Химерные рецепторы, содержащие traf-6-индуцирующие домены, и связанные с ними композиции и способы - RU2018120497A
Код документа: RU2018120497A
Формула
1. Химерный рецептор, содержащий:
(а) лигандсвязывающий домен;
(b) трансмембранный домен; и
(c) внутриклеточный сигнальный домен, содержащий сигнальный домен, полученный из человеческого CD40.
2. Химерный рецептор, содержащий:
(а) лигандсвязывающий домен;
(b) трансмембранный домен, полученный из человеческого CD28; и
(c) внутриклеточный сигнальный домен, содержащий сигнальный домен, полученный из CD40.
3. Химерный рецептор по п.2, отличающийся тем, что CD40 представляет собой человеческий CD40.
4. Химерный рецептор по любому из пп.1-3, отличающийся тем, что сигнальный домен, полученный из CD40, содержит последовательность аминокислот, представленную в SEQ ID NO:12, или функциональный вариант, содержащий последовательность аминокислот, которая имеет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с SEQ ID NO:12.
5. Химерный рецептор, содержащий:
(а) лигандсвязывающий домен;
(b) трансмембранный домен; и
(c) внутриклеточный сигнальный домен, содержащий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:12.
6. Химерный рецептор по пп.1 или 5, отличающийся тем, что трансмембранный домен содержит трансмембранный домен, полученный из молекулы, которая содержит TRAF-6-индуцируемый домен или его функциональный фрагмент или вариант.
7. Химерный рецептор по пп.1, 5 или 6, отличающийся тем, что трансмембранный домен получен из CD40.
8. Химерный рецептор по любому из пп.1 и 5, отличающийся тем, что трансмембранный домен представляет собой или содержит трансмембранный домен, полученный из CD4, CD28 или CD8.
9. Химерный рецептор по п.8, отличающийся тем, что трансмембранный домен представляет собой или содержит трансмембранный домен, полученный из CD28.
10. Химерный рецептор по любому из пп.1 и 5-9, отличающийся тем, что трансмембранный домен является человеческим или получен из человеческого белка.
11. Химерный рецептор по любому из пп.2-4, 9 и 10, отличающийся тем, что трансмембранный домен содержит:
а) аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6; или
b) аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 6.
12. Химерный рецептор по любому из пп.1-11, отличающийся тем, что внутриклеточный сигнальный домен дополнительно содержит активирующий цитоплазматический сигнальный домен.
13. Химерный рецептор по п.12, отличающийся тем, что активирующий цитоплазматический сигнальный домен, который способен индуцировать первичный активирующий сигнал в Т-клетке, представляет собой компонент Т-клеточного рецептора (TCR) и/или содержит мотив активации иммунорецептора на основе тирозина (ITAM).
14. Химерный рецептор по п.12 или 13, отличающийся тем, что активирующий цитоплазматический сигнальный домен представляет собой или содержит цитоплазматический сигнальный домен дзета-цепи CD3-дзета (CD3ζ) или его функциональный вариант или сигнальную часть.
15. Химерный рецептор по любому из пп.12-14, отличающийся тем, что внутриклеточный сигнальный домен содержит от его N-конца до C-конца по порядку: сигнальный домен, полученный из CD40, и активирующий цитоплазматический сигнальный домен.
16. Химерный рецептор по любому из пп.1-11, отличающийся тем, что внутриклеточный сигнальный домен не содержит внутриклеточный сигнальный домен цепи CD3-дзета (CD3ζ).
17. Химерный рецептор по любому из пп.1-16, отличающийся тем, что внутриклеточный сигнальный домен дополнительно содержит костимулирующий сигнальный домен, отличный от сигнального домена, полученного из CD40.
18. Химерный рецептор по п.17, отличающийся тем, что костимулирующий сигнальный домен содержит внутриклеточный сигнальный домен костимулирующей молекулы Т-клетки или его сигнальную часть, отличные от полученных из CD40.
19. Химерный рецептор по п.17 или 18, отличающийся тем, что костимулирующий сигнальный домен содержит сигнальный домен, полученный из CD28, 4-1BB или ICOS, или его сигнальную часть.
