Иммуногенные композиции - RU2020102449A
Код документа: RU2020102449A
Формула
1. Иммуногенная композиция, содержащая (i) каркасный полимер, включающий полимер и один или более антигенных полисахаридов, конъюгированных с полимером; и (ii) один или более полипептидных антигенов в не ковалентном комплексе с полимером или антигенным полисахаридом.
2. Иммуногенная композиция по п. 1, в которой полимер представляет собой капсульный полисахарид из грамотрицательных или грамположительных бактерий.
3. Иммуногенная композиция по п. 2, в которой капсульный полисахарид представляет собой капсульный полисахарид Klebsiella, экзополисахарид Pseudomonas и/иликапсульный полисахарид Escherichia.
4. Иммуногенная композиция по п. 3, в которой полимер представляет собой капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19.
5. Иммуногенная композиция по п. 1, в которой полимер представляет собой линейный поли-L-лизин или дендример L-лизина.
6. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-5, в которой один или более полипептидных антигенов находятся в не ковалентном комплексе с полимером и/или одним или более антигенными полисахаридами за счет образования по меньшей мере одной пары комплементарных аффинных молекул, включающей (i) первую аффинную молекулу, связанную с полимером или одним или более антигенными полисахаридами; и (ii) комплементарную аффинную молекулу, связанную с одним или более полипептидными антигенами.
7. Иммуногенная композиция по п. 6, в которой пара комплементарных аффинных молекул выбрана из группы, состоящей из: биотина/биотин-связывающего белка, антитела/антигена, фермента/субстрата, рецептора/лиганда, металла/металл-связывающего белка, углевод/углевод-связывающего белка, липида/липид-связывающего белка и His-метки/His-метку-связывающей молекулы.
8. Иммуногенная композиция по п.6 или 7, в которой первая аффинная молекула перекрестно сшита или ковалентно связана с полимером и/или одним или более антигенными полисахаридами.
9. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-8, в которой один или более антигенных полисахаридов содержат полисахарид из одного или более из Klebsiella, Pseudomonas и E. coli.
10. Иммуногенная композиция по п. 9, в которой один или более антигенных полисахаридов содержат OPS типа O1, O2, O3, O5 K. pneumoniae, или их комбинацию.
11. Иммуногенная композиция по п.9, в которой один или более антигенных полисахаридов содержат OPS типа O1, O2, O3, O4, O5, O6, O10, O11, O12 P. aeruginosa, или их комбинацию.
12. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-11, в которой по меньшей мере один полипептидный антиген содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 2 (консервативный фимбриальный белок III типа MrkA K. pneumoniae), и/или аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 3, или ее иммуногенный фрагмент.
13. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-12, в которой по меньшей мере один полипептидный антиген представляет собой флагеллин подтипа A P. aeruginosa, флагеллин подтипа B P. aeruginosa, или его иммуногенный фрагмент.
14. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-13, в которой по меньшей мере один полипептидный антиген содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 8 (PcrV P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
15. Иммуногенная композиция по любому из пп. 1-14, содержащая
(a) каркасный полимер, включающий
(i) полимер, содержащий капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19; и
(ii) один или более антигенных полисахаридов, содержащих полисахарид Klebsiella или Pseudomonas,конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19; и
(b) один или более полипептидных антигенов в не ковалентном комплексе с полимером за счет образования по меньшей мере одной пары комплементарных аффинных молекул, включающей
(i) первую аффинную молекулу, связанную с полимером; и
(ii) комплементарную аффинную молекулу, связанную с одним или более полипептидными антигенами.
16. Иммуногенная композиция по п. 15, в которой один или более антигенных полисахаридов содержат OPS типа O1, O2, O3, O5 K. pneumoniae или их комбинацию.
17. Иммуногенная композиция по п.15 или п.16, в которой один или более антигенных полисахаридов содержат OPS типа O1, O2, O3, O4, O5, O6, O10, O11 P. aeruginosa или их комбинацию.
18. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-17, в которой первая аффинная молекула представляет собой биотин или его производное, и комплементарная аффинная молекула представляет собой биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен.
19. Иммуногенная композиция по п. 18, в которой биотин-связывающий белок представляет собой ризавидин или его биотин-связывающий домен.
20. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-19, в которой один или более полипептидных антигенов выбран из домена D2 флагеллина подтипа B P. aeruginosa (FlaBD2), лишенного TLR5-связывающего мотива, PcrV P. aeruginosa, MrkA K. pneumoniae, их антигенных фрагментов, или их комбинаций.
21. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-20, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина FlaB, лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3 (MrkA K. pneumoniae), или ее иммуногенный фрагмент.
22. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-21, в которой слитый белок содержит полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 24 (Rhavi-FlaB-Домен2-MrkA-His).
23. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-22, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина подтипа B P. aeruginosa (FlaBD2), лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 8 (PcrV P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
24. Иммуногенная композиция по любому из пп. 15-23, в которой слитый белок содержит полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 26 (Rhavi-FlaB-Домен2-PcrV-His).
25. Вакцинная композиция, содержащая:
(a) первую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O1 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(b) вторую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O2 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(c) третью иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O3 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером; и
(d) четвертую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O5 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером.
26. Вакцинная композиция, содержащая:
(a) первую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O1 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(b) вторую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O2 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(c) третью иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O3 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(d) четвертую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O4 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(e) пятую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O5 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(f) шестую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O6 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(g) седьмую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O10 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером; и
(h) восьмую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O11 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером.
27. Вакцинная композиция, содержащая:
(a) первую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O1 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(b) вторую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O2 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(c) третью иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O3 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(d) четвертую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, KP O5 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(e) пятую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O1 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(f) шестую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O2 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(g) седьмую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O3 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(h) восьмую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O4 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(i) девятую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O5 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(j) десятую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O6 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером;
(k) одиннадцатую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O10 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером; и
(l) двенадцатую иммуногенную композицию, содержащую каркасный полимер, включающий полимер, представляющий собой биотинилированный капсульный полисахарид Klebsiella spp. K19, PA O11 OPS, конъюгированный с капсульным полисахаридом Klebsiella spp. K19, и слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA в не ковалентном комплексе с биотинилированным каркасным полимером.
28. Вакцинная композиция по любому из пп. 25-27, в которой слитый белок Rhavi-FlaBD2-MrkA содержит полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 24 (Rhavi-FlaB-Домен2-MrkA-His).
29. Вакцинная композиция по любому из пп. 25-27, в которой слитый белок Rhavi-FlaBD2-PcrV содержит полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 26 (Rhavi-FlaB-Домен2-PcrV-His).
30. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 1-29, причем после введения пациенту иммуногенная композиция вызывает иммунный ответ против грамотрицательных и/или грамположительных бактерий.
31. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по п. 30, причем иммунный ответ представляет собой выработку антител или B-клеточный ответ.
32. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по п. 30, причем иммунный ответ представляет собой CD4+ T-клеточный ответ, включая Th1, Th2, или Th17 ответ, или CD8+ T-клеточный ответ, или CD4+/CD8+ T-клеточный ответ.
33. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по п. 30, причем иммунный ответ представляет собой:
выработку антител или B-клеточный ответ; и
T-клеточный ответ.
34. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 30-33, причем грамотрицательные бактерии выбраны из Klebsiella, Pseudomonas, E. coli, а также их комбинации.
35. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-34, в которой один или более полипептидных антигенов представляют собой один или более белков P. aeruginosa, или их вариантов, и при этом комплементарная аффинная молекула представляет собой биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен.
36. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-35, в которой по меньшей мере один из полипептидных антигенов содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 7 (флагеллин FlaB P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
37. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-36, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен и полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина FlaB, лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, или полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 11 (домен D2 флагеллина FlaA1, лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, или полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 12 (домен D2 флагеллина FlaA2, лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент.
38. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-37, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен и полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина FlaB (FlaBD2), лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент.
39. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-38, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен и полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 8 (PcrV секреторной системы III типа (TTSS) P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
40. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-39, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 7 (флагеллин подтипа B P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 8 (PcrV P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
41. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-40, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина подтипа B P. aeruginosa (FlaBD2), лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 8 (PcrV P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент.
42. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-41, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 7 (флагеллин подтипа B P. aeruginosa), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3 (MrkA K. pneumoniae), или ее иммуногенный фрагмент.
43. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 6-42, в которой по меньшей мере одна пара комплементарных аффинных молекул включает слитый белок, содержащий (i) биотин-связывающий белок или его биотин-связывающий домен, (ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 10 (домен D2 флагеллина подтипа B P. aeruginosa (FlaBD2), лишенный TLR5-связывающего мотива), или ее иммуногенный фрагмент, и (iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3 (MrkA K. pneumoniae), или ее иммуногенный фрагмент.
44. Иммуногенная композиция или вакцинная композиция по любому из пп. 38-43, причем после введения пациенту композиция вызывает продуцирование антител, которые узнают нативный MrkA на K. pneumoniae, экспрессирующей MrkA.
45. Фармацевтическая композиция, содержащая одну или более иммуногенных композиций или вакцинных композиций по пп. 1-44 и фармацевтически приемлемый носитель.
46. Фармацевтическая композиция по п.45, дополнительно содержащая один или более адъювантов.
47. Фармацевтическая композиция по п.46, в которой адъювант выбран из группы, состоящей из фосфата алюминия, гидроксида алюминия, фосфатированного гидроксида алюминия, агонистов TLR, таких как агонист TLR2 сапонин (QS21) или порины, агонистов TLR4, таких как, например, монофосфориллипид A (MPL), и агонистов TLR5, таких как флагеллины, и так далее.
48. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 45-47, составленная для инъекции.
49. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 45-48, причем после введения пациенту фармацевтическая композиция вызывает Th1 и/или Th17 клеточный ответ.
50. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 45-49, причем после введения пациенту фармацевтическая композиция вызывает опсонический/бактерицидный ответ против одного или более из Klebsiella, Pseudomonas и E. coli.
51. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 45-50, причем после введения пациенту фармацевтическая композиция приводит к уменьшению скорости передачи инфекции и/или колонизации слизистых поверхностей одним или более из Klebsiella, Pseudomonas и E. coli.
52. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 45-51, причем после введения пациенту фармацевтическая композиция приводит к уменьшению скорости передачи инфекции и/или колонизации ЖК тракта одним или более из Klebsiella, Pseudomonas и E. coli.
53. Способ иммунизации пациента против инфекции, вызываемой Klebsiella, включающий введение пациенту (i) эффективного количества иммуногенной композиции или вакцинной композиции по любому из пп. 1-44 или (ii) эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп. 43-52.
54. Способ иммунизации пациента против инфекции, вызываемой P. aeruginosa, включающий введение пациенту (i) эффективного количества иммуногенной композиции или вакцинной композиции по любому из пп. 1-44 или (ii) эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп. 43-52.
55. Способ иммунизации пациента против инфекции, вызываемой E. coli, включающий введение пациенту (i) эффективного количества иммуногенной композиции или вакцинной композиции по любому из пп. 1-44 или (ii) эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп. 43-52.
56. Композиция антител, содержащая антитела, выработанные у млекопитающего, иммунизированного иммуногенной композицией или вакцинной композицией по любому из пп. 1-44.
57. Способ очистки O-антигенного полисахарида от одного или более клеточных компонентов Klebsiella, причем клеточные компоненты включают белок и/или нуклеиновую кислоту, включающий стадии:
создания контакта одного или более клеточных компонентов с окисляющим реагентом и кислотой с получением смеси, причем pH смеси составляет приблизительно 3-5, и причем окисляющий реагент представляет собой нитрит натрия, и кислота представляет собой уксусную кислоту;
отделения O-антигенного полисахарида от клеточных компонентов; и
извлечение OPS, причем OPS является практически свободным от других клеточных компонентов и содержит остаток 2,5-ангидроманнозы, содержащий свободный альдегид на его восстанавливающем конце.
58. Способ очистки O-антигенного полисахарида от одного или более клеточных компонентов грамотрицательных бактерий, причем клеточные компоненты включают белок и/или нуклеиновую кислоту, включающий:
создание контакта одного или более клеточных компонентов с кислотным реагентом, с получением смеси, причем pH смеси составляет приблизительно 3-5,
нагревание смеси до температуры от приблизительно 80°C до приблизительно 100°C;
отделение O-антигенного полисахарида от клеточных компонентов; и
извлечение OPS, причем OPS является практически свободным от других клеточных компонентов и содержит кетон на его восстанавливающем конце.
