Варианты, композиции и способы применения эндонуклеазы cblb - RU2019141853A
Код документа: RU2019141853A
Формула
1. Полипептид, содержащий вариант хоуминг-эндонуклеазы (HE), который расщепляет сайт-мишень в человеческом протоонкогене B (CBLB) лимфомы B-клеточной линии дифференцировки Каситас (Cbl).
2. Полипептид по п. 1, где указанный вариант HE представляет собой вариант хоуминг-эндонуклеазы LAGLIDADG (LHE).
3. Полипептид по п. 1 или 2, где указанный полипептид содержит биологически активный фрагмент варианта HE.
4. Полипептид по п. 3, где указанный биологически активный фрагмент не содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 N-концевых аминокислот по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
5. Полипептид по п. 4, где указанный биологически активный фрагмент не содержит 4 N-концевые аминокислоты по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
6. Полипептид по п. 4, где указанный биологически активный фрагмент не содержит 8 N-концевых аминокислот по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
7. Полипептид по п. 3, где указанный биологически активный фрагмент не содержит 1, 2, 3, 4, 5 или 6 C-концевых аминокислот по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
8. Полипептид по п. 7, где указанный биологически активный фрагмент не содержит C-концевую аминокислоту по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
9. Полипептид по п. 7, где указанный биологически активный фрагмент не содержит 2 C-концевые аминокислоты по сравнению с соответствующей HE дикого типа.
10. Полипептид по любому из пп. 1-9, где указанный вариант HE представляет собой вариант LHE, выбранный из группы, состоящей из: I-AabMI, I-AaeMI, I-AniI, I-ApaMI, I-CapIII, I-CapIV, I-CkaMI, I-CpaMI, I-CpaMII, I-CpaMIII, I-CpaMIV, I-CpaMV, I-CpaV, I-CraMI, I-EjeMI, I-GpeMI, I-GpiI, I-GzeMI, I-GzeMII, I-GzeMIII, I-HjeMI, I-LtrII, I-LtrI, I-LtrWI, I-MpeMI, I-MveMI, I-NcrII, I-Ncrl, I-NcrMI, I-OheMI, I-OnuI, I-OsoMI, I-OsoMII, I-OsoMIII, I-OsoMIV, I-PanMI, I-PanMII, I-PanMIII, I-PnoMI, I-ScuMI, I-SmaMI, I-SscMI и I-Vdi141I.
11. Полипептид по любому из пп. 1-10, где указанный вариант HE представляет собой вариант LHE, выбранный из группы, состоящей из: I-CpaMI, I-HjeMI, I-OnuI, I-PanMI и SmaMI.
12. Полипептид по любому из пп. 1-11, где указанный вариант HE представляет собой вариант LHE I-OnuI.
13. Полипептид по любому из пп. 1-12, где указанный вариант HE содержит одну или более замен аминокислот в поверхности распознавания ДНК в положениях аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 24, 26, 28, 30, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 68, 70, 72, 75, 76, 78, 80, 82, 180, 182, 184, 186, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 195, 197, 199, 201, 203, 223, 225, 227, 229, 231, 232, 234, 236, 238 и 240 аминокислотной последовательности LHE I-OnuI, представленной в SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
14. Полипептид по любому из пп. 1-13, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более замен аминокислот в положениях аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 19, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 59, 68, 70, 72, 75, 76 77, 78, 80, 82, 168, 180, 182, 184, 186, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 195, 197, 199, 201, 203, 223, 225, 227, 229, 231, 232, 234, 236, 238 и 240 аминокислотной последовательности LHE I-OnuI, представленной в SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
15. Полипептид по любому из пп. 1-14, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более замен аминокислот в по меньшей мере одном положении, выбранном из группы положений, состоящей из положений: 24, 26, 28, 30, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 68, 70, 72, 78, 80, 92, 116, 138, 143, 159, 168, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 195, 197, 199, 201, 203, 207, 223, 225, 227, 232, 236 и 238 любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
16. Полипептид по любому из пп. 1-15, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, L26G, R28D, R28Y, R30H, N32A, N32S, K34D, K34V, S35L, S36R, V37A, V37S, S40R, E42R, G44A, G44S, Q46E, T48V, T48S, V68T, V68K, A70Y, S72A, S78R, K80Q, D92G, V116L, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182V, F182M, N184E, I186K, I186M, S188R, S188N, K189R, S190N, K191P, K191N, L192V, G193K, G193I, Q195G, Q195R, Q197R, V199R, S201G, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
17. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, N32A, K34D, S35L, S36R, V37A, S40R, E42R, G44A, Q46E, T48V, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, L138M, T143N, F168L, E178D, C180S, F182V, N184E, I186K, S188R, K189R, K191P, L192V, G193K, Q195G, Q197R, V199R, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
18. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, N32A, K34D, S35L, S36R, V37A, S40R, E42R, G44A, Q46E, T48V, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182M, N184E, I186M, S188N, S190N, K191N, L192V, G193I, Q195R, Q197R, V199R, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
19. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, N32A, K34D, S35L, S36R, V37A, S40R, E42R, G44S, Q46E, T48S, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, D92G, V116L, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182M, N184E, I186M, S188N, S190N, K191N, L192V, G193I, Q195R, Q197R, V199R, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
20. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, R30H, N32A, K34V, S35L, S36R, V37S, S40R, E42R, G44S, Q46E, T48V, V68T, V68K, A70Y, S72A, S78R, K80Q, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182M, N184E, I186M, S188N, S190N, K191N, L192V, G193I, Q195R, Q197R, V199R, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
21. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26G, R28Y, R30H, N32S, K34V, S35L, S36R, V37S, S40R, E42R, G44S, Q46E, T48S, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, V116L, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182M, N184E, I186M, S188N, S190N, K191N, L192V, G193I, Q195R, Q197R, V199R, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
22. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, R30H, N32A, K34V, S35L, S36R, V37S, S40R, E42R, G44S, Q46E, T48V, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, V116L, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182V, N184E, I186K, S188R, K189R, K191P, L192V, G193K, Q195G, Q197R, V199R, S201G, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
23. Полипептид по любому из пп. 1-16, где указанный вариант HE содержит по меньшей мере 5, по меньшей мере 15, предпочтительно по меньшей мере 25, более предпочтительно по меньшей мере 35 или даже более предпочтительно по меньшей мере 40 или более из следующих замен аминокислот: S24C, L26R, R28D, N32A, K34D, S35L, S36R, V37A, S40R, E42R, G44A, Q46E, T48V, V68T, A70Y, S72A, S78R, K80Q, D92G, L138M, T143N, S159P, F168L, E178D, C180S, F182M, N184E, I186M, S188N, S190N, K191N, L192V, G193I, Q195R, Q197R, V199R, T203S, K207R, Y223R, K225V, K227N, F232H, D236E и V238I любой из SEQ ID NO: 1-5, или его биологически активный фрагмент.
24. Полипептид по любому из пп. 1-23, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80%, предпочтительно по меньшей мере на 85%, более предпочтительно по меньшей мере на 90% или еще более предпочтительно по меньшей мере на 95% идентична аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO: 6-12, или его биологически активный фрагмент.
25. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 6, или его биологически активный фрагмент.
26. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 7, или его биологически активный фрагмент.
27. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 8, или его биологически активный фрагмент.
28. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 9, или его биологически активный фрагмент.
29. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 10, или его биологически активный фрагмент.
30. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 11, или его биологически активный фрагмент.
31. Полипептид по любому из пп. 1-24, где указанный вариант HE содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 12, или его биологически активный фрагмент.
32. Полипептид по любому из пп. 1-31, где указанный полипептид связывает полинуклеотидную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 20.
33. Полипептид по любому из пп. 1-32, дополнительно содержащий ДНК-связывающий домен.
