Новые пептиды и комбинации пептидов для применения в иммунотерапии рака легких, в том числе немелкоклеточного рака легких (нмрл) и других видов рака - RU2017137142A
Код документа: RU2017137142A
Формула
1. Пептид, включающий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110 или вариантные последовательности, которые по меньшей мере на 88% гомологичны последовательностям с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110, и где указанный вариант связывается с молекулой(ами) главного комплекса гистосовместимости МНС и/или индуцирует Т-клеточную перекрестную реакцию с указанным вариантным пептидом, где указанный пептид не является полноразмерным полипептидом.
2. Пептид по п. 1, где указанный пептид имеет способность связываться с молекулой МНС I или II класса, и где указанный пептид, когда он связан с указанной молекулой МНС, в состоянии распознаваться Т-клетками CD4 и/или CD8.
3. Пептид или его вариант по п. 1 или 2, где его аминокислотная последовательность включает непрерывный фрагмент аминокислот в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
4. Пептид или его вариант по любому из пп. 1-3, где указанный пептид или его вариант имеет общую длину от 8 до 100, предпочтительно от 8 до 30, и более предпочтительно от 8 до 16 аминокислот, и, наиболее предпочтительно, где пептид состоит или состоит по существу из аминокислотной последовательности в соответствии с любой из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
5. Пептид или его вариант по любому из пп. 1-4, где указанный пептид модифицирован и/или включает непептидные связи.
6. Пептид или его вариант по любому из пп. 1-5, где указанный пептид является частью слитого белка, в частности, включающего N-терминальные аминокислоты антиген-ассоциированной инвариантной цепи (Ii) HLA-DR.
7. Нуклеиновая кислота, кодирующая пептид или его вариант по любому из пп. 1-6, необязательно связанная с гетерологичной последовательностью промотора.
8. Вектор экспрессии, экспрессирующий нуклеиновую кислоту по п. 7.
9. Рекомбинантная клетка-хозяин, включающая пептид по пп. 1-6, нуклеиновую кислоту по п. 7 или вектор экспрессии по п. 8, где указанная клетка-хозяин предпочтительно является антигенпрезентирующей клеткой, такой как дендритная клетка.
10. Пептид или его вариант по любому из пп. 1-6, нуклеиновая кислота по п. 7, вектор экспрессии по п. 8 или клетка-хозяин по п. 9 для применения в медицине.
11. Способ получения пептида или его варианта по любому из пп. 1-6, где способ включает культивацию клетки-хозяина по п. 9, которая презентирует пептид по пп. 1-6, или экспрессирует нуклеиновую кислоту по п. 7, или вмещает вектор экспрессии по п. 8, и выделение пептида или его варианта из клетки-хозяина или его культуральной среды.
12. Способ получения активированных Т-лимфоцитов in vitro, где способ включает контактирование Т-клеток in vitro с нагруженными антигеном молекулами МНС человека I или II класса, экспрессированными на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки или искусственной конструкции, имитирующей антигенпрезентирующую клетку, в течение периода времени, достаточного для активации указанных Т-клеток антиген-специфическим образом, где указанный антиген является пептидом по любому из пп. 1-4.
13. Активированный Т-лимфоцит, полученный с помощью способа по п. 12, который селективно распознает клетку, которая презентирует полипептид, включающий аминокислотную последовательность, указанную в любом из пп. 1-4.
14. Способ уничтожения клеток-мишеней у пациента, чьи клетки-мишени презентируют полипептид, включающий аминокислотную последовательность, указанную в любом из пп. 1-4, где способ включает введение пациенту эффективного числа активированных Т-клеток по п. 13.
15. Антитело, в частности растворимое или связанное с мембраной антитело, которое специфически распознает пептид или его вариант по любому из пп. 1-5, предпочтительно пептид или его вариант по любому из пп. 1-5, когда он связан с молекулой МНС.
16. Применение пептида по любому из пп. 1-6, нуклеиновой кислоты по п. 7, вектора экспрессии по п. 8, клетки по п. 9, активированного Т-лимфоцита по п. 13 или антитела по п. 15 для лечения рака или в производстве медикамента против рака.
