Неоантигенные векторы на основе альфавируса - RU2019138741A

1. Композиция для доставки неоантигенной экспрессионной системы, содержащая неоантигенную экспрессионную систему, причем неоантигенная экспрессионная система содержит один или более векторов, один или более векторов содержат:

(a) РНК-остов альфавируса, причем РНК-остов альфавируса содержит:

(i) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность промотора и

(ii) по меньшей мере одну последовательность полиаденилирования (поли(A)); и

(b) неоантигенную кассету, причем неоантигенная кассета, содержит:

(i) по меньшей мере одну кодирующую неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты, полученную из опухоли, присутствующей у субъекта, содержащую:

(I) по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую опухолеспецифический и субъект-специфический ГКГС класс I неоантиген, полученную из опухоли и содержащую:

(A) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую ГКГС класс I эпитоп с по меньшей мере одним изменением, которое отличает кодируемую пептидную последовательность от соответствующей пептидной последовательности, кодируемой последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа, и

(B) необязательно, 5’ линкерную последовательность и

(C) необязательно, 3’ линкерную последовательность;

(ii) необязательно, вторую нуклеотидную последовательность промотора, функционально связанную с кодирующей неоантиген последовательностью нуклеиновой кислоты; и

(iii) необязательно, по меньшей мере одну кодирующую ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты;

(iv) необязательно, по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную линкерную последовательность GPGPG (SEQ ID NO:56); и

(v) необязательно, по меньшей мере одну вторую последовательность поли(А), причем вторая последовательность поли(A) представляет собой нативную последовательность поли(A) или экзогенную последовательность поли(А) для альфавируса.

2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что упорядоченная последовательность каждого элемента неоантигенной кассеты описана в формуле от 5’ к 3’ и содержит

Pa-(L5b-Nc-L3d)X-(G5e-Uf)Y-G3g,

где P содержит нуклеотидную последовательность второго промотора, где a = 0 или 1,

N содержит одну из кодирующих ГКГС класс I эпитоп последовательностей нуклеиновых кислот, где c = 1,

L5 содержит 5’ линкерную последовательность, где b = 0 или 1,

L3 содержит 3’ линкерную последовательность, где d = 0 или 1,

G5 содержит одну из по меньшей мере одной последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный линкер GPGPG (SEQ ID NO: 56), где e = 0 или 1,

G3 содержит одну из по меньшей мере одной последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный линкер GPGPG (SEQ ID NO: 56), где g = 0 или 1,

U содержит одну из по меньшей мере одной кодирующей ГКГС класс II антиген последовательности нуклеиновой кислоты, где f = 1,

Х = от 1 до 400, где в случае каждого Х соответствующий N_c представляет собой кодирующую эпитоп последовательность нуклеиновой кислоты, и

Y = 0, 1 или 2, где в случае каждого Y соответствующий U_f представляет собой кодирующую антиген последовательность нуклеиновой кислоты; необязательно,

(i) причем в случае каждого X соответствующий N_c представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую отличный ГКГС класс I эпитоп; и/или

(ii) причем в случае каждого Y соответствующий U_f представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую отличный ГКГС класс II антиген.

3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что

a = 0, b = 1, d = 1, e = 1, g = 1, h = 1, X = 20, Y = 2,

указанная по меньшей мере одна нуклеотидная последовательность промотора представляет собой нуклеотидную последовательность одного промотора 26S, входящую в состав РНК-остова альфавируса,

указанная по меньшей мере одна последовательность полиаденилирования поли(А) представляет собой последовательность поли(А) из по меньшей мере 100 последовательных нуклеотидов A, входящих в состав РНК-остова альфавируса,

каждый N кодирует ГКГС класс I эпитоп длиной 7-15 аминокислот,

L5 представляет собой нативную 5’ линкерную последовательность, которая кодирует нативную N-концевую аминокислотную последовательность ГКГС I эпитопа, и причем 5’ линкерная последовательность кодирует пептид длиной по меньшей мере 3 аминокислоты,

L3 представляет собой нативную 3’ линкерную последовательность, которая кодирует нативную C-концевую аминокислотную последовательность ГКГС I эпитопа, и причем 3’ линкерная последовательность кодирует пептид длиной по меньшей мере 3 аминокислоты,

U представляет собой каждую из последовательности ГКГС класс II PADRE и последовательности ГКГС класс II столбнячного анатоксина,

РНК-остов альфавируса представляет собой последовательность, приведенную в SEQ ID NO:6, и

каждая из кодирующих ГКГС класс I неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот кодирует полипептид длиной от 13 до 25 аминокислот.

4. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что композиция дополнительно содержит средство доставки в форме наночастиц; необязательно,

(i) причем средство доставки в форме наночастиц представляет собой липидную наночастицу (ЛНЧ), необязательно, причем ЛНЧ содержит ионизируемые аминолипиды, которые необязательно, содержат MC3-подобные (дилинолеилметил-4-диметиламинобутират) молекулы; и/или причем средство доставки в форме наночастиц инкапсулирует неоантигенную экспрессионную систему.

5. Композиция по любому из пп. 1, 2 или 4, отличающаяся тем, что

(i) неоантигенная кассета интегрирована между по меньшей мере одной нуклеотидной последовательностью промотора и по меньшей мере одной последовательностью поли(А); и/или причем по меньшей мере одна нуклеотидная последовательность промотора функционально связана с кодирующей неоантиген последовательностью нуклеиновой кислоты; и/или

(ii) один или более векторов включают один или более +-цепочечных РНК-векторов, необязательно, один или более +-цепочечных РНК-векторов содержат 5’ 7-метилгуанозиновый (m7g) кэп, и/или один или более +-цепочечных РНК-векторов получают путем in vitro транскрипции; и/или

(iii) один или более векторов способны к саморепликации в клетке млекопитающего; и/или

(iv) РНК-остов альфавируса содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность вируса Аура, вируса Форт Морган, вируса венесуэльского энцефалита лошадей, вируса Росс-ривер, вируса леса Семлики, вируса Синдбис, вируса Майаро или вируса венесуэльского энцефалита лошадей, необязательно,

(a) причем РНК-остов альфавируса содержит по меньшей мере последовательности для опосредованной неструктурным белком амплификации, последовательность промотора 26S, последовательность поли(A), ген неструктурного белка 1 (nsP1), ген nsP2, ген nsP3 и ген nsP4, кодируемые нуклеотидной последовательностью вируса Аура, вируса Форт Морган, вируса венесуэльского энцефалита лошадей, вируса Росс-ривер, вируса леса Семлики, вируса Синдбис или вируса Майаро, или причем РНК-остов альфавируса содержит по меньшей мере последовательности для опосредованной неструктурным белком амплификации, последовательность промотора 26S и последовательность поли(A), кодируемые нуклеотидной последовательностью вируса Аура, вируса Форт Морган, вируса венесуэльского энцефалита лошадей, вируса Росс-ривер, вируса леса Семлики, вируса Синдбис или вируса Майаро, необязательно, причем последовательности для опосредованной неструктурным белком амплификации выбраны из группы, состоящей из: 5’ НТО альфавируса, 51-нт КЭП, 24-нт КЭП, субгеномной последовательности промотора 26S, 19-нт КЭП, 3’ НТО альфавируса или их комбинаций; и/или причем РНК-остов альфавируса не кодирует капсид структурных белков вириона E2 и E1, необязательно, причем неоантигенная кассета вставлена на место структурных белков вириона в нуклеотидной последовательности вируса Аура, вируса Форт Морган, вируса венесуэльского энцефалита лошадей, вируса Росс-ривер, вируса леса Семлики, вируса Синдбис или вируса Майаро, необязательно, причем вставка неоантигенной кассеты обеспечивает транскрипцию полицистронной РНК, содержащей гены nsP1-4 и по меньшей мере одну кодирующую антиген последовательность нуклеиновой кислоты, причем гены nsP1-4 и по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты находятся в отдельных открытых рамках считывания; или

(b) причем вирус венесуэльского энцефалита лошадей содержит последовательность SEQ ID NO:3 или SEQ ID NO:5; или причем вирус венесуэльского энцефалита лошадей содержит последовательность SEQ ID NO:3 или SEQ ID NO:5, дополнительно содержащую делецию между парами оснований 7544 и 11175,необязательно, причем РНК-остов альфавируса представляет собой последовательность, приведенную в SEQ ID NO:6 или SEQ ID NO:7, и/или причем неоантигенная кассета вставлена в положении 7544 вместо делеции между парами оснований 7544 и 11175, как приведено в последовательности SEQ ID NO:3 или SEQ ID NO:5; необязательно, причем вставка неоантигенной кассеты обеспечивает транскрипцию полицистронной РНК, содержащей гены nsP1-4 и по меньшей мере одну кодирующую антиген последовательность нуклеиновой кислоты, причем гены nsP1-4 и по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты находятся в отдельных открытых рамках считывания; и/или