34. Полипептид по п. 33, где указанный ДНК-связывающий домен выбран из группы, состоящей из ДНК-связывающего домена TALE и ДНК-связывающего домена с цинковыми пальцами.
35. Полипептид по п. 34, где указанный ДНК-связывающий домен TALE содержит от приблизительно 9,5 повторяющегося звена TALE до приблизительно 15,5 повторяющегося звена TALE.
36. Полипептид по п. 34 или п. 35, где указанный ДНК-связывающий домен TALE связывает полинуклеотидную последовательность в гене CBLB.
37. Полипептид по любому из пп. 34-36, где указанный ДНК-связывающий домен TALE связывается с полинуклеотидной последовательностью, представленной в SEQ ID NO: 21.
38. Полипептид по п. 37, где указанный полипептид связывает и расщепляет полинуклеотидную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 22.
39. Полипептид по п. 34, где указанный ДНК-связывающий домен с цинковыми пальцами содержит 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 мотивов цинкового пальца.
40. Полипептид по любому из пп. 1-39, дополнительно содержащий пептидный линкер и модифицирующий концы фермент или его биологически активный фрагмент.
41. Полипептид по любому из пп. 1-40, дополнительно содержащий вирусный саморасщепляющийся пептид 2А и модифицирующий концы фермент или его биологически активный фрагмент.
42. Полипептид по п. 40 или 41, где указанный модифицирующий концы фермент или его биологически активный фрагмент имеет 5'-3'-экзонуклеазную, 5'-3'-щелочную экзонуклеазную, 3'-5'-экзонуклеазную, 5'-флэп-эндонуклеазную, геликазную, TdT активность или независимую от матрицы ДНК-полимеразную активность.
43. Полипептид по любому из пп. 40-42, где указанный модифицирующий концы фермент содержит Trex2 или его биологически активный фрагмент.
44. Полипептид по любому из пп. 1-43, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO: 13-19, или его биологически активный фрагмент.
45. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 13, или его биологически активный фрагмент.
46. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 14, или его биологически активный фрагмент.
47. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 15, или его биологически активный фрагмент.
48. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 16, или его биологически активный фрагмент.
49. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 17, или его биологически активный фрагмент.
50. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 18, или его биологически активный фрагмент.
51. Полипептид по п. 44, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 19, или его биологически активный фрагмент.
52. Полипептид по любому из пп. 1-51, где указанный полипептид расщепляет человеческий ген CBLB в полинуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 20 или 22.
53. Полинуклеотид, кодирующий полипептид по любому из пп. 1-52.
54. иРНК, кодирующая полипептид по любому из пп. 1-52.
55. кДНК, кодирующая полипептид по любому из пп. 1-52.
56. Вектор, содержащий полинуклеотид, кодирующий полипептид по любому из пп. 1-52.
57. Клетка, содержащая полипептид по любому из пп. 1-52.
58. Клетка, содержащая полинуклеотид, кодирующий полипептид по любому из пп. 1-52.
59. Клетка, содержащая вектор по п. 56.
60. Клетка, содержащая одну или более модификаций генома, введенных с помощью полипептида по любому из пп. 1-52.
61. Клетка по любому из пп. 57-60, отличающаяся тем, что указанная клетка содержит полинуклеотид, кодирующий один или более из усилителя иммунопотенции, подавителя иммуносупрессорного сигнала или модифицированного антигенного рецептора.
62. Клетка по п. 61, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид дополнительно содержит промотор РНК-полимеразы II, функционально соединенный с полинуклеотидом, кодирующим усилитель иммунопотенции, подавитель иммуносупрессорного сигнала или модифицированный антигенный рецептор.
