Не встречающийся в природе вирус репродуктивно-респираторного синдрома свиней (bppcc) и способы применения - RU2687150C2

Чертежи

Описание

Перекрестная ссылка на родственные заявки

По настоящей заявке испрашивается приоритет по заявке США № 61/968,465, поданной 21 марта 2014 г., согласно 119(e), 35 U.S.C.

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

Настоящее раскрытие в общем виде относится к не встречающемуся в природе вирусу репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) и к способам применения.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Современные вакцины против вируса репродуктивно-респираторного синдрома (ВРРСС) являются недостаточно эффективными для обеспечения контроля и искоренения репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС). Основным недостатком современных вакцин против ВРРСС является то, что они не могут охватить все дивергирующие штаммы ВРРСС. До сих пор все вакцины основаны на природных штаммах ВРРСС, но значительная генетическая вариация среди штаммов ВРРСС является самым большим препятствием для разработки вакцины против ВРРСС с широким спектром защиты.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее раскрытие относится к не встречающемуся в природе вирусу репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) и к способам получения и применения не встречающегося в природе ВРРСС.

Изобретение относится к ВРРСС-CON нуклеиновой кислоте, имеющей по меньшей мере 50% идентичности (например, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 95% или по меньшей мере 99% идентичности) последовательности с SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 1. Также изобретение относится к вирусной частице, содержащей ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту, композиции, содержащей описанную в настоящей заявке ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту и фармацевтически приемлемый носитель, и композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные в настоящей заявке композиции также содержат адъювант.

Изобретение относится к ВРРСС-CON нуклеиновой кислоте, которая имеет по меньшей мере 95% (например, по меньшей мере 99%) идентичности последовательности с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 и 42. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 и 42. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота кодирует полипептид, имеющий, соответственно, аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. Также изобретение относится к вирусной частице, содержащей описанную в настоящей заявке ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту, композиции, содержащей описанную в настоящей заявке нуклеиновую кислоту и фармацевтически приемлемый носитель, а также композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные в настоящей заявке композиции также содержат адъювант.

Изобретение относится к ВРРСС-CON полипептиду, который имеет по меньшей мере 95% (например, по меньшей мере 99%) идентичности последовательности с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. В некоторых вариантах осуществления полипептид имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. В некоторых вариантах осуществления полипептид кодируется нуклеиновой кислотой, соответственно, имеющей последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42. Также изобретение относится к описанной в настоящей заявке вирусной частице, содержащей ВРРСС-CON полипептид, композиции, содержащей описанный в настоящей заявке полипептид и фармацевтически приемлемый носитель, и композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные здесь композиции также содержат адъювант.

Изобретение относится к способу вызова у свиней иммунного ответа на ВРРСС. Такой способ обычно включает введение свинье: (i) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты; (ii) эффективного количества любого описанного в настоящей заявке полипептида; (iii) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке вирусной частицы; или (iv) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке композиции. Типичные способы введения включают, без ограничения, внутримышечный, внутрибрюшинный и пероральный.

Изобретение относится к способу лечения или профилактики РРСС у свиней. Такой способ обычно включает введение свинье: (i) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты; (ii) эффективного количества любого описанного в настоящей заявке полипептида; (iii) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке вирусной частицы; или (iv) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке композиции. Типичные способы введения включают, без ограничения, внутримышечный, внутрибрюшинный и пероральный.

Если иное не определено, то все используемые в настоящей заявке технические и научные термины имеют такое же значение, какое обычно подразумевается средним специалистом в данной области техники, к которой относятся заявленные способы и композиции. Хотя при осуществлении или тестировании заявленных способов и композиций могут применяться способы и материалы, аналогичные или эквивалентные описанным в настоящей заявке, ниже приведено описание подходящих способов и материалов. К тому же, эти материалы, способы и примеры являются только иллюстративными, а не ограничивающими. Все указанные здесь публикации, заявки на патент, патенты и другие ссылки включены в настоящее описание во всей своей полноте.

ОПИСАНИЕ РИСУНКОВ

Фиг.1, панель (А) представляет собой филогенетическое дерево, построенное из набора, состоящего из 60 полногеномных последовательностей ВРРСС. Эти 60 геномов ВРРСС классифицированы по 4 подгруппам. Места расположения вирусов, задействованных в экспериментах по изучению перекрестного иммунитета обозначены стрелками. Фиг.1, панель (В) представляет собой график, показывающий генетические расстояния между природными штаммами ВРРСС и генетическое расстояние от описанного в настоящей заявке ВРРСС-CON, до природных штаммов ВРРСС. Нижние и верхние границы ящика указывают на 25-й и 75-й процентили, соответственно. Сплошная линия внутри ящика означает медиану. Усы, находящиеся выше и ниже ящика показывают минимальные и максимальные значения.

На Фиг.2 показано создание и характеристика РРСС-CON вируса. Панель (А) представляет собой схематическое изображение стратегии конструирования полногеномного клона кДНК ВРРСС-CON. На верхней половине панели (А) показано схематическое представление вирусного генома вместе с уникальными сайтами рестрикции, используемыми для клонирования. Горизонтальные черные линии, обозначенные буквами А-D, в верхней части представляют собой фрагменты ДНК, которые были синтезированы. Числа в скобках под этими линиями указывают длину (в нуклеотидах) каждого из соответствующих фрагментов. ФT7 представляет собой промотор T7 РНК-полимеразы. Отдельные ДНК фрагменты генома последовательно вставляли в челночный вектор (показанный в нижней части панели (A)) в порядке от фрагмента А до фрагмента D. Панель (B) представляет собой фотографии, на которых показана реактивность указанных вирусов к различным ВРРСС-специфичным моноклинальным антителам. Клетки MARC-145 ложно заражали или заражали штаммом ВРРСС-CON или штаммом FL12 дикого типа ВРРСС. Через 48 часов после заражения клетки окрашивали антителами, специфичными к вирусному нуклеокапсидному белку (N белку; нижний ряд фотографий) или неструктурному вирусному белку 1 бета (nsp1b; верхний ряд фотографий). На панели (С) показана морфология бляшек вирусов в клетках MARC-145. На панели (D) показана многоступенчатая кривая роста. Клетки MARC-145 инфицировали указанными вирусами с множественностью заражения (MOI) 0,01. В разные моменты времени после инфицирования (p.i.) отбирали культуральный супернатант и определяли титр вируса титрованием в клетках MARC-145.

На Фиг.3 представлены данные, демонстрирующие репликацию ВРРСС-CON у свиней. На панели (А) показана ректальная температура, измеряемая каждый день, начиная с первого 1 дня до заражения до 13-го дня после заражения (дни p.i.). На панели (B) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 14 дней после инокуляции. На панели (C) показаны уровни виремии, определяемые коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни антительного ответа после инокуляции, определенные IDEXX ELISA; горизонтальная пунктирная линия указывает на пороговое значение анализа.

На Фиг.4 представлены данные, демонстрирующие перекрестный иммунитет, обеспечиваемый описанным в настоящей заявке ВРРСС-CON против штамма MN-184 ВРРСС. На панели (А) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 15 дней после провокационной инфекции. На панели (В) показаны уровни виремии после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (C) показаны общие уровни вирусной РНК в различных тканях, собранных через 15 дней после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни MN-184-специфичной РНК, определенные дифференциальной ОТ-кПЦР собственной разработки.

На Фиг.5 приведены данные, демонстрирующие перекрестный иммунитет против штамма 16244B ВРРСС. На панели (А) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 15 дней после провокационной инфекции. На панели (В) показаны уровни виремии после провокационной инфекции, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (C) показаны общие уровни вирусной РНК в различных тканях, собранных через 15 дней после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни 16244B-специфичной РНК, определенные дифференциальной ОТ-кПЦР собственной разработки.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

Разработан не встречающийся в природе геном вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) с помощью большого набора геномных последовательностей изолятов ВРРСС, который представляет самое широкое генетическое разнообразие штаммов ВРРСС, циркулирующих в США в стадах свиней. Не встречающийся в природе геном ВРРСС был разработан таким образом, чтобы он имел высокую степень генетического сходства с полевыми изолятами ВРРСС, изученными путем сравнения с любым одним, встречающимся в природе штаммом ВРРСС.

Репродуктивно-респираторный синдром свиней (PRRS) является одним из наиболее экономически важных заболеваний у свиней. Клинические признаки заболевания включают репродуктивную недостаточность у беременных свиноматок и нарушения функций дыхательной системы у молодых свиней. Заболевание приобретает более серьезный характер, когда животные дополнительно инфицированы другими патогенами. Судя по оценкам, ежегодные потери в свиноводстве США в 2005 года составили примерно 560 млн долларов и примерно 640 млн долларов в 2011 году.

Возбудителем РРСС является РНК-вирус, называемый РРСС вирусом (ВРРСС). ВРРСС подразделяется по генотипу на два основных класса: Европейский (тип 1) и Североамериканский (тип 2). Между этими двумя генотипами существует ограниченная перекрестная защита. Среди изолятов ВРРСС каждого из этих генотипов наблюдается значительная генетическая изменчивость. Важным открытием оказалось то, что генетическая дивергенция происходит, когда штамм ВРРСС последовательно переходит от свиньи к свинье. Это приводит к совместной циркуляции множества вариантов ВРРСС внутри одного стада или даже внутри одного животного, которое постоянно инфицируется ВРРСС.

Вакцины против ВРРСС используются с 1994 года. Сегодня на рынке имеются два типа вакцин против ВРРСС: модифицированные живые и инактивированные вакцины. Кроме того, несколько субъединичных вакцин против ВРРСС проходят испытания в различных лабораториях по всему миру, но ни одна из них не была лицензирована для клинического применения. В настоящее время вакцины против ВРРСС получают на основе природных штаммов ВРРСС в качестве вакцинных иммуногенов. Современные вакцины против ВРРСС являются недостаточно эффективными для обеспечения контроля и искоренения РРСС; они обеспечивают приемлемые уровни гомологичной защиты, но не могут обеспечить перекрестный иммунитет против гетерологичных вирусов. Большое генетическое разнообразие ВРРСС изолятов является основной причиной неоптимальной гетерологичной защиты современных вакцин против ВРРСС.

Описанная в настоящей заявке не встречающаяся в природе ВРРСС-CON обеспечивает превосходный перекрестный иммунитет против различных гетерологичных штаммов ВРРСС по сравнению со штаммом FL12 дикого типа ВРРСС. Таким образом, описанная здесь ВРРСС-CON может быть использована для разработки универсальной вакцины против ВРРСС. Кроме того, описанная здесь ВРРСС-CON, является важным инструментом для изучения механизма гетерологичной защиты от дивергирующих штаммов ВРРСС.

Нуклеиновые кислоты и полипептиды

Геном ВРРСС кодирует по меньшей мере 22 белка: 14 неструктурных белков и 8 структурных белков. В настоящей заявке описана нуклеиновая кислота, которая кодирует не встречающийся в природе ВРРСС. См. SEQ ID NO: 1 для геномной последовательности ВРРСС-CON. Описанный в настоящей заявке не встречающийся в природе ВРРСС обладает самой высокой степенью генетической идентичности с природными изолятами ВРРСС. Предоставляемая в настоящей заявке геномная нуклеиновая кислота ВРРСС-CON (т.е., SEQ ID NO: 1) кодирует несколько различных полипептидов. Например, последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 2, кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 3; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 4 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 5; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 6 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 7; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 8 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 9; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 10 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 11; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 12 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 13; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 14 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 15; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 16 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 17; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 18 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 19; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 20 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 21; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 22 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 23; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 24 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 25; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 26 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 27; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 28 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 29; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 30 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 31; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 32 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 33; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 34 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 35; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 36 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 37; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 38 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 39; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 40 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 41; и последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 42 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 43.

Как используется в данном описании, нуклеиновые кислоты могут включать ДНК и РНК, а также нуклеиновые кислоты, которые содержат один или более нуклеотидных аналогов или одну или более модификаций остова. Нуклеиновая кислота может быть одноцепочечной или двухцепочечной, что, как правило, зависит от предполагаемого ее использования. Также предоставляются нуклеиновые кислоты и полипептиды, которые отличаются от SEQ ID NO: 1-43. Нуклеиновые кислоты, последовательности которых отличаются от SEQ ID NO: 1 или любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42, могут иметь по меньшей мере 80% идентичности (например, по меньшей мере 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичности) последовательности с SEQ ID NO: 1 или с любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42. Полипептиды, последовательности которых отличаются от любой из приведенных в SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43, могут иметь по меньшей мере 80% идентичности (например, по меньшей мере 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичности) последовательности с любой из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43.

При расчете процента идентичности последовательности две последовательности выравнивают и определяют количество идентичных совпадений нуклеотидов или аминокислотных остатков между двумя последовательностями. Количество совпадений делят на длину выровненного участка (т.е. количество выровненных нуклеотидов или аминокислотных остатков) и умножают на 100, получая выраженное в процентах значение идентичности последовательностей. Следует иметь в виду, что длина выровненного участка может быть частью одной или обеих последовательностей вплоть до полной длины самой короткой последовательности. Также следует иметь в виду, что одна последовательность может совпадать с более чем одной другими последовательностями, и, следовательно, для каждого выровненного участка возможны разные процентные значения идентичности последовательностей.

Выравнивание двух или более последовательностей для определения процента идентичности последовательностей можно выполнить с помощью компьютерной программы ClustalW, используя параметры по умолчанию, что позволяет осуществлять выравнивание последовательностей нуклеиновых кислот или полипептидов по всей их длине (глобальное выравнивание). Chenna et al., 2003, Nucleic Acids Res, 31 (13): 3497-500. ClustalW вычисляет наибольшее число совпадений между исследуемой и одной или более имеющимися последовательностями и выравнивает их таким образом, чтобы можно было определить идентичности, сходства и различия. Для получения наилучшего выравнивания в исследуемую последовательность, имеющуюся последовательность или в обе последовательности могут быть вставлены пропуски одного или более остатков. Для быстрого попарного выравнивания последовательностей нуклеиновых кислот можно использовать параметры по умолчанию (т.е. размер слова: 2; размер окна: 4; метод оценки: в процентах; количество верхних диагоналей: 4, и штраф за пропуск в последовательности: 5); для выравнивания нескольких последовательностей нуклеиновых кислот могут быть использованы следующие параметры: штраф за открытие пропуска: 10,0; штраф за удлинение пропуска: 5,0; и вес транзиций: да. Для быстрого попарного выравнивания полипептидных последовательностей можно использовать параметры по умолчанию: размер слова: 1; размер окна: 5; метод оценки: в процентах; количество верхних диагоналей: 5; и штраф за пропуск в последовательности: 3. Для выравнивания большого количества полипептидных последовательностей можно использовать следующие параметры: матрица весовых оценок: BLOSUM; штраф за открытие пропуска: 10,0; штраф за удлинение пропуска: 0,05; пропуски гидрофильных остатков: вкл.; гидрофильные остатки: Gly, Pro, Ser, Asn, Asp, Gln, Glu, Arg и Lys; и штраф за пропуски специфичных остатков: вкл. ClustalW может быть запущена, например, на веб-сайте Baylor College of Medicine Search Launcher или на веб-сайте European Bioinformatics Institute на World Wide Web.

В молекулу нуклеиновой кислоты (например, SEQ ID NO: 1 или любую из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42) могут быть внесены изменения, которые приводят к изменениям в аминокислотной последовательности кодируемого полипептида (например, SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43). Например, изменения могут быть введены в кодирующие последовательности нуклеиновых кислот с помощью мутагенеза (например, сайт-направленного мутагенеза, ПЦР-опосредованного мутагенеза) или путем химического синтеза молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей такие изменения. Такие изменения нуклеиновых кислот могут привести к заменам консервативных и/или неконсервативных аминокислот на один или более аминокислотных остатков. "Замена консервативной аминокислоты" является заменой, при которой один аминокислотный остаток заменяется другим аминокислотным остатком, имеющим сходную боковую цепь (смотри, например, Dayhoff et al. (1978, в Atlas of Protein Sequence and Structure, 5 (Suppl. 3):345-352), где приведены таблицы частот аминокислотных замен), а неконсервативная замена является заменой, при которой аминокислотный остаток заменяется аминокислотным остатком, не имеющим сходную боковую цепь.

Используемый здесь термин "выделенная" молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, которая не содержит последовательностей, которые в естественных условиях фланкируют один или оба конца нуклеиновой кислоты в геноме организма, из которого получена указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты (например, кДНК или фрагмента геномной ДНК, полученный с помощью ПЦР или путем расщепления с помощью рестрикционной эндонуклеазы). Такую выделенную молекулу нуклеиновой кислоты, как правило, вводят в вектор (например, клонирующий вектор или вектор экспрессии) для удобства манипулирования или для образования слитой молекулы нуклеиновой кислоты, которая более подробно описана ниже. Кроме того, выделенная молекула нуклеиновой кислоты может включать молекулу нуклеиновой кислоты, полученную методом генной инженерии, такую как рекомбинантная или синтетическая молекула нуклеиновой кислоты.

Используемый здесь термин "очищенный" полипептид представляет собой полипептид, который был отделен или очищен от клеточных компонентов, сопровождающих его в естественных условиях. Как правило, полипептид считается "очищенным", когда он по меньшей мере на 70% (например, по меньшей мере, на 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99%) в расчете на сухую массу свободен от полипептидов и встречающихся в природе молекул, с которыми он обычно связан в природе. Поскольку химически синтезированный полипептид является по своей природе отделенным от компонентов, сопровождающих его в естественных условиях, синтетический полипептид является "очищенным".

Нуклеиновые кислоты могут быть выделены методами, обычно используемыми в данной области техники. Например, нуклеиновые кислоты могут быть выделены любым методом, в том числе, без ограничения, методом получения рекомбинантных нуклеиновых кислот и/или методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Обычные методы ПЦР описаны, например, в книге: PCR Primer: A Laboratory Manual, Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995. Методы получения рекомбинантных нуклеиновых кислот включают, например, расщепление рестрикционными ферментами и лигирование, которые могут быть использованы для выделения нуклеиновой кислоты. Выделенные нуклеиновые кислоты также могут быть химически синтезированы либо в виде одной молекулы нуклеиновой кислоты или в виде нескольких олигонуклеотидов.

Полипептиды могут быть получены путем очистки из природных источников (например, биологического образца) известными способами, такими как DEAE ионный обмен, гель-фильтрация и хроматография на гидроксиапатите. Полипептид также может быть очищен, например, путем экспрессии нуклеиновой кислоты в векторе экспрессии. Кроме того, очищенный полипептид может быть получен с помощью химического синтеза. Степень чистоты полипептида может быть измерена любым подходящим методом, например, колоночной хроматографией, электрофорезом в полиакриламидном геле или методом ВЭЖХ-анализа.

