Способы, наборы, средства и устройства для трансдукции - RU2018118574A

Код документа: RU2018118574A

Формула

1. Способ трансдукции клеток, причем способ включает инкубацию множества клеток-мишеней с олигомерным белковым реактивом и вирусной частицей, в котором:

олигомерный белковый реактив содержит множество полипептидных мономерных единиц, где каждая единица составляет по меньшей мере или приблизительно 10, 20, 30 или 40 аминокислот в длину и/или имеет молекулярную массу по меньшей мере или приблизительно 20, 30, 40 или 50 кДа; и/или

олигомерный белковый реактив имеет молекулярную массу или имеет усредненную молекулярную массу по меньшей мере или приблизительно 100 кДа,

где способом получают выходную композицию, содержащую одну или более клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

2. Способ по п. 1, в котором олигомерный белковый реактив содержит множество полипептидных единиц, индивидуально содержащих стрептавидин, авидин, биотин-связывающий полипептид, связывающий Strep-метку пептид, мутеин стрептавидина, аналог стрептавидина, мутеин авидина, аналог авидина и/или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных.

3. Способ по п. 2, в котором олигомерный белковый реактив содержит одну или множество мультимерных субъединиц, причем каждая индивидуально содержит две или больше полипептидных единиц.

4. Способ трансдукции клеток, который включает инкубацию множества клеток-мишеней с (1) белковым реактивом, содержащим стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина, аналог авидина, мутеин или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных, и/или множество субъединиц любого из вышеуказанных; и (2) вирусной частицей,

5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором:

(i) инкубация включает смешивание клеток-мишеней с реактивом и/или смешивание клеток-мишеней с вирусной частицей, последовательно, в любом порядке, необязательно где смешивание в (a) и смешивание в (b) осуществляют в пределах периода не больше чем 1 час, 2 часа, 3 часа, 4 часа, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов, 12 часов, 18 часов, 24 часа, 36 часов, 48 часов или 72 часа и/или смешивание в (a) осуществляют не больше чем 1 час, 2 часа, 3 часа, 4 часа, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов 12 часов, 18 часов, 24 часа, 36 часов или 48 часов помимо смешивания в (b),

(ii) инкубация включает смешивание клеток-мишеней, реактива и вирусной частицы, указанное смешивание осуществляют одновременно или по существу одновременно;

(iii) инкубация включает смешивание композиции, содержащей клетки-мишени и вирусные частицы и не содержащей реактив, необязательно где:

не больше чем 5%, 10%, 20%, 30% или 40% клеток-мишеней в композиции, содержащей клетки-мишени и реактив, представляют собой активированные клетки, экспрессируют маркер поверхности, выбранный из группы, состоящей из HLA-DR, CD25, CD69, CD71, CD40L и 4-1BB; имеют внутриклеточную экспрессию цитокина, выбранного из группы, состоящей из IL-2, IFNγ, TNF-α, и/или способны к пролиферации; и/или

смешивание осуществляют не больше чем 1 час, 2 часа, 3 часа, 4 часа, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов 12 часов, 18 часов, 24 часа, 36 часов или 48 часов после смешивания клеток-мишеней и вирусных частиц в композиции;

(iv) инкубация включает смешивание композиции, содержащей клетки-мишени и реактив и не содержащей вирусную частицу, с вирусной частицей, необязательно где:

(v) инкубация включает смешивание композиции, содержащей вирусные частицы и реактив, с композицией, содержащей клетки-мишени и не вирусную частицу и/или не реактив, необязательно где:

6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором олигомерный белковый реактив содержит множество отдельных единиц, содержащих один или более из биотин-связывающего полипептида, стрептавидина, авидина, аналога стрептавидина, мутеина стрептавидина, аналога авидина, мутеина авидина и биологически активного фрагмента.

7. Способ по п. 6, в котором реактив содержит множество мультимерных субъединиц единиц, каждая из которых индивидуально содержит две или больше мономерных единиц.

8. Способ по п. 7, в котором мультимерные субъединицы являются тетрамерными и/или каждая индивидуально содержит четыре мономерных единицы.

9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором инкубация включает смешивание клеток с реактивом и с вирусной частицей, одновременно или последовательно, в любом порядке.

10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором во время по меньшей мере части инкубации, реактив и вирусная частица находятся в присутствии или в контакте с клеткой одновременно.

11. Способ трансдукции клеток, причем способ включает:

(a) приведение в контакт вирусной частицы с олигомерным белковым реактивом, тем самым создавая композицию, содержащую вирусные частицы и реактив, в которой вирусные частицы необязательно ассоциированы с реактивом; и

(b) инкубацию композиции в (a) с множеством клеток, содержащим клетки-мишени,

12. Способ трансдукции клеток, причем способ включает смешивание композиции, содержащей вирусные частицы и олигомерный белковый реактив, с множеством клеток, содержащим клетки-мишени, где способом получают выходную композицию, содержащую одну или более клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

13. Способ трансдукции клеток, причем способ включает:

(a) приведение в контакт вирусной частицы с белковым реактивом, содержащим стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина, аналог авидина, мутеин или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных и/или множество субъединиц любого из вышеуказанных, тем самым создавая композицию, содержащую вирусные частицы и реактив, в которой вирусные частицы необязательно ассоциированы с реактивом; и

(b) инкубацию композиции в (a) с множеством клеток, где способом получают выходную композицию, содержащую одну или более клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

14. Способ трансдукции клеток, причем способ включает смешивание композиции, содержащей вирусные частицы и белковый реактив, с множеством клеток, содержащим клетки-мишени, в котором:

белковый реактив содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина, аналог авидина, мутеин или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных и/или множество субъединиц любого из вышеуказанных; и

способом получают выходную композицию, содержащую одну или более клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором реактив и/или каждая из мономерных единиц и/или каждая из мультимерных единиц имеет суммарный положительный заряд или общий положительный заряд.

16. Способ по любому из пп. 1-15, в котором:

реактив не содержит и/или не конъюгирован или обратимо связан со связывающим средством, содержащим антитело или его фрагмент, или не содержит связывающее средство, содержащее молекулу клеточной поверхности человека или ее связывающий фрагмент;

реактив не содержит и/или не конъюгирован или связан с молекулой со связывающим доменом со специфичностью к маркеру клеточной поверхности человека, необязательно маркеру T-клетки;

реактив не содержит и/или не конъюгирован или связан с компонентом внеклеточного матрикса, молекулой адгезии, интегрином, лектином, интегрин-связывающим белком, хемокинами, цитокином, фактором роста, связывающей внеклеточный матрикс молекулой, ECM компонентом, вирусным белком, рецептором клеточной поверхности, способствующим проникновению вируса, гепарином, гепараном, гликанами; и/или

реактив не содержит гепарин-связывающий домен и/или не содержит интегрин-связывающий домен и/или не содержит VLA4-связывающий домен и/или не содержит VLA5-связывающий домен.

17. Способ по любому из пп. 1-16, в котором реактив дополнительно содержит и/или обратимо связан с множеством из одного или нескольких связывающих средств, каждое из которых способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности вирусной частицы и/или поверхности клетки-мишени.

18. Способ трансдукции клеток, причем способ включает инкубацию множества клеток, содержащего клетки-мишени, с:

1) олигомерным белковым реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со связывающим средством, в котором один или более сайтов связывания обратимо связывают со связывающим средством; и

2) вирусной частицей,

где по меньшей мере часть инкубации в (1) происходит одновременно с (2) и

19. Способ по п. 17 или 18, в котором:

реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с каждым из связывающих средств, множество сайтов связывания содержит один или более сайтов связывания, Z, которые способны к связыванию с партнером связывания, C; и

связывающее средство дополнительно содержит один или более партнеров связывания, C.

