Описание
Область техники
Изобретение относится к геному штамма пробиотических бифидобактерий и генам, кодируемым геномом. Бифидобактерии являются одними из нескольких основных бактериальных культур, присутствующих в микрофлоре толстой кишки человека.
Известный уровень техники
Бифидобактерии считаются пробиотиками, поскольку они представляют собой живые организмы, которые проявляют полезные для здоровья эффекты, помимо основного питательного, при приеме внутрь в достаточном количестве. Высокие уровни принятых внутрь бифидобактерий должны достичь своего места приложения действия для проявления пробиотического эффекта. Был предложен минимальный уровень содержания, равный приблизительно 106-107жизнеспособных бифидобактерий на грамм содержимого кишечника (Bouhnik, Y., Lait 1993). В литературе имеются сообщения о том, что проведенные in vivo исследования на взрослых и детях показывают, что некоторые штаммы бифидобактерий способны выживать при прохождении по желудочно-кишечному тракту. Наблюдались значительные различия в способности разных штаммов бифидобактерий переносить воздействие кислоты и желчных солей, указывающие на то, что выживание является важным критерием выбора потенциально пробиотических штаммов.
Прием внутрь бифидобактерий может улучшать желудочно-кишечный транзит и может создавать препятствия или помогать лечению болезней, которые могут быть вызваны дефицитом или поражениями микрофлоры, такими как инфекции желудочно-кишечного тракта (GIT), запор, синдром раздраженного кишечника (IBS), воспалительное заболевание кишечника (IBD) - болезнь Крона и неспецифический язвенный колит, пищевые аллергии, индуцированная антибиотиками диарея, сердечно-сосудистая болезнь и определенные виды рака (например, колоректальный рак).
Благодаря своей ощутимой активности, способствующей улучшению состояния здоровья, бифидобактерии в последние годы привлекали все возрастающее внимание со стороны ученых, включая полное секвенирование генома ряда штаммов (описано в обзоре Liu et al., 2005). Такие геномные последовательности обеспечат генетические платформы, создающие возможность исследования молекулярных механизмов, по которым эти микроорганизмы взаимодействуют со своим человеком-хозяином и проявляют пробиотическую функцию.
СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Изобретение предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, за исключением штамма 35624 Bifidobacterium longum (NCIMB 41003), где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с изобретением может содержать любые 2 или больше, такие как BI00778, BI00793; BI00778, BI00794; BI00778, BI00795, или любые три или больше, такие как BI00793, BI00794, BI00798; BI00794, BI00795, BI00796; BI00796, BI00797, BI00798, или любые четыре или больше, такие как BI00778, BI00779, BI00780, BI00794; BI00778, BI00779, BI00785, BI00786; BI00790, BI00791, BI00794, BI00798, или любые пять или больше, такие как
BI00783, BI00786, BI00790, BI00794, BI00798; BI00780, BI00782, BI00785, BI00786, BI00790; BI00778, BI00779, BI00787, BI00789, BI00798, или любые шесть или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00794;
BI00782, BI00784, BI00785, BI00788, BI00792, BI00797;
BI00781, BI00782, BI00783, BI00791, BI00796, BI00797, или любые семь или больше, такие как
BI00779, BI00783, BI00784, BI00787, BI00791, BI00792, BI00797;
BI00780, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00797, BI00798;
BI00783, BI00784, BI00786, BI00788, BI00789, BI00793, BI00796, или любые восемь или больше, такие как
BI00779, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00794, BI00797, BI00798;
BI00780, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795;
BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00798, или любые девять или больше, такие как
BI00778, BI00780, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00793, BI00795, BI00796;
BI00779, BI00781, BI00782, BI00784, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00797;
BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00792, BI00796, BI00797, или любые десять или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00784, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00798;
BI00779, BI00781, BI00784, BI00786, BI00787, BI00788, BI00791, BI00794, BI00795, BI00796;
BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00790, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые одиннадцать или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00785, BI00787, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00798;
BI00779, BI00782, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00781, BI00783, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, или любые двенадцать или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, В-00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые тринадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00784, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00798;
BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00798;
BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00797, BI00798, или любые четырнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00788, BI00789, BI00792, BI00793, BI00794, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00790, BI00791, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые пятнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00798;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BK)0796, BI00798;
BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые шестнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00781, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые семнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BW0796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798, или любые восемнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797 или любые девятнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые двадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или все двадцать одну, последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей, гомологичных с ними.
Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все двадцать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм может не содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 112.
Штамм может содержать по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм может содержать по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними
Штамм может содержать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичных этим последовательностям. Штамм может содержать последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132, или последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичную этой последовательности.
Штамм может содержать две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 и SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Изобретение также предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и
c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или
d) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней.
В одном варианте исполнения, 1×107 КОЕ/мл штамма может индуцировать соотношение [IL10]: [IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС). Штамм может иметь форму бактериального бульона. Штамм может иметь форму лиофилизированного порошка.
Изобретение далее предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и
c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и
d) индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10 по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС) при концентрации бактерий 1×107 КОЕ/мл.
Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (РТА-9608).
Изобретение далее предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH121A (NCIMB 41675).
Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH1714(NCIMB41676).
Изолированный штамм может иметь форму жизнеспособных клеток. Изолированный штамм может иметь форму нежизнеспособных клеток.
Изобретение также предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Состав может содержать штамм, присутствующий в количестве более 106 КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.
Изобретение далее предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum, как описано тут, и фармацевтически приемлемый носитель.
Изобретение также предусматривает использование штамма Bifidobacterium longum, как описано тут, в качестве пробиотического штамма.
Изобретение также предусматривает способ идентификации экспрессирующего экзополисахарид штамма Bifidobacterium longum, включающий стадии:
a) получения образца, содержащего бактерии;
b) экстрагирования нуклеиновой кислоты из образца;
c) амплификации экстрагированной нуклеиновой кислоты в присутствии по меньшей мере двух праймеров, полученных из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними;
d) идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.
Праймер может содержать по меньшей мере 10 последовательно расположенных оснований из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, и SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132.
Праймер может содержать последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, содержащей: SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13 - SEQ ID NO. 92, или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Стадия идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид, может включать выращивание бактериального штамма на агаровой пластинке с конго красным.
Образец представляет собой образец, взятый у млекопитающего. Образец может быть образцом, взятым у человека. Образец может быть образцом фекалий.
Изобретение также предусматривает штамм Bifidobacterium longum, идентифицируемый по приведенному тут описанию. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму жизнеспособных клеток. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму нежизнеспособных клеток.
Изобретение далее предусматривает состав, содержащий штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Штамм может присутствовать в составе в количестве более 106 КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.
Изобретение также предусматривает композицию, содержащую штамм Bifidobacterium longum, описанный тут, и фармацевтически приемлемый носитель.
В одном варианте исполнения изобретения предлагается способ идентификации бактериальных штаммов, секретирующих экзополисахарид, включающий стадии:
- получения образца, содержащего бактерии;
- экстрагирования ДНК из образца;
- амплификации экстрагированной ДНК в присутствии по меньшей мере одного праймера ДНК, полученного из последовательности ДНК SEQ ID NO. 2 и/или SEQ ID NO. 3; и
- идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.
Экстрагированная ДНК может быть амплифицирована методом ПЦР в реальном масштабе времени. ДНК может быть амплифицирована в присутствии по меньшей мере одного праймера последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 11 или SEQ ID NO. 12.
Образец может быть образцом, полученным от человека, таким как образец фекалий.
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает использование бактериального штамма, идентифицированного описанным тут способом, в качестве пробиотических бактерий.
В еще одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает состав, содержащий бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом, и фармацевтически приемлемый носитель.
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BLM07 (PTA-9608).
В еще одном варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608).
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608) и фармацевтически приемлемый носитель.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает матрицу/чип ДНК, содержащую по меньшей мере один полинуклеотид, полученный из последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, или SEQ ID NO. 3.
В одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает машинно-читаемый носитель, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2 или SEQ ID NO. 3 или ее частей.
Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с вариантом исполнения изобретения может экспрессировать или продуцировать EPS (экзополисахарид) с выходом от примерно 10 мг/л до примерно 1000 мг/л бактериальной культуры.
Существует ряд штаммов бифидобактерий, уже депонированных в соответствии с Будапештским договором. Они включают штамм, депонированный в NCIMB под номером 41003, геном которого представлен тут. Поскольку этот штамм является известным, он конкретно исключается из объема защиты по формуле изобретения штаммов per se. В той степени, в которой следующие штаммы могут входить в объем формул изобретения на соответствующую дату (даты), исключаются также следующие притязания: АТСС BAA-999, CNCM 1-1227, CNCM 1-1228, CNCM 1-2168, CNCM 1-2170, CNCM 1-2618, CNCM 1-3446, CNCM 1-3853, CNCM 1-3854, CNCM 1-3855, NCIMB 41290, NCIMB 41291, NCIMB 41382, NCIMB41387, NTCC2705.
Краткое описание чертежей
Изобретение будет лучше понятно из представленного далее описания, которое приводится только в качестве примера со ссылками на сопровождающие чертежи, на которых:
Фиг.1 представляет собой атлас генома Bifidobacterium longum, биотип infantis UCC 35624. Числа на геноме (1, 1000001, 200001) относятся к положению пар оснований. 1 относится к нуклеотиду аденина старт-кодона ATG гена, кодирующего предсказанный реплицируемый белок. Внешняя окружность (две нити, черная и белая) относится к генной плотности в хромосоме. Вторая окружность (средняя окружность - черная) относится к содержанию GC (гуанина-цитозина), и внутренняя окружность относится к асимметрии GC;
Фиг.2 представляет собой гистограмму, показывающую профиль индукции IL-1бета в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.3 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-12p70 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BL15707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.4 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-10 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.5 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции TNF-альфа в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL 1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve).
Фиг.6 представляет собой фотографию В.longum 35624, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.7 представляет собой фотографию В.longum AH121A, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.8 представляет собой фотографию В.longum АН1714, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.9 представляет собой фотографию В.longum AH0119, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.10 представляет собой фотографию В.breve UCC2003, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.11 представляет собой фотографию L.rhamnosus AH308, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.12 представляет собой фотографию L.salivarius UCC1, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным; и
Фиг.13 представляет собой гистограмму, иллюстрирующую соотношение IL-10:IL-12p70 для РВМС, стимулированных штаммом Bifidobacterium longum infantis 35624 (Bifidobacterium 35624), штаммом Bifidobacterium longum 1714 (Bifidobacterium 1714), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (Bifidobacterium 1207), штаммом Bifidobacterium longum 121A (Bifidobacterium 121A), штаммом Bifidobacterium longum 0119 (Bifidobacterium 0119), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (Bifidobacterium 15707), штаммом Bifidobacterium breve 8807 (Bifidobacterium UCC2003), Lactobacillus rhamnosus и штаммом Lactobacillus salivarius UCC1.
ДЕТАЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Настоящее изобретение раскрывает изолированный полинуклеотид SEQ ID NO. 1. Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 кодирует штамм Bifidobacterium. Bifidobacterium, кодируемые изолированной полинуклеотидной последовательностью, содержат ряд уникальных генов. Уникальные гены, кодируемые полинуклеотидом, имеют уникальный порядок в последовательности SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "уникальные гены" означает гены, не выявленные в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. В используемом тут значении, термин "уникальный порядок" означает, что положение/последовательность генов в полинуклеотиде не были выявлены в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. Уникальные гены, присутствующие в изолированном полинуклеотиде, могут перемежаться остатками нуклеиновых кислот, кодирующими другие (известные) гены, или участками некодирующей последовательности, но общий порядок/последовательность уникальных генов в изолированном полинуклеотиде сами по себе являются уникальными по сравнению с порядком генов, определенном для доступных на данный момент последовательностей Bifodobacterium.
Полинуклеотид был выделен из штамма бактерий вида Bifidobacterium longum биотип infantis, имеющего обозначение штамма UCC 35624. Депонирование штамма UCC 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 13 января 1999 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41003.
Депонирование штамма BL1207 Bifidobacterium infantis было осуществлено в Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection, ATTC) 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110-2209, USA, 14 ноября 2008 г., с присвоением номера доступа РТА-9608.
Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH121A было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41675.
Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH1714 было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41676.
С учетом размера изолированного полинуклеотида, можно ожидать присутствия в последовательности точечных мутаций или какой-либо другой формы мутаций. В этом смысле, наше описание охватывает варианты SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "варианты" означает штаммы бифидобактерий, имеющие идентичность последовательности с SEQ ID NO. 1, равную по меньшей мере 99,5% или больше.
SEQ ID NO. 1 содержит большое число открытых рамок считывания, которые представляют собой предсказанные гены. Мы идентифицировали в данном полинуклеотиде 1836 кодирующих областей белков или генов. По существу, наше описание охватывает фрагменты полинуклеотида SEQ ID NO. 1. Фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, кодирующим один или несколько белков. Альтернативно, фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, определяющим часть гена или гены, например, фрагмент может соответствовать участку полинуклеотидной последовательности, охватывающему часть двух или больше генов.
Последовательность SEQ ID NO. 1 представляет собой полинуклеотидную последовательность ДНК, наше описание охватывает последовательности, являющиеся комплементарными к последовательности ДНК, например, комплементарные ДНК (кДНК) или РНК последовательности, включая матричную РНК (мРНК) и транспортную РНК (тРНК), или белковые последовательности, такие как аминокислотные последовательности, кодируемые полинуклеотидной последовательностью.
Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 и его комплементарные последовательности могут иметь большое число форм, например, изолированной полинуклеотидной последовательности; изолированной белковой последовательности; биологически чистой культуры штамма бифидобактерий, содержащего нуклеиновую кислоту SEQ ID NO. 1; плазмиды, содержащей полинуклеотид SEQ ID NO. 1; и т.п. Данное описание охватывает все такие формы последовательности SEQ ID NO. 1.
В используемом тут значении, термин "экспрессирует экзополисахарид" может быть интерпретирован как обозначающий, что бактериальный штамм содержит последовательность ДНК, кодирующую экзополисахарид, например, последовательность ДНК, которая кодирует по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 2 и/или по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 3 или его функциональный фрагмент или вариант.
В используемом тут значении, термин "гомология последовательности" охватывает гомологию последовательности на уровне нуклеиновой кислоты и/или аминокислотном (белковом) уровне. Гомология последовательности указывается как общий процент идентичности по всей последовательности нуклеиновой кислоты и/или аминокислотной последовательности. Гомология последовательности может быть определена с использованием стандартных методик, известных квалифицированным специалистам в данной области техники. Например, гомология последовательности может быть определена с помощью работающей в интерактивном режиме (on-line) программы "BLAST", основанной на алгоритме определения гомологии, публично доступной по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Последовательность может иметь по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 86%, или по меньшей мере 87%, или по меньшей мере 88%, или по меньшей мере 89%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 91%, или по меньшей мере 92%, или по меньшей мере 93%, или по меньшей мере 94%, или по меньшей мере 95%, или по меньшей мере 96%, или по меньшей мере 97%, или по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологии последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, описанными тут, или кодируемыми ими аминокислотными (белковыми) последовательностями.
Настоящее изобретение основано на полной геномной последовательности Bifidobacterium longum биотип infantis UCC 35624. Геномная последовательность приведена как SEQ ID NO. 1 приложенного перечня последовательностей и содержит 2264374 пар оснований. Анализ геномной последовательности идентифицировал 1836 гена, имеющих открытые рамки считывания, приведенные в Таблице 1 ниже.
