Множественные олигонуклеотидные фрагменты на пептидном носителе - RU2020142530A
Код документа: RU2020142530A
Формула
1. Способ лечения заболевания или состояния субъекта, включающий введение конъюгата пептид-антисмысловой олигонуклеотид (пептид-AON) субъекту,
где конъюгат пептид-AON содержит катионный проникающий в клетку пептид (CPP) и по меньшей мере два антисмысловых олигонуклеотида (AON), где каждый AON содержит:
(a) от 15 до 30 субъединиц фосфордиамидатного морфолинового олигомера (PMO), пептидной нуклеиновой кислоты (PNA), морфолино, фосфорамидата, метиленметилимино (MMI), 2-O-метил (2-OMe), или 2-метилэтила (2-MOE); где каждая субъединиа содержит встречающееся в природе пуриновое или пиримидиновое основание, выбранное из группы, состоящей из C, G, A и T;
(b) последовательность нуклеотидных оснований, комплементарную по меньшей мере 8 смежным основаниям пре-мРНК мишени, мРНК, микроРНК или длинной некодирующей ДНК гена;
(c) от 0 до 3 повторяющихся субъединиц, где встречающееся в природе пуриновое нуклеотидное основание представляет собой G;
(d) менее чем 60% указанных субъединиц, где встречающееся в природе пуриновое или пиримидиновое нуклеотидное основание представляет собой C или G; и
(e) не комплементарную самой себе последовательность, и
где заболевание или состояние связано с экспрессией гена, и ген выбирают из группы, состоящей из гликогенсинтазы (GYS1 или GYS2), трансформирующего фактора роста (TGF3), матриксной металлопептидазы (MMP2 или MMP9), остеопонтина, протеинкиназы миотонической дистрофии (DMPK), 2 члена семейства Elav-подобных (также известного как триплетный CUG-повтор РНК-связывающего белка или CUGBP), двойного гомеобокса 4 (DUX4) и (Frzl).
2. Способ модуляции экспрессии гена гена-мишени у субъекта, включающий введение конъюгата пептид-антисмысловой олигонуклеотид (пептид-AON) субъекту,
где конъюгат пептид-AON содержит катионный проникающий в клетку пептид (CPP) и по меньшей мере два антисмысловых олигонуклеотида (AON), где каждый AON содержит:
(a) от 15 до 30 субъединиц фосфордиамидатного морфолинового олигомера (PMO), пептидной нуклеиновой кислоты (PNA), морфолино, фосфорамидата, метиленметилимино (MMI), 2-O-метил (2-OMe), или 2-метилэтила (2-MOE); где каждая субъединиа содержит встречающееся в природе пуриновое или пиримидиновое основание, выбранное из группы, состоящей из C, G, A и T;
(b) последовательность нуклеотидных оснований, комплементарную по меньшей мере 8 смежным основаниям пре-мРНК мишени, мРНК, микроРНК или длинной некодирующей ДНК гена;
(c) от 0 до 3 повторяющихся субъединиц, где встречающееся в природе пуриновое нуклеотидное основание представляет собой G;
(d) менее чем 60% указанных субъединиц, где встречающееся в природе пуриновое или пиримидиновое нуклеотидное основание представляет собой C или G; и
(e) не комплементарную самой себе последовательность.
3. Способ по п. 2, где ген-мишень выбирают из группы, состоящей из гликогенсинтазы (GYS1 или GYS2), трансформирующего фактора роста (TGF3), матриксной металлопептидазы (MMP2 или MMP9), остеопонтина, протеинкиназы миотонической дистрофии (DMPK), 2 члена семейства Elav-подобных (также известного как триплетный CUG-повтор РНК-связывающего белка или CUGBP), двойного гомеобокса 4 (DUX4) и (Frzl).
4. Способ по п. 1 или 2, где ген кодирует дистрофин.
5. Способ по п. 1, где заболевание или состояние представляет собой мышечную дистрофию Дюшенна.
6. Способ по п. 1 или 2, где CPP содержит (RXR)4 или (RXRRBR)2, гдеR означает D-аргинин, X означает 6-аминогексановую кислоту, и B означает β-аланин.
7. Способ по п. 1 или 2, где конъюгат пептид-AON содержит по меньшей мере один расщепляемый линкер, содержащий пептидную последовательность, которая содержит расщепляемый фрагмент для гидролитического фермента.
8. Способ по п. 7, где указанный расщепляемый фрагмент может расщепляться пептидазой или протеазой.
9. Способ по п. 7 или 8, где расщепляемый фрагмент может расщепляться катепсином или трипсином.
10. Способ по п. 9, где расщепляемый фрагмент представляет собой FK или FX в положении P1/P1’, где X представляет собой любую встречающуюся в природе аминокислоту.
11. Способ по п. 1 или 2, где конъюгат пептид-AON выбирают из группы, состоящей из:
(i) Ac-(RXR)4XFKE-((PEG)2-AON)G-(AON));
(ii) Ac-(RXRRBR)2XFKE(AON)G(AON);
(iii) Ac-(RXRRBR)2XFD(d-Glu)(AON)E(AON)G(AON);
(iv) Ac-E(AON)(RXRRBR)2XFKE(AON)G(AON);
(v) Ac-E(AON)(RXRRBR)2XFK(d-Glu)(AON)E(AON)G(AON);
(vi) Ac-(d-Glu)(AON)E(AON)(RXRRBR)2XFKG-амид;
(vii) Ac-(d-Glu)(AON)E(AON)(RXRRBR)2XFKG(AON);
(viii) Ac-(d-Glu)(AON)E(AON)(RXRRBR)2XFKE(AON)G(AON); и
(ix) Ac-(d-Glu)(AON)E(AON)(RXRRBR)2XFK(d-Glu)(AON)E(AON)G(AON),
где Ac представляет собой ацетил, R представляет собой D-аргинин, X представляет собой 6- аминогексановую кислоту, B представляет собой β-аланин, E представляет собой глутаминокую кислоту, d-Glu представляет собой D-глутаминовую кислоту, и G представляет собой глицин.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где каждый AON представляет собой PMO.
13. Способ по п. 12, где PMO представляет собой PMO23 (SEQ ID NO:85).
14. Способ по п. 12 или 13, где один PMO конъюгирован с CPP через амидную связь.
