Биочип, включающий праймер секвенирования и несеквенирующую единицу - RU2019117494A
Код документа: RU2019117494A
Формула
1. Биочип, включающий:
подложку, включающую совокупность дискретных лунок;
гелеобразный материал, размещенный в каждой из дискретных лунок;
праймер секвенирования, привитый на гелеобразный материал; и
несеквенирующую единицу, привитую на гелеобразный материал;
где и праймер секвенирования, и несеквенирующая единица находятся в той форме, в которой они были привиты.
2. Биочип по п. 1, в котором несеквенирующая единица выбрана из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса, пептида и нефункционального праймера.
3. Биочип по п. 2, в котором несеквенирующая единица представляет собой нефункциональный праймер, и в котором нефункциональный праймер представляет собой PolyT или PolyA.
4. Биочип по п. 2, в котором несеквенирующая единица представляет собой полиэтиленгликоль, молекулярная масса которого составляет от приблизительно 0,5 кДа до приблизительно 10 кДа.
5. Биочип по любому из пп. 1 или 2, в котором несеквенирующая единица привита на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.
6. Биочип по любому из пп. 1 или 5, в котором несеквенирующая единица включает линкер и гаситель триплетного состояния или антиоксидант, присоединенный клинкеру.
7. Биочип по п. 6, в котором
линкер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты и сложного полиэфира тролокса; и
одно из следующих:
гаситель триплетного состояния выбран из группы, состоящей из циклооктилтетраена (ЦОТ), Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и нитробензилового спирта (НБС); или
антиоксидант выбран из группы, состоящей из аскорбата, глутатиона, галловой кислоты, катехина, Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и витамина Е.
8. Биочип по любому из пп. 1 или 5, в котором несеквенирующая единица включает линкер и донор для резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET), присоединенный к линкеру.
9. Биочип по п. 8, в котором:
линкер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты и сложного полиэфира тролокса; и
донор для FRET выбран из группы, состоящей из донорного красителя для FRET с красителем зеленого свечения и донорного красителя для FRET с красителем красного свечения.
10. Биочип по любому из предшествующих пунктов, в котором молярное отношение несеквенирующей единицы к праймеру секвенирования составляет от приблизительно 0,25:1 до приблизительно 5:1.
11. Биочип по любому из предшествующих пунктов, в котором:
гелеобразный материал включает повторяющееся звено, имеющее Формулу (I):
где:
R1 представляет собой Н или необязательно замещенный алкил;
RA выбран из группы, состоящей из азидогруппы, необязательно замещенной аминогруппы, необязательно замещенного алкенила, необязательно замещенного гидразона, необязательно замещенного гидразина, карбоксила, гидроксигруппы, необязательно замещенного тетразола, необязательно замещенного тетразина, нитрилоксида, нитрона и тиола;
R5 выбран из группы, состоящей из Н и необязательно замещенного алкила;
каждый из -(СН2)p- может быть необязательно замещенным;
р представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50;
n представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50000; и
m представляет собой целое число, составляющее от 1 до 100000.
12. Биочип, включающий:
подложку, включающую совокупность дискретных лунок;
гелеобразный материал, размещенный в каждой из дискретных лунок;
праймер секвенирования, привитый на гелеобразный материал; и
спейсер, привитый на гелеобразный материал, где спейсер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса и комбинаций перечисленных веществ.
13. Биочип по п. 12, дополнительно включающий гаситель триплетного состояния, антиоксидант или донор для резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET), присоединенный к спейсеру.
14. Биочип по п. 13, в котором:
гаситель триплетного состояния присоединен к спейсеру; и
гаситель триплетного состояния выбран из группы, состоящей из циклооктилтетраена (ЦОТ), Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и нитробензилового спирта (НБС).
15. Биочип по п. 13, в котором:
антиоксидант присоединен к спейсеру; и
антиоксидант выбран из группы, состоящей из аскорбата, глутатиона, галловой кислоты, катехина, Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и витамина Е.
16. Биочип по п. 13, в котором:
донор для FRET присоединен к спейсеру; и
донор для FRET выбран из группы, состоящей из донорного красителя для FRET с красителем зеленого свечения и донорного красителя для FRET с красителем красного свечения.
17. Биочип по любому из пп. 12-16, в котором молярное отношение спейсер/праймер секвенирования составляет от приблизительно 0,25:1 до приблизительно 5:1.
18. Биочип по любому из пп. 12-17, в котором спейсер привит на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.
19. Способ, включающий:
размещение гелеобразного материала в каждой лунке совокупности дискретных лунок подложки;
прививку праймера секвенирования к гелеобразному материалу; и
прививку несеквенирующей единицы к гелеобразному материалу.
20. Способ по п. 19, в котором праймер секвенирования привит на гелеобразный материал до или после прививки несеквенирующей единицы на гелеобразный материал.
21. Способ по п. 19, в котором праймер секвенирования и несеквенирующая единица совместно привиты на гелеобразный материал.
22. Способ по п. 21, в котором совместную прививку выполняют посредством:
нанесения смеси праймера секвенирования и несеквенирующей единицы на подложку, на которую нанесен гелеобразный материал; и
инкубации подложки при заданной температуре.
23. Способ по любому из пп. 19-22, в котором:
несеквенирующая единица выбрана из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса, пептида и нефункционального праймера; и
несеквенирующая единица привита на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.
24. Способ по любому из пп. 19-23, в котором:
гелеобразный материал включает повторяющееся звено, имеющее Формулу (I):
где:
R1 представляет собой Н или необязательно замещенный алкил;
RA выбран из группы, состоящей из азидогруппы, необязательно замещенной аминогруппы, необязательно замещенного алкенила, необязательно замещенного гидразона, необязательно замещенного гидразина, карбоксила, гидроксигруппы, необязательно замещенного тетразола, необязательно замещенного тетразина, нитрилоксида, нитрона и тиола;
R5 выбран из группы, состоящей из Н и необязательно замещенного алкила;
каждый из -(СН2)p- может быть необязательно замещенным;
р представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50;
n представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50000; и
m представляет собой целое число, составляющее от 1 до 100000.
