Обнаружение антигена-мишени, фенотипический скрининг и его применение для идентификации специфичных эпитопов-мишеней клеток-мишеней - RU2016102589A
Код документа: RU2016102589A
Формула
1. Способ идентификации связывающего полипептида, который специфически связывается с антигеном клеточной поверхности, включающий:
a. приведение в контакт библиотеки дисплея разнообразных нуклеиновых кислот связывающих полипептидов с антигеном клеточной поверхности, представленным на внешней поверхности клеток первого типа; и
b. выделение из библиотеки по меньшей мере одного элемента библиотеки, который специфически связывается с антигеном клеточной поверхности на внешней поверхности клеток первого типа, тем самым идентифицируя связывающий полипептид, который специфически связывается с антигеном клеточной поверхности.
2. Способ по п. 1, где перед стадией (a) библиотеку дисплея разнообразных нуклеиновых кислот связывающих полипептидов приводят в контакт с клетками второго типа, на которых не представлен антиген, представленный на внешней поверхности.
3. Способ идентификации связывающего полипептида, который специфически связывается с антигеном клеточной поверхности, включающий:
a. приведение в контакт библиотеки дисплея разнообразных нуклеиновых кислот связывающих полипептидов с клетками первого типа, экспрессирующими антиген клеточной поверхности, и выделение из библиотеки по меньшей мере одного элемента библиотеки, который специфически связывается с клетками первого типа;
b. приведение в контакт библиотеки дисплея разнообразных нуклеиновых кислот связывающих полипептидов с клетками второго типа, которые не экспрессируют антиген клеточной поверхности, и выделение из библиотеки по меньшей мере одного элемента библиотеки, который специфически связывается с клетками второго типа; и
c. отбор элементов библиотеки, которые специфически связываются с клетками первого типа, но не с клетками второго типа, тем самым идентифицируя связывающий полипептид, который специфически связывается с антигеном клеточной поверхности.
4. Способ по пп. 1, 2 или 3, где библиотека дисплея разнообразных нуклеиновых кислот представляет собой библиотеку ДНК-дисплея.
5. Способ по п. 4, где каждый элемент библиотеки ДНК-дисплея содержит связывающий полипептид, соединенный через промежуточный ДНК линкер с кодирующей последовательностью ДНК, которая кодирует связывающий полипептид, где ДНК линкер содержит участок узнавания рестрикционной эндонуклеазы.
6. Способ по п. 5, где участок узнавания рестрикционной эндонуклеазы не присутствует в кодирующей последовательности элементов библиотеки ДНК-дисплея.
7. Способ по п. 5 или 6, где способ дополнительно включает физическое разделение кодирующей последовательности ДНК и соединенного связывающего полипептида выделенных элементов библиотеки.
8. Способ по любому из предшествующих пунктов, где способ дополнительно включает отделение интактных выделенных элементов библиотеки от клеток первого или второго типа.
9. Способ по п. 8, где выделенные элементы библиотеки отделяют от клеток первого или второго типа посредством ферментативного отщепления антигена клеточной поверхности.
10. Способ по п. 9, где антиген клеточной поверхности прикрепляют к клеточной поверхности посредством гликолипидного якоря и выделенные элементы библиотеки отделяют от клеток первого или второго типа посредством фосфолипазного отщепления гликолипидного якоря.
11. Способ по любому из предшествующих пунктов, где способ дополнительно включает определение кодирующей последовательности ДНК по меньшей мере части выделенных элементов библиотеки.
12. Способ по п. 11, где кодирующую последовательность ДНК определяют посредством пиросеквенирования.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, где антиген представляет собой встречающийся в природе белок, гликан или липид.
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, где антиген представляет собой якорный белок гликозилфосфатидилинозитол (GPI).
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, где антиген представляет собой рекомбинантный антиген.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, где антиген представляет собой химерный антиген.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, где клетки первого типа представляют собой клетки, которые в природе экспрессируют антиген клеточной поверхности.
18. Способ по любому из предшествующих пунктов, где клетки первого типа представляют собой рекомбинантные клетки, которые сконструированы для гетерологичной экспрессии антигена клеточной поверхности.
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, где клетки первого типа представляют собой связанный с заболеванием вариант нормальных клеток.
20. Способ по любому из предшествующих пунктов, где клетки первого типа представляют собой опухолевые клетки.
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, где связывающий полипептид представляет собой антитело или его фрагмент.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, где связывающий полипептид представляет собой домен VH или VL антитела.