20. Способ по любому из пп. 17-19, в котором связывающее средство представляет собой или содержит рецептор-связывающее средство.

21. Способ по п. 20, в котором реактив дополнительно содержит дополнительное связывающее средство, которое представляет собой средство отбора, которое специфически связывается с молекулой, экспрессируемой на поверхности клетки-мишени.

22. Способ по любому из пп. 17-19, в котором связывающее средство представляет собой средство отбора, которое специфически связывается с молекулой, экспрессируемой на поверхности одной или нескольких клеток-мишеней.

23. Способ по любому из пп. 17-19, в котором связывающее средство представляет собой вирусное связывающее средство, которое специфически связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы.

24. Способ трансдукции клеток, причем способ включает:

(1) приведение в контакт (a) композиции, содержащей множество клеток, содержащее клетки-мишени, и (b) связывающего средства, которое представляет собой средство отбора, которое (i) способно к специфическому связыванию с молекулой, экспрессируемой одной или несколькими из клеток-мишеней, и ii) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со средством отбора; и

(2) инкубацию по меньшей мере множества клеток в присутствии одной или нескольких вирусных частиц, где приведение в контакт в (1) и инкубацию в (2) осуществляют одновременно или последовательно, в любом порядке, где способом создают выходную композицию, содержащую клетки, трансдуцированные вирусной частицей.

25. Способ по п. 24, в котором вирусные векторные частицы обратимо связывают с реактивом, указанный реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию, непосредственно или опосредованно, с молекулой на поверхности вирусной частицы.

26. Способ по п. 25, в котором вирусные частицы обратимо связывают с реактивом через связывающее вирусную частицу средство, которое специфически связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, указанный реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию связывающего вирусную частицу средства.

27. Способ по п. 26, в котором реактив содержит множество сайтов связывания, Z1, способных к обратимому связыванию со средством отбора, и/или реактив содержит множество сайтов связывания, Z2, способных к обратимому связыванию с одной или несколькими вирусными частицами через вирусное связывающее средство.

28. Способ трансдукции клеток, причем способ включает:

(1) приведение в контакт (a) композиции, содержащей одну или более вирусных частиц, и (b) связывающего средства, которое представляет собой вирусное связывающее средство, которое (i) способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности вирусной частицы и (ii) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с вирусным связывающим средством; и

(2) инкубацию по меньшей мере множества клеток, содержащего клетки-мишени, в присутствии одной или нескольких вирусных частиц, где приведение в контакт в (1) и инкубацию в (2) осуществляют одновременно или последовательно, в любом порядке, где способом создают выходную композицию, содержащую множество клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

29. Способ по любому из пп. 24-28, в котором приведение в контакт в (1) и инкубацию в (2) осуществляют в пределах периода не больше чем 1 час, 2 часа, 3 часа, 4 часа, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов, 12 часов, 18 часов, 24 часа, 36 часов, 48 часов или 72 часа и/или смешивание в (a) осуществляют не больше чем 1 час, 2 часа, 3 часа, 4 часа, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов 12 часов, 18 часов, 24 часа, 36 часов или 48 часов помимо инкубации в (b).

30. Способ по любому из пп. 21-29, в котором связывающее средство представляет собой или содержит антитело, фрагмент антитела, одновалентный фрагмент антитела, белковую связывающую молекулу с антителоподобными связывающими свойствами, молекулу, содержащую домены Ig, цитокин, хемокин, аптамер и молекулу MHC или их связывающие фрагменты.

31. Способ по п. 30, в котором фрагмент антитела содержит фрагмент, выбранный из группы, состоящей из Fab-фрагмента, Fv-фрагмента, (Fab')₂-фрагмента и двухвалентного одноцепочечного Fv (scFv) фрагмента.

32. Способ по любому из пп. 4, 13 и 24-31, в котором реактив представляет собой или содержит олигомерный белковый реактив.

33. Способ по п. 32, в котором олигомерный белковый реактив содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина или аналог авидина, мутеин или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных и/или множество субъединиц любого из вышеуказанных.

34. Способ по любому из пп. 1-33, в котором реактив является растворимым.

35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором:

реактив не является и не связан с или ассоциирован с твердым носителем, стационарной фазой, бусиной, микрочастицей, магнитной частицей и/или матрицей во время указанной инкубации; и/или

реактив является гибким, не содержит металлическую или магнитную сердцевину, полностью или в первую очередь состоит из органического мультимера, не является сферическим, по существу не является сферическим или однородным по геометрической форме и/или не является жестким.

36. Способ по любому из пп. 1-33, в котором реактив иммобилизуют, или он способен к иммобилизации, на основе, непосредственно или опосредованно; и

по меньшей мере часть инкубации происходит на основе.

37. Способ по любому из пп. 24-27, в котором:

реактив иммобилизуют, или он способен к иммобилизации, на основе, непосредственно или опосредованно, в соответствии с чем средство отбора иммобилизуют, или оно способно к иммобилизации, на основе; и в (1) дополнительное объединение с (c) основой, в соответствии с чем одну или более клеток-мишеней из по меньшей мере множества иммобилизуют на основе через средство отбора во время по меньшей мере части инкубации.

38. Способ трансдукции клеток, причем способ включает:

(1) приведение в контакт (a) композиции, содержащей множество клеток, содержащих клетки-мишени, (b) средства отбора, которое (i) способно к специфическому связыванию с селективным маркером, экспрессируемым одной или несколькими из клеток-мишеней, и ii) иммобилизуют, или способно к иммобилизации, на основе, непосредственно или опосредованно; и (c) основы, в соответствии с чем одну или более клеток-мишеней из по меньшей мере множества иммобилизуют на основе через средство отбора; и

(2) инкубацию по меньшей мере множества клеток в присутствии композиции, содержащей множество вирусных частиц, где одна или более из множества вирусных частиц способны к иммобилизации на основе, непосредственно или опосредованно, где:

приведение в контакт в (1) и инкубацию в (2) осуществляют одновременно или последовательно, в любом порядке;

одну или более клеток-мишеней и одну или более вирусных частиц иммобилизуют на основе во время по меньшей мере части инкубации; и

способом создают выходную композицию, содержащую множество клеток, трансдуцированных вирусной частицей.

39. Способ по любому из пп. 36-38, в котором:

основа представляет собой или содержит стационарную фазу; и/или

основа представляет собой или содержит твердый носитель.

40. Способ по п. 38 или 39, в котором реактив иммобилизуют, или способен к иммобилизации, на основе, указанный реактив содержит множество сайтов связывания, Z1, способных к обратимому связыванию со средством отбора, и множество сайтов связывания, Z2, способных к обратимому связыванию с одной или несколькими вирусными частицами через вирусное связывающее средство.

41. Способ по п. 40, который включает в (1) дополнительное объединение с (d) реактивом, где реактив иммобилизуют на основе.

42. Способ по любому из пп. 38-41, в котором реактив и основу объединяют до объединения с ними средства отбора и/или композиции, содержащей множество клеток.

43. Способ по любому из пп. 22, 24-27 и 30-41, в котором средство отбора представляет собой первое средство отбора, молекула представляет собой первую молекулу и инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии второго средства отбора, которое способно к специфическому связыванию со второй молекулой, экспрессируемой на поверхности одной или нескольких клеток-мишеней.

