Способы прогнозирования рака предстательной железы - RU2017146409A
Код документа: RU2017146409A
Формула
1. Способ, включающий стадию:
а) определения статуса прогрессирования рака предстательной железы на основе профиля экспрессии генов, включающего уровень экспрессии по меньшей мере двух вариантов фосфодиэстеразы 4D (PDE4D), выбранных из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D7, PDE4D8 и PDE4D9, где ни один из вариантов PDE4D не используют в качестве стандартного гена.
2. Способ, включающий стадию:
a) определения наличия или отсутствия гибридного гена TMPRSS2-ERG или уровня экспрессии фактора транскрипции ERG на основе профиля экспрессии генов, включающего уровень экспрессии, по меньшей мере, двух вариантов фосфодиэстеразы 4D (PDE4D), выбранных из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D7, PDE4D8 и PDE4D9, где ни один из вариантов PDE4D не используют в качестве стандартного гена.
3. Способ по п.1 или 2, где профиль экспрессии генов преобразуют по меньшей мере в один PDE-индекс рака простаты (PDE-индекс), указывающий на статус прогрессирования рака предстательной железы.
4. Способ по п.1 или 2, где варианты PDE4D выбраны из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D8 и PDE4D9.
5. Способ по любому из предшествующих пунктов, где профиль экспрессии генов представляет собой профиль нормализованной экспрессии генов, который получают путем нормализации уровня экспрессии вариантов PDE4D по экспрессии по меньшей мере одного стандартного гена, причем данный способ необязательно включает до нормализации стадию определения в образце уровня экспрессии по меньшей мере одного стандартного гена.
6. Способ по любому из предшествующих пунктов,
который представляет собой способ мониторинга или прогнозирования рака предстательной железы или статуса прогрессирования рака предстательной железы; или
который представляет собой способ идентификации индивидуума, подходящего для получения терапии рака предстательной железы, дополнительно включающий идентификацию человека как подходящего на получение терапии рака предстательной железы, где PDE-индекс индивидуума указывает на наличие рака предстательной железы, или где PDE-индекс индивидуума указывает на непрогрессирующий или прогрессирующий статус рака предстательной железы; или
который представляет собой способ лечения индивидуума, дополнительно включающий i) идентификацию индивидуума, подходящего для получения терапии рака предстательной железы, где PDE-индекс индивидуума указывает на наличие рака предстательной железы, или где PDE-индекс индивидуума указывает на непрогрессирующий или прогрессирующий статус рака предстательной железы, и ii) лечение индивидуума, подходящего для получения терапии рака предстательной железы.
7. Способ по любому из предшествующих пунктов, содержащий перед стадией а) стадию определения в образце уровня экспрессии по меньшей мере двух вариантов фосфодиэстеразы 4D (PDE4D), выбранных из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D7, PDE4D8 и PDE4D9, с получением профиля экспрессии генов.
8. Способ по любому из пп.3 и 5-7, где по меньшей мере один PDE-индекс выбирают из нижеследующих:
i) PDE-индекс_1:
PDE4D7_exp - PDE4D5_exp
ii) PDE-индекс_2:
Среднее(PDE4D7_exp и PDE4D5_exp)
iii) PDE-индекс_3:
(Среднее(PDE4D5_exp, PDE4D7_exp и PDE4D9_exp))/(PDE4D4_exp)
iv) PDE-индекс_4:
(Среднее(PDE4D5_exp, PDE4D7_exp и PDE4D9_exp))/(PDE4D1 и PDE4D2_exp)
v) PDE-индекс_5:
(Среднее(PDE4D5_exp, PDE4D7_exp и PDE4D9_exp))
9. Продукт, содержащий праймеры и/или зонды для определения уровня экспрессии по меньшей мере двух вариантов фосфодиэстеразы 4D (PDE4D), выбранных из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D7, PDE4D8 и PDE4D9;
дополнительно содержащий праймеры и/или зонды для определения уровня экспрессии стандартного гена, предпочтительно гена домашнего хозяйства, более предпочтительно TBP, HPRT1, ACTB, RPLP0, PUM1, POLR2A, B2M, K-ALPHA-1 или ALAS-1.
10. Продукт по п.9, где продукт используют для осуществления способа по п.7, или где продукт используют для мониторинга или прогнозирования рака предстательной железы или статуса прогрессирования рака предстательной железы, или в способе идентификации индивидуума, подходящего для получения терапии рака предстательной железы.
11. Компьютерный программный продукт, содержащий машиночитаемый код, хранящийся на машиночитаемом носителе или загружаемый из коммуникационной сети, который при использовании на компьютере выполняет одну или несколько из стадий, описанных в любом из пп.1-8.
12. Система, содержащая продукт по любому из пп.9-10 и компьютерный программный продукт по п.11.
13. Стимуляторная фармацевтическая композиция для применения в способе лечения или профилактики рака предстательной железы, которая содержит по меньшей мере один элемент, выбранный из следующей группы:
а) соединение, непосредственно стимулирующее или модулирующее активность варианта PDE4D, выбранного из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D8, PDE4D9, предпочтительно аллостерический агонист ферментативной активности;
b) соединение, косвенно стимулирующее или модулирующее активность варианта PDE4D по пункту (а);
c) белок варианта PDE4D по пункту (a) или его биологически активный эквивалент;
d) нуклеиновая кислота, кодирующая и экспрессирующая вариант PDE4D по пункту (a);
e) ингибитор микроРНК, специфичный для микроРНК варианта PDE4D по пункту (a);
f) деметилирующее средство; и
g) фактор, замещающий фосфодиэстеразу, предпочтительно пептид, пептидомиметик, небольшая молекула, антитело или аптамер,
где вариант PDE4D предпочтительно выбран из группы, состоящей из PDE4D5, PDE4D8, PDE4D9.
14. Ингибиторная фармацевтическая композиция для применения в способе лечения или профилактики рака предстательной железы, которая содержит по меньшей мере один элемент, выбранный из следующей группы:
а) соединение, непосредственно ингибирующее активность варианта PDE4D, выбранного из группы, состоящей из PDE4D1, PDE4D2, PDE4D3, PDE4D4, PDE4D5, PDE4D6, PDE4D8, PDE4D9,
b) соединение, косвенно ингибирующее активность варианта PDE4D по пункту (a);
c) доминантно-негативная форма белка варианта PDE4D по пункту (a) или ее биологически активный эквивалент;
d) нуклеиновая кислота, кодирующая и экспрессирующая доминантно-негативную форму варианта PDE4D по пункту (a);
e) микроРНК, специфичная для варианта PDE4D по пункту (a);
f) антисмысловая молекула варианта PDE4D по пункту (a);
g) киРНК, специфичная для варианта PDE4D по пункту (a);
h) аптамер, специфичный для продукта экспрессии варианта PDE4D по пункту (a) или для белка варианта PDE4D по пункту (a);
i) небольшая молекула или пептидомиметик, способный специфически связываться с белком варианта PDE4D по пункту (a); и
(j) антитело, специфичное для белка варианта PDE4D по пункту (a), и/или вариант антитела, специфичного для белка варианта PDE4D по пункту (a),
где вариант PDE4D предпочтительно выбран из группы, состоящей из PDE4D5, PDE4D8, PDE4D9.