(v) по меньшей мере одна нуклеотидная последовательность промотора представляет собой нуклеотидную последовательность нативного промотора 26S, кодируемую РНК-остовом альфавируса, или причем по меньшей мере одна нуклеотидная последовательность промотора представляет собой экзогенный промотор РНК; и/или

(vi) вторая нуклеотидная последовательность промотора представляет собой нуклеотидную последовательность промотора 26S, или вторая нуклеотидная последовательность промотора содержит некоторое количество нуклеотидных последовательностей промотора 26S, причем каждая нуклеотидная последовательность промотора 26S обеспечивает транскрипцию одной или более отдельных открытых рамок считывания.

6. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что один или более векторов, каждый, имеют размер по меньшей мере 300 нт; и/или один или более векторов, каждый, имеют размер по меньшей мере 1 т. п. о.; и/или один или более векторов, каждый, имеют размер 2 т. п. о.; и/или один или более векторов, каждый, имеют размер менее 5 т. п. о.; и/или по меньшей мере одна из по меньшей мере одной кодирующей неоантиген последовательности нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность или ее часть, которая презентируется ГКГС класса I на опухолевой клетке.

7. Композиция по любому из пп. 1, 2 или 4-6, отличающаяся тем, что каждая кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты напрямую связана с другой; и/или причем по меньшей мере одна из по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты связана с отличной кодирующей антиген последовательностью нуклеиновой кислоты посредством последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей линкер, необязательно, причем линкер связывает две ГКГС класс I последовательности или ГКГС класс I последовательность с ГКГС класс II последовательностью, и, необязательно, причем такой линкер выбран из группы, состоящей из: (1) последовательных остатков глицина длиной по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 остатков; (2) последовательных остатков аланина длиной по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 остатков; (3) двух остатков аргинина (RR); (4) аланина, аланина, тирозина (AAY); (5) консенсусной последовательности длиной по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 аминокислотных остатков, которая эффективно процессируется протеасомой млекопитающего; и (6) одной или более нативных последовательностей, фланкирующих антиген, полученный из когнатного белка точки начала репликации, и который имеет длину по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или 2-20 аминокислотных остатков, или линкер связывает две ГКГС класс II последовательности или ГКГС класс II последовательность с ГКГС класс I последовательностью, необязательно, причем линкер содержит последовательность GPGPG; и/илипо меньшей мере, одна последовательность из по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты связана, функционально или напрямую, с отдельной или смежной последовательностью, которая усиливает экспрессию, стабильность, клеточный перенос, процессинг и презентацию и/или иммуногенность по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты, необязательно, причем отдельная или смежная последовательность содержит по меньшей мере одно из: последовательности убиквитина, последовательности убиквитина, модифицированной для повышения протеасомного нацеливания (например, последовательность убиквитина содержит замену Gly на Ala в положении 76), сигнальной последовательности иммуноглобулина (например, IgK), последовательности главного комплекса гистосовместимости класса I, лизосомально-ассоциированного мембранного белка (LAMP)-1, лизосомально-ассоциированного мембранного белка дендритных клеток человека и последовательности главного комплекса гистосовместимости класса II; необязательно, при этом последовательность убиквитина, модифицированная для повышения протеасомного нацеливания, представляет собой A76.

8. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что: по меньшей мере одна из по меньшей мере одной кодирующей неоантиген последовательности нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность или ее часть, которая обладает повышенной аффинностью связывания с соответствующей аллелью ГКГС по сравнению с транслированной соответствующей последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа; и/или по меньшей мере одна из по меньшей мере одной кодирующей неоантиген последовательности нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность или ее часть, которая обладает повышенной стабильностью связывания с соответствующей аллелью ГКГС по сравнению с транслированной соответствующей последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа; и/или по меньшей мере одна из по меньшей мере одной кодирующей неоантиген последовательности нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность или ее часть, которая имеет повышенную вероятность презентации на соответствующей аллели ГКГС по сравнению с транслированной соответствующей последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа; по меньшей мере одно изменение включает точечную мутацию, мутацию со сдвигом рамки считывания, мутацию без сдвига рамки считывания, мутацию делеции, мутацию вставки, вариант сплайсинга, геномную перестройку или сплайсированный антиген, генерируемый протеасомой; и/или опухоль выбрана из группы, состоящей из: рака легкого, меланомы, рака молочной железы, рака яичника, рака предстательной железы, рака почки, рака желудка, рака толстой кишки, рака яичка, рака головы и шеи, рака поджелудочной железы, рака мочевого пузыря, рака головного мозга, В-клеточной лимфомы, острого миелогенного лейкоза, острого лимфобластного лейкоза взрослых, хронического миелогенного лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, Т-клеточного лимфоцитарного лейкоза, немелкоклеточного рака легкого и мелкоклеточного рака легкого.

