N-ацетилгалактозаминовые (galnac) фосфорамитиды, их конъюгаты с нуклеиновыми кислотами и их применение - RU2017114156A
Код документа: RU2017114156A
Формула
1. Соединение, имеющее общую формулу (I)
где NR'R'' представляет собой вторичную аминогруппу, при этом R' и R'' независимо выбраны из C1-С6-алкила, или R' и R'' вместе образуют пяти- или шестичленное кольцо, которое может быть замещенным и которое может содержать один дополнительный гетероатом, выбранный из N и О;
А представляет собой С1-С6-алкильную группу или защищенную гидрокси- или тиогруппу; и
G представлен общей формулой (II)
где А1 представляет собой подходящую гидроксил-защитную группу, и в каждом случае эти группы могут быть одинаковыми или разными; и
L представляет собой линкерную группу, выбранную из группы, состоящей из С2-С30-алкенилена, -(СН2)2-, -(СН2)3-, -(СН2)4-, -(СН2)5-, -(СН2)7-, -(СН2)8-, -(СН2)9-, -(СН2)10-, -(СН2)11-, -(CH2)12-, -СН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2- и -СН2СН2(ОСН2СН2)2ОСН2СН2-, более предпочтительно, из -(СН2)2-, -(СН2)3- и -(СН2)8-.
2. Соединение по п. 1, где линкерная группа выбрана из -СН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2- и -СН2СН2(ОСН2СН2)2ОСН2СН2-.
3. Соединение по п. 1 или 2,
где вторичная аминогруппа -NR'R'' выбрана из группы, состоящей из диметиламино, диэтиламино, диизопропиламино, дибутиламино, пирролидино, пиперидино, 2,6-диметилпиперидино, морфолино, имидазолила и 4-метилимидазолила, и/или
где А выбран из группы, состоящей из 2-цианоэтокси, 2-цианоэтилтио, метокси, этокси, S-изобутаноил-2-(2-меркаптоэтокси)этокси, S-пивалоил-2-(2-меркаптоэтокси)этокси, S-пивалоил-2-меркаптоэтокси, метила и этила, и/или
где гидроксил-защитная группа А1 выбрана из ацильной группы и силильной группы, предпочтительно из группы, состоящей из ацетила, бензоила, феноксиацетила, пивалоила, изобутирила, трет-бутилдиметилсилила, трет-бутилдифенилсилила, триизопропилсилила и изопропилдиметилсилила.
4. Соединение по любому из пп. 1-3, где
А представляет собой -O-CH2CH2CN, А1 представляет собой ацетил, R' и R'' каждый представляет собой изопропил, и L выбран из группы, состоящей из -(СН2)2-, -(СН2)3-, -(СН2)4-, -(СН2)5-, -(СН2)7-, -(СН2)8-, -(СН2)9-, -(СН2)10-, -(СН2)11, -(СН2)12-, -СН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2- и -СН2СН2(ОСН2СН2)2ОСН2СН2-, предпочтительно, из -(СН2)2- и -(СН2)3-.
5. Соединение, имеющее общую формулу (III)
где Z представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты;
Т представлен общей формулой (IV) или альтернативно общей формулой (VI)
где в формуле (IV)
R2 представляет собой Н или -(CH2)q-R1,
R1 и R3 в каждом случае представлены общей формулой (V)
при этом в каждом случае независимо
V выбран из -О-, -NH-CO- и -CO-NH-;
W выбран из группы, состоящей из -(СН2)2-15- и -СН2СН2(ОСН2СН2)0-4OCH2CH2-;
Y представляет собой О или S;
m представляет собой целое число от 1 до 3;
n представляет собой целое число от 0 до 5;
р представляет собой целое число от 0 до 3; и
q представляет собой целое число от 1 до 2;
r представляет собой целое число от 1 до 5;
при этом в каждом случае независимо в формуле (V) и (VI)
s равно 0 или 1;
G представлен общей формулой (II)'
где А1 представляет собой Н или подходящую гидроксил-защитную группу, и в каждом случае эти группы могут быть одинаковыми или разными; и L выбран из группы, состоящей из С2-С20-алкенилена, -СН2СН2-(ОСН2СН)0-6-ОСН2СН2-, -(СН2)2-, -(СН2)3-, -(СН2)4-, -(СН2)5-, -(СН2)7-, -(СН2)8-, -(СН2)9-, -(CH2)10-, -(СН2)11-, -(СН2)12-, -СН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2- и -СН2СН2(ОСН2СН2)2ОСН2СН2-; и
в каждом случае независимо в формуле (III), (V) и (VI)
X1 представляет собой -ОН, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой -О-, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой =O, и X2 выбран из -СН3, -OR, -NHR и -ВН3, где R в каждом случае независимо представляет собой С1-С6алкильную группу, или
X1 представляет собой =S, и X2 выбран из -СН3 и -SH,
при этом непрерывная цепь, начинающаяся от первого атома линкера L в R1, R3 или в R2, если R2 не является Н, или в формуле (VI) и заканчивающаяся местом присоединения в формуле (IV) или в молекуле нуклеиновой кислоты, если Т представлен формулой (VI), имеет минимальную длину 8 атомов и максимальную длину 30 атомов.