Также предоставляется вектор, содержащий нуклеиновую кислоту (например, нуклеиновую кислоту, которая кодирует полипептид). Векторы, в том числе векторы экспрессии, являются коммерчески доступными или могут быть получены с помощью методов рекомбинантной ДНК, обычно используемых в данном уровне техники. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, может иметь элементы экспрессии, функционально связанные с такой нуклеиновой кислотой, а также может включать последовательности, такие как, последовательности, кодирующие селектируемый маркер (например, ген устойчивости к антибиотику). Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, может кодировать химерный или слитый полипептид (т.е. полипептид, функционально связанный с гетерологичным полипептидом, который может находиться либо на N-конце или на C-конце полипептида). Типичные гетерологичные полипептиды представляют собой полипептиды, которые могут быть использованы в очистке кодируемого полипептида (например, метка 6xHis, глутатион S-трансфераза (GST)).

Элементы экспрессии включают последовательности нуклеиновых кислот, которые направляют и регулируют экспрессию кодирующих последовательностей нуклеиновых кислот. Одним из примеров элемента экспрессии является промоторная последовательность. Элементы экспрессии также могут включать интроны, энхансерные последовательности, элементы ответа или индуцируемые элементы, которые модулируют экспрессию нуклеиновой кислоты. Элементы экспрессии могут быть получены из бактерий, дрожжей, насекомых, млекопитающих или вирусов, и векторы могут содержать комбинацию элементов, полученных из различных источников. Используемый в данном описании "функционально связанный" означает, что промотор или другой(ие) элемент(ы) экспрессии расположен(ы) в векторе, связанном с нуклеиновой кислотой таким образом, чтобы можно было направлять или регулировать экспрессию нуклеиновой кислоты (например, внутри рамки считывания). Многие способы введения нуклеиновых кислот в клетки-хозяева как in vivo, так и in vitro, хорошо известны специалистам в данной области техники и включают, без ограничения, электропорация, осаждение фосфатом кальция, полиэтиленгликоль (ПЭГ)-опосредованную трансформацию, тепловой шок, липофекцию, микроинъекцию и опосредованный вирусом перенос нуклеиновой кислоты.

Описанные в настоящей заявке векторы могут быть введены в клетку-хозяина. Используемый здесь термин "клетка-хозяин" относится к конкретной клетке, в которую вводят нуклеиновую кислоту, а также включает в себя потомство такой клетки, содержащее указанный вектор. Клетка-хозяин может быть любой прокариотической или эукариотической клеткой. Например, нуклеиновые кислоты могут быть экспрессированы в бактериальных клетках, таких как E.coli, или в клетках насекомых, дрожжей или клетках млекопитающих (например, клетках яичника китайского хомячка (СНО) или клетках COS). Специалистам в данной области техники известны другие подходящие клетки-хозяева.

Нуклеиновые кислоты можно детектировать любым количеством методов амплификации (см., например, PCR Primer: A Laboratory Manual, 1995, Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; и U.S. Patent Nos. 4,683,195; 4,683,202; 4,800,159; и 4,965,188) с помощью соответствующей пары олигонуклеотидов (например, праймеров). Было разработано несколько модификаций исходного метода ПЦР, которые можно использовать для обнаружения нуклеиновой кислоты.

Нуклеиновые кислоты также можно детектировать методом гибридизации. Гибридизация между нуклеиновыми кислотами подробно обсуждается в книге Sambrook et al. (1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2-е изд., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; разделы 7.37-7.57, 9.47-9.57, 11.7-11.8, и 11.45-11.57). Sambrook et al. описывает подходящие условия проведения саузерн-блоттинга для олигонуклеотидных зондов длиной менее, чем примерно 100 нуклеотидов (разделы 11.45-11.46). Значение Tm между последовательностью длиной менее 100 нуклеотидов и второй последовательностью может быть рассчитана по формуле, приведенной в разделе 11.46. Sambrook et al. также описывает условия проведения саузерн-блоттинга для олигонуклеотидных зондов, длина которых больше, чем примерно 100 нуклеотидов (см. разделы 9.47-9.54). Значение Tm между последовательностью длиной более 100 нуклеотидов и второй последовательностью может быть рассчитана по формуле, приведенной у Sambrook et al. в разделах 9.50-9.51.

Условия, при которых мембраны, содержащие нуклеиновые кислоты, предварительно гибридизуют и гибридизуют, а также условия, при которых мембраны, содержащие нуклеиновые кислоты, промывают для удаления избытка и неспецифически связанного зонда, могут оказывать существенное влияние на точность гибридизации. Такие процедуры гибридизации и промывки могут выполняться, в случае необходимости, в умеренных или очень жестких условиях. Например, условия промывки могут быть ужесточены путем снижения концентрации соли в промывочном растворе и/или путем повышения температуры, при которой выполняются процедуры промывки. Только в качестве примера, условия высокой жесткости, как правило, включают в себя промывку мембран в 0.2xSSC при 65°С.

Кроме того, интерпретация величины гибридизации может зависеть, например, от удельной активности меченого олигонуклеотидного зонда, количества связывающих зонды сайтов на матричной нуклеиновой кислоте, с которой гибридизуется зонд, и величины воздействия радиоавтографа или другой среды детектирования. Обычный специалист в данной области техники сможет легко понять, что несмотря на возможность использования любой величиной гибридизации и условий промывки для изучения гибридизации молекулы нуклеиновой кислоты-зонда с иммобилизованными целевыми нуклеиновыми кислотами, более важно изучить гибридизацию зонда с целевыми нуклеиновыми кислотами в одних и тех же условиях гибридизации, промывки и воздействия. Предпочтительно, целевые нуклеиновые кислоты находятся на одной и той же мембране.

Считается, что молекула нуклеиновой кислоты гибридизуется с некоторой заданной нуклеиновой кислотой, а не с другой нуклеиновой кислотой, если степень гибридизация с первой нуклеиновой кислотой по меньшей мере в 5 раз (например, по меньшей мере, в 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз, 10 раз, 20 раз, 50 раз или 100 раз) выше степени гибридизации с указанной другой нуклеиновой кислотой. Величина гибридизации может быть количественно определена непосредственно на мембране или из радиоавтографа с использованием, например, Phosphorimager или денситометра (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA).

Полипептиды можно детектировать с помощью антител. Методы детектирования полипептидов с использованием антител включают твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА), вестерн-блоттинг, иммунопреципитацию и иммунофлюоресценцию. Антитело может быть поликлональными или моноклональными. Антитело, обладающее специфичной аффинностью связывания с полипептидом, может быть создано способом, хорошо известным в данной области техники. Антитело может быть прикреплено к твердой подложке, такой как микротитрационный планшет с помощью способов, известных в данной области техники. В присутствии полипептида образуется комплекс антитело-полипептид.

Детектирование (например, продукта амплификации, гибридизационного комплекса или полипептида), как правило, осуществляется с помощью детектируемых меток. Термин "метка" охватывает использование прямых меток, а также опосредованных меток. Детектируемые метки включают в себя ферменты, простетические группы, флуоресцентные материалы, люминесцентные материалы, биолюминесцентные материалы и радиоактивные материалы.

Способы создания и использования вирусной частицы ВРРСС-CON

Методы создания вирусной частицы из нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON известны в данной области и описаны в данном раскрытии. Как показано в настоящей заявке, описанная здесь ВРРСС-CON самособирается в частицы, если экспрессирована соответствующим образом. ВРРСС-CON может быть экспрессирована in vitro или in vivo, например, в клетке-хозяине. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота ВРРСС-CON может быть трансфицирована в клетку-хозяин, или клетка-хозяин может быть заражена вирусной частицей ВРРСС-CON. Клетки хозяева могут представлять собой, без ограничения, свиные клетки (например, альвеолярные макрофаги свиней) или клетки, полученные из почки зеленой африканской мартышки (например, MARC-145). Вирусные частицы могут быть выделены, например, с помощью ультрацентрифугирования.

Описанные здесь, нуклеиновые кислоты ВРРСС-CON, полипептиды или вирусные частицы можно использовать для создания, усиления или модуляции иммунного ответа у свиньи. Такие способы обычно включают введение свинье описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы в количестве, достаточном для генерации иммунного ответа. Как используется в настоящей заявке, "иммунный ответ" означает реакцию, вызванную у индивидуума после введения описанных в настоящей заявке нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы. Типы иммунного ответа могут включать, например, антительный ответ или клеточный ответ (например, цитотоксический Т клеточный ответ). Нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON, полипептид или вирусную частицу можно использовать для профилактики РРСС у свиней, например, в виде профилактической вакцины или для формирования или усиления иммунитета к РРСС у здорового индивидуума до столкновения или приобретения РРСС, таким образом предотвращая развитие заболевания или уменьшая тяжесть его симптомов.

Способы введения свинье нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы включают, без ограничения, внутримышечный (i.m.) подкожный (s.c.) или внутрилегочный. Способы введения свинье нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы также включают, без ограничения, внутритрахейный, трансдермальный, внутриглазной, интраназальный пути, с помощью ингаляции, внутриполостной и внутривенный (i.v.).

Определение эффективного количества нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы зависит от нескольких факторов, включающих, например, от того, был ли антиген экспрессирован или непосредственно введен, от возраста и веса субъекта, точности определения состояния, требующего лечения, и его тяжести, и пути введения. Исходя из указанных выше факторов, определение количества и режима дозирования (например, количество доз и интервалы приема доз) находятся в компетенции специалиста в области техники.

Композиция может включать описанные в настоящей заявке нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON, полипептид или вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Фармацевтически приемлемые носители известны в уровне техники и включают, например, буферы (например, забуференный фосфатом физиологический раствор (PBS), физиологический раствор, Трис-буфер и фосфат натрия) или разбавители. Описанные в настоящей заявке композиции могут быть составлены в виде водного раствора или в виде эмульсии, геля, раствора, суспензии или порошка. См., например, Remington's Pharmaceutical Sciences, 16-е изд., Osol, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1980) и Remington's Pharmaceutical Sciences, 19-е изд., Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1995). Дополнительно к фармацевтически приемлемому носителю, описанные в настоящей заявке композиции также могут включать связующие вещества, стабилизаторы, консерванты, соли, наполнители, средства доставки и/или вспомогательные агенты.

Согласно настоящему изобретению можно применять стандартные техники молекулярной биологии, микробиологии, биохимические методы и методы рекомбинантной ДНК, известные в данной области техники. Эти способы полностью описаны в литературе. Изобретение дополнительно описано в приведенных ниже примерах, которые не ограничивают объем описанных в формуле изобретения способов и композиций.

ПРИМЕРЫ

Пример 1. Разработанный с помощью компьютерных средств геном искусственного ВРРСС-CON

Геномные последовательности полной длины 64 изолятов ВРРСС, полученных из штатов среднего Запада (Айова, Небраска и Иллинойс) Соединенных Штатов Америки секвенировали с помощью метода секвенирования Roche 454-GS-FLX. Помимо этого, из базы данных GenBank было собрано более 20 полногеномных последовательности изолятов ВРРСС, полученных в США. После удаления избыточных последовательностей был получен полный набор из 60 полногеномных последовательностей ВРРСС. 60 полногеномных последовательностей ВРРСС выравнивали с помощью компьютерной программы MUSCLE (Edgar RC, 2004, BMC Bioinform., 5:113). После этого, создавали консенсусную геномную последовательность (ВРРСС-CON) путем отбора самого часто встречающегося нуклеотида, найденного в каждой позиции вирусного генома, используя программу Jalview. Филогенетический анализ показал, что геном ВРРСС-CON расположен прямо в центре филогенетического дерева. См. Фиг. 1А. Следовательно, попарное генетическое расстояние от ВРРСС-CON до природных штаммов ВРРСС значительно меньше расстояния между любыми не встречающимися в природе штаммами ВРРСС (p<0,0001). См. Фиг. 1В.

Пример 2. Создание вируса инфекционной ВРРСС-CON

Обычно точное определение последовательности в направлении от 5' к 3' концу вирусного генома является сложной задачей. Таким образом, было ясно, что последовательности в 5' и 3' нетранслируемых областях (UTR) природных геномов ВРРСС, проанализированные в примере 1, могут быть не вполне точными. Для увеличения извлечения инфекционного вируса, 5' и 3' UTR области генома ВРРСС-CON заменяли 5' и 3' UTR областями инфекционной кДНК клона FL12 (Truong et al., 2004, Virology, 325:308-19). Четыре фрагмента ДНК, обозначенные A-D, охватывающие весь геном ВРРСС-CON, были химически синтезированы с помощью программы GenScript (Piscataway, NJ). Для облегчения клонирования каждый фрагмент ДНК был фланкирован парой рестрикционных сайтов. С целью облегчения транскрипции вирусного генома, промоторная последовательность T7 РНК-полимеразы была введена во фрагмент D, предшествующий вирусному 5'-концу. См. Фиг. 2А. Отдельные ДНК фрагменты последовательно клонировали в "челночный" вектор, который содержал соответствующий рестрикционный сайт, в порядке от А до D фрагмента. После создания клона кДНК полной длины ВРРСС-CON для извлечения вариабельных вирусов ВРРСС-CON использовали стандартные методы реверсивной генетики.

По сути, содержащий плазмиду геном кДНК полной длины ВРРСС-CON расщепляли AclI для получения линейной последовательности. Очищенный линейный фрагмент ДНК использовали в качестве матрицы для in vitro транскрипции, используя набор mMESSAGEmMACHINE Ultra T7 (Ambion, Austin, TX) для получения полногеномных транскриптов вирусной РНК. После этого, примерно 5 мкг полногеномных РНК транскриптов трансфицировали в клетки MARC-145, культивированные в 6-луночных планшетах с помощью набора для мРНК трансфекции TransIT®-mRNA Transfection (Mirus Bio, Madison, WI). Трансфицированные клетки культивировали в среде DMEM, содержащей 10% FBS, при 37°C, 5% CO₂ до 6 дней. Цитопатический эффект (ЦПЭ) обычно наблюдали между четвертым и шестым днями после трансфекции. Когда наблюдался четкий ЦПЭ, культуральный супернатант, содержащий освобожденный вирус, отбирали и хранили в 0,5 мл аликвотах в морозильнике при -80°C. См. Truong et al. (2004, см. выше).

Пример 3. In vitro характеристика ВРРСС-CON

Для изучения реактивности, используя различные ВРРСС-специфичные моноклональные антитела, клетки MARC-145 ложно инфицировали или инфицировали ВРРСС-CON или штаммом FL12 вируса РРСС. Через 48 часов после инфицирования (p.i.) клетки подвергали иммуноокрашиванию антителами, специфичными к вирусному нуклеозидному (N) белку или вирусному неструктурному белку 1 бета (nsp1b). Для изучения кинетики роста вирусов в клеточной культуре, клетки MARC-145 инфицировали ВРРСС-CON или FL12 с множественностью заражения (MOI) 0,01. В разные моменты времени p.i. отбирали культуральный супернатант, и определяли вирусные титры титрованием в клетках MARC-145.

ВРРСС-CON имел обычные in vitro характеристики природного штамма ВРРСС. Он реагировал с разными ВРРСС-специфичными моноклональными антителами, включая антитела к nsp1-бета и N белку (Фиг. 2B). Он эффективно реплицировался в клеточной культуре (Фиг.2С) и был способен формировать четко отличимую морфологию бляшек (Фиг.3D).

Пример 4. ВРРСС-CON может инфицировать свиней с той же эффективностью, что и природный штамм ВРРСС

Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели были приобретены в исследовательской ферме университета штата Небраска. Свиней распределяли случайным образом на 3 экспериментальные группы; каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Свиней группы 1 инфицировали PBS и использовали в качестве контроля. Свиньям групп 2 и 3 внутримышечно инокулировали 10^5,0 TCID₅₀ ВРРСС-CON и штамма FL12 вируса РРСС, соответственно. Штамм FL12 вируса дикого типа РРСС был использован в этом исследовании для сравнения. Результаты показаны на Фиг.3. После инфекции обе группы, инокулированные PRRSV-CON и FL12, имели существенно более высокую температуру, чем PBS-группа (Фиг. 3A), однако температура в группе, инокулированной ВРРСС-CON, не отличалась от температуры в группе, инокулированной FL12. Средний суточный прирост массы (ССПМ) определяли для каждой свиньи за 14-дневный период после инфицирования. Среди трех, обрабатываемых групп, не наблюдалось никаких статистических различий, хотя у свиней группы, инокулированной ВРРСС-CON, и группы, инокулированной FL12, наблюдалась тенденция к снижению ССПМ по сравнению с PBS-группой (Фиг.3В). Уровни веримии у групп, инокулированных ВРРСС-CON и FL12, были практически идентичными (Фиг.3С). Все свиньи в группах, инокулированных ВРРСС-CON и FL12, к 11 дню p.i. стали сероконвертированными. Уровень антительного ответа у группы, инокулированной ВРРСС-CON, был немного ниже уровня в группе, инокулированной FL12, (Фиг.3D). Эти результаты показывают, что ВРРСС-CON может инфицировать естественного хозяина (например, свиней) с такой же эффективностью, что и штамм FL12 вируса РРСС.

Пример 5. Оценка уровня перекрестного иммунитета к штамму MN-184 вируса РРСС

Материалы и методы

Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели были приобретены в исследовательской ферме университета штата Небраска. Свиней распределяли случайным образом на 3 экспериментальные группы; каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Группе 1 был инъецирован PBS, и она служила в качестве контроля. Группу 2 иммунизировали путем инфицирования интраназально ВРРСС-CON дозой 10^4,0 TCID₅₀ на свинью. Группу 3 иммунизировали путем инфицирования интраназально штаммом FL12 вируса дикого типа РРСС дозой 10^4,0 TCID₅₀ на свинью. См. таблицу 1. Через 53 дня после инфицирования (p.i) все животные, контрольные и иммунизированные, были спровоцированы внутримышечно штаммом MN-184 вируса РРСС дозой 10^5,0 TCID₅₀. Параметры, использованные для оценки иммунитета путем иммунизации ВРРСС-CON, включали виремию и вирусную нагрузку в нескольких различных тканях, а также показатели роста.

Таблица 1: План эксперимента по оценке уровня перекрестного иммунитета к штамму MN-184 вируса РРСС

Для измерения показателей роста, каждую свинью взвешивали непосредственно перед провокацией, а затем в течение 15 дней после провокации. Вес тела регистрировали в фунтах. Для 15-дневного периода после провокации рассчитывали среднесуточный прирост массы (ССПМ).

Для количественной оценки уровня виремии после провокационной инфекции отбирали образцы крови перед провокацией и в дни 1, 4, 7, 10 и 15 после провокации. Образцы сыворотки экстрагировали из каждого отдельно взятого образца крови и хранили в морозильнике при -80°C. Количественное определение уровней виремии проводили в лаборатории диагностики и изучения заболеваний животных государственного университета Южной Дакоты, используя универсальный набор ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). Результаты приведены в единицах измерения log10 копий/мл. Для статистической обработки образцам с недетектируемым уровнем вирусной РНК присваивали значение 0 log10 копий/мл.

