Способ прогнозирования эффективности интерферирующей рнк (phki) - RU2006124515A

Реферат

1. Способ создания алгоритма для прогнозирования эффективности в отношении PHKi реагента для PHKi, заключающийся в том, что

а) экспериментально определяют эффективность в отношении PHKi множества реагентов для PHKi, которые содержат последовательность, комплементарную по меньшей мере одному гену-мишени; и

б) с помощью полученного набора данных осуществляют обучение искусственной нейронной сети.

2. Способ по п.1, в котором эффективность PHKi определяют, оценивая количество белка, кодируемого геном-мишенью.

3. Способ по п.1, в котором эффективность PHKi определяют с помощью анализа репортерного гена.

4. Способ по п.1, в котором мишенью реагента для PHKi является 3'-UTR слитой мРНК, кодирующей репортерный белок.

5. Способ по п.1, в котором данные, полученные при использовании различных слитых мРНК, могут быть нормализованы.

6. Способ по п.1, в котором определяют эффективность по меньшей мере 100 реагентов для PHKi, предпочтительно по меньшей мере 1000 реагентов для PHKi.

7. Способ по п.1, в котором последовательности реагентов для PHKi выбраны произвольно.

8. Способ по п.1, в котором последовательности реагентов для PHKi имеют область длиной от 15 до 30 нуклеотидов, в достаточной степени комплементарную для связывания с мРНК-мишенью.

9. Способ по п.1, в котором комплементарная область реагента для PHKi содержит одно или несколько ошибочных спариваний относительно соответствующей области гена-мишени.

10. Способ по п.1, в котором реагент для PHKi представляет собой siPHK.

11. Способ по п.1, в котором реагент для PHKi представляет собой shPHK.

12. Способ по п.1, в котором реагент для PHKi представляет собой miPHK.

13. Алгоритм, полученный с помощью способа по одному из предыдущих пунктов.

14. Машиночитаемый носитель данных, содержащий алгоритм по п.13.

15. Компьютерная система, содержащая алгоритм по п.13 и аппаратные средства компьютера.

16. Способ прогнозирования эффективности в отношении PHKi реагента для PHKi, заключающийся в том, что

а) рассматривают множество последовательностей реагентов для PHKi, которые содержат область, комплементарную конкретному гену-мишени;

б) в отношении указанных последовательностей реагентов для PHKi выполняют обученный алгоритм по п.13 с использованием нейронной сети; и

в) отбирают последовательность(-и) реагента(-ов) для PHKi, которые согласно прогнозу должны обладать эффективностью.

17. Способ ингибирования экспрессии конкретного гена-мишени, заключающийся в том, что

а) рассматривают множество последовательностей реагентов для PHKi, которые содержат область, комплементарную конкретному гену-мишени;

б) в отношении указанных последовательностей реагентов для PHKi выполняют обученный алгоритм по п.13 с использованием нейронной сети;

в) отбирают последовательность(-и) реагента(-ов) для PHKi, которые согласно прогнозу должны обладать эффективностью;

г) синтезируют реагент(-ы) для PHKi, отобранные на стадии (в); и

д) подвергают клетки, экспрессирующие ген-мишень, воздействию реагента(-ов) для PHKi, полученных на стадии (г).

18. Способ по п.16 или 17, в котором эффективности реагентов для PHKi, отобранных на стадии (в), превышают конкретное пороговое значение.