Вариант средства для rnai - RU2020114229A
Код документа: RU2020114229A
Формула
1. Средство для RNAi, содержащее первую нить и вторую нить, где
a) первая нить и вторая нить образуют дуплекс;
b) первая нить содержит направляющую область, при этом направляющая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты 5'-UGGCCGUCCAUCUUGGACCCG-3' (SEQ ID NO:1) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 1; или 5’-AGUCGGUGUGGUUGACAAGCA-3’ (SEQ ID NO:7) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 7; и
c) вторая нить содержит область, не являющуюся направляющей.
2. Средство для RNAi по п.1, где
(i) нуклеиновая направляющая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты 5'-UGGCCGUCCAUCUUGGACCCG-3' (SEQ ID NO:1) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 1; и область, не являющаяся направляющей, содержит последовательность 5'-CGGGUCCAAGAUGGACGGCCA-3' (SEQ ID NO:2) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 2; или
(ii) нуклеиновая направляющая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты 5'-AGUCGGUGUGGUUGACAAGCA-3' (SEQ ID NO:7) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 7; и область, не являющаяся направляющей, содержит последовательность 5'-UGCUUGUCAACCACACCGACU-3' (SEQ ID NO:8) или последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся приблизительно 90% идентичностью с SEQ ID NO: 8.
3. Средство для RNAi по п.1 или 2, где первая нить и вторая нить соединены посредством РНК-линкера, способного образовывать петлевую структуру, при этом необязательно:
(i) РНК-линкер содержит от 4 до 50 нуклеотидов; и/или
(ii) петлевая структура содержит от 4 до 20 нуклеотидов; и/или
(iii) средство для RNAi содержит в направлении от 5'- к 3'-концу вторую нить, РНК-линкер и первую нить; или
(iv) средство для RNAi содержит в направлении от 5'- к 3'-концу первую нить, РНК-линкер и вторую нить.
4. Средство для RNAi по п.3, где средство для RNAi содержит в направлении от 5'- к 3'-концу первую нить, РНК-линкер, и вторую нить, и где средство для RNAi содержит последовательность нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO:4 или SEQ ID NO:10 или нуклеотидную последовательность, на приблизительно 90% идентичную нуклеотидной последовательности под SEQ ID NO:4 или SEQ ID NO:10.
5. Средство для RNAi по любому из пп. 1-4, где средство для RNAi представляет собой малую ингибирующую РНК (siRNA), микроРНК (miRNA) или малую шпилечную РНК (shRNA).
6. Средство для RNAi по любому из пп. 1-5, где средство для RNAi нацелено на РНК, кодирующую полипептид, связанный с болезнью Хантингтона, при этом необязательно полипептид представляет собой хантингтин, и при этом необязательно хантингтин характеризуется мутацией, связанной с болезнью Хантингтона.
7. Экспрессионная конструкция, содержащая нуклеиновую кислоту, кодирующую средство для RNAi по любому из пп. 1-6.
8. Экспрессионная конструкция по п.7, где
(i) нуклеиновая кислота, кодирующая средство для RNAi, предусматривает каркас miRNA; и/или
(ii) нуклеиновая кислота, кодирующая средство для RNAi, функционально связана с промотором, при этом промотор необязательно выбран из немедленно-раннего промотора цитомегаловируса (CMV), LTR RSV, LTR MoMLV, промотора гена фосфоглицераткиназы-1 (PGK), промотора вируса обезьян 40 (SV40), промотора CK6, промотора гена транстиретина (TTR), промотора TK, тетрациклин-чувствительного промотора (TRE), промотора HBV, промотора hAAT, LSP-промотора, химерного специфического для печени промотора (LSP), промотора E2F, промотора гена теломеразы (hTERT); составного промотора энхансер цитомегаловируса/промотор гена бета-актина курицы/интрон гена β-глобина кролика (CAG), промотора фактора элонгации 1-альфа (EF1-альфа), промотора гена β-глюкуронидазы человека, промотора гена β-актина курицы (CBA), ретровирусного LTR-промотора вируса саркомы Рауса (RSV), промотора гена дигидрофолатредуктазы и промотора гена 13-актина; и/или
(ii) экспрессионная конструкция дополнительно содержит интрон, при этом интрон необязательно представляет собой химерный интрон, и при этом вектор экспрессии необязательно представляет собой самокомплементарный вектор, а интрон представляет собой химерный интрон дельта; и/или
(iii) экспрессионная конструкция дополнительно содержит сигнал полиаденилирования, при этом сигнал полиаденилирования необязательно представляет собой сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста, сигнал полиаденилирования SV40 или pA TK HSV.