Для количественного определения уровня вирусной нагрузки в тканях, свиньи были гуманно умерщвлены и вскрыты на 15-й день после провокации. Получали образцы миндалин, легких, медиастенального лимфатического узла и пахового лимфатического узла, и хранили их отдельно в Whirl-pak® пакетах. Образцы быстро замораживали в жидком азоте сразу после сбора. После чего их хранили в морозильнике при -80°C. Для экстракции, РНК образцы ткани гомогенизировали в реагенте Trizol (Life Technologies, Carlsbad, CA) при соотношении 300 мг ткани на 3 мл реагента Trizol. Общую РНК экстрагировали с помощью мини-набора RNeasy (Qiagen, Valencia, CA) в соответствии с инструкцией изготовителя. Концентрацию РНК определяли количественно с помощью NanoDrop®ND-1000 (NanoDrop Technologies, Inc., Wilmington, DE) и доводили до конечной концентрации 200 нг/мкл.

Было показано, что ВРРСС могут колонизировать и сохраняться в лимфоидных тканях инфицированных свиней до 150 дней после заражения. В этих экспериментах вирусную нагрузку в ткани оценивали через 15 дней после провокации, что соответствует 67 дням после первичной инфекции. При этом, вполне вероятно, что свиньи в группах ВРРСС-CON и FL12 по-прежнему содержали остаточный вирус от первичной инфекции. Поэтому для количественного определения нагрузки вирусной РНК в тканях было использовано два разных набора ОТ-ПЦР: (I) коммерческий набор ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD), который определяет общую вирусную РНК, сохраняющуюся в результате как первичной инфекции, так и провокационной инфекции, и (II), набор дифференциальной ОТ-ПЦР собственной разработки, который избирательно детектирует только вирусную РНК провокационной инфекции. В каждой реакции ОТ-кПЦР использовали по пять мкл каждого образца РНК (эквивалентно 1 мкг РНК). Результаты приведены в единицах измерения log10 копий/мкг общей РНК. Для статистической обработки образцам с недетектируемым уровнем вирусной РНК присваивали значение 0 log РНК копий/мкг общей РНК.

Результаты

Результаты показателей роста представлены на Фиг. 4A. Среднее значение ССПМ для групп, иммунизированных PBS, ВРРСС-CON и FL12, было равно 0,14 кг (0,3 фунт) (SD +/- 0,3), 0,41 кг (0,9 фунт) (SD +/- 0,6) и 0,54 кг (1,2 фунт) (SD +/- 0,4), соответственно. Группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели более высокое значение ССПМ, чем группа, иммунизированная PBS. Между группами, иммунизированными ВРРСС-CON и FL12, не было никаких статистически значимых различий.

Уровни виремии после провокационной инфекции показаны на фиг.4В и в таблице 2. Все свиньи в иммунизированной PBS группе были виремичными во всех тестируемых временных точках. В группе, иммунизированной ВРРСС-CON, были только 3 виремичные свиньи, из которых 1 свинья была виремичной в 2-х временных точках (свинья № 494 на 4 ДПП и 7 ДПП) и 2 свиньи были виремичными только в одной временной точке (свиньи №№ 394 и 495 на 15 ДПП). Оставшиеся 3 свиньи в этой группе (свиньи №№ 345, 410 и 459) после провокационной инфекции оставались невиремичными. В противоположность этому, в группе, иммунизированной FL12, виремия была обнаружена у 5 из 6 свиней в двух временных точках или более после провокационной инфекцией. В этой группе только 1 свинья (свинья № 440) не была виремичной во всех тестируемых временных точках. В целом, уровень виремии у свиней, иммунизированных ВРРСС-CON, был значительно ниже, чем в группе, иммунизированной FL12, (р<0,05) и группе, иммунизированной PBS (р<0,0001).

Результаты количественного определения общей вирусной РНК с помощью универсального набора ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 4C. Группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели значительно более низкие уровни общей вирусной РНК по сравнению с группой, иммунизированной PBS, независимо от тестируемого типа ткани. Тем не менее, уровни общей вирусной РНК для групп, иммунизированных ВРРСС-CON и FL12, не имели никаких различий.

Результаты количественного определения MN-184-специфичной РНК методом дифференциальной ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 4D. Все свиньи в группе, иммунизированной PBS, содержали в своих тканях РНК штамма MN-184. У четырех свиней группы, иммунизированной FL12, РНК штамма MAN-184 была обнаружена в миндалинах и медиастинальном лимфатическом узле, в то время как у 5 свиней этой группы РНК штамма MN-184 была обнаружена в паховом лимфатическом узле. Примечательным оказалось то, что детектируемый уровень РНК штамма MN-184 не был зарегистрирован ни в одном из изучаемых образцов тканей ни у одной из свиней в группе, иммунизированной ВРРСС-CON.

В совокупности, эти результаты ясно показывают, что иммунизация поросят-отъемышей путем их инфицирования не встречающимся в природе ВРРСС-CON обеспечила значимо улучшенный перекрестный иммунитет к провокации штаммом MN-184 вируса РРСС по сравнению с иммунизацией штаммом FL12 вируса РРСС.

Таблица 2. Виремия после провокационной инфекции (log10 копий/мл)

Пример 6. Оценка уровня перекрестного иммунитета к штамму 16244B вируса HHCC

Материалы и методы

План эксперимента был таким же, как описано выше в примере 5. Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели, приобретенные в исследовательской ферме UNL, были случайным образом распределены по экспериментальным группам. Каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Группе 1 был инъецирован PBS, и она служила в качестве контроля. Группа 2 была иммунизирована внутримышечно путем инфицирования ВРРСС-CON дозой 10^4,0 TCID₅₀ на свинью. Группа 3 была иммунизирована внутримышечно путем инфицирования штаммом FL12 вируса РРСС дозой 10^4,0 TCID₅₀ на свинью. См. таблицу 3. Одна свинья в группе 3 (свинья № 543) и одна свинья в группе 2 (свинья № 435) были выведены из эксперимента на 14 и 23 дни после первичного заражения, соответственно, из-за хромоты. Через 52 дня после инфицирования (p.i.) все свиньи были спровоцированы внутримышечно штаммом 16244B вируса РРСС дозой 10^5,0 TCID₅₀. Параметры, использованные для оценки защиты путем иммунизации ВРРСС-CON, включая виремию и вирусную нагрузку в разных тканях, а также показатели роста, измеряли также, как описано выше в примере 5.

Таблица 3. План эксперимента по оценке уровня перекрестного иммунитета к штамму 16244B вируса РРСС

Результаты

Результаты показателей роста представлены на Фиг. 5A. Среднее значение ССПМ для групп, иммунизированных PBS, ВРРСС-CON и FL12, было равно 0,50 кг (1,1 фунт) (SD +/- 0,3), 0.73 кг (1,6 фунт) (SD +/- 0,1) и 0,36 кг (0,8 фунт) (SD +/- 0,3), соответственно. У группы, иммунизированной ВРРСС-CON, значение ССПМ было выше, чем у группы, иммунизированной PBS, и группы, иммунизированной FL12; при этом группа, иммунизированная FL12, не имела никаких статистически отличий от группы, иммунизированной PBS.

Результаты для уровня виремии после провокационной инфекции показаны на фиг.5В и в таблице 4. Все свиньи в иммунизированной PBS группе были виремичными во всех тестируемых временных точках. У двух из 5 свиней в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, (свиньи №№ 442 и 445) виремия не была определена на 52 дней после первичной инфекции, поскольку в образцах их сыворотки, собранных в этой временной точке, все еще детектировали вирусную РНК. После провокационной инфекции 3 свиньи из группы, иммунизированной ВРРСС-CON, были виремичными только в одной временной точке. Оставшиеся две свиньи в этой группе (свиньи №№ 436 и 438) были невиремичными в течение всего 15-дневного периода после провокации. В противоположность этому, у всех свиней в группе, иммунизированной FL12, виремия была определена через 52 дня после первичной инфекции. После провокационной инфекции все свиньи в этой группе стали виремичными. В целом, уровень виремии в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, был значительно ниже, чем в группе, иммунизированной FL12, (р<0,0001) и группе, иммунизированной PBS (р<0,0001).

Результаты количественного определения общей вирусной РНК с помощью коммерческого набора ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD) показаны на Фиг. 5C. Обе группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели значительно более низкие уровни общей вирусной РНК по сравнению с группой, иммунизированной PBS, независимо от тестируемого типа ткани. Тем не менее, уровни общей вирусной РНК у групп, иммунизированных ВРРСС-CON и FL12, не имели никаких статистически значимых отличий.

Результаты количественного определения 16244B-специфичной РНК методом дифференциальной ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 5D. Ткани всех свиней в группах, иммунизированных PBS и FL12, содержали 16244B-специфичную РНК, хотя уровни РНК штамма 16244B в группе, иммунизированной FL12, были ниже, чем в группе, иммунизированной PBS. В противоположность этому, только 1 свинья в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, содержала 16244B-специфичную РНК в паховых лимфатических узлах, в то время как остальные 4 свиньи в этой группе не имели 16244B-специфичной РНК.

В совокупности, эти результаты ясно показывают, что иммунизация поросят-отъемышей путем их инфицирования не встречающимся в природе вирусом РРСС-CON обеспечила значимо улучшенную перекрестную защиту от провокации штаммом 16244B вируса РРСС, чем иммунизация штаммом FL12 вируса РРСС.

Таблица 4. Уровень виремии после провокационной инфекции (log10 копий/мл)

Следует понимать, что, хотя способы и композиции описаны здесь в контексте нескольких различных аспектов, приведенное выше описание различных аспектов предназначено для иллюстрации и не ограничивает объем способов и композиций. Другие аспекты, преимущества и модификации также попадают в объем приведенной ниже формулы изобретения.

Раскрыты способы и композиции, которые могут быть использованы для, могут быть использованы в сочетании с, могут быть использованы для получения или являются продуктами описанных способов и композиций. Эти и другие материалы описаны в настоящей заявке, и следует понимать, что также раскрыты комбинации, подмножества, взаимодействия, группы и т.д. этих способов и композиций. Другими словами, хотя конкретный пример каждого из различных индивидуальных и объединенных сочетаний и перестановок этих композиций и способов может быть не раскрыт в явном виде, считается, что каждый из них рассмотрен и описан в данном документе. Например, если раскрыто и обсуждена конкретная композиция или конкретный способ, и обсуждается несколько композиций или способов, то подразумевается, что каждая комбинация и сочетание композиций и способов рассматриваются конкретно, если специально не указано иное. Аналогично, подразумевается, что любое их подмножество или комбинация также рассмотрена и раскрыта.

