Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток - RU2019123067A
Код документа: RU2019123067A
Формула
1. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterium limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
2. Композиция по п. 1, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
3. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
4. Композиция по п. 3, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
5. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
6. Композиция по п. 5, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
7. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
8. Композиция по п. 7, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
9. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
10. Композиция по п. 9, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
11. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Subdoligranulum sp., и Eubacterum limosum.
12. Композиция по п. 11, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
13. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis.
14. Композиция по п. 13, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
15. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26.
16. Композиция по п. 15, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
17. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21.
18. Композиция по п. 17, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
19. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11.
20. Композиция по п. 19, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
21. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26.
22. Композиция по п. 21, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
23. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21.
24. Композиция по п. 23, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
25. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10.
26. Композиция по п. 25, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
27. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11.
28. Композиция по п. 27, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
29. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52.
30. Композиция по п. 29, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
31. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47.
32. Композиция по п. 31, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
33. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37.
34. Композиция по п. 33, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
35. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52.
36. Композиция по п. 35, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
37. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47.
38. Композиция по п. 37, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
39. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, или SEQ ID NO:36.
40. Композиция по п. 39, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
41. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37.
42. Композиция по п. 41, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
43. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO.
44. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales.
45. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales, и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales.
46. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере 25% бактериальных штаммов принадлежит семейству Bacteroidaceae.
47. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов принадлежит роду Bacteroides.
48. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция не включает бактериальные штаммы, которые принадлежат отряду Bacteriodales.
49. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов являются спорообразующими.
50. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов находятся в форме споры.
51. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция содержит только облигатно-анаэробные бактериальные штаммы.
52. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов не имеют ген устойчивости к антибиотику.
53. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ген устойчивости к антибиотику придает бактериальному штамму устойчивость к ванкомицину.
54. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где бактериальные штаммы представляют собой бактерии, встречающиеся у человека.
55. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где бактериальные штаммы происходят из одного или более человеческих доноров.
56. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция индуцирует пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ Т-клеток.
57. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция представляет собой фармацевтическую композицию.
58. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент.
59. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для перорального применения.
60. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для ректального введения.
61. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник.
62. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку.
63. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов лиофилизирован.
64. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция находится в форме капсулы.
65. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
66. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств.
67. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство.
68. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое средство представляет собой противораковое иммунотерапевтическое средство.
69. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое иммунотерапевтическое средство представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа.
70. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
71. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор.
72. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
73. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит один или более цитокинов.
74. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21.
75. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более костимулирующих средств.
76. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где костимулирующее средство представляет собой CD-28, ОХ-40, 4-1ВВ, или CD40 антитело.
77. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одну или более вакцин.
78. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
79. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция комбинирована с терапией адоптивного переноса клеток.
80. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных Т-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
81. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств.
82. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противовоспалительное средство представляет собой NSAID.
83. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
84. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта.
85. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к присутствию одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
86. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не присутствовали в кишечнике субъекта.
87. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к приживлению одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
88. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не были внедрены в кишечник субъекта.
89. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
90. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции, внедренных в кишечник субъекта.
91. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
92. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции, внедренных в кишечник субъекта.
93. Пищевой продукт, содержащий композицию по любому из предшествующих пунктов и питательное вещество.
94. Вакцина, содержащая композицию по любому из пп. 1-92 и антиген.
95. Вакцина по п. 94, где антиген представляет собой ВИЧ антиген.
96. Вакцина по п. 94 или 95, где антиген представляет собой антиген гепатита.
97. Способ лечения заболевания у субъекта, причем способ включает введение композиции по любому из пп. 1-92 субъекту в эффективном количестве для лечения заболевания.
98. Способ по п. 97, где введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
99. Способ по п. 97 или 98, где пролиферация и/или аккумуляция CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с пролиферацией и/или аккумуляцией CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта до введения композиции.
100. Способ по любому из пп. 97-99, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
101. Способ по любому из пп. 97-100, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200%, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
102. Способ по любому из пп. 97-101, где субъект страдает от рака.