44. Способ по п. 43, в котором второе средство отбора обратимо связывают с реактивом или со вторым реактивом, реактив или второй реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым средством отбора, в соответствии с чем второе средство отбора обратимо связывают с ним.

45. Способ по любому из пп. 1-44, в котором:

клетки-мишени содержат клетки крови;

клетки-мишени содержат лейкоциты;

клетки-мишени содержат лимфоциты;

клетки-мишени содержат B-клетки;

клетки-мишени содержат популяцию B-клеток

клетки-мишени содержат T-клетки;

клетки-мишени содержат популяцию T-клеток; и/или

клетки-мишени содержат естественные киллерные (NK) клетки;

клетки-мишени содержат дендритные клетки;

клетки-мишени содержат макрофаги.

46. Способ по п. 45, в котором клетки-мишени содержат антиген-специфические T-клетки или их популяцию, T-хелперные клетки или их популяцию, цитотоксические T-клетки или их популяцию, T-клетки памяти или их популяцию, регуляторные T-клетки или их популяцию или NK клетки или их популяцию, антиген-специфические B-клетки или их популяцию, B-клетки памяти или их популяцию или регуляторные B-клетки или их популяцию.

47. Способ по любому из пп. 1-46, в котором клетки-мишени содержат T-клетки.

48. Способ по п. 47, в котором T-клетки содержат CD4+ и/или CD8+ T-клетки и/или их субпопуляцию или подмножество и/или обогащены по популяцию любых из вышеуказанных.

49. Способ по любому из пп. 1-48, в котором:

молекула представляет собой корецептор B-клетки или T-клетки;

молекула представляет собой или содержит элемент комплекса антигенного рецептора T-клетки или B-клетки;

молекула представляет собой или содержит цепь CD3;

молекула представляет собой или содержит ζ-цепь CD3;

молекула представляет собой или содержит CD8;

молекула представляет собой или содержит CD4.

50. Способ по любому из пп. 22, 24-27 и 30-48, в котором молекула, специфически связанная средством отбора, представляет собой или содержит CD25, CD28, CD62L, CCR7, CD27, CD127, CD3, CD4, CD8, CD45RA и/или CD45RO.

51. Способ по любому из пп. 22, 24-27 и 30-50, в котором специфическое связывание между средством отбора и молекулой не индуцирует сигнал, или не индуцирует стимуляторный или активирующий или пролиферативный сигнал, в клетках-мишенях.

52. Способ по любому из пп. 22, 24-27 и 30-51, в котором, во время по меньшей мере части инкубации, средство отбора связывается с молекулой, экспрессируемой на поверхности клетки-мишени, тем самым содействуя ассоциированию между реактивом и клеткой-мишенью.

53. Способ по п. 52, в котором ассоциирование между реактивом и клеткой-мишенью усиливает трансдукцию клетки-мишени по сравнению с трансдукцией не клетки-мишени, которая не экспрессирует молекулу или не связана специфически средством отбора.

54. Способ по любому из пп. 1-53, в котором множество клеток содержит покоящиеся или наивные T-клетки.

55. Способ по любому из пп. 1-54, в котором по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 90% T-клеток в множестве клеток не имеют на поверхности маркер активации T-клеток, выбранный из группы, состоящей из HLA-DR, CD25, CD69, CD71, CD40L и 4-1BB; и/или не имеют внутриклеточной экспрессии цитокина, выбранного из группы, состоящей из IL-2, IFNγ, TNF-α; и/или способны к пролиферации.

56. Способ по любому из пп. 1-55, в котором не больше чем 10% T-клеток в множестве клеток содержат маркер активации T-клеток, выбранный из группы, состоящей из HLA-DR, CD25, CD69, CD71, CD40L и 4-1BB; и/или не имеют внутриклеточной экспрессии цитокина, выбранного из группы, состоящей из IL-2, IFNγ, TNF-α; и/или способны к пролиферации.

57. Способ по любому из пп. 1-56, в котором, перед указанной инкубацией, способ не включает стимуляцию клеток из множества клеток в условиях, которые способствуют активации T-клеток.

58. Способ по любому из пп. 1-57, в котором множество клеток перед указанной инкубацией не подвергали: (a) стимуляции ex vivo, включающей инкубацию приблизительно при 37°C и/или (b) инкубации в присутствии средства или средств, выбранных из группы, состоящей из средств, способных к активации, индукции сигнала через комплекс TCR в T-клетках, CD4+ T-клетках и/или CD8+ T-клетках; средств, способных к индукции пролиферации T-клеток, CD4+ T-клеток и/или CD8+ T-клеток; CD3-связывающих молекул; CD28-связывающих молекул.

59. Способ по любому из пп. 1-58, в котором множество клеток содержит активированные клетки.

60. Способ по любому из пп. 1-59, в котором до или во время инкубации с реактивом, активирующим клетки в присутствии стимулирующего средства в условиях, в соответствии с которыми одну или более клеток-мишеней стимулируют или активируют с помощью стимулирующего средства.

61. Способ по п. 60, в котором клетки-мишени содержат T-клетки и указанные стимулирующие условия включают присутствие средства, способного к активации одного или нескольких внутриклеточных сигнальных доменов одного или нескольких компонентов комплекса TCR.

62. Способ по п. 61, в котором указанное средство содержит первичное средство, которое специфически связывается с элементом комплекса TCR, и вторичное средство, которое специфически связывается с костимулирующей молекулой T-клетки.

63. Способ по п. 62, в котором:

первичное средство специфически связывается с CD3; и/или

костимулирующую молекулу выбирают из группы, состоящей из CD28, CD137 (4-1BB), CD27, OX40 или ICOS.

64. Способ по п. 62 или 63, в котором указанные первичное и вторично средства содержат антитела и/или присутствуют на поверхности твердого носителя.

65. Способ по любому из пп. 1-64, который дополнительно включает:

культивирование по меньшей мере множества клеток в присутствии рецептор-связывающего средства, которое (i) специфически связывает рецептор, экспрессируемый на поверхности одной или нескольких клеток-мишеней для того, чтобы доставлять стимулирующий сигнал, и (ii) обратимо связывают с реактивом или вторым реактивом, реактив или второй реактив содержит множество сайтов связывания, каждый способен к обратимому связыванию с рецептор-связывающим средством, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в клетках.

66. Способ по п. 65, в котором указанное культивирование осуществляют и/или инициируют перед указанной инкубацией.

67. Способ по п. 65 или 66, в котором реактив представляет собой второй реактив, где: второй реактив не связывают с или ассоциируют с твердым носителем, стационарной фазой, бусиной, микрочастицей, магнитной частицей и/или матрицей во время указанной инкубации, и/или

второй реактив является гибким, не содержит металлическую или магнитную сердцевину, полностью или в первую очередь состоит из органического мультимера, не является сферическим, не является по существу сферическим или однородным по геометрической форме и/или не является жестким.

68. Способ по п. 65 или 66, в котором реактив представляет собой второй реактив, и второй реактив иммобилизуют на основе.

69. Способ по любому из 65-68, в котором стимулирующее средство содержит комплекс MHC I : пептид или его функциональную часть, комплекс MHC II : пептид или его функциональную часть и/или способно доставлять стимулирующий сигнал через комплекс TCR/CD3 в T-клетке, CD3-содержащий комплекс в T-клетке и/или ITAM-содержащую молекулу в T-клетке.

70. Способ по любому из пп. 65-69, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3 или специфически связывается с CD3.

