Оптические зонды для матричных металлопротеиназ - RU2017134374A

1. Оптический зонд, содержащий, по меньшей мере, один флуорофор, присоединенный, по меньшей мере, к одному гасителю с помощью ферментативно расщепляемой пептидной последовательности; где флуорофор или каждый флуорофор, по существу, флуоресцентно гасится, по меньшей мере, одним гасителем, когда присоединен к ферментативно расщепляемой пептидной последовательности; где флуорофор или каждый флуорофор отделен по меньшей мере от одного гасителя, когда ферментативно расщепляемая пептидная последовательность по меньшей мере одного распознающего элемента расщепляется; где ферментативно расщепляемая пептидная последовательность содержит одну из перечня: SEQ ID NO: 7; SEQ ID NO.5; SEQ ID NO.3; SEQ ID NO.4; SEQ ID NO.2; SEQ ID NO.6; SEQ ID NO.8-SEQ ID NO.14; и селективно расщепляется одной или более матриксными металлопротеиназами (MMP).

2. Зонд по п.1, где ферментативно расщепляемая пептидная последовательность селективно расщепляется с помощью MMP-2 и/или MMP-9 и/или MMP-13.

3. Зонд по п.1 или 2, где ферментативно расщепляемая пептидная последовательность содержит одну из SEQ ID NO.3, SEQ ID NO.4, SEQ ID NO.5 и SEQ ID NO.7-SEQ ID NO.14, предпочтительно, содержит одну из SEQ ID NO.3, SEQ ID NO.5 и SEQ ID NO.7.

4. Зонд по п.3, где ферментативно расщепляемая пептидная последовательность содержит SEQ ID NO.7.

5. Зонд по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере один гаситель представляет собой тот же самый тип флуорофора, что и по меньшей мере один флуорофор, и по меньшей мере один гаситель и, по меньшей мере, один флуорофор самозатухают.

6. Зонд по любому из пп.1-4, где по меньшей мере один гаситель представляет собой другой тип флуорофора по отношению, по меньшей мере, к одному флуороформу и является флуоресцентным гасителем.

7. Зонд по любому из пп.1-4, где по меньшей мере один гаситель является темным гасителем.

8. Зонд по любому из предыдущих пунктов, где по меньшей мере один флуорофор выбран из флуоресцеина или его производного, цианинового флуорофора, такого как Cy2, Cy3, Cy5 или Cy7, родамина или его производного, флуоресцентного белка, такого как зеленый флуоресцентный белок (GFP), желтый флуоресцентный белок (YFP) или голубой флуоресцентный белок (CFP), или 7-нитробенз-2-окса-1,3-диазола (NBD).

9. Зонд по п.6 или 7, где по меньшей мере один флуорофор и по меньшей мере один гаситель образуют FRET-пару и выбраны из перечня (флуорофор/гаситель): Cy3/Cy5, Cy3/QSY21, Cy5/QSY21, Cy5/BHQ-3, флуоресцеин/тетраметилборамин, флуоресцеин/метиловый красный, NBD/метиловый красный, голубой флуоресцентный белок (CFP)/желтый флуоресцентный белок (YFP) и карбоксифлуоресцеин/метиловый красный.

10. Зонд по п.9, где по меньшей мере один флуорофор и по меньшей мере один гаситель выбраны из пары Cy5/QSY21 и карбоксифлуоресцеин/метиловый красный.

11. Зонд по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере один флуорофор соединен с ферментативно расщепляемой пептидной последовательностью с помощью спейсера.

12. Зонд по п.11, где спейсер содержит 6-аминогексановую кислоту (Ahx), полиэтиленгликоль (ПЭГ).

13. Зонд по любому из предыдущих пунктов, где звено по меньшей мере одного флуорофора, присоединенного к ферментативно расщепляемой пептидной последовательности, является аналогичным распознающему элементу.

