Способы и композиции для получения нуклеозидтрифосфата и рибонуклеиновой кислоты - RU2020115572A
Код документа: RU2020115572A
Формула
1. Способ получения нуклеозидтрифосфатов (НTФ), предусматривающий инкубирование в реакционной смеси нуклеозиддифосфатов (НДФ), полифосфаткиназы и полифосфата в условиях, подходящих для получения НТФ, необязательно при этом реакционная смесь дополнительно содержит НДФ-киназу(ы).
2. Способ по п. 1, дополнительно предусматривающий инкубирование в реакционной смеси 5’-нуклеозидмонофосфатов (5’-НМФ), полифосфаткиназы и полифосфата в условиях, подходящих для получения НДФ, необязательно при этом реакционная смесь дополнительно содержит НМФ-киназу(ы).
3. Способ по п. 1 или 2, дополнительно предусматривающий инкубирование в реакционной смеси клеточной рибонуклеиновой кислоты (РНК), а также
(a) полинуклеотидфосфорилазы (ПНФазы) и неорганического фосфата в условиях, подходящих для получения 5’-НДФ, необязательно при этом реакционная смесь дополнительно содержит геликазу; или
(b) рибонуклеазу,
в условиях, подходящих для получения 5’-НМФ.
4. Способ по любому из пп. 1-3, предусматривающий инкубирование в реакционной смеси НТФ, ДНК-матрицы, кодирующей представляющую интерес РНК, и РНК-полимеразы в условиях, подходящих для получения представляющей интерес РНК.
5. Способ по любому из пп. 1-4, при котором НДФ включают в себя АДФ, ГДФ, ЦДФ и/или УДФ.
6. Способ по любому из пп. 1-5, при котором НДФ синтезируются химическим путем, являются продуктом ферментации или экстрагируются из природного источника.
7. Способ по любому из пп. 2-6, при котором 5’-НМФ включают в себя 5’-AMФ, 5’-ГМФ, 5’-ЦМФ и/или 5’-УМФ.
8. Способ по любому из пп. 2-7, при котором 5’-НМФ синтезируются химическим путем, являются продуктом ферментации или экстрагируются из природного источника.
9. Способ по любому из пп. 1-8, при котором полифосфаткиназа выбрана из семейства ферментов PPK1 или PPK2, необязательно при этом полифосфаткиназа (PPK) включает в себя PPK2 класса III из Deinococcus geothermalis (SEQ ID NO.: 1).
10. Способ по любому из пп. 1-9, при котором полифосфат включает в себя гексаметафосфат.
11. Способ по любому из пп. 1-10, при котором
(a) полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу(ы), ПНФазу, рибонуклеазу, ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу получают из клеток, которые экспрессируют или продуцируют полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу(ы), ПНФазу, рибонуклеазу, ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу; или
(b) реакционная смесь содержит клеточный лизат или ферментативный препарат из клеток, которые экспрессируют или продуцируют полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу, ПНФазу, рибонуклеазу, ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу, необязательно при этом нативная ферментативная активность ферментов в клеточном лизате была элиминирована, и необязательно при этом нативная ферментативная активность ферментов в клеточном лизате была элиминирована посредством генетической модификации, секреции ферментов из клетки, нацеливания протеазы, температуры, pH, соли, детергента, спирта, химических ингибиторов, отделения, осаждения, фильтрации, захвата и/или хроматографии.
12. Способ по п. 11, при котором нативные ферментативные активности выбраны из фосфатаз, нуклеаз, протеаз, дезаминаз, оксидоредуктаз и гидролаз.
13. Способ по любому из пп. 1-12, при котором полифосфаткиназа, НМФ-киназа(ы) и/или НДФ-киназа(ы) могут выдерживать условия элиминирования.
14. Способ по любому из пп. 3-13, при котором клеточная РНК включает в себя рибосомальную РНК, матричную РНК и/или транспортную РНК, и необязательно при этом клеточная РНК происходит из одноклеточного организма или многоклеточного организма.