71. Способ по любому из пп. 65-70, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой первое рецептор-связывающее средство, и культивирование дополнительно осуществляют в присутствии второго рецептор-связывающего средства, указанное второе рецептор-связывающее средство представляет собой вспомогательное связывающее средство, способное к специфическому связыванию со вторым рецептором на поверхности одной или нескольких T-клеток, тем самым индуцируя второй сигнал в клетках для того, чтобы усиливать, ослаблять или модифицировать сигнал, доставленный через первый рецептор.

72. Способ по п. 71, в котором:

второе рецептор-связывающее средство обратимо связывают с реактивом, вторым реактивом или третьим реактивом; и

реактив, второй реактив или третий реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, в соответствии с чем второе рецептор-связывающее средство обратимо связывают с ним.

73. Способ по п. 71 или 72, в котором второй рецептор представляет собой костимулирующую молекулу, вспомогательную молекулу, цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор, молекулу иммунной контрольной точки или элемент семейства TNF или семейства рецепторов TNF.

74. Способ по любому из пп. 71-73, в котором первое и второе рецептор-связывающие средства связываются с молекулой, экспрессируемой на поверхности клетки, которая представляет собой или содержит CD3 и/или CD28, соответственно.

75. Способ по п. 74, в котором первое и второе рецептор-связывающее средство содержит антитело или фрагмент против CD3 и/или против CD28, соответственно.

76. Способ по любому из пп. 65-75, в котором инкубацию и культивирование осуществляют в отдельных сосудах, которые соединяют функционально, необязательно с помощью трубки.

77. Способ по любому из пп. 65-76, в котором инкубацию и культивирование осуществляют в закрытой системе.

78. Способ по любому из пп. 65-77, который включает извлечение клеток, обратимо связанных с и стимулированных рецептор-связывающим средством, которое может представлять собой первое и/или второе рецептор-связывающее средство, тем самым получая культивируемые клетки, где культивируемые клетки представляют собой или содержат множество клеток, содержащих клетки-мишени.

79. Способ по любому из пп. 36-78, который после указанного приведения в контакт дополнительно включает отделение и/или удаление, от иммобилизованных клеток-мишеней, других клеток из множества клеток.

80. Способ по п. 79, в котором отделение и/или удаление осуществляют посредством выполнения стадии промывания.

81. Способ по п. 79 или 80, в котором указанное отделение и/или указанную стадию промывания осуществляют перед инициацией указанной инкубации.

82. Способ по любому из пп. 11-17 и 24-81, в котором:

указанную инкубацию осуществляют и/или инициируют перед указанным приведением в контакт; или

указанную инкубацию осуществляют и/или инициируют после указанного приведения в контакт.

83. Способ по любому из пп. 1-82, в котором указанное приведение в контакт осуществляют во время по меньшей мере части указанной инкубации.

84. Способ по любому из пп. 23, 26-37 и 40-83, в котором вирусное связывающее средство связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, которую выбирают из гликопротеина оболочки, варианта гликопротеина оболочки, химерного гликопротеина оболочки, белка вирусного капсида, варианта белка вирусного капсида, вирусного матриксного белка, варианта вирусного матриксного белка, синтетического фрагмента, пептида и метки.

85. Способ по п. 84, в котором гликопротеин оболочки выбирают из гликопротеина VSV (VSV-G), гликопротеина Sindbis, необязательно SIN, гликопротеина MMLV, гликопротеина HSV, гликопротеина MMTV, гликопротеина вируса кори, гликопротеина HTLV, гликопротеина SIV, гликопротеинов GALV, гликопротеина HIV, необязательно gp160, gp120 или gp41, и гликопротеина RSV, необязательно gp85 или gp37, или представляют собой вариант, часть, достаточную для связывания связывающим вирусную частицу средством или его химерной молекулой.

86. Способ по любому из пп. 23, 26-37 и 40-83, в котором вирусное связывающее средство связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, которая представляет собой не вирусную рекомбинантную молекулу, гетерологичную вирусу.

87. Способ по п. 85 или п. 86, в котором молекула представляет собой синтетический фрагмент, пептид или метку, которые выбирают из глутатион-S-трансферазы (GST), хитин-связывающего белка (CBP), кальмодулин-связывающего пептида (CBP), FLAG-пептида, пептида гемагглютинина, VSV-G-метки, HSV-метки, эпитопа T7, мальтоза-связывающего белка (MBP), эпитопа HSV, эпитопа myc, V5-метки и стрептавидин-связывающего пептида.

88. Способ по п. 87, в котором молекула представляет собой стрептавидин-связывающий пептид.

89. Способ по п. 85, 86 или 87, в котором молекула представляет собой синтетический фрагмент, пептид или метку, и вирусную частицу конструируют для того, чтобы экспрессировать синтетический фрагмент, пептид или метку на ее поверхности.

90. Способ по п. 88 или 89, в котором стрептавидин-связывающий пептид содержит последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №7, 8, 13, 14 и 15-19.

91. Способ по п. 86, в котором молекула представляет собой или содержит лиганд-связывающий домен.

92. Способ по п. 91, в котором молекула представляет собой или содержит антигенный рецептор.

93. Способ по п. 92, в котором антигенный рецептор представляет собой химерный антигенный рецептор (CAR).

94. Способ по п. 93, в котором вирусный связывающий антиген представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который специфически связывает внеклеточную область CAR.

95. Способ по п. 94, в котором внеклеточная область представляет собой антиген-связывающий домен или шарнирную область.

96. Способ по любому из пп. 23, 26-37 и 40-83, в котором связывающее вирусную частицу средство выбирают из протамина, POLYBRENE^® и RETRONECTIN^®.

97. Способ по любому из пп. 23, 26-37 и 40-96, в котором:

вирусная частица содержит партнер связывания C1 или C2; и

реактив содержит множество сайтов связывания, Z1 или Z2, способных к связыванию с партнером связывания, C1 или C2, чтобы формировать обратимую связь между вирусной частицей и реактивом.

98. Способ по п. 97, в котором вирусную частицу конструируют для того, чтобы экспрессировать синтетический фрагмент, пептид или метку, на ее поверхности, где синтетический фрагмент, пептид или метка представляет собой или содержит партнер связывания C1 или C2.

99. Способ по п. 98, в котором пептид представляет собой стрептавидин-связывающий пептид.

100. Способ по п. 99, в котором стрептавидин-связывающий пептид содержит последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №7, 8, 13, 14 и 15-19.

101. Способ по любому из пп. 1-100, в котором вирусная частица ассоциирует с или связывает реактив.

102. Способ по любому из пп. 1-101, в котором геном вирусного вектора содержит гетерологичную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный белок.

103. Способ по п. 102, в котором рекомбинантный белок представляет собой антигенный рецептор.

104. Способ по п. 103, в котором рекомбинантный белок представляет собой химерный антигенный рецептор.

105. Способ по любому из пп. 1-104, в котором вирусная частица представляет собой ретровирусную векторную частицу.

106. Способ по любому из пп. 1-105, в котором вирусная частица представляет собой лентивирусную векторную частицу.

107. Способ по п. 106, в котором лентивирусная векторная частица содержит геном, который извлекают из HIV-1.

108. Способ по любому из пп. 1-107, в котором ретровирусная векторная частица представляет собой гаммаретровирусную частицу.

109. Способ по п. 108, в котором гаммаретровирусная частица представляет собой частицу вируса мышиного лейкоза (MLV).

110. Способ по любому из пп. 1-109, в котором вирусная векторная частица псевдотипирована гликопротеином вирусной оболочки.