9. Вектор, содержащий экспрессионную конструкцию по любому из пп. 7 или 8.
10. Вектор по п.9, где
(i) вектор представляет собой вектор на основе рекомбинантного аденовируса, и при этом вектор на основе рекомбинантного аденовируса необязательно получен из аденовируса серотипа 2, 1, 5, 6, 19, 3, 11, 7, 14, 16, 21, 12, 18, 31, 8, 9, 10, 13, 15, 17, 19, 20, 22, 23, 24-30, 37, 40, 41, AdHu2, AdHu3, AdHu4, AdHu24, AdHu26, AdHu34, AdHu35, AdHu36, AdHu37, AdHu41, AdHu48, AdHu49, AdHu50, AdC6, AdC7, AdC69, Ad крупного рогатого скота типа 3, Ad собачьих типа 2, Ad овцы или Ad свиньи типа 3; или
(ii) вектор представляет собой вектор на основе рекомбинантного лентивируса, при этом вектор на основе рекомбинантного лентивируса необязательно получен из лентивируса, псевдотипированного вирусом везикулярного стоматита (VSV), вирусом лимфоцитарного хориоменингита (LCMV), вирусом реки Росс (RRV), вирусом Эбола, вирусом Марбург, вирусом Мокола, вирусом бешенства, RD114 или их вариантами; или
(iii) вектор представляет собой вектор на основе рекомбинантного вируса простого герпеса (HSV), при этом вектор на основе rHSV необязательно получен из rHSV-1 или rHSV-2.
11. Вектор по п.9, где вектор представляет собой вектор на основе rAAV.
12. Вектор на основе rAAV по п.11, где экспрессионная конструкция фланкирована одной или несколькими последовательностями инвертированных концевых повторов (ITR) AAV, при этом необязательно
(i) экспрессионная конструкция фланкирована двумя ITR AAV; и/или
(ii) ITR AAV представляют собой ITR серотипа AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAVrh8, AAVrh8R, AAV9, AAV10, AAVrh10, AAV11, AAV12, AAV2R471A, AAV DJ, AAV козы, AAV крупного рогатого скота или AAV мыши, при этом необязательно ITR AAV представляют собой ITR AAV2.
13. Вектор на основе rAAV по п.11 или 12, где вектор дополнительно содержит спейсерную последовательность нуклеиновой кислоты, при этом спейсерная последовательность нуклеиновой кислоты расположена выше или ниже нуклеиновой кислоты, кодирующей средство для RNAi.
14. Вектор на основе rAAV по любому из пп. 11-13, где вектор представляет собой самокомплементарный вектор на основе rAAV, при этом вектор необязательно содержит первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую средство для RNAi, и вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую последовательность, комплементарную последовательности средства для RNAi, при этом первая последовательность нуклеиновой кислоты может образовывать внутринитевые пары оснований со второй последовательностью нуклеиновой кислоты на протяжении большей части или всей ее длины, и при этом необязательно первая последовательность нуклеиновой кислоты и вторая последовательность нуклеиновой кислоты соединены мутантным ITR AAV, при этом мутантный ITR AAV характеризуется делецией D-области и характеризуется мутацией последовательности концевого разрешения.
15. Клетка, содержащая вектор по п.9 или 10 или вектор на основе rAAV по любому из пп. 11-14.