6. Соединение по п. 5, где s равно 1, и где W предпочтительно выбран из группы, состоящей из -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2(ОСН2СН2)4OCH2CH2-, -СН2СН2СН2- и -(СН2)12-.
7. Соединение по п. 5, где s равно 0.
8. Соединение по любому из пп. 5-7, при этом в каждом случае независимо
X1 представляет собой -ОН, и X2 представляет собой =O, или
X1 представляет собой -О-, и X2 представляет собой =O, или
X1 представляет собой -ОН, и X2 представляет собой =S, или
X1 представляет собой -О-, и X2 представляет собой =S, или
X1 представляет собой =S, и X2 представляет собой -SH.
9. Соединение по любому из пп. 5-8, где соединение способно связываться с асиалогликопротеиновым рецептором (ASGPR).
10. Способ получения соединения по любому из пп. 1-4, включающий стадии:
(1) стереоселективного образования внутреннего оксазолинового кольца между атомами углерода в положениях 1 и 2 N-ацетилгалактозамина (GalNAc);
(2) приведения во взаимодействие продукта со стадии (1) с соединением, имеющим общую формулу HO-L-O-A3, где
А3 представляет собой подходящую защитную группу, и
L представляет собой линкерную группу, выбранную из группы, состоящей из С2-С20-алкенилена, -СН2СН2-(ОСН2СН2)0-6-ОСН2СН2, -(СН2)2-, -(СН2)3-, -(СН2)4-, -(СН2)5-, -(СН2)7-, -(СН2)8-, -(СН2)9-, -(СН2)10-, -(CH2)11-, -(СН2)12-, -СН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2- и -СН2СН2(ОСН2СН2)2ОСН2СН2-,
с образованием тем самым простой эфирной связи при атоме углерода в положении 1 кольца GalNAc;
(3) удаления защиты с группы -O-А3 в продукте со стадии (2) с получением тем самым группы -ОН с удаленной защитой;
(4) приведения во взаимодействие продукта со стадии (3) с фосфордиамидитом с получением тем самым соединения по любому из пп. 1-4.
11. Способ получения конъюгата GalNAc-нуклеиновая кислота, включающий стадии, на которых
(1) берут молекулу нуклеиновой кислоты на твердой подложке;
(2) возможно присоединяют молекулу-разветвитель к молекуле нуклеиновой кислоты с использованием фосфорамидитной химии;
(3) возможно присоединяют молекулу спейсерного фосфорамидита к каждой из ветвей молекулы-разветвителя с использованием фосфорамидитной химии;
(4) приводят во взаимодействие соединение по любому из пп. 1-4 с реакционноспособным концом молекулы нуклеиновой кислоты, если молекула-разветвитель отсутствует, или приводят во взаимодействие соединения по любому из пп. 1-4 с реакционноспособным концом каждой из ветвей, если молекула-разветвитель присутствует, или приводят во взаимодействие соединения по любому из пп. 1-4 с реакционноспособным концом каждого из спейсеров, если спейсеры присутствуют; и
(5) отщепляют продукт со стадии (4) от твердой подложки; при этом непрерывная цепь, начинающаяся от первого атома линкера L в соединении по любому из пп. 1-4 и заканчивающаяся атомом фосфора, через который конъюгатная группировка присоединяется к нуклеиновой кислоте, имеет минимальную длину 10 атомов и максимальную длину 34 атома.