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> НУтех Вентурес

<120> Способ разработки вакцины репродуктивно-респираторного вируса

<130> 24742-0091WO1

<150> 61/968,465

<151> 2014-03-21

<160> 43

<170> FastSEQ for Windows Version 4.0

<210> 1

<211> 15456

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 1

atgacgtata ggtgttggct ctatgccatg acatttgtat tgtcaggagc tgcgaccatt 60

ggtacagccc aaaactagct gcacagaaaa cgcccttctg tgacagccct cttcagggga 120

gcttaggggt ctgtccctag caccttgctt ccggagttgc actgctttac ggtctctcca 180

accctttaac catgtctggg atacttgatc ggtgcacgtg tacccccaat gccagggtgt 240

ttatggcgga gggccaagtc tactgcacac gatgtctcag tgcacggtct ctccttcctc 300

tgaatctcca agttcctgag ctcggggtgc tgggcctatt ttacaggccc gaagagccac 360

tccggtggac gttgccacgt gcattcccca ctgtcgagtg ctcccccgcc ggggcctgct 420

ggctttctgc gatctttcca attgcacgaa tgaccagtgg aaacctgaac tttcaacaaa 480

gaatggtgcg ggtcgcagct gagctttaca gagccggcca gctcacccct gcagtcttga 540

aggctctaca agtttatgaa cggggttgcc gctggtaccc cattgttgga cctgtccctg 600

gagtggccgt tttcgccaac tccctacatg tgagtgataa acctttcccg ggagcaactc 660

atgtgttaac caacctgccg ctcccgcaga ggcccaagcc tgaagacttt tgcccctttg 720

agtgtgctat ggctgacgtc tatgacattg gtcatgacgc cgtcatgtat gtggccgaag 780

ggaaagtctc ctgggcccct cgtggcgggg atgaagggaa atttgaaact gtccccgagg 840

agttgaagtt gattgcgaac cgactccaca tctccttccc gccccaccac gcagtggaca 900

tgtctaagtt tgccttcata gcccctggga gtggtgtttc catgcgggtc gagtgccaac 960

acggctgcct ccccgctgac actgtccctg aaggcaactg ctggtggcgc ttgtttgact 1020

tgctcccact ggaagttcag aacaaagaaa ttcgccatgc taaccaattt ggctatcaga 1080

ccaagcatgg tgtcgctggc aagtacctac agcggaggct gcaagttaat ggtctccgag 1140

cagtgactga cccaaatgga cctatcgtcg tacagtattt ctctgttaag gagagctgga 1200

tccgccactt aagactggcg gaagaaccta gcctccctgg gtttgaggac ctcctcagaa 1260

taagggttga gcccaacacg tcgccattgg ctgacaagga tgagaaaatc ttccggtttg 1320

gcagtcacaa gtggtacggt gctggaaaga gggcaaggaa agcacgctct ggtgcgactg 1380

ccacagtcgc tcaccgcgct ttgcccgctc gtgaaaccca gcaggccaag aagcacgagg 1440

ttgccagcgc caacaaggct gagcatctca agcactattc cccgcctgcc gacgggaact 1500

gtggttggca ctgcatttcc gccatcgcca accggatggt gaattccaaa tttgaaacca 1560

cccttcccga aagagtgaga ccttcagatg actgggctac tgacgaggat cttgtgaata 1620

ccatccaaat cctcaggctc cctgcggcct tggacaggaa cggtgcttgt gctagcgcca 1680

agtacgtgct taagctggaa ggtgagcatt ggactgtctc tgtgacccct gggatgtccc 1740

cttctttgct cccccttgaa tgtgttcagg gctgttgtga gcataagggc ggtcttggtt 1800

ccccagatgc ggtcgaagtt tccggatttg accctgcctg ccttgaccga ctggctgagg 1860

tgatgcactt gcctagcagt gccatcccag ccgctctggc cgaaatgtcc ggcgacccca 1920

atcgtccggc ttccccggtc accactgtgt ggactgtttc gcagttcttt gcccgtcaca 1980

gaggaggaga gcaccctgat caggtgtgct tagggaaaat catcagcctt tgtcaggtga 2040

ttgaggaatg ctgctgttcc cagaacaaaa ccaaccgggt caccccggaa gaggtcgcgg 2100

caaagattga ccagtacctc cgtggtgcaa caagtcttga agaatgcttg gccaggcttg 2160

agagggctcg cccgccgagc gcaatggaca cctcctttga ttggaatgtt gtgctccctg 2220

gggttgaggc ggcaactcag acaaccaaac agccccatgt caaccagtgc cgcgctctgg 2280

tccctgtcgt gactcaagag tctttggaca aagactcggt ccctctgacc gccttctcgc 2340

tgtctaattg ctactaccct gcacaaggtg acgaggttcg tcaccgtgag aggctaaact 2400

ccgtgctctc taagttggag gaggttgttc gtgaggaata tgggctcacg ccaactggac 2460

ctggcccgcg acccgcactg ccgaacgggc tcgacgaact taaagaccag atggaggagg 2520

atctgctgaa actagtcaac gcccaggcaa cttcagaaat gatggcctgg gcagccgagc 2580

aggttgatct aaaagcttgg gtcaaaaact acccacggtg gacaccgcca ccccctccac 2640

caagagttca gcctcgaaaa acgaagtctg tcaagagctt gccagagaac aagcctgtcc 2700

ctgctccgcg caggaaggtc agatctgatt gtggcagccc gattttaatg ggcgacaatg 2760

tccctaacag ttgggaagat ttggctgttg gtggccccct tgatctctcg acaccacccg 2820

agccgatgac acctctgagt gagcctgcac ttatgcccgc gttgcaacat atttctaggc 2880

cagtgacacc tttgagtgtg ccggccccaa ttcctgcacc gcgcagagct gtgtcccgac 2940

cggtgacgcc ctcgagtgag ccaatttctg tgtctgcacc gcgacataaa tttcagcagg 3000

tggaagaagc gaatctggcg gcagcaacgc tgacgtacca ggacgaaccc ctagatttgt 3060

ctgcatcctc acagactgaa tatgaggctt ctcccctagc accactgcag aacatgggta 3120

ttctggaggt gggggggcaa gaagctgagg aaattctgag tgaaatctcg gacataccga 3180

atgacatcaa ccctgcgcct gtgtcatcaa gcagctccct gtcaagcgtt aagatcacac 3240

gcccaaaata ctcagctcaa gccatcatcg actcgggcgg gccctgcagt gggcatctcc 3300

aaaaggaaaa agaagcatgc ctcagcatca tgcgtgaggc ttgtgatgcg actaagcttg 3360

gtgaccctgc cacgcaggaa tggctttctc gcatgtggga tagggtggac atgctgactt 3420

ggcgcaacac gtctgcttac caggcgtttc gcaccttaga tggcaggttt gagtttctcc 3480

caaagatgat actcgagaca ccgccgccct acccgtgtgg gtttgtgatg ctgcctcaca 3540

cgcctgcacc ttccgtgggt gcggagagcg accttaccat tggttcagtc gccactgaag 3600

atgttccacg catcctcggg aaaatagaaa atgccggcga gatgaccaac cagggaccct 3660

tggcatcctc cgaggaagaa ccggcagacg accaacctgc caaagactcc cggatatcgt 3720

cgcgggggtt tgacgagagc acagcagctc cgtccgcagg cacaggtggc gccggcttat 3780

ttactgattt gccaccttca gacggtgtag atgcggacgg gggggggccg ttacagacgg 3840

taaaaaagaa agctgaaagg ctcttcgacc aattgagccg tcaggttttt aacctcgtct 3900

cccatctccc tgttttcttc tcacacctct tcaaatctga cagtggttat tctccgggtg 3960

attggggttt tgcagctttt actctatttt gcctcttttt atgttacagt tacccattct 4020

ttggttttgc tcccctcttg ggtgtgtttt ctgggtcttc tcggcgcgtg cgcatggggg 4080

tttttggctg ctggttggct tttgctgttg gtctgttcaa gcctgtgtcc gacccagtcg 4140

gcactgcttg tgagtttgat tcgccagagt gtaggaacgt ccttcattct tttgagcttc 4200

tcaaaccttg ggaccctgtt cgcagccttg ttgtgggccc cgtcggtctc ggtcttgcca 4260

ttcttggcag gttactgggc ggggcacgct acatctggca ttttttgctt aggcttggca 4320

ttgttgcaga ctgtatcttg gctggagctt atgtgctttc tcaaggtagg tgtaaaaagt 4380

gctggggatc ttgtataaga actgctccta atgagatcgc ctttaacgtg ttccctttta 4440

cacgtgcgac caggtcgtca ctcatcgacc tgtgcgatcg gttttgtgcg ccaaaaggca 4500

tggaccccat tttcctcgcc actgggtggc gcgggtgctg gaccggccga agccccattg 4560

agcaaccctc tgaaaaaccc atcgcgtttg cccagttgga tgaaaagaag attacggcta 4620

ggactgtggt cgcccagcct tatgacccca accaagccgt aaagtgcttg cgggtgttac 4680

aggcgggtgg ggcgatggtg gctgaggcag tcccaaaagt ggtcaaggtt tccgctattc 4740

cattccgagc cccctttttt cccaccggag tgaaagttga ccctgagtgc aggatcgtgg 4800

ttgaccccga cactttcact acagctctcc ggtctggcta ctccaccaca aacctcgtcc 4860

ttggtgtggg ggactttgcc cagctgaatg gattaaaaat caggcaaatt tccaagcctt 4920

caggaggagg cccacacctc attgctgccc tgcatgttgc ctgctcgatg gcgttgcaca 4980

tgcttgctgg gatttatgta actgcagtgg ggtcttgcgg taccggcacc aacgatccgt 5040

ggtgcactaa cccgtttgcc gtccctggct acggacctgg ctctctctgc acgtccagat 5100

tgtgcatctc ccaacatggc cttaccctgc ccttgacagc acttgtggca ggattcggtc 5160

ttcaggaaat tgccttggtt gttttgattt tcgtttccat cggaggcatg gctcacaggt 5220

tgagttgcaa ggctgatatg ctgtgcgttt tacttgcaat cgccagctat gtttgggtac 5280

cccttacctg gttgctttgt gtgtttcctt gctggttgcg ctggttctct ttgcaccccc 5340

tcaccatcct atggttggtg tttttcttga tttctgtaaa tatgccttca ggaatcttgg 5400

ccgtggtgtt gttggtttct ctttggcttc taggtcgtta tactaatgtt gctggtcttg 5460

tcacccccta tgacattcat cattacacca gtggcccccg cggtgttgcc gccttggcta 5520

ccgcaccaga tgggacctac ttggccgctg tccgccgcgc tgcgttgact ggccgcacca 5580

tgctgtttac cccgtctcag cttgggtccc ttcttgaggg tgctttcaga actcaaaagc 5640

cctcactgaa caccgtcaat gtggtcgggt cctccatggg ctctggcggg gtgttcacca 5700

tcgacgggaa aattaagtgc gtaactgccg cacatgtcct tacgggtaat tcagctaggg 5760

tttccggggt cggcttcaat caaatgcttg actttgatgt aaaaggggac ttcgccatag 5820

ctgattgccc gaattggcaa ggggctgctc ccaagaccca attctgcaag gatggatgga 5880

ctggccgtgc ctattggctg acatcctctg gcgtcgaacc cggtgtcatt gggaatggat 5940

tcgccttctg cttcaccgcg tgcggcgatt ccgggtcccc agtgatcacc gaagccggtg 6000

agcttgtcgg cgttcacaca ggatcaaaca aacaaggagg aggcattgtc acgcgcccct 6060

caggccagtt ttgtaatgtg gcacccatca agctgagcga attaagtgaa ttctttgctg 6120

gacctaaggt cccgctcggt gatgtgaagg ttggcagcca cataattaaa gacataagcg 6180

aggtgccttc agatctttgc gccttgcttg ctgccaaacc cgaactggaa ggaggcctct 6240

ccaccgtcca acttctgtgt gtgtttttcc tcctgtggag aatgatggga catgcctgga 6300

cgcccttggt tgctgtgggt ttttttatct tgaatgaggt tctcccagct gtcctggtcc 6360

ggagtgtttt ctcctttgga atgtttgtgc tatcttggct cacaccatgg tctgcgcaag 6420

ttctgatgat caggcttcta acagcagctc ttaacaggaa cagatggtca cttgcctttt 6480

acagcctcgg tgcagtgacc ggttttgtcg cagatcttgc ggcaactcag gggcatccgt 6540

tgcaggcagt gatgaattta agcacctatg ccttcctgcc tcggatgatg gttgtgacct 6600

caccagtccc agtgattgcg tgtggtgttg tgcacctcct tgccataatt ttgtacttgt 6660

ttaagtaccg ttgcctgcac aatgtccttg ttggcgatgg agtgttctct gcggctttct 6720

tcttgcgata ctttgccgag ggaaagttga gggaaggggt gtcgcaatcc tgcgggatga 6780

atcatgagtc actgactggt gccctcgcta tgagactcaa tgacgaggac ttggatttcc 6840

ttacgaaatg gactgatttt aagtgctttg tttctgcgtc caacatgagg aatgcagcgg 6900

gccaattcat cgaggctgcc tatgctaaag cacttagagt agaacttgcc cagttggtgc 6960

aggttgataa ggttcgaggt actttggcca aacttgaagc ttttgctgat accgtggcac 7020

cccaactctc gcccggtgac attgttgttg ctcttggcca cacgcctgtt ggcagtatct 7080

tcgacctaaa ggttggtagc accaagcata ccctccaagc cattgagacc agagtccttg 7140

ccgggtccaa aatgaccgtg gcgcgcgtcg ttgacccaac ccccacgccc ccacccgcac 7200

ccgtgcccat ccccctccca ccgaaagttc tggagaatgg ccccaacgcc tggggggatg 7260

aggaccgttt gaataagaag aagaggcgca ggatggaagc cgtcggcatc tttgttatgg 7320

gcgggaagaa gtaccagaaa ttttgggaca agaattccgg tgatgtgttt tatgaggagg 7380

tccatgataa cacagatgcg tgggagtgcc tcagagttgg cgaccctgcc gactttgacc 7440

ctgagaaggg aactctgtgt gggcatacca ccattgaaga taaggcttac aatgtctacg 7500

cctccccatc tggcaagaag ttcctggtcc ccgtcaaccc agagagcgga agagcccaat 7560

gggaagctgc aaagctttcc gtggagcagg cccttggcat gatgaatgtc gacggtgaac 7620

tgacagccaa agaactggag aaactgaaaa gaataattga caaactccag ggcctgacta 7680

aggagcagtg tttaaactgc tagccgccag cggcttgacc cgctgtggtc gcggcggctt 7740

ggttgttact gagacagcgg taaaaatagt caaatttcac aaccggacct tcaccctagg 7800

acctgtgaat ttaaaagtgg ccagtgaggt tgagctaaaa gacgcggtcg agcacaacca 7860

acacccggtt gcaagaccgg ttgatggtgg tgttgtgctc ctgcgctccg cagttccttc 7920

gcttatagac gtcttgatct ccggtgctga tgcatctccc aagttactcg cccgccacgg 7980

gccgggaaac actgggatcg atggcacgct ttgggatttt gaggccgaag ccaccaaaga 8040

ggaaatcgca ctcagtgcgc aaataataca ggcttgtgac attaggcgcg gcgacgcacc 8100

tgaaattggt ctcccttaca agctgtaccc tgttaggggc aaccctgagc gggtaaaagg 8160

agttttgcag aatacaaggt ttggagacat accttacaaa acccccagtg acactggaag 8220

cccagtgcac gcggctgcct gcctcacgcc caatgccact ccggtgactg atgggcgctc 8280

cgtcttggcc acgaccatgc cctccggttt tgagttgtat gtaccgacca ttccagcgtc 8340

tgtccttgat tatcttgatt ctaggcctga ctgccccaaa cagttgacag agcacggctg 8400

tgaggatgcc gcattgagag acctctccaa gtatgacttg tccacccaag gctttgtttt 8460

gcctggagtt cttcgccttg tgcgtaagta cctgtttgcc catgtgggta agtgcccgcc 8520

cgttcatcgg ccttccactt accctgccaa gaattctatg gctggaataa atgggaacag 8580

gtttccaacc aaggacattc agagcgtccc tgaaatcgac gttctgtgcg cacaggccgt 8640

gcgagaaaac tggcaaactg ttaccccttg taccctcaag aaacagtatt gcgggaagaa 8700

gaagactagg acaatactcg gcaccaataa cttcattgcg ctggcccacc gggcagcgtt 8760

gagtggtgtc acccagggct tcatgaaaaa ggcgtttaac tcgcccatcg ccctcgggaa 8820

aaacaaattt aaggagctac agactccggt cttgggcagg tgccttgaag ctgatcttgc 8880

atcctgcgat cgatccacac ctgcaattgt ccgctggttt gccgccaatc ttctttatga 8940

acttgcctgt gctgaagagc atctaccgtc gtacgtgctg aactgctgcc acgacttact 9000

ggtcacgcag tccggcgcag tgactaagag aggtggcctg tcgtctggcg acccgatcac 9060

ttctgtgtcc aacaccattt acagcttggt gatatatgca cagcacatgg tgctcagtta 9120

ctttaaaagt ggtcaccccc atggccttct gtttctacaa gaccagctaa agtttgagga 9180

catgctcaag gttcaacccc tgatcgtcta ttcggacgac ctcgtgctgt atgccgagtc 9240

tcccaccatg ccaaactacc actggtgggt tgaacatctg aacctgatgc tgggttttca 9300

gacggaccca aagaagacag ccataacaga ctcgccatca tttctaggct gtaggataat 9360

aaatgggcgc cagctagtcc ccaaccgtga caggattctc gcggccctcg cctaccacat 9420

gaaggcgagc aatgtttctg aatactacgc ctcggcggct gcaatactca tggacagctg 9480

tgcttgtttg gagtatgatc ctgaatggtt tgaagaactt gtggttggaa tagcgcagtg 9540

cgcccgcaag gacggctaca gctttcccgg cccgccgttc ttcttgtcca tgtgggaaaa 9600

actcaggtcc aattatgagg ggaagaagtc cagagtgtgc gggtactgcg gggccccggc 9660

cccgtacgcc actgcctgtg gcctcgacgt ctgtatttac cacacccact tccaccagca 9720

ttgtccagtc ataatctggt gtggccatcc agcgggttct ggttcttgta gtgagtgcaa 9780

acccccccta gggaaaggca caagccctct agatgaggtg ttggaacaag tcccgtataa 9840

gcctccacgg accgtaatca tgcatgtgga gcagggtctc acccctcttg acccaggcag 9900

ataccagact cgccgcggat tagtctccgt taggcgtggc atcaggggaa atgaagttga 9960

cctaccagac ggtgattatg ctagcaccgc cttgctcccc acttgtaaag agatcaacat 10020

ggtcgctgtc gcttctaatg tgttgcgcag caggttcatc atcggtccac ccggtgctgg 10080

gaaaacatac tggctccttc aacaggtcca ggatggtgat gtcatttaca caccaactca 10140

tcagaccatg cttgacatga ttaaggcttt ggggacgtgc cggttcaacg tcccggcagg 10200

cacaacgctg caattccctg ccccctcccg taccggcccg tgggttcgca tcctggccgg 10260

cggttggtgt cctggcaaga attccttcct ggatgaagca gcgtattgta atcaccttga 10320

tgtcttgagg cttcttagca aaactaccct cacctgtctg ggagacttca aacaactcca 10380

cccagtgggt tttgattctc attgctatgt ttttgacatc atgcctcaga ctcaactgaa 10440

gaccatctgg aggtttggac agaatatctg tgatgccatt cagccagatt acagggacaa 10500

acttgtgtcc atggtcaaca caacccgtgt aacctacgtg gaaaaacctg tcaagtatgg 10560

gcaagtcctc accccttacc acagggaccg agaggacggc gccatcacaa ttgactccag 10620

tcaaggcgcc acatttgatg tggttacatt gcatttgccc actaaagatt cactcaacag 10680

gcaaagagcc cttgttgcta tcaccagggc aagacatgct atctttgtgt atgacccaca 10740

caggcaactg cagagcatgt ttgatcttcc tgcaaaaggc acacccgtca acctcgccgt 10800

gcaccgtgac gagcagctga tcgtgctaga tagaaataac aaagaatgca cggttgctca 10860

ggctctaggc aatggggata aattcagggc cacagacaag cgcgttgtag attctctccg 10920

cgccatttgt gcagatctag aagggtcgag ctctccgctc cccaaggtcg cacacaactt 10980

gggattttat ttctcacctg atttgacaca gtttgctaaa ctcccggtag aacttgcacc 11040

