Модифицированные посттранскрипционные регуляторные элементы вирусов гепатита - RU2017126975A
Код документа: RU2017126975A
Формула
1. Полинуклеотид, содержащий:
нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный белок;
модифицированный посттранскрипционный регуляторный элемент (PRE), функционально связанный с указанной нуклеиновой кислотой, где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X вируса гепатита дикого типа, где указанный вариант гена X содержит стоп-кодон, не присутствующий в гене X дикого типа.
2. Полинуклеотид по п. 1, где стоп-кодон содержит по меньшей мере один стоп-кодон, выбранный из:
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 36 или 24 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа; и/или
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 36 или 24 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения, соответствующего остатку 411 последовательности посттранскрипционного регуляторного элемента WHV (WPRE), приведенной в SEQ ID NO:1, и/или остатку 1503 последовательности WHV, приведенной в качестве SEQ ID NO:2.
3. Полинуклеотид по п. 1 или 2, где указанный вариант гена X не содержит открытой рамки считывания длиной, большей или приблизительно равной 39 нуклеотидам, или длиной, большей или приблизительно равной 27 нуклеотидам.
4. Полинуклеотид, содержащий модифицированный посттранскрипционный регуляторный элемент (PRE), где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X вируса гепатита дикого типа, где указанный вариант гена X содержит стоп-кодон не присутствующий в гене X дикого типа, где стоп-кодон содержит по меньшей мере один стоп-кодон, выбранный из:
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 32 или 30 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа; и/или
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 32 или 30 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего остатку 411 последовательности посттранскрипционного регуляторного элемента WHV (WPRE), приведенной в SEQ ID NO:1, и/или остатку 1503 последовательности WHV, приведенной в качестве SEQ ID NO:2.
5. Полинуклеотид по п. 4, где указанный вариант гена X содержит открытую рамку считывания длиной, меньшей или равной 33 нуклеотидам.
6. Полинуклеотид по любому из пп. 1-5, где указанный стоп-кодон содержит множество стоп-кодонов.
7. Полинуклеотид по п. 6, где указанное множество стоп-кодонов содержит по меньшей мере один стоп-кодон в каждой рамке считывания, присутствующей в указанном варианте гена X, и/или содержит по меньшей мере два стоп-кодона в одной рамке считывания.
8. Полинуклеотид, содержащий модифицированный посттранскрипционный регуляторный элемент (PRE), где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X вируса гепатита дикого типа, где указанный вариант гена X содержит множество стоп-кодонов не присутствующих в гене X дикого типа.
9. Полинуклеотид по п. 8, где множество стоп-кодонов содержит по меньшей мере один стоп-кодон, выбранный из:
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 36, 30 или 24 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа; и/или
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах 36, 30 или 24 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего остатку 411 последовательности посттранскрипционного регуляторного элемента WHV (WPRE), приведенной в SEQ ID NO:1, и/или остатку 1503 последовательности WHV, приведенной в качестве SEQ ID NO:2.
10. Полинуклеотид по п. 9, где указанный вариант гена X не содержит открытой рамки считывания длиной, большей или приблизительно равной 39 нуклеотидам, длиной, большей или приблизительно равной 33 нуклеотидам, или длиной, большей или приблизительно равной 27 нуклеотидам.
11. Полинуклеотид по любому из пп. 8-10, где вариант гена X содержит по меньшей мере 2 стоп-кодона, по меньшей мере 3 стоп-кодона или по меньшей мере 4 стоп-кодона.
12. Полинуклеотид по любому из пп. 8-11, где вариант гена X содержит стоп-кодон в каждой рамке считывания, присутствующей в указанном варианте гена X.
13. Полинуклеотид по любому из пп. 4-12, дополнительно содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный белок, функционально связанный с модифицированным PRE.