12. Способ по п. 11, где присоединение указанной молекулы-разветвителя приводит к получению структур, предпочтительно представленных общей формулой (IVa)
где А4 представляет собой подходящую защитную группу;
V1 выбран из -О-, -NH-CO- и -CO-NH-;
V2 отсутствует или выбран из -О-, -NH-CO- и -CO-NH-;
V3 выбран из -О-, -NH-CO- и -CO-NH-;
X1 представляет собой -ОН, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой -О-, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой =O, и X2 выбран из -СН3, -SH, -OR, -NHR и -ВН3, где R в каждом случае независимо представляет собой С1-С6алкильную группу, или
X1 представляет собой =S, и X2 выбран из -СН3 и -SH;
m представляет собой целое число от 1 до 3;
n представляет собой целое число от 0 до 5;
р представляет собой целое число от 0 до 3; и в каждом случае независимо
q представляет собой целое число от 1 до 2;
q' представляет собой целое число от 0 до 2; и
r представляет собой целое число от 1 до 5;
при условии, что если V2 отсутствует, то q' равно 0, и группа -(СН2)r-ОА4,
присоединенная к V2 в формуле (IVa), также отсутствует; и присоединение указанной молекулы спейсерного фосфорамидита приводит к получению структур, предпочтительно представленных общей формулой (Va)
при этом в каждом случае независимо
А5 представляет собой подходящую защитную группу;
W выбран из группы, состоящей из -(СН2)2-15- и -СН2СН2(ОСН2СН2)0-4OCH2CH2-;
X1 представляет собой -ОН, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой -О-, и X2 выбран из =O и =S, или
X1 представляет собой =O, и X2 выбран из -СН3, -SH, -OR, -NHR и -ВН3, где R в каждом случае независимо представляет собой С1-С6алкильную группу, или
X1 представляет собой =S, и X2 выбран из -СН3 и -SH; и
при этом непрерывная цепь, начинающаяся от первого атома линкера L в соединении по любому из пп. 1-4 и заканчивающаяся местом присоединения в формуле (IVa) или местом присоединения в молекуле нуклеиновой кислоты, имеет минимальную длину 8 атомов и максимальную длину 30 атомов.
13. Способ по п. 11 или 12, где молекула-разветвитель выбрана из группы, состоящей из: 1,3-бис-[5-(4,4'-диметокситритилокси)пентиламидо]пропил-2-[(2-цианоэтил)-(N,N-диизопропил)]-фосфорамидита; трис-2,2,2-[3-(4,4'-диметокситритилокси)пропилоксиметил]этил-[(2-цианоэтил)-(N,N-диизопропил)]-фосфорамидита и трис-2,2,2-[3-(4,4'-диметокситритилокси)пропилоксиметил]метиленоксипропил-[(2-цианоэтил)-(N,N-диизопропил)]-фосфорамидита.
14. Способ по любому из пп. 11-13, где молекула спейсерного фосфорамидита представлена общей формулой (VII),
где А2 представляет собой подходящую защитную группу, предпочтительно -CH2CH2CN, А6 представляет собой подходящую защитную группу, такую как 4,4'-диметокситритил, и R4 выбран из группы, состоящей из: -СН2СН2ОСН2СН2ОСН2СН2-, -СН2СН2(ОСН2СН2)4OCH2CH2-, -СН2СН2СН2- и -(CH2)12-; и
NR'R'' представляет собой вторичную аминогруппу, где R' и R'' независимо выбраны из C1-С6-алкила, или R' и R'' вместе образуют пяти- или шестичленное кольцо, которое может быть замещенным и которое может содержать один дополнительный гетероатом, выбранный из N и О.
15. Способ по п. 11, где молекула нуклеиновой кислоты выбрана из ДНК, РНК и молекул, содержащих один или более нуклеозидных аналогов, в частности, молекула нуклеиновой кислоты выбрана из антисмысловых олигонуклеотидов, гэпмеров, малых интерферирующих РНК и микроРНК, и где молекула нуклеиновой кислоты предпочтительно содержит один или более нуклеозидов закрытой нуклеиновой кислоты.
16. Применение соединения по любому из пп. 1-4 для получения соединений по любому из пп. 5-9.
17. Применение соединения по любому из пп. 5-9 в качестве лекарственного средства.
Комментарии