Библиотеки только-hc-cdr3 с уменьшенной комбинаторной избыточностью и оптимизированным распределением длины петли - RU2019109949A
Код документа: RU2019109949A
Формула
1. Библиотека векторов с общей сложностью C=1,3×1010, которая экспрессируетчленыразнообразного семейства родственных антителу пептидов, полипептидов или белков, и которая экспрессирует по меньшей мере часть разнообразия указанного семейства родственных антителу пептидов, полипептидов или белков, где указанные векторы содержат разнообразные последовательности ДНК, кодирующие область HC-CDR3, и положение, предшествующее области HC-CDR3, где указанные последовательности имеют следующую формулу:
ZX1YnX3X4X5,
где:
Z соответствует положению 94 по Kabat;
X1 соответствует положению 95 по Kabat;
n представляет собой целое число от 3 до 11;
Y соответствует положениям 96-98 HC по Kabat (n=3) или положениям 96-99 HC по Kabat (n=4), или положениям HC 96-100 по Kabat (n=5), или положениям 96-100a HC по Kabat (n=6), или положениям 96-100b HC по Kabat (n=7), или положениям 96-100c HC по Kabat (n=8), или положениям 96-100d HC по Kabat (n=9), или положениям 96-100e HC по Kabat (n=10), или положениям 96-100f HC по Kabat (n=11);
X3 соответствует положению 99 HC по Kabat (n=3) или положению 100 HC по Kabat (n=4), или положению 100a HC по Kabat (n=5), или положению 100b HC по Kabat (n=6), или положению 100c HC по Kabat (n=7), или положению 100d HC по Kabat (n=8), или положению 100e HC по Kabat (n=9), или положению 100f HC по Kabat (n=10), или положению 100g HC по Kabat (n=11);
X4 соответствует положению HC по Kabat 101;
X5 соответствует положению HC по Kabat 102,
отличающаяся тем, что процентная доля p(L) каждой области HC-CDR3 длиной (L=n+4) в библиотеке соответствует значениям, приведенным в таблице 2C;
и положения Z, X1, X3, X4, X5 и Yn (n=3-11) для каждой области HC-CDR3 длиной L=n+4 заняты аминокислотами, перечисленными в таблицах 3A-3I, в соответствии с относительной частотой, как описанно в таблицах 3A-3I.
2. Библиотека векторов по п.1, где родственные антителу пептиды, полипептиды или белки представляют собой антитела или их фрагменты, выбранные из антитела, содержащего один или несколько константных доменов, одноцепочечного антитела, фрагмента FAB, антитела только с тяжелой цепью или только вариабельного домена тяжелой цепи.
3. Библиотека векторов по любому из предшествующих пунктов, где родственные антителу пептиды, полипептиды или белки содержат зародышевые вариабельные фрагменты человеческого антитела.
4. Библиотека векторов по любому из предшествующих пунктов, где родственные антителу пептиды, полипептиды или белки содержат вариабельный домен VK1 легкой цепи антитела человека, содержащий человеческие зародышевые последовательности, и вариабельный домен VH3 тяжелой цепи антитела человека, содержащий человеческие зародышевые последовательности
5. Библиотека векторов по п.4, где вариабельный домен VK1 легкой цепи каппа содержит человеческие зародышевые последовательности SEQ ID N. 3 и SEQ ID N. 4, область CDR3 легкой цепи содержит последовательность SEQ ID N. 5, и вариабельный домен VH3 тяжелой цепи содержит человеческие зародышевые последовательности SEQ ID N.1 и SEQ ID N. 2.
6. Библиотека векторов по п.4, отличающаяся тем, что вариабельный домен VH3 тяжелой цепи, содержащий человеческие зародышевые последовательности, соединен с вариабельным доменом VK1 легкой цепи каппа антитела человека, содержащим человеческие зародышевые последовательности, с использованием линкера из SEQ ID N. 6.
7. Библиотека векторов по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что основной вектор, используемый для получения указанной библиотеки, имеет SEQ ID 8.
8. Библиотека векторов по любому из предшествующих пунктов для отбора против антигенов-мишеней.
9. Библиотека векторов по п.8, отличающаяся тем, что указанная библиотека экспонирована на фаге для отбора против антигенов-мишеней.
10. Библиотека векторов по любому из пп. 1-9, отличающаяся тем, что указанная библиотека имеет разнообразие, ограниченное областью HC-CDR3 и положением, предшествующим HC-CDR3.
