Нуклеиновая кислота, содержащая или кодирующая гистоновую структуру типа "стебель-петля" и поли(a)-последовательность или сигнал полиаденилирования, для увеличения экспрессии кодируемого опухолевого антигена - RU2018107990A
Код документа: RU2018107990A
Формула
1. Последовательность нуклеиновых кислот, содержащая или кодирующая
a) кодирующую область, кодирующую по меньшей мере один пептид или белок;
b) по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» и
c) поли(A)-последовательность или сигнал полиаденилирования;
где указанный пептид или белок содержит опухолевый антиген, фрагмент, вариант или производное указанного опухолевого антигена.
2. Последовательность нуклеиновых кислот по п. 1, где опухолевый антиген представляет собой меланоцит-специфический антиген, антиген рака яичка или опухолевый специфический антиген, предпочтительно антиген CT-X, антиген non-CT-X, партнер по связыванию для антигена CT-X или партнер по связыванию для антигена non-CT-X или опухолевый специфический антиген, более предпочтительно, антиген CT-X, партнер по связыванию для антигена non-CT-X или опухолевый специфический антиген или фрагмент, вариант или производное указанного опухолевого антигена.
3. Последовательность нуклеиновых кислот по п. 1 или 2, где опухолевый антиген выбирается из перечня:
5T4, 707-AP, 9D7, AFP, AlbZIP HPG1, альфа-5-бета-1-интегрин, альфа-5-бета-6-интегрин, альфа-актинин-4/m, альфа-метилацилкоэнзим-A-рацемаза, ART-4, ARTC1/m, B7H4, BAGE-1, BCL-2, bcr/abl, бета-катенин/m, BING-4, BRCA1/m, BRCA2/m, СA 15-3/СA 27-29, СA 19-9, CA72-4, CA125, калретикулин, CAMEL, CASP-8/m, катепсин B, катепсин L, CD19, CD20, CD22, CD25, CDE30, CD33, CD4, CD52, CD55, CD56, CD80, CDC27/m, CDK4/m, CDKN2A/m, CEA, CLCA2, CML28, CML66, COA-1/m, коактозин-подобный белок, коллаж XXIII, COX-2, СT-9/BRD6, Cten, циклин B1, циклин D1, cyp-B, CYPB1, DAM-10, DAM-6, DEK-CAN, EFTUD2/m, EGFR, ELF2/m, EMMPRIN, EpCam, EphA2, EphA3, ErbB3, ETV6-AML1, EZH2, FGF-5, FN, Frau-1, G250, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE7b, GAGE-8, GDEP, GnT-V, gp100, GPC3, GPNMB/m, HAGE, HAST-2, гепсин, Her2/neu, HERV-K-MEL, HLA-A*0201-R17I, HLA-A11/m, HLA-A2/m, HNE, гомеобокс NKX3.1, HOM-TES-14/SCP-1, HOM-TES-85, HPV-E6, HPV-E7, HSP70-2M, HST-2, hTERT, iCE, IGF-1R, IL-13Ra2, IL-2R, IL-5, незрелый ламининовый рецептор, калликреин-2, калликреина-4, Ki67, KIAA0205, KIAA0205/m, KK-LC-1, K-Ras/m, LAGE-A1, LDLR-FUT, MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A12, MAGE-B1, MAGE-B2, MAGE-B3, MAGE-B4, MAGE-B5, MAGE-B6, MAGE-B10, MAGE-B16, MAGE-B17, MAGE-C1, MAGE-C2, MAGE-C3, MAGE-D1, MAGE-D2, MAGE-D4, MAGE-E1, MAGE-E2, MAGE-F1, MAGE-H1, MAGEL2, маммаглобин A, MART-1/мелан-A, MART-2, MART-2/м, белок матриксa 22, MC1R, M-CSF, ME1/m, мезотелин, MG50/PXDN, MMP11, MN/СА IX-антиген, MRP-3, MUC-1, MUC-2, MUM-1/m, MUM-2/m, MUM-3/m, миозин класса I/m, NA88-A, N-ацетилглюкозаминилтрансфераза-V, Neo-PAP, Nео-PAP/m, NFYC/m, NGEP, NMP22, NPM/ALK, N-Ras/m, NSE, NY-ESO-B, NY-ESO-1, OA1, OFA-iLRP, OGT, OGT/m, OS-9, OS-9/m, остеокальцин, остеопонтин, р15, p190 минорный bcr-abl, p53, р53/m, PAGE-4, PAI-1, PAI-2, PAP, PART-1, PATE, PDEF, Pim-1-киназа, Pin-1, Pml/PARaльфа, POTE, PRAME, PRDX5/m, простеин, протеиназа-3, PSA, PSCA, PSGR, PSM, PSMA, PTPRK/m, RAGE-1, RBAF600/m, RHAMM/CD168, RU1, RU2, S-100, SAGE, SART-1, SART-2, SART-3, SCC, SIRT2/m, Sp17, SSX-1, SSX-2/HOM-MEL-40, SSX-4, STAMP-1, STEAP-1, сурвивин, сурвивин-2B, SYT-SSX-1, SYT-SSX-2, ТА-90, TAG-72, TARP, ТEL-AML1, TGFбета, TGFбетаRII, TGM-4, TPI/m, TRAG-3, TRG, TRP-1, TRP-2/6b, TRP/INT2, TRP-p8, тирозиназа, UPA, VEGFR1, VEGFR-2/FLK-1 и WT1 и иммуноглобулиновый идиотип лимфоидных клеток крови, или идиотип Т-клеточного рецептора лимфоидных клеток крови, или фрагмент, вариант или производное указанного опухолевого антигена; предпочтительно сурвивин или его гомолог, антиген из MAGE-семейства или его партнер по связыванию или фрагмент, вариант или производное указанного опухолевого антигена.
