Секретируемая кислая фосфатаза (sapm), присутствующая только в патогенных микобактериях и селективно экспрессирующая при фагосомальном ph - RU2005114507A

Реферат

1. Выделенная последовательность ДНК, содержащая промотор или фрагмента промотора гена микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, где промотор или фрагмент промотора достаточен для контроля экспрессии представляющей интерес нуклеотидной последовательности и индуцируется в условиях низкого рН.

2. Выделенная последовательность ДНК по п.1, где промотор или фрагмент промотора выбран из группы, состоящей из промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium tuberculosis, промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium bovis, промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium avium и промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium marinum.

3. Выделенная последовательность ДНК, содержащая промотор или фрагмент промотора, достаточный для контроля экспрессии нуклеотидной последовательности, представляющей интерес, и индуцируемый в условиях низкого рН, причем указанный промотор или фрагмент промотора гибридизируется с промотором sapM, выбранным из группы, состоящей из промотора sapM Mycobacterium tuberculosis [SEQ ID NO:1], промотора sapM Mycobacterium bovis [SEQ ID NO:2], промотора sapM Mycobacterium avium [SEQ ID NO:3] и промотора sapM Mycobacterium marinum [SEQ ID NO:4], в условиях гибридизации высокой жесткости.

4. Вектор экспрессии, содержащий выделенную последовательность ДНК по пп.1, 2 или 3.

5. Клетка-хозяин, трансформированная вектором по п.4.

6. Транскрипционная кассета, содержащая

(а) промотор или фрагмент промотора микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, где промотор или фрагмент промотора достаточен для контроля экспрессии последовательности нуклеотидов, представляющей интерес,

(б) последовательность нуклеотидов, представляющая интерес, работоспособным образом связанная с указанным промотором или фрагментом промотора, и

(в) участок терминации транскрипции.

7. Транскрипционная кассета по п.6, где промотор или фрагмент промотора микобактериальной секретируемой фосфатазы выбран из группы, состоящей из промотора sapM Mycobacterium tuberculosis [SEQ ID NO:1], промотора sapM Mycobacterium bovis [SEQ ID NO:2], промотора sapM Mycobacterium avium [SEQ ID NO:3] и промотора sapM Mycobacterium marinum [SEQ ID NO:4].

8. Транскрипционная кассета по п.6 или 7, дополнительно содержащая N-терминальную сигнальную последовательность микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы.

9. Транскрипционная кассета по п.8, где N-терминальная сигнальная последовательность микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы выбрана из группы, состоящей из N-терминальной сигнальной последовательности sapM Mycobacterium tuberculosis [SEQ ID NO:5], N-терминальной сигнальной последовательности sapM Mycobacterium bovis [SEQ ID NO:6], N-терминальной сигнальной последовательности sapM Mycobacterium avium [SEQ ID NO:7] и N-терминальной сигнальной последовательности sapM Mycobacterium marinum [SEQ ID NO:8].

10. Способ диагностики патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции у субъекта, при котором

а) получают биологический образец у субъекта, и

б) анализируют этот образец на наличие антител, специфичных к микобактериальной секретируемой кислой фосфатазе, где выявление антител, специфичных к микобактериальной секретируемой кислой фосфатазе, указывает на присутствие патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции.

11. Способ по п.10, где микобактериальная секретируемая кислая фосфатаза выбрана из группы, состоящей из SapM Mycobacterium tuberculosis [SEQ ID NO:10], SapM Mycobacterium bovis [SEQ ID NO:12], SapM Mycobacterium avium [SEQ ID NO:14] и SapM Mycobacterium marinum [SEQ ID NO:16].

12. Способ диагностики патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции у субъекта, при котором

(а) получают образец нуклеиновой кислоты у субъекта, и

б) анализируют этот образец на наличие нуклеиновой кислоты, кодирующей микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, где обнаружение нуклеиновой кислоты, кодирующей микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, указывает на присутствие патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции.

13. Способ по п.12, где нуклеиновая кислота, кодирующая микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, выбрана из группы, состоящей из sapM Mycobacterium tuberculosis, sapM Mycobacterium bovis, sapM Mycobacterium avium и sapM Mycobacterium marinum.

14. Способ диагностики патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции, при котором

(а) получают биологический образец у субъекта, и

б) анализируют этот образец на наличие активности микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, где обнаружение активности микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы указывает на присутствие патогенной микобактериальной инфекции или патогенной грибковой инфекции.

15. Способ по п.14, где активность микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы выбрана из группы, состоящей из активности SapM Mycobacterium tuberculosis, активности SapM Mycobacterium bovis, активности SapM Mycobacterium avium и активности SapM Mycobacterium marinum.