Таблица 1
Открытые рамки считывания генома UCC 35624
ГенНачалоКонецНитьОписание
BI0000116673211667608-CRISPR-ассоциированный белок Cas2
BI0000216676971668593-CRISPR-ассоциированный белок Cas1
BI0002a16687251669423-CRISPR-ассоциированный белок Cas4
BI0000316694651670313-CRISPR-ассоциированный белок, семейство ТМ1801
BI0000516703201672275-CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1133
BI0000616722811672982-CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1134
BI0000716729921675427-гипотетическая CRISPR-ассоциированная геликаза Cas3
BI0000816761091676426-COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI0000916770531680283-изолейцил-тРНК синтетаза
BI0001016809551682163+аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI0001116822801683785-галактозидный симпортер
BI0001216841111687299+бета-галактозидаза, предположительно
BI0001316873651688372-сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI0001416885221689889-Предположительно, белок резистентности к антибиотику (мембранный белок)
BI0001516900071690906-гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB
BI0001616909091692111-алкогольдегидрогеназа, железосодержащая
BI0001716921111692794-гипотетическая дегалогеназа галоидных кислот-подобная гидролаза
BI0001816929211693901-инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза
BI0001916939601694913-гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB
BI0002016949091695553-гипотетическая N-(5'-фосфорибозил)-антранилатизомераза
BI0002116956031696415-Переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0002216964151697242-консервативный гипотетический белок
BI0002316972461698055 гипотетический транспортный белок кобальта
BI0002416980621698712-консервативный гипотетический белок
BI0002516989691700846+регулятор транскрипции, семейство Lad / карбогидрат-киназа, белок семейства PfkB
BI0002617009771702989-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/пермеаза
BI0002717029891704944-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0002817049441705402-регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно
BI0002917056991706610-COG 1472: Бета-глюкозидаза-родственные гликозидазы
BI0003017060291706937+COG 1309: Регулятор транскрипции
BI0003117070151708373-безымянный белковый продукт
BI0003217085091710902 ксилозидаза/арабинозидаза [импортированный]
BI0003317109371711287-гипотетический белок
BI0003417113831712762-глутамат-цистеинлигаза, предположительно
BI0003517129051718037+белок консервативного домена
BI0003617180441718883+гипотетический белок
BI0003717190521724187-BadF/BadG/BcrA/BcrD семейства АТФазы
BI0003817244181725143-активирующий белок анаэробной рибонуклеозид-трифосфатредуктазы
BI0003917252941727699-анаэробная рибонуклеозид-трифосфатредуктаза
BI0004017281671729534+экзодезоксирибонуклеаза VII, большая субъединица
BI0004117295871729886+экзодезоксирибонуклеаза VII, малая субъединица
BI0004217300131730534+NADP(H) оксидоредуктаза СС0205 [импортированная]
BI0004317306761732529-длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI0004417326621732787-COG 1970: Механочувствительный канал высокой проводимости
BI0004517327651733166-гипотетический Механочувствительный канал высокой проводимости, MscL
BI0004617333371733762-неизвестный белок, предположительно
BI0004717338871734102-COG0454: Гистонацетилтрансфераза НРА2 и родственные ацетилтрансферазы
BI0004817345871735696+гипотетический трансмембранный белок с
неизвестной функцией
BI0004917357181736683-экзополифосфатаза, предположительно
BI0005017368641737967-аминотрансфераза, класс I
BI0005117381781739230+оксидоредуктаза, семейство Gfo/Idh/MocA, предположительно
BI0005217392671739779-белок репарации очажков [импортированный]
BI0005317399311740377+ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI0005417403561740841-консервативный гипотетический белок
BI0005517410261745207-геликаза, семейство Snf2
BI0005617452851746367+консервативный гипотетический белок
BI0005717463581746504-гипотетический белок
BI0005817466041747620+тетрагидродипиколинат-N-сукцинилтрансфераза (dapD)
BI0005917478401749129-цитратсинтаза I
BI0006017494061750242-метионинаминопептидаза, тип I
BI0006117503781751355-мембранный белок, предположительно
BI0006217515321753703+принадлежит к семейству пептидаз М13
BI0006317537921754526 подсемейство одноцепочечного ДНК-связывающего белка (ssb)
BI0006417548051756616-пролил-тРНК синтетаза
BI0006517570081757361+гипотетический белок
BI0006617573921758561-pflA
BI0006717585511760338-Семейство белков с неизвестной функцией
BI0006817603911761806-белок TPR-домена
BI0006917618581762505-олигорибонуклеаза
BI0007017626761764259-инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа
BI0007117642821765562-ундекапренил-фосфат альфа-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза
BI0007217655621766233-белок семейства Sua5/YciO/YrdC/YwlC
BI0007317664081767082+мальтоза-O-ацетилтрансфераза
BI0007417672201767921-переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок
BI0007517679241768781-переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок
BI0007617687811769854-переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы
BI0007717698741770797-переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы
BI0007817710421772226-переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно
BI0007917725021773407-N-метилаза РарМ
BI0008017734731774492-фактор 1 высвобождения пептидной цепи
BI00003g17747151774924-рибосомальный белок L31
BI0008117752561776482 регулятор транскрипции ROK семейство VC2007 [импортированный], предположительно
BI0008217767021778219+ксилулолкиназа
BI0008317784161778760+липопротеин, предположительно
BI0008417787731779114+гипотетический белок
BI0008517793931779737-возможно, пермеаза сахара
BI0008617796561780930-транспозаза, семейство Mutator
BI0008717811991782545-ксилозоизомераза
BI0008817828421783072+переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI0008917830951783409+переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI0009017834251784222-консервативный гипотетический белок
BI0009117851491785661-полипептид деформилаза
BI0009217855761786421-оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктазы суперсемейство
BI0009317864971786673-COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI0009417867611787264-гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI0009517872911787791-возможнй регулятор транскрипции MarR-типа
BI00011g17879981788333-гипотетический белок Blon021361
BI0009617883581789572-переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI0009717895751791125-переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок
BI0009817912291792383-переносчик сахара ABC, периплазматический сахарсвязывающий белок
BI0009917924621792608-гипотетический белок
BI0010017928541793801+возможно, репрессорный белок семейства (NagC/XylR)
BI0010117938421794705+переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI0010217947361795683-глюкокиназа, предположительно
BI0010317965371798192+АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI0010417985071799409+ацил-СоА тиоэстераза II
BI0010517995111800035-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0010618002131801622-дигидронеоптерин альдолаза
BI0010718017361802608-дигидроптероат синтаза
BI0010818026991803295-ГТФ циклогидролаза I
BI0010918033911805478-белок клеточного деления FtsH
BI0011018054781806038-гипоксантин фосфорибозилтрансфераза
BI0011118060281807191-COG0037: предсказанная АТФаза вовлеченного суперсемейства РР-петли
BI0011218072851808772-D-аланил-D-аланин карбоксипептидаза/D-аланил-D-аланин-эндопептидаза
BI0011318087981810468-гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI0011418104681811421-система АТФ-связывающего белка
переносчика ABC
BI0011518115191812739-белок домена гликозилтрансферазы, предположительно
BI0011618127421814496-гипотетический интегральный мембранный белок в upfoll8
BI0011718145871815252+возможно, гликозилтрансфераза
BI0011818154811816629-алкогольдегидрогеназа, железосодержащая
BI0011918170691818370+циклопропан-ацил жирной кислоты-фосфолипидсинтаза
BI0012018183831819687+гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI0012118202051821215-UDP-глюкоза 4-эпимераза
BI0012218215851822400+метилтрансфераза, предположительно
BI0012318226981823195-гипотетический белок
BI0012418232441823708-Orf2
BI0012518237951824079+гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI0012618244921824788-гипотетический белок
BI0012718250861826453-gp22
BI0012818271481827699-гипотетический белок
BI00170t18276991828901-гипотетическое семейство фаговой интергазы
BI0012918294291830229+белок azIC, предположительно
BI0013018302291830558+пермеаза аминокислоты с разветвленной цепью
BI0013118307431831258-фосфотирозинпротеинфосфатаза, предположительно
BI0013218313851832044-дигидрофол атредуктаза
BI0013318321571832936-тимидилатсинтаза
BI0013418331541833564+консервативный гипотетический белок
BI0013518336291834663-demannu, предположительно
BI0013618348351835572-Р60 внеклеточный белок, инвазия-ассоциированный белок lap
BI0013718357331836476-белок домена семейства NLP/P60
BI0013818366921837645-белок домена N-ацетилмурамоил-L-аланинамидазы
BI0013918382551839178+фосфосеринаминотрансфераза, предположительно
BI0014018393051839562+консервативный гипотетический белок
BI0014118396931840874-сенсорная гистидинкиназа, предположительно
BI0014218411281841745+регуляторный белок системы транспорта фосфата PhoU, предположительно
BI0014318421101842847-фосфогл ицератмутаза
BI0014418429101843872-1,4-дигидрокси-2-нафтоатоктапренил-трансфераза
BI0014518439371845412-лизил-тРНК синтетаза
BI0014618465341847304+AraJ-подобный белок, возможно, вовлеченный в транспорт арабинозных полимеров
BI0014718473941849754+белок TPR домена
BI0014818498331850462+консервативный гипотетический белок
BI0014918506181852216-гипотетическый мембранный белок, возможно, вовлеченный в транспорт
BI0015018523251853029-консервативный гипотетический белок
BI0015118530621854903-консервативный гипотетический белок
BI0015218549301856174+возможный гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI0015318561741856866+регулятор транскрипции, семейство LuxR NMB1250 [импортированный]
BI0015418569201857939-УДФ-глюкоза 4-эпимераза
BI0015518580121859556-галактоза-1-фосфатуридилилтрансфераза
BI0015618596061860682-предположительно, десульфатаза, возможно, для муцина
BI0015718607131862965-консервативный гипотетический белок
BI0015818634261864382-переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI0015918643821865278-переносчик сахара ABC, белок пермеазы,
предположительно
BI0016018655461866859-белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC для Сахаров
BI0016118672171867369-гипотетический белок
BI0016218678671868856-серил-тРНК синтетаза
BI0016318693841870562+белок каталитического домена диацилглицеринкиназы (предполагаемый)
BI0016418705731871409-антитерминатор транскрипции, семейство BgIG, предположительно
BI0016518714301873829-компонент системы PTS, предположительно
BI0016618742931875843+переносчик СС0814 [импортированный] семейства главного посредника, предположительно
BI0016718759341877607+фосфоглюкомутаза, альфа-D-глюкоза фосфат-специфическая
BI00222t18783431879437-консервативный гипотетический белок
BI0016818796681880087+консервативный гипотетический белок
BI0016918802241881837+оксидоредуктаза, пиридиннуклеотид-дисульфид, класс I
BI0017018820021882151-гипотетический белок
BI0017118823051883360+РНКаза Н
BI0017218834941884189+рибоза-5-фосфатизомераза
BI0017318846291885258-консервативный гипотетический белок
BI0017418853861886921+белок репарации ДНК RadA
BI0017518869421888063-белок биосинтеза рибофлавина RibF
BI0017618881641889324-тРНК псевдоуридинсинтаза В
BI0017718893291889799-рибосомасвязывающий фактор А
BI0017818899531892799-фактор инициации трансляции IF-2
BI0017918931501894214-белок А вещества утилизации N
BI0018018944221895147+липопротеин, предположительно
BI0018118951941896234-регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI0018218965281896629-гипотетический белок
BI0018318967701897798-гипотетический
BI0018418979361898568-альфа-L-арабинозидаза
BI0018518991471899917-белок домена трансглутаминаза-подобного суперсемейства
BI0018619001541902331-домен семейства с неизвестной функцией (DUF404)
BI0018719024731902586-гипотетический белок
BI0018819027271903515+тРНК псевдоуридинсинтаза А
BI0018919036031904142-рибосомальный белок L17
BI0019019042451905237-РНК полимеразы L / субъединица 13-16 кДа
BI0019119053211905716-рибосомальный белок S11
BI0019219058071906181-рибосомальный белок S13p/S18e
BI0019319063331906443-рибосомальный белок L36
BI0019419064701906685-фактор инициации трансляции IF-1
BI0019519068651907422-аденилаткиназа
BI0019619075951908722-препротеин-транслоказа, субъединица SecY
BI0019719092071909656-рибосомальный белок L15
BI0019819096621909844-рибосомальный белок L30
BI0019919098531910581-рибосомальный белок S5
BI0020019105811910991-рибосомальный белок L18
BI0020119109541911490-рибосомальный белок L6
BI0020219115111911906-рибосомальный белок S8
BI0020319119991912181-рибосомальный белок S14p/S29e
BI0020419121861912755-рибосомальный белок L5 VC2584 [импортированный]
BI0020519127551913087-рибосомальный белок L24
BI0020619130921913457-рибосомальный белок L14
BI0020719135551913812-рибосомальный белок S17
BI0020819138181914066-рибосомальный белок L29
BI0020919140691914485-рибосомальный белок L16
BI0021019144951915295-рибосомальный белок S3
BI0021119153011915657-рибосомальный белок L22
BI0021219156771915952-рибосомальный белок S19
BI0021319159711916798-рибосомальный белок L2
BI0021419168381917131-рибосомальный белок L23
BI0021519171401917793-рибосомальный белок семейства L4/L1
BI0021619178031918441-рибосомальный белок L3
BI0021719184611918766-рибосомальный белок 810
BI0021819190231920027+мембранный белок, предположительно
BI0021919203661923092-неизвестно
BI0022019236071924797+возможный репрессор семейства Rok (NagC/XylR)
BI0022119247971927334+белок оперона гликогена GlgX
BI0022219274311927919-рибосомальный белок S9
BI0022319279451928391-рибосомальный белок L13
BI0022419287921930954-4-альфа-глюканотрансфераза
BI0022519311251931931-гипотетический вариант лейцин-богатого повтора
BI0022619318761932514-консервативный гипотетический белок TIGR00257
BI0022719325791933592-возможно, 2-оксикислотадегидрогеназа
BI0022819336691935009-белок сарА, предположительно
BI0022919355471936608-COG0697:Пермеазы суперсемейства переносчика лекарственного средства/метаболита (DMT)
BI0023019366481937991+белок Р, индуцируемый повреждением ДНК
BI0023119380241939256-аминотрансфераза, предположительно
BI0023219393741939691-fdxC
BI0023319397551941278-возможный переносчик катионных аминокислот
BI0023419414331942398-УДФ-N-ацетиленолпирувоилглюкозамин-редуктаза
BI0023519429301943094-рибосомальный белок L33
BI0023619435291944245+возможно, цистатионин гамма-лиаза
BI0023719449241945214-шаперонин, 10 кДа
BI0023819453901946604-консервативный гипотетический белок
BI0023919468951947557-rimJ
BI0024019476441948360+5-формилтетрагидрофолатциклолигаза-родственный белок
BI0024119485271948709+консервативный гипотетический белок
BI0024219489501949516+консервативный гипотетический белок
BI0024319496171949814-гипотетический белок Blon021580
BI0024419498201953440-консервативный гипотетический белок
BI0024519534521954999-консервативный гипотетический белок
BI0024619552001955577-рибосомальный белок L7/L12
BI0024719556891956207-рибосомальный белок L10
BI0024819564791957222-консервативный гипотетический белок
BI0024919575611958952+неизвестно
BI0025019593851962123-полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза
BI0025119624441962710-рибосомальный белок S15
BI0025219628821963562-консервативный гипотетический белок
BI0025319637211963951-гипотетический белок
BI0025419640911966964-возможно, внеклеточная экзоксиланаза
BI0025519671901969712-эндо-1,4-бета-ксиланаза D
BI0025619703291971432+семейство 1S30, транспозаза [импортированный]
BI0025719715911972274-консервативный гипотетический белок
BI00334t19721741972389+консервативный гипотетический белок
BI0025819724111973094-гипотетический белок Blon021028
BI0025919735531974914-возможный белок клеточной поверхности
BI0026019749941977351-белок домена фактора фон Виллебранда тип А
BI0026119781501978326-гипотетический белок Blon021305
BI0026219783531978820-фосфопантетиен протеинтрансфераза
BI0026319794591988974-белок МаоС-подобного домена
BI0026419890161990635-пропионил-СоА карбоксилаза, бета-цепь
BI0026519906311992514-ассА3
BI0026619931051993701+белок bioY
BI0026719937391994710-биотин-ацетил-СоА-карбоксилаза лигаза
BI0026819948531996895+мембранный белок, предположительно
BI0026919969041997731+консервативный гипотетический белок
BI0027019978291998524-регулятор транскрипции, предположительно
BI00350t19986291999459-гипотетический регулятор транскрипции, семейство IcIR
BI0027120115982011726-гипотетический белок
BI0027220117972012486-рибосомальный белок L1
BI0027320125052012933-рибосомальный белок L11
BI0027420131992014089-фактор NusG терминации/антитерминации транскрипции
BI0027520141222014346-субъединица SecE препротеин-транслоказы
BI0027620145932015795-аспартатаминотрансфераза [импортированный]
BI0027720158892016986-глутамат-5-киназа
BI0027820170232018711-ГТФ-связывающий белок
BI0027920187832019028-рибосомальный белок L27
BI0028020190542019359-рибосомальный белок L21
BI0028120195022022534-гипотетическая рибонуклеаза, семейство Rne/Rng
BI0028220228502024121-сукцинил-диаминопимелатдесукцинилаза
BI0028320241592025100+переносчик, предположительно
BI0028420252822026727-пермеаза, белок предположительного домена
BI0028520267272027818-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0028620279962029441-Maf-подобный белок
BI0028720295812030690-гомосеринкиназа
BI0028820308002032113-гомосериндегидрогеназа
BI0028920322762033865-диаминопимелатдекарбоксилаза
BI0029020338712035541-аргинил-тРНК синтетаза
BI0029120359442036606+возможный регулятор транскрипции TetR-типа
BI0029220366062037880+пермеаза, предположительно
BI0029320377422038899+регулятор транскрипции LysR семейства VC1588 [импортированный], предположительно
BI0029420389962040246+возможно, аминотрансфераза
BI0029520402982041521-УДФ-N-ацетилглюкозамин 1-карбоксивинилтрансфераза
BI0029620418692043212+NADH оксидаза
BI0029720434242044548-семейство белков дигидрооротат-дегидрогеназы, предположительно
BI0029820445912046468-семейство белков СААХ семейства аминоконцевой протеазы
BI0029920465942047283-3-изопропилмалатдегидратаза, малая субъединица
BI0030020473692048769-3-изопропилмалатдегидратаза, большая субъединица
BI0030120490872049860+регулятор транскрипции, семейство IcIR
BI0030220500212051391-семейство Ser/Thr протеинфосфатазы
BI0030320518962054130+полифосфаткиназа
BI0030420542912055487+mutTI
BI0030520554802056298+гипотетический белок Blon021115
BI0030620565642057871-консервативный гипотетический белок
BI0030720579632058121-гипотетический белок
BI0030820581752058813+урацилфосфорибозилтрансфераза
BI0030920588642059340+консервативный гипотетический белок TIGR00246
BI0031020595422060648-возможно, фосфодиэстераза
BI0031120606772061747-белок домена глутамил-тРНК синтетазы
BI0031220619332064599-АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpB
BI0031320648212066371-гистидин аммиак-лиаза
BI0031420666172067489+регулятор транскрипции, семейство IcIR, предположительно
BI0031520674892067662+консервативный гипотетический белок
BI0031620677412068559 возможно, 2-гидроксигепта-2,4-диен-1,7-диоатизомераза семейства фумарилацетоацетатгидролазы
BI0031720686652069873-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0031820700972071272-УДФ-галактопираноза мутаза
BI0031920714262072670+dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза
BI0032020728272074311+консервативный гипотетический белок
BI0032120743672075068+консервативный гипотетический белок
BI00423t20753822075687+предположительно, транспозаза
BI0032220757632076530-IS1533, OrfB
BI0032320765302077987-транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI0032420782802078996-гликозилтрансфераза, предположительно
BI0032520793132079666-сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстераза
BI0032620800492081173+гипотетическое семейство ацилтрансферазы
BI0032720811812082893-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0032820829022085811-гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8
BI0032920859352087170-белок гипотетического семейства гликозилтрансферазы, группа 2
BI0033020872592088509-полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0033120885152089351-полисахарид переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно
BI0033220895802091367+гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8
BI0033320914572092698-УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа
BI0033420929742093636+гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы
BI0033520936542094844-мембранный белок, предположительно
BI0033620948472097099-консервативный гипотетический белок
BI0033720974412098844+гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0033820988442099962+возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI0033921000892100790+белок домена HDIG
BI0034021008712101728-консервативный гипотетический белок
BI0034121018252104335-белок системы поглощения калия Kup [импортированный]
BI0034221044812105188-гидролаза, семейство TatD
BI0034321057172106784+белок семейства Fic
BI0034421068162108621-переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы
BI0034521086352110542-переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы
BI0034621109352111099-гипотетический белок
BI0034721112972112703-возможно, альфа-галактозидаза
BI0034821130772114231+регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI0034921144092115356-возможно, регулятор транскрипции AraC/XylS-типа
BI0035021154012117626-консервативный гипотетический белок
BI0035121178512119374+аминопептидаза С
BI0035221195552120628+консервативный гипотетический белок
BI0035321216732123403-метионил-тРНК синтетаза
BI0035421238732124496+консервативный гипотетический белок
BI00466t21244962124864+консервативный гипотетический белок
BI0035521248972125922-консервативный гипотетический белок TIGR00096
BI0035621264872127902-возможно, симпортер
BI0035721278642129027+консервативный гипотетический белок
BI0035821291862131012-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/
белок пермеазы
BI0035921312312133099-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/ белок пермеазы
