Система цифровой патологии - RU2018101231A

1. Способ (100) выбора области удаления образца для неокрашенного образца ткани, который должен быть удален для молекулярной диагностики, причем способ содержит следующие этапы, на которых:

a) выбирают (102) эталонную область удаления на эталонном изображении эталонного среза объекта; причем биологическим материалом в эталонном срезе является окрашенный образец ткани;

b) получают (104) цифровое изображение образца среза образца объекта при настройке визуализации; причем биологическим материалом в срезе образца является неокрашенный образец ткани, залитый в парафин;

причем срез образца принимается на препарате образца и помещается на оптическую траекторию между источником света и детектором изображения светлопольного микроскопа, причем на оптической траектории между источником света и детектором изображения дополнительно обеспечено приспособление для усиления контрастности для улучшения контрастности между неокрашенным биологическим материалом, залитым в парафин, и фоном; и

причем обеспечивается свет, проходящий через срез образца, который будет принят детектором изображения;

c) совмещают (106) цифровое изображение образца с эталонным изображением и переносят эталонную область удаления на эталонном изображении на цифровое изображение образца; и

d) идентифицируют (108) область удаления образца на цифровом изображении образца на основе перенесенной эталонной области удаления.

2. Способ по п. 1, в котором приспособление для усиления контрастности содержит:

- приспособление поляризаторов с множеством поляризаторов; и

- приспособление оптического фильтра по меньшей мере с одним оптическим фильтром.

3. Способ по п. 1 или 2, в котором этап b) дополнительно содержит этапы, на которых:

c1) получают (110) дополнительное цифровое изображение образца среза образца при другой настройке визуализации; и

c2) обеспечивают (112) сумму цифрового изображения образца и дополнительного цифрового изображения образца в качестве цифрового изображения образца для использования на этапе c).

4. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором настройка визуализации этапа b) содержит по меньшей мере один параметр из следующей группы:

- взаимная ориентация поляризаторов в приспособлении поляризаторов;

- ориентация приспособления поляризаторов относительно среза образца;

- длина волны света; и

- размещение среды с двойным преломлением на оптической траектории.

5. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором перед этапом c) обеспечены следующие этапы, на которых:

e1) вычисляют (114) среднее значение интенсивности фоновой области в цифровом изображении образца;

e2) отсекают (116) значения интенсивности, которые выше вычисленного среднего значения интенсивности, чтобы обеспечить усеченное цифровое изображение образца;

e3) выполняют (118) морфологическое замыкание значений интенсивности усеченного изображения, чтобы обеспечить замкнутое цифровое изображение образца; и

e4) обеспечивают (120) замкнутое цифровое изображение образца в качестве цифрового изображения образца для использования на этапе c);

причем предпочтительно дополнительно обеспечены этапы, на которых:

e5) выполняют (122) морфологическое замыкание значений интенсивности в эталонном изображении, чтобы обеспечить замкнутое эталонное изображение; и

e6) обеспечивают (124) замкнутое эталонное изображение в качестве эталонного изображения для использования на этапе c).

6. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором после этапа d) обеспечен по меньшей мере один из следующих этапов, на которых:

f) идентифицируют (126) область удаления образца на цифровом изображении образца на основе эталонной области удаления на эталонном изображении;

g) обеспечивают (128) маркировку удаления на препарате образца на основе области удаления образца, идентифицированной на цифровом изображении образца; и

h) удаляют (130) биологический материал в области удаления со среза образца, причем область удаления обеспечена на основе области удаления образца, идентифицированной на цифровом изображении образца.

7. Система (10) для выбора области удаления образца неокрашенного образца ткани, который должен быть удален для молекулярной диагностики, содержащая

- светлопольный микроскоп (12); и

- устройство (14) совмещения;

причем микроскоп содержит:

- источник (16) света;

- приспособление (18) для приема объекта; и

- детектор (20) изображения;

причем источник света и детектор изображения размещены на оптической траектории (22);

причем источник света выполнен с возможностью обеспечивать свет (24), проходящий через препарат (26) образца, который будет принят детектором изображения;

причем приспособление для приема объекта выполнено с возможностью принимать препарат образца со срезом (28) образца объекта, причем биологический материал в срезе образца не окрашен и залит в парафин, и помещать срез образца на оптическую траекторию для получения цифрового изображения (30) образца среза образца; причем на оптической траектории между источником света и детектором изображений дополнительно обеспечено приспособление (38) для усиления контрастности для улучшения контрастности между неокрашенным биологическим материалом, залитым в парафин, и фоном; и

причем устройство совмещения выполнено с возможностью принимать эталонное изображение (32) эталонного среза (34) объекта, причем биологический материал в эталонном срезе окрашен, и причем на эталонном изображении выбрана эталонная область (36) удаления; и

причем устройство совмещения дополнительно выполнено с возможностью совмещать цифровое изображение образца на эталонном изображении, выполнять перенос эталонной области удаления на эталонном изображении на цифровое изображение образца и идентифицировать область удаления образца на цифровом изображении образца на основе перенесенной эталонной области удаления.

8. Система по п. 7, в которой приспособление для усиления контрастности содержит приспособление (40) поляризаторов, причем приспособление поляризаторов, содержит:

- первый поляризатор (42); и

- второй поляризатор (44);

причем приспособление для приема объекта выполнено с возможностью помещать срез образца на оптическую траекторию между первым поляризатором и вторым поляризатором для получения изображения.

9. Система по п. 7 или 8, в которой приспособление для усиления контрастности содержит приспособление (52) оптического фильтра по меньшей мере с одним оптическим фильтром, выбранным из следующей группы:

- цветной стеклянный фильтр;

- цветной пластиковый фильтр;

- желатиновый фильтр;

- диэлектрический фильтр; и

- плазмонный фильтр.

10. Система по одному из пп. 7-9, в которой устройство совмещения выполнено с возможностью идентифицировать область (54) удаления образца на цифровом изображении образца на основе эталонной области удаления на эталонном изображении.

11. Система по одному из пп. 7-10, дополнительно содержащая;

- устройство (56) маркировки;

причем устройство маркировки выполнено с возможностью обеспечивать маркировку на препарате образца на основе области удаления образца, идентифицированной на цифровом изображении образца.

12. Система по одному из пп. 7-11, дополнительно содержащая:

- устройство (58) иссечения;

причем устройство иссечения выполнено с возможностью удалять биологический материал в области удаления со среза образца, причем область удаления обеспечена на основе области удаления образца, идентифицированной на цифровом изображении образца.

13. Система по одному из пп. 7-12, в которой устройством формирования изображений является светлопольный микроскоп.

14. Элемент компьютерной программы для управления устройством в соответствии с одним из пп. 7-13, который при его исполнении процессором выполнен с возможностью выполнять этапы способа по одному из пп. 1-6.

15. Компьютерно-читаемый носитель, имеющий сохраненный элемент программы по п. 14.

16. Компьютерный блок, хранящий компьютерную программу, которая отличается тем, что выполнена с возможностью исполнять этапы способа по любому из пп. 1-6 при ее выполнении на упомянутом компьютере.