111. Способ по п. 110, в котором гликопротеин вирусной оболочки представляет собой VSV-G.

112. Способ по любому из пп. 104-111, в котором химерный антигенный рецептор (CAR) содержит внеклеточный домен распознавания антигена, который специфически связывается с антигеном-мишенью, и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий ITAM.

113. Способ по п. 112, в котором внутриклеточный сигнальный домен содержит внутриклеточный домен цепи CD3-ζ (CD3ζ).

114. Способ по п. 112 или 113, который дополнительно включает трансмембранный домен, связывающий внеклеточный домен и внутриклеточный сигнальный домен.

115. Способ по п. 114, в котором трансмембранный домен содержит трансмембранную часть CD28.

116. Способ по любому из пп. 112-115, в котором внутриклеточный сигнальный домен дополнительно содержит внутриклеточный сигнальный домен костимулирующей молекулы T-клетки.

117. Способ по п. 116, в котором костимулирующую молекулу T-клетки выбирают из группы, состоящей из CD28 и 41BB.

118. Способ по любому из пп. 102-117, в котором нуклеиновая кислота дополнительно содержит промотор, функционально связанный с нуклеиновой кислотой, кодирующей рекомбинантный антигенный рецептор.

119. Способ по любому из пп. 1-118, в котором множество клеток содержит мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC) или их обогащенное или выделенное подмножество клеток.

120. Способ по любому из пп. 1-119, в котором множество клеток содержит клетки крови, лейкоциты, лимфоциты, B-клетки, T-клетки или NK клетки.

121. Способ по любому из пп. 1-120, в котором множество клеток содержит антиген-специфические T-клетки или их популяцию, T-хелперные клетки или их популяцию, цитотоксические T-клетки или их популяцию, T-клетки памяти или их популяцию, регуляторные T-клетки или их популяцию, NK клетки или их популяцию, антиген-специфические B-клетки или их популяцию, B-клетки памяти или их популяцию или регуляторные B-клетки или их популяцию.

122. Способ по любому из пп. 1-121, в котором множество клеток представляет собой эмбриональные клетки.

123. Способ по любому из пп. 1-121, в котором множество клеток содержит T-клетки.

124. Способ по п. 123, в котором T-клетки представляют собой не фракционированные T-клетки, представляют собой обогащенные или выделенные CD3+ T-клетки, представляют собой обогащенные или выделенные CD4+ T-клетки или представляют собой обогащенные или выделенные CD8+ T-клетки.

125. Способ по любому из пп. 1-124, в котором реактив не является токсичным для множества клеток или по меньшей мере или по меньшей мере приблизительно 75%, 85%, 90%, 95% или больше из множества клеток являются жизнеспособными после приведения в контакт или инкубации.

126. Способ по любому из пп. 1-125, в котором:

токсичность клеток после приведения в контакт и/или инкубации составляет меньше чем или меньше чем приблизительно 1,2 раза, 1,5 раза, 2,0 раза, 3,0 раза, 4,0 раза, 5,0 раза или 10 раз, чем токсичность клеток когда, приводят в контакт или инкубируют с поликатионным адъювантом трансдукции при тех же условиях; и/или

жизнеспособность клеток после приведения в контакт и/или инкубации составляет больше чем или больше чем приблизительно 1,2 раза, 1,5 раза, 2,0 раза, 3,0 раза, 4,0 раза, 5,0 раза или 10 раз по сравнению с жизнеспособностью клеток, когда приводят в контакт или инкубируют с поликатионным адъювантом трансдукции при тех же условиях.

127. Способ по п. 126, в котором поликатионный адъювант трансдукции представляет собой протамина сульфат, получаемый из фибронектина адъювант трансдукции или RETRONECTIN.

128. Способ по любому из пп. 1-127, в котором реактив представляет собой или содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина, который обратимо связывает биотин, аналог биотина или его биологически активный фрагмент; аналог или мутеин авидина или стрептавидина, который обратимо связывает стрептавидин-связывающий пептид; реактив, который содержит по меньшей мере две хелатирующие группы K, где по меньшей мере две хелатирующие группы способны к связыванию с ионом переходного металла; средство, способное к связыванию с олигогистидиновой аффинной меткой; средство, способное к связыванию с глутатион-S-трансферазой; кальмодулин или его аналог; средство, способное к связыванию с кальмодулин-связывающим пептидом (CBP); средство, способное к связыванию с FLAG-пептидом; средство, способное к связыванию с HA-меткой; средство, способное к связыванию с мальтоза-связывающим белком (MBP); средство, способное к связыванию с эпитопом HSV; средство, способное к связыванию с эпитопом myc; или средство, способное к связыванию с биотинилированным белком-переносчиком

129. Способ по любому из пп. 1-127, в котором реактив представляет собой олигомер или полимер стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина, который обратимо связывает биотин или биологически активный фрагмент; стрептавидин или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывает стрептавидин-связывающий пептид; реактив, который содержит по меньшей мере две хелатирующие группы K, где по меньшей мере две хелатирующие группы способны к связыванию с ионом переходного металла; средство, способное к связыванию с олигогистидиновой аффинной меткой; средство, способное к связыванию с глутатион-S-трансферазой; кальмодулин или его аналог; средство, способное к связыванию с кальмодулин-связывающим пептидом (CBP); средство, способное к связыванию с FLAG-пептидом; средство, способное к связыванию с HA-меткой; средство, способное к связыванию с мальтоза-связывающим белком (MBP); средство, способное к связыванию с эпитопом HSV; средство, способное к связыванию с эпитопом myc; или средство, способное к связыванию с биотинилированным белком-переносчиком.

130. Способ по любому из пп. 1-129, в котором реактив содержит олигомер или полимер стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина или и аналог или мутеин авидина.

131. Способ по п. 129 или 130, в котором индивидуальные молекулы олигомера или полимера сшивают с помощью полисахарида или бифункционального линкера.

132. Способ по любому из пп. 1-131, в котором:

реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом;

реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается с аналогом биотина или биологически активным фрагментом; и/или

реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается со стрептавидин-связывающим пептидом.

133. Способ по п. 132, в котором стрептавидин-связывающий пептид выбирают из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₃-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №19).

134. Способ по любому из пп. 1-133, в котором реактив содержит SEQ ID №1 или SEQ ID №2 или последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность последовательностей с SEQ ID №1 или SEQ ID №2.

135. Способ по любому из пп. 1-134, в котором:

реактив содержит аналог или мутеин стрептавидина, содержащий аминокислотную последовательность Va1⁴⁴-Thr⁴⁵-Ala⁴⁶-Arg⁴⁷ или lle⁴⁴-Gly⁴⁵-Ala⁴⁶-Arg⁴⁷ в положениях последовательности, соответствующих положениям с 44 до 47 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID №1; или

аналог или мутеин стрептавидина содержит аминокислотную последовательность Va1⁴⁴-Thr⁴⁵-Ala⁴⁶-Arg⁴⁷ в положениях последовательности, соответствующих положениям с 44 до 47 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID №1.

136. Способ по любому из пп. 1-135, в котором аналог или мутеин стрептавидина содержит:

a) последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №№3-6, 27 и 28;

b) последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более высокую идентичность последовательностей с любой из SEQ ID №№3-6, 27 и 28 и содержит аминокислотную последовательность, соответствующую Va1⁴⁴-Thr⁴⁵-Ala⁴⁶-Arg⁴⁷ или lle⁴⁴-Gly⁴⁵-Ala⁴⁶-Arg⁴⁷, и которая обратимо связывается с биотином или его биологически активной формой, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом; или

c) функциональный фрагмент a) или b), который обратимо связывается с биотином или его биологически активной формой, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом.