20. Химерный рецептор по любому из пп.1-19, отличающийся тем, что лигандсвязывающий домен представляет собой или содержит антигенсвязывающий домен.
21. Химерный рецептор по п.20, отличающийся тем, что антигенсвязывающий домен представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент антитела.
22. Химерный рецептор по п.21, отличающийся тем, что антигенсвязывающий домен представляет собой антигенсвязывающий фрагмент антитела, который является одноцепочечным фрагментом.
23. Химерный рецептор по п.21 или 22, отличающийся тем, что антигенсвязывающий фрагмент антитела содержит множество вариабельных областей антитела, соединенных гибким линкером иммуноглобулина.
24. Химерный рецептор по любому из пп.21-23, отличающийся тем, что антигенсвязывающий домен представляет собой или содержит одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv).
25. Химерный рецептор по любому из пп.1-24, отличающийся тем, что лигандсвязывающий домен специфично связывается с антигеном, который ассоциирован с заболеванием или расстройством и/или который экспрессируется клетками или тканью при заболевании или расстройстве.
26. Химерный рецептор по п.25, отличающийся тем, что заболевание или расстройство представляют собой инфекционное заболевание или патологическое состояние, аутоиммунное заболевание или патологическое состояние, воспалительное заболевание или патологическое состояние, опухоль или злокачественное новообразование.
27. Химерный рецептор по п.26, отличающийся тем, что заболевание или расстройство представляет собой солидную опухоль.
28. Химерный рецептор по любому из пп.1-27, отличающийся тем, что лигандсвязывающий домен специфично связывается с опухолевым антигеном.
29. Химерный рецептор по любому из пп.1-28, отличающийся тем, что лигандсвязывающий домен специфично связывается с антигеном, выбранным из группы, состоящей из ROR1, антигена созревания В-клеток (BCMA), tEGFR, Her2, Ll-CAM, CD19, CD20, CD22, мезотелина, СЕА и поверхностного антигена гепатита В, антитела против фолатного рецептора, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, EGFR, EGP-2, EGP-4, EPHa2, ErbB2, 3 или 4, erbB димеров, EGFR vIII, FBP, FCRL5, FCRH5, фетального рецептора ацетилхолина e, GD2, GD3, HMW-MAA, IL-22R-альфа, IL-13R-альфа2, kdr, легкой цепи каппа, Lewis Y, молекулы адгезии L1-клеток, (L1-CAM), ассоциированного с меланомой антигена (MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, предпочтительно экспрессируемого антигена меланомы (PRAME), сурвивина, EGP2, EGP40, TAG72, B7-H6, a2 рецептора IL-13 (IL-13Ra2), CA9, GD3, HMW-MAA, CD171, G250/CAIX, HLA-AI MAGE Al, HLA-A2 NY-ESO-1, PSCA, фолатного рецептора-a, CD44v6, CD44v7/8, интегрина avb6, 8H9, NCAM, VEGF-рецепторов, 5T4, фетального AchR, NKG2D-лигандов, CD44v6, двойного антигена и антигена, ассоциированного с универсальным маркером, антигена рака яичка, мезотелина, MUC1, MUC16, PSCA, NKG2D-лигандов, NY-ESO-1, MART-1, gp100, онкофетального антигена, ROR1, TAG72, VEGF-R2, карциноэмбрионального антигена (CEA), простата-специфичного антигена, PSMA, Her2/neu, рецептора эстрогена, рецептора прогестерона, эфрина B2, CD123, c-Met, GD-2, O-ацетилированного GD2 (OGD2), CE7, Опухоли Вильмса 1 (WT-1), циклина, циклина A2, CCL-1, CD138 и патогенспецифического антигена.
30. Химерный рецептор по любому из пп.1-29, отличающийся тем, что лигандсвязывающий домен специфично связывается с CD19.
31. Химерный рецептор по любому из пп.1-30, отличающийся тем, что химерный рецептор дополнительно содержит спейсер, соединяющий лигандсвязывающий домен и трансмембранный домен.
32. Химерный рецептор по п.31, отличающийся тем, что спейсер получен из человеческого IgG.