BI0036021332892133684-регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно
BI00475t21342672134506+индуцируемый повреждением ДНК белок Escherichia coli
BI0036121350082138841-LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки
BI0036221390562139151-гипотетический белок
BI0036321392092143594-секретируемый белок
BI0036421439012145394-АТФ-зависимая ДНК геликаза recG
BI0036521457372147257-пермеаза аминокислот
BI0036621474482151185-пермеаза, предположительно
BI0036721511992151897-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0036821520412152607+возможно, TetR-подобный регулятор транскрипции
BI0036921528322154310+транспортный белок AroP ароматических аминокислот
BI0037021545752155774+предположительно, инвертаза/транспозаза
BI0037121559612160952-гипотетические гликозилгидролазы семейство 43
BI0037221613592164649-гипотетический
BI0037321649972168173-возможно, арабинозидаза
BI0037421685292169131-консервативный гипотетический белок
BI0037521693402170179-переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI0037621701822171033-переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI0037721714162172429+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI0037821726902174015-возможный белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC
BI0037921744242175134-белок семейства фосфоглицератмутазы
BI0038021752262175600+гипотетические COG0531: переносчики аминокислот
BI0038121756122176550+гипотетический белок семейства нитроредуктазы
BI0038221768462179572+фаговая инфекция, предположительно
BI0038321795722181908+белок фаговой инфекции, предположительно
BI0038421885112189263+регуляторный белок, семейство SIR2
BI0038521894152190791-треониндегидратаза
BI0038621909282192745-глюкан 1,6-альфа-глюкозидаза
BI0038721928722194731-гипотетическая раффинозасинтаза или белок набухания семян Sip1
BI0038821947662196433-белок семейства альфа-амилазы
BI0038921965372197358-гипотетический переносчик ABC белок пермеазы yurm. {bacillus
BI0039021973642198383-гипотетический компонент внутренней мембраны связывающий белок-зависимой транспортной системы
BI0039121984082199730-гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества
BI0039221999802201095-гипотетический белок Efae022644
BI0039322011592202484-гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества
BI0039422026922203717+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI0039522038382204854+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI0039622049192205782-переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI0039722058042206730-переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI0039822067552208041-переносчик сахара ABC, сахарсвязывающий
белок, предположительно
BI0039922082152209420+регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно
BI0040022095912211894-альфа-галактозидаза
BI0040122120172212445-гипотетическая цитидин- и дезоксицитидилатдеаминаза цинксвязывающий участок
BI0040222125892214658+антипортер Na+/H+
BI0040322148582215613-серинэстераза, предположительно
BI0040422156132215714-гипотетический белок
BI0040522157352216592-консервативный гипотетический белок
BI0040622169492217527+дезоксицитидинтрифосфатдеаминаза
BI0040722175932219320+белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI0040822195432222527-АТФаза кальция Е1-Е2-типа
BI0040922227132223447-белок, возможно, вовлеченный в деградацию ксилана, возможно, ксиланэстераза
BI0041022236222225049-гипотетический белок суперсемейства главного посредника
BI0041122250052225994+РНК метилтрансфераза, семейство TrmH, группа 3
BI0041222261072227516-консервативный гипотетический белок
BI0041322277402228864-АТФ-связывающий белок переносчика ABC для сахаров
BI0041422292262230419-белок домена гликозилтрансферазы
BI0041522304862231475-рибонуклеотидредуктаза, бета-субъединица
BI0041622317042233896-рибонуклеозид-дифосфатредуктаза, альфа-субъединица
BI0041722340152234470-белок nrdl
BI0041822344702234733-COG0695: Глутаредоксин и родственные
белки
BI0041922353242235767-гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI0042022359582236635-консервативный гипотетический белок
BI0042122368282237592+переносчик ионов
BI0042222377882238891+консервативный гипотетический белок
BI0042322390352239349-бета-глюкозидаза-родственная гликозидаза
BI0042422398282241951+высококонсервативный белок с доменом эукариотической протеинкиназы
BI0042522421322243106+консервативный гипотетический белок
BI0042622436272245111+консервативный гипотетический белок
BI0042722451472246067+диметиладенозинтрансфераза
BI0042822460672247014+киназа, семейство GHMP, группа 2
BI0042922468602247690+гипотетический белок BL0655
BI0043022477812249193-pcnA
BI0043122492802250569+белок домена NUDIX
BI0043222505692252836+белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI0043322528362254560+консервативный гипотетический мембранный белок семейства MviN
BI0043422546462256706+консервативный гипотетический белок
BI0043522568292257845+тиоредоксинредуктаза
BI0043622581582259516-белок распределения хромосом ParB
BI0043722595192260487-белок семейства Soj
BI0043822607412261403-метилтрансфераза GidB
BI0043922615582262088-белок домена R3H
BI0044022622152263219-внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный]
BI00143g22632192263533-консервативный гипотетический белок TIGR00278
BI00576t22635332264063-компонент белка рибонуклеазы Р
BI0044122639252264056-рибосомальный белок L34
BI0044211500+белок хромосомального инициатора репликации DnaA
BI0044322393360+ДНК-полимераза III, бета-субъединица
BI0044434424626+белок recF
BI0044546265093+консервативный гипотетический белок
BI0044652297364+DNA гираза, субъединица В
BI00447753410083+DNA гираза, субъединица А
BI004481015610719+консервативный гипотетический белок
BI004491140612116+гипотетический белок
BI004501217913699+гипотетическая пектинэстераза
BI004511410315446-NADP-специфическая глутаматдегидрогеназа
BI004521576816199-регулятор транскрипции AsnC-типа
BI004531640517736+аспартатаминотрансфераза
BI004541775718746-гипотетический белок Blon021073
BI004551900719600+гипотетический белок BL0627
BI004561977020462+гипотетический белок Blon021075
BI004572057920821+Предположительно, регуляторный белок acrab оперона репрессора транскрипции
BI00599t2140321735-IS1557, транспозаза, предположительно
BI00146g2183422397-консервативный гипотетический белок
BI004582213023497-гипотетический COGI 167: Регуляторы транскрипции, содержащие ДНК-связывающий НТН домен и аминотрансферазный домен (семейство MocR) и их эукариотические ортологи
BI004592413225454+суперсемейство аминотрансферазы, класс III
BI004602549526397+Цинк-металлопротеаза
BI004612641426509-гипотетический белок
BI004622648726849+COG3265: Глюконаткиназа
BI004632711428424-консервативный гипотетический белок
BI004642866229138-белок семейства Dps, предположительно
BI004652923830608-белок домена CBS, предположительно
BI004663084131521-карбоангидразы прокариотического типа
BI004673172732287+алкил-гидрогенперксид редуктаза
BI004683245834371+тиоредоксинредуктаза
BI004693449435963-антипортер оксалагформиат
BI004703594836094+гипотетический белок
BI004713633337328+регулятор транскрипции Lacl-типа
BI004723755840308-фосфоенолпируват карбоксилаза
BI004734059442471+мембранный белок, предположительно
BI004744273744344+возможно, симпортер натрия/пролина
BI004754468045663-узкоконсервативный гипотетический белок
BI004764591747533+консервативный гипотетический белок
BI004774771748805-триптофанил-тРНК синтетаза
BI004784905649325+гипотетический белок
BI004794943749967-консервативный гипотетический белок
BI004804998652505+гликогенфосфорилаза
BI004815272552940-гипотетический белок BL0595
BI004825319553887+белок семейства Rhomboid
BI004835456255029-консервативный гипотетический белок
BI004845511955907+консервативный гипотетический белок
BI004855590757142+гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI004865719657837+pabA
BI004875806760136-серин/треонин-протеинкиназа
BI004886013660942-серин/треонин-протеинкиназа
BI004896108362546-pbpA
BI004906254664204-неизвестный, предположительно
BI004916420465895-возможно, фосфопротеинфосфатаза
BI004926590366430-белки, содержащие FHA-домен
BI004936646367161-белок домена FHA
BI004946734969790-дипептидилпептидаза IV, предположительно
BI004956995170997+лизофосфолипаза L2, предположительно
BI004967108072228+белок фактора фон Виллебранда домена типа А
BI004977223172947+консервативный гипотетический белок
BI004987294773348+гипотетический белок Blon021556
BI00654t7334873497+гипотетический белок Blon021556
BI004997387374724+белок резистентности к теллуриту
BI005007510875608+белок теплового шока, семейство Hsp20
BI005017593876891+возможно, трансмембранный белок
BI005027706577520-консервативный гипотетический белок
BI005037775379132+COG0627: Предсказанная эстераза
BI005047913281702+COG2898: Неохарактеризованный BCR
BI005058224183212+пептидметионинсульфоксидредуктаза
BI005068321883304+гипотетический белок BL0567
BI00668t8334183496+COG0463: Гликозилтрансферазы, вовлеченные в биогенез клеточной оболочки
BI005078350686709-геликаза-родственный белок
BI005098678587195-белок мутатора MutT, предположительно
BI005108733788587+гипотетический домен с неизвестной функцией
BI005118867889139+ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI005128922690080-гипотетический
BI005139018790420-гипотетический белок
BI005149048090842+консервативный гипотетический белок
BI005159132992639-квеуин тРНК-рибозилтрансфераза
BI005169305695065+белок теплового шока HtrA
BI005179548097636+катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2
BI00684t9781698862+регулятор транскрипции, семейство Lad
BI005189887499131-гипотетическое семейство mttA/Hcfl06
BI0051999136100215-Sec-независимая протеинтранслоказа TatC
BI00687t100215100730-гипотетический белок диаргининовой транслокации, семейство TatA/E
BI00520101182103581+гипотетическая сигнальная последовательность пути Tat
(диаргининовой транслокации)
BI00521103674106151+гипотетический
BI00522106547107707-консервативный гипотетический белок
BI00523107911109359+ферредоксин/ферредоксин-NADP редуктаза, предположительно
BI00524109452110450+белок теплового шока HtpX
BI00525110667111731-фруктоза-бисфосфатальдолаза, класс II
BI00526111947113230+аденилосукцинат синтетаза
BI00527113524114837+хлоридный канал
BI00528115027116094+семейство CrcB-подобного белка
BI00700t116097116489+белок, сходный с СгсВ
BI00529116581116691+гипотетический белок
BI00530116767117849+сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00531118274119842+белок системы поглощения калия Kup [импортированный]
BI00532120262121806+альфа-L-арабинофуранозидаза
BI00533121981123012+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00534123104124012-гликозилгидролаза, семейство 31
BI00535124149124370-IS861, транспозаза OrfB
BI00711t124604125803+возможно, интеграза/рекомбиназа
BI00712t125878126765+возможно, интеграза/рекомбиназа
BI00536126765127817+интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI00537127910128956-транспозаза семейства IS3
BI00538129291130814+сахароза фосфорилаза
BI00539131035132669+гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00540132736133776+сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00541134407135771+переносчик семейства главного посредника
BI00542135971137020+кетол-кислота редуктоизомераза
BI00543137452138501+кетол-кислота редуктоизомераза
BI00544138689140500-белок семейства альфа-амилазы
BI00545140663141694-регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно
BI00546142008144242-4-альфа-глюканотранссрераза
BI00547144506144784-гипотетический белок Blon021648
BI00548144856145482+консервативный гипотетический белок
BI00549145500146507-регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно
BI00550146777147490+переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00551147605150139+гликозилгидролаза, семейство 31
BI00552151125153002+белок dnaK
BI00553153005153658+ко-шаперон GrpE
BI00554153753154769+белок DnaJ [импортированный]
BI00555154787155371+hspR
BI00556155647156996+ксантинпермеаза, предположительно
BI00557157036158154+возможно, ацилпротеинсинтаза/ацил-СоА редуктаза-подобный белок
BI00558158144159640+возможно, ацил-СоА редуктаза
BI00559159715160497+3-оксоацил-ацил белок-носитель редуктаза
BI00560160553161281+бета-фосфоглюкомутаза, предположительно
BI00561161435162157+белок DedA
BI00749t162383163330+консервативный гипотетический белок
BI00562163340164404+trbB
BI00751t164410165060+консервативный гипотетический белок
BI00752t165060165659+гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00563165947166231+гипотетический белок BL0505
BI00754t166240166614+консервативный гипотетический белок
BI00564166715167041+консервативный гипотетический белок
BI00565167093168220+белок BmrU, предположительно
BI00566168424169020-возможно, регулятор транскрипции TetR-типа
BI00567169297172125+ДНК-полимераза III, тау/гамма субъединица
BI00568172154172753+рекомбинантный белок RecR
BI00569172756173886-белок семейства сортазы
BI00570174774176054+консервативный гипотетический белок
BI00571176649177179+гипотетическое семейство аминокислота-киназа
BI00572177262177801+аспартокиназа, альфа и бета-субъединицы
BI00573177889178980-аспартат-семиальдегиддегидрогеназа
BI00574179055179765+консервативный гипотетический белок
BI00575179774181351-семейство Ser/Thr протеинфосфатазы
BI00576182040183953+2-изопропилмалатсинтаза
BI00577184031186493-пенициллинсвязывающий белок, предположительно
BI00578186772187959+возможно, пре-пилин-пептидаза
BI00579188086191169+ДНК-топоизомераза I
BI00580191549192067+тимидилаткиназа
BI00581192067193215+ДНК-полимераза III, дельта-субъединица
BI00582193337193888+консервативный гипотетический белок TIGR00481
BI00583194034195632+неизвестный
BI00584195767197281+формиат-тетрагидрофолат лигаза
BI00585197684198028-консервативный гипотетический белок
BI00586198149198763+узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI00587198817200226-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00588200521201177+белок семейства фосфоглицератмутазы
BI00589201278202228+консервативный гипотетический белок
BI00590202352203224+трансгликолаза, эпимераза
BI00591203348204496-прекурсор экстенсина (гидроксипролин-
богатый гликопротеин клеточной оболочки)
BI00790t204684204866+гипотетический белок BL0470
BI00592205053206570+глутамил-тРНК синтетаза
BI00593207503207988+гипотетический белок Blon021299
BI00594207946208221-гипотетический белок BL0466
BI00595208388214285+семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, аутентичный сдвиг рамки
BI00596214390215208-гипотетический
BI00597216652218460+консервативный гипотетический интегральный мембранный белок
BI00598218637219317+мембранный антиген, предположительно
BI00599219470220744+интегральный мембранный белок
BI00600220769222070+возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC
BI00601222107223327+возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC
BI00602223346224140+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00603224259224819+липопротеин, предположительно
BI00604224831225427-регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно
BI00605225545227704-белок фаговой инфекции, предположительно
BI00606227704230250-белок фаговой инфекции, предположительно
BI00607230686231969+мембранный белок, предположительно
BI00608232037233602+6-фосфоглюконатдегидрогеназа, декарбоксилирующая
BI00609233756234595-6-фосфоглюконолактоназа
BI00610234825235847-белок oxppcycle OpcA
BI00611235847237499-глюкоза-6-фосфат 1-дегидрогеназа
BI00612237652239337+неизвестный
BI00613239417240448-гликозилтрансфераза, вовлеченная в
биогенез клеточной оболочки
BI00614240475241311-регулятор транскрипции, семейство TetR
BI00615241407242675+частица распознавания сигнала-докинг-белок FtsY
BI00616243046244338+переносчик аммиака
BI00617244343244678+регуляторный белок азота P-II
BI00618244832246613+белок-pII, уридилилтрансфераза,
BI00619246653248095-индуцируемый повреждением ДНК белок F, предположительно
BI00620248301249827+репликационная ДНК геликаза
BI00621249830251299+УДФ-N-ацетилмурамилтрипептидсинтаза
BI00622251405252154+синтаза кобировой кислоты
BI00623252306252590+консервативный гипотетический белок
BI00624252590254407+семейство ABCI
BI00625254428255447-регулятор транскрипции, семейство Lad
BI00626255933257255+белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00627257546258469+переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00628258493259308+переносчик ABC, белок пермеазы, MaIFG семейство
BI00629259473261446+консервативный гипотетический белок
BI00630262147267966+гипотетический
BI00631268074271778+семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00632271911272741+консервативный гипотетический белок TIGR00044
BI00633272825273835-prsA
BI00634273960274439-гипотетические COG3210: Крупные экзобелки, вовлеченные в утилизацию гема или адгезию
BI00635274604274891+рибосомальный белок S6
BI00636274951275604+гипотетический одноцепочечный связующий белок
BI00637275668275913+рибосомальный белок S18
BI00638275936276379+рибосомальный белок L9
BI00639276769277026+ptsH
BI00640277029278705+фосфоенолпируват-белок фосфотрансфераза
BI00641278942279673+белок-посредник поглощения глицерина
BI00642279763282468-медь-транслоцирующая АТФаза Р-типа
BI00643282580282858+белок семейства COG 1937
BI00644283012284325+Неохарактеризованный BCR, семейство YigN, COG 1322 семейство
BI00645284325284951+консервативный гипотетический белок
BI00646285048285893+COG0566: рРНК метилазы
BI00647285787286359+глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица С
BI00648286366287904+глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица А
BI00649287933289429+глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица В
BI00650289728290789+возможно, ацетилтрансфераза
BI00651290803291114+консервативный гипотетический белок
BI00652291501293141+консервативный гипотетический белок
BI00653293363294973+BarJ
BI00654295245297248+фактор терминации транскрипции Rho
BI00655297358297501+гипотетический белок
BI00656297559297945+хоризматмутаза
BI00657298070300151+семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00658300383303220-валил-тРНК синтетаза, предположительно
BI00659303262304686-переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно
BI00660304850305533-эндонуклеаза III
BI00661305595306374-регулятор транскрипции
BI00662306556307212-мембранный белок, предположительно
BI00663307369307950-интегральный мембранный белок в upf0059
BI00664308187308678-неорганическая пирофосфатаза
BI00665308908311145-белок семейства альфа-амилазы
BI00666311386313377+консервативный гипотетический белок
BI00667313988315019+гомосерин O-сукцинилтрансфераза
BI00668315484316293+АТР синтаза FO, субъединица А
BI00669316400316624+АТР синтаза FO, субъединица С
BI00670316684317199+АТР синтаза FO, субъединица В
BI00671317237318070+АТР синтаза FI, дельта-субъединица
BI00672318149319777+АТР синтаза FI, альфа-субъединица
BI00673319784320704+АТР синтаза FI, гамма-субъединица
BI00674320716322185+АТР синтаза FI, бета-субъединица
BI00675322188322478+АТР синтаза FI, эпсилон-субъединица, предположительно
BI00676322539323336+предсказанная нуклеаза семейства RecB
BI00677323388324374-возможно, секретируемый белок пептидил-пролил цис-транс изомеразы
BI00678324455325531+консервативный гипотетический белок
BI00679325534326538+консервативный гипотетический белок
BI00680326790327761+тиоредоксин [импортированный], предположительно
BI00681327850328473-аденилат циклаза
BI00682329012329398+эндорибонуклеаза L-PSP, предположительно
BI00683329536330498+белок домена ацилтрансферазы
BI00684330595331593+глицерин-3-фосфат дегидрогеназа, NAD-зависимая
BI00685331783332967+D-ala D-ala лигаза
BI00686333223334386+переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок
BI00687334206335348+спермидин/путресцин переносчик ABC,
белок пермеазы, предположительно
BI00688335348336199+спермидин/путресцин переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00689336207337481+спермидин/путресцин переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00690337788338828+семейство белков семейства СААХ аминотерминальной протеазы
BI00691338873339667-семейство механочувствительных ионных каналов
BI00692339751341181-аспартат аммиак-лиаза
BI00693341302342030-регулятор транскрипции, белок домена семейства TetR
BI00694342124343527-консервативный гипотетический белок
BI00695343852344400-метилированная-ДНК-протеин-цистеин метилтрансфераза
BI00696345228346055+гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль
BI00697345928347202-белок семейства MFS переносчиков, предположительно
BI00698347393348406-рибокиназа [импортированный]
BI00939t348735349001+рибосомальный белок L28
BI00699349116351944+АТФ-зависимая ДНК геликаза RecG
BI00700352204352782+метилтрансфераза, предположительно
BI00701352812353624-тРНК (гуанин-N1)-метилтрансфераза
BI00702353623355341+неизвестный
BI00703355422356399+консервативный гипотетический белок
BI00704356482357354+4-дифосфоцитидил-2С-метил-D-эритрит синтаза, предположительно
BI00705357367358041+пирролидон-карбоксилатпептидаза, предположительно
BI00706358303359766+lgA-специфическая серин-эндопептидаза, предположительно
BI00707359884361224+аминопептидаза С
BI00708361519362649+фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза
BI00709362781364010+фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза
BI00710364141364845+MTA/SAH нуклеозидаза
BI00711365444366427+гипотетическая АТФаза, гистидин киназа-, ДНК-гираза В- и белок HSP90-подобного домена
BI00712366563367330+ДНК-связывающий регулятор ответа RegX3
BI00713367583368713+АВС-переносчик фосфата, фосфатсвязывающий белок
BI00714368927369877+pstC2
BI00715369997370875+АВС-переносчик фосфата, белок пермеазы
BI00716370931371707+phoT
BI00717372005372580+белок lemA
BI00718372647374902+консервативный гипотетический белок
BI00719374971375831+оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI00720375932376981+инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза
BI00721377109377729-16S рРНК процессирующий белок RimM
BI00722377755377985-белок домена KH
BI00723378009378467-рибосомальный белок S16
BI00724378703379809-семейство эндонуклеазы/экзонуклеазы/ фосфатазы
BI00725379889381634-белок частицы распознавания сигнала
BI00726381843382748+суперсемейство белков семейства оттока катионов
BI00727382773384488-цистеинил-тРНК синтетаза
BI00728384518385363+возможно, амидотрансфераза
BI00729385627387687+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00730387746388162-белок стабильности плазмиды StbB