ccactggccc gtggtgacaa cccagaacaa tgaaaagtgg ccagaccggc tggttgccag 11100

ccttcgccct atccataaat atagccgcgc gtgcatcggt gccggctata tggtgggccc 11160

ctcggtgttt ctaggcaccc ctggggttgt gtcatactat ctcacaaaat ttgttaaggg 11220

cgaggctcaa gtgcttccgg agacagtctt cagcaccggc cgaattgagg tagattgccg 11280

ggagtatctt gatgatcggg agcgagaagt tgctgagtcc ctcccacatg ccttcattgg 11340

cgacgtcaaa ggcactaccg ttggaggatg tcaccatgtc acctccaaat accttccgcg 11400

cttccttccc aaggaatcag ttgcggtagt cggggtttca agccccggga aagccgcaaa 11460

agcagtttgc acattaacag atgtgtacct cccagacctt gaagcttacc tccacccaga 11520

gacccagtcc aagtgctgga aaatgatgtt ggacttcaag gaagttcgac tgatggtctg 11580

gaaagacaaa acggcctatt ttcaacttga aggccgccat ttcacctggt atcagcttgc 11640

aagctatgcc tcgtacatcc gagttcctgt taactctacg gtgtatttgg acccctgcat 11700

gggccctgcc ctttgcaaca gaagagttgt cgggtccact cattgggggg ctgacctcgc 11760

agtcacccct tatgattatg gtgccaaaat cattctgtct agtgcatacc atggtgaaat 11820

gcctcctggg tacaaaatcc tggcgtgcgc ggagttctcg cttgacgatc cagtgaggta 11880

caaacacacc tgggggtttg aatcggatac agcgtatctg tacgagttca ccggaaacgg 11940

tgaggactgg gaggattaca atgatgcgtt tcgtgcgcgc cagaaaggga aaatttataa 12000

ggccactgcc accagcatga ggtttcattt tcccccgggc cctgtcattg aaccaacttt 12060

gggcctgaat tgaaatgaaa tgggggctat gcaaagcctt tttgacaaaa ttggccaact 12120

ttttgtggat gctttcacgg aatttttggt gtccattgtt gatatcatca tatttttggc 12180

cattttgttt ggcttcacca tcgccggttg gctggtggtc ttttgcatca gattggtttg 12240

ctccgcggta ctccgtgcgc gccctaccat tcaccctgag caattacaga agatcctatg 12300

aggcctttct ttctcagtgc cgggtggaca ttcccacctg gggaactaaa catcccttgg 12360

ggatgctttg gcaccataag gtgtcaaccc tgattgatga aatggtgtcg cgtcgaatgt 12420

accgcatcat ggaaaaagca ggacaggctg cctggaaaca ggtggtgagc gaggctacgc 12480

tgtctcgcat tagtggtttg gatgtggtgg ctcattttca gcatcttgcc gccattgaag 12540

ccgagacctg taaatatttg gcctctcggc tgcccatgct acacaacctg cgcatgacag 12600

ggtcaaatgt aaccatagtg tataatagta ctttgaatca ggtgtttgct atttttccaa 12660

cccctggttc ccggccaaag cttcatgatt ttcagcaatg gctaatagct gtgcattcct 12720

ccatattttc ctctgttgca gcttcttgta ctctttttgt tgtgctgtgg ttgcggattc 12780

caatgctacg tactgttttt ggtttccact ggttaggggc aatttttcct tcgaactcac 12840

agtgaattac acggtgtgtc caccttgcct cacccggcaa gcagccgctg agatctacga 12900

acccggcagg tctctttggt gcaggatagg gcatgaccga tgtagggagg acgatcatga 12960

cgaactaggg ttcatggttc cgcctggcct ctccagcgaa ggccacttga ccagtgttta 13020

cgcctggttg gcgttcctgt ccttcagcta cacggcccag ttccatcccg agatatttgg 13080

gatagggaat gtgagtcaag tttatgttga catcaagcac caattcatct gcgccgaaca 13140

tgacgggcag aacgccacct tgcctcgcca tgacaacatt tcagccgtgt ttcagaccta 13200

ctaccaacat caggtcgacg gcggcaattg gtttcaccta gaatggctgc gccccttctt 13260

ttcctcttgg ttggttttaa atgtttcgtg gtttctcagg cgttcgcctg caagccatgt 13320

ttcagttcga gtctttcaga catcaagacc aacaccaccg cagcagcaag ctttgttgtc 13380

ctccaagaca tcagctgcct taggcatggc gactcgtcct ctgaggcgat tcgcaaaagc 13440

tctcagtgcc gcacggcgat agggacaccc gtgtacatca ccatcacagc caatgtgaca 13500

gatgagaatt atttacattc ttctgatctc ctcatgcttt cttcttgcct tttctatgct 13560

tctgagatga gtgaaaaggg attcaaggtg gtatttggca atgtgtcagg catcgtggct 13620

gtgtgtgtca actttaccag ctacgtccaa catgtcaagg agtttaccca acgctccttg 13680

gtggtcgacc atgtgcggct gcttcatttc atgacacctg agaccatgag gtgggcaacc 13740

gttttagcct gtctttttgc cattctgttg gcaatttgaa tgttcaagta tgttggggaa 13800

atgcttgacc gcgggctgtt gctcgcgatt gctttctttg tggtgtatcg tgccgttctg 13860

ttttgctgcg ctcgtcaacg ccaacagcaa cagcagctcc catttacagt tgatttacaa 13920

cttgacgcta tgtgagctga atggcacaga ttggctggct aacaaatttg attgggcagt 13980

ggagactttt gtcatctttc ccgtgttgac tcacattgtc tcctatggtg ccctcaccac 14040

cagccatttc cttgacacag tcggtctggt cactgtgtct accgccgggt tttatcacgg 14100

gcggtatgtc ttgagtagca tctacgcggt ctgtgccctg gctgcgttga tttgcttcgt 14160

cattaggttt gcgaagaact gcatgtcctg gcgctactca tgtaccagat ataccaactt 14220

tcttctggac actaagggca gactctatcg ttggcggtcg cccgtcatca tagagaaaag 14280

gggtaaagtt gaggtcgaag gtcatctgat cgacctcaaa agagttgtgc ttgatggttc 14340

cgtggcaacc cctttaacca gagtttcagc ggaacaatgg ggtcgtcctt agacgacttc 14400

tgccatgata gcacggctcc acaaaaggtg cttttggcgt tttctattac ctacacgcca 14460

gtgatgatat atgccctaaa ggtaagtcgc ggccgactgc tagggcttct gcaccttttg 14520

atttttctga attgtgcttt caccttcggg tacatgacat tcgcgcactt tcagagcaca 14580

aataaggtcg cgctcactat gggagcagta gttgcactcc tttggggggt gtactcagcc 14640

atagaaacct ggaaattcat cacctccaga tgccgtttgt gcttgctagg ccgcaagtac 14700

attctggccc ctgcccacca cgttgaaagt gccgcaggct ttcatccgat tgcggcaaat 14760

gataaccacg catttgtcgt ccggcgtccc ggctccacta cggtcaacgg cacattggtg 14820

cccgggttga aaagcctcgt gttgggtggc agaaaagctg ttaaacaggg agtggtaaac 14880

cttgtcaaat atgccaaata acaacggcaa gcagcagaag aaaaagaagg gggatggcca 14940

gccagtcaat cagctgtgcc agatgctggg taagatcatc gcccagcaaa accagtccag 15000

aggcaaggga ccgggaaaga aaaataagaa gaaaaacccg gagaagcccc attttcctct 15060

agcgactgaa gatgacgtca gacatcactt tacccctagt gagcggcaat tgtgtctgtc 15120

gtcaatccag actgccttta atcaaggcgc tggaacttgt accctgtcag attcagggag 15180

gataagttac actgtggagt ttagtttgcc gacgcatcat actgtgcgcc tgatccgcgt 15240

cacagcatca ccctcagcat gatgggctgg cattccttaa gcacctcagt gttagaattg 15300

gaagaatgtg tggtgaatgg cactgattgg cactgtgcct ctaagtcacc tattcaatta 15360

gggcgaccgt gtgggggtta agtttaattg gcgagaacca tgcggccgaa attaaaaaaa 15420

aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaa 15456

<210> 2

<211> 540

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 2

atgtctggga tacttgatcg gtgcacgtgt acccccaatg ccagggtgtt tatggcggag 60

ggccaagtct actgcacacg atgtctcagt gcacggtctc tccttcctct gaatctccaa 120

gttcctgagc tcggggtgct gggcctattt tacaggcccg aagagccact ccggtggacg 180

ttgccacgtg cattccccac tgtcgagtgc tcccccgccg gggcctgctg gctttctgcg 240

atctttccaa ttgcacgaat gaccagtgga aacctgaact ttcaacaaag aatggtgcgg 300

gtcgcagctg agctttacag agccggccag ctcacccctg cagtcttgaa ggctctacaa 360

gtttatgaac ggggttgccg ctggtacccc attgttggac ctgtccctgg agtggccgtt 420

ttcgccaact ccctacatgt gagtgataaa cctttcccgg gagcaactca tgtgttaacc 480

aacctgccgc tcccgcagag gcccaagcct gaagactttt gcccctttga gtgtgctatg 540

<210> 3

<211> 180

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 3

Met Ser Gly Ile Leu Asp Arg Cys Thr Cys Thr Pro Asn Ala Arg Val

1 5 10 15

Phe Met Ala Glu Gly Gln Val Tyr Cys Thr Arg Cys Leu Ser Ala Arg

20 25 30

Ser Leu Leu Pro Leu Asn Leu Gln Val Pro Glu Leu Gly Val Leu Gly

35 40 45

Leu Phe Tyr Arg Pro Glu Glu Pro Leu Arg Trp Thr Leu Pro Arg Ala

50 55 60

Phe Pro Thr Val Glu Cys Ser Pro Ala Gly Ala Cys Trp Leu Ser Ala

65 70 75 80

Ile Phe Pro Ile Ala Arg Met Thr Ser Gly Asn Leu Asn Phe Gln Gln

85 90 95

Arg Met Val Arg Val Ala Ala Glu Leu Tyr Arg Ala Gly Gln Leu Thr

100 105 110

Pro Ala Val Leu Lys Ala Leu Gln Val Tyr Glu Arg Gly Cys Arg Trp

115 120 125

Tyr Pro Ile Val Gly Pro Val Pro Gly Val Ala Val Phe Ala Asn Ser

130 135 140

Leu His Val Ser Asp Lys Pro Phe Pro Gly Ala Thr His Val Leu Thr

145 150 155 160

Asn Leu Pro Leu Pro Gln Arg Pro Lys Pro Glu Asp Phe Cys Pro Phe

165 170 175

Glu Cys Ala Met

180

<210> 4

<211> 609

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 4

gctgacgtct atgacattgg tcatgacgcc gtcatgtatg tggccgaagg gaaagtctcc 60

tgggcccctc gtggcgggga tgaagggaaa tttgaaactg tccccgagga gttgaagttg 120

attgcgaacc gactccacat ctccttcccg ccccaccacg cagtggacat gtctaagttt 180

gccttcatag cccctgggag tggtgtttcc atgcgggtcg agtgccaaca cggctgcctc 240

cccgctgaca ctgtccctga aggcaactgc tggtggcgct tgtttgactt gctcccactg 300

gaagttcaga acaaagaaat tcgccatgct aaccaatttg gctatcagac caagcatggt 360

gtcgctggca agtacctaca gcggaggctg caagttaatg gtctccgagc agtgactgac 420

ccaaatggac ctatcgtcgt acagtatttc tctgttaagg agagctggat ccgccactta 480

agactggcgg aagaacctag cctccctggg tttgaggacc tcctcagaat aagggttgag 540

cccaacacgt cgccattggc tgacaaggat gagaaaatct tccggtttgg cagtcacaag 600

tggtacggt 609

<210> 5

<211> 203

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 5

Ala Asp Val Tyr Asp Ile Gly His Asp Ala Val Met Tyr Val Ala Glu

1 5 10 15

Gly Lys Val Ser Trp Ala Pro Arg Gly Gly Asp Glu Gly Lys Phe Glu

20 25 30

Thr Val Pro Glu Glu Leu Lys Leu Ile Ala Asn Arg Leu His Ile Ser

35 40 45

Phe Pro Pro His His Ala Val Asp Met Ser Lys Phe Ala Phe Ile Ala

50 55 60

Pro Gly Ser Gly Val Ser Met Arg Val Glu Cys Gln His Gly Cys Leu

65 70 75 80

Pro Ala Asp Thr Val Pro Glu Gly Asn Cys Trp Trp Arg Leu Phe Asp

85 90 95

Leu Leu Pro Leu Glu Val Gln Asn Lys Glu Ile Arg His Ala Asn Gln

100 105 110

Phe Gly Tyr Gln Thr Lys His Gly Val Ala Gly Lys Tyr Leu Gln Arg

115 120 125

Arg Leu Gln Val Asn Gly Leu Arg Ala Val Thr Asp Pro Asn Gly Pro

130 135 140

Ile Val Val Gln Tyr Phe Ser Val Lys Glu Ser Trp Ile Arg His Leu

145 150 155 160

Arg Leu Ala Glu Glu Pro Ser Leu Pro Gly Phe Glu Asp Leu Leu Arg

165 170 175

Ile Arg Val Glu Pro Asn Thr Ser Pro Leu Ala Asp Lys Asp Glu Lys

180 185 190

Ile Phe Arg Phe Gly Ser His Lys Trp Tyr Gly

195 200

<210> 6

<211> 3588

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 6

gctggaaaga gggcaaggaa agcacgctct ggtgcgactg ccacagtcgc tcaccgcgct 60

ttgcccgctc gtgaaaccca gcaggccaag aagcacgagg ttgccagcgc caacaaggct 120

gagcatctca agcactattc cccgcctgcc gacgggaact gtggttggca ctgcatttcc 180

gccatcgcca accggatggt gaattccaaa tttgaaacca cccttcccga aagagtgaga 240

ccttcagatg actgggctac tgacgaggat cttgtgaata ccatccaaat cctcaggctc 300

cctgcggcct tggacaggaa cggtgcttgt gctagcgcca agtacgtgct taagctggaa 360

ggtgagcatt ggactgtctc tgtgacccct gggatgtccc cttctttgct cccccttgaa 420

tgtgttcagg gctgttgtga gcataagggc ggtcttggtt ccccagatgc ggtcgaagtt 480

tccggatttg accctgcctg ccttgaccga ctggctgagg tgatgcactt gcctagcagt 540

gccatcccag ccgctctggc cgaaatgtcc ggcgacccca atcgtccggc ttccccggtc 600

accactgtgt ggactgtttc gcagttcttt gcccgtcaca gaggaggaga gcaccctgat 660

caggtgtgct tagggaaaat catcagcctt tgtcaggtga ttgaggaatg ctgctgttcc 720

cagaacaaaa ccaaccgggt caccccggaa gaggtcgcgg caaagattga ccagtacctc 780

cgtggtgcaa caagtcttga agaatgcttg gccaggcttg agagggctcg cccgccgagc 840

gcaatggaca cctcctttga ttggaatgtt gtgctccctg gggttgaggc ggcaactcag 900

acaaccaaac agccccatgt caaccagtgc cgcgctctgg tccctgtcgt gactcaagag 960

tctttggaca aagactcggt ccctctgacc gccttctcgc tgtctaattg ctactaccct 1020

gcacaaggtg acgaggttcg tcaccgtgag aggctaaact ccgtgctctc taagttggag 1080

gaggttgttc gtgaggaata tgggctcacg ccaactggac ctggcccgcg acccgcactg 1140

ccgaacgggc tcgacgaact taaagaccag atggaggagg atctgctgaa actagtcaac 1200

gcccaggcaa cttcagaaat gatggcctgg gcagccgagc aggttgatct aaaagcttgg 1260

gtcaaaaact acccacggtg gacaccgcca ccccctccac caagagttca gcctcgaaaa 1320

acgaagtctg tcaagagctt gccagagaac aagcctgtcc ctgctccgcg caggaaggtc 1380

agatctgatt gtggcagccc gattttaatg ggcgacaatg tccctaacag ttgggaagat 1440

ttggctgttg gtggccccct tgatctctcg acaccacccg agccgatgac acctctgagt 1500

gagcctgcac ttatgcccgc gttgcaacat atttctaggc cagtgacacc tttgagtgtg 1560

ccggccccaa ttcctgcacc gcgcagagct gtgtcccgac cggtgacgcc ctcgagtgag 1620

ccaatttctg tgtctgcacc gcgacataaa tttcagcagg tggaagaagc gaatctggcg 1680

gcagcaacgc tgacgtacca ggacgaaccc ctagatttgt ctgcatcctc acagactgaa 1740

tatgaggctt ctcccctagc accactgcag aacatgggta ttctggaggt gggggggcaa 1800

gaagctgagg aaattctgag tgaaatctcg gacataccga atgacatcaa ccctgcgcct 1860

gtgtcatcaa gcagctccct gtcaagcgtt aagatcacac gcccaaaata ctcagctcaa 1920

gccatcatcg actcgggcgg gccctgcagt gggcatctcc aaaaggaaaa agaagcatgc 1980

ctcagcatca tgcgtgaggc ttgtgatgcg actaagcttg gtgaccctgc cacgcaggaa 2040

tggctttctc gcatgtggga tagggtggac atgctgactt ggcgcaacac gtctgcttac 2100

caggcgtttc gcaccttaga tggcaggttt gagtttctcc caaagatgat actcgagaca 2160

ccgccgccct acccgtgtgg gtttgtgatg ctgcctcaca cgcctgcacc ttccgtgggt 2220

gcggagagcg accttaccat tggttcagtc gccactgaag atgttccacg catcctcggg 2280

aaaatagaaa atgccggcga gatgaccaac cagggaccct tggcatcctc cgaggaagaa 2340

ccggcagacg accaacctgc caaagactcc cggatatcgt cgcgggggtt tgacgagagc 2400

acagcagctc cgtccgcagg cacaggtggc gccggcttat ttactgattt gccaccttca 2460

gacggtgtag atgcggacgg gggggggccg ttacagacgg taaaaaagaa agctgaaagg 2520

ctcttcgacc aattgagccg tcaggttttt aacctcgtct cccatctccc tgttttcttc 2580

tcacacctct tcaaatctga cagtggttat tctccgggtg attggggttt tgcagctttt 2640

actctatttt gcctcttttt atgttacagt tacccattct ttggttttgc tcccctcttg 2700

ggtgtgtttt ctgggtcttc tcggcgcgtg cgcatggggg tttttggctg ctggttggct 2760

tttgctgttg gtctgttcaa gcctgtgtcc gacccagtcg gcactgcttg tgagtttgat 2820

tcgccagagt gtaggaacgt ccttcattct tttgagcttc tcaaaccttg ggaccctgtt 2880

cgcagccttg ttgtgggccc cgtcggtctc ggtcttgcca ttcttggcag gttactgggc 2940

ggggcacgct acatctggca ttttttgctt aggcttggca ttgttgcaga ctgtatcttg 3000

gctggagctt atgtgctttc tcaaggtagg tgtaaaaagt gctggggatc ttgtataaga 3060

actgctccta atgagatcgc ctttaacgtg ttccctttta cacgtgcgac caggtcgtca 3120

ctcatcgacc tgtgcgatcg gttttgtgcg ccaaaaggca tggaccccat tttcctcgcc 3180

actgggtggc gcgggtgctg gaccggccga agccccattg agcaaccctc tgaaaaaccc 3240

atcgcgtttg cccagttgga tgaaaagaag attacggcta ggactgtggt cgcccagcct 3300

tatgacccca accaagccgt aaagtgcttg cgggtgttac aggcgggtgg ggcgatggtg 3360

gctgaggcag tcccaaaagt ggtcaaggtt tccgctattc cattccgagc cccctttttt 3420

cccaccggag tgaaagttga ccctgagtgc aggatcgtgg ttgaccccga cactttcact 3480

acagctctcc ggtctggcta ctccaccaca aacctcgtcc ttggtgtggg ggactttgcc 3540

cagctgaatg gattaaaaat caggcaaatt tccaagcctt caggagga 3588

<210> 7

<211> 1196

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 7

Ala Gly Lys Arg Ala Arg Lys Ala Arg Ser Gly Ala Thr Ala Thr Val

1 5 10 15

Ala His Arg Ala Leu Pro Ala Arg Glu Thr Gln Gln Ala Lys Lys His

20 25 30

