Нетоксичные векторы на основе впг для применений в эффективной доставке генов и комплементирующие клетки для их продуцирования - RU2016101106A
Код документа: RU2016101106A
Формула
1. Вектор на основе вируса простого герпеса (ВПГ), который не экспрессирует токсичные гены ВПГ в некомплементирующих клетках и который содержит геном, включающий один или несколько трансгенов, причем вектор способен к экспрессии трансгена в течение по меньшей мере 28 дней в некомплементирующих клетках.
2. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором вектор способен к экспрессии трансгена в течение по меньшей мере 28 дней после инфицирования (dpi) в некомплементирующих культивируемых клетках кожных фибробластов человека (HDF).
3. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором трансген встроен в генную область ассоциированного с латентностью транскрипта (LAT) указанного генома, и в котором вектор не экспрессирует ICP0, ICP4, ICP22, ICP27 и ICP47 в качестве предранних генов.
4. ВПГ по п.1, в котором трансген встроен в локус ICP4 указанного генома, и в котором вектор не экспрессирует ICP0, ICP4, ICP22, ICP27 и ICP47 качестве предранних генов.
5. Вектор на основе ВПГ по любому из пп. 1-4, в котором трансген встроен в указанный геном в функциональной связи с инсуляторной последовательностью, и в котором вектор не экспрессирует ICP0, ICP4, ICP22, ICP27 и ICP47 качестве предранних генов.
6. Вектор на основе ВПГ по п.5, в котором инсуляторная последовательность представляет собой генетический элемент, который защищает от образования гетерохроматина.
7. Вектор на основе ВПГ по п.5, в котором инсуляторную последовательность выбирают из группы, состоящей из элементов CTRL1 и CTRL2 граничного хроматина ВПГ (CTRL/CTCF-связывающая/инсулятор), инсулятора гиперчувствительного сайта 4 (cHS4) курицы, повсеместно распространенного элемента открытого хроматина (UCOE) человека HNRPA2B1-CBX3 и области прикрепления каркаса/матрикса (S/MAR) из гена бета-интерферона человека (IFNB1).
8. Вектор на основе ВПГ по п.5, в котором трансген встроен в примерно 5 т.п.н. инсуляторной последовательности в указанном геноме.
9. Вектор по п.3, в котором один или более из локусов ICP0, ICP4, ICP22, ICP27 и ICP47 указанного генома содержит инактивирующую делецию.
10. Вектор по п.3, который содержит инактивирующие делеции по меньшей мере ICP0, ICP4 и ICP27 в указанном геноме.
11. Вектор по п.9 или 10, в котором по меньшей мере одна из указанных инактивирующих делеций представляет(ют) собой полное удаление кодирующей(их) последовательности(ей) в указанном локусе/локусах.
12. Вектор по п.3, в котором один или более из локусов ICP0, ICP4, ICP22, ICP27 и ICP47 экспрессируется в качестве раннего или позднего гена.
13. Вектор по п.12, в котором ICP22 экспрессируется в качестве раннего гена.
14. Вектор по п.13, в котором ICP22 в указанном геноме находится под контролем раннего промотора.
15. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором трансген фланкирован инсуляторными последовательностями в указанном геноме.
16. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором геном включает граничные элементы хроматина CTRL1 и CTRL2, и в котором трансген находится в примерно 4 т.п.н. обоих из указанных элементов CTRL1 и CTRL2.
17. Вектор по п.1, дополнительно включающий делецию одного или нескольких несущественных генов.
18. Вектор по п.1, в котором вектор не экспрессирует UL41.
19. Вектор по п.18, который содержит инактивирующую делецию UL41 в указанном геноме.
20. Вектор по п.1, который содержит делецию области внутренних повторов (joint) в указанном геноме.