BI00731388175388450-гипотетический белок
BI00732388609389160-ацетолактатсинтаза, малая субъединица
BI00733389180391144-ацетолактатсинтаза, большая субъединица, биосинтетического типа
BI00734391308392033-рибонуклеаза III
BI00735392189392380-рибосомальный белок L32
BI00736392472393098-Неохарактеризованный ACR, COG 1399
BI00737393191394078-консервативный гипотетический белок
BI00738394089394586-пантетеин-фосфатаденилилтрансфераза
BI00739394860395150+консервативный гипотетический белок
BI00740395198396205-K+ канал, бета-субъединица
BI00741396379396804+регулятор транскрипции, семейство MerR NMB1303 [импортированный], предположительно
BI00742396910397533-гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00743397764399083+никотинатфосфорибозилтрансфераза, предположительно
BI00744399381400142+рибонуклеаза РН
BI00745400189400944+семейство HamI
BI00746401106402659+гипотетическое семейство FemAB
BI00747402736404043+белок семейства FemAB, предположительно
BI00748404096405373+фактор резистентности к бета-лактаму, предположительно
BI00749405462406460-мембранный белок, предположительно
BI00750407182408879+глюкоза-6-фосфат изомераза
BI00751409515409877+рибосомальный белок L19
BI00752410047410901+lepB
BI00753411024411860+рибонуклеаза HII
BI00754411990413102+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный]
BI00755413261414904+возможно, сахаркиназа
BI00756414992415681+сахаризомераза
BI00757416114417430+L-арабиноза изомераза
BI00758417620418240-глутаминамидотрансфераза/дипептидаза trp-G типа
BI00759418178420178+мембранный белок, предположительно
BI00760420330421694+пермеаза, предположительно
BI00761421694422914+трансмембранный белок Vexpl, предположительно
BI00762422930423562+Vexp2
BI00763423886425706-длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI00764425820426098+фрагмент арабиноза-пермеазы
BI00765426765429890+гипотетический переносчик ABC
BI00766430170430436-переносчик СС0814 семейства главного посредника [импортированный], предположительно
BI00767431272432618+белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00768432750433799+переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00769433820434809+неизвестный
BI00770435125437128+бета-D-галактозидаза, предположительно
BI00771437175438227+регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00772438426441116+арабиногалактан эндо-1,4-бета-галактозидаза, предположительно
BI00773441755442621+оксид оредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI00774442628443368+консервативный гипотетический белок
BI00775443378444745-консервативный гипотетический белок
BI00776445003446367+транспортный белок, семейство NRAMP
BI00777446472448073-переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI00778448424450007+гликозилтрансфераза CpsE
BI00779450302452029+COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксиса
BI00780452064453566+возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез Eps
BI00781453760454725+белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1
BI00782454725456065+предположительно, белок гликозилтрансферазы
BI00783456065457126+белок семейства NAD зависимой эпимеразы/дегидратазы
BI00784457201458448+УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа
BI00785458489459550+гипотетический белок семейства гликозилтрансферазы, группа 1
BI00786459581460408+гипотетический EpsI II
BI00787460446460952+гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)
BI00788460985461998+гипотетический белок синтеза капсульного полисахарида
BI00789462020463360+гипотетический белок
BI00790463363464292+Eps9K
BI00791464362465753+гипотетический белок биосинтеза полисахарида
BI00792465789466280+гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)
BI00793466366467514-белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы, предположительно
BI00794467785468363-транспозаза, вырожденная
BI00795468615468770-гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивированные производные
BI00796469189470208+dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза
BI00797470347471303+dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимераза
BI00798471349472245+глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансфераза
BI00799472858473046-гипотетический белок
BI00800473371473802-консервативный гипотетический белок
BI00801474083474640-гипотетическая низкомолекулярная фосфотирозин протеинфосфатаза
BI00802474825475331-гипотетический белок
BI00803475655475867-гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI00804475860476042-гипотетический белок
BI00805475971476312+гипотетический белок
BI00806476415477422-консервативный гипотетический белок
BI00807477471478751+узко консервативный гипотетический белок
BI00808477495477866-тиоредоксин
BI00809478880479734+3-оксоадипат енол-лактоназа, предположительно
BI00810479747481036+белок семейства MutT/nudix
BI00811481065481475+белок Н системы отщепления глицина
BI00812481547482875+консервативный гипотетический белок
BI00813482973485453+протеаза II
BI00814485521486549+3-изопропилмалатдегидрогеназа
BI00815486610487692+липоат-протеинлигаза
BI00817487934488650+возможно, регулятор транскрипции с циклическим нуклеотидсвязывающим доменом
BI00818488757491069+ponA, предположительно
BI00819491264492634+NADH-зависимая флавиноксидоредуктаза, предположительно
BI00820492807493955-дигидрооротат-дегидрогеназа, предположительно
BI00821494409495122+глицерин-3-фосфат регулон репрессор
BI00822495118496365+галактоза-1-фосфат уридилилтрансфераза
BI00823496241497632+галактокиназа
BI00824497718497987+белок домена ACT
BI00825498201499487+схожий с неизвестными белками
BI00826499800500516-spoU
BI00827500612501463+mutY
BI00828501531502250+консервативный гипотетический белок
BI00829502633505968+ДНК-направленная РНК полимераза, бета-субъединица
BI00830506139510173+ДНК-направленная РНК полимераза, бета-prime субъединица
BI00831510338510967-белок домена FHA
BI00832510986511498-гипотетический белок Blon020438
BI00833511528512457-возможно, фосфопротеинфосфатаза
BI00834512457514967-мембранный белок, предположительно
BI00835514967516187-белок семейства с неизвестной функцией
BI00836516215517585-moxR2
BI00837517599523580-семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00838523750525168-серин/треонин протеинкиназа, предположительно
BI00839525300529592+гипотетические COG0210: Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз
BI00840529427533620+белок домена геликазы UvrD/REP
BI00841533962535152+возможно, транспортный белок
BI00842535527536243+дигидродипиколинат редуктаза
BI00843536388537311+дигидродипиколинат синтаза
BI00844537585539246+белок суперсемейства металло-бета-лактамазы
BI00845539291541897+белок домена семейства пептидазы М1
BI00846542078542971+гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00847543164543502+консервативный гипотетический белок
BI00848543954545336+фосфоглюкозамин мутаза
BI00849545362546012+полипептид деформилаза
BI00850546072547472+консервативный гипотетический белок
BI00851547492547620+гипотетический белок
BI00852547858548979+фактор 2 высвобождения пептидной цепи
BI00853548991550121+ftsE
BI00854550135551055+переносчик ABC клеточного деления, белок пермеазы FtsX, предположительно
BI00855551161552519+аутолизин, предположительно
BI00856552673553146+SsrA-связывающий белок
BI00857553192554265+переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00858554479555420+переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00859555554556546+переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00860556566557393+переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок
BI00861557604559493+глюкозамин-фруктоза-6-фосфат аминотрансфераза, изомеризующая
BI00862559699560271+COG0564: Псевдоуридилатсинтазы, 23S РНК-специфические
BI00863560313560525-гипотетический белок Blon020898
BI00864560565561548-регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00865561794562717+переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00866562776563780+неизвестный
BI00867563975566047+бета-D-галактозидаза
BI00868566259567185+регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00869567311569008-альфа-L-арабинофуранозидаза
BI00870569168570517+белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00871570852572192+возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC для сахаров
BI00872572449573729+сахарсвязывающий белок Sbp
BI00873573795574562-активатор транскрипции, возможно, семейство Baf [импортированный]
BI00874574688576304+переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно
BI00875576372577346+мембранный белок, предположительно
BI00876577346578245+переносчик пептидов ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00877578245579033+переносчик ABC, нуклеотидсвязывающий/АТФазы белок
BI00878579029579811+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00879580296581360+цистатионин бета-синтаза
BI00880581455582636+цистатионин бета-лиаза
BI00881582780584501-семейство ErfK/YbiS/YcfS/YnhG
BI00882584781586613+АТФ-зависимая ДНК геликаза RecQ
BI00883586729587220+белок продуцирования аутоиндуктора-2 LuxS
BI00884587453587917+ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно
BI00885588181589638-гипотетический белок Blon020876
BI00886589890591347-аминокислота-пермеаза
BI00887591542592891+аланин рацемаза
BI00888593087594370+дезоксигуанозинтрифосфат трифосфогидролаза, предположительно
BI00889594546596642+ДНК-примаза, предположительно
BI00890596961597710+белок биосинтеза пиридоксина
BI00891597799598434+суперсемейство семейство SNO глутамин амидотрансферазы
BI00892598495600156+аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI00893600514601443+белок семейства аспарагиназы
BI00894601476601607+гипотетический белок Blon020867
BI00895601574601897-гипотетический белок
BI00896601995603179+возможно, транспортный белок
BI00897603210603467-гипотетический белок Blon020865
BI00898603634603723+гипотетический белок
BI00899603651605795-схожий с альфа-L-арабинофуранозидазой А
BI00900605923606921+EF0065, предположительно
BI00901607014608087-консервативный гипотетический белок
BI00902608687609373+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00903609373610545+консервативный гипотетический белок
BI00904610560612116+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00905612106614304-1 -дезоксиксилулоза-5-фосфат синтаза
BI00906614478615467+оксидоредуктаза, цинксвязывающая, предположительно
BI00907615572616069+фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, каталитическая субъединица
BI00908616095617231+фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, субъединица АТФазы
BI00909617243617668+furB
BI00910617709617954-консервативный гипотетический белок
BI00911618183619103+возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00912619367621439+мембранный белок, предположительно
BI00913621563623197+альдегид дегидрогеназа
BI00914623577624842-фосфорибозиламин-глицин лигаза
BI00915624872625702-фосфорибозилформилглицинамидин цикло-лигаза
BI00916626029627537-амидофосфорибозилтрансфераза
BI00917627944628726-переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок
BI00918628726629610-переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00919629723630583-переносчик аминокислот ABC, периплазматический
аминокислотасвязывающий белок
BI00920630788631255-консервативный гипотетический белок
BI00921631328632698-белок семейства Atz/Trz, предположительно
BI00922632741634240-8-аденозил-L-гомоцистеин гидролаза, NAD связывающий домен
BI00923634405635991+структурный ген резистентности к ультрафиолету
BI00924635991636206+гипотетический белок Blon020836
BI00925636246637220-K+ канал, бета-субъединица
BI00926637331638293-регулятор транскрипции, семейство НТН 1, предположительно
BI00927638512640023+антипортер Na+/H+, предположительно
BI00928640043640699-мембранный белок, предположительно
BI00929640699642066-консервативный гипотетический белок
BI00930642042643337-возможно, карбоксилэстераза или липаза
BI00931643478647209-фосфорибозилформилглицинамидин синтаза
BI00932647275648024-фосфорибозиламиноимидазол-сукцинокарбоксамид синтаза
BI00933648113648232-гипотетический белок
BI00934648420649754-фосфорибозилглицинамид формилтрансфераза 2 VC1228 [импортированный]
BI00935649928651085+белок J биосинтеза капсульного полисахарида типа 1 (capJ)
BI00936651238652260-консервативный гипотетический белок
BI00937652822653880+переносчик
BI00938654695654967+рибосомальный белок S12
BI00939654976655443+рибосомальный белок S7
BI00940655478657598+фактор элонгации трансляции G
BI00941657774658970+фактор элонгации трансляции Tu
BI00942659184659909+консервативный гипотетический белок
BI00943660169660864+регулятор транскрипции, семейство LysR, предположительно
BI00944661085662098+мембранный белок, предположительно
BI00945662161662637-COG2246: Предсказанный мембранный белок
BI00946662721663083-белок CrcB
BI00947663086663619-белок, сходный с CrcB
BI00948663706663987+гипотетический белок
BI00949664023665063+алкогольдегидрогеназа, цинк-содержащая
BI00950665437665625+гипотетический белок
BI00951665652667028-консервативный гипотетический белок
BI00952667295667462-возможно, регулятор транскрипции MarR-типа
BI00953667902670487+эксинуклеаза ABC, субъединица А
BI00954670548671903+белок семейства оттока MATE, предположительно
BI00955671914672603+эндонуклеаза III, предположительно
BI00956672783673076-гипотетический белок Blon020400
BI00957673098673766+Неизвестный
BI00958673782674042-ацетилтрансфераза, содержащая гексапептидный повтор
BI00959674207675292+возможно, интегральный мембранный белок пермеазы
BI00960675273675902+гипотетические гликозилгидролазы семейство 2, TIM бочкообразный домен
BI00961676090677316-глутаминсинтетаза, тип I
BI00962677846678625-узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI00963678712680199-дигидролипоамид дегидрогеназа
BI00964680351680971-консервативный гипотетический белок
BI00965681063682427+широко консервативный белок в семействе пептидазы или деацетилазы
BI00966682730683326+консервативный гипотетический белок
BI00967683329684801+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI00968684801685625+возможно, белок пермеазы переносчика ABC для кобальта
BI00969685824686699+белок семейства spoU pPHK метилазы [импортированный]
BI00970686891687820+фенилаланил-тРНК синтетаза, альфа-субъединица
BI00971687831690437+фенилаланил-тРНК синтетаза, бета-субъединица
BI00972690471691154+консервативный гипотетический белок
BI00973691385692347+N-ацетил-гамма-глутамил-фосфат редуктаза
BI00974692434693519+бифункциональный белок биосинтеза аргинина ArgJ
BI00013g693503693979-гипотетический белок Magn025872
BI00975693809694612+ацетилглутамат киназа
BI00976694605695897+ацетилорнитин аминотрансфераза
BI00977695944696906+орнитин карбамоилтрансфераза
BI00978696906697415+репрессор аргинина
BI00979697501698736+аргининосукцинат синтаза
BI00980699184700653+аргининосукцинат лиаза
BI01326t701005701196+белок биосинтеза тиамина ThiS
BI00981701211702077+белок thiG
BI00982702157702963+moeB
BI00983703023703376+белок роданеза-подобного домена
BI00984703541704071+белок домена HD
BI00985703978704835+гипотетический
BI00986704964706283+тирозил-тРНК синтетаза
BI00987706314708086+гипотетический белок BL1050
BI00988708098709135+предсказанные сахар фосфатазы суперсемейства HAD
BI00989709395710165+гемолизин А
BI00990710153710719-консервативный гипотетический белок
BI00991710729710881+гипотетический белок
BI00992710965711624-схожий с бактериальной системой поглощения K(+)
BI00993711678713141-белок домена белка катионного транспорта
BI00994713388714407+поли(Р)/АТР-NAD киназа
BI00995714410716233+белок репарации ДНК RecN
BI00996716266716910+гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно
BI00997717154717525+регулятор транскрипции, семейство GntR
BI00998717550718467+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01351t718477719091+мембранный белок, предположительно
BI00999719985722768-кальций-транслоцирующая Р-типа АТФаза, РМСА-типа
BI01000722966723238+гипотетический белок BL1037
BI01001723291724778-треонин-синтаза
BI01356t725001725699+серин-гидроксиметилтрансфераза
BI01002726028727116+гамма-глутамил фосфатредуктаза
BI01003727134727694+консервативный гипотетический белок
BI01004727694728476+никотинат (никотинамид) нуклеотид-аденилилтрансфераза
BI01005728580729857-гликозил-гидролаза, семейство 3, предположительно
BI01006729952733203+неохарактеризованный ACR
BI01007733340733834+фосфинотрицин-ацетилтрансфераза
BI01008734033734629+пептидил-тРНК гидролаза
BI01009734622738203+фактор сопряжения транскрипции-репарации
BI01010738346739290+оксидоредуктаза, предположительно
BI01011739444740739+енолаза
BI01012740809741423+гипотетический инициатор формирования перегородки
BI01013741423741986+консервативный гипотетический белок
BI01014742052743050+возможно, экзополифосфатаза-подобный
белок
BI01015743578744711+семейство IS30, транспозаза [импортированный]
BI01016744846747062+L-серин дегидратаза 1
BI01018747207747611+пептидил-пролил цис-транс изомераза, FKBP-типа
BI01019747713748189+фактор удлинения транскрипции GreA
BI01020748250749191-гемолизин, предположительно
BI01021749361750086+консервативный гипотетический белок
BI01022750474751736+гистидинкиназа-подобный белок
BI01023751815752090-гипотетический фактор транскрипции WhiB
BI01024752207753922-диарейный токсин
BI01025754203755633-регулятор транскрипции
BI01389t755884756180+whiB1
BI01026756350759319+мембранный белок, предположительно
BI01027759319760857+LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки, предположительно
BI01028760966761391-консервативный гипотетический белок
BI01029761660762283+консервативный гипотетический белок
BI01030762332763015+белок домена фосфорибозилтрансферазы
BI00019g762937763509-гипотетическая семейства пептидаза S24
BI01031763391764464-сенсорный бокс гистидинкиназы, предположительно
BI01032764464765183-ДНК-связывающий регулятор ответа MtrA
BI01033765222767432-1,4-альфа-глюкан ветвящий фермент
BI01034767649768239+возможно, регулятор транскрипции
BI01035768351768872+2С-метил-D-эритрит2,4-циклодифосфат синтаза
BI01036768930769760-переносчик цинкаАВС, белок пермеазы, предположительно
BI01037769830770834-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01038770893772419-возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы
переносчика ABC
BI01039772190773062+метилентетрагидрофолатдегидрогеназа/ метенилтетрагидрофолат циклогидролаза
BI01040773185774657+рибосомальный белок S1 [импортированный]
BI01041774834775448+дефосфо-СоА киназа
BI01042775463777571+эксинуклеаза ABC, субъединица В
BI01043777887778726+белок семейства TerC [импортированный]
BI01044778897780336+пируваткиназа
BI01045780490781086-возможно, NTP пирофосфатаза семейства MutT
BI01046781432782214+регулятор ответа
BI01047782278785127+ДНК-полимераза I
BI01048785291786217+консервативный гипотетический белок TIGR00486
BI01049786266786937+белок семейства MutT/nudix, предположительно
BI01050787135789132+белок гликогенового оперона GlgX
BI01424t789186789413+гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль
BI01051789420790067+консервативный гипотетический белок
BI01052790243790794-DNA-3-метиладенин гликозилаза I
BI01053791884792942-гипотетический белок
BI01054793226793780+гипотетический белок
BI01055793761794246-гипотетический белок
BI00021g794049794498+транспозаза В
BI00020g794300794749+IS1601-D
BI01056794665794844+транспозаза субъединица В
BI01057794937795989-интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI01434t795989796876-возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01058796951798150-возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01059798284799564-IS3-Spnl, транспозаза
BI01060799635800477-предположительно, субъединица транспозазы
BI01061800762802579-гипотетический белок с неизвестной функцией DUF262
BI01062802742803464-гипотетический белок
BI01063803748804065-консервативный гипотетический белок
BI01064804058804405-гипотетический белок
BI01065804667808221+ДНК-полимераза III, альфа-цепь VC2245 [импортированный]
BI01066808312808743+консервативный гипотетический белок
BI01067808952810826+антиген, 67 кДа
BI01068810916811413+NH2-ацетилтрансфераза
BI01069817553818377-оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI01070818538819956+сахаркиназа, семейство FGGY, предположительно
BI01451t819972820262+Ацилфосфатаза
BI01071820382821761+гистидинол дегидрогеназа
BI01072821761822918+гистидинол-фосфатаминотрансфераза
BI01073823007823603+имидазолглицерин-фосфатдегидратаза
BI01074823606824397+гипотетический белок Blon020586
BI01075824435825079+имидазол глицеринфосфат синтаза, субъединица глутамин амидотрансферазы
BI01076825152825874+бифункциональный белок HisA/TrpF
BI01077825984826103-узко консервативный гипотетический белок
BI01463t826039827637-консервативный гипотетический белок
BI01078827738828898+Глутаминсинтетаза, каталитический домен
BI01079829137829604+переносчик, предположительно
BI01080829657830625-консервативный гипотетический белок
BI01081830625834758-АТФ-зависимая геликаза HrpA
BI01082834751835404-консервативный гипотетический белок
BI01083835647837065+ГТФ-связывающий белок
BI01084837405838208+L-лактатдегидрогеназа
BI01085838356839291-белок системы оттока катионов
BI01086839460840182-pen рессор LexA
BI01087840333840680+белок домена LysM
BI01088840736841173+консервативный гипотетический белок TIGR00244
BI01089841314842510-D-3-фосфоглицератдегидрогеназа
BI01090842524844800-COG3973:Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз
BI01091845133845651+консервативный гипотетический белок TIGR00242
BI01092845654846730+S-аденозил-метилтрансфераза MraW
BI01093846740847186+гипотетический белок Blon020568
BI01094847186848985+пенициллинсвязывающий белок, предположительно
BI01095849015849884+консервативный гипотетический белок
BI01096849936851384+УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамил-2,6-диаминопимелат-D-аланил-D-аланил лигаза
BI01097851453852535+фосфо-N-ацетилмурамоил-пентапептид-трансфераза
BI01098852593854035+УДФ-N-ацетилмурамоилаланин-D-глутамат лигаза
BI01099854025855239+белок клеточного деления, семейство FtsW/RodA/SpoVE, предположительно
BI01100855258856436+УДФ-N-ацетилглюкозамин-N-ацетил-мурамил(пентапептид) пирофосфорил-ундекапренол N-ацетилглюкозамин трансфераза
BI01101856651858075+УДФ-N-ацетилмурамат-аланин лигаза
BI01102858078859139+гипотетический белок клеточного деления FtsQ
BI01103859565860983+гипотетическое семейство процессингового фермента Appr-1-p
BI01104861241861813+неизвестный