16. Вирусная частица, содержащая вектор по п.9, где
(i) вирусная частица представляет собой частицу AAV с заключенным в капсид вектором на основе rAAV, при этом аденовирусная частица необязательно содержит капсид от аденовируса серотипа 2, 1, 5, 6, 19, 3, 11, 7, 14, 16, 21, 12, 18, 31, 8, 9, 10, 13, 15, 17, 19, 20, 22, 23, 24-30, 37, 40, 41, AdHu2, AdHu3, AdHu4, AdHu24, AdHu26, AdHu34, AdHu35, AdHu36, AdHu37, AdHu41, AdHu48, AdHu49, AdHu50, AdC6, AdC7, AdC69, Ad крупного рогатого скота типа 3, Ad собачьих типа 2, Ad овцы или Ad свиньи типа 3; или
(ii) вирусная частица представляет собой аденовирусную частицу с заключенным в капсид вектором на основе рекомбинантного аденовируса, при этом аденовирусная частица необязательно содержит капсид аденовируса серотипа 2 или капсид варианта аденовируса серотипа 5; или
(iii) вирусная частица представляет собой лентивирусную частицу с заключенным в капсид вектором на основе рекомбинантного лентивируса, при этом лентивирусная частица необязательно содержит капсид, псевдотипированный вирусом везикулярного стоматита (VSV), вирусом лимфоцитарного хориоменингита (LCMV), вирусом реки Росс (RRV), вирусом Эбола, вирусом Марбург, вирусом Мокола, вирусом бешенства, RD114 или их вариантами; или
(iv) вирусная частица представляет собой частицу HSV с заключенным в капсид вектором на основе рекомбинантного HSV, при этом частица HSV необязательно представляет собой частицу rHSV-1 или частицу rHSV-2.
17. Рекомбинантная частица AAV, содержащая вектор на основе rAAV по любому из пп. 11-14, где необязательно
(i) вирусная частица AAV содержит капсид серотипа AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAVrh8, AAVrh8R, AAV9, AAV10, AAVrh10, AAV11, AAV12, AAV2R471A, AAV2/2-7m8, AAV DJ, AAV2 N587A, AAV2 E548A, AAV2 N708A, AAV V708K, AAV2-HBKO, AAVDJ8, AAVPHP.B, AAVPHP.eB, AAVBR1, AAVHSC15, AAVHSC17, AAV козы, химерного AAV1/AAV2, AAV крупного рогатого скота или капсид AAV мыши, rAAV2/HBoV1; и/или
(ii) ITR и капсид вирусной частицы rAAV получены из одного и того же серотипа AAV; или
(iii) ITR и капсид вирусной частицы rAAV получены из разных серотипов AAV, при этом необязательно ITR получен из AAV2, а капсид частицы rAAV получен из AAV1.
18. Композиция, содержащая вирусную частицу по п.16 или частицу rAAV по п.17, где необязательно композиция дополнительно содержит фармацевтически приемлемый носитель.
19. Набор, содержащий средство для RNAi по любому из пп. 1-6, вирусную частицу по п.16, частицу AAV по п.17 или композицию по п.18, где необязательно набор дополнительно содержит инструкции по применению.
20. Способ лечения болезни Хантингтона у млекопитающего, включающий введение млекопитающему средства для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусной частицы по п.16, частицы AAV по п.17 или композиции по п.18.
21. Средство для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусная частица по п.16, частица AAV по п.17 или композиция по п.18 для лечения болезни Хантингтона у млекопитающего.
22. Применение средства для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусной частицы по п.16, частицы AAV по п.17 или композиции по п.18 в получении лекарственного средства для лечения болезни Хантингтона у млекопитающего.
23. Способ подавления экспрессии htt или подавления накопления htt в клетке у млекопитающего с болезнью Хантингтона, включающий введение млекопитающему средства для RNAi по любому из пп. средства для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусной частицы по п.16, частицы AAV по п.17 или композиции по п.18.
24. Средство для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусная частица по п.16, частица AAV по п.17 или композиция по п.18 для подавления экспрессии htt или подавления накопления htt в клетке у млекопитающего с болезнью Хантингтона.
25. Применение средства для RNAi по любому из пп. 2-6, вирусной частицы по п.16, частицы AAV по п.17 или композиции по п.18 в получении лекарственного препарата для подавления экспрессии htt или подавления накопления htt в клетке у млекопитающего с болезнью Хантингтона.