4. Нуклеиновая кислота по пп. 1-3, где по меньшей мере одна гистоновая структура типа «стебель-петля» является гетерологичной для кодирующей области, кодирующей по меньшей мере один пептид и белок, предпочтительно, где кодирующая область не кодирует гистоновый белок или его фрагмент, производное или вариант, обладающий гистоновой или гистоно-подобной функцией.
5. Нуклеиновая кислота по п. 1 или 4, где пептид или белок, кодируемый кодирующей областью, включает опухолевый антигенный белок или его фрагмент, вариант или производное; фрагмент, вариант или производное опухолевого антигенного белка, сохраняющий, по меньшей мере, 50% биологической активности опухолевого антигенного белка.
6. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-5, где ее кодирующая область не кодирует репортерный белок или маркерный или селективный белок.
7. Последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-6, где нуклеиновая кислота представляет собой РНК, предпочтительно мРНК.
8. Последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-7, где, по меньшей мере, одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» выбирают из следующей формулы (I) или (II):
формула (I) (последовательность типа «стебель-петля» без ограничивающих элементов стебля):
формула (II) (последовательность типа «стебель-петля» с ограничивающими элементами стебля):
где stem1- или stem2- ограничивающие элементы N1-6 представляют собой консекутивную последовательность от 1 до 6, предпочтительно от 2 до 6, более предпочтительно от 2 до 5, еще более предпочтительно, от 3 до 5, наиболее предпочтительно, от 4 до 5 или 5 N, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого;
stem1 [N0-2GN3-5] является обратно комплементарной или частично обратно комплементарной элементу stem2, и представляет собой консекутивную последовательность длиной от 5 до 7 нуклеотидов;
где N0-2 представляет собой консекутивную последовательность длиной от 0 до 2 нуклеотидов, предпочтительно от 0 до 1, более предпочтительно, 1N, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого;
где N3-5представляет собой консекутивную последовательность длиной от 3 до 5, предпочтительно от 4 до 5, более предпочтительно, 4N, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого; и
где G представляет собой гуанозин или его аналог, и может быть дополнительно заменен цитидином или его аналогом, при условии, что его комплементарный нуклеотид цитидин в stem2 заменяется гуанозином;
последовательность петли [N0-4(U/T)N0-4] расположена между элементами stem1 и stem2 и представляет собой консекутивную последовательность длиной от 3 до 5 нуклеотидов, более предпочтительно, 4 нуклеотида;
где каждый N0-4является независимо от другого консекутивной последовательностью длиной от 0 до 4, предпочтительно от 1 до 3, более предпочтительно от 1 до 2 нуклеотидов, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого; и
где U/T представляет уридин, или, необязательно, тимидин;
stem2[N3-5СN0-2] представляет собой обратно комплементарную или частично обратно комплементарную с элементом stem1, и представляет собой консекутивную последовательность длиной от 5 до 7 нуклеотидов;
где N3-5представляет собой консекутивную последовательность длиной от 3 до 5, предпочтительно от 4 до 5, более предпочтительно, 4N, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого;
где N0-2 представляет собой консекутивную последовательность длиной от 0 до 2 нуклеотидов, предпочтительно от 0 до 1, более предпочтительно, 1N, где каждый N является независимо от другого выбранным из нуклеотида, выбранного из A, U, T, G и С или нуклеотидного аналога этого; и
где С представляет собой цитидин или его аналог, и дополнительно может быть заменен гуанозином или его аналогом, при условии, что его комплементарный нуклеотид гуанозин в stem1 заменяется цитидином;
где stem1 и stem2 способны образовывать пары оснований друг с другом,
образуя обратно комплементарную последовательность, где образование пар оснований может происходить между stem1 и stem2, или
образуя частично комплементарную последовательность, где образование неполных пар оснований может происходить между сегментом stem1 и stem2.