BI01105861640861885-гипотетический белок
BI01106861906862391+D-тирозил-тРНК(Tyr) деацилаза
BI01107862494863735-переносчик глюкозы/галактозы, предположительно
BI01108863844864230-гипотетический белок семейства глиоксалазы
BI01109864308865201-фруктокиназа, предположительно
BI01110865277866488-регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно
BI01111866715867626+глюкокиназа, предположительно
BI01112867792868913-регулятор транскрипции NagC/XylR-типа
BI01113869251870060+глюкозамин-6-фосфат изомераза
BI01114870119871393+N-ацетилглюкозамин-6-фосфат деацетилаза
BI01115871646873307+переносчик дипептидов ABC, дипептидсвязывающий белок
BI01116873480874568+переносчик олигопептидов ABC, белок пермеазы
BI01117874714875739+переносчик дипептидов ABC, белок пермеазы
BI01118875746877452+АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI01119877508878026-белок семейства MutT/nudix
BI01120878078879670-Хаа-Pro аминопептидаза I
BI01121879977880954-консервативный гипотетический белок
BI01122882044883672+folC
BI01123883736887410+семейство SMC, семейство С-терминального домена
BI01124887535888527-консервативный гипотетический белок
BI01125888652890202-УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат лигаза
BI01126890377891126+фактор сигма-70 РНК полимеразы,
подсемейство ECF
BI01127891129891446+консервативный гипотетический белок
BI01128891719892660-суперсемейство альдоза 1-эпимеразы
BI01129892788893741-суперсемейство альдоза 1-эпимеразы
BI01130894032895021+гидроксиметилбутенил пирофосфат редуктаза
BI01131895067895573-регулятор транскрипции, предположительно
BI01132895670896725-глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа, тип I
BI01133896968897690-Тиамин пирофосфокиназа, семейство каталитического домена
BI01134897586898923+гипотетическая спермин/спермидин синтаза
BI01135899364899930+фактор инициации трансляции IF-3, С-терминальный домен
BI00041g899764900105+рибосомальный белок L35
BI01136900161900541+рибосомальный белок L20
BI01137900605901537+Интеграза
BI01138901668904511+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01139904656905612+белок семейства Soj
BI01140905634906545+Неохарактеризованный ACR, COG 1354
BI01141906675907274+консервативный гипотетический белок TIGR00281
BI01142907409908233+белок семейства MutT/nudix
BI01143908296909573+комплекс хинолинатсинтетазы, А субъединица
BI01144909668911296+L-аспартатоксидаза
BI01145911303912193+никотинат-нуклеотид пирофосфорилаза
BI01146912292913443+возможно, пиридоксаль-фосфат-зависимая аминотрансфераза
BI01147913478914824+переносчик семейства главного посредника
BI01148915142917070+ГТФ-связывающий белок ТурА
BI01149917197917616+консервативный гипотетический белок
BI01150917699918673+префенат дегидратаза, предположительно
BI01151918670919734+префенат дегидрогеназа
BI01152919947920201+консервативный гипотетический белок
BI01153920239921303+белок семейства фаговой интегразы
BI01154921559923196+белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC возможно, для пептидов
BI01155923500924423+dppB
BI01156924445925446+dppC
BI01157925505927478+переносчик ABC-типа, дуплицированный компонент АТФазы
BI01158927793928650-экзодезоксирибонуклеаза III
BI01159928775929626+консервативный гипотетический белок
BI01160929645930400+узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI01161930393931658+RNA метилтрансфераза, семейство TrmA
BI01162931673932365+липопротеин, предположительно
BI01163932483935032+катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2
BI01164935156937852+аконитат гидратаза 1
BI01165938001938360+белок лента-спираль-спираль, белок домена семейства copG
BI01166938363938851+домен PIN, предположительно
BI01167938917941019-Белок с неизвестной функцией семейства DUF262
BI01168941112941777-ацетилтрансфераза, семейство GNAT семейство
BI01169941793942608-ДНК-связывающий регулятор ответа, предположительно
BI01170942553943935-атипичный сенсор гистидинкиназы двухкомпонентной системы
BI01171944117944959+консервативный гипотетический белок
BI01172945143946039+мембранный белок, предположительно
BI01173946326947195+мембранный белок, предположительно
BI01174947234948073-ГТФ пирофосфокиназа [импортированный]
BI01175948115949554+TPHK-i(6)A37 тиотрансфераза фермент MiaB
BI01176949568950551+тРНК дельта(2)-изопентенилпирофосфат трансфераза
BI01177950591951517-семейство белков Fic
BI01178951663954437+белок клеточного деления FtsK
BI01179954635955267+CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза
BI01180955282955812+компетентность/повреждение-индуцируемый белок, белок домена CinA
BI01181955881956387+возможно, ДНК-связывающий белок
BI01182956502956732+консервативный гипотетический белок
BI01183957036958226+белок recA
BI01184958232958822+регуляторный белок RecX
BI01185959702960361+белок семейства S30AE
BI01186960556963417+препротеин-транслоказа, субъединица SecA
BI00044g963734963970-COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI01187963974964096-COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI00045g964219964602+гипотетический белок BL0497
BI01188964674965717+антранилатфосфорибозилтрансфераза
BI01189965964966686-гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI01190966447967418+гипотетическая ацилтрансфераза
BI01191967476969722-серин/треонин протеинкиназа, предположительно
BI01192969893970858-idsA2
BI01193971179971838+консервативный гипотетический белок
BI01194972002973465+РНК полимераза главный сигма-фактор, сигма 70
BI01195973526975799+ДНК-гираза, субъединица В
BI01196975969977192+мембранный белок, предположительно
BI01197977269978228+рибокиназа
BI01198978247982977+белок домена DEAD/DEAH бокса геликазы
BI01199982994983779-ДНК-связывающий регулятор ответа TcrA, предположительно
BI01200983927986953-ДНК-гираза субъединица А
BI01201986925988169+консервативный гипотетический белок
BI01202988185989189-консервативный гипотетический белок
BI01203989432989722+консервативный гипотетический белок
BI01204989725990198+дезоксиуридин-5-трифосфат нуклеотидогидролаза
BI01205990335992656+ГТФ пирофосфокиназа
BI01206992780993058-orfB
BI01207993226994425+возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01640t994500995387+возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01208995387996439+интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI01209996532997095-COG2801: Транспозаза и инактивированные производные
BI00053g997107997619-ASOPSNART-11OSRSI
BI01210997719998264-возможно, пептидил-пролил цис-транс изомераза
BI01211998331999296-COG3391: Неохарактеризованный консервативный белок
BI01212999519999623-гипотетический белок
BI012139996831000615-мембранный белок, предположительно
BI0121410007471001295+гипотетическ цитозольный белок
BI0121510013291002621-консервативный гипотетический белок
BI0121610026481003532+возможно, фосфоглицерат мутаза
BI0121710036501004597+переносчик магния, семейство CorA
BI0121810046151005538+glnH, предположительно
BI0121910057761008544+лейцил-тРНК синтетаза
BI0122010087081009484+белок компетентности ComEA белок домена
спираль-шпилька-спираль участок повтора
BI0122110095531011235+консервативный гипотетический трансмембранный белок, родственный с ComA
BI0122210113781012721+возможно, пролидаза (Х-Pro дипептидаза) или хлоргидролаза
BI0122310127911013759+консервативный гипотетический белок
BI0122410137831014346+консервативный гипотетический белок TIGR00150
BI0122510144111015289+консервативный гипотетический белок
BI0122610153081015859+рибосомальный-белок-аланин ацетилтрансфераза
BI0122710158591016899+O-сиалогликопротеин эндопептидаза
BI0122810174381017539-гипотетический белок
BI0122910175691018501+возможно, интеграза/рекомбиназа
BI0123010185641018887-консервативный гипотетический белок
BI0123110189091019787-консервативный гипотетический белок
BI0123210198491020361-консервативный гипотетический белок
BI0123310204741021376-семейство белков Fic
BI0123410213571021929-гипотетический белок BL1463
BI0123510219491023763-консервативный гипотетический белок
BI0123610237821024864-консервативный гипотетический белок
BI0123710248931025600-консервативный гипотетический белок
BI0123810257611026843-возможно, TraG-родственный белок
BI0123910268431027799-гипотетический белок Blon020262
BI0124010277991028164-гипотетический белок Blon020261
BI0124210283791028669+гипотетический белок Blon020260
BI0124110285881030942+ДНК-топоизомераза III
BI0124310307711031448+гипотетический белок Blon020258
BI0124410317531032193+COG 1758: ДНК-направленная РНК полимераза, субъединица K/омега
BI0124510321611032553-гипотетический белок Blon020256
BI0124610326211033400-семейство белков Fic
BI0124710335181034822+MC38, предположительно
BI0124810348481036128-предположительно, белок регулятора транскрипции HIPA
BI0124910361281036439-гипотетический белок Blon020251
BI0125010365451037675-консервативный гипотетический белок
BI0125110386181040387-МС40
BI0125210405071041145-консервативный гипотетический белок
BI0125310412501042281-консервативный гипотетический белок
BI0125410423891042865-консервативный гипотетический белок
BI0125510432441044842-АТФ-связывающий белок-подобный белок
BI0125610448571046341-консервативный гипотетический белок
BI0125710463691048195-липопротеин, предположительно
BI0125810483701048669-консервативный гипотетический белок
BI0125910487101049189-МС47, предположительно
BI01713t10491831050538+гипотетический белок BL1487
BI0126010492061050405-гипотетический белок
BI0126110504351051070-гипотетический белок Blon020236
BI0126210513961056213-гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта
BI0126310565081057458-гипотетический белок Blon020231
BI0126410578441058440-гипотетические COG1192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом
BI0126510591671059430-COGI 192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом
BI0126610595691060042-возможно, WhiB-подобный фактор транскрипции
BI0126710600361061400-консервативный гипотетический белок
BI01727t10614001061597-гипотетический белок Blon020220
BI0126810617481061894-гипотетический белок
BI01730t10618821062055-гипотетический белок Blon020217
BI0126910627791062997-консервативный гипотетический белок
BI0127010631271063546+белок домена спираль-поворот-спираль
BI01733t10640921064778+консервативный гипотетический белок
BI0127110648621066490-липопротеин, предположительно
BI0127210667421067959-изоцитрат дегидрогеназа, NADP-зависимая
BI0127310680511069208+белок семейства IMP дегидрогеназ
BI0127410693731069861+гипотетический белок Blon020211
BI0127510699551072039+длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI0127610720491072534+полипептид деформилаза
BI0127710728761073736+рибосомальный белок S2
BI0127810738181074666+фактор элонгации трансляции Ts
BI0127910749781075580+уридилат киназа
BI0128010756601076208+фактор рециркуляции рибосом
BI0128110763091077217+фосфатидат цитидилилтрансфераза
BI0128210775571078597+фермент радикала SAM, семейство Cfr
BI0128310786041079149-протеаза I
BI0128410793241080091+имидазолглицеринфосфат синтаза, субъединица циклазы
BI0128510802281080620+фосфорибозил-АМР циклогидролаза
BI0128610807041082257+антранилатсинтаза компонент I
BI0128710823281082564-консервативный гипотетический белок
BI0128810825761084174+АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI0128910842211084925+оксидоредуктаза, семейство коротко-цепочечной дегидрогеназы/ редуктазы, предположительно
BI0129010849991085364+узко консервативный белок с неизвестной функцией
BI0129110854231086091-консервативный гипотетический белок
BI0129210860911087701-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0129310877041088600-возможный переносчик ABC пермеаза для кобальта
BI0129410884051089049-узко консервативный белок с неизвестной функцией
BI0129510892611090877+консервативный гипотетический белок
BI0129610909161091548+консервативный гипотетический белок
BI0129710915511095093+гипотетический миозин-подобный белок с неизвестной функцией
BI0129810951701096351+консервативный гипотетический белок
BI0129910966801097084+гипотетический белок BL0701
BI0130010973671100384+эксинуклеаза ABC, субъединица А
BI0130111005321102895+эксинуклеаза ABC, субъединица С
BI0130211030071103975+aroE
BI0130311039781104961+Предсказанная киназа, содержащая Р-петлю
BI0130411052471106110+Неохарактеризованный BCR, COG 1481
BI0130511062821107484+фосфоглицерат киназа
BI0130611075461108346+триосефосфат изомераза
BI0130711083651108658+препротеин-транслоказа, субъединица SecG
BI0130811087631109710+L-лактат дегидрогеназа
BI0130911097101110558+белок семейства Cof
BI0131011106721112225+аминотрансфераза, класс I
BI0131111123601113466-мембранный белок, предположительно
BI0131211136421114943-аминокислота с разветвленной цепью белок-носитель транспортной системы II
BI0131311151081116208-трансальдолаза
BI0131411163321118392-транскетолаза
BI0131511188121119927+индуцируемый теплом репрессор транскрипции HrcA
BI0131611199861121128+белок dnaJ
BI0131711211801121968-COG3001: Неохарактеризованный BCR
BI0131811221131122994+ундекапренол киназа, предположительно
BI0131911231571124146-консервативный гипотетический белок
BI0132011248071126837+треонил-тРНК синтетаза
BI0132111270611127561+белок семейства HIT
BI0132211277031128455+консервативный гипотетический белок TIGR01033
BI0132311284641129045+эндодезоксирибонуклеаза соединения с
перекрещивающимися цепями RuvC
BI0132411291061129729+структура Холл идея ДНК-геликаза RuvA
BI0132511297321130793+структура Холлидея ДНК-геликаза RuvB
BI0132611308761131292+препротеин-транслоказа, субъединица YajC
BI0132711313591131937+аденин фосфорибозилтрансфераза
BI0132811320371133236+сукцинил-СоА синтетаза, бета-субъединица
BI0132911332391134147+сукцинил-СоА синтаза, альфа-субъединица
BI0133011339541135546+мембранный белок, предположительно
BI0133111354971137131+фосфорибозиламиноимидазолкарбоксамид формилтрансфераза/IMP циклогидролаза
BI0133211372801137579+гипотетический белок
BI0133311374841138449-аквапорин Z, предположительно
BI0133411386451139412+рибосомальная большая субъединица псевдоуридин синтазы В
BI0133511395141141538+возможно, ГТФ-связывающий белок
BI0133611418961143422+УДФ-глюкоза пирофосфорилаза
BI0133711435651145475+консервативный гипотетический белок
BI0133811454891145803+гипотетический белок Blon020144
BI0133911458191148407+helY
BI0134011485241148868+консервативный гипотетический белок
BI0134111490011149717+гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство
BI01833t11497441149995+консервативный гипотетический белок
BI0134211501351150497-гипотетический белок Blon020140
BI0134311506731151302-COG0789: Предсказанные регуляторы транскрипции
BI0134411514061151846-возможно, сигнальный белок трансдукции
BI0134511518561152596-консервативный гипотетический белок
BI0134611526931153022-малый основной белок
BI0134711530251153999-консервативный гипотетический белок
BI0134811539921154684-CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза, предположительно
BI0134911546231155471-АТР фосфорибозилтрансфераза
BI0135011554861155746-фосфорибозил-АТР пирофосфогидролаза
BI0135111558121156477-рибулоза-фосфат 3-эпимераза
BI0135211565561157500-пролипопротеин диацилглицерил трансфераза
BI0135311576141158480-триптофан синтаза, альфа-субъединица
BI0135411585071160591-триптофан синтаза, бета-субъединица
BI0135511611201161968-эндонуклеаза IV
BI00066g11614141162400+пермеаза аминокислоты
BI0135611623401162834+пермеаза аминокислоты
BI0135711625031162667+пермеаза аминокислоты
BI0135811632061164216-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0135911643331164536-гипотетический белок
BI0136011645701164860-белок абортивной инфекции AbiGI, предположительно
BI0136111649811165262+гипотетический белок
BI0136211652601165715-lin2984
BI0136311659031166406+ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно
BI0136411665671166746+lin0863
BI0136511667931167323-ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI0136611673921167961-ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI0136711683151168992-гипотетический белок
BI0136811690171169823-гипотетический белок
BI0136911698321170527-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0137011703521171263+гипотетический приемный домен регулятора ответа
BI0137111713171172225+гипотетический белок
BI0137211721941172631-гипотетический интегральный мембранный белок
BI0137311729561173576-гипотетический белок
BI0137411735761174301-гипотетический белок
BI01873t11743091174962-переносчик бактериоцина ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI0137511752741176518+семейство IS30, транспозаза [импортированный]
BI0137611767141177379-ДНК-связывающий регулятор ответа
BI0137711773791179001-гипотетическая АТФаза, белок гистидинкиназы-, ДНК-гиразы В- и HSP90-подобного домена
BI0137811790391179881-гипотетическая пермеаза, предположительно
BI0137911800571180956-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0138011810771181259+гипотетический белок
BI0138111811541181684-гипотетический белок
BI0138211820161182315+BIsA
BI0138311823211182662+гипотетический белок
BI0138411828471183050-гипотетический белок
BI0138511833241183446+гипотетический белок BL0771
BI0138611834891183932+гипотетический белок Blon020116
BI0138711839551184314-COG0388: Предсказанная амидогидролаза
BI0138811843761184531-гипотетический белок
BI0138911848401185853-внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный]
BI0139011860971186555-гипотетический белок
BI0139111869421187067+гипотетический белок
BI0139211871221188783+пермеаза аминокислоты
BI0139311889931189640-сигнальная пептидаза I
BI00067g11898001190303+консервативный гипотетический белок
BI0139411897211190146-гипотетический белок Blon020104
BI0139511904671191420+Hn0466
BI0139611914791191799+узко консервативный гипотетический белок
BI0139711918871192165+узко консервативный гипотетический белок
BI0139811925401193727+Неизвестный, предположительно
BI0139911937701195530+белок семейства YjeF, предположительно
BI0140011956351196261+возможно, альфа бета-гидролаза
BI0140111964171197286+регулятор транскрипции, семейство LysR
BI0140211974471198565-консервативный гипотетический белок
BI0140311987831198932-гипотетический белок
BI0140411990441199736-оротат фосфорибозилтрансфераза
BI0140511997481200716-дигидрооротат дегидрогеназа
BI0140612007221201543-дигидрооротат дегидрогеназа, субъединица переноса электрона
BI0140712016821202632-оротидин 5-фосфат декарбоксилаза
BI0140812026531203939-дигидрооротаза
BI01921t12041461204562-Аспартат карбамоилтрансфераза регуляторная цепь, аллостерический домен
BI0140912045651205524-аспартат карбамоилтрансфераза
BI0141012056691208896-семейство глутамат-аммиаклигазы аденилилтрансфераз
BI0141112089551209905-EF0040
BI0141212100421210893-5,10-метилентетрагидрофолат редуктаза
BI0141312109551213255-5-метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеин S-метилтрансфераза
BI0141412133691213923-фосфогистидин фосфатаза SixA, предположительно
BI0141512140241215091-консервативный гипотетический белок
BI0141612151681215803+серин эстераза, предположительно
BI0141712158501216806-оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз 2
BI0141812170631217995+lipC, предположительно
BI0141912182341219178+гипотетическая оксидоредуктаза, семейство цинксвязывающей дегидрогеназы
BI0142012193401219642-возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI0142112204591221484+транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00069g12212771221948+гипотетический белок
BI0142212219481222706+Tpase2
BI0142312228961223972+гипотетический белок
BI0142412242361224811+гипотетический белок
BI0142512248881225190-регулятор транскрипции, семейство НТН 3
BI0142612252211226144-гипотетический белок
BI0142712262381227140-гипотетический белок
BI0142812271581228765-гипотетический белок
BI0142912292791230097-гипотетическая ADP-рибозилглико-гидролаза
BI0143012312711231726-гипотетический белок
BI0143112320851232906+консервативный гипотетический белок
BI0143212330001233539-bcp
BI0143312336811234511-возможно, амидаза [импортированный]
BI0143412345111235365-гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно
BI0143512355201236365-транспортный белок аминокислоты
BI0143612364621237709-возможно, гликозилтрансфераза
BI0143712378411238302-консервативный гипотетический белок
BI0143812383821239917-gltD
BI0143912399221244265-Консервативный участок в семействе глутамат синтазы
BI0144012448351245116+регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный]
BI0144112451751246197-консервативный гипотетический белок
BI0144212466561246979+консервативный гипотетический белок
BI0144312470421247227-гипотетический белок
BI0144412474931248536-регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI0144512492461250073+консервативный гипотетический белок
BI0144612502751250571-гипотетический белок
BI00071g12505411250888-консервативный гипотетический белок
BI0144712506581250807+гипотетический белок
BI0144812512521252538+белок семейства оттока MATE,
предположительно
BI0144912526781252794-гипотетический белок
BI0145012530831254216+IS30 семейство, транспозаза [импортированный]
BI0145112543231255327-глицерат киназа
BI0145212556791256734+регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI0145312568201258094-кислород-независимая копропорфириноген III оксидаза, предположительно
BI0145412582291259890-ГТФ-связывающий белок LepA
BI0145512602531260510+рибосомальный белок S20
BI0145612607681261556-консервативный гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI0145712618071262703-регулятор транскрипции, семейство MazG
BI0145812629031264027-аминотрансфераза аминокислоты с разветвленной цепью
BI0145912642541264871-связующий белок Е-петли рибосомальной 5S рРНК Ctc/L25nL5
BI0146012652981266332+консервативный гипотетический белок
BI0146112664741267895-NAD(P) трансгидрогеназа, бета-субъединица [импортированный]
BI0146212678981268200-NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица
BI0146312682191269379-NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица [импортированный]
BI0146412697981271828+длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза
BI0146512718871272948-ГТФ-связывающий белок Era
BI0146612729531274383-белок домена CBS
BI0146712744621275052-консервативный гипотетический белок TIGR00043
BI0146812750001276172-белок семейства PhoH
BI0146912761941276529-белок семейства Hit
BI0147012765811277375-консервативный гипотетический белок TIGR00046
BI0147112776191278494+белок семейства spoU pPHK метилазы
BI0147212787581279939+глюкоза-1-фосфат аденилилтрансфераза
BI0147312800351280532-гомолог белка mrp