15. Способ получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), предусматривающий:
(a) инкубирование в реакционной смеси клеточной РНК и рибонуклеазы (РНКазы) в условиях, подходящих для получения 5’-нуклеозидмонофосфатов (НМФ);
(b) элиминирование РНКазы и
(c) инкубирование в реакционной смеси или во второй реакционной смеси НМФ, полифосфаткиназы, полифосфата, матрицы дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), кодирующей представляющую интерес РНК, и РНК-полимеразы в условиях, подходящих для получения представляющей интерес РНК, необязательно при этом реакционная смесь стадии (c) дополнительно содержит НМФ-киназу(ы) и/или НДФ-киназу(ы).
16. Способ получения рибонуклеиновой кислоты (РНК), предусматривающий:
(a) инкубирование в реакционной смеси клеточной РНК, полинуклеотидфосфорилазы (ПНФазы) и неорганического фосфата в условиях, подходящих для получения 5’-нуклеозиддифосфатов (НДФ), необязательно при этом реакционная смесь дополнительно содержит геликазу;
(b) элиминирование ПНФазы и
(c) инкубирование в реакционной смеси или во второй реакционной смеси НДФ, полифосфаткиназы, полифосфата, матрицы дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), кодирующей представляющую интерес РНК, и РНК-полимеразы в условиях, подходящих для получения представляющей интерес РНК, необязательно при этом реакционная смесь стадии (c) дополнительно содержит НДФ-киназу(ы).
17. Способ по п. 15, при котором РНКаза представляет собой нуклеазу P1 или РНКазу R.
18. Способ по п. 15 или п. 16, при котором клеточная РНК включает в себя рибосомальную РНК, матричную РНК и/или транспортную РНК, необязательно при этом клеточная РНК происходит из одноклеточного организма или многоклеточного организма.
19. Способ по любому из пп. 15-18, при котором полифосфаткиназа выбрана из семейства ферментов PPK1 или PPK2, и необязательно при этом полифосфаткиназа (PPK) содержит PPK2 класса III из Deinococcus geothermalis (SEQ ID NO. 1).
20. Способ по любому из пп. 15-19, при котором полифосфат включает в себя гексаметафосфат.
21. Способ по любому из пп. 15-20, при котором РНКазу или ПНФазу получают из клеток, которые экспрессируют РНКазу или ПНФазу, или при котором реакционная смесь стадии (a) содержит клеточный лизат или ферментативный препарат, полученный из клеток, которые экспрессируют РНКазу или ПНФазу.
22. Способ по любому из пп. 15-21, при котором стадия (b) предусматривает элиминирование РНКазы или ПНФазы посредством температуры, pH, соли, детергента, спирта, химических ингибиторов, отделения, осаждения, фильтрации, захвата и/или хроматографии.
23. Способ по любому из пп. 15-22, при котором полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу(ы), ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу получают из клеток, которые экспрессируют или продуцируют полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу(ы), ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу, или при котором реакционная смесь стадии (a) или стадии (c) содержит клеточный лизат или ферментативный препарат, полученный из клеток, которые экспрессируют или продуцируют полифосфаткиназу, НМФ-киназу(ы), НДФ-киназу(ы), ДНК-матрицу и/или РНК-полимеразу.
24. Способ по любому из пп. 21-23, при котором нативная ферментативная активность ферментов в клеточном лизате или ферментативном препарате была элиминирована, и необязательно при котором нативная ферментативная активность ферментов в клеточном лизате или ферментативном препарате была элиминирована посредством генетической модификации, секреции ферментов из клетки, нацеливания протеазы, температуры, pH, соли, детергента, спирта, химических ингибиторов, отделения, осаждения, фильтрации, захвата и/или хроматографии.
25. Способ по п. 24, при котором нативные ферментативные активности выбраны из фосфатаз, нуклеаз, протеаз, дезаминаз, оксидоредуктаз и гидролаз.
26. Способ по любому из пп. 15-25, при котором полифосфаткиназа, НМФ-киназа(ы), НДФ-киназа(ы) и/или РНК-полимераза могут выдерживать условия элиминирования.