103. Способ по любому из пп. 97-102, где раком является карцинома, глиома, мезотелиома, меланома, лимфома, лейкимия, аденокарцинома, рак молочной железы, рак яичников, рак шейки матки, глиобластома, множественная миелома, рак предстательной железы, Лимфома Беркита, рак головы и шеи, рак толстой кишки, рак ободочной кишки, немелкоклеточный рак легких, мелкоклеточный рак легких, рак пищевода, рак желудка, рак поджелудочной железы, гепатобилиарный рак, рак желчного пузыря, рак тонкого кишечника, рак прямой кишки, рак почек, рак мочевого пузыря, рак предстательной железы, рак полового члена, рак уретры, рак яичка, рак влагалища, рак матки, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечников, панкреотический эндокринный рак, карциноидный рак, рак костей, рак кожи, ретинобластома, Лимфома Ходжкина, неходжкинская лимфома, Саркома Капоши, многоочаговая болезнь Кастлемана, AIDS-связанная первичная эффузионная лимфома, нейроэктодермальная опухоль, или рабдомиосаркома.
104. Способ по любому из пп. 97-103, где раком является рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, немелкоклеточный рак легких, уротелиальная карцинома, меланома, или почечно-клеточная карцинома.
105. Способ по любому из пп. 97-104, где субъект подвергается лучевой терапии.
106. Способ по любому из пп. 97-105, дополнительно включающий введение одного или более противораковых средств.
107. Способ по любому из пп. 97-106, где противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство.
108. Способ по любому из пп. 97-107, где противораковое средство представляет собой средство противораковой иммунотерапии.
109. Способ по любому из пп. 97-108, где средство противораковой иммунотерапии представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа.
110. Способ по любому из пп. 97-109, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
111. Способ по любому из пп. 97-110, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор.
112. Способ по любому из пп. 97-111, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
113. Способ по любому из пп. 97-112, дополнительно включающий введение одного или более цитокинов.
114. Способ по любому из пп. 97-113, где цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21.
115. Способ по любому из пп. 97-114, дополнительно включающий введение одного или более костимулирующих средств.
116. Способ по любому из пп. 97-115, где костимулирующее средство представляет собой CD-28, ОХ-40, 4-1ВВ, или CD40 антитело.
117. Способ по любому из пп. 97-116, дополнительно включающий введение одной или более вакцин.
118. Способ по любому из пп. 97-117, где вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
119. Способ по любому из пп. 97-118, дополнительно включающий введение терапии адоптивного переноса клеток.
120. Способ по любому из пп. 97-119, где терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных Т-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
121. Способ по любому из пп. 97-120, где субъект страдает от инфекционного заболевания.
122. Способ по любому из пп. 97-121, где инфекционным заболеванием является бактериальная инфекция, вирусная инфекция, паразитическая инфекция, или грибковая инфекция.
123. Способ по любому из пп. 97-122, где инфекционным заболеванием является вирусная инфекция.
124. Способ по любому из пп. 97-123, где вирусная инфекция представляет собой ВИЧ.
125. Способ по любому из пп. 97-124, где субъект страдает от аутоиммунного заболевания или аллергического заболевания.
126. Способ по любому из пп. 97-125, где композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств.
127. Способ по любому из пп. 97-126, где противовоспалительным средством является NSAID.
128. Способ по любому из пп. 97-127, где композицию в вводят в виде более чем одной дозы.
129. Способ, включающий
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных видов присутствуют, композицию вводят субъекту.
130. Способ по п. 129, где лечением рака является иммунотерапевтическое лечение рака.
131. Способ по п. 129 или 130, где субъект подвергается или будет подвергаться лечению рака.
132. Набор для осуществления сопутствующего диагностического способа по п. 129, включающий определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта.
133. Способ определения стоит ли ожидать у субъекта положительного ответа на лечение рака, причем способ включает
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, субъект не должен положительно реагировать на лечение рака.