63. Клетка по п. 62, отличающаяся тем, что указанный промотор РНК-полимеразы II выбран из группы, состоящей из короткого промотора EF1α, длинного промотора EF1α, промотора человеческого локуса ROSA26, промотора убиквитина С (UBC), промотора фосфоглицераткиназы-1 (PGK), энхансера цитомегаловируса/промотора β-актина курицы (CAG), промотора β-актина и промотора с энхансером вируса миелопролиферативной саркомы, с удаленным участком отрицательного контроля и с сайтом связывания праймера, замещенным на последовательность из dl587rev (MND).
64. Клетка по любому из пп. 61-63, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид дополнительно кодирует один или более саморасщепляющихся вирусных пептидов, функционально соединенных с, расположенных между ними и/или фланкирующих усилитель иммунопотенции, подавитель иммуносупрессорного сигнала или модифицированный антигенный рецептор.
65. Клетка по п. 64, отличающаяся тем, что указанный саморасщепляющийся вирусный пептид представляет собой пептид 2А.
66. Клетка по любому из пп. 61-65, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид дополнительно содержит гетерологичный сигнал полиаденилирования.
67. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала обладает ферментативной функцией, которая противодействует иммуносупрессорному фактору.
68. Клетка по п. 67, отличающаяся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала обладает кинурениназной активностью.
69. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала содержит:
(a) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, причем необязательно указанный экзодомен представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент;
(b) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, и трансмембранный домен; или
(c) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, трансмембранный домен и модифицированный эндодомен, который не способен передавать иммуносупрессорные сигналы к клетке.
70. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что указанный усилитель иммунопотенции выбран из группы, состоящей из биспецифической молекулы, активирующей T-клетки (BiTE), иммунопотенциирующего фактора и переключающего рецептора.
71. Клетка по п. 70, отличающаяся тем, что указанный иммунопотенциирующий фактор выбран из группы, состоящей из цитокина, хемокина, цитотоксина, рецептора цитокина и их вариантов.
72. Клетка по п. 70, отличающаяся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен и трансмембранный домен TGFβRII; и эндодомен из TLR4, CD28, CD134, CD137, CD278 и/или CD3ζ, гибридизованный в пределах рамки считывания с C-концевой частью трансмембранного домена TGFβRII.
73. Клетка по п. 70, отличающаяся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен TGFβRII; трансмембранный домен, выделенный из полипептида TLR4, CD3, CD4, CD8α, CD28, CD134 или CD137; и эндодомен из TLR4, CD28, CD134, CD137, CD278 и/или CD3ζ, гибридизованный в пределах рамки считывания с C-концевой частью экзодомена TGFβRII.
74. Клетка по п. 70, отличающаяся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен TGFβRII; а также трансмембранный домен и эндодомен, выделенные из полипептида TLR4, CD3, CD4, CD8α, CD28, CD134 или CD137, гибридизованные в пределах рамки считывания с C-концевой частью экзодомена TGFβRII.
75. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что указанный модифицированный антигенный рецептор выбран из группы, состоящей из модифицированного ТКР, CAR, Daric или зетакина.
76. Клетка по п. 75, отличающаяся тем, что указанный модифицированный рецептор не интегрирован в ген CBLB.
77. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что указанный полинуклеотид, кодирующий один или более из усилителя иммунопотенции, подавителя иммуносупрессорного сигнала или модифицированного антигенного рецептора, интегрирован в ген CBLB.
78. Клетка по любому из пп. 61-66, отличающаяся тем, что донорная матрица для восстановления, содержащая полинуклеотид, кодирующий один или более из усилителя иммунопотенции, подавителя иммуносупрессорного сигнала или модифицированного антигенного рецептора, интегрирована в ген CBLB в сайт двухцепочечного разрыва ДНК, введенный с помощью полипептида по любому из пп. 1-52.
79. Клетка по любому из пп. 57-78, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой гемопоэтическую клетку.
80. Клетка по любому из пп. 57-79, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой T-клетку.
81. Клетка по любому из пп. 57-80, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой CD3+, CD4+ и/или CD8+ клетку.