33. Химерный рецептор по п.31 или 32, отличающийся тем, что спейсер содержит аминокислотную последовательность ESKYGPPCPPCP (SEQ ID NO:1).
34. Химерный рецептор по п.31, отличающийся тем, что спейсер содержит внеклеточную часть, полученную из CD28, который необязательно представляет собой человеческий CD28.
35. Химерный рецептор по п.34, отличающийся тем, что внеклеточная часть, полученная из CD28, содержит 1-50 аминокислот в длину, 1-40 аминокислот в длину, 1-30 аминокислот в длину, 1-20 аминокислот в длину или 1-10 аминокислот в длину.
36. Химерный рецептор по п.34 или 35, отличающийся тем, что спейсер и трансмембранный домен вместе содержат:
а) аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7; или
b) аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 7.
37. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая полинуклеотид, кодирующий химерный рецептор по любому из пп.1-36.
38. Молекула нуклеиновой кислоты по п.37, дополнительно содержащая сигнальную последовательность.
39. Молекула нуклеиновой кислоты по п.37 или 38, отличающаяся тем, что полинуклеотид представляет собой первый полинуклеотид, и молекула нуклеиновой кислоты содержит второй полинуклеотид, кодирующий полипептид, отличный от первого химерного рецептора, который необязательно является вторым химерным рецептором.
40. Молекула нуклеиновой кислоты по п.39, отличающаяся тем, что первый и второй полинуклеотиды разделены участком внутренней посадки рибосомы (IRES) или нуклеотидной последовательностью, кодирующей саморасщепляющийся пептид или пептид, который вызывает или стимулирует прыжок рибосомы, и который необязательно представляет собой T2A или P2A.
41. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп.37-40.
42. Вектор по п.41, отличающийся тем, что вектор представляет собой экспрессирующий вектор.
43. Вектор по п.41 или 42, отличающийся тем, что вектор представляет собой вирусный вектор.
44. Вектор по п.43, отличающийся тем, что вирусный вектор представляет собой ретровирусный вектор.
45. Вектор по п.43 или 44, отличающийся тем, что вирусный вектор представляет собой лентивирусный вектор.
46. Вектор по п.43 или 44, отличающийся тем, что вирусный вектор представляет собой гаммаретровирусный вектор.
47. Сконструированная клетка, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп.37-40 или вектор по любому из пп.41-46 или содержащая или экспрессирующая химерный рецептор по любому из пп.1-36.
48. Сконструированная клетка по п.47, которая представляет собой Т-клетку.
49. Сконструированная клетка по п.47 или 48, которая представляет собой CD8+ Т-клетку.
50. Способ получения сконструированной клетки, причем способ включает введение в клетку молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.37-40 или вектора по любому из пп.41-46, с получением таким образом сконструированной клетки.
51. Сконструированная клетка, полученная способом по п.50.
52. Композиция, содержащая сконструированную клетку по любому из пп.47-49 и 51.
53. Композиция, содержащая:
первую сконструированную клетку, представляющую собой сконструированную клетку по п.49 или сконструированную CD8+ клетку, экспрессирующую химерный рецептор по любому из пп.1-36;
вторую сконструированную клетку, представляющую собой сконструированную CD4+ клетку, содержащую другой химерный рецептор, отличный от химерного рецептора, экспрессированного в CD8+ клетке, причем другой химерный рецептор содержит другой костимулирующий сигнальный домен по сравнению с химерным рецептором, экспрессированным в CD8+ клетках.
54. Композиция по п.53, отличающаяся тем, что соотношение первой сконструированной клетки и второй сконструированной клетки составляет или составляет примерно 1:1, 1:2, 2:1, 1:3 или 3:1.
55. Композиция по п.53 или 54, отличающаяся тем, что единственное различие или по существу единственное различие в химерном рецепторе, экспрессированном в CD4+ клетке, по сравнению с CD8+ клеткой, или в аминокислотной последовательности и/или кодирующей последовательности нуклеиновой кислоты указанных рецепторов, представляет собой другой костимулирующий сигнальный домен.