134. Способ уменьшения риска вирусной инфекции у субъекта, причем способ включает
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных видов присутствуют, композицию вводят субъекту,
таким образом, уменьшая риск вирусной инфекции у человека.
135. Способ по п. 133 или 134, где определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования фекалий субъекта.
136. Способ по любому из пп. 133-135, где определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования 16S rДНК последовательностей фекалий субъекта.
137. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательностям со следующими номерами доступа NCBI: LN998073, KR822463, СР011531, NR_112945, NZ-ACWW00000000, АВ331897, АВ261128, NZ-CAEG00000000, АВ470343, АВ595134, НЕ974920, NR_112933, АВ490801, NZ-ACWB00000000, AY608696, CR626927, АВ247141, NR_112935, АВ249652, NR_113076 или AF139525.
138. Композиция по п. 137, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
139. Композиция по п. 137 или 138, где один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные последовательностям указанных номеров доступа.
140. Композиция, которая индуцирует или активирует CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки, причем композиция включает
один или более очищенных бактериальных штаммов, собранных из экскрементов человека, которые обладают устойчивостью к ампициллину; или
супернатант культуры согласно (i).
141. Композиция по п. 140, где композиция содержит очищенную бактериальную смесь, содержащую (а) один или более бактериальных штаммов, принадлежащих к виду, выбранному из группы, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525; или
(b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность на по меньшей мере 97% гомологичную 16S rРНК последовательности видов, выбранных из группы, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525.
142. Композиция по п. 140, где композиция содержит очищенную бактериальную смесь, содержащую (а) один или более бактериальных штаммов, принадлежащих виду, выбранному из группы, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920; или
(b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность на по меньшей мере 97% гомологичную 16S rРНК последовательности вида, принадлежащего группе, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920.
143. Композиция по любому из пп. 140-142, где CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки экспрессируют CD103 или Гранзим В.
144. Композиция по любому из пп. 140-143, где композиция активирует иммунную систему.
145. Способ активации иммунной системы, причем способ включает введение субъекту композиций по любому из пп. 140-144.
146. Способ активации CD8+ IFNγ-гамма продуцирующих Т-клеток, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144.
147. Способ индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где введение приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
148. Способ лечения, содействия в лечении, и/или профилактики рака или вирусной инфекции, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-143, где введение приводит к лечению, содействию в лечении, и/или профилактике рака или вирусной инфекции.
149. Вакцинная композиция, содержащая антиген, происходящий из составляющих и/или метаболитов бактериальных видов композиций по любому из пп. 140-144.
150. Способ индукции иммунного ответа у субъекта, причем способ включает введение субъекту вакцинной композиции по п. 149, где введение приводит к индукции иммунного ответа у субъекта.
151. Композиция, содержащая химическое вещество, которое обладает антибактериальной активностью в отношении любого из бактериальных видов композиции по любому из пп. 140-144, или химическое вещество, которое связывается с физиологически активным веществом, секретированным из любого из бактериальных видов композиции по любому из пп. 140-144.
152. Способ подавления CD8+ и IFNγ продуцирующих Т-клеток у субъекта, причем способ включает введение субъекту композиции по п. 151.
153. Способ профилактики, лечения или улучшения заболевания, происходящего в результате сверхактивации CD8+ и IFNγ-продуцирующих Т-клеток у субъекта, причем способ включает введение субъекту вакцинной композиции по п. 151.
154. Физиологически активное вещество, происходящее из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
155. Бактериальный специфический антиген любого из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
156. Антитело, которое специфически связывается с любым из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
157. Полинуклеотид для обнаружения специфической к бактериальному виду нуклеотидной последовательности любого из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
158. Животная модель, содержащая нечеловеческое млекопитающее, где желудочнокишечный тракт нечеловеческого млекопитающего был инокулирован бактериальными видами по любому из пп. 140-144.
159. Животная модель по п. 158, где нечеловеческое млекопитающее имеет заболевание, происходящее в результате неправильной регуляции CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки.
160. Набор для оценки активации CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток, причем набор содержит: клетки кишечного эпителия, мононуклеарные клетки периферической крови, и бактериальный вид по любому из пп. 140-144.
161. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, где вещество индуцирует активацию CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. позволению безмикробному животному, не относящемуся к человеку, поглотить физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или бактерии,
ii. обнаружение количества или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте безмикробного животного, не относящегося к человеку,
где если активация CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток обнаружена, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, которое может активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетокки.
162. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, где вещество индуцирует пролиферацию или активацию CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
добавление физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий к клеткам кишечного эпителия в системе, содержащей клетки кишечного эпителия и мононуклеарные клетки периферической крови,
обнаружения числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в указанной системе,
где если активация CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток обнаружена, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, которое может активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетокки.
163. Способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. добавление физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, содержащихся в композиции по любому из пп. 140-144, в систему, содержащую клетки кишечного эпителия и мононуклеарные клетки периферической крови,
ii. добавление тестируемого вещества,
iii. обнаружение числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в указанной системе,
где если число или активность обнаруженных CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток увеличивается, тестируемое вещество идентифицируется как вещество, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
164. Способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. добавление тестируемого вещества к не относящемуся к человеку животному по п. 159,
ii. обнаружение числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте не относящегося к человеку животного,
где если число или активность CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается, тестируемое вещество идентифицировано как вещество, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
165. Композиция для стимуляции иммунитета, причем композиция включает, в качестве активного ингредиента, кишечную бактерию человека или физиологически активное вещество, происходящее из бактерии, полученные посредством способа скрининга согласно любому из п.п. 161-164.
166. Композиция по п. 165, где композиция вызывает активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
167. Вакцинная композиция, содержащая, в качестве активного ингредиента, одну или более кишечную бактерию человека, полученную способом скрининга по любому из пп. 161-164, или один или более антигенов, специфичных для указанной одной или более кишечных бактерий человека.
168. Способ скрининга вещества, имеющего активность индуцировать или осложнять заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, причем способ включает
позволение поглощения тестируемого вещества не относящимся к человеку животным по п. 158,
обнаружение степени связанного с заболеванием повреждения, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, у указанного не относящегося к человеку животного,
где тестируемое вещество идентифицировано как вещество, которое индуцирует заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, когда степень повреждения, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается по сравнению с отсутствием добавления соединения или добавлением плацебо.
169. Композиция для индукции или обострения заболевания, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, где композиция содержит, в качестве активного ингредиента, вещество, полученное способом скрининга по п. 168.
170. Композиция, содержащая обработанный образец человеческих фекалий, где обработанный образец человеческих фекалий получают посредством контакта образца человеческих фекалий с эффективным количеством ампициллина, и где обработанный образец человеческих фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток.
171. Способ лечения заболевания у субъекта, причем способ включает введение субъекту композиции по п. 170 в эффективном количестве для лечения заболевания у субъекта.
172. Способ по п. 171, где заболеванием является рак или инфекция.
173. Способ определения индуцирует ли образец человеческих фекалий пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ Т-клеток, причем способ включает:
инокуляцию безмикробной мыши образцом фекалий субъекта человека, и
определение индуцирует ли образец человеческих фекалий пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток у безмикробной мыши.
174. Способ определения донора человеческих фекалий, причем способ включает:
инокуляцию безмикробной мыши образцом фекалий субъекта человека, и
определение индуцирует ли образец фекалий пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток, где если образец фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток, человеческий объект идентифицируется как донор человеческих фекалий.
175. Способ анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта, причем способ включает
анализ уровней экспрессии маркера, где маркер индуцирован посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящий из опухолевых антигенов лиганд-специфический TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
176. Набор для анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта после индукции, где маркер индуцирован посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, опухолевый антиген, происходящий из лиганд- специфического TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
177. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, причем способ включает
позволение нечеловеческому животному, несущему опухоль, поглотить физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или бактерии,
обнаружение экспрессии маркера в лимфоцитах, выделенных из несущего опухоль нечеловеческого животного,
где если увеличений уровней экспрессии маркера обнаружено, физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли; и
где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, опухолевый антиген, происходящий из лиганд-специфического TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
178. Сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, причем способ включает
анализ уровней экспрессии маркера в лимфоцитах до и после индукции посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144 с совместным введением ингибитора контрольных точек иммунного ответа или без него,
где если уровни экспрессии маркера в лимфоцитах субъекта увеличены на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 субъекту, терапию продолжают,
где если уровни экспрессии в лимфоцитах субъекта не увеличены по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 прекращают или повторно анализируют после повторного введения композиции по любому из пп. 140-144 субъекту.