9. Нуклеиновая кислота по п. 8, где по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» выбирают из по меньшей мере одной из следующих формул (Iа) или (IIa):
формула (Ia) (последовательность структуры типа «стебель-петля» без ограничащих элементов стебля)
формула (IIa) (последовательность типа «стебель-петля» с ограничивающими элементами стебля)
10. Последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-9, где поли(A)-последовательность включает последовательность от примерно 25 до примерно 400 нуклеотидов аденозина, предпочтительно, последовательность от примерно 50 до примерно 400 нуклеотидов аденозина, более предпочтительно, последовательность от примерно 50 до примерно 300 нуклеотидов аденозина, даже более предпочтительно, последовательность от примерно 50 до примерно 250 нуклеотидов аденозина, наиболее предпочтительно, последовательность от примерно 60 до примерно 250 нуклеотидов аденозина.
11. Последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-10, где сигнал полиаденилирования включает консенсусную последовательность NN(U/T)ANA, предпочтительно AA(U/T)ААА или А(U/Т)(U/T)ААА.
12. Последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-11, где последовательность нуклеиновых кислот является модифицированной нуклеиновой кислотой, в частности, стабилизированной нуклеиновой кислотой.
13. Последовательность нуклеиновых кислот по п. 12, где G/C-состав кодирующей области, кодирующей по меньшей мере один пептид или белок указанной модифицированной нуклеиновой кислоты увеличен по сравнению с G/C-составом кодирующей области нуклеиновой кислоты дикого типа, причем кодируемая аминокислотная последовательность указанной модифицированной нуклеиновой кислоты, предпочтительно, не модифицирована по сравнению с кодируемой аминокислотной последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа.
14. Композиция, содержащая по меньшей мере один тип последовательностей нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13.
15. Композиция по п. 14, где композиция содержит по меньшей мере два типа последовательностей нуклеиновых кислот, где каждый тип последовательности нуклеиновых кислот кодирует различный пептид и белок, предпочтительно, различный опухолевый антиген.
16. Композиция по п. 14 или 15, в которой один тип содержащихся последовательностей нуклеиновых кислот кодирует PSА, PSМА, PSCA, STEAP-1, NY-ESO-1, 5T4, сурвивин, MAGE-C1 или MAGE-C2.
17. Композиция по любому из пп. 14-16, где последовательность нуклеиновых кислот не кодирует NY-ES01, при условии, что композиция содержит только один тип последовательности нуклеиновых кислот.
18. Набор или набор частей, содержащие по меньшей мере предпочтительно, множество или более чем одну из последовательностей нуклеиновых кислот, каждая по любому из пп. 1-13.
19. Композиция или набор или набор частей по любому из пп. 14-18, содержащие по меньшей мере:
a) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержит опухолевый антиген PSA или его фрагмент, вариант или производное; и
b) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержит опухолевый антиген PSМА или его фрагмент, вариант или производное; и
c) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержит опухолевый антиген PSCA или его фрагмент, вариант или производное; и
d) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержит опухолевый антиген STEAP-1 или его фрагмент, вариант или производное.
20. Композиция или набор или набор частей по любому из пп. 14-18, содержащая, по меньшей мере:
a) последовательность нуклеиновых кислот, содержащую или кодирующую
i. кодирующую область, кодирующую по меньшей мере один пептид или белок которые содержат опухолевый антиген NY-ESO-1 или его фрагмент, вариант или производное,
ii. по меньшей мере, одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» и
iii. поли(A)-последовательность или сигнал полиаденилирования;
b) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп. 1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержат опухолевый антиген 5T4 или его фрагмент, вариант или производное; и
c) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп.1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержат опухолевый антиген сурвивин или его фрагмент, вариант или производное.
21. Композиция или набор или набор частей по любому из пп. 11-17, дополнительно содержащие по меньшей мере:
a) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп.1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержат опухолевый антиген MAGE-C1 или его фрагмент, вариант или производное; и
b) последовательность нуклеиновых кислот по любому из пп.1-13, где указанный кодируемый пептид или белок содержат опухолевый антиген MAGE-C2 или его фрагмент, вариант или производное.
22. Последовательность нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13 или композиция или набор или набор частей, как определено по любому из пп. 14-21, для применения в качестве лекарственного средства.
23. Последовательность нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13, или композиция или набор или набор частей, как определено по любому из пп. 14-21, для применения при лечении онкологических или опухолевых заболеваний.
24. Фармацевтическая композиция, содержащая последовательность нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13, или композицию, как определено по любому из пп. 14-21, и необязательно фармацевтически приемлемый носитель.
25. Применение последовательности нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13, или композиции, как определено по любому из пп. 14-21, для увеличения экспрессии указанного кодируемого пептида или белка.
26. Применение последовательности нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13, или композиции, как определено по любому из пп. 14-21, для увеличения экспрессии указанного кодируемого пептида или белка при лечении онкологических или опухолевых заболеваний.
27. Способ увеличения экспрессии кодируемого пептида или белка, включающий стадии:
а) обеспечение последовательности нуклеиновых кислот, как определено по любому из пп. 1-13, или композиции, как определено по любому из пп. 14-21,
b) применение или введение последовательности нуклеиновых кислот или композиции к бесклеточный системе экспрессии, клетке, ткани или организму.