Glu Val Ala Ser Ala Asn Lys Ala Glu His Leu Lys His Tyr Ser Pro

35 40 45

Pro Ala Asp Gly Asn Cys Gly Trp His Cys Ile Ser Ala Ile Ala Asn

50 55 60

Arg Met Val Asn Ser Lys Phe Glu Thr Thr Leu Pro Glu Arg Val Arg

65 70 75 80

Pro Ser Asp Asp Trp Ala Thr Asp Glu Asp Leu Val Asn Thr Ile Gln

85 90 95

Ile Leu Arg Leu Pro Ala Ala Leu Asp Arg Asn Gly Ala Cys Ala Ser

100 105 110

Ala Lys Tyr Val Leu Lys Leu Glu Gly Glu His Trp Thr Val Ser Val

115 120 125

Thr Pro Gly Met Ser Pro Ser Leu Leu Pro Leu Glu Cys Val Gln Gly

130 135 140

Cys Cys Glu His Lys Gly Gly Leu Gly Ser Pro Asp Ala Val Glu Val

145 150 155 160

Ser Gly Phe Asp Pro Ala Cys Leu Asp Arg Leu Ala Glu Val Met His

165 170 175

Leu Pro Ser Ser Ala Ile Pro Ala Ala Leu Ala Glu Met Ser Gly Asp

180 185 190

Pro Asn Arg Pro Ala Ser Pro Val Thr Thr Val Trp Thr Val Ser Gln

195 200 205

Phe Phe Ala Arg His Arg Gly Gly Glu His Pro Asp Gln Val Cys Leu

210 215 220

Gly Lys Ile Ile Ser Leu Cys Gln Val Ile Glu Glu Cys Cys Cys Ser

225 230 235 240

Gln Asn Lys Thr Asn Arg Val Thr Pro Glu Glu Val Ala Ala Lys Ile

245 250 255

Asp Gln Tyr Leu Arg Gly Ala Thr Ser Leu Glu Glu Cys Leu Ala Arg

260 265 270

Leu Glu Arg Ala Arg Pro Pro Ser Ala Met Asp Thr Ser Phe Asp Trp

275 280 285

Asn Val Val Leu Pro Gly Val Glu Ala Ala Thr Gln Thr Thr Lys Gln

290 295 300

Pro His Val Asn Gln Cys Arg Ala Leu Val Pro Val Val Thr Gln Glu

305 310 315 320

Ser Leu Asp Lys Asp Ser Val Pro Leu Thr Ala Phe Ser Leu Ser Asn

325 330 335

Cys Tyr Tyr Pro Ala Gln Gly Asp Glu Val Arg His Arg Glu Arg Leu

340 345 350

Asn Ser Val Leu Ser Lys Leu Glu Glu Val Val Arg Glu Glu Tyr Gly

355 360 365

Leu Thr Pro Thr Gly Pro Gly Pro Arg Pro Ala Leu Pro Asn Gly Leu

370 375 380

Asp Glu Leu Lys Asp Gln Met Glu Glu Asp Leu Leu Lys Leu Val Asn

385 390 395 400

Ala Gln Ala Thr Ser Glu Met Met Ala Trp Ala Ala Glu Gln Val Asp

405 410 415

Leu Lys Ala Trp Val Lys Asn Tyr Pro Arg Trp Thr Pro Pro Pro Pro

420 425 430

Pro Pro Arg Val Gln Pro Arg Lys Thr Lys Ser Val Lys Ser Leu Pro

435 440 445

Glu Asn Lys Pro Val Pro Ala Pro Arg Arg Lys Val Arg Ser Asp Cys

450 455 460

Gly Ser Pro Ile Leu Met Gly Asp Asn Val Pro Asn Ser Trp Glu Asp

465 470 475 480

Leu Ala Val Gly Gly Pro Leu Asp Leu Ser Thr Pro Pro Glu Pro Met

485 490 495

Thr Pro Leu Ser Glu Pro Ala Leu Met Pro Ala Leu Gln His Ile Ser

500 505 510

Arg Pro Val Thr Pro Leu Ser Val Pro Ala Pro Ile Pro Ala Pro Arg

515 520 525

Arg Ala Val Ser Arg Pro Val Thr Pro Ser Ser Glu Pro Ile Ser Val

530 535 540

Ser Ala Pro Arg His Lys Phe Gln Gln Val Glu Glu Ala Asn Leu Ala

545 550 555 560

Ala Ala Thr Leu Thr Tyr Gln Asp Glu Pro Leu Asp Leu Ser Ala Ser

565 570 575

Ser Gln Thr Glu Tyr Glu Ala Ser Pro Leu Ala Pro Leu Gln Asn Met

580 585 590

Gly Ile Leu Glu Val Gly Gly Gln Glu Ala Glu Glu Ile Leu Ser Glu

595 600 605

Ile Ser Asp Ile Pro Asn Asp Ile Asn Pro Ala Pro Val Ser Ser Ser

610 615 620

Ser Ser Leu Ser Ser Val Lys Ile Thr Arg Pro Lys Tyr Ser Ala Gln

625 630 635 640

Ala Ile Ile Asp Ser Gly Gly Pro Cys Ser Gly His Leu Gln Lys Glu

645 650 655

Lys Glu Ala Cys Leu Ser Ile Met Arg Glu Ala Cys Asp Ala Thr Lys

660 665 670

Leu Gly Asp Pro Ala Thr Gln Glu Trp Leu Ser Arg Met Trp Asp Arg

675 680 685

Val Asp Met Leu Thr Trp Arg Asn Thr Ser Ala Tyr Gln Ala Phe Arg

690 695 700

Thr Leu Asp Gly Arg Phe Glu Phe Leu Pro Lys Met Ile Leu Glu Thr

705 710 715 720

Pro Pro Pro Tyr Pro Cys Gly Phe Val Met Leu Pro His Thr Pro Ala

725 730 735

Pro Ser Val Gly Ala Glu Ser Asp Leu Thr Ile Gly Ser Val Ala Thr

740 745 750

Glu Asp Val Pro Arg Ile Leu Gly Lys Ile Glu Asn Ala Gly Glu Met

755 760 765

Thr Asn Gln Gly Pro Leu Ala Ser Ser Glu Glu Glu Pro Ala Asp Asp

770 775 780

Gln Pro Ala Lys Asp Ser Arg Ile Ser Ser Arg Gly Phe Asp Glu Ser

785 790 795 800

Thr Ala Ala Pro Ser Ala Gly Thr Gly Gly Ala Gly Leu Phe Thr Asp

805 810 815

Leu Pro Pro Ser Asp Gly Val Asp Ala Asp Gly Gly Gly Pro Leu Gln

820 825 830

Thr Val Lys Lys Lys Ala Glu Arg Leu Phe Asp Gln Leu Ser Arg Gln

835 840 845

Val Phe Asn Leu Val Ser His Leu Pro Val Phe Phe Ser His Leu Phe

850 855 860

Lys Ser Asp Ser Gly Tyr Ser Pro Gly Asp Trp Gly Phe Ala Ala Phe

865 870 875 880

Thr Leu Phe Cys Leu Phe Leu Cys Tyr Ser Tyr Pro Phe Phe Gly Phe

885 890 895

Ala Pro Leu Leu Gly Val Phe Ser Gly Ser Ser Arg Arg Val Arg Met

900 905 910

Gly Val Phe Gly Cys Trp Leu Ala Phe Ala Val Gly Leu Phe Lys Pro

915 920 925

Val Ser Asp Pro Val Gly Thr Ala Cys Glu Phe Asp Ser Pro Glu Cys

930 935 940

Arg Asn Val Leu His Ser Phe Glu Leu Leu Lys Pro Trp Asp Pro Val

945 950 955 960

Arg Ser Leu Val Val Gly Pro Val Gly Leu Gly Leu Ala Ile Leu Gly

965 970 975

Arg Leu Leu Gly Gly Ala Arg Tyr Ile Trp His Phe Leu Leu Arg Leu

980 985 990

Gly Ile Val Ala Asp Cys Ile Leu Ala Gly Ala Tyr Val Leu Ser Gln

995 1000 1005

Gly Arg Cys Lys Lys Cys Trp Gly Ser Cys Ile Arg Thr Ala Pro Asn

1010 1015 1020

Glu Ile Ala Phe Asn Val Phe Pro Phe Thr Arg Ala Thr Arg Ser Ser

1025 1030 1035 1040

Leu Ile Asp Leu Cys Asp Arg Phe Cys Ala Pro Lys Gly Met Asp Pro

1045 1050 1055

Ile Phe Leu Ala Thr Gly Trp Arg Gly Cys Trp Thr Gly Arg Ser Pro

1060 1065 1070

Ile Glu Gln Pro Ser Glu Lys Pro Ile Ala Phe Ala Gln Leu Asp Glu

1075 1080 1085

Lys Lys Ile Thr Ala Arg Thr Val Val Ala Gln Pro Tyr Asp Pro Asn

1090 1095 1100

Gln Ala Val Lys Cys Leu Arg Val Leu Gln Ala Gly Gly Ala Met Val

1105 1110 1115 1120

Ala Glu Ala Val Pro Lys Val Val Lys Val Ser Ala Ile Pro Phe Arg

1125 1130 1135

Ala Pro Phe Phe Pro Thr Gly Val Lys Val Asp Pro Glu Cys Arg Ile

1140 1145 1150

Val Val Asp Pro Asp Thr Phe Thr Thr Ala Leu Arg Ser Gly Tyr Ser

1155 1160 1165

Thr Thr Asn Leu Val Leu Gly Val Gly Asp Phe Ala Gln Leu Asn Gly

1170 1175 1180

Leu Lys Ile Arg Gln Ile Ser Lys Pro Ser Gly Gly

1185 1190 1195

<210> 8

<211> 690

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 8

ggcccacacc tcattgctgc cctgcatgtt gcctgctcga tggcgttgca catgcttgct 60

gggatttatg taactgcagt ggggtcttgc ggtaccggca ccaacgatcc gtggtgcact 120

aacccgtttg ccgtccctgg ctacggacct ggctctctct gcacgtccag attgtgcatc 180

tcccaacatg gccttaccct gcccttgaca gcacttgtgg caggattcgg tcttcaggaa 240

attgccttgg ttgttttgat tttcgtttcc atcggaggca tggctcacag gttgagttgc 300

aaggctgata tgctgtgcgt tttacttgca atcgccagct atgtttgggt accccttacc 360

tggttgcttt gtgtgtttcc ttgctggttg cgctggttct ctttgcaccc cctcaccatc 420

ctatggttgg tgtttttctt gatttctgta aatatgcctt caggaatctt ggccgtggtg 480

ttgttggttt ctctttggct tctaggtcgt tatactaatg ttgctggtct tgtcaccccc 540

tatgacattc atcattacac cagtggcccc cgcggtgttg ccgccttggc taccgcacca 600

gatgggacct acttggccgc tgtccgccgc gctgcgttga ctggccgcac catgctgttt 660

accccgtctc agcttgggtc ccttcttgag 690

<210> 9

<211> 230

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 9

Gly Pro His Leu Ile Ala Ala Leu His Val Ala Cys Ser Met Ala Leu

1 5 10 15

His Met Leu Ala Gly Ile Tyr Val Thr Ala Val Gly Ser Cys Gly Thr

20 25 30

Gly Thr Asn Asp Pro Trp Cys Thr Asn Pro Phe Ala Val Pro Gly Tyr

35 40 45

Gly Pro Gly Ser Leu Cys Thr Ser Arg Leu Cys Ile Ser Gln His Gly

50 55 60

Leu Thr Leu Pro Leu Thr Ala Leu Val Ala Gly Phe Gly Leu Gln Glu

65 70 75 80

Ile Ala Leu Val Val Leu Ile Phe Val Ser Ile Gly Gly Met Ala His

85 90 95

Arg Leu Ser Cys Lys Ala Asp Met Leu Cys Val Leu Leu Ala Ile Ala

100 105 110

Ser Tyr Val Trp Val Pro Leu Thr Trp Leu Leu Cys Val Phe Pro Cys

115 120 125

Trp Leu Arg Trp Phe Ser Leu His Pro Leu Thr Ile Leu Trp Leu Val

130 135 140

Phe Phe Leu Ile Ser Val Asn Met Pro Ser Gly Ile Leu Ala Val Val

145 150 155 160

Leu Leu Val Ser Leu Trp Leu Leu Gly Arg Tyr Thr Asn Val Ala Gly

165 170 175

Leu Val Thr Pro Tyr Asp Ile His His Tyr Thr Ser Gly Pro Arg Gly

180 185 190

Val Ala Ala Leu Ala Thr Ala Pro Asp Gly Thr Tyr Leu Ala Ala Val

195 200 205

Arg Arg Ala Ala Leu Thr Gly Arg Thr Met Leu Phe Thr Pro Ser Gln

210 215 220

Leu Gly Ser Leu Leu Glu

225 230

<210> 10

<211> 612

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 10

ggtgctttca gaactcaaaa gccctcactg aacaccgtca atgtggtcgg gtcctccatg 60

ggctctggcg gggtgttcac catcgacggg aaaattaagt gcgtaactgc cgcacatgtc 120

cttacgggta attcagctag ggtttccggg gtcggcttca atcaaatgct tgactttgat 180

gtaaaagggg acttcgccat agctgattgc ccgaattggc aaggggctgc tcccaagacc 240

caattctgca aggatggatg gactggccgt gcctattggc tgacatcctc tggcgtcgaa 300

cccggtgtca ttgggaatgg attcgccttc tgcttcaccg cgtgcggcga ttccgggtcc 360

ccagtgatca ccgaagccgg tgagcttgtc ggcgttcaca caggatcaaa caaacaagga 420

ggaggcattg tcacgcgccc ctcaggccag ttttgtaatg tggcacccat caagctgagc 480

gaattaagtg aattctttgc tggacctaag gtcccgctcg gtgatgtgaa ggttggcagc 540

cacataatta aagacataag cgaggtgcct tcagatcttt gcgccttgct tgctgccaaa 600

cccgaactgg aa 612

<210> 11

<211> 204

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 11

Gly Ala Phe Arg Thr Gln Lys Pro Ser Leu Asn Thr Val Asn Val Val

1 5 10 15

Gly Ser Ser Met Gly Ser Gly Gly Val Phe Thr Ile Asp Gly Lys Ile

20 25 30

Lys Cys Val Thr Ala Ala His Val Leu Thr Gly Asn Ser Ala Arg Val

35 40 45

Ser Gly Val Gly Phe Asn Gln Met Leu Asp Phe Asp Val Lys Gly Asp

50 55 60

Phe Ala Ile Ala Asp Cys Pro Asn Trp Gln Gly Ala Ala Pro Lys Thr

65 70 75 80

Gln Phe Cys Lys Asp Gly Trp Thr Gly Arg Ala Tyr Trp Leu Thr Ser

85 90 95

Ser Gly Val Glu Pro Gly Val Ile Gly Asn Gly Phe Ala Phe Cys Phe

100 105 110

Thr Ala Cys Gly Asp Ser Gly Ser Pro Val Ile Thr Glu Ala Gly Glu

115 120 125

Leu Val Gly Val His Thr Gly Ser Asn Lys Gln Gly Gly Gly Ile Val

130 135 140

Thr Arg Pro Ser Gly Gln Phe Cys Asn Val Ala Pro Ile Lys Leu Ser

145 150 155 160

Glu Leu Ser Glu Phe Phe Ala Gly Pro Lys Val Pro Leu Gly Asp Val

165 170 175

Lys Val Gly Ser His Ile Ile Lys Asp Ile Ser Glu Val Pro Ser Asp

180 185 190

Leu Cys Ala Leu Leu Ala Ala Lys Pro Glu Leu Glu

195 200

<210> 12

<211> 510

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 12

ggaggcctct ccaccgtcca acttctgtgt gtgtttttcc tcctgtggag aatgatggga 60

catgcctgga cgcccttggt tgctgtgggt ttttttatct tgaatgaggt tctcccagct 120

gtcctggtcc ggagtgtttt ctcctttgga atgtttgtgc tatcttggct cacaccatgg 180

tctgcgcaag ttctgatgat caggcttcta acagcagctc ttaacaggaa cagatggtca 240

cttgcctttt acagcctcgg tgcagtgacc ggttttgtcg cagatcttgc ggcaactcag 300

gggcatccgt tgcaggcagt gatgaattta agcacctatg ccttcctgcc tcggatgatg 360

gttgtgacct caccagtccc agtgattgcg tgtggtgttg tgcacctcct tgccataatt 420

ttgtacttgt ttaagtaccg ttgcctgcac aatgtccttg ttggcgatgg agtgttctct 480

gcggctttct tcttgcgata ctttgccgag 510

<210> 13

<211> 170

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 13

Gly Gly Leu Ser Thr Val Gln Leu Leu Cys Val Phe Phe Leu Leu Trp

1 5 10 15

Arg Met Met Gly His Ala Trp Thr Pro Leu Val Ala Val Gly Phe Phe

20 25 30

Ile Leu Asn Glu Val Leu Pro Ala Val Leu Val Arg Ser Val Phe Ser

35 40 45

Phe Gly Met Phe Val Leu Ser Trp Leu Thr Pro Trp Ser Ala Gln Val

50 55 60

Leu Met Ile Arg Leu Leu Thr Ala Ala Leu Asn Arg Asn Arg Trp Ser

65 70 75 80

Leu Ala Phe Tyr Ser Leu Gly Ala Val Thr Gly Phe Val Ala Asp Leu

85 90 95

Ala Ala Thr Gln Gly His Pro Leu Gln Ala Val Met Asn Leu Ser Thr

100 105 110

Tyr Ala Phe Leu Pro Arg Met Met Val Val Thr Ser Pro Val Pro Val

115 120 125

Ile Ala Cys Gly Val Val His Leu Leu Ala Ile Ile Leu Tyr Leu Phe

130 135 140

Lys Tyr Arg Cys Leu His Asn Val Leu Val Gly Asp Gly Val Phe Ser

145 150 155 160

Ala Ala Phe Phe Leu Arg Tyr Phe Ala Glu

165 170

<210> 14

<211> 48

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 14

ggaaagttga gggaaggggt gtcgcaatcc tgcgggatga atcatgag 48

<210> 15

<211> 16

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 15

Gly Lys Leu Arg Glu Gly Val Ser Gln Ser Cys Gly Met Asn His Glu

1 5 10 15

<210> 16

<211> 777

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 16

tcactgactg gtgccctcgc tatgagactc aatgacgagg acttggattt ccttacgaaa 60

tggactgatt ttaagtgctt tgtttctgcg tccaacatga ggaatgcagc gggccaattc 120

atcgaggctg cctatgctaa agcacttaga gtagaacttg cccagttggt gcaggttgat 180

aaggttcgag gtactttggc caaacttgaa gcttttgctg ataccgtggc accccaactc 240

tcgcccggtg acattgttgt tgctcttggc cacacgcctg ttggcagtat cttcgaccta 300

aaggttggta gcaccaagca taccctccaa gccattgaga ccagagtcct tgccgggtcc 360

aaaatgaccg tggcgcgcgt cgttgaccca acccccacgc ccccacccgc acccgtgccc 420

atccccctcc caccgaaagt tctggagaat ggccccaacg cctgggggga tgaggaccgt 480

ttgaataaga agaagaggcg caggatggaa gccgtcggca tctttgttat gggcgggaag 540

aagtaccaga aattttggga caagaattcc ggtgatgtgt tttatgagga ggtccatgat 600

aacacagatg cgtgggagtg cctcagagtt ggcgaccctg ccgactttga ccctgagaag 660

ggaactctgt gtgggcatac caccattgaa gataaggctt acaatgtcta cgcctcccca 720

tctggcaaga agttcctggt ccccgtcaac ccagagagcg gaagagccca atgggaa 777

<210> 17

<211> 259

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 17

Ser Leu Thr Gly Ala Leu Ala Met Arg Leu Asn Asp Glu Asp Leu Asp

1 5 10 15

Phe Leu Thr Lys Trp Thr Asp Phe Lys Cys Phe Val Ser Ala Ser Asn

20 25 30

Met Arg Asn Ala Ala Gly Gln Phe Ile Glu Ala Ala Tyr Ala Lys Ala

35 40 45

Leu Arg Val Glu Leu Ala Gln Leu Val Gln Val Asp Lys Val Arg Gly

50 55 60

Thr Leu Ala Lys Leu Glu Ala Phe Ala Asp Thr Val Ala Pro Gln Leu

65 70 75 80

Ser Pro Gly Asp Ile Val Val Ala Leu Gly His Thr Pro Val Gly Ser

85 90 95

Ile Phe Asp Leu Lys Val Gly Ser Thr Lys His Thr Leu Gln Ala Ile

100 105 110

Glu Thr Arg Val Leu Ala Gly Ser Lys Met Thr Val Ala Arg Val Val

115 120 125

Asp Pro Thr Pro Thr Pro Pro Pro Ala Pro Val Pro Ile Pro Leu Pro

130 135 140

Pro Lys Val Leu Glu Asn Gly Pro Asn Ala Trp Gly Asp Glu Asp Arg

145 150 155 160

Leu Asn Lys Lys Lys Arg Arg Arg Met Glu Ala Val Gly Ile Phe Val

165 170 175