14. Зонд по п.13, где зонд содержит множество распознающих элементов; причем каждый из множества распознающих элементов содержит, по меньшей мере, один флуорофор, соединенный с ферментативно расщепляемой пептидной последовательностью.

15. Зонд по п.14, где зонд содержит ядро, и множество распознающих элементов соединены с ядром.

16. Зонд по п.15, где каждый из множества распознающих элементов независимо соединен непосредственно с ядром.

17. Зонд по п.15, где каждый из множества распознающих элементов независимо не прямо соединен с ядром посредством линкера.

18. Зонд по п.17, где линкер выбран из: [-(лизин)-(ПЭГ₂)-]_1-2, [-(ПЭГ-k)-]_1-3 и [-(ПЭГ-k)_0-2-NH-(CH₂)₃-O-CH₂-].

19. Зонд по п.17 или 18, где линкер содержит D-аминокислоту.

20. Зонд по любому из пп.14-19, где по меньшей мере один флуорофор каждого распознающего элемента из множества распознающих элементов самозатухает, так что по меньшей мере один флуорофор первого распознающего элемента по существу флуоресцентно гасит по меньшей мере один флуорофор второго распознающего элемента.

21. Зонд по любому из пп.14-19, где ядро содержит, по меньшей мере, один гаситель.

22. Зонд по любому из пп.14-19, где каждый из множества распознающих элементов содержит, по меньшей мере, один гаситель.

23. Зонд по любому из пп.14-22, где один или более из множества распознающих элементов содержат по меньшей мере два флуорофора.

24. Зонд по любому из пп.14-23, где зонд содержит по меньшей мере три распознающих элемента.

25. Зонд по любому из предыдущих пунктов, где зонд содержит, по меньшей мере, один репортерный флуорофор, который по существу флуоресцентно не гасится.

26. Зонд по п.25, где, по меньшей мере, один репортерный флуорофор флуоресцирует на длине волны, которая отличается от длины волны света, при которой по меньшей мере один флуорофор флуоресцирует.

27. Способ обнаружения MMP в целевой зоне, где способ включает стадии:

a. предоставление зонда по любому из предыдущих пунктов;

b. нанесение зонда на целевую зону;

c. освещение целевой области соответствующей длиной волны света для возбуждения флуорофора или каждого флуорофора зонда; а также

d. определение интенсивности флуоресценции или каждого флуорофора,

где значительная флуоресценция флуорофора или каждого флуорофора зонда свидетельствует о наличии MMP в целевой зоне.

28. Способ по п.27, где целевая зона представляет собой часть ткани животного.

29. Способ по п.28, где тип ткани представляет собой сердце, легкое, печень, соединительную ткань, кожу или кишечник.

30. Способ по п.27, где присутствие MMP в целевой зоне указывает на активную фибропролиферацию в целевой зоне.

31. Способ по п.27, где целевая зона представляет собой сустав субъекта.

32. Способ по п.31, где присутствие MMP в целевой зоне указывает на активный артрит в целевой зоне.

33. Способ по п.27, где MMP представляет собой MMP-2 и/или MMP-9 и/или MMP-13.

34. Способ по п.33, где MMP представляет собой MMP-9 и/или MMP-13.

35. Способ по любому из пп.22-29, где присутствие ММР в целевой зоне указывает на рак в целевой зоне.

36. Способ оценки части ткани, где способ включает стадии:

a. нанесение зонда в соответствии с первым аспектом на часть ткани;

b. освещение целевой зоны соответствующей длиной волны света для возбуждения флуорофонов зонда; и

c. определение интенсивности флуоресценции зонда,

где значительная флуоресценция зонда свидетельствует о наличии MMP в части ткани, а присутствие MMP в части ткани указывает на заболевание, при котором ММР экспрессируется или сверхэкспрессируется.

37. Способ по п.36, где заболевание представляет собой активную фибропролиферацию, цирроз, рак или артрит.

38. Набор частей, содержащий зонд по любому из пп.1-26, в подходящем разбавителе или буфере.