17. Применение по п. 16, где указанный рак выбирается из следующей группы: рак легких, рак головного мозга, рак молочной железы, колоректальный рак, рак пищевода, рак почки, рак печени, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак желудка, меланома, карцинома клеток Меркеля, лейкоз (ОМЛ, ХЛЛ) и другие опухоли, которые демонстрируют избыточную экспрессию белка, из которого образован пептид с последовательностью SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
18. Комплект, включающий
(а) контейнер, включающий фармацевтическую композицию, содержащую пептид(ы) или вариант по любому из пп. 1-6, нуклеиновую(ые) кислоту(ы) по п. 7, вектор(ы) экспрессии по п. 8, клетку(и) по п. 10, активированный(ые) Т-лимфоцит(ы) по п. 13 или антитело по п. 15, в виде раствора или в лиофилизированной форме;
(б) необязательно - второй контейнер, содержащий разбавитель или восстанавливающий раствор для лиофилизированного состава;
(в) необязательно - по меньшей мере еще один пептид, выбранный из группы, состоящей из пептидов с SEQ ID No. 1 по 162, и
(г) необязательно - инструкции по (i) применению раствора или (ii) восстановлению и/или по применению лиофилизированного состава.
19. Комплект по п. 18, дополнительно включающий один или более из (iii) буферов, (iv) разбавителей, (v) фильтров, (vi) игл или (v) шприцев.
20. Комплект по п. 18 или 19, где указанный пептид выбран из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
21. Способ получения персонализированной противораковой вакцины, причем указанный способ включает
а) идентификацию опухолеассоциированных пептидов (TUMAP), презентируемых опухолевым образцом указанного отдельного пациента;
б) сравнение пептидов, идентифицированных на этапе а) с хранилищем пептидов, которые предварительно прошли скрининг на иммуногенность и/или избыточную презентацию в опухолях по сравнению с нормальными тканями;
в) выбор по меньшей мере одного пептида из хранилища, который соответствует пептиду TUMAP, идентифицированному у пациента; и
г) приготовление персонализированной вакцины на основании этапа в).
22. Способ по п. 21, где указанные пептиды TUMAP идентифицируют с помощью:
а1) сравнения данных по экспрессии в опухолевом образце с данными образца нормальной ткани, соответствующей типу ткани опухолевого образца, для идентификации белков, которые в опухолевом образце экспрессируются в избытке или аберрантно; и
а2) установление корреляции между данными экспрессии и последовательностями лигандов МНС, связанных с молекулами МНС I и/или II класса в опухолевом образце, в целях идентификации лигандов МНС, которые получены из белков, избыточно или аберрантно экспрессируемых опухолью.
23. Способ по п. 21 или п. 22, где последовательности лигандов МНС идентифицируют с помощью элюирования связанных пептидов из молекул МНС, выделенных из опухолевого образца, и секвенирования элюированных лигандов.
24. Способ по любому из пп. 21-23, где нормальную ткань, соответствующую типу ткани опухолевого образца, получают у одного и того же пациента.
25. Способ по любому из пп. 21-24, где пептиды, включенные в хранилище, идентифицируют на основании следующих этапов:
аа. Проведение анализа экспрессии информационной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) всего генома с помощью методов с высокой степенью параллелизма, таких как выявление профилей экспрессии на основе микрочипов или секвенирования, включающих идентификацию генов, которые в избытке экспрессируются в злокачественной ткани по сравнению с нормальной тканью или тканями;
аб. Выбор пептидов, которые кодируются генами, обнаруженными на этапе аа., экспрессируемыми селективно или в избытке, и
ав. Определение индукции in vivo Т-клеточных ответов выбранными пептидами, включая анализы иммуногенности in vitro при использовании человеческих Т-клеток здоровых доноров или указанного пациента; или
ба. Идентификация HLA-лигандов из указанного опухолевого образца с помощью масс-спектрометрии;
бб. Проведение анализа экспрессии информационной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) всего генома с помощью методов с высокой степенью параллелизма, таких как выявление профилей экспрессии на основе микрочипов или секвенирования, включающих идентификацию генов, которые в избытке экспрессируются в злокачественной ткани по сравнению с нормальной тканью или тканями;
бв. Сравнение идентифицированных HLA-лигандов с данными экспрессии указанных генов;
бг. Выбор пептидов, которые кодируются генами, экспрессируемыми селективно или в избытке, обнаруженными на этапе бв.;
бд. Повторное обнаружение отобранных пептидов TUMAP этапа бг. на опухолевой ткани и нечастое обнаружение или их отсутствие на здоровых тканях и подтверждение релевантности избыточной экспрессии на уровне мРНК; и
бе. Определение индукции in vivo Т-клеточных ответов выбранными пептидами, включая анализы иммуногенности in vitro при использовании человеческих Т-клеток здоровых доноров или указанного пациента.