59. Способ получения каркасного полимера, включающего по меньшей мере один не биотинилированный O-антигенный полисахарид, причем O-антигенный полисахарид содержит первичную аминогруппу, и по меньшей мере один биотинилированный полисахарид, включающий:
химическое связывание первичной аминогруппы O-антигенного полисахарида путем смешивания O-антигенного полисахарида с частично окисленным полисахаридом, содержащим альдегидные группы и биотин, содержащий первичный амин, с получением смеси; и восстановительное аминирование смеси восстанавливающим реагентом, с получением полимерного каркаса BP-1, причем полисахарид является биотинилированным, и химически связанный O-антигенный полисахарид является не биотинилированным.
60. Способ получения каркасного полимера, включающего по меньшей мере один не биотинилированный O-антигенный полисахарид, причем O-антигенный полисахарид содержит первичную аминогруппу, и по меньшей мере один биотинилированный полисахарид, включающий:
химическое связывание первичной аминогруппы O-антигенного полисахарида путем смешивания O-антигенного полисахарида с полисахаридом, биотинилированным и окисленным, полученным сначала путем обработки карбоксилатных групп полисахарида 1-этил-3-(3-диметиламинопропил)карбодиимидом (EDC) и N-гидроксисукцинимидом (NHS), а также биотин гидразидом, с последующей обработкой полисахарида окисляющим реагентом; и восстановительное аминирование смеси восстанавливающим реагентом, с получением полимерного каркаса BP-1.2, причем полисахарид является биотинилированным, и химически связанный O-антигенный полисахарид является не биотинилированным.
61. Способ получения каркасного полимера, включающего по меньшей мере один не биотинилированный O-антигенный полисахарид, причем O-антигенный полисахарид содержит первичную аминогруппу, и по меньшей мере один биотинилированный полисахарид, включающий:
химическое связывание первичной аминогруппы O-антигенного полисахарида путем смешивания O-антигенного полисахарида с полисахаридом, биотинилированным и CDAP-активированным, полученным сначала путем обработки карбоксилатных групп полисахарида 1-этил-3-(3-диметиламинопропил)-карбодиимидом (EDC) и N-гидроксисукцинимидом (NHS), а также биотин гидразидом, с последующей активацией биотинилированного полисахарида CDAP, с получением полимерного каркаса BP-1.3, причем полисахарид является биотинилированным, и химически связанный O-антигенный полисахарид является не биотинилированным.
62. Способ получения каркасного полимера, включающего по меньшей мере один не биотинилированный O-антигенный полисахарид, причем O-антигенный полисахарид содержит азидогруппу на его восстанавливающем конце, и по меньшей мере один биотинилированный полисахарид, содержащий алкиновые группы, включающий:
связывание реакцией клик-химии в присутствии катализатора O-антигенного полисахарида, содержащего азидогруппу на его восстанавливающем конце, с биотинилированным полисахаридом, содержащим алкины,
с получением в результате каркасного полимера OPS, при этом полисахарид является биотинилированным, а связанный реакцией клик-химии O-антигенный полисахарид является не биотинилированным.
63. Слитый белок, содержащий биотин-связывающий домен и полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с любой последовательностью из SEQ ID NO: 16-26.
64. Слитый белок, содержащий биотин-связывающий домен и полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с любой последовательностью из SEQ ID NO: 1-3 или 6-26.
65. Способ получения варианта MAPS, включающий образование комплекса из по меньшей мере одного каркасного полимера, полученного способом по любому из пп. 59-62, с по меньшей мере одним из слитых белков по п.63 или 64.
66. Слитый белок, содержащий:
(i) биотин-связывающий белок,
(ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO:10 (домена D2 флагеллина FlaB P. aeruginosa (FlaBD2), лишенного TLR5-связывающего мотива), или его иммуногенный фрагмент, и
(iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO:3 (K. pneumoniae MrkA), или его иммуногенный фрагмент.
67. Слитый белок, содержащий:
(i) биотин-связывающий белок,
(ii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO:10 (домен D2 флагеллина подтипа B P. aeruginosa, лишенный TLR5-связывающего мотива), или его иммуногенный фрагмент, и
(iii) полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с последовательностью SEQ ID NO:8 (P. aeruginosa PcrV), или его иммуногенный фрагмент.
