Модифицированный иммунорегуляторный элемент и изменение иммунитета посредством этого элемента - RU2019106669A
Код документа: RU2019106669A
Формула
1. Искусственно сконструированные иммунорегуляторные гены, выбранные из группы, состоящей из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2, которые имеют модификацию в последовательности нуклеиновой кислоты.
2. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где модификация в последовательности нуклеиновой кислоты была введена искусственно с использованием комплекса «гидовая нуклеиновая кислота - белок-редактор».
3. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где иммунорегуляторным геном являются A20, Dgkα, Dgkζ, EGR2, PSGL-1 или KDM6A.
4. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1,
где геном является иммунорегуляторный ген, искусственно модифицированный с использованием комплекса «гидовая нуклеиновая кислота - белок-редактор», где в последовательности мотива, смежного с протоспейсером (PAM) в последовательности нуклеиновой кислоты, входящей в состав иммунорегуляторного гена или в непрерывной области нуклеотидной последовательности из 1 п.о. - 50 п.о., смежной с 5'-концом и/или 3'-концом, присутствует по меньшей мере одна модификация, выбранная из группы, состоящей из:
делеции или инсерции одного или более нуклеотидов;
замены одним или более нуклеотидами, отличающимися от гена дикого типа;
инсерции одного или более чужеродных нуклеотидов, и
химической модификации по меньшей мере одного нуклеотида в последовательности нуклеиновой кислоты, входящей в состав иммунорегуляторного гена.
5. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где модификация нуклеиновой кислоты присутствует в промоторной области гена.
6. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где модификация нуклеиновой кислоты присутствует в экзонной области гена.
7. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где модификация нуклеиновой кислоты присутствует в интронной области гена.
8. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 1, где модификация нуклеиновой кислоты присутствует в энхансерной области гена.
9. Искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген по п. 4, где последовательность PAM содержит одну или более из нижеследующих последовательностей (записанных в направлении 5' → 3'):
NGG (где N представляет собой A, T, C или G);
NNNNRYAC (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, R представляет собой A или G, а Y представляет собой C или T);
NNAGAAW (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, а W представляет собой A или T);
NNNNGATT (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G);
NNGRR(T) (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, R представляет собой A или G, а Y представляет собой Cили T); и
TTN (где N представляет собой A, T, C или G).
10. Гидовая нуклеиновая кислота, способная образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 1-289 в последовательностях нуклеиновой кислоты по меньшей мере одного гена, выбранного из группы, состоящей из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2.
11. Гидовая нуклеиновая кислота по п. 10, которая включает по меньшей мере одну гидовую нуклеиновую кислоту, выбранную из группы, состоящей из:
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 6 и 11 в последовательности нуклеиновой кислоты гена A20;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 19, 20, 21 и 23, в последовательности нуклеиновой кислоты гена Dgkα;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с последовательностью-мишенью SEQ ID NO: 25 в последовательности нуклеиновой кислоты гена EGR2;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с последовательностью-мишенью SEQ ID NO: 64 в последовательности нуклеиновой кислоты гена PPP2R2D;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 87 и 89 в последовательности нуклеиновой кислоты гена PD-1;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 109, 110, 111, 112 и 113 в последовательности нуклеиновой кислоты гена Dgkζ;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 126, 128 и 129 в последовательности нуклеиновой кислоты гена Tet-2;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с последовательностью-мишенью SEQ ID NO: 182 в последовательности нуклеиновой кислоты гена PSGL-1;
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NO: 252, 254, 257 и 264 в последовательности нуклеиновой кислоты гена FAS; и
гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с последовательностью-мишенью SEQ ID NO: 285 в последовательности нуклеиновой кислоты гена KDM6A.
12. Гидовая нуклеиновая кислота по п. 10, где гидовой нуклеиновой кислотой являются нуклеотиды от 18 п.о. до 23 п.о.
13. Искусственно сконструированная иммунная клетка, которая включает:
по меньшей мере один искусственно сконструированный иммунорегуляторный ген, выбранный из группы, состоящей из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2, которые имеют модификацию в последовательности нуклеиновой кислоты; и
по меньшей мере один из продуктов их экспрессии.
14. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где иммунной клеткой является по меньшей мере одна клетка, выбранная из группы, состоящей из T-клетки, CAR-T-клетки, NK-клетки и NKT-клетки.
15. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где активность иммунорегуляторного гена ингибирована или инактивирована.
16. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где иммунная клетка также содержит химерный антигенный рецептор (CAR).
17. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 14, где T-клетка также содержит химерный антигенный рецептор (CAR) или сконструированный TCR (T-клеточный рецептор).
18. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где иммунная клетка также содержит комплекс «гидовая нуклеиновая кислота - белок-редактор» или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую этот комплекс.
19. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где белком-редактором является по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus, белка Cas9, происходящего от Streptocuccus aureus, белка Cas9, происходящего от Neisseria meningitidis и белка Cpf1.
20. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 18, где гидовая нуклеиновая кислота способна образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NN: 1-289 в последовательности нуклеиновой кислоты по меньшей мере одного гена, выбранного из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2.
21. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где иммунная клетка содержит по меньшей мере один искусственно сконструированный ген, выбранный из гена Dgkα и гена Dgkζ, которые содержат модификацию в последовательности нуклеиновой кислоты.
22. Искусственно сконструированная иммунная клетка по п. 13, где иммунная клетка содержит искусственно сконструированный ген Dgkα и ген Dgkζ, которые содержат модификацию в последовательности нуклеиновой кислоты.
23. Композиция для генетической манипуляции, включающая:
гидовую нуклеиновую кислоту, способную образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NN: 1-289 в последовательности нуклеиновой кислоты одного или более генов, выбранных из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2; и
белок-редактор или нуклеиновую кислоту, кодирующую этот белок.
24. Композиция по п. 23, где белок-редактор включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus, белка Cas9, происходящего от Streptocuccus aureus, белка Cas9, происходящего от Neisseria meningitidis и белка Cpf1.
25. Композиция для генетической манипуляции по п. 23,
где модификация гена в последовательности мотива, смежного с протоспейсером (PAM) в последовательности нуклеиновой кислоты, входящей в состав иммунорегуляторного гена или в непрерывной области нуклеотидной последовательности из 1 п.о. - 50 п.о., смежной с 5'-концом и/или 3'-концом, включает по меньшей мере одну модификацию, выбранную из группы, состоящей из:
делеции или инсерции по меньшей мере одного нуклеотида;
замены одним или более нуклеотидами, отличающимися от гена дикого типа;
инсерции по меньшей мере одного чужеродного нуклеотида, или
химической модификации по меньшей мере одного нуклеотида в последовательности нуклеиновой кислоты, входящей в состав иммунорегуляторного гена.
26. Композиция для генетической манипуляции по п. 24, где последовательность PAM содержит по меньшей мере одну последовательность, выбранную из группы, состоящей из нижеследующих последовательностей (записанных в направлении 5' → 3'):
NGG (где N представляет собой A, T, C или G);
NNNNRYAC (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, R представляет собой A или G, а Y представляет собой C или T);
NNAGAAW (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, а W представляет собой A или T);
NNNNGATT (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G);
NNGRR(T) (где каждый N независимо представляет собой A, T, C или G, R представляет собой A или G, а Y представляет собой Cили T); и
TTN (где N представляет собой A, T, C или G).
27. Способ искусственной манипуляции с иммунной клеткой, включающий:
контактирование иммунной клетки, выделенной из человеческого организма, по меньшей мере с одним компонентом, выбранным из:
(a) гидовой нуклеиновой кислоты, способной образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NN: 1-289 в последовательности нуклеиновой кислоты по меньшей мере одного гена, выбранного из группы, состоящей из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2; и
(b) белка-редактора, который представляет собой по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus, белка Cas9, происходящего от Streptocuccus aureus, белка Cas9, происходящего от Neisseria meningitidis и белка Cpf1.
28. Способ по п. 27,
где гидовая нуклеиновая кислота и белок-редактор присутствуют по меньшей мере в одном векторе в форме последовательности нуклеиновой кислоты или каждый из них присутствует в виде комплекса, образованного посредством связывания с гидовой нуклеиновой кислотой и белком-редактором.
29. Способ по п. 27, где стадию контактирования осуществляют ex vivo.
30. Способ по п. 27, где стадию контактирования осуществляют одним или более методами, выбранными из метода электропорации, метода с использованием липосом, плазмид, вирусных векторов, наночастиц и метода с использованием гибридного белка, содержащего домен транслокации белка.
31. Способ по п. 30,
где вирусным вектором является по меньшей мере одни вектор, выбранный из группы, состоящей из ретровируса, лентивируса, аденовируса, аденоассоциированного вируса (AAV), вируса коровьей оспы, поксвируса и вируса простого герпеса.
32. Способ получения информации о последовательности в положении, которое является мишенью для иммунной клетки у индивидуума, путем секвенирования по меньшей мере одного гена, выбранного из группы PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2.
33. Способ конструирования библиотеки на основе информации, полученной способом по п. 32.
34. Набор для генетической манипуляции, включающий:
(a) гидовую нуклеиновую кислоту, способную образовывать комплементарную связь с каждой из последовательностей-мишеней SEQ ID NN: 1-289 в последовательности нуклеиновой кислоты по меньшей мере одного гена, выбранного из группы, состоящей из PD-1, CTLA-4, A20, Dgkα, Dgkζ, Fas, EGR2, PPP2R2D, PSGL-1, KDM6A и Tet2; и
(b) белок-редактор, который включает один или более белков, выбранных из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus, белка Cas9, происходящего от Streptococcus aureus, белка Cas9, происходящего от Neisseria meningitidis, и белка Cpf1.