137. Способ по п. 135 или 136, в котором аналог или мутеин стрептавидина дополнительно содержит замену или замены аминокислот в положении, соответствующем 117, 120 и/или 121 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID №1.

138. Способ по п. 137, в котором:

замену или замены аминокислот выбирают из Glu¹¹⁷, Asp¹¹⁷, Arg¹¹⁷, Ser¹²⁰, Ala¹²⁰, Gly¹²⁰, Trp¹²¹, Tyr¹²¹ или Phe¹²¹; или

замену или замены аминокислот выбирают из одной или нескольких из Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ или Tyr¹²¹; или

замены аминокислот выбирают из Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ или Tyr¹²¹.

139. Способ по любому из пп. 1-138, в котором аналог или мутеин стрептавидина содержит:

a) последовательность аминокислот, приведенную в SEQ ID №27 или 28;

b) последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более высокую идентичность последовательностей с SEQ ID №№28 и содержит аминокислотную последовательность, соответствующую Va1⁴⁴, Thr⁴⁵, Ala⁴⁶, Arg⁴⁷, Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ и Tyr¹²¹, и обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом; или

c) функциональный фрагмент из a) или b), который обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом.

140. Способ по любому из пп. 17-139, в котором связывающее средство содержит партнер связывания C, который представляет собой стрептавидин-связывающий пептид.

141. Способ по п. 140, в котором партнер связывания C содержит стрептавидин-связывающий пептид, выбранный из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₃-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №19).

142. Способ по любому из пп. 17-141, который включает разрушение обратимого связывания между одним или несколькими связывающими средствами и реактивом.

143. Способ по п. 142, в котором указанное разрушение включает введение в клетки вещества, способного к обращению связи между одним или несколькими связывающими средствами и реактивом.

144. Способ по п. 142 или 143, в котором вещество представляет собой свободный партнер связывания и/или конкурентное средство.

145. Способ по любому из пп. 142-144, в котором вещество в композиции не является вредоносным для T-клеток или для клеток-мишеней и/или в котором добавление указанного вещества не снижает процентную долю выживших клеток-мишеней до меньше чем 90%, 80%, 70%, 60% или 50% по сравнению с инкубацией клеток-мишеней, соответственно, при сравнимых или тех же условиях, без вещества.

146. Способ по любому из пп. 142-145, в котором:

реактив представляет собой или содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина или и аналог или мутеин авидина или их биологически активные фрагменты; и

вещество содержит стрептавидин-связывающий пептид, биотин или биологически активный фрагмент, необязательно D-биотин, или аналог биотина или биологически активный фрагмент.

147. Способ по п. 146, в котором:

вещество представляет собой стрептавидин-связывающий пептид выбирают из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₃-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №19); и/или

вещество представляет собой C1 или его аналог или представляет собой C2 или его аналог.

148. Способ по любому из пп. 1-147, который включает, после указанного разрушения, извлечение клеток.

149. Способ по любому из пп. 1-148, который включает дополнительную инкубацию клеток.

150. Способ по п. 149, в котором дополнительную инкубацию осуществляют в условиях для размножения клеток.

151. Способ по п. 149 или 150, в котором:

инкубацию и дополнительную инкубацию осуществляют в одном и том же сосуде; и/или

дополнительную инкубацию осуществляют в присутствии вещества; и/или

способ не включает удаление вещества, средства отбора, стимулирующего средства, связывающего вирусную частицу средства и/или реактива из инкубируемой композиции перед дополнительной инкубацией.

152. Способ по п. 150 или 151, в котором реактив не удаляют из композиции перед дополнительной инкубацией, не удаляют из композиции во время дополнительной инкубации или не удаляют из композиции в течение по меньшей мере половины дополнительной инкубации.

153. Способ по любому из пп. 149-152, в котором:

дополнительную инкубацию осуществляют при или приблизительно при 37°C±2°C; и/или

дополнительную инкубацию осуществляют в присутствии дополнительного средства, которое способно доставлять сигнал в T-клетки во время по меньшей мере части инкубации и/или дополнительной инкубации.

154. Способ п. 153, в котором дополнительное средство способно усиливать или индуцировать пролиферацию T-клеток, CD4+ T-клеток и/или CD8+ T-клеток.

155. Способ по п. 153 или 154, в котором дополнительное средство представляет собой цитокин, выбранный из IL-2, IL-15, IL-7 и IL-21.

156. Способ по любому из пп. 149-155, в котором дополнительную инкубацию осуществляют в течение времени, которое составляет не больше чем 14 суток, не больше чем 12 суток, не больше чем 10 суток, не больше чем 8 суток или не больше чем 6 суток.

157. Способ по любому из пп. 36-156, в котором:

основа содержит смолу или матрицу;

основа содержит гельфильтрационную матрицу;

основа содержит хроматографическую матрицу; и/или

основа содержит мембрану, основанную на целлюлозе или основанную на органическом полимере.

158. Способ по любому из пп. 36-157, в котором основа содержит микрочастицу, жесткую частицу, магнитную частицу или бусину.

159. Способ по п. 157, в котором хроматографическая матрица присутствует в колонке и/или в котором хроматография представляет собой колоночную хроматографию или плоскостную хроматографию.

160. Способ по любому из пп. 36-159, в котором основа представляет собой стационарную фазу, присутствующую в контейнере во время целых или частичных указанной инкубации и/или указанного приведения в контакт.

161. Способ по п. 160, в котором контейнер содержит контейнер, выбранный из группы, состоящей из: колонок, контейнеров, подходящих для двунаправленного потока, наконечников пипетки, пробирок и колонок, подходящих для протекания жидкого образца.

162. Способ по любому из пп. 1-161, в котором одна или более трансдуцированных клеток в выходной композиции экспрессируют рекомбинантный белок, кодируемый гетерологичной нуклеиновой кислотой, содержащейся в вирусных частицах.

163. Способ по любому из пп. 1-162, в котором трансдукцию клеток увеличивают больше чем в или приблизительно в 1,2 раза, 1,5 раза, 2 раза, 3 раза, 4 раза, 5 раз, 10 раз или больше по сравнению с трансдукцией вирусной частицей в отсутствие реактива.

164. Способ по любому из пп. 21, 22, 24-27, 30-161, где способ ведет к избирательной трансдукции клеток-мишеней, экспрессирующих молекулу, связанную средством отбора.

165. Способ по п. 164, в котором трансдукция выше по меньшей мере в 2 раза, 3 раза, 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз, 10 раз или выше в клетках-мишенях, которые экспрессируют молекулу, чем в не клетках-мишенях, которые не экспрессируют молекулу.

166. Способ по любому из пп. 1-165, в котором:

по меньшей мере 2,5%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 6%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50% или по меньшей мере 75% указанных клеток среди множества клеток трансдуцируют указанным вирусным вектором с помощью способа; и/или

по меньшей мере 2,5%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 6%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50% или по меньшей мере 75% указанных клеток в указанной дополнительной инкубируемой композиции трансдуцируют указанным вирусным вектором; и/или

по меньшей мере 2,5%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 6%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50% или по меньшей мере 75% указанных клеток в указанной инкубируемой композиции и/или дополнительной инкубируемой композиции экспрессируют продукт гетерологичной нуклеиновой кислоты, содержащейся в указанном вирусном векторе.

167. Способ по любому из пп. 1-166, который осуществляют ex vivo.