14. Полинуклеотид по любому из пп. 1-13, где стоп-кодон содержит по меньшей мере один стоп-кодон, выбранный из:
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах или в пределах по меньшей мере 9, 12, 15 или 18 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X; и/или
стоп-кодона, начинающегося в положении в пределах или в пределах по меньшей мере 9, 12, 15 или 18 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего остатку 411 последовательности посттранскрипционного регуляторного элемента WHV (WPRE), приведенной в SEQ ID NO:1, и/или остатку 1503 последовательности WHV, приведенной в качестве SEQ ID NO:2.
15. Полинуклеотид по п. 14, где указанный вариант гена X не содержит открытой рамки считывания длиной, большей или приблизительно равной 21 нуклеотиду, длиной, большей или приблизительно равной 18 нуклеотидам, длиной, большей или приблизительно равной 15 нуклеотидам, или длиной, большей или приблизительно равной 12 нуклеотидам.
16. Полинуклеотид по любому из пп. 1-15, где:
модифицированный PRE содержит шпильку субэлемента бета, соответствующую остаткам нуклеотидов 448-470 SEQ ID NO:1; и/или
модифицированный PRE не содержит замен нуклеотидов в положениях в пределах шпильки субэлемента бета, соответствующих нуклеотидам 448-470 SEQ ID NO:1; и/или
указанный стоп-кодон или стоп-кодоны не содержат нуклеотидов в положениях в пределах шпильки субэлемента бета, соответствующих нуклеотидам 448-470 SEQ ID NO:1.
17. Полинуклеотид по любому из пп. 1-16, где указанный стоп-кодон выбран из стоп-кодонов амбер (CAT), охра (TAA) или опал (TGA).
18. Полинуклеотид по любому из пп. 1-17, где указанный стоп-кодон внесен посредством замены, делеции или вставки нуклеотидов.
19. Полинуклеотид по любому из пп. 1-18, где указанный стоп-кодон выбран из:
стоп-кодона, начинающегося в положении 9 в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа и/или в положении нуклеотида, соответствующем положению 420 в последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1;
стоп-кодона, начинающегося в положении 13 в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа и/или в положении нуклеотида, соответствующем положению 424 в последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1;
стоп-кодона, начинающегося в положении 17 в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа и/или в положении нуклеотида, соответствующем положению 428 в последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1;
стоп-кодона, начинающегося в положении 21 в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X дикого типа и/или в положении нуклеотида, соответствующем положению 432 в последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1.
20. Полинуклеотид по любому из пп. 17-19, где указанный стоп-кодон представляет собой стоп-кодон амбер (CAT) или опал (TGA).
21. Полинуклеотид по любому из пп. 1-20, где модифицированный PRE содержит вариант гена X, содержащий SEQ ID NO:28.
22. Полинуклеотид по любому из пп. 1-21, где:
указанная длина варианта гена X составляет не более 180 нуклеотидов, или длина составляет не более или составляет приблизительно 210 нуклеотидов; и/или
указанная длина варианта гена X составляет по меньшей мере или приблизительно 90 нуклеотидов, или длина составляет по меньшей мере приблизительно 120 нуклеотидов, или длина составляет по меньшей мере или приблизительно 180 нуклеотидов.
23. Полинуклеотид по любому из пп. 1-22, где вариант гена X дополнительно содержит последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, не присутствующий в гене X вируса гепатита дикого типа.
24. Полинуклеотид, содержащий модифицированный посттранскрипционный регуляторный элемент (PRE), где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X вируса гепатита дикого типа, где указанный вариант гена X содержит последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, не присутствующий в гене X вируса гепатита дикого типа.
25. Полинуклеотид по п. 23 или 24, где указанный сигнал посттрансляционной модификации содержит участок убиквитинилирования.
26. Полинуклеотид по п. 23 или 24, где указанный сигнал посттрансляционной модификации содержит
первый кодон, начинающийся в положении в пределах или в пределах по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X, где первый кодон кодирует остаток глицина, аргинина, глутаминовой кислоты, фенилаланина, аспартата, цистеина, лизина, аспарагина, серина, тирозина, триптофана, гистидина или лейцина в соответствии с правилом N-конца; и необязательно
второй кодон, начинающийся в положении в пределах или в пределах по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 нуклеотидов в направлении 3'-конца от положения в варианте гена X, соответствующего положению на 5'-конце старт-кодона открытой рамки считывания белка X, где второй кодон кодирует остаток глутаминовой кислоты или аспарагина в соответствии с правилом N-конца.