9. Композиция по любому из пп. 1, 2 или 4-8, отличающаяся тем, что по меньшей мере одна кодирующая неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере 2-10, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 последовательностей нуклеиновых кислот; или по меньшей мере одна кодирующая неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере 11-20, 15-20, 11-100, 11-200, 11-300, 11-400, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или до 400 последовательностей нуклеиновых кислот; или по меньшей мере одна кодирующая неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере 2-400 последовательностей нуклеиновых кислот, и при этом по меньшей мере две из кодирующих неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот кодируют полипептидные последовательности или их части, которые презентируются ГКГС класса I на поверхности опухолевой клетки.

10. Композиция по п. 3, отличающаяся тем, что по меньшей мере две из кодирующих неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот кодируют полипептидные последовательности или их части, которые презентируются ГКГС класса I на поверхности опухолевой клетки.

11. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что при введении субъекту и трансляции по меньшей мере один из неоантигенов, кодируемых по меньшей мере одной кодирующей неоантиген последовательностью нуклеиновой кислоты, презентируется на антиген-презентирующих клетках, что приводит к иммунному ответу, направленному по меньшей мере на один из неоантигенов на поверхности опухолевой клетки; и/или когда по меньшей мере одна из кодирующих неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот вводится субъекту и транслируется, по меньшей мере один из неоантигенов ГКГС класса I или класса II презентируется на антиген-презентирующих клетках, что приводит к иммунному ответу, направленному по меньшей мере на один из неоантигенов на поверхности опухолевой клетки, и, необязательно, при этом экспрессия каждой из по меньшей мере одной кодирующих неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот управляется по меньшей мере одной нуклеотидной последовательностью промотора.

12. Композиция по любому из пп. 1, 2 или 4-11, отличающаяся тем, что каждая кодирующая ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность длиной от 8 до 35 аминокислот, необязательно, длиной 9-17, 9-25, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 или 35 аминокислот; и/или присутствует по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты, или причем присутствует по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты и содержит по меньшей мере одну кодирующую ГКГС класс II неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты, которая содержит по меньшей мере одно изменение, которое отличает кодируемую пептидную последовательность от соответствующей пептидной последовательности, кодируемой последовательностью нуклеиновой кислоты дикого типа; и/или по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты имеет длину 12-20, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или 20-40 нуклеотидов; и/или присутствует по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты и содержит по меньшей мере одну универсальную кодирующую ГКГС класс II антиген последовательность нуклеиновой кислоты, необязательно, при этом по меньшей мере одна универсальная последовательность содержит по меньшей мере одно из столбнячного анатоксина и PADRE; и/или по меньшей мере одна нуклеотидная последовательность промотора или вторая нуклеотидная последовательность промотора является индуцибельной или является неиндуцибельной; и/или по меньшей мере одна последовательность поли(А) содержит последовательность поли(А), нативную для альфавируса, или меньшей мере одна последовательность поли(А) содержит последовательность поли(А), экзогенную для альфавируса; и/или по меньшей мере одна последовательность поли(А) функционально связана с по меньшей мере одной из кодирующих антиген последовательностей нуклеиновых кислот; и/или по меньшей мере одна последовательность поли(А) состоит из по меньшей мере 20, по меньшей мере 30, по меньшей мере 40, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80 или по меньшей мере 90 последовательных нуклеотидов A, или причем по меньшей мере одна последовательность поли(А) состоит из по меньшей мере 100 последовательных нуклеотидов A.

13. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что неоантигенная кассета дополнительно содержит по меньшей мере одно из: последовательности интрона, последовательности посттранскрипционного регуляторного элемента вируса гепатита сурка (WPRE), последовательности внутренней посадки рибосомы (IRES), нуклеотидной последовательности, кодирующей саморасщепляющуюся пептидную последовательность 2A, нуклеотидной последовательности, кодирующей сайт расщепления фурином, или последовательности в 5’ или 3’ некодирующей области, которая, как известно, увеличивает ядерный экспорт, стабильность или эффективность трансляции мРНК, которая функционально связана по меньшей мере с одной из по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты; и/или неоантигенная кассета дополнительно содержит репортерный ген, включая, но не ограничиваясь этим, зеленый флуоресцентный белок (ЗФБ), вариант ЗФБ, секретируемую щелочную фосфатазу, люциферазу, вариант люциферазы или пригодный для обнаружения пептид или эпитоп, необязательно, причем пригодный для обнаружения пептид или эпитоп выбран из группы, состоящей из HA-тэга, Flag-тэга, His-тэга или V5-тэга; и/или один или более векторов дополнительно содержат одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих по меньшей мере один иммуномодулятор, необязательно, причем: иммуномодулятор представляет собой антитело к CTLA4 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к PD-1 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к PD-L1 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к 4-1BB или егоантигенсвязывающий фрагмент или антитело к OX-40 или его антигенсвязывающий фрагмент; необязательно, причем антитело или его антигенсвязывающий фрагмент представляет собой Fab-фрагмент, Fab'-фрагмент, одноцепочечный Fv (scFv), однодоменное антитело (sdAb), односпецифическое или имеющее элементы множественной специфичности, связанные вместе (например, домены верблюжьего антитела), или полноразмерное одноцепочечное антитело (например, полноразмерный IgG с тяжелой и легкой цепями, связанными гибким линкером); и/или последовательности тяжелой и легкой цепи антитела представляют собой непрерывную последовательность, разделенную саморасщепляющейся последовательностью, такой как 2А или IRES; или последовательности тяжелой и легкой цепи антитела связаны гибким линкером, таким как последовательные остатки глицина; или иммуномодулятор представляет собой цитокин, необязательно, причем цитокин представляет собой по меньшей мере один из ИЛ-2, ИЛ-7, ИЛ-12, ИЛ-15 или ИЛ-21 или вариант каждого из них.

14. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что

(i) композиция представляет собой композицию по любому из пп. 1, 2 или 4-13, и причем по меньшей мере одну кодирующую ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты выбирают, проводя этапы:

(a) получения данных опухолевого нуклеотидного сиквенирования по меньшей мере одного из экзома, транскриптома или цельного генома из опухоли, при этом данные опухолевого нуклеотидного сиквенирования применяют для получения данных, представляющих пептидные последовательности каждого из набора неоантигенов, необязательно, причем число выбранных неоантигенов в наборе составляет 2-20;

(b) ввода пептидной последовательности каждого неоантигена в презентационную модель для генерации набора числовых вероятностей того, что каждый из неоантигенов презентируется одной или более аллелями ГКГС на поверхности опухолевой клетки опухоли, при этом набор числовых вероятностей идентифицируется, по меньшей мере, на основании полученных масс-спектрометрических данных; и

(c) выбора поднабора из набора неоантигенов на основании набора числовых вероятностей для генерации набора выбранных неоантигенов, которые используют для получения по меньшей мере одной кодирующей ГКГС класс I неоантиген последовательности нуклеиновой кислоты; или

(ii) композиция представляет собой композицию по п. 3, и

причем каждую из кодирующих ГКГС класс I эпитоп последовательностей нуклеиновых кислот выбирают, проводя этапы:

(a) получения данных опухолевого нуклеотидного сиквенирования по меньшей мере одного из экзома, транскриптома или цельного генома из опухоли, при этом данные опухолевого нуклеотидного сиквенирования применяют для получения данных, представляющих пептидные последовательности каждого из набора неоантигенов;

(b) ввода пептидной последовательности каждого неоантигена в презентационную модель для генерации набора числовых вероятностей того, что каждый из неоантигенов презентируется одной или более аллелями ГКГС на поверхности опухолевой клетки опухоли, при этом набор числовых вероятностей идентифицируется, по меньшей мере, на основании полученных масс-спектрометрических данных; и

(c) выбора поднабора из набора неоантигенов на основании набора числовых вероятностей для генерации набора выбранных неоантигенов, которые используют для получения по меньшей мере 20 кодирующих ГКГС класс I неоантиген последовательностей нуклеиновых кислот.

