, во втором биологическом образце, предусматривающий стадии

(a) определения уровня первой последовательности нуклеиновой кислоты варианта гена, связанного с ожирением и/или диабетом, в первом биологическом образце;

(b) определения уровня второй последовательности нуклеиновой кислоты в форме варианта альтернативного сплайсинга во втором биологическом образце; и

(c) сравнение уровней, полученных на стадии (а) и стадии (b), для получения соотношения.

17. Способ по п.16, где первый биологический образец и второй биологический образец представляют собой один и тот же образец.

18. Способ по п.16, где первая последовательность нуклеиновой кислоты и вторая последовательность нуклеиновой кислоты представляют собой транскрипты мРНК.

19. Способ по п.18, где первая последовательность нуклеиновой кислоты и вторая последовательность нуклеиновой кислоты размещены на чипе для нуклеиновых кислот.

20. Способ идентификации соединений, способных влиять на аффинность связывания белков, связанных с ожирением и/или диабетом, с рецепторами указанных белков, предусматривающий стадии

(а) получения выделенной аминокислотной последовательности, выбранной из SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42;

(b) приведения в контакт соединения-кандидата с выделенной аминокислотной последовательностью в присутствии по меньшей мере одного рецептора гена, связанного с ожирением и/или диабетом;

(c) определения влияния соединения-кандидата на связывание выделенной аминокислотной последовательности по меньшей мере с одним рецептором; и

(d) выбора соединения, способного влиять на аффинность связывания белков, связанных с ожирением и/или диабетом, с рецепторами указанных белков.

21. Способ определения соотношения между уровнем варианта белка, связанного с ожирением и/или диабетом, в первом биологическом образце и варианта, полученного альтернативным сплайсингом, во втором биологическом образце, предусматривающий стадии

(a) определения уровня первой последовательности нуклеиновой кислоты варианта гена, связанного с ожирением и/или диабетом в первом биологическом образце;

(b) определения уровня второй последовательности нуклеиновой кислоты в форме варианта альтернативного сплайсинга во втором биологическом образце; и

(c) сравнения уровней, полученных на стадии (а) и стадии (b) для получения соотношения.

22. Способ детекции конкретной последовательности нуклеиновой кислоты, связанной с ожирением и/или диабетом, посредством полимеразной цепной реакции/ предусматривающий стадии

(a) амплификации конкретной последовательности нуклеиновой кислоты, связанной с ожирением и/или диабетом, с парой праймеров, где по меньшей мере один из праймеров содержит сегмент по меньшей мере из 15 смежных пар оснований [[а]] выделенной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, или комплементарных им последовательностей; и

(b) детекции продукта нуклеиновой кислоты со стадии (а).

23. Выделенная аминокислотная последовательность, кодируемая нуклеотидами 112-462 SEQ ID NO:11.

24. Выделенная аминокислотная последовательность по п.23, где указанная выделенная аминокислотная последовательность представляет собой SEQ ID NO:32.

25. Выделенный пептид, содержащий сегмент выделенной аминокислотной последовательности по п.24 по меньшей мере из 10 смежных аминокислот, где указанный непрерывный аминокислотный сегмент содержит по меньшей мере одну смежную аминокислоту из аминокислот 37-117 SEQ ID NO:32.

26. Выделенный пептид по п.25, содержащий сегмент из 10-25 смежных аминокислот из выделенной аминокислотной последовательности по п.24.

27. Выделенная аминокислотная последовательность по п.23, с по меньшей мере одной посттрансляционной модификацией.

28. Выделенная аминокислотная последовательность по п.27, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 ацилирована.

29. Выделенная аминокислотная последовательность по п.28, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 октаноилирована.

30. Выделенный пептид по п.25, содержащий аминокислоты 24-52 SEQ ID NO:32.

31. Выделенный пептид по п.30, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 ацилирована.

32. Выделенный пептид по п.31, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 октаноилирована.

33. Выделенный пептид по п.30, содержащий аминокислоты 24-45 SEQ ID NO:32.

34. Выделенный пептид по п.33, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 ацилирована.

35. Выделенный пептид по п.34, где аминокислота в положении номер 26 SEQ ID NO:32 октаноилирована.