Антитела против стеночной тейхоевой кислоты и их конъюгаты - RU2015151046A
Код документа: RU2015151046A
Формула
1. Изолированное анти-WTA (стеночная тейхоевая кислота) моноклональное антитело, содержащее легкую (L) цепь и тяжелую (Н) цепь, причем L цепь, содержащая CDR L1, CDR L2 и CDR L3 и Н цепь, содержащая CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3, в которых CDR L1, CDR L2 и CDR L3 и CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3 содержат аминокислотные последовательности CDR, каждого из антител 4461 (SEQ ID NO. 1-6), 4624 (SEQ ID NO. 7-12), 4399 (SEQ ID NO. 13-18) и 6267 (SEQ ID NO. 19-24), соответственно, как показано в таблицах 6А и 6В.
2. Изолированное анти-WTA моноклональное антитело, содержащее вариабельную область тяжелой цепи (VH), в котором VH содержит последовательность, идентичную по меньшей мере на 95% по длине области VH, выбранной из VH последовательности SEQ ID No. 26, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 30, SEQ ID NO. 32 из антител 4461, 4624, 4399 и 6267, соответственно.
3. Антитело по п. 2, дополнительно содержащее вариабельную область L-цепи (VL), в которой VL содержит последовательность, идентичную по меньшей мере на 95% по длине области VL, выбранной из VL последовательности SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 27, SEQ ID No. 29, SEQ ID NO. 31 антител 4461, 4624, 4399 и 6267. соответственно.
4. Антитело по п. 3, в котором антитело содержит:
(i) VL SEQ ID NO. 25 и VH SEQ ID NO. 26;
(ii) VL SEQ ID NO. 27 и VH SEQ ID NO. 28;
(iii) VL SEQ ID NO. 29 и VH SEQ ID NO. 30; или
(iv) VL SEQ ID NO. 31 и VH SEQ ID NO. 32.
5. Антитело по любому из пп. 1-4, где антитело связывается с WTA альфа.
6. Изолированное анти-WTA моноклональное антитело, содержащее легкую цепь и Н цепь, причем L-цепь, содержащая CDR L1, CDR L2 и CDR L3 и Н-цепь, содержащая CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3, в которых CDR L1, CDR L2 и CDR L3 и CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3 содержат аминокислотные последовательности соответствующие CDR, каждого из антител, показанных на Фиг. 14 (SEQ ID NO. 33-110).
7. Изолированное анти-WTA моноклональное антитело, содержащее вариабельную область L-цепи (VL), в котором VL содержит последовательность, идентичную по меньшей мере на 95% по длине области VL, выбранной из VL последовательности, соответствующей каждому из антител 6078, 6263, 4450, 6297, 6239, 6232, 6259, 6292, 4462, 6265, 6253, 4497 и 4487, соответственно, как показано на Фиг. 17А-1, 17А-2, 17А-3 по нумерации Kabat 1-107.
8. Антитело по п. 7, дополнительно содержащее вариабельную область тяжелой цепи (VH), в котором VH содержит последовательность, идентичную по меньшей мере на 95% по длине области VH, выбранной из последовательностей VH, соответствующей каждому из антител 6078, 6263, 4450, 6297, 6239, 6232, 6259, 6292, 4462, 6265, 6253, 4497 и 4487, соответственно, как показано на Фиг. 17В-1 - 17В-6 по нумерации Kabat 1-113.
9. Антитело по п. 8, в котором VH содержит последовательность SEQ ID NO. 112 и VL содержит SEQ ID NO. 111.
10. Антитело по п. 7, в котором легкая цепь содержит последовательность SEQ ID NO. 115, и Н-цепь, имеющую цистеин, введенный методами генетической инженерии, содержит SEQ ID NO. 116.
11. Антитело по п. 7, в котором легкая цепь содержит последовательность SEQ ID NO. 115 и Н-цепь, имеющую цистеин, введенный методами генетической инженерии, содержит SEQ ID NO. 117, где X представляет собой М, I или V.
12. Антитело по п. 7, в котором L-цепь содержит последовательность SEQ ID NO. 121 и Н-цепь содержит последовательность SEQ ID NO. 124.