56. Композиция по любому из пп.53-55, отличающаяся тем, что другой костимулирующий сигнальный домен не содержит TRAF-6-индуцирующий домен, способный индуцировать активацию или клеточную локализацию TRAF-6, и/или не содержит домен, способный индуцировать TRAF-6-опосредованную сигнализацию.
57. Композиция по любому из пп.53-56, отличающаяся тем, что другой костимулирующий сигнальный домен представляет собой или содержит домен, рекрутинга PI-3-каназы, способный индуцировать активацию или клеточную локализацию PI-3-киназы и/или способный индуцировать или стимулировать индукцию сигнализации PI3K/Akt.
58. Композиция по любому из пп.53-57, отличающаяся тем, что другой костимулирующий сигнальный домен представляет собой или содержит цитоплазматический сигнальный домен молекулы CD28, 4-1BB или ICOS или представляет собой функциональный вариант его сигнальной части.
59. Композиция по любому из пп.52-58, отличающаяся тем, что при стимулировании стимулирующим агентом или агентами in vitro генетически сконструированные клетки в композиции демонстрируют повышенную способность к пролиферации или к наращиванию по сравнению с соответствующей эталонной клеточной композицией при стимулировании тем же стимулирующим агентом или агентами.
60. Композиция по любому из пп.52-59, отличающаяся тем, что при стимулировании в присутствии стимулирующего агента или агентов in vitro генетически сконструированные клетки в композиции демонстрируют повышенное количество Т-клеток памяти или подгруппы Т-клеток памяти по сравнению с соответствующей эталонной клеточной композицией при стимулировании тем же стимулирующим агентом или агентами.
61. Композиция по п.60, отличающаяся тем, что Т-клетки памяти или подгруппа Т-клеток памяти являются CD62L+.
62. Композиция по п. 60 или 61, отличающаяся тем, что Т-клетки памяти или подгруппа Т-клеток памяти представляют собой Т-клетки центральной памяти (ТСМ), Т-клетки долговременной памяти или стволовые Т-клетки памяти (TSCM).
63. Композиция по п.61 или 62, отличающаяся тем, что Т-клетки памяти или подгруппа Т-клеток памяти дополнительно содержат фенотип, содержащий:
a) CD127+; и/или
b) любой один или более из CD45RA+, CD45RO-, CCR7+ и CD27+ и любой один или более из t-betlow, IL-7Ra+, CD95+, IL-2Rβ+, CXCR3+ и LFA-1+.
64. Композиция по любому из пп.61-63, отличающаяся тем, что Т-клетки памяти или подгруппа Т-клеток памяти являются CD8+.
65. Композиция по любому из пп.61-64, отличающаяся тем, что количество Т-клеток памяти или подгруппы Т-клеток памяти, полученных из введенных генетически сконструированных клеток, содержит увеличение или больший процент Т-клеток центральной памяти (TCM), Т-клеток долговременной памяти или стволовых Т-клеток памяти (TSCM) по сравнению с эталонной композицией.
66. Композиция по любому из пп.52-65, отличающаяся тем, что при стимулировании стимулирующим агентом или агентами in vitro генетически сконструированные клетки в композиции демонстрируют повышенную жизнестойкость и/или выживаемость по сравнению с соответствующей эталонной клеточной композицией при стимулировании тем же стимулирующим агентом или агентами.
67. Композиция по любому из пп.52-66, отличающаяся тем, что при стимулировании стимулирующим агентом или агентами in vitro генетически сконструированные клетки в композиции продуцируют больше IL-2 по сравнению с соответствующей эталонной клеточной композицией при стимулировании тем же стимулирующим агентом или агентами.
68. Композиция по любому из пп.52-67, отличающаяся тем, что стимулирующий агент или агенты содержат антиген, специфичный для связывания химерного рецептора, антитела против CD3/CD28 и/или содержат цитокин IL-2, IL-15 и/или IL-7.
69. Композиция по любому из пп.59-68, отличающаяся тем, что увеличение наблюдается в течение 3 дней, 4 дней, 5 дней, 6 дней, 7 дней, 10 дней или 14 дней после начала стимулирования.