BI0147412806351281171-белок сборки SUF системы FeS, семейство NifU
BI0147512812011282472-аминотрансфераза, класс-V
BI0147612826141283390-FeS АТФаза сборки SufC
BI0147712834191284651-FeS белок сборки SufD
BI0147812846601286156-FeS белок сборки SufB
BI0147912863831287849-консервативный гипотетический белок
BI0148012882251289883-СТР синтаза
BI0148112900321291585-дипептидаза, предположительно
BI0148212916841292127-3-дегидрохинат дегидратаза, тип II
BI0148312922941293835-3-дегидрохинат синтаза
BI0148412939991295132-хоризмат синтаза
BI0148512952471295717+COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI0148612958911297003-неохарактеризованный BCR, YceG семейство COGI559
BI0148712970831297535-консервативный гипотетический белок TIGR00250
BI0148812975501300228-аланил-тРНК синтетаза
BI0148913003591300592-гипотетический белок Blon020010
BI0149013005951300990-консервативный гипотетический белок
BI0149113011961301921-фосфоглицерат мутаза
BI0149213021581304008+белок домена семейства ацилтрансферазы
BI0149313041051304728-рибосомальный белок S4
BI0149413049301305895-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0149513059001307114-гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI0149613072081307603-консервативный гипотетический белок
BI0149713077511310450-гипотетическая UvrD/REP геликаза
BI0149813105671311145+ксантин фосфорибозилтрансфераза
BI0149913111991312560+белок семейства ксантин/урацил пермеазы
BI0150013126961312902-регулятор транскрипции, семейство Cro/CI [импортированный]-родственный белок
BI0150113129121313169-гипотетический белок
BI0150213133261314144-гидролаза, семейство альфа/бета-складки, предположительно
BI0150313144321315367+консервативный гипотетический белок
BI0150413154621315860-белок семейства глиоксалазы
BI0150513160191316630+изохоризматаза
BI0150613168851318360+консервативный гипотетический белок
BI0150713183711319780-мембранный белок, предположительно
BI0150813197701321005-мембранный белок, предположительно
BI0150913211091322089-резистентность к даунорубицину АТФ-связывающий белок
BI0151013221921322296-гипотетический белок
BI0151113224751323824+гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI0151213239171324477+ДНК-связывающий регулятор ответа
BI0151313246671325287-подсемейство белка с неизвестной функцией
BI0151413253081326324-белок семейства переносчика фосфата
BI0151513264801326674-консервативный гипотетический белок
BI0151613267351329005-белок углеродного голодания А
BI0151713294061330668+гликозилгидролаза, семейство 13, предположительно
BI0151813307031331404-регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно
BI0151913314861333669-возможно, АТФ-зависимая РНК геликаза
BI0152013340521335338-урацил-ксантин пермеаза
BI0152113354461336273-белок домена семейства фосфоглицерат
мутазы
BI0152213363271336905-консервативный гипотетический белок
BI0152313370611337612+консервативный гипотетический белок
BI0152413377381338898-консервативный гипотетический белок
BI0152513392751340816-консервативный гипотетический белок
BI0152613412501341687+гипотетическая COG0653: Препротеин-транслоказа субъединица SecA (АТФаза, РНК-геликаза)
BI0152713417521343449+белок домена протеинкиназы
BI0152813434931344980-пермеаза, предположительно
BI0152913452951347565-переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI0153013475761347776-гипотетический белок
BI0153113479471348309+гипотетический домен с неизвестной функцией (DUF307)
BI0153213484051349910-гипотетический белок
BI0153313499061351072-гипотетический белок
BI0153413511661351474-гипотетический белок
BI02085t13512801351477+гипотетический белок Blon021394
BI0153513518071352478+COG4186: Предсказанная фосфоэстераза или фосфогидролаза
BI0153613525651354004+консервативный гипотетический белок
BI0153713540441354253+гипотетический белок BL0925
BI0153813542531354612+гипотетический белок BL0925
BI0153913547291355193+гипотетический белок
BI0154013554961356380-гипотетический белок
BI0154113563801357450-гипотетическое семейство фаговой интегразы
BI0154213576501358675+транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00076g13584681359139+гипотетический белок
BI0154313591391359897+Tpase2
BI0154413603051361546-ГТФ-связывающий белок YchF
BI0154513615331362351-пирролин-5-карбоксилат редуктаза
BI0154613624161363891-пролин иминопептидаза
BI0154713639771366433+гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI0154813665511367345+ДНК-связывающий регулятор ответа
BI0154913673841370233-возможно, транспортный белок
BI0155013702651371176-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0155113715281372841-O-ацетилгомосерин сульфгидрилаза
BI0155213733151374184+пиридоксалькиназа, предположительно
BI0155313744241374924+консервативный гипотетический белок TIGR00252
BI0155413749831376515+Mg хелатаза-родственный белок
BI0155513765151378212+ДНК-процессирующий белок DprA, предположительно
BI0155613782721380134+sdhA
BI0155713802331381195+sdhB
BI0155813812771381954+возможно, метилтрансфераза
BI0155913820061382944-консервативный гипотетический белок TIGR00730
BI0156013831801384595-Na+/H+ антипортер [импортированный]
BI0156113850701386485-АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpX
BI0156213866101387308-АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP
BI0156313873171387907-АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP
BI0156413880461388423-гипотетический белок Blon021418
BI0156513885381390001-белок семейства управляемых потенциалом хлоридных каналов, предположительно
BI0156613901891391565-инициирующий фактор
BI0156713916231392921-белок домена 3-5 экзонуклеазы
BI0156813929211393730-COG0477: Пермеазы суперсемейства
главного посредника
BI0156913936221394500-пируватформиат-лиаза 1 активирующий фермент
BI0157013946131396985-формиат ацетилтрансфераза
BI0157113972541397475-консервативный гипотетический белок
BI0157213975311399093-NH(3)-зависимая NAD+ синтетаза
BI0157313995771400725-пептидаза, семейство М20/М25/М40
BI0157414008171401500-белок пермеазы системы переносчика ABC
BI0157514015001402702-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI0157614028391403816-липопротеин, семейство YaeC
BI0157714040201404847+гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство
BI0157814049751407449-D-ксилулоза 5-фосфат/D-фруктоза 6-фосфат фосфокетолаза
BI0157914078951409454+GMP синтаза
BI0158014097231410304+COG0798: Насос оттока арсенита ACR3 и родственные пермеазы
BI0158114103431410720+белок резистентности к мышьяку/арсенат редуктаза
BI0158214112651411771+гипотетическое семейство транспозазы IS66
BI00078g14115791412214+гипотетический белок Blon021471
BI0158314121111413136+транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00079g14129291413600+гипотетический белок
BI0158414136001414358+Tpase2
BI0158514144231414911+гипотетические COG3436: Транспозаза и инактивированные производные
BI02159t14150371416323-COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI0158614165101417160+предположительно, АТФ-связывающий белок
BI0158714171641418444+Неохарактеризованный консервативный белок
BI0158814184401418820+гипотетический белок Blon021466
BI0158914189651420548+консервативный гипотетический белок
BI0159014207961422598+ацилтрансфераза, предположительно
BI0159114226871423706+prsA
BI0159214239911425370+УДФ-N-ацетилглюкозамин пирофосфорилаза
BI0159314253771425787+iojap-родственный белок
BI0159414259421426637+фосфоглицерат мутаза, предположительно
BI0159514273631428961+фосфат ацетилтрансфераза
BI0159614290991429695+ацетат киназа
BI0159714298111430326+гипотетическая COG0282: Ацетат киназа
BI0159814305031431867-3-фосфошикимат 1-карбоксивинил-трансфераза
BI0159914318671433036-мембранный белок, предположительно
BI0160014337571434125-гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта
BI0160114346881436172-симпортер галактозида
BI0160214365151439583+бета-галактозидаза, предположительно
BI0160314403891441246+гипотетический белок
BI0160414413011441966-гипотетический белок Blon020709
BI0160514421671442559-гипотетический белок
BI0160614425741442990-гипотетический белок
BI0160714429901444792-гипотетический белок
BI0160814446881445566+COG3757: Лизозим М1 (1,4-бета-N-ацетилмурамидаза)
BI0160914456671445948+гипотетический белок
BI0161014461191446796+гипотетический белок
BI0161114472121448801+гипотетическая С-5 цитозин-специфическая ДНК-метилаза
BI0161214488041449997-гипотетический белок Psyc022392
BI0161314501301450393+гипотетический белок
BI0161414505141450891-гипотетический белок
BI0161514512531452203-гипотетический белок
BI0161614525031452802-TnpB
BI0161714529091453127+IS861, транспозаза OrfB
BI0161814532481453586+предположительно, субъединица транспозазы
BI0161914551791455604-белок клеточного деления FtsZ
BI0162014557521459864-гипотетическая UvrD/REP геликаза
BI0162114598611463163-COG3857: АТФ-зависимая нуклеаза, субъединица В
BI0162214632951465877-гипотетическая ДНК-полимераза III, альфа-субъединица
BI0162314660121467055+консервативный гипотетический белок
BI0162414670891467886-узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI0162514681601468507-гипотетический белок BL0124
BI0162614689491469908-Псевдоуридилат синтазы, 23S РНК-специфические
BI0162714699111470456-сигнальная пептидаза липопротеина
BI0162814704811471857-консервативный гипотетический белок
BI0162914720001472299-COG0762: Предсказанный интегральный мембранный белок
BI0163014724241472900-консервативный гипотетический белок
BI0163114729161473830-гипотетическое семейство тубулин/FtsZ, С-терминальный домен
BI0163214742391475480-TIM-баррель-белок, семейство NifR3
BI0163314756281476938-глицил-тРНК синтетаза
BI0163414775331478474+гидроксиэтилтиазол киназа
BI0163514787431481310+белок биосинтеза тиамина ThiC
BI0163614813531481679-гипотетический белок
BI0163714818201482626+фосфометилпиримидин киназа
BI0163814826801483054+COG0011. Неохарактеризованный ACR
BI0163914835631484939+пермеаза, предположительно
BI02235t14855711485978+консервативный гипотетический белок
BI0164014860391487433+суперсемейство серпина (ингибитор
сериновой протеазы)
BI0164114877171488517+регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI0164214887281490068+транспортный белок сахарозы
BI0164314900821491635+сахароза-6-фосфат гидролаза, предположительно
BI0164414918331492612+переносчик ABC, белок пермеазы, семейство cysTW, предположительно
BI0164514929271493943+фермент биосинтеза прекурсора пиримидина, предположительно
BI02246t14940701495254+инозин-уридин-предпочитающая нуклеозид гидролаза
BI0164614954161496207-ундекапренил дифосфат синтаза
BI0164714962071496923-белок репарации ДНК RecO
BI0164814969751498684-консервативный гипотетический белок
BI0164914988081500028-1-гидрокси-2-метил-2-(Е)-бутенил 4-дифосфат синтаза
BI0165015000281501215-1-дезокси-D-ксилулоза 5-фосфат редуктоизомераза
BI0165115012151502915-консервативный гипотетический белок
BI0165215033871503809-консервативный гипотетический белок
BI0165315039191504797-белок семейства домена PDZ
BI0165415051291506760+консервативный гипотетический белок
BI0165515068361508407-АТФ-зависимая ДНК-геликаза PcrA
BI0165615085531510205+консервативный гипотетический белок
BI0165715103571510578+предположительно, АТФ-связывающий белок
BI0165815106451511535-семейство РНР домена N-терминального участка
BI0165915116731512407+узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI0166015124191513309-диаминопимелат эпимераза
BI0166115134171514208+глутамат рацемаза
BI0166215143401515182+семейство пататина
BI0166315152551516151-неизвестный
BI0166415163141516580-фермент транс-сульфурирования
BI00087g15167491517024-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI00086g15171391517573+консервативный гипотетический белок в upfD074
BI0166515176921517940-консервативный гипотетический белок
BI0166615181871519422-цистатионин бета-лиаза
BI0166715196611520560-переносчик глутамина ABC, периплазматический глутаминсвязывающий белок (glnH)
BI0166815206291521417-переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок
BI0166915214131521952-переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы SP0710 [импортированный]
BI0167015220741522730-переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI0167115227931523605+гипотетическая фосфолипаза/ карбоксилэстераза
BI0167215236201525872-Tn916, белок резистентности к тетрациклину, предположительно
BI0167315260911526723+ДНК-полимераза III, эпсилон-субъединица
BI0167415267311527318-гуанилат киназа
BI0167515275011528418-оротидин 5'-фосфат декарбоксилаза, предположительно
BI0167615284211531801-карбамоил-фосфат синтаза, большая субъединица
BI0167715318061533176-карбамоил-фосфат синтаза, малая субъединица
BI0167815332191533788-фактор антитерминации транскрипции NusB
BI0167915338461534154-фактор элонгации Р (EF-P)
BI0168015345141535248+неизвестный, предположительно
BI0168115352481536033+консервативный гипотетический белок TIGR00245
BI0168215360661536770-неизвестный
BI0168315368781539436-гипотетический EAL-домен
BI0168415394441540751-возможно, трансмембранный белок гидролазы
BI0168515413321543257+гликозилтрансфераза
BI0168615433871543551-гипотетический белок
BI0168715437101544600-3-гидроксиацил-СоА дегидрогеназа
BI0168815449591546782-альфа-ксилозидаза
BI0168915468971547199-гипотетический COG1653: система транспорта сахара ABC-типа, периплазматический компонент
BI0169015473591549491-возможно, бета-гексозаминидаза А
BI0169115496051550417-переносчик ABC, белок пермеазы, семейство MalFG
BI0169215510351551862+консервативный гипотетический белок
BI0169315521421553254-mrp
BI0169415534341556193-ДНК-лигаза, NAD-зависимая
BI0169515562611559881-консервативный гипотетический белок
BI0169615601021562237+мембранный белок, предположительно
BI0169715625551564141+гипотетический белок Blon021196
BI0169815642041564977-переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI0169915650371566299-аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI0170015665731567337-белок семейства ROK
BI0170115675831568365+белок семейства нитроредуктазы
BI0170215684131569423-возможно, гликозилтрансфераза
BI0170315696751570325+консервативный гипотетический белок
BI0170415704591572888+переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI0170515729631573265+предсказанныый РНК-связывающий белок,
содержащий KH-домен
BI0170615733701573732-консервативный гипотетический белок
BI0170715738421574456+гипотетический ТМ2-домен
BI0170815748851575301+гипотетический белок Blon021592
BI0170915754321576415-белок семейства D-изомер-специфической 2-оксикислоты дегидрогеназы
BI0171015767141578168+переносчик резистентности к лекарственным препаратам, семейство EmrB/QacA, предположительно
BI0171115783991579418-переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно
BI0171215794181580485-переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно
BI0171315804901582028-АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI0171415821721583152-переносчик рибозы ABC, периплазматический D-рибозасвязывающий белок
BI0171515834721585199-липопротеин, предположительно
BI0171615851991586752-сенсорная гистидинкиназа MtrB
BI0171715868931587837-гипотетический приемный домен регулятора ответа
BI0171815876741589005-консервативный АТФ/ГТФ связующий белок
BI0171915891361591535-COG0513: Суперсемейство II ДНК и РНК геликаз
BI0172015918371592907-семейство домена с неизвестной функцией (DUF344)
BI02350t15929761593215-консервативный гипотетический белок
BI0172115932081593801-COG0737: 5'-нуклеотидаза/2',3'-циклическая фосфодиэстераза и родственные эстеразы
BI0172215938411595364-гипотетический секретируемый белок с возможным доменом кислотной фосфатазы
BI0172315954711596568-переносчик глутамина ABC, глутаминсвязывающий белок/белок пермеазы, предположительно
BI0172415965771597251-переносчик глутамина ABC, белок пермеазы
BI0172515972541598090-переносчик аминокислот ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно
BI0172615981251598964-переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок
BI0172715994011600468+консервативный гипотетический белок
BI0172816009321602728-аспартил-тРНК синтетаза
BI0172916027671604107-гистидил-тРНК синтетаза
BI0173016042641605721+консервативный гипотетический белок
BI0173116059331607723-белок семейства 5-нуклеотидазы, предположительно
BI0173216078981608653-креатинин амидогидролаза, креатининаза
BI0173316087421610115-переносчик пролина/бетаина
BI0173416101581610328+гипотетический белок
BI0173516103081611378-гипотетический белок, слабо схожий с предположительным регулятором транскрипции Streptomyces
BI0173616119501613266+белок семейства N-ацил-D-аминокислота деацилазы, предположительно
BI0173716134521616058-АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpC
BI0173816162081617170+demannu, предположительно
BI0173916172881618208-гипотетический белок Blon021510
BI0174016184841618870-cspB
BI0174116189431620931-сенсорная гистидинкиназа
BI0174216209651621738-ДНК-связывающий регулятор ответа
BI0174316216891622492-консервативный гипотетический белок
BI0174416225671622854+консервативный гипотетический белок
BI0174516229571624579-шаперон
BI0174616248201625056-белок семейства домена холодового шока
BI0174716252891625870-гипотетический белок Blon020592
BI0174816261631626771+урацил-DNA гликозилаза
BI0174916268141627890+АТФаза, семейство MoxR
BI0175016280221628837+Белок семейства с неизвестной функцией
BI0175116288401629388+консервативный гипотетический белок
BI0175216293881630443+консервативный гипотетический белок
BI0175316304431631471+консервативный гипотетический белок
BI0175416314441632070+тромбоцит-связывающий белок GspB, предположительно
BI0175516323161632660+консервативный гипотетический белок
BI0175616326601634261+консервативный гипотетический белок
BI0175716345311634893+консервативный гипотетический белок
BI0175816350341635672-гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI0175916358051637238+аденилосукцинат лиаза VC1126 [импортированный]
BI0176016373731639931+узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI0176116400801640358+ДНК-связывающий белок HU
BI0176216404801641937-возможно, ДНК-связывающий белок
BI0176316419401642203-гипотетический белок с неизвестной функцией (DUF797)
BI0176416422341643133-возможно, инозит монофосфатаза
BI0176516431391644803-гипотетический протеосома-ассоциированный белок
BI0176616448281646390-белок контроля клеточного деления 48, семейство ААА
BI0176716464541647149-белок семейства DedA
BI0176816474101647919+фосфосерин фосфатаза SerB
BI0176916481661650271+примосомальный белок N
BI0177016503331651034+возможно, альфа бета-гидролаза
BI0177116510611652044+метионил-тРНК формилтрансфераза
BI0177216521421653908-дигидрокси-кислота дегидратаза
BI0177316542031654484+ДНК-направленная РНК полимераза, омега-субъединица
BI0177416547651655982+S-аденозилметионин синтетаза
BI02420t16563521657425+гипотетический белок CV1232
Открытые рамки считывания (ORF), перечисленные в Таблице 1, определяются по их положению в геномной последовательности SEQ ID NO. 1. Например, BI00001 определяется нуклеотидной последовательностью оснований №№1667321 и 1667608 (включительно) SEQ ID NO. 1.
Примеры
Приведенные далее примеры дополнительно описывают и демонстрируют варианты исполнения, входящие в объем изобретения. Примеры приводятся только для иллюстрации и не должны истолковываться как ограничения настоящего изобретения, поскольку возможны многие его варианты, не выходящие за пределы сущности и объема изобретения.
Пример 1 - Выделение Bifidobacterium lonsum биотип infantis UCC 35624
Проводили скрининг аппендиксов и срезов большой и малой кишки ЖКТ человека, полученных при реконструктивной хирургии, на пробиотические бактериальные штаммы. Все образцы сохраняли немедленно после хирургии при -80°С в стерильных контейнерах. Замороженные ткани оттаивали, взвешивали и помещали в цистеинированный (0,05%) раствор Рингера четвертинной крепости. Каждый образец осторожно встряхивали для удаления слабо прикрепленных микроорганизмов. После переноса во второй объем раствора Рингера, образец обрабатывали на вихревой мешалке в течение 7 мин для удаления прочно прикрепленных бактерий. Для выделения бактерий, внедренных в ткани, образцы также гомогенизировали в смесителе Braun. Растворы серийно разбавляют и высеивают на поверхности чашек (100 мкл) со следующими агаровыми средами: RCM (обогащенная среда для клостридий) и RCM, доведенная до рН 5,5 с помощью уксусной кислоты; TPY (триптиказо-пептонная с дрожжевым экстрактом), Chevalier, P. et al. (1990). MRS (среда de Mann-Rogosa-Sharpe); ROG (ацетатная среда (SL) Rogosa); LLA (печеночно-лактозный агар Lapiere); BHI (агар с сердечно-мозговым настоем); LBS (Lactobacillus-селективный агар) и TSAYE (триптон-соевый агар с добавкой 0,6% дрожжевого экстракта). Все агаровые среды поставлялись фирмой Oxoid Chemicals, за исключением агара TPY. Пластинки инкубируют в анаэробных банках (BBL, Oxoid) с использованием наборов для генерирования CO2 (Anaerocult A, Merck) в течение 2-5 дней при 37°С.
Изоляты грампозитивных, каталаза-негативных палочковидных или раздвоенных/плеоморфных бактерий высеивали штрихами для определения чистоты на комплексную неселективную среду (TPY). Изоляты в обычном порядке культивируют в среде TPY, если не указано иное, при 37°С в анаэробных условиях. Предполагаемые виды бифидобактерий помещали в 40% глицерин и хранили при -20 и -80°С.
Было отобрано приблизительно полторы тысячи каталаза-негативных бактериальных изолятов из разных образцов и охарактеризовано по показателям реакции на окраску по методу Грама, размера клеток и морфологии, роста при 15°С и 45°С и конечным продуктам ферментации из глюкозы. Более шестидесяти процентов исследованных изолятов были грампозитивными, гомоферментативными кокками, объединенными в тетрады, цепи или группы. Восемнадцать процентов изолятов были грамнегативными палочкообразными и гетероферментативными коккобациллами.
Остальные изоляты (двадцать два процента) представляли собой преимущественно гомоферментативные коккобациллы. Тридцать восемь штаммов были охарактеризованы более детально. Все тридцать восемь изолятов были негативными как по восстановлению нитратов, так и по продуцированию индола из триптофана.
Штамм 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis был выбран из этой группы штаммов для полного секвенирования генома вследствие его подтвержденной противовоспалительной активности в мышиных моделях колита (McCarthy et al., 2004) и его иммуномодулирующих эффектов после перорального приема пациентами с синдромом раздраженного кишечника (IBS) (O'Mahony et al., 2005).