13. Изолированное анти-WTA моноклональное антитело, содержащее последовательность L-цепи SEQ ID NO. 123 и последовательность Н-цепи SEQ ID NO. 157 или SEQ ID NO. 124.
14. Антитело по п. 6, где антитело связывается с WTA бета.
15. Антитело, которое связывается с тем же эпитопом, что любое антитело по любому из пп. 1-14.
16. Композиция, содержащая антитело по любому из пп. 1-15, и фармацевтически приемлемый носитель.
17. Нуклеиновая кислота, кодирующая антитело по любому из пп. 1-15.
18. Клетка-хозяин, содержащая нуклеиновую кислоту по п. 17.
19. Способ получения антитела по любому из пп. 1-14, включающий культивирование клетки-хозяина по п. 18 в условиях, подходящих для экспрессии нуклеиновой кислоты; и выделение антител, продуцируемых клеткой.
20. Соединение конъюгата антитело-антибиотик, содержащее антитело против стеночной тейхоевой кислоты (WTA) по любому из пп. 1-15, ковалентно присоединенное посредством пептидного линкера к фрагменту антибиотика, выбранного из клиндамицина, новобиоцина, ретапамулина, даптомицина, GSK-2140944, CG-400549, ситафлоксацина, тейкопланина, триклозана, нафтиридона, радезолида, доксорубицина, ампициллина, ванкомицина, имипенема, дорипенема, гемцитабина, далбавацина и азитромицина.
21. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 20, в котором антитело содержит: i) CDR L-цепи и Н-цепи последовательностей SEQ ID NO 99-104 или CDR L-цепи и Н-цепи последовательностей SEQ ID NO. 33-38; или ii) VL последовательностей SEQ ID NO. 119 или SEQ ID NO. 123, спаренные с VH последовательностей SEQ ID NO. 120 или SEQ ID NO. 156; или iii) VL последовательности SEQ ID NO. 111, спаренная с VH последовательности SEQ ID NO. 112.
22. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 20, в котором антитело против стеночной тейхоевой кислоты (WTA) связывается с Staphylococcus aureus.
23. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 20, в котором антитело против стеночной тейхоевой кислоты (WTA) связывается с метициллин-устойчивыми Staphylococcus aureus (MRSA).
24. Конъюгат антитело-антибиотик по п.20, в котором фрагмент антибиотика представляет собой четвертичный амин, присоединенный к пептидному линкеру.
25. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 20, имеющий формулу:
Ab-(L-abx)p
в которой:
Ab представляет собой антитело против стеночной тейхоевой кислоты;
L представляет собой пептидный линкер, имеющий формулу:
-Str-Pep-Y-
в которой Str представляет собой растяжимый участок; Pep представляет собой пептид из от двух до двенадцати аминокислотных остатков, и Y представляет собой спейсерный участок;
abx представляет собой фрагмент антибиотика; а
p представляет собой целое число от 1 до 8.
26. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 20, в котором пептидный линкер имеет формулу:
-Str-Pep-Y-
в которой Str представляет собой растяжимый участок, ковалентно присоединенный к антителу против стеночной тейхоевой кислоты (WTA); Pep представляет собой пептид из от двух до двенадцати аминокислотных остатков, и Y представляет собой спейсерный участок, ковалентно присоединенный к антибиотику.
27. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 26, в котором Str имеет формулу:
в которой R6 выбираются из группы, состоящей из С1-С10-алкилен, -С3-C8 карбоцикло, -O-(С1-С8 алкил)-, -арилен-, C1-С10 алкилен-арилен-, -арилен-C1-С10 алкилен, C1-С10 алкилен-(С3-C8 карбоцикло)-, -(С3-С8 карбоцикло)-C1-С10-алкилен, С3-C8 гетероцикло-, -C1-С10 алкилен(С3-С8 гетероцикло)-, -(С3-C8 гетероцикло)-C1-С10-алкилен, -(СН2СН2О)r-, и -(СН2СН2О)r-СН2-; и r представляет собой целое число в диапазоне от 1 до 10.
28. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 27, где R6 представляет собой -(СН2)5-
29. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 26, где Pep содержит от двух до двенадцати аминокислотных остатков, независимо выбранных из глицина, аланина, фенилаланина, лизина, аргинина, валина и цитруллина.
30. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 29, где Pep представляет собой валин-цитруллин.
31. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 26, где Y содержит пара-аминобензил или пара-аминобензилоксикарбонил.
32. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 20, имеющий формулу:
в которой АА1 и АА2 независимо выбираются из боковых цепей аминокислоты.
33. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 32, в котором боковую цепь аминокислоты независимо выбирается из Н, -СН3, -СН2(С6Н5), -CH2CH2CH2CH2NH2, -CH2CH2CH2NHC(NH)NH2, -СНСН(СН3)СН3 и -CH2CH2CH2NHC(O)NH2.
34. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 32, имеющий формулу:
35. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 32, имеющий формулу:
36. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
37. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
38. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
39. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
40. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
41. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 35, имеющий формулу:
в которой R7 независимо выбирается из Н и С1-С12 алкила.
42. Фармацевтическая композиция, содержащая соединение конъюгат антитело-антибиотик по п. 20, и фармацевтически приемлемый носитель, скользящее вещество, разбавитель или вспомогательное вещество.
43. Способ лечения бактериальной инфекции, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества соединения конъюгата антитело-антибиотик, содержащего антитело против стеночной тейхоевой кислоты (WTA), ковалентно присоединенное с помощью пептидного линкера к антибиотику, выбранного из клиндамицина, новобиоцина, ретапамулина, даптомицина, GSK-2140944, CG-400549, ситафлоксацина, тейкопланина, триклозана, нафтиридона, радезолида, доксорубицина, ампициллина, ванкомицина, имипенема, дорипенема, гемцитабина, далбавацина и азитромицина.
44. Способ получения соединения конъюгата антитело-антибиотик по п. 20, включающий конъюгацию антитела против стеночной тейхоевой кислоты (WTA) с фрагментом антибиотика, выбранного из клиндамицина, новобиоцина, ретапамулина, даптомицина, GSK-2140944, CG-400549, ситафлоксацина, тейкопланина, триклозана, нафтиридона, радезолида, доксорубицина, ампициллина, ванкомицина, имипенема, дорипенема, гемцитабина, далбавацина и азитромицина.
45. Набор для лечения бактериальной инфекции, включающий:
a) фармацевтическую композицию по п. 42; и
b) инструкции по применению.
46. Промежуточное соединение антибиотик-линкер, выбранное из:
X-L-abx
где:
abx представляет собой фрагмент антибиотика, выбранного из клиндамицина, новобиоцина, ретапамулина, даптомицина, GSK-2140944, CG-400549, ситафлоксацина, тейкопланина, триклозана, нафтиридона, радезолида, доксорубицина, ампициллина, ванкомицина, имипенема, дорипенема, гемцитабина, далбавацина и азитромицина;
L представляет собой пептидный линкер, ковалентно присоединенный к abx и X, и имеющий формулу:
-Str-Pep-Y-
в которой Str представляет собой растяжимый участок; Pep представляет собой пептид из от двух до двенадцати аминокислотных остатков, и Y представляет собой спейсерный участок; и
X представляет собой реакционноспособную функциональную группу, выбранную из малеимида, тиола, амино, бромида, бромацетамида, йодацетамида, п-толуолсульфоната, иодида, гидроксила, карбоксила, пиридилдисульфида и N-гидроксисукцинимида.
47. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 46, в котором X представляет собой
48. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 46, выбранное из:
49. Антитело любому из пп. 1-15, в котором антитело представляет собой F(ab) или F(ab')2.
50. Антитело по п. 49, где антитело представляет собой F(ab')2.
51. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по любому из пп. 20-41, касающихся соединения конъюгата антитело-антибиотик, в котором антитело представляет собой F(ab) или F(ab')2.
52. Способ уничтожения внутриклеточных Staph aureus в клетках-хозяевах пациента, инфицированного Staph aureus, без уничтожения клетки-хозяева, включающий введение соединения конъюгата анти-WTA-антибиотик.