70. Композиция по любому из пп.59-69, отличающаяся тем, что увеличение наблюдается при соотношении эффектора и мишени, составляющем более чем или более чем примерно или примерно 3:1, более чем или более чем примерно или примерно 5:1 или более чем или более чем примерно или примерно 9:1.
71. Композиция по любому из пп.52-70, отличающаяся тем, что в анализе in vitro после множества раундов антигенспецифичного стимулирования Т-клетки из композиции демонстрируют или наблюдается, что демонстрируют устойчивый или повышенный уровень фактора, показательного для функции, здоровья или активности Т-клеток по сравнению с эталонной композицией, содержащей популяцию Т-клеток, по сравнению с одним раундом стимулирования и/или по сравнению с уровнем в том же анализе при оценке после одного раунда стимулирования и/или нескольких раундов стимулирования, где несколько составляет менее чем множество.
72. Композиция по любому из пп.59-71, отличающаяся тем, что эталонная клеточная композиция содержит генетически сконструированные клетки, которые являются по существу такими же, за исключением того, что экспрессированный химерный рецептор содержит другую костимулирующую молекулу, которая не содержит внутриклеточный сигнальный домен, полученный из CD40.
73. Композиция по п. 71 или п. 72, отличающаяся тем, что уровень фактора не уменьшается по сравнению с эталонной популяцией или уровнем в том же анализе при оценке после одного раунда стимулирования и/или нескольких раундов стимулирования, где несколько составляет менее чем множество.
74. Композиция по любому из пп. 71-73, отличающаяся тем, что множество раундов стимулирования включает по меньшей мере 3, 4 или 5 раундов, и/или стимулирование проводят в течение периода, составляющего по меньшей мере 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25 дней.
75. Способ лечения, включающий введение клетки по любому из пп.47-49 и 51 или композиции по любому из пп.52-75 пациенту, имеющему заболевание или патологическое состояние.
76. Способ по п.75, отличающийся тем, что химерный рецептор специфично связывается с лигандом или антигеном, ассоциированным с заболеванием или патологическим состоянием.
77. Способ по п.75 или п.76, отличающийся тем, что заболевание или патологическое состояние представляет собой злокачественное новообразование, опухоль, аутоиммунное заболевание или расстройство или инфекционное заболевание.
78. Способ по любому из пп.75-77, отличающийся тем, что генетически сконструированные клетки или подгруппа генетически сконструированных клеток демонстрируют повышенное или более продолжительное наращивание и/или жизнестойкость у пациента, чем у пациента, которому вводят такое же или примерно такое же количество дозы эталонной клеточной композиции.
79. Способ по п.78, отличающийся тем, что генетически сконструированные клетки или подгруппа генетически сконструированных клеток представляют собой CD8+ Т-клетки.
80. Способ по п.78 или 79, отличающийся тем, что повышенное или более продолжительное наращивание и/или жизнестойкость наблюдается или присутствует в течение месяца, в течение двух месяцев, в течение шести месяцев или в течение одного года после введения клеток.
81. Способ по любому из пп.78-80, отличающийся тем, что эталонная клеточная композиция содержит генетически сконструированные клетки, которые по существу такие же, за исключением того, что экспрессированный химерный рецептор содержит другую костимулирующую молекулу, которая не содержит внутриклеточный сигнальный домен, полученный из CD40.
82. Композиция по любому из пп.52-74 для применения при лечении заболевания или патологического состояния у пациента, имеющего заболевание или патологическое состояние.
83. Применение композиции по любому из пп.52-74 для лечения заболевания или патологического состояния у пациента, имеющего заболевание или патологическое состояние.
84. Применение композиции по любому из пп.52-74 для изготовления лекарственного средства для лечения заболевания или патологического состояния у пациента, имеющего заболевание или патологическое состояние.
85. Композиция для применения по п.82 или применение по п.83 или 84, отличающаяся тем, что лигандсвязывающий домен специфично связывается с лигандом или антигеном, ассоциированным с заболеванием или патологическим состоянием.
86. Композиция для применения или применение по любому из пп.82-85, отличающаяся тем, что заболевание или патологическое состояние представляет собой злокачественное новообразование, опухоль, аутоиммунное заболевание или расстройство или инфекционное заболевание.