Пример 2 - Секвенирование генома Bifidobacterium longum infantis 35624
Последовательность генома штамма 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis была определена с использованием метода дробовика. С этой целью были сконструированы две библиотеки: библиотека малых инсерций (размер инсерций в интервале значений от 2 до 4 т.п.о.) с использованием вектора pGEM-Т easy (Promega) и космидная библиотека больших инсерций (размер инсерций в интервале значений от 40 до 45 т.п.о.) (Epicentre Technologies). Отбор последовательностей из этих банков дал чуть больше 26828618 пар оснований, пригодных для использования данных о последовательности, что соответствует примерно 11,9-кратному покрытию генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 (выполнен фирмой MWG-Biotech, Ebersberg, Germany). Результаты расшифровки последовательности были собраны с помощью Phrap (Green) в 11 контигов. Перекрывание гэпов и повышение качества первичной сборки последовательности достигалось с помощью дополнительного праймер-направленного секвенирования с использованием предварительно идентифицированных клонов из библиотек, что привело к единому контигу, представлявшему собой кольцевую хромосому длиной 2264374 п.о. На основе конечной консенсусной балльной оценки качества, мы оценили общую частоту ошибок в <1 на 4×105 оснований.
Пример 3 - Анализ генома Bifidobacterium longum биотип infantis 35624
Кодирующие белки открытые рамки считывания (ORF) были предсказаны с использованием комбинации способов Glimmer (Delcher et al., 1999b; Salzberg et al., 1998) и GeneBuilder (программное обеспечение собственной разработки), а также сравнительного анализа с использованием BLASTX (Altschul et al., 1997)
Результаты, полученные с помощью программ определения генов, объединяли вручную, и предварительную идентификацию ORF производили на основании анализа с использованием BLASTP (Altschul et al., 1997) по сравнению с не содержащей повторяющихся последовательностей (non-redundant) базой данных для белков, предоставленной Национальным центром биотехнологической информации (National Centre for Biotechnology Information) (Wheeler et al., 2005). Программа Artemis (Rutherford et al., 2000) была использована для проверки идентифицированных ORF и ассоциированных с ними результатов BLASTP. Проверка вручную проводилась для подтверждения или, в случае необходимости, переопределения начала и конца каждого предсказанного кодирующего участка. Программа Annotation использовала возможность Artemis построения графиков содержания ГЦ в рамках (GC frame plot feature), информацию о рибосомасвязывающем сайте, полученную от RBSfinder (Suzek et al., 2001), результаты выравнивания со схожими ORF других организмов, и анализ содержания G+C.
Пример 4 - Идентификация уникальных генов в геноме Bifidobacterium longum infantis 35624
Соотнесение функций белков с предсказанными кодирующими областями генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 осуществляли с использованием программного обеспечения собственной разработки и проверки вручную. Первичная функциональная классификация генных продуктов Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 производилась в соответствии с правилами Riley (Riley, 1998a; Riley, 1993). Соотнесение COG осуществляли с использованием XUGNITOR (Tatusov). HMMER (Eddy) была использована для установления соответствия классификации PFAM (Bateman et al., 2002) с предсказанными белками. ТМНММ (Krogh et al., 2001) была использована для предсказания трансмембранных последовательностей, и SignalP (Bendtsen et al., 2004) была использована для предсказания сигнальных пептидов. Гены рибосомальных РНК детектировали на основе поиска BLASTN и аннотировались вручную. Гены транспортных РНК идентифицировали с помощью tRNAscan-SE (Lowe and Eddy, 1997). Различные кодирующие РНК идентифицировали по базе данных Rfam (Griffiths-Jones et al., 2005), используя пакет программ INFERNAL (Eddy, 2002). Элементы последовательностей инсерций идентифицировали с помощью Repeatfinder (Volfovsky et al., 2001), Reputer (Kurtz & Schleiermcher, 1999) и BLAST (Altschul et al., 1990) и аннотировали вручную. Семейства IS определяли с помощью ISFinder (http://www-is.biotoul.fr/is.html). Ферменты, проявляющие активность по отношению к углеводам, идентифицировали на основании сходства с записями базы данных активных по отношению к углеводам ферментов (CAZy) (Coutinho & Henrissat, 1999), и классы COG и PFAM аннотировали с указанием активности ферментов углеводного обмена. Классификация переносчиков осуществлялась в соответствии со схемой TC-DB (Busch & Saier, 2002).
Мы идентифицировали область оснований №№44824-472245 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую обозначили как область 1 экзополисахарида (EPS) (SEQ ID NO. 2). Область 1 EPS кодирует следующие гены:
Таблица 2
Открытые рамки считывания области 1 EPS генома UCC 35624
ГенНитьОписаниеПоследовательность ДНКБелковая последовательность
BI00778+гликозил трансфераза CpsESEQ. ID NO. 93SEQ. ID NO. 133
BI00779+COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксисаSEQ. ID NO. 94SEQ. ID NO. 134
BI00780+возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез EpsSEQ. ID NO. 95SEQ. ID NO. 135
BI00781+белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1SEQ. ID NO. 96SEQ. ID NO. 136
BI00782+предположительно, белок гликозилтрансферазыSEQ. ID NO. 97SEQ. ID NO. 137
BI00783+белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазыSEQ. ID NO. 98SEQ. ID NO. 138
BI00784+УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназаSEQ. ID NO. 99SEQ. ID NO. 139
BI00785+белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1SEQ. ID NO. 100SEQ. ID NO. 140
BI00786+гипотетический Eps 111SEQ. ID NO. 101SEQ. ID NO. 141
BI00787+гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)SEQ. ID NO. 102SEQ. ID NO. 142
BI00788+гипотетический белок синтеза капсульного полисахаридаSEQ. ID NO. 103SEQ. ID NO. 143
BI00789+гипотетический белокSEQ. ID NO. 104SEQ. ID NO. 144
BI00790+Eps9KSEQ. ID NO. 105SEQ. ID NO. 145
BI00791+гипотетический белок биосинтеза полисахаридаSEQ. ID NO. 106SEQ. ID NO. 146
BI00792+гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)SEQ. ID NO. 107SEQ. ID NO. 147
BI00793-белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы,SEQ. ID NO. 108SEQ. ID NO. 148
предположительно
BI00794-транспозаза, вырожденнаяSEQ. ID NO. 109SEQ. ID NO. 149
BI00795 гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивирован-ные производныеSEQ. ID NO. 110SEQ. ID NO. 150
BI00796+dTDP-глюкоза 4,6-дегидратазаSEQ. ID NO. 111SEQ. ID NO. 151
BI00797+dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимеразаSEQ. ID NO. 112SEQ. ID NO. 152
BI00798+глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансферазаSEQ. ID NO. 113SEQ. ID NO. 153
Мы также идентифицировали область оснований №№2071426-2097099 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую мы обозначили как область 2 EPS (SEQ ID NO. 3). Область 2 EPS кодирует следующие гены:
Таблица 3
Открытые рамки считывания области 2 EPS генома UCC 35624
ГенНитьОписаниеПоследовательность ДНКБелковая последовательность
BI00319+dTDP-глюкоза 4,6-дегидратазаSEQ. ID NO. 114SEQ. ID NO. 154
BI00320+консервативный гипотетический белокSEQ. ID NO. 115SEQ. ID NO. 155
BI00321+консервативный гипотетический белокSEQ. ID NO. 116SEQ. ID NO. 156
Bl00423t+Консервативная, предположительно, транспозазаSEQ. ID NO. 117SEQ. ID NO. 157
BI00322-IS1533,OrfBSEQ. ID NO. 118SEQ. ID NO. 158
BI00323 транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительноSEQ. ID NO. 119SEQ. ID NO. 159
BI00324-гликозилтрансфераза, предположительноSEQ. ID NO. 120SEQ. ID NO. 160
BI00325 консервативная сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстеразаSEQ. ID NO. 121SEQ. ID NO. 161
BI00326+гипотетическое семейство ацилтрансферазыSEQ. ID NO. 122SEQ. ID NO. 162
BI00327 консервативныый гипотетический мембранный белок с неизвестной функциейSEQ. ID NO. 123SEQ. ID NO. 163
BI00328-гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8SEQ. ID NO. 124SEQ. ID NO. 164
BI00329 белок семейства гипотетической гликозил трансферазы, групп 2SEQ. ID NO. 125SEQ. ID NO. 165
BI00330 полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белокSEQ. ID NO. 126SEQ. ID NO. 166
BI00331 Полисахарид, переносчик ABC, белок пермеазы, предположительноSEQ. ID NO. 127SEQ. ID NO. 167
BI00332+гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8SEQ. ID NO. 128SEQ. ID NO. 168
BI00333-УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназаSEQ. ID NO. 129SEQ. ID NO. 169
BI00334+гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/ дегидратазыSEQ. ID NO. 130SEQ. ID NO. 170
BI00335-мембранный белок, предположительноSEQ. ID NO. 131SEQ. ID NO. 171
BI00336-консервативный гипотетический белокSEQ. ID NO. 132SEQ. ID NO. 172
Пример 5 - Выделение и скрининг EPS-продуцирующего штамма бифидобактерий из образцов фекалий
Приготовление образца фекалий
Образцы фекалий собирали у субъектов с использованием системы сбора образцов из гигиенических приспособлений для ухода за лежачими больными (commode specimen collection) Kendall Precision. Собранные образцы хранили в замороженном состоянии в термоконтейнере с пакетированными охлаждающими элементами (cold pack) до обработки образцов. Для анализов использовались только образцы, взятые за последние двадцать четыре часа.
Образец 10,0 г смешанного материала фекалий помещают в пластиковый пакет для гомогенизатора, содержащий 90 мл солевого раствора. Суспензию обрабатывают в гомогенизаторе в течение 2 минут. Суспензию фильтруют через марлевый компресс, помещенный в воронку одноразового пользования. После фильтрации, 45 мл фильтрованного гомогената фекалий переносят в центрифужную пробирку для одноразового использования на 50 мл. Эту суспензию фекалий впоследствии используют для экстракции ДНК или для выделения бактерий.
Скрининг образцов фекалий с использованием трех анализов методом ПЦР в реальном времени TaqMan.
Получение ДНК образца фекалий. Получают осадок аликвоты 2,0 мл гомогената фекалий с помощью микроцентрифуги. Осадки ресуспендируют в 20 мг/мл лизозима в течение 2 часов при 37°С. ДНК экстрагируют с помощью набора QIAamp DNA Stool Mini Kit (Qiagen). Концентрацию ДНК измеряют с использованием метода анализа Pico Green (Molecular Probes). После измерения концентрации ДНК, ДНК хранят при 4°С.
Реакции ПНР в реальном времени TaqMan. Тестируемые образцы разбавляют до концентрации ДНК, равной 2 нг/мкл, так чтобы в 5 мкл содержалось в целом 10 нг ДНК. Образцы оценивют в общем с использованием трех отдельных методов анализа.
Готовят следующую реакционную смесь:
Вода15,75 мкл
10 мкМ прямого праймера1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ)
10 мкМ обратного праймера1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ)
10 мкМ зонда TaqMan1 мкл (конечная концентрация 200 нМ)
BSA (бычий сывороточный альбумин) (20 мг/мл)0,25 мкл (конечная концентрация 0,1 мкг/мл)
Универсальная реакционная смесь для ПЦР TaqMan25 мкл
Готовят общую смесь для ряда образцов для анализа. Аликвоту 45 мкл дозируют в каждую лунку 96-луночного микротитровального планшета, затем прибавляют в каждую лунку 5 мкл ДНК. Планшет кратковременно центрифугируют и помещают в термоциклер (АВ1 7900 НТ). Используют стандартный протокол термоциклирования TaqMan.
Программа TaqMan RT-PCR (ПЦР с обратной транскрипцией). Стандартный протокол количественного ПЦР-термоциклирования TaqMan выглядит следующим образом:
Стадия 1: 95°С в течение 10 минут (для активации полимеразы AmpliTaq Gold)
Стадия 2: 95°С в течение 15 секунд (стадия денатурации)
Стадия 3: 60°С в течение 60 секунд (стадия праймирования/полимеризации)
Стадии 2 и 3 повторяют 40 раз. Данные флуоресценции собирают на стадии 3.
Праймеры и зонды для трех анализов TaqMan RT-PCR. Образцы ДНК фекалий подвергают скринингу с использованием EPS ген-специфического анализа и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов (неизвестные гены UNK1 и UNK2). Конкретные используемые гены и наборы праймеров TaqMan для них приведены в Таблице 4 ниже.
Таблица 4
UCC 35624 набор праймеров для TaqMan PCR
Ген-мишеньНазваниеПоследовательность 5'-3'Начало в геномеКонец в геномеМетка зонда TaqMan
BI01615 (UNK-1)UNK1-F1CCATGAGCGGTTTCACGAA (SEQ ID NO. 4)145144614514285' 6-FAM
UNK1-R1TTGGACGGTGCCTGTGATTA (SEQ ID NO. 5)145139314514123' NFQ-MG
UNK1-MGB1CGGGCAATCAAC (SEQ ID NO. 6)14514261451415
BI02420t
(UNK-2)UNK2-
F1ACTTGACGTACCGTTTTGAGATTT
С (SEQ ID NO. 7)165647916565035' 6-FAM
UNK2-R1CTAAGCATGGCAAGGCTGATAGT (SEQ ID NO. 8)165656216565403' NFQ-MGB
UNK2-MGB1TGCGACCAACACGC (SEQ ID NO. 9)16565251656538
BI00783 (EPS)EPS-F1GGGTCCAATAAGAAGGTTCCATA TT (SEQ ID NO. 10)4564914565155' 6-FAM
EPS-R1GCATGTGCCAACAGCTCATC (SEQ ID NO. 11)4565914565723' TAMR
EPS-TAMRACGGATGACAAGGTAGATAATCCA GTGAGCCTATAC (SEQ ID NO. 12)456519456553
Образцы фекалий, демонстрировавшие высокую концентрацию ДНК по результатам ген-специфического анализа EPS B.infantis 35624, но негативные реакции при проведении В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов, использовались в дальнейшем для выделения потенциальных EPS-продуцирующих бактерий.
Пример 6 - Выделение и характеризация BL1207 из образцов фекалий.
Один миллилитр бактериальной суспензии (см. Пример 5 выше) переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10-1. Один миллилитр этого разбавления 10-1 переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10-2. Этот процесс повторяют до получения разбавления 10-10. Затем 0,1 мл каждого разбавления высеивают на поверхности пластин обогащенного агара для клостридий (RCA) (BD или эквивалентный) и пластин агара для Lactobacillus Man-Rogosa Sharpe (MRSA) (BD или эквивалентный). Пластины инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов.
После инкубации отбирают отдельные колонии (в общей сложности приблизительно 100 колоний) с пластин RCA и MRSA и высеивают штрихом на новые пластины для очистки изолята. Пластины с высеянными штрихом колониями инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов. После инкубации, чистые колонии, полученные на пластинках, используют для экстракции ДНК.
Скрининг изолятов фекалий с использованием трех анализов TaqMan ПЦР в реальном времени
Бактериальную ДНК экстрагируют с использованием системы Preman™ Ultra Sample Preparation Reagent and Protocol (Applied Biosystems). ДНК затем анализируют с использованием трех анализов TaqMan RT-PCR (EPS ген-специфический анализ [EPS-1] и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов [UNK1 и UNK2], как описано выше в Примере 5. Только один изолят продемонстрировал позитивный B.infantis 35624 EPS ген-специфический анализ, но негативные В.infantis 35624 неизвестный ген-специфические анализы. Этот изолят был затем идентифицирован путем секвенирования 16S рДНК.
Идентификация потенциально EPS-продуцирующего штамма путем секвенирования 16S рДНК.
Амплифицируют фрагмент гена 16S рРНК и секвенируют с использованием набора для ПЦР ABI Full Gene PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA).
(1) Амплификация гена 16S рРНК:
ПЦР-амплификацию проводят с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 со следующей программой:
Начальное выдерживание:95°С в течение 10 минут
30 циклов:95°С в течение 30 секунд (денатурация)
60°С в течение 30 секунд (отжиг)
72°С в течение 45 секунд (удлинение)
Конечное наращивание:72°С в течение 10 минут
(2) Секвенирование гена 16S рРНК:
Секвенирование затем проводят в термоциклере с использованием следующей программы:
25 циклов:96°С в течение 10 секунд (денатурация)
50°С в течение 5 секунд (отжиг)
60°С в течение 4 минут (удлинение)
Конечная стадиявыдерживание при 4°С
Продукт ПЦР-секвенирования далее очищают с помощью набора для выделения ДНК DyeEX™ 2.0 и секвенируют с помощью прибора 3130 xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA).
(3) Анализ данных последовательности:
Сравнение консенсусных последовательностей с последовательностями GenBank проводят с использованием Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Поиск в GenBank показал, что В infantis 35624 EPS ген-специфически позитивный, но В.infantis 35624 неизвестный ген-специфически негативный штамм представляет собой Bifidobacterium longum. Этот штамм обозначен BL1207.
Пример 7 - Выделение и скрининг EPS-экспрессирующих штаммов Bifidobacterium longum
Выделение бактериальных штаммов
Бактерии выделяют из тканей кишечника и/или образцов фекалий с использованием методологии, описанной в Примере 1 выше. В частности, штамм Bifidobacterium longum AH121A выделяют из ткани кишечника кошки и штамм Bifidobacterium longum AH1714 выделяют из ткани, полученной при биопсии толстой кишки здоровых людей.
Скрининг генного кластера EPS
Бактериальные штаммы подвергали скринингу на присутствие генов из кластера 1 EPS (Таблица 2 выше) и кластера 2 EPS (Таблица 3 выше) с использованием праймеров, перечисленных в Таблицах 5 и 6, ниже. Вкратце, для ПЦР-скрининга генного кластера EPS используют следующую методологию:
Инокулируют асептически 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) свежевыращенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры центрифугируют и ДНК выделяют из полученного осадка, используя процедуру экстракции Sigma™. Используют нанокаплю для установления концентрации ДНК в образце и образцы разбавляют обработанной диэтилпирокарбонатом стерильной водой до конечной концентрации 50 нг/мкл ДНК на образец. Образцы матричной ДНК используют в индивидуальных ПЦР-реакциях с наборами праймеров, перечисленными в Таблицах 5 и 6 ниже, в следующих условиях:
СтадияТемпература (°С)Время (с)
195240
29545
36045
47245стадии 2-4 повторяют 25 раз
54выдерживание
Праймеры были специально предназначены для амплификации продукта ПЦР размером приблизительно 500 пар оснований для 40 генов кластеров 1 и 2 EPS. Продукты ПЦР визуализируют после электрофореза на агарозном геле с соответствующей линейкой ДНК-маркеров молекулярного веса для сравнительного определения размера. Присутствие (ДА) или отсутствие (НЕТ) 500 п.о. продукта ПЦР указано в Таблицах 7 и 8 ниже.
Таблица 5
Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из кластера 1 EPS
ГенНазвание праймераLRFRПоследовательностьSEQ ID NO.
BI007781.01Ltat gtt gcc ggc att tat caSEQ ID NO. 13
BI007781.01Rtgc gcg ttc atg tea ata atSEQ ID NO. 14
BI007791.02Lggc gta gca agt tea agg agSEQ ID NO. 15
BI007791.02Raat aac cgc tgc agg aac acSEQ ID NO. 16
BI007801.03Lgtg cag gac ggt aat gga gtSEQ ID NO. 17
BI007801.03Rget teg ggt ctg gat cat taSEQ ID NO. 18
BI007811.04Ltgc tga caa gtg gag tct ggSEQ ID NO. 19
BI007811.04Rcca cgt eta cga gca act caSEQ ID NO. 20
BI007821.05Lgaa age gaa gag tgg tct ggSEQ ID NO. 21
BI007821.05Rccg get gat ttg atg aga ttSEQ ID NO. 22
BI007831.06Ltgc cgc tgt act ggt cacSEQ ID NO. 23
BI007831.06Rgca tgt gcc aac age teaSEQ ID NO. 24
BI007841.07Lcca аса cgt ate tgg cac tgSEQ ID NO. 25
BI007841.07Rteg gag cca aag aag gta gaSEQ ID NO. 26
BI007851.08Lata ccg cgt atg ctt tgg acSEQ ID NO. 27
BI007851.08Raaa egg taa cca etc get tgSEQ ID NO. 28
BI007861.09Latg gga teg atg cat gaa atSEQ ID NO. 29
BI007861.09Rttc teg gca ata aac cgt tcSEQ ID NO. 30
BI007871.10Lcca gcg gtt att teg ttg ttSEQ ID NO. 31
BI007871.10Rggt ggc atg ate ctt atg ctSEQ ID NO. 32
BI007881.11Lget ate ttc ace gca ttg gtSEQ ID NO. 33
BI007881.11Rcca gtc agg gaa ggt cac atSEQ ID NO. 34
BI007891.12Ltga aat аса cgc aac ccg taSEQ ID NO. 35
BI007891.12RaatgcgtcaaaaccgataccSEQ ID NO. 36
BI007901.13Lgga aag caa tga gga age tgSEQ ID NO. 37
BI007901.13Rgat ttg atg caa age aag caSEQ ID NO. 38
BI007911.14Lgtg agt ace gtt tec gca atSEQ ID NO. 39
BI007911.14Rttc ctt ggt tec cgt gat agSEQ ID NO. 40
BI007921.15Lget ggg att ttg gaa gtg aaSEQ ID NO. 41
BI007921.15Rtgt tac ccc egg cat aat aaSEQ ID NO. 42
BI007931.16Lace ggt aac gtt cag att gcSEQ ID NO. 43
BI007931.16Rgca ata ccg cct tga cct taSEQ ID NO. 44
BI007941.17Lttg tac cac cac acg tac egSEQ ID NO. 45
BI007941.17Rcgc gag ttc aat ggc tat gSEQ ID NO. 46
BI007951.18Lаса teg ace tec ate tec agSEQ ID NO. 47
BI007951.18Rata cgt aac age ggc tec acSEQ ID NO. 48
BI007961.19Laag tac gat gtg cgc tac caSEQ ID NO. 49
BI007961.19Rcat cac ggt cag gat gtc acSEQ ID NO. 50
BI007971.20Lcga ata cac gga cat caa egSEQ ID NO. 51
BI007971.20Rgag aat cga gca get gga acSEQ ID NO. 52
BI007981.21Ltgg gag agg agt tea teg acSEQ ID NO. 53
BI007981.21Rgta tec age cat gcg taa ccSEQ ID NO. 54
Таблица 6
Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из EPS кластера 2
ГенНазвание праймераLRFRПоследовательностьSEQ ID NO.