Met Gly Gly Lys Lys Tyr Gln Lys Phe Trp Asp Lys Asn Ser Gly Asp

180 185 190

Val Phe Tyr Glu Glu Val His Asp Asn Thr Asp Ala Trp Glu Cys Leu

195 200 205

Arg Val Gly Asp Pro Ala Asp Phe Asp Pro Glu Lys Gly Thr Leu Cys

210 215 220

Gly His Thr Thr Ile Glu Asp Lys Ala Tyr Asn Val Tyr Ala Ser Pro

225 230 235 240

Ser Gly Lys Lys Phe Leu Val Pro Val Asn Pro Glu Ser Gly Arg Ala

245 250 255

Gln Trp Glu

<210> 18

<211> 138

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 18

gctgcaaagc tttccgtgga gcaggccctt ggcatgatga atgtcgacgg tgaactgaca 60

gccaaagaac tggagaaact gaaaagaata attgacaaac tccagggcct gactaaggag 120

cagtgtttaa actgctag 138

<210> 19

<211> 45

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 19

Ala Ala Lys Leu Ser Val Glu Gln Ala Leu Gly Met Met Asn Val Asp

1 5 10 15

Gly Glu Leu Thr Ala Lys Glu Leu Glu Lys Leu Lys Arg Ile Ile Asp

20 25 30

Lys Leu Gln Gly Leu Thr Lys Glu Gln Cys Leu Asn Cys

35 40 45

<210> 20

<211> 1917

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 20

gccgccagcg gcttgacccg ctgtggtcgc ggcggcttgg ttgttactga gacagcggta 60

aaaatagtca aatttcacaa ccggaccttc accctaggac ctgtgaattt aaaagtggcc 120

agtgaggttg agctaaaaga cgcggtcgag cacaaccaac acccggttgc aagaccggtt 180

gatggtggtg ttgtgctcct gcgctccgca gttccttcgc ttatagacgt cttgatctcc 240

ggtgctgatg catctcccaa gttactcgcc cgccacgggc cgggaaacac tgggatcgat 300

ggcacgcttt gggattttga ggccgaagcc accaaagagg aaatcgcact cagtgcgcaa 360

ataatacagg cttgtgacat taggcgcggc gacgcacctg aaattggtct cccttacaag 420

ctgtaccctg ttaggggcaa ccctgagcgg gtaaaaggag ttttgcagaa tacaaggttt 480

ggagacatac cttacaaaac ccccagtgac actggaagcc cagtgcacgc ggctgcctgc 540

ctcacgccca atgccactcc ggtgactgat gggcgctccg tcttggccac gaccatgccc 600

tccggttttg agttgtatgt accgaccatt ccagcgtctg tccttgatta tcttgattct 660

aggcctgact gccccaaaca gttgacagag cacggctgtg aggatgccgc attgagagac 720

ctctccaagt atgacttgtc cacccaaggc tttgttttgc ctggagttct tcgccttgtg 780

cgtaagtacc tgtttgccca tgtgggtaag tgcccgcccg ttcatcggcc ttccacttac 840

cctgccaaga attctatggc tggaataaat gggaacaggt ttccaaccaa ggacattcag 900

agcgtccctg aaatcgacgt tctgtgcgca caggccgtgc gagaaaactg gcaaactgtt 960

accccttgta ccctcaagaa acagtattgc gggaagaaga agactaggac aatactcggc 1020

accaataact tcattgcgct ggcccaccgg gcagcgttga gtggtgtcac ccagggcttc 1080

atgaaaaagg cgtttaactc gcccatcgcc ctcgggaaaa acaaatttaa ggagctacag 1140

actccggtct tgggcaggtg ccttgaagct gatcttgcat cctgcgatcg atccacacct 1200

gcaattgtcc gctggtttgc cgccaatctt ctttatgaac ttgcctgtgc tgaagagcat 1260

ctaccgtcgt acgtgctgaa ctgctgccac gacttactgg tcacgcagtc cggcgcagtg 1320

actaagagag gtggcctgtc gtctggcgac ccgatcactt ctgtgtccaa caccatttac 1380

agcttggtga tatatgcaca gcacatggtg ctcagttact ttaaaagtgg tcacccccat 1440

ggccttctgt ttctacaaga ccagctaaag tttgaggaca tgctcaaggt tcaacccctg 1500

atcgtctatt cggacgacct cgtgctgtat gccgagtctc ccaccatgcc aaactaccac 1560

tggtgggttg aacatctgaa cctgatgctg ggttttcaga cggacccaaa gaagacagcc 1620

ataacagact cgccatcatt tctaggctgt aggataataa atgggcgcca gctagtcccc 1680

aaccgtgaca ggattctcgc ggccctcgcc taccacatga aggcgagcaa tgtttctgaa 1740

tactacgcct cggcggctgc aatactcatg gacagctgtg cttgtttgga gtatgatcct 1800

gaatggtttg aagaacttgt ggttggaata gcgcagtgcg cccgcaagga cggctacagc 1860

tttcccggcc cgccgttctt cttgtccatg tgggaaaaac tcaggtccaa ttatgag 1917

<210> 21

<211> 639

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 21

Ala Ala Ser Gly Leu Thr Arg Cys Gly Arg Gly Gly Leu Val Val Thr

1 5 10 15

Glu Thr Ala Val Lys Ile Val Lys Phe His Asn Arg Thr Phe Thr Leu

20 25 30

Gly Pro Val Asn Leu Lys Val Ala Ser Glu Val Glu Leu Lys Asp Ala

35 40 45

Val Glu His Asn Gln His Pro Val Ala Arg Pro Val Asp Gly Gly Val

50 55 60

Val Leu Leu Arg Ser Ala Val Pro Ser Leu Ile Asp Val Leu Ile Ser

65 70 75 80

Gly Ala Asp Ala Ser Pro Lys Leu Leu Ala Arg His Gly Pro Gly Asn

85 90 95

Thr Gly Ile Asp Gly Thr Leu Trp Asp Phe Glu Ala Glu Ala Thr Lys

100 105 110

Glu Glu Ile Ala Leu Ser Ala Gln Ile Ile Gln Ala Cys Asp Ile Arg

115 120 125

Arg Gly Asp Ala Pro Glu Ile Gly Leu Pro Tyr Lys Leu Tyr Pro Val

130 135 140

Arg Gly Asn Pro Glu Arg Val Lys Gly Val Leu Gln Asn Thr Arg Phe

145 150 155 160

Gly Asp Ile Pro Tyr Lys Thr Pro Ser Asp Thr Gly Ser Pro Val His

165 170 175

Ala Ala Ala Cys Leu Thr Pro Asn Ala Thr Pro Val Thr Asp Gly Arg

180 185 190

Ser Val Leu Ala Thr Thr Met Pro Ser Gly Phe Glu Leu Tyr Val Pro

195 200 205

Thr Ile Pro Ala Ser Val Leu Asp Tyr Leu Asp Ser Arg Pro Asp Cys

210 215 220

Pro Lys Gln Leu Thr Glu His Gly Cys Glu Asp Ala Ala Leu Arg Asp

225 230 235 240

Leu Ser Lys Tyr Asp Leu Ser Thr Gln Gly Phe Val Leu Pro Gly Val

245 250 255

Leu Arg Leu Val Arg Lys Tyr Leu Phe Ala His Val Gly Lys Cys Pro

260 265 270

Pro Val His Arg Pro Ser Thr Tyr Pro Ala Lys Asn Ser Met Ala Gly

275 280 285

Ile Asn Gly Asn Arg Phe Pro Thr Lys Asp Ile Gln Ser Val Pro Glu

290 295 300

Ile Asp Val Leu Cys Ala Gln Ala Val Arg Glu Asn Trp Gln Thr Val

305 310 315 320

Thr Pro Cys Thr Leu Lys Lys Gln Tyr Cys Gly Lys Lys Lys Thr Arg

325 330 335

Thr Ile Leu Gly Thr Asn Asn Phe Ile Ala Leu Ala His Arg Ala Ala

340 345 350

Leu Ser Gly Val Thr Gln Gly Phe Met Lys Lys Ala Phe Asn Ser Pro

355 360 365

Ile Ala Leu Gly Lys Asn Lys Phe Lys Glu Leu Gln Thr Pro Val Leu

370 375 380

Gly Arg Cys Leu Glu Ala Asp Leu Ala Ser Cys Asp Arg Ser Thr Pro

385 390 395 400

Ala Ile Val Arg Trp Phe Ala Ala Asn Leu Leu Tyr Glu Leu Ala Cys

405 410 415

Ala Glu Glu His Leu Pro Ser Tyr Val Leu Asn Cys Cys His Asp Leu

420 425 430

Leu Val Thr Gln Ser Gly Ala Val Thr Lys Arg Gly Gly Leu Ser Ser

435 440 445

Gly Asp Pro Ile Thr Ser Val Ser Asn Thr Ile Tyr Ser Leu Val Ile

450 455 460

Tyr Ala Gln His Met Val Leu Ser Tyr Phe Lys Ser Gly His Pro His

465 470 475 480

Gly Leu Leu Phe Leu Gln Asp Gln Leu Lys Phe Glu Asp Met Leu Lys

485 490 495

Val Gln Pro Leu Ile Val Tyr Ser Asp Asp Leu Val Leu Tyr Ala Glu

500 505 510

Ser Pro Thr Met Pro Asn Tyr His Trp Trp Val Glu His Leu Asn Leu

515 520 525

Met Leu Gly Phe Gln Thr Asp Pro Lys Lys Thr Ala Ile Thr Asp Ser

530 535 540

Pro Ser Phe Leu Gly Cys Arg Ile Ile Asn Gly Arg Gln Leu Val Pro

545 550 555 560

Asn Arg Asp Arg Ile Leu Ala Ala Leu Ala Tyr His Met Lys Ala Ser

565 570 575

Asn Val Ser Glu Tyr Tyr Ala Ser Ala Ala Ala Ile Leu Met Asp Ser

580 585 590

Cys Ala Cys Leu Glu Tyr Asp Pro Glu Trp Phe Glu Glu Leu Val Val

595 600 605

Gly Ile Ala Gln Cys Ala Arg Lys Asp Gly Tyr Ser Phe Pro Gly Pro

610 615 620

Pro Phe Phe Leu Ser Met Trp Glu Lys Leu Arg Ser Asn Tyr Glu

625 630 635

<210> 22

<211> 1323

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 22

gggaagaagt ccagagtgtg cgggtactgc ggggccccgg ccccgtacgc cactgcctgt 60

ggcctcgacg tctgtattta ccacacccac ttccaccagc attgtccagt cataatctgg 120

tgtggccatc cagcgggttc tggttcttgt agtgagtgca aaccccccct agggaaaggc 180

acaagccctc tagatgaggt gttggaacaa gtcccgtata agcctccacg gaccgtaatc 240

atgcatgtgg agcagggtct cacccctctt gacccaggca gataccagac tcgccgcgga 300

ttagtctccg ttaggcgtgg catcagggga aatgaagttg acctaccaga cggtgattat 360

gctagcaccg ccttgctccc cacttgtaaa gagatcaaca tggtcgctgt cgcttctaat 420

gtgttgcgca gcaggttcat catcggtcca cccggtgctg ggaaaacata ctggctcctt 480

caacaggtcc aggatggtga tgtcatttac acaccaactc atcagaccat gcttgacatg 540

attaaggctt tggggacgtg ccggttcaac gtcccggcag gcacaacgct gcaattccct 600

gccccctccc gtaccggccc gtgggttcgc atcctggccg gcggttggtg tcctggcaag 660

aattccttcc tggatgaagc agcgtattgt aatcaccttg atgtcttgag gcttcttagc 720

aaaactaccc tcacctgtct gggagacttc aaacaactcc acccagtggg ttttgattct 780

cattgctatg tttttgacat catgcctcag actcaactga agaccatctg gaggtttgga 840

cagaatatct gtgatgccat tcagccagat tacagggaca aacttgtgtc catggtcaac 900

acaacccgtg taacctacgt ggaaaaacct gtcaagtatg ggcaagtcct caccccttac 960

cacagggacc gagaggacgg cgccatcaca attgactcca gtcaaggcgc cacatttgat 1020

gtggttacat tgcatttgcc cactaaagat tcactcaaca ggcaaagagc ccttgttgct 1080

atcaccaggg caagacatgc tatctttgtg tatgacccac acaggcaact gcagagcatg 1140

tttgatcttc ctgcaaaagg cacacccgtc aacctcgccg tgcaccgtga cgagcagctg 1200

atcgtgctag atagaaataa caaagaatgc acggttgctc aggctctagg caatggggat 1260

aaattcaggg ccacagacaa gcgcgttgta gattctctcc gcgccatttg tgcagatcta 1320

gaa 1323

<210> 23

<211> 441

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 23

Gly Lys Lys Ser Arg Val Cys Gly Tyr Cys Gly Ala Pro Ala Pro Tyr

1 5 10 15

Ala Thr Ala Cys Gly Leu Asp Val Cys Ile Tyr His Thr His Phe His

20 25 30

Gln His Cys Pro Val Ile Ile Trp Cys Gly His Pro Ala Gly Ser Gly

35 40 45

Ser Cys Ser Glu Cys Lys Pro Pro Leu Gly Lys Gly Thr Ser Pro Leu

50 55 60

Asp Glu Val Leu Glu Gln Val Pro Tyr Lys Pro Pro Arg Thr Val Ile

65 70 75 80

Met His Val Glu Gln Gly Leu Thr Pro Leu Asp Pro Gly Arg Tyr Gln

85 90 95

Thr Arg Arg Gly Leu Val Ser Val Arg Arg Gly Ile Arg Gly Asn Glu

100 105 110

Val Asp Leu Pro Asp Gly Asp Tyr Ala Ser Thr Ala Leu Leu Pro Thr

115 120 125

Cys Lys Glu Ile Asn Met Val Ala Val Ala Ser Asn Val Leu Arg Ser

130 135 140

Arg Phe Ile Ile Gly Pro Pro Gly Ala Gly Lys Thr Tyr Trp Leu Leu

145 150 155 160

Gln Gln Val Gln Asp Gly Asp Val Ile Tyr Thr Pro Thr His Gln Thr

165 170 175

Met Leu Asp Met Ile Lys Ala Leu Gly Thr Cys Arg Phe Asn Val Pro

180 185 190

Ala Gly Thr Thr Leu Gln Phe Pro Ala Pro Ser Arg Thr Gly Pro Trp

195 200 205

Val Arg Ile Leu Ala Gly Gly Trp Cys Pro Gly Lys Asn Ser Phe Leu

210 215 220

Asp Glu Ala Ala Tyr Cys Asn His Leu Asp Val Leu Arg Leu Leu Ser

225 230 235 240

Lys Thr Thr Leu Thr Cys Leu Gly Asp Phe Lys Gln Leu His Pro Val

245 250 255

Gly Phe Asp Ser His Cys Tyr Val Phe Asp Ile Met Pro Gln Thr Gln

260 265 270

Leu Lys Thr Ile Trp Arg Phe Gly Gln Asn Ile Cys Asp Ala Ile Gln

275 280 285

Pro Asp Tyr Arg Asp Lys Leu Val Ser Met Val Asn Thr Thr Arg Val

290 295 300

Thr Tyr Val Glu Lys Pro Val Lys Tyr Gly Gln Val Leu Thr Pro Tyr

305 310 315 320

His Arg Asp Arg Glu Asp Gly Ala Ile Thr Ile Asp Ser Ser Gln Gly

325 330 335

Ala Thr Phe Asp Val Val Thr Leu His Leu Pro Thr Lys Asp Ser Leu

340 345 350

Asn Arg Gln Arg Ala Leu Val Ala Ile Thr Arg Ala Arg His Ala Ile

355 360 365

Phe Val Tyr Asp Pro His Arg Gln Leu Gln Ser Met Phe Asp Leu Pro

370 375 380

Ala Lys Gly Thr Pro Val Asn Leu Ala Val His Arg Asp Glu Gln Leu

385 390 395 400

Ile Val Leu Asp Arg Asn Asn Lys Glu Cys Thr Val Ala Gln Ala Leu

405 410 415

Gly Asn Gly Asp Lys Phe Arg Ala Thr Asp Lys Arg Val Val Asp Ser

420 425 430

Leu Arg Ala Ile Cys Ala Asp Leu Glu

435 440

<210> 24

<211> 669

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 24

gggtcgagct ctccgctccc caaggtcgca cacaacttgg gattttattt ctcacctgat 60

ttgacacagt ttgctaaact cccggtagaa cttgcacccc actggcccgt ggtgacaacc 120

cagaacaatg aaaagtggcc agaccggctg gttgccagcc ttcgccctat ccataaatat 180

agccgcgcgt gcatcggtgc cggctatatg gtgggcccct cggtgtttct aggcacccct 240

ggggttgtgt catactatct cacaaaattt gttaagggcg aggctcaagt gcttccggag 300

acagtcttca gcaccggccg aattgaggta gattgccggg agtatcttga tgatcgggag 360

cgagaagttg ctgagtccct cccacatgcc ttcattggcg acgtcaaagg cactaccgtt 420

ggaggatgtc accatgtcac ctccaaatac cttccgcgct tccttcccaa ggaatcagtt 480

gcggtagtcg gggtttcaag ccccgggaaa gccgcaaaag cagtttgcac attaacagat 540

gtgtacctcc cagaccttga agcttacctc cacccagaga cccagtccaa gtgctggaaa 600

atgatgttgg acttcaagga agttcgactg atggtctgga aagacaaaac ggcctatttt 660

caacttgaa 669

<210> 25

<211> 223

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 25

Gly Ser Ser Ser Pro Leu Pro Lys Val Ala His Asn Leu Gly Phe Tyr

1 5 10 15

Phe Ser Pro Asp Leu Thr Gln Phe Ala Lys Leu Pro Val Glu Leu Ala

20 25 30

Pro His Trp Pro Val Val Thr Thr Gln Asn Asn Glu Lys Trp Pro Asp

35 40 45

Arg Leu Val Ala Ser Leu Arg Pro Ile His Lys Tyr Ser Arg Ala Cys

50 55 60

Ile Gly Ala Gly Tyr Met Val Gly Pro Ser Val Phe Leu Gly Thr Pro

65 70 75 80

Gly Val Val Ser Tyr Tyr Leu Thr Lys Phe Val Lys Gly Glu Ala Gln

85 90 95

Val Leu Pro Glu Thr Val Phe Ser Thr Gly Arg Ile Glu Val Asp Cys

100 105 110

Arg Glu Tyr Leu Asp Asp Arg Glu Arg Glu Val Ala Glu Ser Leu Pro

115 120 125

His Ala Phe Ile Gly Asp Val Lys Gly Thr Thr Val Gly Gly Cys His

130 135 140

His Val Thr Ser Lys Tyr Leu Pro Arg Phe Leu Pro Lys Glu Ser Val

145 150 155 160

Ala Val Val Gly Val Ser Ser Pro Gly Lys Ala Ala Lys Ala Val Cys

165 170 175

Thr Leu Thr Asp Val Tyr Leu Pro Asp Leu Glu Ala Tyr Leu His Pro

180 185 190

Glu Thr Gln Ser Lys Cys Trp Lys Met Met Leu Asp Phe Lys Glu Val

195 200 205

Arg Leu Met Val Trp Lys Asp Lys Thr Ala Tyr Phe Gln Leu Glu

210 215 220

<210> 26

<211> 462

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 26

ggccgccatt tcacctggta tcagcttgca agctatgcct cgtacatccg agttcctgtt 60

aactctacgg tgtatttgga cccctgcatg ggccctgccc tttgcaacag aagagttgtc 120

gggtccactc attggggggc tgacctcgca gtcacccctt atgattatgg tgccaaaatc 180

attctgtcta gtgcatacca tggtgaaatg cctcctgggt acaaaatcct ggcgtgcgcg 240

gagttctcgc ttgacgatcc agtgaggtac aaacacacct gggggtttga atcggataca 300

gcgtatctgt acgagttcac cggaaacggt gaggactggg aggattacaa tgatgcgttt 360

cgtgcgcgcc agaaagggaa aatttataag gccactgcca ccagcatgag gtttcatttt 420

cccccgggcc ctgtcattga accaactttg ggcctgaatt ga 462

<210> 27

<211> 153

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 27

Gly Arg His Phe Thr Trp Tyr Gln Leu Ala Ser Tyr Ala Ser Tyr Ile

1 5 10 15

Arg Val Pro Val Asn Ser Thr Val Tyr Leu Asp Pro Cys Met Gly Pro

20 25 30

Ala Leu Cys Asn Arg Arg Val Val Gly Ser Thr His Trp Gly Ala Asp

35 40 45

Leu Ala Val Thr Pro Tyr Asp Tyr Gly Ala Lys Ile Ile Leu Ser Ser

50 55 60

Ala Tyr His Gly Glu Met Pro Pro Gly Tyr Lys Ile Leu Ala Cys Ala

65 70 75 80

Glu Phe Ser Leu Asp Asp Pro Val Arg Tyr Lys His Thr Trp Gly Phe