82. Клетка по любому из пп. 57-81, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой иммунную эффекторную клетку.
83. Клетка по любому из пп. 57-82, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой цитотоксический Т-лимфоцит (ЦТЛ), инфильтрирующий опухоль лимфоцит (ТИЛ) или хелперную T-клетку.
84. Клетка по любому из пп. 57-82, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку природного киллера (NK) или клетку природного T-киллера (NKT).
85. Клетка по любому из пп. 57-84, отличающаяся тем, что источник указанной клетки представляет собой мононуклеарные клетки периферической крови, костный мозг, ткань лимфатических узлов, пуповинную кровь, ткань тимуса, ткань из очага инфекции, асциты, плевральный выпот, ткань селезенки или опухоли.
86. Клетка по любому из пп. 57-85, отличающаяся тем, что указанная клетка содержит один или более модифицированных аллелей CBLB.
87. Клетка по п. 72, отличающаяся тем, что указанный один или более модифицированных аллелей CBLB являются нефункциональными или имеют по существу сниженную функцию и/или активность CBLB.
88. Клетка по любому из пп. 57-87, отличающаяся тем, что указанная клетка содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую усилитель иммунопотенции или подавитель иммуносупрессорного сигнала, введенный в один или более модифицированных аллелей CBLB, и указанная клетка дополнительно содержит модифицированный антигенный рецептор, который не введен в один или более модифицированных аллелей CBLB.
89. Множество клеток, содержащее одну или более клеток по любому из пп. 57-88.
90. Композиция, содержащая одну или более клеток по любому из пп. 57-88.
91. Композиция, содержащая одну или более клеток по любому из пп. 57-88 и физиологически приемлемый носитель.
92. Способ редактирования человеческого гена CBLB в клетке, включающий: введение в указанную клетку полинуклеотида, кодирующего полипептид по любому из пп. 1-52, причем экспрессия указанного полипептида создает двухцепочечный разрыв в сайте-мишени в человеческом гене CBLB.
93. Способ редактирования человеческого гена CBLB в клетке, включающий: введение в указанную клетку полинуклеотида, кодирующего полипептид по любому из пп. 1-52, причем экспрессия указанного полипептида создает двухцепочечный разрыв в сайте-мишени в человеческом гене CBLB, при этом разрыв восстанавливается с помощью негомологичного соединения концов (NHEJ).
94. Способ редактирования человеческого гена CBLB в клетке, включающий: введение в указанную клетку полинуклеотида, кодирующего полипептид по любому из пп. 1-52, и донорной матрицы для восстановления, причем экспрессия указанного полипептида создает двухцепочечный разрыв в сайте-мишени в человеческом гене CBLB и донорная матрица для восстановления встраивается в ген человеческого CBLB с помощью направляемого гомологией восстановления (HDR) в сайте двухцепочечного разрыва (ДЦР).
95. Способ по любому из пп. 92-94, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой гемопоэтическую клетку.
96. Способ по любому из пп. 92-95, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой T-клетку.
97. Способ по любому пп. 92-96, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой CD3+, CD4+ и/или CD8+ клетку.
98. Способ по любому из пп. 92-97, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой иммунную эффекторную клетку.
99. Способ по любому из пп. 92-98, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой цитотоксический Т-лимфоцит (ЦТЛ), инфильтрирующий опухоль лимфоцит (ТИЛ) или хелперную T-клетку.
100. Способ по любому из пп. 92-98, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой клетку природного киллера (NK) или клетку природного T-киллера (NKT).
101. Способ по любому из пп. 92-100, отличающийся тем, что источник указанной клетки представляет собой мононуклеарные клетки периферической крови, костный мозг, ткань лимфатических узлов, пуповинную кровь, ткань тимуса, ткань из очага инфекции, асциты, плевральный выпот, ткань селезенки или опухоли.
102. Способ по любому из пп. 92-101, отличающийся тем, что указанный полинуклеотид, кодирующий указанный полипептид, представляет собой иРНК.