26. Способ по любому из пп. 21-25, где иммуногенность пептидов, включенных в хранилище, определяют способом, включающим анализ иммуногенности in vitro, моноторинг иммунного статуса пациента на наличие связывания отдельных пептидов с молекулами HLA, окрашивание МНС-мультимеров, анализ методом ELISPOT и/или внутриклеточное окрашивание цитокинов.
27. Способ по любому из пп. 21-26, где указанное хранилище включает множество пептидов, выбранных из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID No 1 по SEQ ID No 162.
28. Способ по любому из пп. 21-27, дополнительно включающий идентификацию по меньшей мере одной мутации, являющейся уникальной для опухолевого образца по сравнению с нормальной соответствующей тканью отдельного пациента, и выбор пептида, который коррелирует с мутацией, для включения в вакцину или получения средств клеточной терапии.
29. Способ по п. 28, где указанную по меньшей мере одну мутацию идентифицируют методом полногеномного секвенирования.
30. Т-клеточный рецептор, предпочтительно растворимый или связанный с мембраной, реагирующий с HLA-лигандом, где указанный лиганд по меньшей мере на 75% идентичен аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID NO 1 по SEQ ID NO 110.
31. Т-клеточный рецептор по п. 30, где указанная аминокислотная последовательность по меньшей мере на 88% идентична последовательностям с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
32. Т-клеточный рецептор по п. 30 или 31, где указанная аминокислотная последовательность содержит любую из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110.
33. Т-клеточный рецептор по любому из пп. 30-32, где указанный Т-клеточный рецептор представлен в виде растворимой молекулы и, необязательно, обладает дополнительной эффекторной функцией, например, несет иммуностимулирующий домен или токсин.
34. Нуклеиновая кислота, кодирующая Т-клеточный рецептор по любому из пп. 30-33, необязательно связанная с гетерологичной последовательностью промотора.
35. Вектор экспрессии, способный экспрессировать нуклеиновую кислоту по п. 34.
36. Клетка-хозяин, включающая нуклеиновую кислоту по п. 34, или нуклеиновую кислоту, кодирующую антитело по п. 15, или вектор экспрессии по п. 35, где указанная клетка-хозяин предпочтительно является Т-клеткой или NK-клеткой.
37. Способ получения Т-клеточного рецептора по любому из пп. 30-33, причем указанный способ включает культивацию клетки-хозяина по п. 36 и выделение указанного Т-клеточного рецептора из указанной клетки-хозяина и/или ее культуральной среды.
38. Фармацевтическая композиция, включающая по меньшей мере один активный ингредиент, выбранный из группы, состоящей из
а) пептида, выбранного из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID No. 1 по 110;
б) Т-клеточного рецептора, реагирующего с пептидом и/или комплексом пептида и МНС в соответствии с а);
в) слитого белка, включающего пептид в соответствии с а) и 1-80 N-терминальных аминокислот антиген-ассоциированной инвариантной цепи HLA-DR (Ii);
г) нуклеиновой кислоты, кодирующей любой из ингредиентов с а) по в), или вектора экспрессии, включающего указанную нуклеиновую кислоту,
д) клетки-хозяина, включающей вектор экспрессии в соответствии с г),
е) активированного Т-лимфоцита, полученного способом, включающим контактирование Т-клеток in vitro с пептидом в соответствии с а), экспрессированным на поверхности подходящей антигенпрезентирующей клетки в течение периода времени, достаточного для активации антиген-специфическим образом указанной Т-клетки, а также способом переноса этих активированных Т-клеток в аутологичных или других пациентов;
ж) антитела или растворимого Т-клеточного рецептора, реагирующего с пептидом и/или комплексом пептида и МНС в соответствии с а) и/или клеткой, презентирующей пептид в соответствии с а), и потенциально модифицированной посредством слияния, например, с иммуностимулирующими доменами или токсинами,
з) аптамера, распознающего пептид, выбранный из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 110 и/или комплекса пептида, выбранного из группы, состоящей из последовательностей с SEQ ID No. 1 по SEQ ID No. 162, с молекулой МНС,
и) конъюгированного или меченого пептида или каркаса в соответствии с любым из пунктов а)-з)
и фармацевтически приемлемый носитель и, необязательно, фармацевтически приемлемые вспомогательные вещества и/или стабилизаторы.
39. Аптамер, который специфически распознает пептид или его вариант по любому из пп. 1-4, предпочтительно пептид или его вариант по любому из пп. 1-4, который связан с молекулой МНС.