15. Композиция по п. 14, отличающаяся тем, что

(i) презентационная модель представляет зависимость между:

(a) присутствием пары из конкретной одной из аллелей ГКГС и конкретной аминокислоты в конкретном положении пептидной последовательности; и

(b) вероятностью презентации на поверхности опухолевой клетки конкретной одной из аллелей ГКГС из пары такой пептидной последовательности, содержащей конкретную аминокислоту в конкретном положении; и/или

(ii) выбор набора выбранных неоантигенов включает выбор неоантигенов, которые имеют повышенную вероятность презентации на поверхности опухолевых клеток по сравнению с невыбранными неоантигенами на основании презентационной модели; и/или

(iii) выбор набора выбранных неоантигенов включает выбор неоантигенов, которые имеют повышенную вероятность того, что они способны индуцировать опухолеспецифический иммунный ответ у субъекта по сравнению с невыбранными неоантигенами на основании презентационной модели; и/или

(iv) выбор набора выбранных неоантигенов включает выбор неоантигенов, которые имеют повышенную вероятность того, что они могут презентироваться наивным Т-клеткам специализированными антиген-презентирующими клетками (АПК) по сравнению с невыбранными неоантигенами на основании презентационной модели, необязательно, при этом АПК представляет собой дендритную клетку (ДК); и/или

(v) выбор набора выбранных неоантигенов включает выбор неоантигенов, которые имеют пониженную вероятность ингибирования за счет центральной или периферической толерантности по сравнению с невыбранными неоантигенами на основании презентационной модели; и/или

(vi) выбор набора выбранных неоантигенов включает выбор неоантигенов, которые имеют пониженную вероятность того, что они способны индуцировать аутоиммунный ответ на нормальную ткань у субъекта по сравнению с невыбранными неоантигенами на основании презентационной модели; и/или

(vii) данные сиквенирования нуклеотидов экзома или транскриптома получают путем выполнения сиквенирования на опухолевой ткани, необязательно, причем сиквенирование представляет собой сиквенирование следующего поколения (NGS - next generation sequencing) или любой подход массового параллельного сиквенирования.

16. Композиция по любому из предыдущих пунктов, отличающаяся тем, что неоантигенная кассета содержит соединительные эпитопные последовательности, образованные смежными последовательностями в неоантигенной кассете, необязательно, причем по меньшей мере одна или каждая соединительная эпитопная последовательность имеет аффинность к ГКГС более 500 нМ, и/или причем каждая соединительная эпитопная последовательность является несобственной; и/или неоантигенная кассета не кодирует последовательность нуклеиновой кислоты нетерапевтического ГКГС класс I эпитопа или класса II, содержащую транслированную последовательность нуклеиновой кислоты дикого типа, при этом, как предсказывается, нетерапевтический эпитоп отображается на аллели ГКГС субъекта, необязательно, причем предсказанная последовательность нетерапевтического ГКГС класс I эпитопа или класса II представляет собой соединительную эпитопную последовательность, образованную смежными последовательностями в неоантигенной кассете; и/или предсказание основано на вероятностях презентации, генерируемых путем ввода последовательностей нетерапевтических эпитопов в презентационную модель; и/или причем порядок по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты в неоантигенной кассете определяют рядом этапов, включающих:

(a) создание набора последовательностей кандидатной неоантигенной кассеты, соответствующих разным вариантам упорядочения по меньшей мере одной кодирующей антиген последовательности нуклеиновой кислоты;

(b) определение для каждой последовательности кандидатной неоантигенной кассеты оценки презентации на основании презентации нетерапевтических эпитопов в последовательности кандидатной неоантигенной кассеты; и

(c) выбор последовательности кандидатной неоантигенной кассеты, имеющей оценку презентации ниже заданного порога, в качестве последовательности неоантигенной кассеты для неоантигенной вакцины.

17. Фармацевтическая композиция, содержащая композицию по любому из предыдущих пунктов и фармацевтически приемлемый носитель, необязательно:

причем композиция дополнительно содержит вспомогательное вещество; и/или причем композиция дополнительно содержит иммуномодулятор, необязательно, причем иммуномодулятор представляет собой антитело к CTLA4 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к PD-1 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к PD-L1 или его антигенсвязывающий фрагмент, антитело к 4-1BB или его антигенсвязывающий фрагмент или антитело к OX-40 или его антигенсвязывающий фрагмент.