21. Вектор по любому из пп.1-3, который содержит следующие генетические перестройки по сравнению к ВПГ дикого типа:
(а) инактивирующую делецию гена, кодирующего ICP0,
(b) инактивирующую делецию гена, кодирующего ICP4,
(с) делецию joint,
(d) ген, кодирующий ICP22, находится под контролем раннего промотора,
(e) инактивирующую делецию гена, кодирующего ICP27 и
(f) делецию промотора и инициирующего кодона гена, кодирующего ICP47.
22. Вектор по п.21, который дополнительно содержит инактивирующую делецию UL41.
23. Вектор по п.21, в котором геном содержит генную область LAT, включающую последовательности CTRL1 и CTRL2 и энхансерный элемент LATP2 или LAP2, и в котором первый трансген встроен в указанную генную область LAT между последовательностями CTRL1 и CTRL2.
24. Вектор по п.23, в котором указанный первый трансген встроен в указанную генную область LAT между элементами LATP2 и CTRL1.
25. Вектор по п.23, в котором указанный первый трансген встроен в указанную генную область LAT между элементами LATP2 и CTRL2.
26. Вектор по п.1, содержащий оболочку, которая включает мутантный гликопротеин, который усиливает инфекционность относительно гликопротеина дикого типа или который направляет проникновение ВПГ в клетки через неканонические рецепторы.
27. Вектор по п.1, в котором указанный геном включает ген, кодирующий мутантный гликопротеин, который усиливает инфекционности относительно гликопротеина дикого типа или который направляет проникновение ВПГ в клетки через неканонические рецепторы.
28. Вектор по п.26 или 27, в котором указанный гликопротеин представляет собой gB, gC, gD, gH, gK или их комбинации.
29. Вектор по п.1, в котором указанный геном содержит инактивирующую делецию в ICP4 и в котором трансген встроен в участок делеции ICP4.
30. Вектор по п.1, в котором указанный геном дополнительно содержит кассету экспрессии, встроенную в участок, отличный от генной области LAT или локуса ICP4.
31. Вектор по п.1, в котором трансген содержит конститутивный промотор млекопитающего.
32. Вектор по п.1, в котором трансген содержит клеточный или ткане-специфический промотор.
33. Вектор по п.1, в котором трансген является полицистронным.
34. Вектор по п.1, в котором трансген содержит один или более сайтов связывания микроРНК.
35. Вектор по п.1, в котором вектор включает множество трансгенных кассет в генной области LAT, каждая из которых содержит отдельный промотор и кодирующую область, и при этом каждая из которых является либо моно-, либо полицистронной.
36. Вектор по п.1, в котором один или более из указанных трансгенов кодирует Oct4, Klf4, Sox2, с-Мус, L-Myc, доминантно-негативный р53, Nanog, Glis1, Lin28, TFIID, GATA4, Nkx2.5, Tbx5, MEF2C, Myocd, Hand2, РВСН, Mesp1, SMARCD3, SERCA2a, Pax3, MyoD, Lhx2, FoxGl, FOXP2, Isl1, Ctip2, Tbr1, Ebf1, Gsx2, Srebp2, фактор VIII, фактор IX, дистрофин, CFTR, GlyRα1, энкефалин, изоформу GAD, нейротрофический фактор, Ascl1, Nurr1, Lm×1А, Brn2, Mytl1, NeuroD1, Foxa2, Hnf4a, Foxal, Foxa2 или Foxa3, микроРНК, комбинацию микроРНК, либо одну или более некодирующих РНК (нкРНК).
37. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором геном содержит одну или две консенсусные последовательности для рекомбиназного фермента.
38. Вектор на основе ВПГ по п.1, в котором геном содержит кассету бактериальной искусственной хромосомы (BAC), фланкированную консенсусными последовательностями для сайт-специфического рекомбиназного фермента.
39. Вектор на основе ВПГ по п.37 или 38, в котором консенсусная последовательность для сайт-специфического рекомбиназного фермента встроена в межгенную область.