27. Полинуклеотид по п. 23 или 24, где указанный сигнал посттрансляционной модификации содержит одну или несколько последовательностей PEST.
28. Полинуклеотид по любому из пп. 24-27, дополнительно содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный белок, функционально связанный с модифицированным PRE.
29. Полинуклеотид по любому из пп. 24-28, где:
указанный вариант гена X, содержащий последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, содержит шпильку субэлемента бета, соответствующую остаткам нуклеотидов 448-470 SEQ ID NO:1; и/или
указанный вариант гена X, содержащий последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, не содержит замен нуклеотидов в положениях в пределах шпильки субэлемента бета, соответствующих нуклеотидам 448-470 SEQ ID NO:1.
30. Полинуклеотид по любому из пп. 24-29, где:
указанная длина варианта гена X составляет не более 180 нуклеотидов, или длина составляет не более или составляет приблизительно 210 нуклеотидов; и/или
указанная длина варианта гена X составляет по меньшей мере или приблизительно 90 нуклеотидов, или длина составляет по меньшей мере приблизительно 120 нуклеотидов, или длина составляет по меньшей мере или приблизительно 180 нуклеотидов.
31. Полинуклеотид по любому из пп. 1-30, где указанный вариант гена X представляет собой вариант гена X вируса гепатита млекопитающих дикого типа.
32. Полинуклеотид по п. 31, где указанный ген X вируса гепатита млекопитающих дикого типа представляет собой ген X вируса гепатита сурков (WHV) дикого типа.
33. Полинуклеотид по п. 32, где ген X WHV дикого типа содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в качестве нуклеотидов 411-592 любой из SEQ ID NO: 1 и 12-20.
34. Полинуклеотид по п. 32 или 33, где указанный ген X WHV дикого типа содержит последовательность нуклеотидов SEQ ID NO:9.
35. Полинуклеотид по любому из пп. 1-34, где указанный модифицированный PRE содержит по меньшей мере два или по меньшей мере три цис-действующих посттранскрипционных регуляторных субэлемента PRE вируса гепатита дикого типа или их функциональный вариант(ы).
36. Полинуклеотид по п. 35, где указанные по меньшей мере два или по меньшей мере три субэлемента содержат субэлемент альфа PRE дикого типа или его функциональный вариант, функциональный вариант субэлемента бета PRE дикого типа и/или субэлемент гамма PRE дикого типа или его функциональный вариант.
37. Полинуклеотид по любому из пп. 1-36, где указанный модифицированный PRE содержит субэлемент альфа PRE вируса гепатита дикого типа или его функциональный вариант и функциональный вариант субэлемента бета PRE дикого типа.
38. Полинуклеотид по п. 36 или 37, где указанный субэлемент альфа содержит последовательность SEQ ID NO:3 или ее вариант, где указанный субэлемент бета содержит вариант последовательности SEQ ID NO:6, и/или указанная субъединица гамма содержит последовательность SEQ ID NO:8 или ее вариант.
39. Полинуклеотид по любому из пп. 1-38, где модифицированный PRE содержит модификации нуклеотидов по сравнению с PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированного PRE вируса гепатита, который представляет собой PRE вируса гепатита млекопитающих.
40. Полинуклеотид по п. 39, где указанный PRE вируса гепатита млекопитающих дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита млекопитающих содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 1 и 12-27.
41. Полинуклеотид по п. 39 или 40, где указанный PRE дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита млекопитающих представляет собой PRE вируса гепатита сурков дикого типа (WPRE).
