Доставка терапевтических полипептидов посредством псевдотипированных онкологических вирусов - RU2019102391A
Код документа: RU2019102391A
Формула
1. Псевдотипированный онколитический вирус, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту, которая содержит
i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую привлекающий полипептид, причем указанный привлекающий полипептид содержит домен активации, специфичный в отношении антигена, экспрессированного на эффекторной клетке, и домен распознавания антигена, специфичный в отношении антигена поверхности клетки, экспрессированного на клетке–мишени.
2. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 1, отличающийся тем, что указанный домен распознавания антигена специфично связывается с опухолевым антигеном.
3. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 2, отличающийся тем, что указанный опухолевый антиген выбран из таблицы 2.
4. Псевдотипированный онколитический вирус, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту, которая содержит:
i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую привлекающий полипептид, причем указанный привлекающий полипептид содержит домен активации, специфичный в отношении антигена, экспрессированного на эффекторной клетке, и домен терапевтической молекулы, который связывается с ингибиторным антигеном, экспрессированным на поверхности клетки.
5. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 4, отличающийся тем, что указанный домен терапевтической молекулы специфично связывается с PD1, PDL1 или CD47.
6. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная рекомбинантная нуклеиновая кислота дополнительно содержит вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтический полипептид.
7. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 6, отличающийся тем, что указанная рекомбинантная нуклеиновая кислота представляет собой мультицистронную последовательность.
8. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 7, отличающийся тем, что указанная мультицистронная последовательность представляет собой бицистронную последовательность или трицистронную последовательность.
9. Онколитический вирус по п. 7, отличающийся тем, что указанная мультицистронная последовательность содержит пикорнавирус–2а–подобную последовательность, причем указанные первая и вторая последовательности нуклеиновой кислоты экспрессируются с одной последовательности промотора, присутствующей в рекомбинантной нуклеиновой кислоте.
10. Онколитический вирус по п. 6, отличающийся тем, что указанный терапевтический полипептид представляет собой полипептид–иммуномодулятор.
11. Онколитический вирус по п. 10, отличающийся тем, что указанный полипептид–иммуномодулятор выбран из цитокина, костимулирующей молекулы, полипептида иммунной контрольной точки, антиангиогенного фактора, матриксной металлопротеиназы (MMP) или нуклеиновой кислоты.
12. Онколитический вирус по п. 11, отличающийся тем, что указанный полипептид иммунной контрольной точки включает
i) ингибитор PD–1, PDL–1, CTLA–4, LAG3, TIM3, нейропилин или CCR4;
ii) агонист GITR, OX–40 или CD28; или
iii) комбинацию i) и ii).
13. Онколитический вирус по п. 11, отличающийся тем, что указанная MMP представляет собой MMP9.
14. Онколитический вирус по п. 11, отличающийся тем, что указанный цитокин выбран из ИЛ–15, ИЛ–12 и CXCL10.
15. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная эффекторная клетка представляет собой Т–клетку, NKT–клетку, NK–клетку или макрофаг.
16. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный домен активации специфично связывается с CD3, CD4, CD5, CD8, CD16, CD28, CD40, CD134, CD137 или NKG2D.
17. Псевдотипированный онколитический вирус, содержащий последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты, которая содержит
i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую привлекающий полипептид, причем указанный привлекающий полипептид содержит домен активации, специфичный в отношении антигена, экспрессированного на эффекторной клетке, и домен распознавания антигена, специфичный в отношении антигена опухолевой клетки, экспрессированного на клетке–мишени, причем указанный антиген, экспрессированный на эффекторной клетке, представляет собой CD3, и причем указанный антиген опухолевой клетки представляет собой CD19.
18. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 44.
19. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит SEQ ID NO: 43.
20. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–12.
21. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 20, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 54.
22. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–15.
23. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 22, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 53.
24. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой CXCL10.
25. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 24, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 55.
26. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 17, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой MMP9.
27. Псевдотипированный онколитический вирус, содержащий последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты, которая содержит
i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую привлекающий полипептид, причем указанный привлекающий полипептид содержит домен активации, специфичный в отношении антигена, экспрессированного на эффекторной клетке, и домен терапевтической молекулы, специфичный в отношении ингибиторного антигена, причем указанный антиген, экспрессированный на эффекторной клетке, представляет собой CD3, и причем указанный ингибиторный антиген представляет собой PDL1.
28. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 50.
29. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит SEQ ID NO: 49.
30. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–12.
31. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 30, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 63.
32. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–15.
33. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 32, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 62.
34. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой CXCL10.
35. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 34, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 64.
36. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой MMP9.
37. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 27, отличающийся тем, что указанная привлекающая молекула дополнительно содержит третий связывающий домен.
38. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 37, отличающийся тем, что указанный третий связывающий домен содержит Fc–домен иммуноглобулина.
39. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 38, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 52.
40. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 39, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит SEQ ID NO: 51.
41. Псевдотипированный онколитический вирус, содержащий последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты, которая содержит
i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую привлекающий полипептид, причем указанный привлекающий полипептид содержит домен активации, специфичный в отношении антигена, экспрессированного на эффекторной клетке, и домен терапевтической молекулы, специфичный в отношении ингибиторного антигена, причем указанный антиген, экспрессированный на эффекторной клетке, представляет собой CD3, и причем указанный ингибиторный антиген представляет собой SIRP1α.
42. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 46 или 48.
43. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит SEQ ID NO: 45 или 47.
44. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–12.
45. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 44, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 58 или 59.
46. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой ИЛ–15.
47. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 46, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 56 или 57.
48. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой CXCL10.
49. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 48, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 60 или 61.
50. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой MMP9.
51. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 50, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 65 или 66.
52. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 41, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты дополнительно содержит
ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую терапевтическую молекулу, причем указанная терапевтическая молекула представляет собой scFv против PDL1, присоединенный к Fc–домену IgG1.
53. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 52, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты кодирует полипептидную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 68 или 70.
54. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 52, отличающийся тем, что указанная последовательность рекомбинантной нуклеиновой кислоты содержит SEQ ID NO: 67 или 69.
55. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный псевдотипированный онколитический вирус выбран из аденовируса, вируса простого герпеса 1 (ВПГ1), вируса миксомы, реовируса, полиовируса, вируса везикулярного стоматита (ВВС), вируса кори (ВК), вируса Ласса (ВЛ) или вируса болезни Ньюкасла (ВБН).
56. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из пп. 1–54, отличающийся тем, что указанный псевдотипированный онколитический вирус характеризуется сниженной активностью нейротропизма и/или активностью нейротоксичности в субъекте–человеке по сравнению с эталонным вирусом.
57. Псевдотипированный онколитический вирус по п. 56, отличающийся тем, что указанный эталонный вирус представляет собой i) непсевдотипированный онколитический вирус, или ii) вирус осповакцины.
58. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из пп. 1–54, отличающийся тем, что указанный псевдотипированный онколитический вирус представляет собой аттенуированный онколитический вирус.
59. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из пп. 1–58, содержащий одну рекомбинантную нуклеиновую кислоту.
60. Псевдотипированный онколитический вирус по любому из пп. 1–58, содержащий множество рекомбинантных нуклеиновых кислот.
61. Онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный онколитический вирус избирательно инфицирует клетку–мишень.
62. Онколитический вирус по п. 61, отличающийся тем, что указанная клетка–мишень представляет собой опухолевую клетку, и причем указанный онколитический вирус способен избирательно реплицироваться в опухолевой клетке.
63. Онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный вирус не является вирусом осповакцины.
64. Онколитический вирус по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный привлекающий полипептид представляет собой двойной полипептид и состоит из антитела, домена антитела, вариабельного домена тяжелой цепи иммуноглобулина человека, антитела с двойным вариабельным доменом (dual–variable–domain antibody, DVD–Ig), тандемного диатела, диатела, антитела flexibody, антитела, полученного методом «замка на причале» («dock and lock»), полипептида Scorpion, одноцепочечного вариабельного фрагмента (scFv), BiTE (bi–specific T–cell engager, привлекающего T–клетки биспецифического активатора), DuoBody, Fc–сконструированного IgG, Fcab, Mab2 или полипептида DART.
65. Фармацевтическая композиция, содержащая псевдотипированный онколитический вирус по любому из пп. 1–64.
66. Фармацевтическая композиция по п. 65, отличающаяся тем, что указанный псевдотипированный онколитический вирус индуцирует иммунный ответ.
67. Фармацевтическая композиция по п. 66, отличающаяся тем, что указанный иммунный ответ является избирательно цитотоксическим в отношении клетки–мишени.
68. Фармацевтическая композиция по п. 67, отличающаяся тем, что указанная клетка–мишень представляет собой клетку солидной опухоли или клетку гематологического рака.
69. Фармацевтическая композиция по п. 68, отличающаяся тем, что указанная клетка–мишень экспрессирует один или более опухолевых антигенов.
70. Фармацевтическая композиция по п. 69, отличающаяся тем, что указанный один или более опухолевых антигенов выбраны из таблицы 2.
71. Способ лечения рака у субъекта, который нуждается в таком лечении, причем указанный способ включает введение терапевтически эффективного количества онколитического вируса по любому из пп. 1–54 или фармацевтической композиции по любому из пп. 65–70.
72. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает введение одного или более дополнительных вариантов терапии субъекту, который нуждается в таком введении.
73. Способ по п. 72, отличающийся тем, что указанный один или более дополнительных вариантов терапии включает хирургическое вмешательство, лучевую терапию, химиотерапию, иммунотерапию, гормональную терапию или комбинацию указанных вариантов терапии.
74. Способ лечения одной или более опухолей у субъекта, который нуждается в таком лечении, причем указанный способ включает введение пациенту терапевтически эффективного количества онколитического вируса по любому из пп. 1–54 или фармацевтической композиции по любому из пп. 65–70, причем указанная одна или более опухолей экспрессируют опухолевый антиген.
75. Способ выбора пациента для лечения, причем указанный способ включает:
a) определение экспрессии опухолевого антигена на одной или более опухолевых клетках, полученных от указанного пациента; и
b) введение онколитического вируса по любому из пп. 1–54 или фармацевтической композиции по любому из пп. 65–70, если опухолевые клетки, полученные от указанного пациента, экспрессируют один или более опухолевых антигенов.
76. Способ по п. 74 или 75, отличающийся тем, что указанный один или более опухолевых антигенов выбраны из таблицы 2.
77. Способ доставки привлекающего полипептида и терапевтического полипептида в участок опухоли, причем указанный способ включает введение пациенту, который нуждается в таком введении, онколитического вируса по любому из пп. 1–54 или фармацевтической композиции по любому из пп. 65–70.