85 90 95

Glu Ser Asp Thr Ala Tyr Leu Tyr Glu Phe Thr Gly Asn Gly Glu Asp

100 105 110

Trp Glu Asp Tyr Asn Asp Ala Phe Arg Ala Arg Gln Lys Gly Lys Ile

115 120 125

Tyr Lys Ala Thr Ala Thr Ser Met Arg Phe His Phe Pro Pro Gly Pro

130 135 140

Val Ile Glu Pro Thr Leu Gly Leu Asn

145 150

<210> 28

<211> 771

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 28

atgaaatggg ggctatgcaa agcctttttg acaaaattgg ccaacttttt gtggatgctt 60

tcacggaatt tttggtgtcc attgttgata tcatcatatt tttggccatt ttgtttggct 120

tcaccatcgc cggttggctg gtggtctttt gcatcagatt ggtttgctcc gcggtactcc 180

gtgcgcgccc taccattcac cctgagcaat tacagaagat cctatgaggc ctttctttct 240

cagtgccggg tggacattcc cacctgggga actaaacatc ccttggggat gctttggcac 300

cataaggtgt caaccctgat tgatgaaatg gtgtcgcgtc gaatgtaccg catcatggaa 360

aaagcaggac aggctgcctg gaaacaggtg gtgagcgagg ctacgctgtc tcgcattagt 420

ggtttggatg tggtggctca ttttcagcat cttgccgcca ttgaagccga gacctgtaaa 480

tatttggcct ctcggctgcc catgctacac aacctgcgca tgacagggtc aaatgtaacc 540

atagtgtata atagtacttt gaatcaggtg tttgctattt ttccaacccc tggttcccgg 600

ccaaagcttc atgattttca gcaatggcta atagctgtgc attcctccat attttcctct 660

gttgcagctt cttgtactct ttttgttgtg ctgtggttgc ggattccaat gctacgtact 720

gtttttggtt tccactggtt aggggcaatt tttccttcga actcacagtg a 771

<210> 29

<211> 256

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 29

Met Lys Trp Gly Leu Cys Lys Ala Phe Leu Thr Lys Leu Ala Asn Phe

1 5 10 15

Leu Trp Met Leu Ser Arg Asn Phe Trp Cys Pro Leu Leu Ile Ser Ser

20 25 30

Tyr Phe Trp Pro Phe Cys Leu Ala Ser Pro Ser Pro Val Gly Trp Trp

35 40 45

Ser Phe Ala Ser Asp Trp Phe Ala Pro Arg Tyr Ser Val Arg Ala Leu

50 55 60

Pro Phe Thr Leu Ser Asn Tyr Arg Arg Ser Tyr Glu Ala Phe Leu Ser

65 70 75 80

Gln Cys Arg Val Asp Ile Pro Thr Trp Gly Thr Lys His Pro Leu Gly

85 90 95

Met Leu Trp His His Lys Val Ser Thr Leu Ile Asp Glu Met Val Ser

100 105 110

Arg Arg Met Tyr Arg Ile Met Glu Lys Ala Gly Gln Ala Ala Trp Lys

115 120 125

Gln Val Val Ser Glu Ala Thr Leu Ser Arg Ile Ser Gly Leu Asp Val

130 135 140

Val Ala His Phe Gln His Leu Ala Ala Ile Glu Ala Glu Thr Cys Lys

145 150 155 160

Tyr Leu Ala Ser Arg Leu Pro Met Leu His Asn Leu Arg Met Thr Gly

165 170 175

Ser Asn Val Thr Ile Val Tyr Asn Ser Thr Leu Asn Gln Val Phe Ala

180 185 190

Ile Phe Pro Thr Pro Gly Ser Arg Pro Lys Leu His Asp Phe Gln Gln

195 200 205

Trp Leu Ile Ala Val His Ser Ser Ile Phe Ser Ser Val Ala Ala Ser

210 215 220

Cys Thr Leu Phe Val Val Leu Trp Leu Arg Ile Pro Met Leu Arg Thr

225 230 235 240

Val Phe Gly Phe His Trp Leu Gly Ala Ile Phe Pro Ser Asn Ser Gln

245 250 255

<210> 30

<211> 765

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 30

atggctaata gctgtgcatt cctccatatt ttcctctgtt gcagcttctt gtactctttt 60

tgttgtgctg tggttgcgga ttccaatgct acgtactgtt tttggtttcc actggttagg 120

ggcaattttt ccttcgaact cacagtgaat tacacggtgt gtccaccttg cctcacccgg 180

caagcagccg ctgagatcta cgaacccggc aggtctcttt ggtgcaggat agggcatgac 240

cgatgtaggg aggacgatca tgacgaacta gggttcatgg ttccgcctgg cctctccagc 300

gaaggccact tgaccagtgt ttacgcctgg ttggcgttcc tgtccttcag ctacacggcc 360

cagttccatc ccgagatatt tgggataggg aatgtgagtc aagtttatgt tgacatcaag 420

caccaattca tctgcgccga acatgacggg cagaacgcca ccttgcctcg ccatgacaac 480

atttcagccg tgtttcagac ctactaccaa catcaggtcg acggcggcaa ttggtttcac 540

ctagaatggc tgcgcccctt cttttcctct tggttggttt taaatgtttc gtggtttctc 600

aggcgttcgc ctgcaagcca tgtttcagtt cgagtctttc agacatcaag accaacacca 660

ccgcagcagc aagctttgtt gtcctccaag acatcagctg ccttaggcat ggcgactcgt 720

cctctgaggc gattcgcaaa agctctcagt gccgcacggc gatag 765

<210> 31

<211> 254

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 31

Met Ala Asn Ser Cys Ala Phe Leu His Ile Phe Leu Cys Cys Ser Phe

1 5 10 15

Leu Tyr Ser Phe Cys Cys Ala Val Val Ala Asp Ser Asn Ala Thr Tyr

20 25 30

Cys Phe Trp Phe Pro Leu Val Arg Gly Asn Phe Ser Phe Glu Leu Thr

35 40 45

Val Asn Tyr Thr Val Cys Pro Pro Cys Leu Thr Arg Gln Ala Ala Ala

50 55 60

Glu Ile Tyr Glu Pro Gly Arg Ser Leu Trp Cys Arg Ile Gly His Asp

65 70 75 80

Arg Cys Arg Glu Asp Asp His Asp Glu Leu Gly Phe Met Val Pro Pro

85 90 95

Gly Leu Ser Ser Glu Gly His Leu Thr Ser Val Tyr Ala Trp Leu Ala

100 105 110

Phe Leu Ser Phe Ser Tyr Thr Ala Gln Phe His Pro Glu Ile Phe Gly

115 120 125

Ile Gly Asn Val Ser Gln Val Tyr Val Asp Ile Lys His Gln Phe Ile

130 135 140

Cys Ala Glu His Asp Gly Gln Asn Ala Thr Leu Pro Arg His Asp Asn

145 150 155 160

Ile Ser Ala Val Phe Gln Thr Tyr Tyr Gln His Gln Val Asp Gly Gly

165 170 175

Asn Trp Phe His Leu Glu Trp Leu Arg Pro Phe Phe Ser Ser Trp Leu

180 185 190

Val Leu Asn Val Ser Trp Phe Leu Arg Arg Ser Pro Ala Ser His Val

195 200 205

Ser Val Arg Val Phe Gln Thr Ser Arg Pro Thr Pro Pro Gln Gln Gln

210 215 220

Ala Leu Leu Ser Ser Lys Thr Ser Ala Ala Leu Gly Met Ala Thr Arg

225 230 235 240

Pro Leu Arg Arg Phe Ala Lys Ala Leu Ser Ala Ala Arg Arg

245 250

<210> 32

<211> 537

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 32

atggctgcgc cccttctttt cctcttggtt ggttttaaat gtttcgtggt ttctcaggcg 60

ttcgcctgca agccatgttt cagttcgagt ctttcagaca tcaagaccaa caccaccgca 120

gcagcaagct ttgttgtcct ccaagacatc agctgcctta ggcatggcga ctcgtcctct 180

gaggcgattc gcaaaagctc tcagtgccgc acggcgatag ggacacccgt gtacatcacc 240

atcacagcca atgtgacaga tgagaattat ttacattctt ctgatctcct catgctttct 300

tcttgccttt tctatgcttc tgagatgagt gaaaagggat tcaaggtggt atttggcaat 360

gtgtcaggca tcgtggctgt gtgtgtcaac tttaccagct acgtccaaca tgtcaaggag 420

tttacccaac gctccttggt ggtcgaccat gtgcggctgc ttcatttcat gacacctgag 480

accatgaggt gggcaaccgt tttagcctgt ctttttgcca ttctgttggc aatttga 537

<210> 33

<211> 178

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 33

Met Ala Ala Pro Leu Leu Phe Leu Leu Val Gly Phe Lys Cys Phe Val

1 5 10 15

Val Ser Gln Ala Phe Ala Cys Lys Pro Cys Phe Ser Ser Ser Leu Ser

20 25 30

Asp Ile Lys Thr Asn Thr Thr Ala Ala Ala Ser Phe Val Val Leu Gln

35 40 45

Asp Ile Ser Cys Leu Arg His Gly Asp Ser Ser Ser Glu Ala Ile Arg

50 55 60

Lys Ser Ser Gln Cys Arg Thr Ala Ile Gly Thr Pro Val Tyr Ile Thr

65 70 75 80

Ile Thr Ala Asn Val Thr Asp Glu Asn Tyr Leu His Ser Ser Asp Leu

85 90 95

Leu Met Leu Ser Ser Cys Leu Phe Tyr Ala Ser Glu Met Ser Glu Lys

100 105 110

Gly Phe Lys Val Val Phe Gly Asn Val Ser Gly Ile Val Ala Val Cys

115 120 125

Val Asn Phe Thr Ser Tyr Val Gln His Val Lys Glu Phe Thr Gln Arg

130 135 140

Ser Leu Val Val Asp His Val Arg Leu Leu His Phe Met Thr Pro Glu

145 150 155 160

Thr Met Arg Trp Ala Thr Val Leu Ala Cys Leu Phe Ala Ile Leu Leu

165 170 175

Ala Ile

<210> 34

<211> 603

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 34

atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt gtggtgtatc 60

gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc ccatttacag 120

ttgatttata acttgacgct atgtgagctg aatggcacag attggctggc taacaaattt 180

gattgggcag tggagacttt tgtcatcttt cccgtgttga ctcacattgt ctcctatggt 240

gccctcacca ccagccattt ccttgacaca gtcggtctgg tcactgtgtc taccgccggg 300

ttttatcacg ggcggtatgt cttgagtagc atctacgcgg tctgtgccct ggctgcgttg 360

atttgcttcg tcattaggtt tgcgaagaac tgcatgtcct ggcgctactc atgtaccaga 420

tataccaact ttcttctgga cactaagggc agactctatc gttggcggtc gcccgtcatc 480

atagagaaaa ggggtaaagt tgaggtcgaa ggtcatctga tcgacctcaa aagagttgtg 540

cttgatggtt ccgtggcaac ccctttaacc agagtttcag cggaacaatg gggtcgtcct 600

tag 603

<210> 35

<211> 200

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 35

Met Leu Gly Lys Cys Leu Thr Ala Gly Cys Cys Ser Arg Leu Leu Ser

1 5 10 15

Leu Trp Cys Ile Val Pro Phe Cys Phe Ala Ala Leu Val Asn Ala Asn

20 25 30

Ser Asn Ser Ser Ser His Leu Gln Leu Ile Tyr Asn Leu Thr Leu Cys

35 40 45

Glu Leu Asn Gly Thr Asp Trp Leu Ala Asn Lys Phe Asp Trp Ala Val

50 55 60

Glu Thr Phe Val Ile Phe Pro Val Leu Thr His Ile Val Ser Tyr Gly

65 70 75 80

Ala Leu Thr Thr Ser His Phe Leu Asp Thr Val Gly Leu Val Thr Val

85 90 95

Ser Thr Ala Gly Phe Tyr His Gly Arg Tyr Val Leu Ser Ser Ile Tyr

100 105 110

Ala Val Cys Ala Leu Ala Ala Leu Ile Cys Phe Val Ile Arg Phe Ala

115 120 125

Lys Asn Cys Met Ser Trp Arg Tyr Ser Cys Thr Arg Tyr Thr Asn Phe

130 135 140

Leu Leu Asp Thr Lys Gly Arg Leu Tyr Arg Trp Arg Ser Pro Val Ile

145 150 155 160

Ile Glu Lys Arg Gly Lys Val Glu Val Glu Gly His Leu Ile Asp Leu

165 170 175

Lys Arg Val Val Leu Asp Gly Ser Val Ala Thr Pro Leu Thr Arg Val

180 185 190

Ser Ala Glu Gln Trp Gly Arg Pro

195 200

<210> 36

<211> 525

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 36

atggggtcgt ccttagacga cttctgccat gatagcacgg ctccacaaaa ggtgcttttg 60

gcgttttcta ttacctacac gccagtgatg atatatgccc taaaggtaag tcgcggccga 120

ctgctagggc ttctgcacct tttgattttt ctgaattgtg ctttcacctt cgggtacatg 180

acattcgcgc actttcagag cacaaataag gtcgcgctca ctatgggagc agtagttgca 240

ctcctttggg gggtgtactc agccatagaa acctggaaat tcatcacctc cagatgccgt 300

ttgtgcttgc taggccgcaa gtacattctg gcccctgccc accacgttga aagtgccgca 360

ggctttcatc cgattgcggc aaatgataac cacgcatttg tcgtccggcg tcccggctcc 420

actacggtca acggcacatt ggtgcccggg ttgaaaagcc tcgtgttggg tggcagaaaa 480

gctgttaaac agggagtggt aaaccttgtc aaatatgcca aataa 525

<210> 37

<211> 174

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 37

Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Phe Cys His Asp Ser Thr Ala Pro Gln

1 5 10 15

Lys Val Leu Leu Ala Phe Ser Ile Thr Tyr Thr Pro Val Met Ile Tyr

20 25 30

Ala Leu Lys Val Ser Arg Gly Arg Leu Leu Gly Leu Leu His Leu Leu

35 40 45

Ile Phe Leu Asn Cys Ala Phe Thr Phe Gly Tyr Met Thr Phe Ala His

50 55 60

Phe Gln Ser Thr Asn Lys Val Ala Leu Thr Met Gly Ala Val Val Ala

65 70 75 80

Leu Leu Trp Gly Val Tyr Ser Ala Ile Glu Thr Trp Lys Phe Ile Thr

85 90 95

Ser Arg Cys Arg Leu Cys Leu Leu Gly Arg Lys Tyr Ile Leu Ala Pro

100 105 110

Ala His His Val Glu Ser Ala Ala Gly Phe His Pro Ile Ala Ala Asn

115 120 125

Asp Asn His Ala Phe Val Val Arg Arg Pro Gly Ser Thr Thr Val Asn

130 135 140

Gly Thr Leu Val Pro Gly Leu Lys Ser Leu Val Leu Gly Gly Arg Lys

145 150 155 160

Ala Val Lys Gln Gly Val Val Asn Leu Val Lys Tyr Ala Lys

165 170

<210> 38

<211> 372

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 38

atgccaaata acaacggcaa gcagcagaag aaaaagaagg gggatggcca gccagtcaat 60

cagctgtgcc agatgctggg taagatcatc gcccagcaaa accagtccag aggcaaggga 120

ccgggaaaga aaaataagaa gaaaaacccg gagaagcccc attttcctct agcgactgaa 180

gatgacgtca gacatcactt tacccctagt gagcggcaat tgtgtctgtc gtcaatccag 240

actgccttta atcaaggcgc tggaacttgt accctgtcag attcagggag gataagttac 300

actgtggagt ttagtttgcc gacgcatcat actgtgcgcc tgatccgcgt cacagcatca 360

ccctcagcat ga 372

<210> 39

<211> 123

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 39

Met Pro Asn Asn Asn Gly Lys Gln Gln Lys Lys Lys Lys Gly Asp Gly

1 5 10 15

Gln Pro Val Asn Gln Leu Cys Gln Met Leu Gly Lys Ile Ile Ala Gln

20 25 30

Gln Asn Gln Ser Arg Gly Lys Gly Pro Gly Lys Lys Asn Lys Lys Lys

35 40 45

Asn Pro Glu Lys Pro His Phe Pro Leu Ala Thr Glu Asp Asp Val Arg

50 55 60

His His Phe Thr Pro Ser Glu Arg Gln Leu Cys Leu Ser Ser Ile Gln

65 70 75 80

Thr Ala Phe Asn Gln Gly Ala Gly Thr Cys Thr Leu Ser Asp Ser Gly

85 90 95

Arg Ile Ser Tyr Thr Val Glu Phe Ser Leu Pro Thr His His Thr Val

100 105 110

Arg Leu Ile Arg Val Thr Ala Ser Pro Ser Ala

115 120

<210> 40

<211> 156

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 40

atgttcaagt atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt 60

gtggtgtatc gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc 120

ccatttacag ttgatttaca acttgacgct atgtga 156

<210> 41

<211> 51

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 41

Met Phe Lys Tyr Val Gly Glu Met Leu Asp Arg Gly Leu Leu Leu Ala

1 5 10 15

Ile Ala Phe Phe Val Val Tyr Arg Ala Val Leu Phe Cys Cys Ala Arg

20 25 30

Gln Arg Gln Gln Gln Gln Gln Leu Pro Phe Thr Val Asp Leu Gln Leu

35 40 45

Asp Ala Met

50

<210> 42

<211> 222

<212> ДНК

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 42

atgggggcta tgcaaagcct ttttgacaaa attggccaac tttttgtgga tgctttcacg 60

gaatttttgg tgtccattgt tgatatcatc atatttttgg ccattttgtt tggcttcacc 120

atcgccggtt ggctggtggt cttttgcatc agattggttt gctccgcggt actccgtgcg 180

cgccctacca ttcaccctga gcaattacag aagatcctat ga 222

<210> 43

<211> 73

<212> Протеин

<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома

<400> 43

Met Gly Ala Met Gln Ser Leu Phe Asp Lys Ile Gly Gln Leu Phe Val

1 5 10 15

Asp Ala Phe Thr Glu Phe Leu Val Ser Ile Val Asp Ile Ile Ile Phe

20 25 30

Leu Ala Ile Leu Phe Gly Phe Thr Ile Ala Gly Trp Leu Val Val Phe

35 40 45

Cys Ile Arg Leu Val Cys Ser Ala Val Leu Arg Ala Arg Pro Thr Ile

50 55 60

His Pro Glu Gln Leu Gln Lys Ile Leu

65 70

Реферат

Изобретение относится к биотехнологии. Описана нуклеиновая кислота вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС)-CON для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, имеющая по меньшей мере 97% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 1. Также представлена вирусная частица, содержащая данную нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON. Кроме того, описана композиция, содержащая указанную нуклеиновую кислоту или вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Представлен способ вызова иммунного ответа к ВРРСС у свиней, включающий введение свинье эффективного количества указанной нуклеиновой кислоты, эффективного количества указанной вирусной частицы; или эффективного количества композиции. Изобретение расширяет арсенал средств лечения репродуктивно-респираторного синдрома свиней. 6 н. и 4 з.п. ф-лы, 5 ил., 4 табл., 6 пр.

Формула