BI003192.01Lacg gac tea aaa cca cca tcSEQ ID NO. 55
BI003192.01Race ctg ctt ccg gta ctt ttSEQ ID NO. 56
BI003202.02Lgcc tac gca aga cct tat gcSEQ ID NO. 57
BI003202.02Rcgt tat acg cgt get tga gaSEQ ID NO. 58
BI003212.03Ltgg aac gca ata ttc aac gaSEQ ID NO. 59
BI003212.03Rcca agt atg get cca cga atSEQ ID NO. 60
BI00423t2.04Lacg cct gtc tat ggt tgg aaSEQ ID NO. 61
BI00423t2.04Regg tag gac teg ttc teg tcSEQ ID NO. 62
BI003222.05Lteg agg ttc gag gtg aag atSEQ ID NO. 63
BI003222.05Rcct gtt cga gaa gga gaa egSEQ ID NO. 64
BI003232.06Latg gaa gca tgt ggt cct tcSEQ ID NO. 65
BI003232.06Ratt tec tgg tgg tgt cgt tcSEQ ID NO. 66
BI003242.07Latg gcg aaa ctg ttg gac tcSEQ ID NO. 67
BI003242.07Rget ace gtg cct tct cat tcSEQ ID NO. 68
BI003252.08Lgee gaa teg ctt ttg aaa taSEQ ID NO. 69
BI003252.08Raaa tec tea teg ggg aaa acSEQ ID NO. 70
BI003262.09Lgtt tat ttt cgc cgt gee taSEQ ID NO. 71
BI003262.09Raat tec aat ggc ttt tgc tgSEQ ID NO. 72
BI003272.10Latg tgc gaa tec gac ata caSEQ ID NO. 73
BI003272.10Rtgc tta tct cgt ccc cat tcSEQ ID NO. 74
BI003282.11Lgca aaa tgc ttg get tct tcSEQ ID NO. 75
BI003282.11Rctg gat tec gat gat get ttSEQ ID NO. 76
BI003292.12Lctg cac gta teg gga ttt ttSEQ ID NO. 77
BI003292.12Retc ggc aga gga cag gat agSEQ ID NO. 78
BI003302.13Lgat cat cga cac gca atg acSEQ ID NO. 79
BI003302.13Rtaa ggc cat cct cat caa ggSEQ ID NO. 80
BI003312.14Ltct ggg gaa age agg tta tgSEQ ID NO. 81
BI003312.14Rctg tgc ggt ace tgt ttg tgSEQ ID NO. 82
BI003322.15Laat tac gtc ccg atg etc acSEQ ID NO. 83
BI003322.15Rcaa tac ace ggc ttg gaa gtSEQ ID NO. 84
BI003332.16Ltgt aga cct tgt cgc tea egSEQ ID NO. 85
BI003332.16Rgca teg gtg acg get ata atSEQ ID NO. 86
BI003342.17Lgtg etc gac aag ctg acg taSEQ ID NO. 87
BI003342.17Rgtg ttc cgc ata cca ate gSEQ ID NO. 88
BI003352.18Lggc gag tgc ace aaa taa atSEQ ID NO. 89
BI003352.18Rcga ttc cgt eta ttg gtt egSEQ ID NO. 90
BI003362.19Lata agt ccg gtg gca ate agSEQ ID NO. 91
BI003362.19Rcaa tgg atg ata egg tgc tgSEQ ID NO. 92
Таблица 7
Результаты скрининга гена кластера 1 EPS
ГенНабор праймеровB.longum 35624В.longum 1207В.longum АН121АВ.longum 1714
BI007781.01ДАДАНЕТДА
BI007791.02ДАДАНЕТДА
BI007801.03ДАДАНЕТДА
BI007811.04ДАДАДАДА
BI007821.05ДАДАДАДА
BI007831.06ДАДАДАДА
BI007841.07ДАДАДАДА
BI007851.08ДАДАДАДА
BI007861.09ДАДАДАДА
BI007871.10ДАДАДАДА
BI007881.11ДАДАДАНЕТ
BI007891.12ДАДАДАДА
BI007901.13ДАДАДАДА
BI007911.14ДАДАДАДА
BI007921.15ДАДАДАДА
BI007931.16ДАДАНЕТДА
BI007941.17ДАДАНЕТДА
BI007951.18ДАДАНЕТДА
BI007961.19ДАДАДАДА
BI007971.20ДАНЕТНЕТНЕТ
BI007981.21ДАДАДАДА
Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР.
Таблица 8
Результаты скрининга гена кластера 1 EPS
ГенНабор праймеровB.longum 35624В.longum 1207В.longum АН121АВ.longum 1714
BI003192.01ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003202.02ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003212.03ДАНЕТНЕТНЕТ
BI00423t2.04ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003222.05ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003232.06ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003242.07ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003252.08ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003262.09ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003272.10ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003282.11ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003292.12ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003302.13ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003312.14ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003322.15ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003332.16ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003342.17ДАНЕТНЕТНЕТ
BI003352.18ДАДАНЕТДА
BI003362.19ДАДАДАДА
Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР
Скрининг на агаре с конго красным
Скрининг на агаре с конго красным используют для фенотипического скрининга бактериальных штаммов, экспрессирующих EPS. Вкратце, 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) инокулируют асептически свежевырощенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры асептически высеивают штрихом на агаровые пластинки с конго красным и инкубируют анаэробно при 37°С в течение 48 часов. Считается, что EPS, продуцируемый как побочный продукт роста и/или метаболизма определенных штаммов, препятствует поглощению красителя конго красного, что приводит к образованию колоний сливочной/белой морфологии. Штаммы (stains), продуцирующие меньшее количество EPS, легко поглощают краситель конго красный, давая розовую/красную морфологию колоний. Штаммы, не продуцирующие EPS, окрашиваются в красный цвет и выглядят почти прозрачными на фоне красного агара.
На Фиг.6-12 представлены следующие наблюдавшиеся морфологии колоний:
Таблица 9
Морфологии колоний при скрининге на агаре с конго красным
Бактериальный штаммМорфологии колоний
В.longum 35624 (Фиг.6)Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum АН121А (Фиг.7)Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum AH1714 (Фиг.8)Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum AH0119 (Фиг.9)Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
В.breve UCC2003 (Фиг.10)Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
L.rhamnosus AH308 (Фиг.11)Плоские, полумукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
L.salivarius UCC1 (Фиг.12)Плоские, немукоидные, светлые/прозрачные колонии
Пример 8 - B.infantis 35624 и BL1207 индуцируют почти идентичные профили цитокинов в РВМС.
Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из свежей периферической крови человека, используя пробирки BD Vacutainer CPT (каталог BD 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в модифицированной по Дульбекко среде Игла (Dulbecco's MEM) (каталог Gibco 10569-010) плюс 25 мМ HEPES, 10% сыворотки плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Высеивают 2×105 РВМС (в 200 мкл DMEM) в каждую лунку 96-луночного культурального планшета.
Бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после достижения стационарной фазы. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. Для каждых условий роста строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС.
Бактерии (20 мкл в фосфатно-солевом буфере (PBS)) прибавляют в каждую лунку РВМС для получения общего числа бактерий, указанного для каждого эксперимента. Испытания проводились с тремя разными количествами бактерий: 1,25Е+07, 6,25Е+06 и 3,13Е+06 прибавляли в разные лунки с РВМС. Также проводился контроль без использования бактерий. Все анализы выполнялись с тремя параллельными измерениями. После 2 дней инкубирования при 37°С планшеты центрифугировали при 300×g и супернатанты удаляли и хранили в замороженном состоянии при -80°С до проведения анализа.
Цитокины в супернатантах культур анализировали с использованием 96-луночного набора для анализа фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008 В-1). Интерлейкин 1-бета человека (II-1b), интерлейкин 10 (II-10), интерлейкин 12р70 (II-12р70) и фактор некроза опухолей-альфа (TNFα) определяли количественно и выражали в пикограммах на миллилитр. Каждый образец анализировали с двумя параллельными измерениями.
Фиг.2-5 показывают результаты типичного эксперимента. Для каждого представленного цитокина, В.infantis 35624 и BL1207 индуцировали почти идентичные уровни цитокинов. Эти уровни очень сильно отличаются от уровней, индуцируемых тремя другими штаммами бифидобактерий, с которыми производилось сравнение.
Пример 9 - Бифидобактерии со схожими генами EPS и высоким уровнем продуцирования EPS индуцируют значительно повышенное соотношение IL-10:IL-12 по сравнению со штаммами, не имеющими этих генов.
Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из периферической крови здорового человека с помощью пробирок BD Vacutainer СРТ (BD каталог 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в Dulbecco's Modified Eagle Medium (модифицированная по Дульбекко среда Игла)-Glutamax™ (Glutamax (заменитель глутамина) + пируват + 4,5 г/л глюкозы (каталог Gibco 10569-010), 10% сыворотке плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Инкубируют РВМС (2×105 клеток на лунку) в плоскодонных 96-луночных планшетах и прибавляют 20 мкл бактериальной суспензии (с концентрацией 1×107 КОЕ/мл). Ко-инкубируют РВМС с бактериями в течение 48 часов при 37°С / 5% СО2 в инкубаторе. После 2-дневного периода инкубирования, планшеты центрифугируют при 300×g и супернатанты отбирают и хранят замороженными при -80°С до проведения анализа. Количественно определяют кровни интерлейкина-10 (IL-10) и интерлейкина-12р70 (IL-12p70) в супернатантах культур с использованием 96-луночного набора для анализов фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008B-1)
Бактерии готовят для экспериментов с сокультивированием в двух форматах, (а) Свежевырощенные бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. (b) Бактерии выращивают в анаэробных условиях при 37°С в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Лиофилизированные порошки получают для каждой из таких бактерий и хранят при -80°С во флаконах на 100 мг с предварительно отмерянными аликвотами. Непосредственно перед использованием, одну аликвоту каждого штамма вынимают из морозильной камеры и дают ей согреться до комнатной температуры. Каждый штамм промывают 3 раза по 10 мл раствора Рингера (ringers) с последующим центрифугированием. Каждый раз используют свежий флакон. Строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) для каждых условий выращивания и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС. Все эксперименты также включают безбактериальный контроль. Все анализы проводят с тремя параллельными измерениями.
Бифидобактерии, содержавшие многие гены EPS, проявляли схожий эффект воздействия на индукцию IL-10:IL-12, в то время как бактериальные штаммы, не содержащие гены EPS, индуцировали значительно более низкое соотношение IL-10:IL-12 (Фиг.13). Как свежевыращенные, так и лиофилизированные культуры проявляли аналогичный эффект, выражавшийся в том, что штаммы, содержащие схожие гены EPS, индуцировали более высокое соотношение IL-10:IL-12, чем штаммы, не содержащие этих генов.
Контроль воспалительных заболеваний проявляется на ряде уровней. Факторы контроля включают гормоны, простагландины, реакционноспособные промежуточные соединения кислорода и азота, лейкотриены и цитокины. Цитокины представляют собой низкомолекулярные биологически активные белки, вовлеченные в вырабатывание и контроль иммунологических и воспалительных ответов. Ряд клеточных типов продуцируют такие цитокины, причем основными источниками при воспалительных реакциях являются нейтрофилы, моноциты и лимфоциты вследствие их больших количеств на месте поражения.
Существуют многочисленные механизмы, по которым цитокины генерируют воспалительный ответ в местах воспаления. Хемотаксис стимулирует хоминг воспалительных клеток к месту повреждения, а определенные цитокины промотируют инфильтрацию клеток в ткань. Цитокины, выделяемые в пораженной ткани, приводят к активации воспалительного инфильтрата. Большинство цитокинов являются плейотропными и экспрессируют множество биологически перекрывающихся активностей. Неконтролируемые воспалительные ответы могут привести к заболеваниям, таким как IBD (болезнь раздраженного кишечника), и есть основания предполагать, что у лиц, страдающих такими болезнями, нарушено продуцирование цитокинов.
Интерлейкин-10 (IL-10) представляет собой противовоспалительный цитокин, который продуцируется многими типами клеток, включая моноциты, макрофаги, дендритные клетки, мастоциты и лимфоциты (в частности, регуляторные Т-клетки). IL-10 осуществляет понижающую регуляцию экспрессии провоспалительных цитокинов Th1, антигенов МНС класса II и костимулирующих молекул на антиген-презентирующих клетках. Он также увеличивает выживаемость В-клеток, пролиферацию и продуцирование антител. Этот цитокин может блокировать активность NF-κВ, вовлечен в регуляцию сигнального пути JAK-STAT. Исследования на нокаут-мышах продемонстрировали существенную роль IL-10 в иммунорегуляции, поскольку у IL-10KO-мышей развивался тяжелый колит. Кроме того, было показано, что бактерии, являющиеся сильными индукторами IL-10, промотируют дифференцировку регуляторных Т-клеток in vivo, тем самым внося свой вклад в иммунологический гомеостаз (O'Mahony et al., AJP 2006; O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008).
Интерлейкин-12 (IL-12) поедставляет собой провоспалительный цитокин, ассоциированный с поляризацией Th1-эффекторных Т-клеточных ответов и стимулирует продуцирование других провоспалительных Th1 цитокинов, таких как интерферон-гамма (IFN-γ) и фактор некроза опухолей-альфа (TNF-α), Т-клетками и природными клетками-убийцами (NK). Высокие уровни экспрессии IL-12 ассоциированы с аутоиммунитетом. Было показано, что введение IL-12 лицам, страдающим от аутоиммунных заболеваний, ухудшает симптомы болезни. В отличие от этого, IL-12-нокаут-мыши или введение мышам антител, нейтрализующих IL-12, ослабляло заболевание.
Воспалительный ответ контролируется цитокиновыми каскадами и сетями, а не действием конкретного цитокина на конкретный тип клеток. Относительные уровни экспрессии, или баланс, двух цитокинов (таких как IL-10 и IL-12) являются более информативными, чем экспрессия одного цитокина. В этих исследованиях мы стимулировали РВМС человека рядом различных бактериальных штаммов. Все штаммы индуцировали IL-10 и все штаммы индуцировали IL-12. Однако анализ соотношения между индукцией IL-10 и IL-12 показал, что некоторые бактериальные штаммы индуцировали более высокую величину соотношения (то есть, больше IL-10 и меньше IL-12) по сравнению с другими штаммами. Это важное наблюдение, поскольку именно баланс таких противодействующих сигналов в конечном счете определяет иммунологический исход. Ожидается, что высокое соотношение IL-10:IL-12 будет промотировать противовоспалительный ответ, ассоциированный с соответствующей иммунорегуляторной активностью, в то время как низкое соотношение IL-10:IL-12 будет способствовать ТП1-поляризации иммунного ответа. Таким образом, соотношение IL-10:IL-12 РВМС является важным критерием выбора при идентификации бактериальных штаммов, обладающих иммунорегуляторными свойствами.
Размеры и значения величин, раскрытые тут, не следует понимать как строго ограниченные приведенными точными численными значениями. Вместо этого, если не указано иное, каждый такой размер должен обозначать как приведенное значение, так и функционально эквивалентый интервал, окружающий данное значение. Например, размер, раскрытый как "40 мм", должен обозначать "примерно 40 мм".
Все документы, упоминаемые в детальном описании изобретения, в релевантной части, включаются сюда в качестве ссылок; упоминание любого документа не должно истолковываться как допущение того, что он представляет собой известный уровень техники по отношению к настоящему изобретению. В той степени, в которой любое значение или определение термина в данном документе противоречит любому значению или определению этого же термина в документе, включенном в качестве ссылки, главенствующим должно считаться значение или определение, указанное для такого термина в данном документе.
Хотя были проиллюстрированы и описаны конкретные варианты исполнения настоящего изобретения, квалифицированным специалистам в данной области техники должно быть очевидно, что различные другие изменения и модификации могут быть выполнены без выхода за пределы сущности и объема изобретения. Поэтому предполагается, что приложенная формула изобретения будет охватывать все такие изменения и модификации, входящие в объем настоящего изобретение.
Литература
Altschul, S.F., Madden, T.L, Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. and Lipman, D.J. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25, 3389-3402.
Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W. and Lipman D.J. (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215: 403-410.
Bateman, A., Birney, E., Cerruti, L, Durbin, R., Etwiller, L, Eddy, S.R., Griffiths-Jones, S., Howe, K.L., Marshall, M., and Sonnhammer, E.L. (2002). The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 30, 276-280.
Bendtsen J.D., Nielsen H., von Heijne G. and Brunak S. (2004) Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0. J Mol Biol. 340: 783-795.
Bouhnik Y. Survival And Effects Of Bacteria Ingested In Fermented Milk In Man Lait 73(2): 241-247 1993
Busch W., Saier M.H. The Transporter Classification (TC) system, 2002 Critical Reviews In Biochemistry And Molecular Biology 37 (5): 287-337 2002
Chevalier, P. et al. (1990) J. Appl. Bacteriol 68, 619-624)
Coutinho & Henrissat, 1999
Delcher A.L., Harmon D., Kasif S., White O., Salzberg S.L. Improved microbial gene identification with GLIMMER Nucleic Acids Research 27 (23): 4636-4641 DEC 1 1999
Eddy, S.R. The HMMER software tools, (http://hmmer.janelia.org/). http://hmmerjaneliaorg/.
Eddy S.R. A memory-efficient dynamic programming algorithm for optimal alignment of a sequence to an RNA secondary structure BMC BIOINFORMATICS 3: Art. No. 18 2002
Green, P. The Phred/Phrap/Consed system home page (http://www.phrap.org). http://wwwphraporg.
Griffiths-Jones S., Moxon S., Marshall M., Khanna A., Eddy S.R., Bateman A. Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes Nucleic Acids Research 33: D121-D124 Sp. Iss. SI JAN 1 2005
Krogh A., Larsson В., von Heijne G., Sonnhammer E.L.L., Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes Journal Of Molecular Biology 305 (3): 567-580 JAN 19 2001
Kurtz S., Schleiermacher C. REPuter: fast computation of maximal repeats in complete genomes Bioinformatics 15 (5): 426-427 MAY 1999
Lowe T.M., Eddy S.R. tRNAscan-SE: A program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence Nucleic Acids Research 25 (5): 955-964 MAR 1 1997
Liu M., van Enckevort F.H., Siezen R.J., Genome update: lactic acid bacteria genome sequencing is booming Microbiology 2005, vol 151 pp 3811-3814
McCarthy et al., 2004
O'Mahony L., McCarthy J., Kelly P., Hurley G., Luo F., Chen K., O'Sullivan G.C., Kiely В., Collins J.K., Shanahan F., Quigley E.M. Lactobacillus and bifidobacterium in irritable bowel syndrome: symptom responses and relationship to cytokine profiles. Gastroenterology. 2005 Mar, 128(3):541-51.
O'Mahony et al., AJP 2006
O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008
Riley, 1993
Riley, 1998a
Rutherford, K., Parkhill, J., Crook, J., Horsnell, Т., Rice, P., Rajandream, M.A., and Barrell, B. (2000). Artemis: sequence visualization and annotation. Bioinformatics 16, 944-945.
Salzberg S., Delcher A.L., Fasman K.H., Henderson J. A decision tree system for finding genes in DNA Journal Of Computational Biology 5 (4): 667-680 WIN 1998
Suzek, B.E., Ermolaeva, M.D., Schreiber, M., and Salzberg, S.L. (2001). A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes. Bioinformatics 17, 1123-1130.
Tatusov, R.L, The XUGNITOR software ftp://ftp.ncbi.nih.g0v/pub/COG/old/util/xugnitor.c.
Volfovsky et al, 2001
Wheeler et al, 2005