168. Способ по любому из пп. 1-167, который дополнительно включает извлечение или выделение трансдуцированных клеток, полученных способом.

169. Трансдуцированная клетка, полученная способом по любому из пп. 1-168.

170. Композиция, которая содержит трансдуцированную клетку по п. 169.

171. Композиция, которая содержит:

связывающее вирусную векторную частицу средство, обратимо связанное с реактивом, где связывающее вирусную частицу средство способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности вирусной частицы; или

вирусную векторную частицу, обратимо связанную с реактивом.

172. Композиция по п. 171, в которой реактив содержит множество сайтов связывания, каждый способен к обратимому связыванию со связывающим вирусную частицу средством.

173. Композиция по п. 171 или 172, которая дополнительно содержит средство отбора, которое обратимо связывают с реактивом и которое способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности клетки-мишени.

174. Композиция по п. 170, в которой реактив представляет собой или содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина или биологически активный фрагмент любого из вышеуказанных или представляет собой олигомер, содержащий множество единиц любых из вышеуказанных.

175. Композиция по любому из пп. 171-174, в которой:

вирусное связывающее средство связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, которая представляет собой не вирусную рекомбинантную молекулу, гетерологичную молекуле вируса; или

связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, которую выбирают из гликопротеина оболочки, варианта гликопротеина оболочки, химерного гликопротеина оболочки, белка вирусного капсида, варианта белка вирусного капсида, вирусного матриксного белка, варианта вирусного матриксного белка, синтетического фрагмента, пептида и метки.

176. Композиция по п. 175, в которой:

гликопротеин оболочки выбирают из гликопротеина VSV (VSV-G), гликопротеина Sindbis, необязательно SIN, гликопротеина MMLV, гликопротеина HSV, гликопротеина MMTV, гликопротеина вируса кори, гликопротеина HTLV, гликопротеина SIV, гликопротеинов GALV, гликопротеина HIV, необязательно gp160, gp120 или gp41, и гликопротеина RSV, необязательно gp85 или gp37, или представляют собой вариант, часть, достаточную для связывания с помощью связывающего вирусную частицу средства или его химерной молекулы; или

молекула представляет собой синтетический фрагмент, пептид или метку, которые выбирают из глутатион-S-трансферазы (GST), хитин-связывающего белка (CBP), кальмодулин-связывающего пептида (CBP), FLAG-пептида, пептида гемагглютинина, VSV-G-метки, HSV-метки, эпитопа T7, мальтоза-связывающего белка (MBP), эпитопа HSV, эпитопа myc, V5-метки и стрептавидин-связывающего пептида

177. Композиция по п. 175, в которой не вирусная рекомбинантная молекула представляет собой или содержит лиганд-связывающий домен.

178. Композиция по п. 177, в которой молекула представляет собой или содержит антигенный рецептор.

179. Композиция по п. 178, в которой антигенный рецептор представляет собой химерный антигенный рецептор (CAR).

180. Композиция по п. 179, в которой вирусный связывающий антиген представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который специфически связывает внеклеточную область CAR.

181. Композиция по п. 180, в которой внеклеточная область представляет собой антиген-связывающий домен или шарнирную область.

182. Устройство, которое содержит:

(a) один или более контейнеров, содержащих один или более компонентов, выбранных из одного или нескольких олигомерных белковых реактивов, множества клеток, содержащего клетки-мишени, и вирусных частиц;

(b) основу, содержащую по меньшей мере одну стационарную фазу, которая представляет собой или содержит хроматографическую матрицу.

183. Устройство по п. 182, в котором по меньшей мере один олигомерный белковый реактив обратимо связывают со связывающим вирусную частицу средством, средством отбора и/или с рецептор-связывающим средством.

184. Устройство по п. 182 или. 183, в котором один или более контейнеров находятся в соединении по текучей среде, в соответствии с чем один или более компонентов проходят из одного контейнера в другой внутри устройства.

185. Вирусная векторная частица, которая содержит стрептавидин-связывающий пептид.

186. Вирусная векторная частица по п. 185, в которой стрептавидин-связывающий пептид представляет собой слитый белок с гликопротеином оболочки.

187. Вирусная векторная частица по п. 186, в которой гликопротеин оболочки представляет собой VSV-G.

188. Вирусная векторная частица по любому из пп. 185-187, в которой вирусный вектор представляет собой ретровирусный вектор, необязательно лентивирусный вектор.

189. Вирусная векторная частица по любому из пп. 185-188, в которой стрептавидин-связывающий пептид выбирают из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₃-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)₂Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID №19).

190. Вирусная векторная частица по любому из пп. 185-189, где вирусная векторная частица содержит геном, кодирующий рекомбинантный антигенный рецептор, необязательно химерный антигенный рецептор.

191. Набор, который содержит:

вирусную векторную частицу по любому из пп. 185-190;

реактив, содержащий один или множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию вирусной векторной частицы; и

необязательно инструкции по использованию

192. Набор по п. 191, который дополнительно содержит средство отбора, способное к связыванию селективного маркера на поверхности клеток-мишеней, где реактив содержит один или множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию средства отбора.

193. Композиция, содержащая олигомерный белковый реактив, ассоциированный с вирусной частицей.

194. Композиция по п. 193, в которой:

олигомерный реактив содержит множество полипептидных мономерных единиц, где каждая единица составляет по меньшей мере или приблизительно 10, 20, 30 или 40 аминокислот в длину и/или имеет массу по меньшей мере или приблизительно 20, 30, 40 или 50 кДа; и/или

олигомерные реактивы имеют молекулярную массу по меньшей мере или приблизительно 100 и/или между или приблизительно от 150 кДа приблизительно до 2000 кДа, приблизительно от 150 кДа приблизительно до 1500 кДа, приблизительно от 150 кДа приблизительно до 1250 кДа, приблизительно от 150 кДа до 1000 кДа, приблизительно от 150 кДа приблизительно до 500 кДа или приблизительно от 150 кДа приблизительно до 300 кДа, приблизительно от 300 кДа приблизительно до 2000 кДа, приблизительно от 300 кДа приблизительно до 1500 кДа, приблизительно от 300 кДа приблизительно до 1250 кДа, приблизительно от 300 кДа до 1000 кДа, приблизительно от 300 кДа приблизительно до 500 кДа, приблизительно от 500 кДа приблизительно до 2000 кДа, приблизительно от 500 кДа приблизительно до 1500 кДа, приблизительно от 500 кДа приблизительно до 1250 кДа, приблизительно от 500 кДа до 1000 кДа, приблизительно от 1000 кДа приблизительно до 2000 кДа, приблизительно от 1000 кДа приблизительно до 1500 кДа, приблизительно от 1000 кДа приблизительно до 1250 кДа, приблизительно от 1250 кДа приблизительно до 2000 кДа или приблизительно от 1500 кДа приблизительно до 2000 кДа.

195. Композиция по п. 193 или 194, в которой олигомерный белковый реактив содержит олигомер, состоящий из множества мультимерных субъединиц.

196. Композиция по п. 195, в которой мультимерные субъединицы представляют собой тетрамерные единицы и индивидуально содержат мономерную единицу.

197. Композиция по любому из пп. 193-196, в которой олигомерный белковый реактив содержит и необязательно содержит множество единиц стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина или аналога или мутеина авидина или биологически активного фрагмента любого из вышеуказанных и/или мультимер любого из вышеуказанных.

198. Композиция по любому из пп. 193-197, в которой вирусные частицы содержат последовательность нуклеотидов, кодирующую гетерологичную нуклеиновую кислоту.

