Библиотека синтетических специфически связывающих молекул - RU2015146418A
Код документа: RU2015146418A
Формула
1. Способ получения библиотеки антигенспецифичных антигенсвязывающих молекул, имеющих структуру пептидных доменов, представленную следующей формулой (I):
включающий:
(1) выделение РНК из представителя видов подкласса Elasmobranchii;
(2) амплификацию последовательностей ДНК из РНК, полученной на стадии (1), кодирующих антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы, с получением базы последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы;
(3) выбор последовательности ДНК из базы, полученной на стадии (2);
(4) амплификацию последовательности ДНК, кодирующей два или более смежных пептидных домена из FW1-CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3b-CDR3-FW4, где указанные два или более смежных пептидных домена, будучи лигированными, кодируют антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу формулы (I), и при этом указанные два или более смежных пептидных домена получены из по меньшей мере двух гетерологичных последовательностей ДНК, выбранных на стадии (3), в присутствии множества гетерологичных олигомеров, комплементарных по отношению к доменам CDR1 или CDR3 в последовательностях, выбранных на стадии (3), с получением множества амплифицированных последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу формулы (I);
(5) совместное лигирование указанных амплифицированных последовательностей ДНК, кодирующих два или более смежных пептидных домена с получением последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу, имеющую структуру пептидного домена формулы (I);
(6) клонирование амплифицированной ДНК, полученной на стадии (3), в дисплейный вектор; и
(7) трансформацию хозяина указанным дисплейным вектором с получением библиотеки указанных антигенспецифичных антигенсвязывающих молекул.
2. Способ получения антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы, включающий:
(1) выбор целевых клонов из библиотеки, полученной в соответствии со способом по п. 1;
(2) выделение и очистку антигенспецифичных антигенсвязывающих молекул из указанных клонов;
(3) клонирование последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы в вектор экспрессии; и
(4) трансформацию хозяина для осуществления экспрессии вектора экспрессии.
3. Способ получения антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы, имеющей структуру пептидных доменов, представленную следующей формулой (I):
включающий:
(1) выделение РНК из представителя вида подкласса Elasmobranchii;
(2) амплификацию последовательностей ДНК из РНК, полученной на стадии (1), кодирующих антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы, с получением базы последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы;
(3) выбор последовательности ДНК из базы, полученной на стадии (2);
(4) амплификацию последовательностей ДНК, кодирующих два или более смежных пептидных домена из FW1-CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3b-CDR3-FW4, где указанные два или более смежных пептидных домена, будучи литерованными, кодируют антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу формулы (I), и при этом указанные два или более смежных пептидных домена получены из по меньшей мере двух гетерологичных последовательностей ДНК, выбранных на стадии (3), в присутствии множества гетерологичных олигомеров, комплементарных доменам CDR1 или CDR3 в последовательностях, выбранных на стадии (3), с образованием множества апмлифицированных последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу формулы (I);
(5) совместное лигирование указанных амплифицированных последовательностей ДНК, кодирующих два или более смежных пептидных домена с образованием последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу, имеющую структуру пептидных доменов формулы (I);
(6) клонирование амплифицированной ДНК, полученной на стадии (5), в дисплейный вектор;
(7) трансформацию хозяина с помощью указанного дисплейного вектора с получением библиотеки указанных антигенспецифичных антигенсвязывающих молекул;
(8) выбор необходимого клона из библиотеки;
(9) выделение и очистку антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы из клона;
10) клонирование последовательностей ДНК, кодирующих антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу в вектор экспрессии, и
(11) трансформацию хозяина с обеспечением возможности экспрессии вектора экспрессии.
4. Способ по п. 1 или 3, в котором два или более смежных пептидных домена представляют собой FW1, CDR1-FW2-HV2-FW3a-HV4-FW3 и CDR3-FW4.
5. Способ получения антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы с применением трансформированного хозяина, содержащего библиотеку экспрессируемых последовательностей ДНК, кодирующих множество антигенспецифичных антигенсвязывающих молекул, где указанная библиотека создана из по меньшей мере двух гетерологичных изотипов последовательностей NAR, при этом указанные антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы содержат множество доменов в вариабельной области изотипа иммуноглобулина NAR, обнаруженной у представителя видов подкласса Elasmobranchii.
6. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула, содержащая аминокислотную последовательность, представленную формулой (II):
в которой
А представляет собой SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4 или SEQ ID NO: 7;
X представляет собой область CDR1 из 5, 6 или 7 аминокислотных остатков;
В представляет собой SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 8;
Y представляет собой область CDR3 из 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16 или 17 аминокислотных остатков;
С представляет собой SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 6;
или последовательность, по меньшей мере на 50% гомологичную указанной,
в которой
SEQ ID NO: 1 представляет собой TRVDQTPRTATKETGESLTINCVLTDT или TRVDQTPRTATKETGESLTINCVVTGA;
SEQ ID NO: 2 представляет собой
TSWFRKNPGTTDWERMSIGGRYVESVNKGAKSFSLRIKDLTVADSATYYCKA или
TSWFRKNPGTTDWERMSIGGRYVESVNKGAKSFSLRIKDLTVADSATYICRA;
SEQ ID NO: 3 представляет собой DGAGTVLTVN;
SEQ ID NO: 4 представляет собой ASVNQTPRTATKETGESLTINCVLTDT или ASVNQTPRTATKETGESLTINCVVTGA;
SEQ ID NO: 5 представляет собой TYWYRKNPGSSNQERISISGRYVESVNKRTMSFSLRIKDLTVADSATYYCKA или TYWYRKNPGSSNQERISISGRYVESVNKRTMSFSLRIKDLTVADSATYICRA;
SEQ ID NO: 6 представляет собой последовательность YGAGTVLTVN;
SEQ ID NO: 7 представляет собой последовательность ARVDQTPQTITKETGESLTINCVLRD; и
SEQ ID NO: 8 представляет собой
TYWYRKKSGSTNEESISKGGRYVETVNSGSKSFSLRIKDLTVADSATYICRA или TYWYRKNPGSTNEESISKGGRYVETVNSGSKSFSLRIKDLTVADSATYICRA.
7. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по п. 6, в которой последовательность формулы (I) представляет собой SEQ ID NO: 10.
8. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по п. 6, в которой последовательность формулы (I) представляет собой SEQ ID NO: 12.
9. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по п. 6, в которой область CDR1 представляет собой область CDR1, представленную на фигуре 17.
10. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по п. 6, в которой область CDR3 представляет собой область CDR3, представленную на фигуре 17.
11. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по п. 6, отличающаяся тем, что антигенспецифичные антигенсвязывающие молекулы имеют последовательность, представленную на любой из фигур 11, 12, 13, 14, 15 или 16.
12. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 6-11, которая является гуманизированной.
13. Гибридный белок, содержащий антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 6-12.
14. Гибридный белок по п. 13, в котором антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула гибридизована с биологически активным белком.
15. Нуклеиновая кислота, кодирующая антигенспецифичную антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 6-12 или гибридный белок по п. 13 или 14.
16. Конструкция нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеиновую кислоту по п. 15.
17. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п. 16.
18. Способ получения антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14, включающий стадию экспрессирования последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей указанную молекулу в клетке-хозяине.
19. Фармацевтическая композиция антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14.
20. Антигенспецифичная антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 6-12, или гибридный белок по п. 13 или 14, для применения в медицине.
21. Применение антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14, для получения лекарственного средства для лечения заболевания у нуждающегося в этом пациента.
22. Способ лечения заболевания у пациента, нуждающегося в лечении, включающий введение указанному пациенту терапевтически эффективной дозы фармацевтической композиции по п. 19.
23. Способ определения наличия целевого аналита в образце, включающий добавление к образцу детектируемой метки в виде антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14, и обнаружение связывания указанной молекулы с целевым аналитом.
24. Способ визуализации очага заболевания у субъекта, включающий введение субъекту детектируемой метки в виде антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14.
25. Способ диагностики заболевания или медицинского состояния у субъекта, включающий введение субъекту антигенспецифичной антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 6-12 или гибридного белка по п. 13 или 14.
