Композиции и способы диагностики болезни лайма и прогноза элиминации спирохет, вызывающих болезнь лайма, после лечения - RU2018111268A

1. Композиция для диагностики или прогноза болезни Лайма, которую выбирают из первой композиции и второй композиции:

(I) при этом первая композиция содержит:

(a) 1, 2, 3, 4 или 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 1 или 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33,

где композиция, после приведения в контакт с цельной кровью, полученной от субъекта, зараженного видом Borrelia, ассоциированным с болезнью Лайма, способна вызывать вторичный in vitro иммунный ответ со стороны Т-клеток; и

(II) при этом вторая композиция содержит:

(a) 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33.

2. Композиция по п. 1, в которой предусмотрено по меньшей мере одно из:

(a) композиция содержит по меньшей мере приблизительно один нанограмм каждого пептида и не более 100 нанограмм каждого пептида,

(b) композиция содержит по меньшей мере приблизительно 100, 200, 300 или 400 нанограмм и не более приблизительно 500 нанограмм каждого пептида,

(c) композиция содержит по меньшей мере приблизительно 500, 600, 700, 800 или 900 нанограмм и не более приблизительно 1000 нанограмм каждого пептида,

(d) композиция содержит по меньшей мере приблизительно 1,0, 1,1, 1,2, 1,3, 1,4, 1,5, 1,6, 1,7, 1,8 или 1,9 микрограмма и не более 2 микрограмм каждого пептида, или

(e) композиция содержит по меньшей мере приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или 9 микрограмм и не более 10 микрограмм каждого пептида.

3. Способ выявления болезни Лайма у субъекта или контроля эффективности лечения болезни Лайма у субъекта, предусматривающий:

(A) приведение в контакт in vitro (i) первого биологического образца, полученного в первой временной точке у субъекта, который имеет болезнь Лайма или предположительно подвержен риску таковой, где биологический образец содержит Т-клетки и антиген-представляющие клетки, и (ii) пептидной композиции для диагностики или прогноза болезни Лайма с получением первой исследуемой инкубационной смеси;

(B) инкубирование первой исследуемой инкубационной смеси в условиях и в течение времени, достаточных для специфического распознавания указанными Т-клетками Т-клеточного эпитопа Borrelia, которые присутствует в указанной пептидной композиции, в целях стимуляции образования индикатора Т-клеточного иммунного ответа; и

(C) выявление первого уровня индикатора Т-клеточного иммунного ответа в первой исследуемой инкубационной смеси,

где наличие инфекции, вызываемой Borrelia, у субъекта, определяют по выявлению в (С) указанного первого уровня индикатора Т-клеточного иммунного ответа, который является повышенным по отношению к первому контрольному уровню индикатора Т-клеточного иммунного ответа, полученного в результате инкубирования первого биологического образца при первой контрольной инкубации без пептидной композиции для диагностики или прогноза болезни Лайма, и где пептидная композиция для диагностики или прогноза болезни Лайма содержит:

(a) 1, 2, 3, 4 или 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 1 или 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33, и тем самым выявления болезни Лайма у субъекта или контроля эффективности лечения болезни Лайма у субъекта.

4. Способ по п. 3, где первая временная точка находится перед назначением субъекту лечения болезни Лайма.

5. Способ по п. 3 или п. 4, где пептидная композиция для диагностики или прогноза болезни Лайма содержит:

(a) 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33.

6. Способ по п. 3 или п. 4, дополнительно предусматривающий: (D) приведение в контакт in vitro (i) второго биологического образца, полученного от субъекта во второй временной точке, которая находится после первой временной точки и после назначения субъекту лечения болезни Лайма, где второй биологический образец содержит Т-клетки и антиген-представляющие клетки, и (ii) пептидной композиции для диагностики или прогноза болезни Лайма с получением второй исследуемой инкубационной смеси;

(E) инкубирование второй исследуемой инкубационной смеси в условиях и в течение времени, достаточных для специфического распознавания указанными Т-клетками Т-клеточного эпитопа Borrelia, которые присутствует в указанной пептидной композиции, в целях стимуляции образования индикатора Т-клеточного иммунного ответа; и

(F) выявление второго уровня индикатора Т-клеточного иммунного ответа во второй исследуемой инкубационной смеси,

где наличие инфекции, вызываемой Borrelia, у субъекта, определяют по выявлению в (F) указанного второго уровня индикатора Т-клеточного иммунного ответа, который является повышенным по отношению к второму контрольному уровню индикатора Т-клеточного иммунного ответа, полученного в результате инкубирования второго биологического образца при второй контрольной инкубации без пептидной композиции для диагностики или прогноза болезни Лайма, и где эффективность лечения болезни Лайма определяют по выявлению в (F) указанного второго уровня индикатора Т-клеточного иммунного ответа, который является сниженным по отношению к первому уровню индикатора Т-клеточного иммунного ответа, который выявляют в (С).