16. Способ скрининга соединения, способного к модулированию выработки микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, при котором

а) берут конструкцию, представляющую собой нуклеиновую кислоту, содержащую промотор или фрагмент промотора микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, где промотор или фрагмент промотора работоспособным образом связан с геном-репортером, способным к выработке измеряемого сигнала,

б) берут тестируемое соединение,

в) подвергают конструкцию, представляющую собой нуклеиновую кислоту, воздействию тестируемого соединения, и

г) измеряют сигнал, производимый геном-репортером, где изменение сигнала, произведенного в присутствии тестируемого соединения по сравнению с отсутствием этого соединения, указывает, что тестируемое соединение способно модулировать выработку микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы.

17. Способ по п.16, где промотор или фрагмент промотора микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы выбран из группы, состоящей из промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium tuberculosis, промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium bovis, промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium avium и промотора или фрагмента промотора sapM Mycobacterium marinum.

18. Способ скрининга соединения, способного к модулированию активности микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, при котором

(а) инкубируют смесь, содержащую микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, субстрат для микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы и тестируемое соединение, и

(б) измеряют активность микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы,

где изменение активности микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы в присутствии тестируемого соединения по сравнению с ее активностью в отсутствие тестируемого соединения указывает, что тестируемое соединение способно модулировать активность секретируемой кислой фосфатазы.

19. Способ по п.18, где микобактериальная секретируемая кислая фосфатаза выбрана из группы, состоящей из sapM Mycobacterium tuberculosis, sapM Mycobacterium bovis, sapM Mycobacterium avium и sapM Mycobacterium marinum.

20. Способ скрининга соединения, способного к модулированию секреции микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, при котором

(а) микобактериальные клетки подвергают воздействию тестируемого соединения, причем эти микобактериальные клетки секретируют, микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, и

(б) измеряют количество микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы, секретируемой клетками микобактерий, где изменение секреции микобактериальной секретируемой кислой фосфатазы в присутствии тестируемого соединения в сравнении с отсутствием тестируемого соединения указывает, что тестируемое соединение способно модулировать секрецию микобактериальной секретируемой фосфатазы.

21. Способ по п.20, где микобактериальная секретируемая кислая фосфатаза выбрана из группы, состоящей из SapM Mycobacterium tuberculosis, SapM Mycobacterium bovis, SapM Mycobacterium avium и SapM Mycobacterium marinum.

22. Набор для детекции патогенного микобактериального заболевания или инфекции, содержащий

(а) микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу,

(б) по меньшей мере одно антитело, специфичное к микобактериальной секретируемой кислой фосфатазе, и

(в) один или более чем один реагент, необходимый для детекции антитела.

23. Набор по п.22, где микобактериальная секретируемая кислая фосфатаза выбрана из группы, состоящей из SapM Mycobacterium tuberculosis, SapM Mycobacterium bovis, SapM Mycobacterium avium и SapM Mycobacterium marinum.

24. Набор для детекции патогенного микобактериального заболевания или инфекции, включающий:

(а) олигонуклеотид, содержащий нуклеотиды, непрерывно расположенные, из последовательности нуклеиновой кислоты, которая комплементарна последовательности [SEQ ID NO:1] - [SEQ ID NO:4], [SEQ ID NO:9], [SEQ ID NO:11], [SEQ ID NO:13] или [SEQ ID NO:15], и способный специфично гибридизироваться с этой комплементарной последовательностью нуклеотидов, и

(б) реагенты для гибридизации олигонуклеотида с этой комплементарной последовательностью нуклеотидов.

25. Антитело, которое способно к специфичному связыванию с микобактериальной секретируемой кислой фосфатазой или с ее полипептидным фрагментом.

26. Антитело по п.25, где микобактериальная секретируемая кислая фосфатаза выбрана из группы, состоящей из SapM Mycobacterium tuberculosis [SEQ ID NO:10], SapM Mycobacterium bovis [SEQ ID NO:12], SapM Mycobacterium avium [SEQ ID NO:14] и SapM Mycobacterium marinum [SEQ ID NO:16].

27. Вакцина или иммуногенная композиция для лечения или профилактики у млекопитающего заражения микобактериями, содержащая антитело по п.26.

28. Вакцина или иммуногенная композиция для лечения или профилактики у млекопитающего заражения микобактериями, содержащая выделенную последовательность ДНК по пп.1, 2 или 3.

29. Вакцина или иммуногенная композиция для лечения или профилактики у млекопитающего заражения микобактериями, содержащая микобактериальную секретируемую кислую фосфатазу, выбранную из группы, состоящей из SapM Mycobacterium tuberculosis, SapM Mycobacterium bovis, SapM Mycobacterium avium, SapMand Mycobacterium marinum или их полипетидных фрагментов.

30. Антигенная композиция, которая может быть использована для детекции патогенного микобактериального заболевания или инфекции у субъекта, содержащая полипептид SapM и по существу свободная от других белков или гликопротеинов, с которыми он смешан в естественных условиях в культуре патогенных микобактерий.