199. Композиция по любому из пп. 193-198, в которой:

реактив является голым;

реактив не содержит и/или не конъюгирован или обратимо связан со связывающим средством;

реактив не содержит и/или не конъюгирован или связан с молекулой со связывающим доменом со специфичностью к маркеру клеточной поверхности, необязательно выбранному из молекул адгезии, интегринов, хемокинов, цитокинов, факторов роста, связывающих внеклеточный матрикс молекул, вирусных белков, способствующих проникновению вируса рецепторов клеточной поверхности, гепарина, гепарана, гликанов маркера поверхности T-клеток, CD3, CD28 CD4 и/или CD8;

реактив не содержит и/или не конъюгирован или связан с маркером поверхности клетки млекопитающего, компонентом внеклеточного матрикса, молекулой адгезии, интегрином, лектином, интегрин-связывающим белком, хемокинами, цитокином, фактором роста, связывающей внеклеточный матрикс молекулой, ECM компонентом, вирусным белком, рецептором клеточной поверхности, способствующим проникновению вируса, гепарином, гепараном, гликанами; и/или

реактив не содержит и/или не конъюгирован или сопряжен или связан с вирусным связывающим средством или средством отбора клеток.

200. Композиция по любому из пп. 193-199, в которой реактив дополнительно содержит и/или обратимо связан с множеством из одного или нескольких связывающих средств.

201. Композиция по п. 200, в которой связывающее средство представляет собой связывающее вирусную частицу средство, которое специфически связывается с молекулой на поверхности вирусной частицы, средство отбора, которое специфически связывается с молекулой на поверхности клетки-мишени, или рецептор-связывающее средство, которое специфически связывается с рецептором для того, чтобы доставлять стимулирующий сигнал в клетку-мишень.

202. Композиция по п. 200 или 201, в которой связывающее средство представляет собой или содержит антитело, фрагмент антитела, одновалентный фрагмент антитела, белковую связывающую молекулу с антителоподобными связывающими свойствами, молекулу, содержащую домены Ig, цитокин, хемокин, аптамер и молекулу MHC или их связывающие фрагменты.

203. Композиция по п. 202, в которой фрагмент антитела содержит фрагмент, выбранный из группы, состоящей из Fab-фрагмента, Fv-фрагмента, (Fab')₂-фрагмента и двухвалентного одноцепочечного Fv (scFv) фрагмента.

204. Композиция по любому из пп. 193-203, в которой реактив содержит SEQ ID №1 или SEQ ID №2 или последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность последовательностей с SEQ ID №1 или SEQ ID №2.

205. Композиция по любому из пп. 193-204, в которой:

206. Композиция по любому из пп. 193-205, в которой реактив содержит аналог или мутеин стрептавидина, который содержит:

a) последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №№3-6, 27 и 28;

c) функциональный фрагмент из a) или b), который обратимо связывается с биотином или его биологически активной формой, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом.

207. Композиция по п. 205 или 206, в которой аналог или мутеин стрептавидина дополнительно содержит замену или замены аминокислот в положении, соответствующем 117, 120 и/или 121 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID №1.

208. Композиция по п. 207, в которой:

замену или замены аминокислот выбирают из Glu¹¹⁷, Asp¹¹⁷, Arg¹¹⁷, Ser¹²⁰, Ala¹²⁰, Gly¹²⁰, Trp¹²¹, Tyr¹²¹ или Phe¹²¹; или

замену или замены аминокислот выбирают из одной или нескольких из Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ или Tyr¹²¹; или

замены аминокислот выбирают из Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ или Tyr¹²¹.

209. Композиция по любому из пп. 193-208, в которой реактив содержит аналог или мутеин стрептавидина, который содержит:

a) последовательность аминокислот, приведенную в SEQ ID №27 или 28;

b) последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более высокую идентичность последовательностей с SEQ ID №№28 и содержит аминокислотную последовательность, соответствующую Va1⁴⁴, Thr⁴⁵, Ala⁴⁶, Arg⁴⁷, Glu¹¹⁷, Gly¹²⁰ и Tyr¹²¹, и обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом; или

210. Композиция по любому из пп. 193-209, в которой геном вирусного вектора содержит молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный белок.

211. Композиция по п. 210, в которой рекомбинантный белок представляет собой антигенный рецептор.

212. Композиция по любому из пп. 193-211, в которой вирусная частица представляет собой ретровирус.

213. Композиция по п. 212, в которой ретровирус представляет собой лентивирус.

214. Композиция по п. 212, в которой ретровирус представляет собой гаммаретровирус.

215. Композиция по любому из пп. 193-214, в которой вирусная частица имеет дефект репликации.

216. Композиция по любому из пп. 193-215, в которой реактив является растворимым.

217. Промышленное изделие, которое содержит композицию по любому из пп. 170-181 и 193-216 и основу, где реактив иммобилизуют на основе.

218. Промышленное изделие по п. 217, в котором основа представляет собой или содержит стационарную фазу и/или твердый носитель.

219. Промышленное изделие по п. 218, в котором основа представляет собой стационарную фазу, которая представляет собой или содержит хроматографическую матрицу, где промышленное изделие дополнительно содержит контейнер, в котором целиком или частично содержится хроматографическая матрица.

220. Промышленное изделие по п. 219, в котором контейнер представляет собой колонку.

221. Промышленное изделие или устройство по любому из пп. 182-184 или 217-220, которые дополнительно содержат выпуск образца, соединенный по текучей среде с одной из по меньшей мере одной стационарной фазы для хроматографии.

222. Промышленное изделие или устройство по любому из пп. 182-184 или 217-220, которые представляют собой функционально закрытую или стерильную систему.

223. Промышленное изделие или устройство по любому из пп. 182-184 или 217-222, которые дополнительно содержат одно или более средств управления, способных регулировать или корректировать pH, pO₂, pCO₂, и/или термостатическое средство управления одного или нескольких контейнеров или их компонентов или по меньшей мере одной из по меньшей мере одной стационарной фазы для хроматографии.

224. Промышленное изделие или устройство по любому из пп. 182-184 или 217-223, которые дополнительно содержат соединение по текучей среде с контейнером, содержащим среду и/или одно или более питательных веществ и/или один или более источников углерода, в соответствии с чем соединение позволяет доставлять такую среду, питательные вещества и/или источники углерода в клетки внутри устройства, необязательно когда указанные клетки иммобилизуют на стационарной фазе для хроматографии.

225. Промышленное изделие или устройство по любому из пп. 182-184 или 217-224, в которых по меньшей мере один из компонентов и/или контейнер, содержащий его, можно отсоединять от устройства стерильным или асептическим образом.

Авторы

ТАРИН, Семих, У. (US)

БАШУР, Кинан (US)

Заявители

ДЖУНО ТЕРАПЬЮТИКС ГМБХ (DE)

СПК: A61K39/0011 A61K2039/5156 A61K2039/5158 A61K2039/625 A61K48/00 C07K16/2809 C07K16/2818 C07K2317/55 C07K2319/00 C07K2319/03 C07K14/315 C07K14/7051 C12N5/0634 C12N5/0636 C12N15/86 C12N2500/32 C12N2501/515 C12N2740/10043 C12N2740/13043

Публикация: 2019-11-25

Дата подачи заявки: 2016-10-20

РОССТИП

Поиск по товарам

Добавить свой товар

Сообщества

Товары

Участники

Патенты

Запросов

Поставщикам

О сервисе

Блогерам

Помощь