179. Способ по любому из пп. 175, 177, или 178, дополнительно включающий анализ уровней экспрессии происходящих из опухолевого антигена лиганд-специфических TCRβ, в лимфоцитах со специфическими антителами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ, или МНС мультимерами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ.
180. Способ по п. 179 для применения для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
181. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку PD-1 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
182. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку PD-L1 экспрессии в раковых клетках у субъекта.
183. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку CTLA-4 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
184. Набор, содержащий сопутствующую диагностику по любому из пп. 177-183, где набор содержит одну или более молекул для контроля уровней экспрессии маркера в лимфоцитах, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящий из опухолевого антигена лиганд-специфический TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
185. Способ оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144.
186. Набор для оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, причем набор содержит: одну или более молекул маркера IFNγ и один или более бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
187. Способ идентификации иммунностимулирующего агента для опухоли путем скрининга кишечных бактерий человека или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, причем способ включает,
(i) позволение несущему опухоль нечеловеческому животному потреблять кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, и
(ii) обнаружение IFNγ в спленоцитах, выделенных из несущего опухоль нечеловеческого животного,
где если обнаруживают индукцию IFNγ, кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли.
188. Сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, причем способ включает
оценку активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах до и после индукции посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144 с совместным введением ингибитора или без него,
где если степень продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению со степенью продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 субъекту продолжают,
где если степень продукции IFNγ в спленоцитах субъекта не увеличена, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 прекращают или повторно анализируют после повторного введения композиции по любому из пп. 140-144 субъекту.
189. Способ по п. 188, дополнительно включающий анализ уровней экспрессии опухолевых антигенов мишени терапии в спленоцитах со специфическими антителами или МНС муьтимерами.
190. Способ по п. 188 для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где опухолевый ингибитор представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
191. Способ по п. 188, дополнительно содержащий оценку PD-1 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
192. Способ по п. 188, дополнительно содержащий проверку PD-L1 экспрессии в раковых клетках у субъекта.
193. Способ по п. 188, дополнительно содержащий оценку CTLA-4 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
194. Набор для осуществления сопутствующих диагностических способов по любому из пп. 185-193, причем набор содержит одну или более молекул маркера IFNγ.
195. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterium limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
196. Композиция по п. 195, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
197. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp..
198. Композиция по п. 197, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
199. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
200. Композиция по п. 199, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
201. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Ruminococcaceae bacterium, и Eubacterum limosum.
202. Композиция по п. 201, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
203. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis.
204. Композиция по п. 203, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
205. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
206. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila, 6
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
207. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ I ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11.
208. Композиция по п. 207, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
209. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
210. Композиция по п. 209, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
211. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
212. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
213. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ Г ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
214. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
215. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
216. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
217. Композиция по любому из пп. 137-144 или 195-216, где композиция представляет собой фармацевтическую композицию.
218. Композиция по п. 217, где фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент.
219. Композиция по п. 218, где фармацевтическая композиция составлена для перорального применения.
220. Композиция по п. 218 или 219, где фармацевтическая композиция составлена для ректального введения.
221. Композиция по любому из пп. 218-220, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник.
222. Композиция по любому из пп. 218-221, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку.
223. Композиция по любому из пп. 218-222, где один или более бактериальных штаммов лиофилизирован.
224. Композиция по любому из пп. 218-223, где фармацевтическая композиция находится в форме капсулы.
225. Композиция по любому из пп. 218-224, где фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
226. Композиция по любому из пп. 217-225, где композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств.