103. Способ по любому из пп. 92-102, отличающийся тем, что указанный полинуклеотид, кодирующий 5'-3'-экзонуклеазу, вводят в клетку.
104. Способ по любому из пп. 92-103, отличающийся тем, что указанный полинуклеотид, кодирующий Trex2 или его биологически активный фрагмент, вводят в клетку.
105. Способ по любому из пп. 94-104, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления кодирует ген CBLB или его часть, содержащую одну или более мутаций по сравнению с геном CBLB дикого типа.
106. Способ по любому из пп. 94-105, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления кодирует один или более из усилителя иммунопотенции, подавителя иммуносупрессорного сигнала или модифицированного антигенного рецептора.
107. Способ по п. 106, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления дополнительно содержит промотор РНК-полимеразы II, функционально соединенный с усилителем иммунопотенции, подавителем иммуносупрессорного сигнала или модифицированным антигенным рецептором.
108. Способ по п. 107, отличающийся тем, что указанный промотор РНК-полимеразы II выбран из группы, состоящей из короткого промотора EF1α, длинного промотора EF1α, промотора человеческого локуса ROSA26, промотора убиквитина С (UBC), промотора фосфоглицераткиназы-1 (PGK), энхансера цитомегаловируса/промотора β-актина курицы (CAG), промотора β-актина и промотора с энхансером вируса миелопролиферативной саркомы, с удаленным участком отрицательного контроля и с сайтом связывания праймера, замещенным на последовательность из dl587rev (MND).
109. Способ по любому из пп. 106-108, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления дополнительно кодирует один или более саморасщепляющихся вирусных пептидов, функционально соединенных с, расположенных между ними и/или фланкирующих усилитель иммунопотенции, подавитель иммуносупрессорного сигнала или модифицированный антигенный рецептор.
110. Способ по п. 109, отличающийся тем, что указанный саморасщепляющийся вирусный пептид представляет собой пептид 2А.
111. Способ по любому из пп. 106-108, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления дополнительно содержит гетерологичный сигнал полиаденилирования.
112. Способ по любому из пп. 106-111, отличающийся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала обладает ферментативной функцией, которая противодействует иммуносупрессорному фактору.
113. Способ по п. 112, отличающийся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала обладает кинурениназной активностью.
114. Способ по любому из пп. 106-111, отличающийся тем, что указанный подавитель иммуносупрессорного сигнала содержит:
(a) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, причем необязательно указанный экзодомен представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент;
(b) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, и трансмембранный домен; или
(c) экзодомен, который связывает иммуносупрессорный фактор, трансмембранный домен и модифицированный эндодомен, который не способен передавать иммуносупрессорные сигналы к клетке.
115. Способ по п. 114, отличающийся тем, что указанный экзодомен и/или трансмембранный домен подавителя иммуносупрессорного сигнала представляет собой экзодомен и/или трансмембранный домен TGFβRII.
116. Способ по любому из пп. 106-111, отличающийся тем, что указанный усилитель иммунопотенции выбран из группы, состоящей из биспецифической молекулы, активирующей T-клетки (BiTE), иммунопотенциирующего фактора и переключающего рецептора.
117. Способ по п. 116, отличающийся тем, что указанный иммуностимулирующий фактор выбран из группы, состоящей из цитокина, хемокина, цитотоксина, рецептора цитокина и их вариантов.
118. Способ по п. 116, отличающийся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен и трансмембранный домен TGFβRII; и эндодомен из TLR4, CD28, CD134, CD137, CD278 и/или CD3ζ, гибридизованный в пределах рамки считывания с C-концевой частью трансмембранного домена TGFβRII.
119. Способ по п. 116, отличающийся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен TGFβRII; трансмембранный домен, выделенный из полипептида TLR4, CD3, CD4, CD8α, CD28, CD134 или CD137; и эндодомен из TLR4, CD28, CD134, CD137, CD278 и/или CD3ζ, гибридизованный в пределах рамки считывания с C-концевой частью экзодомена TGFβRII.