42. Полинуклеотид по любому из пп. 39-41, где PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита содержит: a) последовательность нуклеотидов, приведенная в SEQ ID NO:1, или последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 94, 95, 96, 97, 98 или 99% идентична с последовательностью SEQ ID NO:1; или
b) часть последовательности нуклеотидов a), где эта часть проявляет посттранскрипционную активность.
43. Полинуклеотид по любому из пп. 39-42, где указанный PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 1 и 12-20.
44. Полинуклеотид по любому из пп. 39-43, где указанный PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита содержит последовательность нуклеотидов SEQ ID NO:1.
45. Полинуклеотид по любому из пп. 39-42, где PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита содержит:
a) последовательность нуклеотидов, приведенную в SEQ ID NO:125, или последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 94, 95, 96, 97, 98 или 99% идентична с последовательностью SEQ ID NO:125; или
b) часть последовательности нуклеотидов a), где эта часть проявляет посттранскрипционную активность.
46. Полинуклеотид по п. 45, где указанный PRE вируса гепатита дикого типа или немодифицированный PRE вируса гепатита содержит последовательность нуклеотидов SEQ ID NO:125.
47. Полинуклеотид по любому из пп. 1-46, где указанный вариант гена X содержит старт-кодон, начинающийся в положении, соответствующем положению 411 SEQ ID NO:1.
48. Полинуклеотид по п. 47, где указанный старт-кодон представляет собой старт-кодон ATG.
49. Полинуклеотид по любому из пп. 1-48, где вариант гена X дополнительно содержит промотор, функционально связанный с указанным вариантом гена X.
50. Полинуклеотид по п. 49, где указанный промотор представляет собой промотор гена X дикого типа, содержащий последовательность, приведенную в SEQ ID NO:11, или последовательность промотора гена X WHV дикого типа.
51. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-50, где модифицированный PRE выбран из:
a) модифицированного PRE, содержащего последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 85% идентична с последовательностью SEQ ID NO:1, где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X, содержащий по меньшей мере один стоп-кодон, не присутствующий в SEQ ID NO:1; и
b) модифицированного PRE, содержащего часть последовательности нуклеотидов a), где указанная часть содержит вариант гена X, содержащий по меньшей мере один стоп-кодон, где эта часть проявляет посттранскрипционную активность.
52. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-51, где модифицированный PRE выбран из:
a) модифицированного PRE, содержащего последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 85% идентична с последовательностью SEQ ID NO:125, где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X, содержащий по меньшей мере один стоп-кодон, не присутствующий в SEQ ID NO:125; и
b) модифицированного PRE, содержащего часть последовательности нуклеотидов a), где указанная часть содержит вариант гена X, содержащий по меньшей мере один стоп-кодон, где эта часть проявляет посттранскрипционную активность.
53. Полинуклеотид по п. 51 или 52, где вариант гена X содержит по меньшей мере 2 стоп-кодона, по меньшей мере 3 стоп-кодона или по меньшей мере 4 стоп-кодона.
54. Полинуклеотид по любому из пп. 51-53, где вариант гена X содержит стоп-кодон в каждой рамке считывания, присутствующей в указанном варианте гена X.
55. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-54, где вариант гена X содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 44-58, и/или модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO:29-43.
56. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-54, где вариант гена X содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 141-155, и/или модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO:126-140.
57. Полинуклеотид по любому из пп. 1-21 и 31-56, где модифицированный PRE в дополнение по меньшей мере к одному стоп-кодону, не присутствующему в PRE дикого типа, не содержит никаких модификаций.
58. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-56, где модифицированный PRE содержит в дополнение по меньшей мере к одному стоп-кодону, не присутствующему в PRE дикого типа, дополнительные модификации.
59. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-58, где указанный вариант гена X дополнительно содержит вариант старт-кодона, содержащий один или несколько отличающихся нуклеотидов по сравнению со старт-кодоном гена X вируса гепатита дикого типа и/или по сравнению со старт-кодоном, соответствующим положениям нуклеотидов 411-413 SEQ ID NO:1.
60. Полинуклеотид по п. 59, где указанные одно или несколько отличий приводят к ограничению или предотвращению инициации трансляции с указанного старт-кодона.