7. Способ по п. 6, где пептидная композиция для диагностики или прогноза болезни Лайма содержит:

(a) 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33.

8. Способ по п. 3, где болезнь Лайма представляет собой инфекцию, вызываемую по меньшей мере одним патогенным видом Borrelia.

9. Способ по п. 8, где патогенный вид Borrelia является патогенным у человека.

10. Способ по п. 9, где вид Borrelia, который является патогенным у человека, выбирают из Borrelia burgdorferi, Borrelia burgdorferi в буквальном смысле, Borrelia azfelii, Borrelia garinii, Borrelia valaisiana, Borrelia spielmanii, Borrelia bissettii, Borrelia lusitaniae и Borrelia bavariensis.

11. Способ по п. 3, где лечение болезни Лайма предусматривает введение субъекту антибиотика.

12. Способ по п. 11, где антибиотик выбирают из тетрациклинов; окситетрациклина, тетрациклина, доксициклина или миноциклина; пенициллинов; амоксициллина или пенициллина; цефалоспоринов; цефаклора, цефбуперазона, цефминокса, цефотаксима, цефотетана, цефметазола, цефокситина, цефуроксима аксетила, цефуроксима ацетила, цефтина или цефтриаксона; макролидов; азитромицина, кларитромицина или эритромицина.

13. Способ по п. 3, где биологический образец содержит по меньшей мере одно из цельной крови, спинномозговой жидкости или синовиальной жидкости.

14. Способ по п. 3, где биологический образец содержит по меньшей мере одно из (а) цельной крови, (b) клеточной фракции цельной крови, (с) выделенных лейкоцитов периферической крови или (d) выделенных мононуклеарных клеток периферической крови.

15. Способ по п. 3, где индикатор Т-клеточного иммунного ответа представляет собой интерферон-гамма (IFN-γ).

16. Способ по п. 15, где IFN-γ представляет собой растворимый IFN-γ, высвобождаемый Т-клетками.

17. Способ по п. 3, где индикатор Т-клеточного иммунного ответа содержит по меньшей мере одно из пролиферации Т-клеток и экспрессии Т-клеточного цитокина.

18. Способ по п. 17, где Т-клеточный цитокин выбирают из IL-1α, IL-1β, IL-2, IL-10, IL-12, IL-17, TNF-α, TNF-β и IFN-γ.

19. Способ по п. 17, где экспрессию Т-клеточного цитокина выявляют в виде Т-клеточного цитокина, высвобождаемого Т-клетками.

20. Способ по п. 19, где Т-клеточный цитокин выбирают из IL-1α, IL-1β, IL-2, IL-10, IL-12, IL-17, TNF-α, TNF-β и IFN-γ.

21. Способ по п. 20, где Т-клеточный цитокин выявляют по определению подлежащего выявлению специфического связывания связывающего средства с Т-клеточным цитокином.

22. Способ по п. 21, где связывающее средство содержит по меньшей мере одно антитело, которое специфически связывается с Т-клеточным цитокином.

23. Способ по п. 22, где по меньшей мере одно антитело выбирают из моноклонального антитела и поликлонального антитела.

24. Способ по п. 22, где по меньшей мере одно антитело является иммобилизованным на твердой фазе.

25. Способ по п. 6, где болезнь Лайма представляет собой инфекцию, вызываемую по меньшей мере одним патогенным видом Borrelia.

26. Способ по п. 25, где патогенный вид Borrelia является патогенным у человека.

27. Способ по п. 26, где вид Borrelia, который является патогенным у человека, выбирают из Borrelia burgdorferi, Borrelia burgdorferi в буквальном смысле, Borrelia azfelii, Borrelia garinii, Borrelia valaisiana, Borrelia spielmanii, Borrelia bissettii, Borrelia lusitaniae и Borrelia bavariensis.

28. Способ по п. 6, где лечение болезни Лайма предусматривает введение субъекту антибиотика.