40. Вектор на основе ВПГ, который представляет собой JΔΝΙ5 или JΔΝΙ8 с добавлением одной или нескольких трансгеных кассет экспрессии, встроенных в генную область ассоциированного с латентностью транскрипта (LAT), и в котором трансген mCherry в ICP4 замещен другой кодирующей последовательностью.
41. Вектор на основе ВПГ, который представляет собой JΔΝΙ5 или JΔΝΙ8 с добавлением одной или нескольких трансгеных кассет экспрессии, включая инсуляторную последовательность, которая встроена в участок, отличный от генной области ассоциированного с латентностью транскрипта (LAT), и в котором трансген mCherry в ICP4 замещен другой кодирующей последовательностью.
42. Комплементирующая клетка для продуцирования вектора по любому из пп. 1-41, в котором комплементирующая клетка представляет собой клетку U20S, которая содержит экспрессионную кассету ICP4, которая экспрессируется in trans, когда клетка инфицирована ВПГ.
43. Комплементирующая клетка по п.42, которая дополнительно содержит кассету экспрессии ICP27, которая индуцибельно экспрессируется in trans, когда клетка инфицирована ВПГ.
44. Комплементирующая клетка по п.42 или 43, в котором комплементирующая клетка экспрессирует ген, кодирующий сайт-специфической рекомбиназу.
45. Клональная популяция, включающая множество клеток по любому из пп. 42-44.
46. Способ размножения вектора любому из пп. 1-41, включающий трансфицирование популяции клеток по п.42 векторной ДНК, культивирование популяции до образования бляшек, размножение вируса путем повторяющегося переноса инфекционных частиц в возрастающе большую, свежую популяцию клеток по п.42 и, в конечном счете, очисту векторов от клеток при 90% цитопатическом эффекте.
47. Сток, содержащий по меньшей мере 107 БОЕ/мл векторов по любому из пп. 1-41.
48. Способ экспрессии трансгена, включающий инфицирование некомплементирующей клетки вектором на основе ВПГ по любому из пп. 1-41, так что один или более из указанных трансгенов в векторе экспрессируется в клетке.
49. Способ по п.48, в котором клетка находится in vivo.
50. Способ по п.49, в котором клетка представляет собой клетку печени, клетку легкого, эпителиадбную клетку, нервную клетку, клетку сердца, мышечную клетку, стволовую клетку или раковую клетку.
51. Способ по п.48, в котором клетка находится in vivo.
52. Способ по п.51, в котором один или более из указанных трансгенов кодирует один или более из Oct4, Klf4, Sox2, с-Мус, L-Myc, доминантно-негативного р53, Nanog, Glis1, Lin28, TFIID, Мир-302/367 или других микроРНК, причем в результате экспрессии трансгена клетка становится индуцированной плюрипотентной стволовой (iPS) клеткой.
53. Способ по п.51, в котором один или более из указанных трансгенов кодирует один или более факторов для трансдифференцировки клетки.
54. Способ по любому из пп. 48-53, в котором клетка представляет собой клетку человека.
55. Способ лечения заболевания или состояния у индивидуума, включающий введение вектора по любому из пп. 1-41 индивидууму в количестве и в участок, достаточном для инфицирования клеток у индивидуума, так что один или более из указанных трансгенов экспрессируется в клетках индивидуума, причем экспрессируемый трансген(ы) кодирует один или более профилактически или терапевтически активных белков, полипептидов или нкРНК.
56. Способ по п.55, в котором заболевание или состояние представляет собой рак, и экспрессируемый трансген(ы) кодирует средство, которое усиливает противоопухолевую киллерную активность.
57. Способ по п.55, в котором заболевание или состояние представляет собой мышечную дистрофию, сердечно-сосудистое заболевание, нейродегенеративное заболевание, хроническую боль, заболевание легких или гемофилию.
58. Способ по любому из пп. 55-57, в котором индивидуум представляет собой человека.
59. Композиция, содержащая вектор по любому из пп. 1-41 и фармацевтически приемлемый носитель.
