Биспецифические антитела, четырехвалентные в отношении костимуляторного tnf-рецептора - RU2018116402A
Код документа: RU2018116402A
Формула
1. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула, которая содержит
(а) четыре фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов,
(б) по меньшей мере один фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с антигеном клетки-мишени, и
(в) Fc-домен, состоящий из первой и второй субъединиц, которые обладают способностью к стабильной ассоциации.
2. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по п. 1, в которой каждые два из четырех фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, слиты друг с другом, необязательно через пептидный линкер.
3. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по п. 1 или 2, где представитель семейства костимуляторных TNF-рецепторов выбран из группы, состоящей из OX40, 4-1ВВ и GITR.
4. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, где представитель семейства костимуляторных TNF-рецепторов представляет собой OX40.
5. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-4, в которой фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, связывается с полипептидом, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1.
6. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-5, которая содержит четыре фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с OX40, где каждый из указанных фрагментов содержит VH-домен, содержащий
(I) CDR-H1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 3,
(II) CDR-H2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 4 и SEQ ID NO: 5, и
(III) CDR-H3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11 и SEQ ID NO: 12, и VL-домен, содержащий
(IV) CDR-L1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 и SEQ ID NO: 15,
(V) CDR-L2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17 и SEQ ID NO: 18, и
(VI) CDR-L3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23 и SEQ ID NO: 24.
7. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-6, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью связываться с OX40, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35 и SEQ ID NO: 37, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36 и SEQ ID NO: 38.
8. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-7, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с OX40, содержит
(I) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 25, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 26,
(II) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 27, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 28,
(III) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 29, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 30,
(IV) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 31, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 32,
(V) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 33, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 34,
(VI) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 35, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 36, или
(VII) вариабельную область тяжелой цепи VH, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 37, и вариабельную область легкой цепи VL, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 38.
9. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-8, где антиген клетки-мишени выбран из группы, включающей фибробласт-активирующий белок (FAP), ассоциированный с меланомой хондроитинсульфат-протеогликан (MCSP), рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), карциноэмбриональный антиген (СЕА), CD19, CD20 и CD33.
10. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-8, где антиген клетки-мишени представляет собой фибробласт-активирующий белок (FAP).
11. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-10, в которой фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с FAP, содержит VH-домен, содержащий
(I) a CDR-H1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 39 и SEQ ID NO: 40,
(II) CDR-H2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 41 и SEQ ID NO: 42, и
(III) CDR-H3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 43 и SEQ ID NO: 44,
и VL-домен, содержащий
(IV) CDR-L1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 45 и SEQ ID NO: 46,
(V) CDR-L2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 47 и SEQ ID NO: 48, и
(VI) CDR-L3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 49 и SEQ ID NO: 50.
12. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-11, в которой
(I) каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с OX40, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35 или SEQ ID NO: 37, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 36 или SEQ ID NO: 38, и
(II) фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с FAP, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 51 или SEQ ID NO: 53, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52 или SEQ ID NO: 54.
13. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3 или 9-11, в которой представитель семейства костимуляторных TNF-рецепторов представляет собой 4-1ВВ.
14. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3 или 9-11, или 13, в которой фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, связывается с полипептидом, содержащим аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 239.
15. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 13, или 14, которая содержит четыре фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с 4-1ВВ, в которой каждый из указанных фрагментов содержат VH-домен, содержащий
(I) CDR-H1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 249 и SEQ ID NO: 250,
(II) CDR-H2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 251 и SEQ ID NO: 252, и
(III) CDR-H3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 253, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 256 и SEQ ID NO: 257,
и VL-домен, содержащий
(IV) CDR-L1, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 258 и SEQ ID NO: 259,
(V) CDR-L2, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 260 и SEQ ID NO: 261, и
(VI) CDR-L3, который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 262, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 265 и SEQ ID NO: 266.
16. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 13-15, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с 4-1ВВ, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 273 и SEQ ID NO: 275, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 274 и SEQ ID NO: 276.
17. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 13-16, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с 4-1ВВ, содержит
(I) вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 267, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 268,
(II) вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 269, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 270,
(III) вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 271, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 272,
(IV) вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 273, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 274, или
(V) вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 275, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 276.
18. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 13-17, в которой
(I) каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с 4-1ВВ, содержат вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 273 и SEQ ID NO: 275, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности, выбранной из группы, которая состоит из SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 272, SEQ ID NO: 274 и SEQ ID NO: 276, и
(II) фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с FAP, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 51 или SEQ ID NO: 53, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52 или SEQ ID NO: 54.
19. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3 или 9-11, где представитель семейства костимуляторных TNF-рецепторов представляет собой GITR.
20. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3 или 9-11, или 19, в которой фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, связывается с полипептидом, содержащим аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 357.
21. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 19, или 20, содержащая четыре фрагмента, которые обладают способностью специфически связываться с GITR, в которой каждый из указанных фрагментов содержит VH-домен, содержащий CDR-H1, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 371, CDR-H2, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 372, и CDR-H3, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 373, и VL-домен, содержащий CDR-L1, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 374, CDR-L2, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 375, и CDR-L3, который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 376.
22. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 19-21, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с GITR, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 383, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 384.
23. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 19-22, в которой каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с GITR, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 383, и вариабельную область легкой цепи VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 384.
24. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-3, 9-11 или 19-23, в которой
(I) каждый из фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с GITR, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 383, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая идентична по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 384, и
(II) фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с FAP, содержит вариабельную область тяжелой цепи VH, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 51 или SEQ ID NO: 53, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере примерно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52 или SEQ ID NO: 54.
25. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-24, в которой четыре фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, представляют собой Fab-фрагменты и каждые два из них соединены друг с другом, необязательно через пептидный линкер.
26. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-25, в которой первый Fab-фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, слит на С-конце CH1-домена с VH-доменом второго Fab-фрагмента, обладающего способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, а третий Fab-фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, слит на С-конце СН1-домена с VH-доменом четвертого Fab-фрагмента, обладающего способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, необязательно через пептидный линкер.
27. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-26, в которой в Fab-фрагментах, обладающих способностью специфически связываться с представителем семейства костимуляторных TNF-рецепторов, в константном домене CL аминокислота в положении 124 заменена независимо на лизин (K), аргинин (R) или гистидин (Н) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота), а в константных доменах СН1 аминокислоты в положениях 147 и 213 заменены независимо на глутаминовую кислоту (Е) или аспарагиновую кислоту (D) (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).
28. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-27, где биспецифическая антигенсвязывающая молекула является четырехвалентной в отношении представителя семейства костимуляторных TNF-рецепторов и одновалентной в отношении антигена клетки-мишени.
29. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-28, в которой фрагмент, обладающий способностью специфически связываться с антигеном клетки-мишени, содержит VH- и VL-домены и VH-домен соединен через пептидный линкер с С-концом первой субъединицы Fc-домена, и VL-домен соединен через пептидный линкер с С-концом второй субъединицы Fc-домена.
30. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-27, где биспецифическая антигенсвязывающая молекула является четырехвалентной в отношении представителя семейства костимуляторных TNF-рецепторов и двухвалентной в отношении антигена клетки-мишени.
31. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-27 или 30, в которой два фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с антигеном клетки-мишени, представляют собой Fab-фрагменты или кроссовер-Fab-фрагменты.
32. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-27 или 30-31, в которой каждый из Fab-фрагментов или кроссовер-Fab-фрагментов, обладающих способностью специфически связываться с антигеном клетки-мишени, слит на N-конце VH- или VL-домена через пептидный линкер с С-концом одной из субъединиц Fc-домена.
33. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-27 или 30-32, в которой два фрагмента, обладающих способностью специфически связываться с антигеном клетки-мишени, представляют собой Fab-фрагменты с кроссовером VH-VL и каждый из них слит на N-конце VL-домена через пептидный линкер с С-концом одной из субъединиц Fc-домена.
34. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-33, в которой Fc-домен представляет собой Fc-домен человеческого IgG1-подкласса с аминокислотными мутациями L234A, L235A и P329G (нумерация согласно EU-индексу Кэбота).
35. Полинуклеотид, кодирующий биспецифическую антигенсвязывающую молекулу по одному из пп. 1-34.
36. Фармацевтическая композиция, содержащая биспецифическую антигенсвязывающую молекулу по одному из пп. 1-34 и по меньшей мере один фармацевтически приемлемый эксципиент.
37. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-34 или фармацевтическая композиция по п. 36, для применения в качестве лекарственного средства.
38. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-34 или фармацевтическая композиция по п. 37, для применения для
I) стимуляции Т-клеточного ответа,
(II) поддержания выживаемости активированных Т-клеток,
(III) лечения инфекций,
(IV) лечения рака,
(V) замедления прогрессирования рака или
(VI) пролонгирования времени жизни пациента, страдающего раком.
39. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-34 или фармацевтическая композиция по п. 36, для применения для лечения рака.
40. Биспецифическая антигенсвязывающая молекула по одному из пп. 1-34 или фармацевтическая композиция по п. 36, для применения для лечения рака, в котором биспецифическую антигенсвязывающую молекулу вводят в комбинации с химиотерапевтическим средством, лучевой терапией и/или другими агентами, для применения в противораковой иммунотерапии.
41. Способ ингибирования роста опухолевых клеток у индивидуума, включающий введение индивидууму в эффективном количестве биспецифической антигенсвязывающей молекулы по одному из пп. 1-34 или фармацевтической композиции по п. 36 для ингибирования роста опухолевых клеток.