61. Полинуклеотид по любому из пп. 58-60, где указанный вариант гена X содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 74-88, и/или модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO:59-73.
62. Полинуклеотид по любому из пп. 58-60, где указанный вариант гена X содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 171-185, и/или модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO:156-170.
63. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-62, где указанный вариант гена X содержит вариант промотора, функционально связанный с указанным вариантом гена X, где указанный вариант промотора содержит один или несколько отличающихся нуклеотидов по сравнению с промотором гена X вируса гепатита дикого типа и/или по сравнению с промотором SEQ ID NO:11.
64. Полинуклеотид по п. 63, где указанные одно или несколько отличий приводят к ограничению или предотвращению транскрипции с указанного промотора.
65. Полинуклеотид по п. 63 или 64, где указанный модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 89-118.
66. Полинуклеотид по п. 65, где указанный модифицированный PRE содержит последовательность нуклеотидов, приведенную в любой из SEQ ID NO: 186-215.
67. Полинуклеотид по любому из пп. 1-23 и 31-66, где:
после введения в эукариотическую клетку не происходит продукции полипептида длиной более 12, 11, 10, 9 или 8 аминокислот, кодируемого указанным вариантом гена X; и/или
указанный полинуклеотид не способен к продукции полипептида длиной более 12, 11, 10, 9 или 8 аминокислот, кодируемого указанным вариантом гена X.
68. Полинуклеотид по любому из пп. 24-50, где модифицированный PRE выбран из:
a) модифицированного PRE, содержащего последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 85% идентична с последовательностью SEQ ID NO:1, где указанный модифицированный PRE содержит вариант гена X, содержащий последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, не присутствующий в SEQ ID NO:1; и
b) модифицированного PRE, содержащего часть последовательности нуклеотидов a), где указанная часть содержит вариант гена X, содержащий последовательность, кодирующую сигнал посттрансляционной модификации, где эта часть проявляет посттранскрипционную активность.
69. Полинуклеотид по любому из пп. 1-68, где вариант гена X содержит до 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 замен нуклеотидов.
70. Полинуклеотид по любому из пп. 24-50, 68 и 69, где модифицированный PRE в дополнение к последовательности, кодирующей сигнал посттрансляционной модификации, не содержит никаких модификаций.
71. Полинуклеотид по любому из пп. 24-50, 68 и 69, где модифицированный PRE в дополнение к последовательности, кодирующей сигнал посттрансляционной модификации, не присутствующий в гене X вируса гепатита дикого типа, содержит дополнительную модификацию(и).
72. Полинуклеотид по п. 71, где дополнительная модификация(и) присутствует в варианте гена X.
73. Полинуклеотид по п. 72, где дополнительная модификация(и) приводит к варианту гена X, кодирующему неактивный белок X и/или укороченный белок X.
74. Полинуклеотид по любому из пп. 1-73, где указанный модифицированный PRE кодирует РНК, которая обеспечивает экспорт РНК из ядра и/или увеличивает стабильность иРНК.
75. Полинуклеотид по любому из пп. 1-74, где указанный модифицированный PRE кодирует полинуклеотид РНК, который обеспечивает экспорт РНК из ядра и/или увеличивает стабильность иРНК, где указанные обеспечение экспорта РНК из ядра и/или стабильности иРНК увеличивают экспрессию рекомбинантного белка.
76. Полинуклеотид по любому из пп. 1-75, где модифицированный PRE сохраняет посттранскрипционную активность соответствующего PRE вируса гепатита дикого типа и/или PRE, приведенного в SEQ ID NO:1.
77. Полинуклеотид по любому из пп. 1-76, дополнительно содержащий нуклеиновую кислоту вируса, содержащую вариант Flap, где вариант Flap несет делецию всех или части нуклеотидов, соответствующих областям центрального полипуринового тракта (cPPT) и/или центральной последовательности терминации (CTS) последовательности Flap дикого типа или последовательности немодифицированного Flap.