120. Способ по п. 116, отличающийся тем, что указанный переключающий рецептор содержит экзодомен TGFβRII; а также трансмембранный домен и эндодомен, выделенные из полипептида TLR4, CD3, CD4, CD8α, CD28, CD134 или CD137, гибридизованные в пределах рамки считывания с C-концевой частью экзодомена TGFβRII.
121. Способ по любому из пп. 106-111, отличающийся тем, что указанный модифицированный антигенный рецептор выбран из группы, состоящей из модифицированного ТКР, CAR, Daric или зетакина.
122. Способ по любому из пп. 94-121, отличающийся тем, что указанная донорная матрица для восстановления содержит 5'-плечо гомологии, гомологичное последовательности человеческого гена CBLB, расположенной в 5´-направлении от ДЦР, и 3'-плечо гомологии, гомологичное последовательности человеческого гена CBLB, расположенной в 3´-направлении от ДЦР.
123. Способ по п. 122, отличающийся тем, что длины 5'- и 3'-плеч гомологии независимо выбраны из диапазона от приблизительно 100 п.о. до приблизительно 2500 п.о.
124. Способ по п. 122 или 123, отличающийся тем, что длины 5´- и 3´-плеч гомологии независимо выбраны из диапазона от приблизительно 600 п.о. до приблизительно 1500 п.о.
125. Способ по любому из пп. 122-124, отличающийся тем, что указанное 5'-плечо гомологии составляет приблизительно 1500 п.о., и 3'-плечо гомологии составляет приблизительно 1000 п.о.
126. Способ по любому из пп. 122-125, отличающийся тем, что указанное 5'-плечо гомологии составляет приблизительно 600 п.о., и 3'-плечо гомологии составляет приблизительно 600 п.о.
127. Способ по любому из пп. 94-126, отличающийся тем, что вирусный вектор применяют для введения донорной матрицы для восстановления в клетку.
128. Способ по п. 127, отличающийся тем, что указанный вирусный вектор представляет собой вектор на основе рекомбинантного аденоассоциированного вируса (rAAV) или ретровирус.
129. Способ по п. 128, отличающийся тем, что указанный rAAV имеет один или более ITR из AAV2.
130. Способ по п. 128 или п. 129, отличающийся тем, что указанный rAAV имеет серотип, выбранный из группы, состоящей из: AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9 и AAV10.
131. Способ по любому из пп. 128-130, отличающийся тем, что указанный rAAV имеет серотип AAV2 или AAV6.
132. Способ по п. 128, отличающийся тем, что указанный ретровирус представляет собой лентивирус.
133. Способ по п. 132, отличающийся тем, что указанный лентивирус представляет собой лентивирус, дефицитный по интегразе (IDLV).
134. Способ лечения, предотвращения или уменьшения по меньшей мере одного симптома рака, инфекционного заболевания, аутоиммунного заболевания, воспалительного заболевания и иммунодефицита или состояния, ассоциированного с ними, включающий введение субъекту эффективного количества композиции по п. 90 или 91.
135. Способ лечения солидного рака, включающий введение субъекту эффективного количества композиции по п. 90 или 91.
136. Способ по п. 135, отличающийся тем, что указанный солидный рак включает рак печени, рак поджелудочной железы, рак легких, рак молочной железы, рак яичников, рак предстательной железы, рак яичка, рак мочевого пузыря, рак мозга, саркому, рак головы и шеи, рак костей, рак щитовидной железы, рак почек или рак кожи.
137. Способ лечения гематологической злокачественной опухоли, включающий введение субъекту эффективного количества композиции по п. 90 или п. 91.
138. Способ по п. 137, отличающийся тем, что указанная гематологическая злокачественная опухоль представляет собой лейкоз, лимфому или множественную миелому.