18. Применение композиции по любому из пп. 1-16 или фармацевтической композиции по п. 17 для лечения рака у субъекта, имеющего рак, необязательно, причем по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты, полученная из опухоли, получена из опухоли субъекта, имеющего рак, или по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты не получена из опухоли субъекта, имеющего рак, и, необязательно, причем:

(i) композицию вводят внутримышечно (В/М), внутрикожно (В/К), подкожно (П/К) или внутривенно (В/В); и/или

(ii) применение дополнительно включает введение одного или более иммуномодуляторов, необязательно, при этом иммуномодулятор вводят до, одновременно или после введения композиции или фармацевтической композиции, необязательно, причем: один или более иммуномодуляторов выбраны из группы, состоящей из антитела к CTLA4 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к PD-1 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к PD-L1 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к 4-1BB или его антигенсвязывающего фрагмента или антитела к OX-40 или его антигенсвязывающего фрагмента; и/или иммуномодулятор вводят внутривенно (В/В), внутримышечно (В/М), внутрикожно (В/К) или подкожно (П/К), необязательно, причем подкожное введение осуществляют вблизи места введения композиции или фармацевтической композиции или в непосредственной близости от одного или более дренирующих лимфатических узлов для вектора или композиции; и/или

(iii) дополнительно включает введение субъекту второй вакцинной композиции, необязательно, причем: вторую вакцинную композицию вводят до введения композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i); или причем вторую вакцинную композицию вводят после введения композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i); необязательно, причем вторая вакцинная композиция является такой же, как и композиция или фармацевтическая композиция по любому из пп. 26-28(iii), или причем вторая вакцинная композиция отличается от композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i), необязательно, причем вторая вакцинная композиция содержит аденовирусный вектор шимпанзе, кодирующий по меньшей мере одну кодирующую антиген последовательность нуклеиновой кислоты, причем, необязательно, по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты, кодируемая аденовирусным вектором шимпанзе, является такой же, как и по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты по любому из предыдущих пунктов для композиций.

19. Применение композиции по любому из пп. 1-16 или фармацевтической композиции по п. 17 для индукции иммунного ответа у субъекта, необязательно, причем по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты, полученная из опухоли, получена из опухоли субъекта; или по меньшей мере одна кодирующая ГКГС класс I неоантиген последовательность нуклеиновой кислоты не получена из опухоли субъекта и, необязательно, причем:

(i) композицию вводят внутримышечно (В/М), внутрикожно (В/К), подкожно (П/К) или внутривенно (В/В); и/или

(ii) применение дополнительно включает введение одного или более иммуномодуляторов, необязательно, при этом иммуномодулятор вводят до, одновременно или после введения композиции или фармацевтической композиции, необязательно, причем: один или более иммуномодуляторов выбраны из группы, состоящей из антитела к CTLA4 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к PD-1 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к PD-L1 или его антигенсвязывающего фрагмента, антитела к 4-1BB или его антигенсвязывающего фрагмента или антитела к OX-40 или его антигенсвязывающего фрагмента; и/или иммуномодулятор вводят внутривенно (В/В), внутримышечно (В/М), внутрикожно (В/К) или подкожно (П/К), необязательно, причем подкожное введение осуществляют вблизи места введения композиции или фармацевтической композиции или в непосредственной близости от одного или более дренирующих лимфатических узлов для вектора или композиции; и/или

(iii) дополнительно включает введение субъекту второй вакцинной композиции, необязательно, причем: вторую вакцинную композицию вводят до введения композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i); или причем вторую вакцинную композицию вводят после введения композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i); необязательно, причем вторая вакцинная композиция является такой же, как и композиция или фармацевтическая композиция, вводимая на (i); или причем вторая вакцинная композиция отличается от композиции или фармацевтической композиции, вводимой на (i), необязательно, причем вторая вакцинная композиция содержит аденовирусный вектор шимпанзе, кодирующий по меньшей мере одну кодирующую антиген последовательность нуклеиновой кислоты, причем, необязательно, по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты, кодируемая аденовирусным вектором шимпанзе, является такой же, как и по меньшей мере одна кодирующая антиген последовательность нуклеиновой кислоты по любому из предыдущих пунктов для композиций.