78. Полинуклеотид, содержащий нуклеиновую кислоту вируса, содержащую вариант Flap, где вариант Flap несет делецию всех или части нуклеотидов, соответствующих областям центрального полипуринового тракта (cPPT) и/или центральной последовательности терминации (CTS) последовательности Flap дикого типа или последовательности немодифицированного Flap.
79. Полинуклеотид по п. 77 или 78, где вариант Flap несет делецию всех или части нуклеотидов, соответствующих cPPT и CTS.
80. Полинуклеотид по любому из пп. 77-79, где последовательность Flap дикого типа или последовательность немодифицированного Flap содержит или приблизительно содержит от 80 до 200 последовательных нуклеотидов, содержащих области cPPT или CTS ретровируса, который необязательно представляет собой лентивирус.
81. Полинуклеотид по п. 80, где ретровирус представляет собой лентивирус, который представляет собой ВИЧ-1.
82. Полинуклеотид по любому из пп. 77-81, где последовательность Flap дикого типа или последовательность немодифицированного Flap содержит:
a) последовательность нуклеотидов, приведенную в SEQ ID NO:121;
b) последовательность нуклеотидов, по меньшей мере на 85% идентичную с последовательностью нуклеотидов, приведенной в SEQ ID NO:121, которая содержит области cPPT и CTS; или
c) непрерывную часть a) или b), которая содержит области cPPT и CTS.
83. Полинуклеотид по любому из пп. 77-82, где вариант Flap несет делецию всех или непрерывной части нуклеотидов, соответствующих нуклеотидам в области cPPT, приведенной в SEQ ID NO:123.
84. Полинуклеотид по любому из пп. 77-83, где вариант Flap несет делецию всех или непрерывной части нуклеотидов, соответствующих нуклеотидам в области CTS, приведенной в SEQ ID NO:124.
85. Полинуклеотид по любому из пп. 77-84, где вариант Flap несет делецию всех или непрерывной части нуклеотидов, соответствующих нуклеотидам в области cPPT, приведенной в SEQ ID NO:123, и несет делецию всех или непрерывной части нуклеотидов, соответствующих нуклеотидам в области CTS, приведенной в SEQ ID NO:124.
86. Полинуклеотид по любому из пп. 77-85, где нуклеиновая кислота вируса, содержащая вариант Flap, содержит последовательность нуклеотидов, которая по меньшей мере на 70% идентична с последовательностью SEQ ID NO:121, где в указанном варианте Flap отсутствуют все или часть областей cPPT и CTS.
87. Полинуклеотид по любому из пп. 77-86, где нуклеиновая кислота вируса, содержащая вариант Flap, содержит последовательность, приведенную в SEQ ID NO:122.
88. Полинуклеотид по любому из пп. 77-87, содержащий:
вариант Flap, содержащий последовательность SEQ ID NO:122 или последовательность по меньшей мере на или приблизительно на 90, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичную с последовательностью SEQ ID NO:122; и
модифицированный PRE, содержащий последовательность SEQ ID NO:29 или последовательность по меньшей мере на или приблизительно на 90, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичную с последовательностью SEQ ID NO:29.
89. Полинуклеотид по любому из пп. 77-87, содержащий:
вариант Flap, содержащий последовательность SEQ ID NO:122 или последовательность по меньшей мере на или приблизительно на 90, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичную с последовательностью SEQ ID NO:122; и
модифицированный PRE, содержащий последовательность SEQ ID NO:126 или последовательность по меньшей мере на или приблизительно на 90, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичную с последовательностью SEQ ID NO:126.
90. Полинуклеотид по любому из пп. 78-89, дополнительно содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный белок.
91. Полинуклеотид по любому из пп. 1-3, 13-22, 27-77 и 90, где рекомбинантный белок содержит рекомбинантный рецептор.
92. Полинуклеотид по п. 91, где рекомбинантный рецептор представляет собой антигенраспознающий рецептор и/или химерный рецептор.
