Последовательности 3'-utr для стабилизации рнк - RU2018112325A
Код документа: RU2018112325A
Формула
1. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая, в направлении транскрипции 5' → 3':
(a) промотор;
(b) транскрибируемую последовательность нуклеиновой кислоты или последовательность нуклеиновой кислоты для введения транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты; и
(c) последовательность нуклеиновой кислоты, которая, будучи транскрибированной под контролем промотора (a), кодирует 3'-нетранслируемую область транскрипта, причем указанная 3'-нетранслируемая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая выбрана из группы, состоящей из:
(c-1) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области FCGRT, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-2) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области LSP1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-3) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области CCL22, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-4) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-5) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области PLD3, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-6) последовательности нуклеиновой кислоты некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-7) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области HLA-DRB4, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
и
(c-8) любой комбинации двух или более последовательностей нуклеиновой кислоты, фрагментов и/или вариантов, обозначенных под номером (c-1), (c-2), (c-3), (c-4), (c-5), (c-6) и (c-7).
2. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 1, где последовательности нуклеиновой кислоты (b) и (c) под контролем промотора (a) могут быть транскрибированы с образованием общего транскрипта, в котором последовательность нуклеиновой кислоты, транскрибированная с последовательности нуклеиновой кислоты (c), является активной в отношении повышения эффективности трансляции и/или стабильности последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированной с транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты (b).
3. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 1 или 2, где последовательность нуклеиновой кислоты (c-4) 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмент или вариант указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента содержат последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO: 86-89, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
4. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-3, где последовательность нуклеиновой кислоты (c-4) 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмент или вариант указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента содержат последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательности нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 86, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
5. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-4, где (c-6) последовательность нуклеиновой кислоты некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмент или вариант указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента содержат последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO: 105-121, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
6. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-5, где последовательность нуклеиновой кислоты (c-6) некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмент или вариант указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента содержат последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательности нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 115, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
7. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-6, где последовательность нуклеиновой кислоты (c8) содержит комбинацию двух или более идентичных или отличающихся последовательностей нуклеиновой кислоты, фрагментов и/или вариантов, обозначенных (c-1), (c-2), (c-3), (c-4), (c-5) (c-6) и (c-7).
8. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-7, где последовательность нуклеиновой кислоты (c8) содержит комбинацию последовательности нуклеиновой кислоты (c-4) 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента и последовательности нуклеиновой кислоты (c-6) некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
9. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 8, где последовательность нуклеиновой кислоты (c-4) 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмент или вариант указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента расположены в направлении 5’ от последовательности нуклеиновой кислоты (c-6) некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
10. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 8 или 9, где комбинация последовательности нуклеиновой кислоты (c-4) 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента и последовательности нуклеиновой кислоты (c-6) некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента содержит последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательности нуклеиновой кислоты под SEQ ID NO: 174, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента.
11. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-10, дополнительно содержащая (d) последовательность нуклеиновой кислоты, которая, будучи транскрибированной под контролем промотора (a), кодирует последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, необязательно содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов А.
12. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 11, где указанная полиадениловая последовательность содержит по меньшей мере 20 нуклеотидов A, предпочтительно по меньшей мере 40, по меньшей мере 80, по меньшей мере 100 или по меньшей мере 120 нуклеотидов A, предпочтительно последовательных нуклеотидов A.
13. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 11 или 12, где указанная последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащая нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, представляет собой последовательность, предпочтительно произвольную последовательность, из 2 или более последовательных нуклеотидов, где первый и последний нуклеотиды указанной последовательности из 2 или более последовательных нуклеотидов представляют собой нуклеотиды, отличные от нуклеотида A.
14. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-13, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты (d) представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты, которая, будучи транскрибированной под контролем промотора (a), кодирует последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, и которая характеризуется более высокой стабильностью при размножении указанной молекулы нуклеиновой кислоты в Escherichia coli по сравнению с молекулой нуклеиновой кислоты, которая вместо указанной последовательности нуклеиновой кислоты (d)предусматривает последовательность нуклеиновой кислоты (d)’, которая, будучи транскрибированной под контролем промотора (a), кодирует полиадениловую последовательность такой же длины, что и указанная последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A.
15. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-14, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, необязательно содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, содержит по меньшей мере 80 нуклеотидов, предпочтительно по меньшей мере 90 или 100 нуклеотидов.
16. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-15, где указанная последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащая нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, расположена в пределах участка от положения 21 до положения 80, предпочтительно от положения 21 до положения 60, более предпочтительно от положения 31 до положения 50 указанной полиадениловой последовательности.
17. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-16, где указанной последовательности из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащей нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, предшествуют по меньшей мере 20 остатков A в указанной полиадениловой последовательности и/или за ней расположены по меньшей мере 20 остатков A в указанной полиадениловой последовательности.
18. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-17, где длина указанной последовательности из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащей нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, составляет по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 8, предпочтительно по меньшей мере 10, более предпочтительно по меньшей мере 15 нуклеотидов.
19. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-18, где длина указанной последовательности из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащей нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, составляет не более 50, предпочтительно не более 30, более предпочтительно не более 20 нуклеотидов.
20. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-19, где указанная последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащая нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, не содержит более 3, предпочтительно не более 2, предпочтительно не содержит последовательных остатков A.
21. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-20, где последовательности нуклеиновой кислоты (b), (c) и (d) под контролем промотора (a) могут быть транскрибированы с образованием общего транскрипта.
22. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 21, где последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированные с последовательностей нуклеиновой кислоты (c) и необязательно (d), являются активными в отношении повышения эффективности трансляции и/или стабильности последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированной с транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты (b).
23. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 11-22, где в транскрипте указанная последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, необязательно содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A, расположена на 3'-конце.
24. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23, которая представляет собой замкнутую кольцевую молекулу или линейную молекулу.
25. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-24, где транскрибируемая последовательность нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую пептид или белок, а последовательность нуклеиновой кислоты для введения транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты представляет собой сайт множественного клонирования.
26. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-25, дополнительно содержащая один или несколько элементов, выбранных из группы, состоящей из: (i) репортерного гена; (ii) селектируемого маркера и (iii) точки начала репликации.
27. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-26, которая подходит, в частности после линеаризации, для in vitro транскрипции РНК, в частности мРНК.
28. РНК, получаемая в результате транскрипции, предпочтительно in vitro транскрипции, с применением молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-27 в качестве матрицы.
29. РНК, содержащая, в направлении 5' → 3':
(a) 5'-нетранслируемую область;
(b) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую пептид или белок; и
(c) 3'-нетранслируемую область, причем указанная 3'-нетранслируемая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая выбрана из группы, состоящей из:
(c-1) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области FCGRT, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-2) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области LSP1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-3) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области CCL22, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-4) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-5) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области PLD3, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-6) последовательности нуклеиновой кислоты некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(c-7) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области HLA-DRB4, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
и
(c-8) любой комбинации двух или более последовательностей нуклеиновой кислоты, фрагментов и/или вариантов, обозначенных (c-1), (c-2), (c-3), (c-4), (c-5), (c-6) и (c-7).
30. РНК по п. 29, дополнительно содержащая (d) последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, необязательно содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A.
31. РНК по п. 30, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты (d) расположена на 3'-конце указанной РНК.
32. РНК по любому из пп. 29-31, где последовательности нуклеиновой кислоты (c) и необязательно (d) являются активными в отношении повышения эффективности трансляции и/или стабильности последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей пептид или белок.
33. РНК по любому из пп. 29-32, дополнительно содержащая (e) 5’-кэп.
34. Способ получения РНК, предусматривающий:
(i) обеспечение молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-27, и
(ii) обеспечение транскрибирования РНК с применением молекулы нуклеиновой кислоты в качестве матрицы.
35. Способ получения пептида или белка, предусматривающий:
(i) получение РНК, кодирующей пептид или белок, в соответствии со способом по п. 34, и
(ii) обеспечение трансляции РНК.
36. Способ по п. 34 или 35, отличающийся тем, что он дополнительно предусматривает, перед транскрипцией молекулы нуклеиновой кислоты, расщепление молекулы нуклеиновой кислоты.
37. Способ получения РНК, предусматривающий:
(i) присоединение последовательности нуклеиновой кислоты (b), которая, будучи транскрибированной, кодирует 3'-нетранслируемую область, к 3'-концу транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты (a), содержащей последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую пептид или белок, и
(ii) обеспечение транскрибирования полученной нуклеиновой кислоты,
причем указанная 3'-нетранслируемая область содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая выбрана из группы, состоящей из:
(b-1) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области FCGRT, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-2) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области LSP1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-3) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области CCL22, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-4) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области AES, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-5) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области PLD3, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-6) последовательности нуклеиновой кислоты некодирующей РНК MT-RNR1, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
(b-7) последовательности нуклеиновой кислоты 3'-нетранслируемой области HLA-DRB4, ее фрагмента или варианта указанных последовательности нуклеиновой кислоты или фрагмента,
и
(b-8) любой комбинации двух или более последовательностей нуклеиновой кислоты, фрагментов и/или вариантов, обозначенных (b-1), (b-2), (b-3), (b-4), (b-5), (b-6) и (b-7).
38. Способ по п. 37, где последовательности нуклеиновой кислоты (a) и (b) могут быть транскрибированы с образованием общего транскрипта, в котором последовательность нуклеиновой кислоты, транскрибированная с последовательности нуклеиновой кислоты (b), является активной в отношении повышения эффективности трансляции и/или стабильности последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированной с транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты (a).
39. Способ по п. 37 или 38, который дополнительно предусматривает присоединение к 3'-концу последовательности нуклеиновой кислоты (b) последовательности нуклеиновой кислоты (c), которая, будучи транскрибированной, кодирует последовательность нуклеиновой кислоты, которая представляет собой полиадениловую последовательность, необязательно содержащую, в пределах полиадениловой последовательности, последовательность из одного или нескольких последовательных нуклеотидов, содержащую нуклеотиды, отличные от нуклеотидов A.
40. Способ по п. 39, где последовательности нуклеиновой кислоты (a), (b) и (c) могут быть транскрибированы с образованием общего транскрипта, в котором последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированные с последовательностей нуклеиновой кислоты (b) и необязательно (c), являются активными в отношении повышения эффективности трансляции и/или стабильности последовательности нуклеиновой кислоты, транскрибированной с транскрибируемой последовательности нуклеиновой кислоты (a).
41. Способ получения пептида или белка, предусматривающий:
(i) получение РНК с помощью способа по любому из пп. 37-40 и
(ii) обеспечение трансляции РНК.
42. Способ по любому из пп. 34-41, где транскрипцию осуществляют in vitro.
43. РНК, получаемая с помощью способа по любому из п. 34, пп. 36-40 и п. 42.
44. Способ получения пептида или белка, предусматривающий обеспечение трансляции РНК по любому из пп. 28-33 и п. 43.
45. Применение РНК по любому из пп. 28-33 и п. 43 для трансфицирования клетки-хозяина.
46. Применение по п. 45, где клетка-хозяин представляет собой антиген-представляющую клетку, в частности дендритную клетку, моноцит или макрофаг.
47. Применение РНК по любому из пп. 28-33 и п. 43 для вакцинации.
48. Применение РНК по любому из пп. 28-33 и п. 43 для перепрограммирования соматических клеток в клетки, обладающие характеристиками стволовых клеток.