29. Способ по п. 28, где антибиотик выбирают из тетрациклинов; окситетрациклина, тетрациклина, доксициклина или миноциклина; пенициллинов; амоксициллина или пенициллина; цефалоспоринов; цефаклора, цефбуперазона, цефминокса, цефотаксима, цефотетана, цефметазола, цефокситина, цефуроксима аксетила, цефуроксима ацетила, цефтина или цефтриаксона; макролидов; азитромицина, кларитромицина или эритромицина.

30. Способ по п. 6, где биологический образец содержит по меньшей мере одно из цельной крови, спинномозговой жидкости или синовиальной жидкости.

31. Способ по п. 6, где биологический образец содержит по меньшей мере одно из (а) цельной крови, (b) клеточной фракции цельной крови, (с) выделенных лейкоцитов периферической крови или (d) выделенных мононуклеарных клеток периферической крови.

32. Способ по п. 6, где индикатор Т-клеточного иммунного ответа представляет собой интерферон-гамма (IFN-γ).

33. Способ по п. 32, где IFN-γ представляет собой растворимый IFN-γ, высвобождаемый Т-клетками.

34. Способ по п. 6, где индикатор Т-клеточного иммунного ответа содержит по меньшей мере одно из пролиферации Т-клеток и экспрессии Т-клеточного цитокина.

35. Способ по п. 34, где Т-клеточный цитокин выбирают из IL-1α, IL-1β, IL-2, IL-10, IL-12, IL-17, TNF-α, TNF-β и IFN-γ.

36. Способ по п. 34, где экспрессию Т-клеточного цитокина выявляют в виде Т-клеточного цитокина, высвобождаемого Т-клетками.

37. Способ по п. 36, где Т-клеточный цитокин выбирают из IL-1α, IL-1β, IL-2, IL-10, IL-12, IL-17, TNF-α, TNF-β и IFN-γ.

38. Способ по п. 37, где Т-клеточный цитокин выявляют по определению подлежащего выявлению специфического связывания связывающего средства с Т-клеточным цитокином.

39. Способ по п. 38, где связывающее средство содержит по меньшей мере одно антитело, которое специфически связывается с Т-клеточным цитокином.

40. Способ по п. 39, где по меньшей мере одно антитело выбирают из моноклонального антитела и поликлонального антитела.

41. Способ по п. 39, где по меньшей мере одно антитело является иммобилизованным на твердой фазе.

42. Способ по п. 6, который предусматривает повторение стадий (D), (Е) и (F) во множестве вторых временных точек, которые отличаются друг от друга и которые находятся после первой временной точки и после назначения субъекту лечения болезни Лайма.

43. Способ по п. 42, где множество вторых временных точек предусматривает 2, 3, 4, 5, 6,7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 или 50 временных точек.

44. Композиция, которую выбирают из первой композиции на основе нуклеиновой кислоты и второй композиции на основе нуклеиновой кислоты:

(I) при этом первая композиция на основе нуклеиновой кислоты содержит одну или множество молекул выделенной нуклеиновой кислоты, которые кодируют:

(а) 1, 2, 3, 4 или 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 1 или 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33,

где пептиды FlaB, DbpB, р66 и OspC, после приведения в контакт с цельной кровью, полученной от субъекта, зараженного видом Borrelia, ассоциированным с болезнью Лайма, способны вызывать вторичный in vitro иммунный ответ со стороны Т-клеток; и

(II) при этом вторая композиция на основе нуклеиновой кислоты содержит одну или множество молекул выделенной нуклеиновой кислоты, которые кодируют:

(а) 5 выделенных пептидов FlaB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов FlaB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 1-5, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 1-5;

(b) 13 выделенных пептидов DbpB, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов DbpB, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 6-18, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 6-18;

(c) 13 выделенных пептидов р66, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов р66, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 19-31, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 19-31; и

(d) 2 выделенных пептида OspC, каждый из которых содержит Т-клеточный эпитоп Borrelia и их выбирают из пептидов OspC, имеющих аминокислотные последовательности, изложенные в SEQ ID NO: 32-33, или их одного или более вариантов, на по меньшей мере 80% идентичных по аминокислотной последовательности аминокислотным последовательностям, изложенным в SEQ ID NO: 32-33,

где пептиды FlaB, DbpB, р66 и OspC, после приведения в контакт с цельной кровью, полученной от субъекта, зараженного видом Borrelia, ассоциированным с болезнью Лайма, способны вызывать вторичный in vitro иммунный ответ со стороны Т-клеток.

45. Композиция на основе вектора, содержащая один или более векторов на основе нуклеиновой кислоты, которые содержат композицию по п. 44.

46. Клетка-хозяин, содержащая композицию на основе вектора по п. 45.