93. Полинуклеотид по п. 92, где рекомбинантный рецептор представляет собой функциональный не являющийся TCR антигенраспознающий рецептор или трансгенный TCR.
94. Полинуклеотид по любому из пп. 91-93, где рекомбинантный рецептор представляет собой химерный антигенраспознающий рецептор (CAR).
95. Экспрессирующая кассета, содержащая полинуклеотид по любому из пп. 1-3, 13-22, 27-77 и 90-94 и промотор, функционально связанный с нуклеиновой кислотой, кодирующей рекомбинантный белок.
96. Вектор, содержащий полинуклеотид по любому из пп. 1-94 или экспрессирующую кассету по п. 95.
97. Вектор по п. 96, который представляет собой вирусный вектор.
98. Вектор по п. 97, где вирусный вектор представляет собой ретровирусный вектор.
99. Вектор по п. 97 или 98, где вирусный вектор представляет собой лентивирусный вектор.
100. Вектор по п. 99, где лентивирусный вектор получают из ВИЧ-1.
101. Клетка, содержащая экспрессирующую кассету по п. 95 или вектор по любому из пп. 96-100.
102. Клетка по п. 101, где клетка представляет собой T-клетку, естественную киллерную (NK) клетку, iPS клетку или получаемую из iPS клетку.
103. Вирусная частица, содержащая вектор по любому из пп. 96-100.
104. Способ, включающий введение экспрессирующей кассеты по п. 95, вектора по любому из пп. 96-100 или вирусной частицы по п. 103 в клетки в условиях, когда в клетках осуществляется экспрессия рекомбинантного белка.
105. Способ по п. 104, где:
указанное введение проводят посредством трансдукции указанной клетки указанным вектором или вирусной частицей;
указанное введение проводят посредством трансфекции указанной клетки указанным вектором; и/или
указанное введение проводят посредством электропорации указанной клетки указанным вектором.
106. Способ по п. 104 или 105, где рекомбинантный белок экспрессирован на уровне, который увеличен по сравнению с уровнем, достигаемым после введения вектора, который является таким же, но не содержит модифицированный PRE или не содержит a PRE.
107. Клетка, полученная способом по любому из пп. 104-106.
108. Фармацевтическая композиция, содержащая клетки по пп. 101, 102 или 107 и фармацевтически эффективный носитель.
109. Способ лечения, где способ включает введение индивидууму с заболеванием или патологическим состоянием фармацевтической композиции по п. 108.
110. Способ по п. 109, где рекомбинантный белок, экспрессируемый клеткой, содержит рекомбинантный рецептор, который специфически связывается с лигандом, экспрессируемым при заболевании или патологическом состоянии или соответствующими клетками или тканями.
111. Способ по п. 110, где рекомбинантный рецептор представляет собой антигенраспознающий рецептор, а лиганд представляет собой антиген, специфичный для заболевания или патологического состояния и/или ассоциированный с ними.
112. Способ по любому из пп. 109-111, где заболевание или патологическое состояние представляет собой злокачественную опухоль, аутоиммунное нарушение или инфекционное заболевание.
113. Применение фармацевтической композиции по п. 108 для лечения заболевания или патологического состояния.
114. Фармацевтическая композиция по п. 108 для применения в получении лекарственного средства для лечения заболевания или патологического состояния.
115. Применение по п. 113 или фармацевтическая композиция по п. 114, где рекомбинантный белок, экспрессируемый клеткой, содержит рекомбинантный рецептор, который специфически связывается с лигандом, экспрессируемым при заболевании или патологическом состоянии или соответствующими клетками или тканями.
116. Применение или фармацевтическая композиция по любому из пп. 113-115, где рекомбинантный рецептор представляет собой антигенраспознающий рецептор, а лиганд представляет собой антиген, специфичный для заболевания или патологического состояния и/или ассоциированный с ними.
117. Применение или фармацевтическая композиция по любому из пп. 113-116, где заболевание или патологическое состояние представляет собой злокачественную опухоль, аутоиммунное нарушение или инфекционное заболевание.
